La controverse grandit sur les données de l'hydroxychloroquine dans le traitement du COVID-19

« La controverse grandit sur les données de l'hydroxychloroquine dans le traitement du COVID-19 », source article de Chris Dall paru le 3 juin 2020 dans CIDRAP News.

Les éditeurs de The Lancet ont publié hier un communiqué reconnaissant les critiques d'une étude récente qui concluait que les médicaments antipaludiques hydroxychloroquine et chloroquine ne bénéficiaient pas aux patients COVID-19 et étaient associés à un risque plus élevé de décès et de graves complications du rythme cardiaque.

Le communiqué vient en réponse à une lettre signée par plus de 100 scientifiques et cliniciens du monde entier qui a soulevé des questions sur les données derrière la grande étude observationnelle.

The Lancet a dit dans son communiqué que d'importantes questions scientifiques avaient été soulevées au sujet des données rapportées dans le document, et qu'un audit indépendant des données commandées par les auteurs est en cours.

L'étude, publiée dans The Lancet le 22 mai, a comparé les résultats chez les patients traités avec l'hydroxychloroquine et la chloroquine (avec ou sans un antibiotique macrolide) avec ceux qui n'ont reçu aucun médicament, et était la plus importante à ce jour sur l'utilisation de l'hydroxychloroquine et de la chloroquine chez des patients COVID-19. Mais dans les jours qui ont suivi la publication, plusieurs scientifiques se sont tournés vers les réseaux sociaux pour exprimer leur scepticisme à l'égard de l'étude et des données sur lesquelles elle était basée, et cette critique s'est poursuivie.

Dans une lettre ouverte au rédacteur en chef du Lancet, Richard Horton, à la fin de la semaine dernière, les critiques ont fait part de leurs préoccupations concernant la méthodologie de l'étude, ont demandé qu'un groupe sous l'égide de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) procède à une validation indépendante de l'analyse et a demandé à la revue de rendre disponibles les commentaires de l'étude par des pairs.

Préoccupations concernant les biais et les facteurs de confusion

Parmi les préoccupations exprimées dans la lettre, il y a un ajustement inadéquat pour les facteurs de confusion connus et mesurés, tels que la gravité de la maladie.

Cela a été une critique courante de plusieurs des études observationnelles sur l'utilisation de l'hydroxychloroquine et de la chloroquine pour le COVID-19: que beaucoup de patients traités avec les médicaments dans ces études étaient plus malades. Les experts disent que l'incapacité de tenir pleinement compte d'une maladie plus grave chez les patients traités avec le médicament fausse les résultats.

« Parce qu'il s'agit d'une étude observationnelle, nous savons que les biais et la confusion peuvent vraiment affecter les résultats », a déclaré Ruanne Barnabas, médecin et professeur de santé mondiale à l'Université de Washington qui a signé la lettre. « Ma préoccupation à propos de cette observation était qu'elle [l'hydroxychloroquine] était utilisée avec compassion chez des personnes qui étaient plus malades et susceptibles de faire pire de toute façon ... donc nous ne serions pas en mesure d'évaluer l'impact en utilisant la conception de l'étude. »

Cette critique est l'une des principales raisons pour lesquelles il existe un consensus parmi les experts selon lequel les essais contrôlés randomisés (ECR) – le standard pour évaluer si un médicament est vraiment sûr et efficace contre une maladie - sont nécessaires pour déterminer si les médicaments peuvent aider les patients COVID-19.

La lettre soutenait également que les auteurs de l'étude n'avaient pas publié leur code ou leurs données, qu'aucun examen éthique n'avait été effectué et que certaines des doses quotidiennes moyennes d'hydroxychloroquine administrées aux patients de l'étude étaient plus élevées que les recommandations de la Food and Drug Administration des Etats-Unis. Et cela a soulevé des questions spécifiques sur certains des points des données.

En particulier, les critiques notent que les données de l'Australie ne sont pas compatibles avec les rapports nationaux sur les cas de COVID-19, avec trop de cas pour seulement cinq hôpitaux et plus de décès à l'hôpital que dans tout le pays au cours de la période d'étude. De plus, les données africaines indiquent que 25% des cas de COVID-19 et 40% des décès sur le continent sont survenus dans des hôpitaux associés à Surgisphere, une affirmation qui, selon la lettre, semble peu probable.

Dans une correction publiée dans The Lancet le 30 mai, les auteurs de l'étude ont fourni des chiffres révisés sur les participants d'Asie et d'Australie et ont déclaré qu'un hôpital auto-désigné comme appartenant à la désignation continentale de l'Australasie aurait dû être attribué à la désignation continentale asiatique. Mais aucun changement n'a été apporté aux conclusions du document.

Origine des données, validité remise en question

En outre, les critiques ont soulevé des signaux d'alarme concernant l'origine des données utilisées dans l'étude. L'analyse de 96 032 patients de 671 hôpitaux sur six continents a utilisé des données de Surgical Outcome Collaborative, une base de données qui recueille des informations anonymisées sur les patients à partir des dossiers de santé électroniques, des bases de données de la chaîne d'approvisionnement et des dossiers financiers. La base de données appartient à Surgisphere, une entreprise fondée par le co-auteur de l'étude Sapan Desai.

« Il n'y avait aucune mention des pays ou des hôpitaux qui ont contribué à la source de données et aucune reconnaissance de leurs contributions », indique la lettre. « Une demande d'informations aux auteurs sur les centres contributeurs a été refusée. »

« Vous pouvez comprendre que les patients individuels ne veulent pas partager leurs données, mais au minimum, savoir quels hôpitaux ont contribué serait important », a dit Barnabas, notant que dans la plupart des études observationnelles, vous connaissez les hôpitaux d'où proviennent les données, et les chercheurs de ces hôpitaux sont souvent les co-auteurs.

« Bien qu'un audit indépendant de la provenance et de la validité des données ait été commandé par les auteurs non affiliés à Surgisphere et soit en cours, avec des résultats attendus très prochainement, nous publions une expression de préoccupation pour alerter les lecteurs sur le fait que de sérieuses questions scientifiques ont été portées à notre attention », a dit The Lancet.

Un communiqué envoyé par courrier électronique à CIDRAP News au nom de l'auteur principal de l'étude, Mandeep Mehra, directrice médicale du Brigham and Women's Hospital Heart and Vascular Center, a dit que l'auditeur tierce partie indépendante avait pour objectif de vérifier les données sources et d'évaluer la l'exactitude de la base de données et des conclusions des auteurs.

« A l'issue des revues, l'auditeur communiquera simultanément ses conclusions directement aux rédacteurs en chef de la revue et aux co-auteurs, indépendants de Surgisphere », indique le communiqué. « J'attends avec impatience un mot des audits indépendants, dont les résultats éclaireront toute action future. »

Dans une déclaration sur son site Internet, Surgisphere a dit que les accords d'utilisation des données de l'entreprise avec les hôpitaux l'empêchaient de partager les noms des clients.

« Nos normes strictes de confidentialité sont une raison majeure pour laquelle les hôpitaux font confiance à Surgisphere et nous avons été en mesure de collecter des données auprès de plus de 1 200 institutions dans 46 pays », a dit la société. « Bien que nos accords d'utilisation des données avec ces institutions nous empêchent de partager des données au niveau des patients ou des noms de clients, nous sommes en mesure d'effectuer des analyses appropriées et de partager les résultats agrégés avec la communauté scientifique au sens large. »

La société a également dit qu'elle soutenait l'intégrité de ses études, de ses chercheurs scientifiques, de ses partenaires cliniques et de ses analystes de données.

Les données de Surgisphere ont également été utilisées dans une autre étude COVID-19, publiée dans le New England Journal of Medicine (NEJM) le 1er mai, qui est remise en question. Le rédacteur en chef du NEJM, Eric Rubin, a publié hier une expression de préoccupation à propos de cette étude, affirmant que la revue avait demandé aux auteurs de fournir des preuves de la fiabilité des données.

Résultats de l'étude, couverture médiatique affectant les essais cliniques

Un autre problème soulevé dans la lettre des plus de 100 scientifiques et cliniciens est que les résultats de l'étude parue dans The Lancet, et l'attention des médias qui a suivi, ont suscité des inquiétudes parmi ceux qui participent actuellement aux ECR.

Barnabas, qui est l'investigateur principal d'un ECR examinant si l'hydroxychloroquine peut prévenir la maladie chez ceux qui ont été exposés à des personnes dont le diagnostic de COVID-19 a été confirmé ou en attente, ont déclaré que les résultats avaient affecté le recrutement.

« Certes, notre procès a vu une diminution du recrutement et des inscriptions à chaque nouvelle qui sort », a dit Barnabas.

« Lorsque vous parlez aux participants et que vous présentez toutes les informations, ils comprennent l’impact des études d’observation et ils sont prêts à participer, mais un membre de la famille ou un ami les encouragera à ne pas participer, et nous avons fait retirer des personnes. »

Barnabas a dit qu'un comité indépendant de sécurité et de surveillance des données a examiné et analysé toutes les données de sécurité non aveugles de l'essai, ainsi que les données d'autres ECR en cours étudiant l'utilisation de l'hydroxychloroquine chez les patients COVID-19, et a recommandé de poursuivre l'étude. « Ils n'avaient aucun problème de sécurité sanitaire », a-t-elle dit.

L'OMS, quant à elle, après avoir annoncé la semaine dernière qu'elle suspendait le recrutement dans le bras hydroxychloroquine de son essai SOLIDARITY, a déclaré le 3 juin que son comité de surveillance de la sécurité des données n'avait pas trouvé de signal de sécurité sanitaire et que l'étude reprendrait.

Barnabas a dit que les données des ECR sont « absolument essentielles » pour déterminer si l'hydroxychloroquine peut aider à prévenir ou à traiter le COVID-19.

« Nous avons absolument besoin de ces essais pour avancer », a-t-elle déclaré. « Et nous n'avons pas besoin d'un seul essai, nous avons besoin de plusieurs essais, dans différentes populations, posant la question de manière légèrement différente, afin que nous puissions comprendre s'il y a un rôle ici pour l'hydroxychloroquine. »

Complément. Polémique franco-française, on apprend que le ministre de la santé a écrit à The Lancet au sujet de l'étude controversée.

Dans un tweet, un membre du Haut Conseil de la Santé Publique indique,

Au HCSP nous avons la conviction que les données & résultats sont dans le meilleur des cas, fausses, voire truquées. De ce fait, le décret sur l'interdiction de prescription de l'hydroxyChloroquine sera révoqué.

Réunion virtuelle européenne One Health, partie 2

« Réunion en ligne pour un projet européen de sécurité alimentaire », source article de Joe Whitworth paru le 4 juin 2020 dans Food Safety News.

Note de l'éditeur: cet article, partie 2 sur 2, résume les présentations orales et par affiches de la réunion de trois jours du programme conjoint européen One Health.

Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d'origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle virtuellement à cause de l'épidémie liée au coronavirus.

La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP pour One Health European Joint Program) sur les zoonoses d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais avec la pandémie de COVID-19 la réunion physique a été annulée et remplacée par une réunion virtuelle.

Les organisateurs ont décidé d'accueillir la réunion en ligne avec des présentations orales et par affiches. Voir la première partie decet article résumant ces présentations de l'événement de trois jours.

Présentations orales

Gina M. Duggan, de Teagasc, a étudié la dynamique de l'excrétion de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC).

L'Irlande a le taux le plus élevé de cas humains de STEC dans l'UE. L'étude a évalué l'excrétion de STEC chez des moutons irlandais et a examiné les facteurs de risque potentiels sous-jacents à la dynamique de l'excrétion, ainsi que les STEC de sérogroupes O157 et O26. Les résultats ont révélé de faibles niveaux de super-excréteurs O157 et O26 chez les moutons destinés à l'abattage, mais un niveau élevé de portage des STEC dans l'ensemble.

Gianni Lo Iacono, de l'Université du Surrey, a présenté des informations sur l'impact du climat sur la campylobactériose, car la saisonnalité est mal comprise.

À l'aide de données provenant de l'Angleterre et du Pays de Galles, une forte augmentation de l'incidence au début de l'été et des variations interannuelles étaient associées à la température, à l'humidité relative et à la durée du jour. Le risque était le plus élevé pour une humidité relative entre 75 à 80 pour cent et une température maximale de 14 à 16°C.

Marieke Opsteegh du RIVM a parlé d'une revue de la littérature pour résumer les études européennes sur l'attribution des sources de Toxoplasma gondii.

L'élicitation d'experts a indiqué que les aliments étaient une source plus importante que le sol et l'eau. Les évaluations quantitatives des risques ne portaient que sur la transmission par la viande. Dans les rapports des patients, les sources présumées étaient de l'eau de puits, des contacts avec des chats, du lait de chèvre non pasteurisé et différents types de viande insuffisamment cuite, mais les preuves solides de la source la plus probable faisaient généralement défaut.

Le projet «TOXOSOURCES» effectuera une évaluation quantitative des risques dans plusieurs pays, y compris l'exposition de la viande et de l'environnement à Toxoplasma gondii.

Présentations par affiches

Anna Czubkowska, de l’Institut national de recherche vétérinaire de Pologne, a évalué la présence de pathogènes bactériens d'origine alimentaire dans le lait cru de vache dans le pays.

Un total de 100 échantillons de lait cru de vache en vrac provenant de différentes fermes laitières a été collecté en 2019. Yersinia enterocolitica a été retrouvé dans 24 pour cent des échantillons testés. Listeria monocytogenes a été détecté dans 14% des analyses. Campylobacter jejuni à 4 pour cent et un isolat de E. coli O157 ont également été identifiés.

Kathrin Hauser, de l'Agence autrichienne pour la santé et la sécurité alimentaire, a étudié la colonisation par Klebsiella pneumoniae de six personnes en bonne santé pendant un an en analysant un échantillon de selles par semaine. Au total, 80 isolats de Klebsiella pneumoniae provenant de cinq participants ont été obtenus.

Deux individus ont partagé plusieurs sous-types identiques de Klebsiella pneumoniae. Cela met en évidence le rôle potentiel de la nourriture en tant que réservoir pour les humains, car des repas partagés pourraient être identifiés entre les deux participants dans le délai correspondant.

Violeta Di Marzio, d'IZSAM en Italie, a examiné Klebsiella pneumoniae multirésistants dans des cuisses de poulet, des salades prêtes à consommer (PAC) et des carottes.

Un total de 60 échantillons de cuisses de poulet, de salades PAC et de carottes achetées chez différents distributeurs ont été examinés. Dix souches de Klebsiella pneumoniae ont été isolées dans des salades PAC, 54 souches ont été détectées dans des cuisses de poulet et quatre dans des carottes. Le pourcentage de souches multirésistantes dans des cuisses de poulet était significativement plus élevé que les autres types d'échantillons.

L'échange de signaux d'événements zoonotiques en Europe a fait l'objet d'une affiche de Maria Nöremark, de l'Institut national vétérinaire de Suède.

Le partage précoce des signaux d'événements zoonotiques peut être essentiel pour comprendre que des cas distincts font partie d'une épidémie et garantir la participation de secteurs tels que la santé publique, la sécurité sanitaire des aliments et la santé animale aux niveaux local, régional, central ou international.

La déclaration de maladies à déclaration obligatoire est réglementée, mais pour certains pathogènes et événements endémiques ou émergents, d'autres facteurs peuvent déclencher un signal, comme une augmentation inattendue des cas.

Dans six pays, des entretiens ont eu lieu avec des professionnels qui reçoivent et partagent des signaux d'événements zoonotiques potentiels. Les résultats préliminaires montrent que les contacts informels étaient très importants et le fait de connaître quelqu'un en personne facilite la signalisation. Une crainte d'une réaction excessive des autres secteurs a été décrite lorsque les signaux ont été partagés de manière anonyme. Des systèmes informatisés fonctionnant bien et non conviviaux ont été décrits, tout comme les obstacles juridiques au partage des données.

Une affiche de Thomas Haverkamp, de l'institut vétérinaire norvégien, a expliqué detection de Campylobacter dans la production de poulets à l'aide d'une analyse métagénomique de prélèvements d'air. Les résultats ont montré que la détection de Campylobacter était possible en utilisant la métagénomique shotgun de prélèvements de filtres à air.

Laura C. Gonzalez Villeta, de l'Université du Surrey, avait une affiche sur la compréhension de l'association entre les paramètres météorologiques les plus influents - à l'exception de la température - et l'incidence de la salmonellose.

Comprendre pourquoi l'incidence de Salmonella est conditionnée à certaines variables météorologiques aurait des applications pratiques en santé publique. Les chercheurs utiliseront des modèles et développeront un outil pour prédire la probabilité d'infection en fonction des variations météorologiques connues avant qu'une infection ne se produise.

Pikka Jokelainen, du SSI au Danemark, fait partie du projet TOXOSOURCES sur le parasite Toxoplasma gondii qui se poursuivra jusqu'en 2022. Le consortium examinera les contributions de différentes sources, telles que la viande et les produits réfrigérés prêts à consommer dans l'infection à Toxoplasma gondii afin d'obtenir les estimations les plus fiables possibles pour informer les gestionnaires de risques et les décideurs.

Une affiche de Beata Lachtara, de l'Institut national de recherche vétérinaire, a donné un aperçu de la présence de Listeria monocytogenes isolé d'aliments et de l'environnement associé à la production en Pologne.

Les 138 souches de Listeria analysées ont été collectées de 2013 à 2019 dans des environnements alimentaires, de viande crue et de production d'aliments prêts à consommer en Pologne. Les résultats ont montré que la structure de la population de Listeria était diverse. Sept types de séquences différents ont été identifiés parmi les souches testées qui ont été regroupées en trois complexes clonaux.

Réunion virtuelle européenne One Health, partie 1

« Des chercheurs présentent leurs travaux lors d'une réunion virtuelle One Health », source article de Joe Whitworth paru le 2 juin 2020 dans Food Safety News.

Note de l'éditeur: cet article, partie 1 sur 2, résume les présentations orales et par affiches de la réunion de trois jours du programme conjoint européen One Health.

Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d'origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle virtuellement à cause de l'épidémie liée au coronavirus.

La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP pour One Health European Joint Program) sur les zoonoses d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais avec la pandémie de COVID-19 la réunion physique a été annulée et remplacée par une réunion virtuelle.

Les 178 résumés soumis ayant déjà été évalués par le comité scientifique et le programme étant déjà rédigé, les organisateurs ont décidé d'accueillir l'événement en ligne avec des présentations orales et par affiches (posters).

Plus de 750 participants se sont inscrits à la réunion qui a eu Stef Bronzwaer, coordinateur de la recherche à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), en tant qu'orateur principal.

L'OHEJP a débuté en 2018 et se termine fin 2022. Il est coordonné par l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments, de l'environnement et du travail (Anses) et implique 40 partenaires de 19 pays. D'un coût de 90 millions d'euros, 50% étant financés par la Commission européenne.

Présentations orales

Maaike van den Beld, de l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM), a parlé de l'amélioration de la sécurité sanitaire des aliments grâce au séquençage du génome entier (WGS) et au partage des données.

Aux Pays-Bas, les données du WGS de la surveillance en laboratoire nationale de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et Listeria par le RIVM sont partagées dans une base de données avec les données du WGS issues de la surveillance des aliments collectées par le Wageningen Food Safety Research à la demande de la Dutch Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA).

Dans cette base de données, 1 578 isolats de Listeria étaient présents, soit 217 issus de cas groupés (clusters), dont 33 d'origine mixte. Au total, 95 clusters s'étalaient sur plus de deux ans. Pour le STEC sérotype O157, 190 des 205 isolats étaient d'origine humaine. Pour le sérotype O26, 102 des 112 isolats étaient d'origine humaine. Les autres STEC de types O comprennent près de 1 000 isolats, dont 59 pour cent sont humains.

Il existe des défis liés à l'espèce pour appliquer le WGS et le partage de données dans la surveillance nationale et le traçage des sources. Pour Listeria, le confinement du temps pour la détection des clusters et les stratégies d'intervention est compliqué. Pour les STEC, il y a un chevauchement minimal entre les isolats humains et alimentaires. Cependant, la surveillance par WGS et le partage de données en temps réel ont permis un traçage rapide des sources et une évaluation des éclosions et ont conduit à des mesures d'application mieux ciblées.

Claudia E. Coipan du RIVM a utilisé l'exemple d'une éclosion internationale à Salmonella Enteritidis liée à des œufs polonais pour voir si l'harmonisation des flux de travail du typage moléculaire était nécessaire.

Les chercheurs ont comparé les résultats de six flux de travail de typage différents utilisés par les autorités européennes de santé publique en termes de détection des clusters et de concordance. Ils ont analysé 180 isolats de cas confirmés et probables, représentatifs de la variation génétique de l'épidémie, et 22 isolats de Salmonella Enteritidis non apparentés. L'analyse indique que les différents flux de travail ont généré des clusters avec des compositions similaires.

Thomas Brauge de l'Anses a évoqué l'impact de deux désinfectants sur les cellules de Listeria monocytogenes en biofilm sur de l'acier inoxydable.

Le traitement au peroxyde d'hydrogène ou par un ammonium quaternaire n'a pas enlevé les cellules de Listeria sur les surfaces mais a changé l'état de viabilité cellulaire avec l'émergence d'une majorité de cellules viables mais non cultivables (VNC). Ces cellules VNC ont été transférées sur des tranches de hareng et sont revenues à un état viable et cultivable sur des milieux gélosés pendant la durée de conservation commerciale du hareng.

Julio Alvarez de VISAVET, Université Complutense de Madrid, a expliqué comment les isolats humains de Salmonella font l'objet systématiquement du séquençage du génome entier au Minnesota pour aider à investiguer sur les éclosions, ce qui augmente la capacité de relier les cas liés mais conduit à un retard dans l'identification des sérotypes des isolats cliniques et fait établir une relation entre les cas dans la première semaine après avoir signalé un problème.

Les chercheurs ont examiné des modèles temporels pour détecter les épidémies à Salmonella en l'absence d'informations sur les sérotypes. Les informations sur les patients signalés au département de la santé du Minnesota de 2005 à 2018 ont été utilisées. Les meilleurs modèles candidats ont pu identifier plus de 75% des éclosions connues dans la semaine suivant la notification des premiers cas. Les algorithmes développés ont pu identifier les éclosions connues sur une période de quatre ans et ils ont également révélé des éclosions potentiellement non résolues.

María Ugarte-Ruiz, de la même université, a couvert la détection et la caractérisation antimicrobienne de Salmonella dans les œufs issus de commerces de détail à Madrid.

L'isolement de Salmonella a été effectué à partir d'œufs produits en Espagne de 2003 à 2019 dans le cadre d'un programme de surveillance. Au cours de cette période de 19 ans, plus de 200 isolats ont été récupérés appartenant principalement aux sérotypes Enteritidis, Infantis, Rissen, Anatum et Typhimurium. Dans l'ensemble, les niveaux de résistance aux antimicrobiens étaient inférieurs à 10%, à l'exception de la ciprofloxacine, de l'acide nalidixique, de la tétracycline et de l'ampicilline, bien que les quantités varient également en fonction du sérotype.

Idesbald Boone, de l'Institut Robert Koch en Allemagne, a découvert que les aliments considérés comme présentant un risque élevé de provoquer des cas d'intoxication alimentaire associés aux soins de santé étaient servis aux patients.

L'enquête, parmi 33 établissements de santé italiens et allemands, a exploré la disponibilité des données, l'accessibilité et l'utilité des données alimentaires des patients dans les hôpitaux et les résidents des maisons de santé. Une variabilité a été observée dans la durée de stockage des données des menus alimentaires et de leurs formats, du papier aux bases de données électroniques consultables. En Italie, l'externalisation de la restauration a été associée à une prise de conscience non optimale de la disponibilité des données de traçabilité alimentaire.

Présentations par affiches

Gerald Umhang, de l'Anses, avait une affiche présentant le projet MEME qui a démarré en janvier 2020 et compte 20 partenaires dans 15 pays européens.

L'objectif est de combler les lacunes de la recherche dans la détection et le contrôle de l'échinococcose kystique (EK) et alvéolaire (EA). Produire des données épidémiologiques sur la présence d'œufs de Echinococcus multilocularis et de Echinococcus granulosus sensu lato dans la chaîne alimentaire va permettre de se concentrer sur les légumes destinés à la consommation humaine.

Dans le cadre du projet, il est prévu que des questionnaires ciblés soient élaborés pour un échantillon de patients atteints de EK dans certains hôpitaux et des témoins appariés, afin de faire progresser les connaissances sur les facteurs de risque liés aux aliments pour l'infection humaine.

Une affiche de Karin Troell, de l'Institut vétérinaire national suédois, décrit le consortium PARADISE. Ce projet, de 2020 à 2022, contribuera à développer des méthodes de lutte contre les parasites d'origine alimentaire dans la chaîne alimentaire de l'UE, car les investigations sur les éclosions et l'attribution des sources restent difficiles.

Eleonora Ventola, de l'Istituto Superiore di Sanità, en Italie, avait une affiche sur Yersinia enterocolitica dans les aliments. La yersiniose est la quatrième zoonose d'origine alimentaire la plus courante dans l'UE, selon le rapport sur les zoonoses de 2018.

En 2019, une enquête en Italie a estimé la contamination par Yersinia enterocolitica pathogène dans différents aliments, échantillonnés à différents stades de la chaîne de production. Au total, 437 échantillons, dont du porc, du bœuf, du sanglier et de la viande de poulet, du lait cru, des crustacés et des légumes frais, ont été analysés.

L'étude a révélé que les produits à base de porc étaient la catégorie la plus fréquemment contaminée par Yersinia enterocolitica. La présence de Yersinia a été évaluée à l'aide de la PCR en temps réel ciblée sur le gène Ail (impliqué dans l’attachement et l’invasion des cellules épithéliales) qui est considéré comme le marqueur de Yersinia enterocolitica pathogène. La présence de ce gène a été détectée dans 11 échantillons, tous provenant de viande de porc, de bœuf et de sanglier.

Une étude menée par Jacek Sroka, de PIWET, a estimé la prévalence de l'infection à Toxoplasma gondii chez des porcs et des bovins abattus pour la consommation humaine en Pologne. Des sérums de 3 111 porcs et 2 411 bovins de 16 régions ont été contrôlés. Des échantillons du diaphragme et du cœur d'animaux séropositifs ont été examinés pour l'ADN de Toxoplasma gondii.

Des résultats séropositifs ont été retrouvés chez 11,9% des porcs et 13% des bovins. L'analyse des données a montré que la séropositivité augmentait avec l'âge des bovins et les résultats séropositifs étaient plus fréquents chez les animaux des petites exploitations. La présence d'anticorps de Toxoplasma gondii chez les porcs et les bovins et la détection d'ADN parasitaire dans les tissus peuvent indiquer une menace potentielle pour la santé des consommateurs.

COVID-19: La France occupe la première place mondiale, si l'on considère le taux de mortalité

Cyrille Vanlerberghe tente de nous expliquer dans Le Figaro.fr du 3 juin 2020, « Coronavirus: ce que révèle le bilan de la mortalité de l’épidémie en France ».

La première vague de l’épidémie fait de la France le cinquième pays le plus touché dans le monde.

Il y a peu j'indiquais des données dans Quelques données étranges sur la pandémie de COVID-19 en France et ailleurs, qui contredisait cet article ...

Voici d'autres données sur la mortalité dans les pays les plus touchés, selon l'Université John Hopkins qui montrent que les données ont sensiblement évolué ...

Pour les 20 pays les plus touchés par COVID-19 dans le monde, les barres du graphique ci-dessous indiquent le nombre de décès pour 100 cas confirmés (taux de létalité observé) ou pour 100 000 habitants (cela représente la population générale d'un pays, avec à la fois les cas confirmés et les personnes en bonne santé). Les pays au sommet de ce chiffre ont le plus de décès proportionnellement à leurs cas ou population de COVID-19, pas nécessairement le plus de décès dans l'ensemble.

Mortalité: Ratio cas confirmés sur le nombre de décès

Dans le classement ci-dessous, la France est à la quatrième place ...

Mortalité: Nombre de décès par 100 000 habitants

Le classement proposé ci-dessous par le CEBM met la France en première position comme le classement de l'Université John Hopkins ... à vous de voir ...

Taux de létalité vu par le CEBM 

Thaïlande: Audit des exportations de viande de volaille, d'œufs et de produits dérivés vers l'Union européenne

Voici le résumé du rapport final d'un audit réalisé en Thaïlande du 28 janvier 2020 au 7 février 2020 afin d'évaluer les contrôles en santé animale en vigueur en matière d'exportation de viande de volaille, d'œufs et de produits dérivés vers l'Union européenne.

Ce rapport est publié dans le cadre du programme de travail annuel de la direction générale de la santé et de la sécurité alimentaire.

L'objectif de cet audit était d'évaluer les contrôles officiels en santé animale appliqués par les autorités thaïlandaises compétentes dans le secteur de la volaille, en particulier en ce qui concerne la prévention, la détection et le contrôle de l'influenza aviaire hautement pathogène et de la maladie de Newcastle. L'évaluation visait à vérifier si les autorités compétentes peuvent fournir des garanties au moins équivalentes aux exigences zoosanitaires pertinentes de l'Union européenne (UE) afin de respecter les conditions de certification zoosanitaire applicables aux exportations de viande de volaille, d'œufs et de produits dérivés (les produits de volaille) vers l'UE.

Le rapport conclut qu'à l'heure actuelle, les autorités compétentes ne peuvent pas donner des garanties zoosanitaires incluses dans le certificat afin d'exporter de la viande et des produits de volaille vers l'UE.

L'audit a identifié des lacunes importantes dans la surveillance de l'influenza aviaire et de la maladie de Newcastle, ainsi que certaines lacunes qui réduisent la qualité et la fiabilité attendues des activités menées par le réseau de laboratoires responsables de leur diagnostic. Le système bien pensé exigeant la notification obligatoire des soupçons de ces maladies aux autorités ne fonctionne pas dans la pratique. Cela crée de sérieux doutes sur la capacité des autorités compétentes:

. garantir la détection précoce de ces maladies dans les populations de volailles;

. détecter la circulation de ces virus chez les espèces d'oiseaux sauvages qui migrent vers la Thaïlande à partir des régions voisines d'Asie où leur présence a été confirmée au cours des 10 dernières années; et

. obtenir des données épidémiologiques adéquates pour démontrer sans équivoque l'absence de ces maladies dans la population de volailles du pays.

D'un autre côté, le pays dispose d'un système de contrôle de la santé animale largement satisfaisant dans les exploitations avicoles et les établissements alimentaires spécifiquement autorisés à participer à la chaîne de production d'exportation de l'UE pour les produits avicoles concernés. Ce système repose principalement sur des conditions strictes d'approbation et d'autorisation de ces exploitations et sur des inspections officielles fréquentes effectuées le long de cette chaîne de production d'exportation pour vérifier leur application. Ainsi, ce programme officiel de contrôle peut garantir, notamment, que ces exploitations avicoles respectent des niveaux élevés de traçabilité animale, de prévention et de surveillance des maladies.

Le rapport contient des recommandations aux autorités compétentes de la Thaïlande visant à remédier aux lacunes identifiées et à améliorer la mise en œuvre des mesures de contrôle.

7 juin 2020: Journée mondiale de la sécurité sanitaire des aliments

Le 7 juin 2019, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation avait célébré la Première Journée mondiale de la sécurité sanitaire des aliments …

Qu'en sera-t-il en 2020 ? Nous le verrons bien …

L'an passé, j'avais signalé l'initiative de l'OSAV de Suisse, ici, aujourd'hui, je voudrais signaler avec un peu d'avance celle du ministère de la protection des consommateurs du Luxembourg …

Le 7 juin sera célébré la deuxième édition du « World Food Safety Day » proclamé par l’Assemblée générale des Nations Unies en décembre 2018.

Cet événement annuel qui a connu son inauguration en 2019 est destiné à attirer l’attention sur le sujet de la sécurité alimentaire et souligner que toutes les personnes impliquées dans les systèmes alimentaires ont un rôle à jouer pour prévenir, détecter et gérer les dangers liés aux denrées alimentaires.

Des responsabilités partagées entre producteurs, consommateurs et gouvernements pour garantir la sécurité des denrées alimentaires que nous consommons.

Au niveau européen, les différents maillons de la chaîne alimentaire ont été responsabilisés depuis le début des années 2000 et ont contribué ainsi à la création au sein de l’Union européenne d’un des standards de sécurité alimentaire les plus élevés à travers le monde. Ainsi, l’EFSA - l’Autorité européenne de sécurité alimentaire (EFSA – European Food Safety Authority) en charge d’élaborer des avis et rapports scientifiques se fonde explicitement sur le concept d’une santé pour tous, basée sur la santé humaine ainsi que celle des animaux et des plantes.

La toute nouvelle stratégie de la Commission européenne « de la ferme à la table » proposée dans le cadre du Green Deal met également en exergue l’importance des multiples liens et responsabilités entre parties prenantes des systèmes alimentaires pour notamment garantir une alimentation saine, équitable et respectueuse de l’environnement.

Au niveau national, le contrôle de la sécurité alimentaire est coordonné par le Commissariat du gouvernement à la qualité, à la fraude et à la sécurité alimentaire. Le portail de la Sécurité alimentaire informe et sensibilise aussi bien les producteurs que les consommateurs aux actualités en relation avec la sécurité sanitaire des aliments.

D’autre part, les consommateurs et les professionnels ont également la possibilité de s’abonner à une newsletter relative aux rappels de produits et aux avertissements sur la présence non déclarée d’allergènes de façon à leur permettre de disposer en temps réel de toutes les informations pertinentes.

Les résultats de l’Eurobaromètre de 2019 analysant les préoccupations des Européens face à l’alimentation ont montré que 2 sur 5 citoyens européens ont changé leur mode de consommation au moins une fois dans leur vie suite à des informations concernant la sécurité alimentaire. Ces conclusions soutiennent donc l’importance de maintenir une sensibilisation régulière des consommateurs.

Un quiz grand public pour l’édition 2020

Pour profiter de l’occasion de cette journée internationale et transmettre les messages-clé de la sécurité alimentaire tout en s’alignant au contexte de la pandémie actuelle, le Commissariat du gouvernement à la qualité, à la fraude et à la sécurité alimentaire ensemble avec le Ministère de la Protection des consommateurs ont décidé de proposer une solution inédite constituée par la mise en ligne d’un quiz grand public ludique et instructif.

Pour célébrer ce World Food Safety Day 2020, le jeu est disponible sur www.secheriessen.lu ainsi qu’à travers le compte Facebook du Ministère de la Protection des consommateurs du 3 au 14 juin. Il donne aux participants la possibilité de tester leurs connaissances en la matière tout en se familiarisant avec les bons réflexes leur permettant d’assurer eux-mêmes la sécurité alimentaire en relation avec leur alimentation. Ainsi, le participant est guidé à travers différents blocs de questions qui portent sur des sujets actuels et transversaux tout en lui expliquant le bien-fondé des réponses.

NB: Bien entendu, je ne suis pas d'accord avec le 'Green Deal' de la Commission européenne, qui a oublié en cours de route les agriculteurs, mais ça les lecteurs du blog le savaient déjà …

Ils ont de la chance, les consommateurs du Luxembourg de pouvoir recevoir une newsletter relative aux rappels de produits et aux avertissements sur la présence non déclarée d’allergènes …, cela n'existe pas sur les sites officiels en France, sauf en allant sur le site privé Oulah! afin de s'abonner à une lettre d'informations sur les rappels en France ...

Mise à jour du 8 juin 2020. On lira les articles de Gil Rivière-Wekstein, Le Green Deal européen, c’est plus de bio et moins de production agricole et Un Green Deal marqué par la décroissance.

Une étude teste le sondage en ligne pour obtenir des données précises lors d'épidémies

« Une étude teste le sondage en ligne pour obtenir des données précises lors d'épidémies », source article de Joe Whitworth paru le 3 juin 2020 dans Food Safety News.

L'utilisation de sondages en ligne pour recueillir des réponses auprès de personnes en bonne santé pendant les investigations sur les éclosions a été testée par des chercheurs au Canada.

Dans les investigations sur les épidémies d'origine alimentaire, des études cas-témoins et des études de cohorte sont utilisées pour tester les hypothèses et identifier une source, mais elles nécessitent beaucoup de ressources et le recrutement de témoins appropriés, ou de personnes non malades, est difficile, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology et infection.

D'autres méthodes comprennent des investigations sur la consommation alimentaire basées sur la population et l'utilisation d'une analyse cas par cas pour générer ou tester une hypothèse, mais ces données démographiques peuvent ne pas fournir un groupe témoin représentatif ou inclure une précision suffisante des produits alimentaires et peuvent être obsolètes. L'analyse cas par cas ne peut être effectuée que si des cas comparables sont accessibles.

Rapide et représentatif

Des chercheurs ont utilisé des investigations en ligne pour recueillir des données de contrôle de la population pour deux éclosions d'origine alimentaire et les ont comparées aux cas et aux données existantes sur l'exposition de la population.

Les résultats démontrent que les investigations ont été un moyen rapide et représentatif de recueillir les réponses de personnes en bonne santé lors d'épidémies pour soutenir l'investigation épidémiologique.

Les contrôles de la population avec un sondage en ligne étaient comparables aux patients en fonction de l'âge et du sexe. Les données de l'exposition recueillies par sondage étaient plus précises que les données de contrôle existantes, représentaient la période d'exposition spécifique à la maladie et pouvaient être facilement modifiées.

Des sondages en ligne pour les investigations sur les éclosions ont été développées. Lorsque des personnes ont visité le site Internet du British Columbia Centre for Disease Control, on leur a demandé de participer pour aider à résoudre une éclosion.

Les participants étaient inclus s'ils résidaient en Colombie-Britannique et n'avaient pas présenté de symptômes pendant la période d'exposition de 14 jours pour Cyclospora et de sept jours pour Salmonella. On leur a demandé s'ils avaient mangé de deux à trois aliments d'intérêt, leur sexe, leur âge et leur ville de résidence.

Testé sur des éclosions à Cyclospora et à Salmonella

Le but dun sondage en ligne pendant une épidémie à Cyclospora en 2018 était de tester les hypothèses des investigations précédentes. Le sondage a été publié de début mai à fin août 2018, le début de l'épidémie. Il a d'abord posé des questions sur l'exposition à la coriandre, aux mûres et aux framboises. Des analyses préliminaires des données sur les éclosions de patients ont suggéré une faible exposition aux framboises, mais une forte exposition aux épinards. Fin juin, la framboise a été retirée et les épinards ont été ajoutés au sondage.

Un total de 1 687 réponses ont été reçues et 1 403 répondaient aux critères d'inclusion. Les contrôles en ligne étaient similaires aux patients en termes d'âge, de sexe et de répartition géographique. Pour la coriandre, les framboises et les épinards, les populations témoins ont montré des proportions d'exposition similaires les unes aux autres et aux cas.

Les patients avaient des chances légèrement plus élevées d'avoir consommé des mûres que les témoins en ligne. Ces informations épidémiologiques ont conduit à revoir les données d'importation et à voir la traçabilité des mûres impliquées dans la base des données d'achat des cas. Bien que l'origine n'ait pas été confirmée à un seul fournisseur ou source de mûres, ce fruit était l'hypothèse principale.

Le deuxième sondage a eu lieu lors d'une éclosion nationale à Salmonella Infantis avec la plupart des infections, 47, en Colombie-Britannique. Bien que des concombres anglais aient été supposés comme une source possible, d'autres expositions ont également été fréquemment signalées. L'objectif du sondage était de tester l'hypothèse selon laquelle les concombres anglais étaient la source de la maladie. Le sondage en ligne s'est déroulé de la mi-octobre au début novembre 2018.

Au total, 286 réponses ont été reçues et 253 répondaient aux critères d'inclusion. Les témoins en ligne étaient moins susceptibles d'avoir une exposition au concombre anglais que les cas. Ces résultats ont orienté les activités de traçabilité qui ont identifié un fournisseur commun et confirmé l'hypothèse.

Les sondages en ligne peuvent être préparés rapidement avec peu de ressources et obtenir un grand nombre de réponses. Les investigateurs pouvaient accéder aux données en temps réel, mais le sondage n'a pas empêché la même personne de contribuer plusieurs fois comme témoin. Les chercheurs ont déclaré que sur la base de cette expérience, la méthode sera utilisée dans les futures enquêtes sur les épidémies..

Cela n'a pas encore été utilisé pour tester une hypothèse où une marque spécifique est identifiée étant donné qu'il existe des risques potentiels de confidentialité à divulguer ces informations si l'hypothèse est incorrecte. Cependant, cela pourrait être surmonté en posant des questions sur différentes marques du même produit.

Propositions nouvelles et mises à jour des doses de référence des allergènes alimentaires, selon un avis du BfR

'VITAL 3.0': Propositions nouvelles et mises à jour des doses de référence des allergènes alimentaires, source Avis du BfR n°015/2020 du 9 mars 2020.

VITAL signifie Voluntary Incidental Trace Allergen Labelling.

Un étiquetage approprié des aliments, y compris la dénomination de tous les ingrédients allergènes que l'aliment contient, est d'une importance majeure pour les personnes souffrant d'allergies à certains aliments.

Les fabricants sont tenus, en vertu du droit de l'UE, de nommer les 14 substances ou produits les plus importants qui provoquent des allergies ou des intolérances dans les listes d'ingrédients des aliments emballés. Par contre, il n’existe pas de règlement d’étiquetage contraignant pour les traces de ces substances allergènes qui ont été involontairement inclus dans le produit alimentaire fini. Cela conduit souvent à des informations de précaution volontaires fournies par le fabricant sur l'étiquette des aliments, telles que 'Peut contenir des traces de…' ou 'peut contenir…'.

Pour les personnes souffrant d'allergies, d'une part, ce type d'informations de précaution peut conduire à des restrictions inutiles dans la sélection des aliments, car il reste finalement à déterminer si le produit alimentaire fini contient réellement une quantité importante de certains allergènes.

D'un autre côté, la possibilité que des quantités problématiques d'allergènes pénètrent accidentellement dans le produit final ne peut néanmoins être exclue pour des aliments sans étiquetage de précaution.

En ce qui concerne les différentes méthodes actuelles de traitement de l'étiquetage purement volontaire pour d'éventuelles traces d'allergènes, la question de savoir si les seuils pour les substances allergènes peuvent sensiblement améliorer la protection des consommateurs pour les personnes concernées est en cours de discussion. Le but ici serait que l'étiquetage du produit soit obligatoire, d'une manière qui reste à déterminer, si ce seuil est dépassé. Cependant, les informations générales sur les allergènes qui sont purement préventif pourrait alors être systématiquement évitées pour les produits alimentaires dans lesquels les seuils en allergènes accidentels n'ont pas été dépassés.

Une condition préalable importante pour fixer des seuils de ce type implique des connaissances sur quelles quantités d'allergènes sont critiques - actuellement connues sous le nom de doses de référence. Les propositions de doses de référence qui ont été publiées par le passé sont actuellement mises à jour et élargies par un groupe d'experts ('VITAL Scientific Expert Panel', VSEP), utilisant des données d'études cliniques et des calculs mathématiques pour les allergènes les plus importants.

Les valeurs vont représenter le niveau actuel des connaissances scientifiques de manière aussi exacte et réaliste que possible, en précisant les quantités d’allergènes susceptibles d’entraîner chez les consommateurs des allergies attendues

avec une certaine probabilité de réaction allergique après consommation.

De nouvelles mises à jour des données et des méthodes de dérivation peuvent en principe faciliter le développement et la spécification des valeurs avec encore plus de précision à l'avenir.

Les nouvelles doses de référence proposées ont été publiées en 2019 sous la rubrique 'VITAL 3.0'.

Cela a abouti à des valeurs nouvelles ou mises à jour pour certaines des substances, par comparaison avec la recommandation précédente 'VITAL 2.0' de 2011 (voir tableau page 8):

Pour les œufs, le lait et les crevettes, les doses de référence ont augmenté.

Pour les lupins, le soja, le blé et le sésame, les valeurs ont diminué.

Pour les noix de cajou, le céleri, le poisson et les noix, les valeurs ont été déterminées pour la première fois.

Pour les arachides, les noisettes et la moutarde, les doses de référence restent inchangées.

Les scientifiques du VSEP ont rapporté une certaine dose déclenchante (eliciting dose ou ED) pour chacun des allergènes étudiés dans 'VITAL 3.0', connu sous le nom de 'ED01'. Si la valeur 'ED01' n'est pas dépassée dans les aliments, il peut donc être déduit que 99% des personnes affectées par chaque allergie sont protégées contre le développement de réactions allergiques objectivement mesurables. Le VSEP a souligné la possibilité que, en vertu de certaines circonstances, des réactions allergiques encore plus graves peuvent survenir pour une petite partie environ des 1% restants ou des personnes souffrant d'allergies.

Une autre limite est que l’étendue des réactions allergiques ne peut pas être prédite avec certitude. En outre, d’autres questions ouvertes et des incertitudes doivent également être prises en compte dans le cadre d'une éventuelle dérivation du seuil.