Coronavirus: Le pathogène aurait pu se propager chez l'homme depuis des décennies, selon une étude

« Coronavirus: Le pathogène aurait pu se propager chez l'homme depuis des décennies, selon une étude », source SCMP du 29 mars.

• Le virus a peut-être sauté de l'animal à l'homme bien avant la première détection à Wuhan, selon une étude d'une équipe internationale de scientifiques
• Les résultats réduisent considérablement la possibilité que le virus soit d'origine biologique, selon le directeur du National Institute of Health des États-Unis.

Selon une étude menée par certains des meilleurs chasseurs de virus du monde, le coronavirus qui cause le Covid-19 aurait pu se propager tranquillement parmi les humains pendant des années, voire des décennies, avant l'éclosion soudaine qui a déclenché une crise sanitaire mondiale.

Des chercheurs des États-Unis, de la Grande-Bretagne et de l'Australie ont examiné des tas de données publiées par des scientifiques du monde entier pour trouver des indices sur le passé évolutif du virus et ont découvert qu'il aurait pu passer de l'animal à l'homme bien avant la première détection dans la ville de Wuhan au centre de la Chine.

Bien qu'il puisse y avoir d'autres possibilités, les scientifiques ont dit que le coronavirus portait une mutation unique qui n'a pas été retrouvée chez les hôtes animaux suspects, mais était susceptible de se produire lors d'infections répétées en petits groupes chez l'homme.

L'étude, menée par Kristian Andersen du Scripps Research Institute en Californie, Andrew Rambaut de l'Université d'Édimbourg en Écosse, Ian Lipkin de l'Université Columbia à New York, Edward Holmes de l'Université de Sydney et Robert Garry de l'Université Tulane à New Orléans, a été publié dans la revue scientifique Nature Medicine le 17 mars.

Le Dr Francis Collins, directeur du National Institute of Health des Etats-Unis, qui n'a pas participé à la recherche, a déclaré que l'étude suggérait un scénario possible dans lequel le coronavirus passait des animaux aux humains avant de devenir capable de provoquer des maladies chez les humains.

« Puis, à la suite de changements évolutifs progressifs au fil des années ou peut-être des décennies, le virus a finalement acquis la capacité de se propager d’humain à humain et de provoquer des maladies graves, souvent mortelles », a-t-il déclaré dans un article publié sur le site Internet de l’Institut jeudi.

En décembre, les médecins de Wuhan ont commencé à remarquer une augmentation du nombre de personnes souffrant d'une mystérieuse pneumonie. Les tests de détection de la grippe et d'autres pathogènes sont restés négatifs. Une souche inconnue a été isolée et une équipe de l'Institut de virologie de Wuhan dirigée par Shi Zhengli a retracé son origine à un virus de chauve-souris retrouvé dans une grotte de montagne près de la frontière sino-birmane.

Les deux virus partageaient plus de 96% de leurs gènes, mais le virus de la chauve-souris ne pouvait pas infecter l'homme. Il manquait une protéine de pointe pour se lier aux récepteurs des cellules humaines.

Des coronavirus avec une protéine de pointe similaire ont ensuite été découverts dans des pangolins malais par des équipes distinctes de Guangzhou et de Hong Kong, ce qui a amené certains chercheurs à croire qu'une recombinaison de génomes s'était produite entre les virus de la chauve-souris et du pangolin.

Mais la nouvelle souche, ou SRAS-Cov-2, avait une mutation dans ses gènes connus sous le nom de site de clivage polybasique qui n'était pas visible dans les coronavirus retrouvés dans les chauves-souris ou les pangolins, selon Andersen et ses collègues.

Cette mutation, selon des études distinctes de chercheurs chinois, français et américains, pourrait produire une structure unique dans la protéine à pointe du virus pour interagir avec la furine, une enzyme largement distribuée dans le corps humain.

Cela pourrait alors déclencher une fusion de l'enveloppe virale et de la membrane cellulaire humaine lorsqu'ils entraient en contact les uns avec les autres.

Certains virus humains, dont le VIH et Ebola, ont le même site de clivage semblable à la furine, ce qui les rend contagieux.

Il est possible que la mutation naturellement appliqué au virus sur des hôtes animaux. Les Sras (syndrome respiratoire aigu sévère) et Mers (syndrome respiratoire du Moyen-Orient), par exemple, auraient été des descendants directs d'espèces retrouvées dans les civettes masquées et les chameaux, qui présentaient une similitude génétique de 99%.

Il n'y avait cependant aucune preuve directe de ce type de nouveau coronavirus, selon l'équipe internationale. L'écart entre les types humains et animaux était trop grand, ont-ils dit, alors ils ont proposé une autre alternative.

« Il est possible qu'un ancêtre du SRAS-CoV-2 ait sauté chez l'homme, acquérant les caractéristiques génomiques décrites ci-dessus par le biais d'une adaptation au cours d'une transmission interhumaine non détectée », ont-ils déclaré dans l’article.

« Une fois acquises, ces adaptations permettraient à la pandémie de décoller et de produire un groupe suffisamment important de cas pour déclencher le système de surveillance qui l'a détectée. »

Ils ont également dit que les modèles informatiques les plus puissants basés sur les connaissances actuelles sur le coronavirus ne pouvaient pas générer une structure de protéine à pointe aussi étrange mais très efficace pour se lier aux cellules hôtes.

L'étude a considérablement réduit, voire exclu, la possibilité d'une origine en laboratoire, a déclaré Collins.

« En fait, tout bioingénieur essayant de concevoir un coronavirus menaçant la santé humaine n'aurait probablement jamais choisi cette conformation particulière pour une protéine à pointe », a-t-il dit.

Les conclusions des scientifiques occidentaux ont fait écho à l'opinion dominante des chercheurs chinois.

Zhong Nanshan, qui conseille Pékin sur les politiques de limitation des épidémies, a déclaré à de nombreuses reprises qu'il y avait de plus en plus de preuves scientifiques suggérant que l'origine du virus n'était peut-être pas en Chine.

« La présence de Covid-19 à Wuhan ne signifie pas qu'il est originaire de Wuhan », a-t-il déclaré la semaine dernière.

Un médecin travaillant dans un hôpital public traitant des patients de Covid-19 à Pékin a déclaré que de nombreux cas d'épidémies de pneumonie mystérieuses avaient été signalés par des professionnels de la santé dans plusieurs pays l'année dernière.

Le réexamen des dossiers et des échantillons de ces patients pourrait révéler plus d'indices sur l'histoire de cette pandémie qui s'aggrave, a déclaré le médecin, qui a demandé à ne pas être nommé en raison de la sensibilité politique du problème.

« Il y aura un jour où tout cela sera mis en lumière. »