Chaque dollar dépensé pour la surveillance de pathogènes d'origine alimentaire par séquençage du génome entier génère un retour sur investissement de 31 dollars, selon une étude

« Une étude suggère que chaque dollar dépensé pour la surveillance des pathogènes d'origine alimentaire par séquençage du génome entier (WGS) aux États-Unis génère un retour sur investissement de 31 dollars », source Food Safety Magazine Editorial Team.

Une nouvelle étude a estimé que chaque dollar investi dans l'analyse par séquençage du génome entier (WGS) pour trois pathogènes majeurs d'origine alimentaire, réalisée par les laboratoires américains du réseau GenomeTrakr, pourrait permettre d'économiser environ 31 dollars en frais de santé évités.

Ces résultats confortent des recherches antérieures, notamment des études menées en Australie et au Canada, qui démontrent les avantages économiques et sanitaires du WGS pour la surveillance nationale des pathogènes d'origine alimentaire.

Publiée dans Journal of Food Protection et dirigée par des chercheurs de la FDA des États-Unis, cette étude a évalué les coûts et les retombées économiques de la surveillance par WGS pour Salmonella enterica, Listeria monocytogenes et Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC). Les chercheurs ont analysé les données relatives aux coûts et aux volumes de séquençage provenant de 23 laboratoires du GenomeTrakr, dont cinq laboratoires de la FDA et 18 laboratoires partenaires (étatiques ou universitaires) soutenus par la FDA, pour la période de 12 mois allant de juillet 2024 à juillet 2025. Afin d'estimer le retour sur investissement global de la surveillance nationale par GenomeTrakr, les chercheurs ont appliqué le coût moyen pondéré par échantillon (observé dans les laboratoires participants) aux séquençages réalisés par les 36 laboratoires nationaux du GenomeTrakr au cours de la même période.

Principaux résultats

Pour l'ensemble des 23 laboratoires ayant fourni des données sur les coûts, le coût moyen pondéré du WGS s'élevait à 286 dollars par échantillon, dans une fourchette allant de 88 à 1 041 dollars. Des volumes de séquençage plus élevés étaient fortement associés à des coûts par échantillon plus faibles, ce qui suggère l'existence d'économies d'échelle pour les laboratoires traitant des volumes plus importants. En s'appuyant sur un modèle d'analyse du seuil de rentabilité issu d'une étude antérieure sur les retombées économiques de la surveillance par séquençage du génome entier (WGS) en matière de réduction des maladies d'origine alimentaire, les chercheurs ont estimé que la surveillance menée dans les 36 laboratoires a permis d'éviter 870 cas de maladie et 53,7 millions de dollars de coûts liés à la santé. Ce bilan inclut, selon les estimations, 579 cas de salmonellose (pour un coût évité de 9,7 millions de dollars), 17 cas de listériose (42,1 millions de dollars) et 274 cas d'infection à STEC (2 millions de dollars).

Au regard d'un coût annuel de la surveillance par WGS estimé à 1,75 million de dollars, le rapport avantages-coûts global s'établit à environ 31 pour 1. Le rendement variait considérablement d'un laboratoire à l'autre, allant de 2,20 dollars à 123,35 dollars de coûts de santé évités par dollar investi. La surveillance de Listeria a généré le rapport avantages-coûts le plus élevé pour un pathogène donné, soit environ 101,52 dollars par dollar dépensé, contre 12,18 dollars pour Salmonella et 3,66 dollars pour les STEC.

Les chercheurs ont également mis au point un outil de calcul avantages-coûts du WGS, accessible au public, qui permet aux laboratoires de saisir leur volume de séquençage et leurs coûts afin d'estimer le nombre de cas évités, les coûts de santé épargnés et les rapports avantages-coûts pour les trois pathogènes.

Limites et conclusions

Les auteurs ont reconnu plusieurs limites. Les estimations du nombre de cas évités reposaient sur des modèles publiés antérieurement, supposant une relation stable entre le volume de séquençage et la réduction de la maladie ; par ailleurs, l'analyse n'intégrait pas les coûts liés aux infrastructures scientifiques et informatiques centralisées. De plus, l'étude ne portait que sur trois pathogènes et excluait les isolats cliniques. Les chercheurs ont donc précisé que les estimations du retour sur investissement devaient être interprétées principalement du point de vue des laboratoires participants, et non de celui de l'ensemble du système de santé publique.

En conclusion, les chercheurs ont estimé que la surveillance génomique fondée sur le WGS constituait un investissement rentable pour la santé publique et que des outils économiques standardisés pourraient aider les laboratoires à démontrer la valeur de leurs activités de surveillance et à orienter les futurs investissements dans les infrastructures de sécurité des aliments.