Détection de Salmonella dans le cadre d'une épidémie liée à des graines de courge de France

Il s’agit de la suite de l’information publiée sur le site du ministère de l’agriculture, et dont le blog vous avait relaté le sujet, ici, le 2 septembre 2026.

« Détection de Salmonella dans le cadre d'une épidémie liée à des graines de courge de France », source article de Joe Whitworth publié le 28 septembre dans Food Safety News.

Des analyses effectuées sur des graines de courge et au sein de l'usine de transformation ont permis de détecter la présence de Salmonella, selon des chercheurs enquêtant sur une épidémie en France.

Une épidémie nationale à Salmonella Enteritidis a touché 81 personnes entre le 3 mai et le 12 août. L'âge médian des patients était de 35 ans et 56 d'entre eux étaient des femmes. Huit personnes ont été hospitalisées et deux se sont présentées aux urgences en raison de leurs symptômes.

Le 30 juillet, le Centre national de référence (CNR) des E. coli, Shigella et Salmonella de l'Institut Pasteur et Santé publique France a signalé une augmentation d'un cluster génomique de Salmonella Enteritidis, avec 49 isolats recensés depuis le mois de mai.

Une étude publiée dans la revue Eurosurveillance a indiqué que les personnes malades étaient majoritairement des femmes, avec un âge médian de 32 ans, et que 17 d'entre elles provenaient d'une même région. Le délai entre l'isolement de la souche par le laboratoire initial et l'obtention des résultats de séquençage est d'environ quatre semaines.

Une avancée grâce à l'Autriche

Santé publique France a mené des enquêtes épidémiologiques par téléphone auprès des cas, en utilisant un questionnaire exhaustif de 25 pages sur les salmonelloses, interrogeant les patients sur leurs expositions alimentaires et environnementales.

Les entretiens visant à formuler des hypothèses ont révélé que la plupart des cas faisaient leurs courses dans l'enseigne Grand Frais. Toutefois, aucun aliment spécifique n'a été identifié. Au fil des investigations, une proportion inhabituellement élevée de patients a signalé la consommation de diverses noix et graines.

Les graines de courge ont une longue durée de conservation, sont souvent consommées crues et sont intégrées dans des mélanges pour en-cas, ce qui complique les enquêtes épidémiologiques et de traçabilité.

En août, un message a été publié sur EpiPulse, une plateforme en ligne permettant aux autorités sanitaires européennes d'échanger des informations sur les épidémies. L'Autriche a signalé un isolat d'origine alimentaire, obtenu en juin à partir de graines de courge importées de Pologne, présentant un profil identique à celui de l'isolat de référence français. La consommation de graines de courge, seules ou en mélange, a par la suite été confirmée pour 21 des 24 patients.

Les enquêtes de traçabilité ont permis d'identifier un producteur de graines de courge qui fournissait l'enseigne Grand Frais. Cette entreprise a fourni les graines, conditionnées dans de grands sacs portant un numéro de lot, à deux prestataires français ; ces derniers les ont soit reconditionnées dans des contenants plus petits pour la vente en vrac, soit préemballées pour une vente directe (seules ou en mélange) en grande distribution.

Prélèvements positifs et contexte général

Des échantillons de graines de courge provenant de l'enseigne Grand Frais, dans leur emballage d'origine, ont été prélevés au domicile de trois personnes touchées. Les trois échantillons se sont révélés positifs à Salmonella Enteritidis, et le séquençage a confirmé un lien génétique avec les cas humains recensés.

Fin août, le fournisseur a procédé au rappel et au retrait des lots de graines de courge commercialisés depuis le mois de mars. Des inspections sur site ont révélé la présence de Salmonella Enteritidis sur deux prélèvements de surface effectués dans l'usine de transformation ; des analyses par séquençage sont en cours.

Les graines incriminées provenaient de jeunes plants importés d'Autriche, puis avaient été cultivées et transformées en France. Les investigations de traçabilité n'ont pas permis d'établir un lien entre le producteur et des graines de courge en provenance de Pologne.

Le système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) a permis d'identifier des exportations vers la Belgique, la Suisse et le Luxembourg. Aucun cas lié à l'épidémie n'a été signalé en Suisse ni en Belgique, mais le Luxembourg a enregistré un cas humain associé le 3 septembre. La personne concernée, tombée malade fin août, avait consommé un mélange de fruits à coque et de raisins secs contenant des graines de courge. L'analyse des prélèvemments des restes de ces produits a confirmé la contamination par la souche épidémique.

Le Royaume-Uni et le Portugal ont également signalé des isolats appartenant au même groupe épidémique. Le patient britannique avait séjourné en France de la mi-juillet au début du mois d'août et a présenté des symptômes la semaine suivant son retour au Royaume-Uni, mais aucune information n'est disponible quant à une éventuelle consommation de graines de courge. L'isolat provenant du Portugal date de mai 2026, mais aucun lien n'a pu être établi avec la France ou avec des graines de courge.

Commentaire

Aucune information n’a été publiée en France mais uniquement sur le site européen de la revue Eurosurveillance et seulement disponible en anglais.