Eclairage sur Campylbacter en Nouvelle-Zélande et en France

1. Un article récemment paru dans Journal of the Royal Society of New Zealand, traite de la « Detection of Antibiotic‐Resistant Campylobacter on Retail Chicken in New Zealand: A Sentinel Survey » ou Détection de Campylobacter résistant aux antibiotiques dans le poulet vendu au détail en Nouvelle-Zélande : une enquête sentinelle.

Résumé

Les antibiotiques sont essentiels pour traiter et prévenir les infections chez l'homme, l'animal et les végétaux. Toutefois, l'utilisation d'antimicrobiens, en particulier lorsqu'elle est inutile ou inappropriée, a contribué à l'émergence et à la propagation de l'antibiorésistance. La transmission par voie alimentaire de bactéries résistantes aux antibiotiques constitue une préoccupation croissante de santé publique, notamment via la volaille contaminée par Campylobacter jejuni.

Cette étude a examiné la prévalence de la contamination par Campylobacter et l'antibiorésistance associée dans du poulet réfrigéré acheté dans le commerce en Nouvelle-Zélande. Campylobacter a été détecté dans 50 % (12/24 ; IC à 95 % : 31,3 %-68,7 %) des échantillons grâce à des méthodes de culture sélective, de PCR et de séquençage.

Parmi les isolats confirmés, des taux élevés de résistance à la tétracycline (92 %) et à la ciprofloxacine (83 %) ont été observés, tandis que 83 % des isolats étaient sensibles à l'érythromycine. Aucun isolat ne s'est révélé totalement sensible à l'ensemble des antibiotiques testés. Ces résultats préliminaires indiquent que des souches de Campylobacter résistantes aux antibiotiques peuvent être détectées dans le poulet réfrigéré vendu au détail en Nouvelle-Zélande ; ils soulignent la nécessité de mener des études de surveillance probabilistes de plus grande envergure afin d'établir des estimations nationales de la prévalence et de la résistance. La poursuite de la surveillance, l'adoption de politiques plus strictes concernant les produits avicoles contaminés et le développement d'alternatives aux antibiotiques classiques sont recommandés pour protéger la santé publique.

Discussion

Les auteurs soulignent, « nos données indiquent que la résistance aux antimicrobiens de première intention reste fréquente dans les produits de volaille vendus au détail. Les implications de ces résultats en matière de politique publique doivent être examinées dans le contexte du cadre actuel de sécurité sanitaire des aliments en Nouvelle-Zélande. Des études antérieures ont souligné la faible sensibilisation des consommateurs à la contamination des volailles crues par Campylobacter et ont proposé l'apposition d'un étiquetage d'avertissement obligatoires comme stratégie potentielle de réduction des risques. Si l'étiquetage peut attirer l'attention sur le risque au moment de l'achat, des campagnes d'éducation du public complètes, axées sur les bonnes pratiques de préparation des aliments, seraient probablement plus efficaces pour prévenir la campylobactériose. D'autres mesures réglementaires envisageables incluent le durcissement des objectifs de performance concernant Campylobacter sur les carcasses lors de la transformation et/ou la restriction de la vente de poulet réfrigérés dépassant les seuils de contamination convenus. Il a été démontré que la congélation réduit considérablement la charge en Campylobacter ; certaines juridictions encouragent donc les consommateurs à privilégier l'achat de volaille surgelée afin de limiter les risques. L'optimisation des contrôles industriels, le renforcement de l'éducation des consommateurs et le développement d'alternatives à l'utilisation traditionnelle d'antimicrobiens ou les peptides antimicrobiens pourraient contribuer à réduire la pression de sélection antibiotique tout en préservant le bien-être animal. »

En conclusion, le poulet vendu au détail en Nouvelle-Zélande demeure un vecteur potentiel de transmission de souches de Campylobacter résistantes aux antimicrobiens. Une surveillance continue et des réponses coordonnées de la part du secteur seront essentielles pour limiter la propagation de Campylobacter résistant et protéger la santé publique.

2. Un peu auparavant l’article en Nouvelle-Zélande, un article paru Antimicrobial Agents and Chemotherapy traite de la « Contributions of whole-genome sequencing to the epidemiological monitoring of Campylobacter spp. in France » ou Apport du séquençage du génome entier à la surveillance épidémiologique de Campylobacter spp. en France.

Résumé

Les techniques de séquençage de nouvelle génération ont révolutionné l'épidémiologie et la compréhension des infections à Campylobacter spp. Dans cette étude, nous présentons les résultats d'une analyse par séquençage de nouvelle génération (NGS) réalisée en 2024 sur 2 360 souches de Campylobacter spp. isolées en France, incluant 1 959 souches de Campylobacter jejuni, 358 de Campylobacter coli et 43 de Campylobacter fetus. Nous décrivons la diversité des souches en circulation et dressons un panorama des principaux mécanismes de résistance aux antibiotiques. Nous avons identifié divers mécanismes de résistance, notamment vis-à-vis des pénicillines du groupe A. Il convient de souligner l'identification d'un nouveau promoteur en amont du gène codant pour une bêta-lactamase. À l'aide de marqueurs d'attribution de source pour C. jejuni et C. coli, nous avons identifié la volaille comme le principal vecteur d'infection par ces deux espèces. Toutefois, la viande de ruminant est à l'origine d'une proportion significative d'infections à C. jejuni en France. Cette étude démontre comment une stratégie de séquençage permet de générer des données à grande échelle et à haute résolution pour mieux comprendre les infections à Campylobacter spp.

Dans l’introduction à cet article, les auteurs indiquent, « Grâce à la culturomique, le rôle de Campylobacter spp. dans l'épidémiologie des diarrhées infectieuses aiguës est mieux compris. Campylobacter est désormais considéré comme la principale étiologie, occupant une place encore plus centrale que la salmonellose. »

Dans la discussion, les auteurs rapportent :

C. jejuni était l'espèce prédominante dans notre étude, ce qui concorde avec l'épidémiologie des infections à Campylobacter spp. en France et dans d'autres pays industrialisés.

La volaille constitue la principale source d'infection par C. jejuni et C. coli. En France, les ruminants sont à l'origine d'une proportion importante des infections à C. jejuni, tandis que les porcs sont responsables d'une part plus limitée des infections à C. coli. Ces données concordent avec nos analyses antérieures et diffèrent de celles observées dans d'autres pays.

La surveillance stricte des clones de Campylobacter spp. se poursuit et sera encore renforcée dans les années à venir grâce à des études menées en collaboration avec Santé publique France et l'Anses.

Nous estimons que les données présentées apportent un éclairage nouveau sur les infections à Campylobacter spp., en particulier en France. Dans les années à venir, nous suivrons les données relatives à l'antibiorésistance et à l'attribution des sources ; celles-ci pourront servir de base à des études comparatives pour d'autres laboratoires souhaitant mettre en œuvre une approche de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le cadre de l'étude systématique des infections à Campylobacter spp.