«Contribution des omiques à la bioconservation : Vers une ingénierie du microbiome alimentaire», Source information diffusée par Actalia le 6 mars 2023.
La bioconservation est une approche durable pour améliorer la sécurité alimentaire et maintenir ou prolonger la durée de conservation des aliments en utilisant des micro-organismes bénéfiques ou leurs métabolites. Au cours des 20 dernières années, une gamme de méthodes comprenant la génomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique et les dérivés méta-omiques ont mis en évidence le potentiel de la bioconservation pour améliorer la sécurité microbienne de divers aliments.
Cet article de revue montre comment ces approches ont contribué à la sélection des agents de bioconservation, à une meilleure compréhension des mécanismes d’action et de leur efficacité et impact au sein de l’écosystème alimentaire. Il présente également le potentiel de combiner les omiques avec des approches complémentaires pour mieux prendre en compte la complexité des microbiomes alimentaires à plusieurs échelles, de la cellule à la communauté, et leur hétérogénéité spatiale, physico-chimique et microbiologique. Les dernières avancées en bioconservation par les omiques ont souligné l’importance de considérer l’alimentation comme un microbiome complexe et dynamique qui nécessite des stratégies d’ingénierie intégrées pour augmenter le taux de production d’innovation afin de répondre aux enjeux sécuritaires, environnementaux et économiques du secteur agroalimentaire.
Dans la conclusion, les auteurs indiquent,
Les outils omiques sont devenus incontournables dans le domaine de la bioconservation, tant pour sélectionner des agents innovants que pour étudier leur efficacité, leur mécanisme d'action et leur impact sur l'écosystème alimentaire. Ces approches ont révélé la diversité et la complexité des mécanismes moléculaires responsables de l'activité protectrice des agents de bioconservation. Ils ont apporté des connaissances fondamentales sur les enjeux de la biopréservation en termes de description des communautés (taxonomie), d'interactions biotiques et d'impact sur la qualité organoleptique du produit. Ils ont également montré que le microbiote alimentaire joue un rôle majeur dans la bioconservation en agissant positivement ou négativement. Il est maintenant clair que le microbiote alimentaire doit, à l'avenir, être pleinement intégré dans le processus d'ingénierie des systèmes de bioconservation pour amener le domaine dans la dimension de l'ingénierie du microbiome alimentaire, afin qu'il puisse également jouer son rôle protecteur contre les agents pathogènes et les micro-organismes d'altération. comme servir son but technologique. De plus, au-delà du fonctionnement du microbiome alimentaire, ce procédé d'ingénierie doit mieux intégrer ses interconnexions avec les autres microbiomes (sol, eau, végétal, animal et consommateur) pour ne pas perturber leur fonctionnement voire contribuer à leur équilibre. A cet égard, des efforts doivent être poursuivis pour exploiter davantage les approches multi-omiques et les combiner avec d'autres approches complémentaires prenant en compte l'hétérogénéité des microorganismes au niveau de matrice alimentaire.
