Le séquençage du génome entier dans le domaine de la sécurité des aliments : obstacles non techniques et opportunités , en vue d’une utilisation mondiale accrue

« Le séquençage du génome entier dans le domaine de la sécurité des aliments : obstacles non techniques et opportunités, en vue d'une utilisation mondiale accrue », source article de Martin Wiedmann paru le 19 octobre dans Food Safety Magazine.

Je relaie cet article en Français en précisant qu’il ne contient que l’introduction et le volet sur les principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie, qui sont, à mon sens, les éléments les plus importants.

Points essentiels à retenir

• Le séquençage du génome entier (en anglais, WGS, pour Whole Genome Sequencing) est désormais un outil éprouvé et largement utilisé pour caractériser les agents pathogènes d’origine alimentaire, enquêter sur les épidémies, tracer la source d’une contamination et assurer une surveillance réglementaire.
• Les entreprises alimentaires peuvent exploiter le séquençage du génome entier pour renforcer l’analyse des causes profondes, identifier des souches persistantes, détecter des contaminations croisées en laboratoire et mieux délimiter le périmètre des rappels de produits.
• L’incertitude juridique et réglementaire demeure un frein majeur à son adoption par l’industrie, notamment en ce qui concerne le partage des données, les conséquences liées à l’application des réglementations et la responsabilité juridique potentielle.
• Les attentes des autorités réglementaires évoluent ; l’Union européenne impose désormais aux entreprises alimentaire et de l’alimentation animale de fournir, sur demande, des isolats de pathogènes ainsi que les données de séquençage du génome entier correspondantes dans le cadre d’investigations sur des épidémies.
• Les entreprises alimentaires devraient évaluer stratégiquement les risques et les avantages liés à l’utilisation, ou à la non-utilisation, du séquençage du génome entier, en sollicitant l’avis d’experts en sécurité sanitaire des aliments, en droit, en bio-informatique et en gestion des risques d’entreprise.

Le séquençage du génome entier, qui permet de lire le code génétique complet d’un micro-organisme, est devenu un outil incontournable de la sécurité des aliments moderne. En décodant les quelque 3 à 10 millions de ‘lettres’ (nucléotides) qui constituent le génome de différentes bactéries, le séquençage du génome entier génère une empreinte génétique extrêmement précise. Celle-ci permet de déterminer si deux isolats bactériens (comme Listeria monocytogenes ou Salmonella) sont si étroitement apparentés qu’ils proviennent probablement de la même source et/ou témoignent d’une chaîne de contamination récente.

Si le séquençage du génome entier offre un pouvoir discriminant élevé, ses données ne suffisent pas, à elles seules, à établir un lien de causalité. Toutefois, lorsqu’elles sont combinées à d’autres éléments (données épidémiologiques et résultats d’investigations, par exemple), elles fournissent des informations précieuses pour identifier les sources probables d’agents pathogènes ou leurs voies de transmission. Ces éléments permettent ensuite d’identifier, de maîtriser et, potentiellement, d’éliminer les sources de contamination (par exemple, des ingrédients contaminés).

Depuis que le CDC des États-Unis ont, pour la première fois en 2013, utilisé le séquençage du génome entier dans le cadre d’une épidémie d’origine alimentaire, cette technologie a transformé les pratiques de santé publique. Elle constitue désormais la norme de référence pour la caractérisation des isolats cliniques des principaux agents pathogènes d’origine alimentaire, aux États-Unis, au Canada et dans une grande partie de l’Europe. La base de données Pathogen Detection du National Center for Biotechnology Information contient des données de séquençage du génome entier relatives à plus d’un million d’isolats d’agents pathogènes provenant d’êtres humains, de denrées alimentaires et de divers environnements à travers le monde. Outre la détection des épidémies, les organismes publics utilisent de plus en plus les données du séquençage du génome entier pour établir un lien entre des épisodes de contamination et des sources spécifiques, et pour orienter les mesures d’application de la réglementation.

Pour les responsables de la sécurité des aliments (par exemple, les vice-présidents, les directeurs qualité et les cadres chargés du management des risques en entreprise), les implications liées à une utilisation accrue du séquençage du génome entier et à la disponibilité de cette technologie sont considérables. Le séquençage du génome entier n’est plus une simple technologie de recherche en cours d’évaluation pour un usage futur potentiel ; il s’agit désormais d’un outil largement déployé par les agences de santé publique et les autorités réglementaires dans un nombre croissant de pays. Il fournit des données qui augmentent la probabilité d’identifier un produit, un fournisseur et/ou une installation de transformation spécifique comme étant à l’origine d’une épidémie. Par conséquent, prendre des décisions stratégiques, réfléchies et éclairées concernant l’utilisation du séquençage du génome entier (ou d’autres méthodes de sous-typage) devient rapidement un enjeu majeur pour les responsables de la sécurité des aliments.

Cet article dresse un état des lieux de l’adoption du séquençage du génome entier, examine les risques et les avantages liés à son utilisation par le secteur, identifie les obstacles non techniques qui freinent encore son déploiement, et propose des recommandations pour aider les professionnels de la sécurité des aliments et leurs organisations à appréhender ce paysage en constante évolution. Notre thèse centrale est que le séquençage du génome entier est une technologie mature et fiable, capable d’apporter une valeur ajoutée significative à l’industrie alimentaire. Les questions essentielles à aborder dès maintenant sont les suivantes : comment évaluer correctement les risques et les avantages des différentes applications et modalités de déploiement du séquençage du génome entier, afin de décider stratégiquement de son utilisation (ou de sa non-utilisation) ? Comment, par ailleurs, minimiser les risques tout en maximisant les bénéfices liés à son emploi ? Un défi majeur pour l’ensemble de la communauté œuvrant dans le domaine de la sécurité des aliments consiste à élaborer et à mettre en œuvre des stratégies garantissant que le cadre juridique et réglementaire permette une adoption plus large du séquençage du génome entier.

Les lecteurs souhaitant approfondir le sujet peuvent également consulter un article plus détaillé, soumis à un comité de lecture et publié dans la revue Food Protection Trends en début de l’année 2026 ; l’élaboration de cet article a bénéficié du soutien de l’organisation SSAFE, ce qui souligne, s’il en était besoin, l’importance capitale de cette thématique.

Principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie

Le séquençage du génome entier peut apporter une valeur ajoutée à de nombreuses applications en matière de sécurité alimentaire. Le tableau 1 présente un aperçu simplifié des principales applications et de leurs principaux avantages pour les acteurs de l'industrie alimentaire.

Détection des épidémies et enquête plus rapide. L'utilisation du séquençage du génome entier en santé publique pour détecter les épidémies de maladies d'origine alimentaire est l'application la plus connue, et ses avantages profitent directement à l'industrie. Le séquençage du génome entier permet aux agences de santé publique de détecter des épidémies de plus petite ampleur et s'étalant sur des périodes plus longues qu'auparavant. Une détection plus précoce signifie moins de cas humains et peut se traduire par des rappels de produits potentiellement plus restreints, ainsi que par une réduction des risques juridiques, financiers et d'atteinte à la réputation pour l'entreprise concernée.

Rapidité et précision du traçage des sources. La caractérisation par séquençage du génome entier d'isolats provenant de multiples maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients de différents fournisseurs, zones environnementales d'usines de transformation et produits finis) permet d'établir ou d'exclure rapidement les liens de contamination, ce qui nécessiterait autrement des semaines d'investigation traditionnelle. Par exemple, une étude a démontré que le séquençage du génome entier surpasse largement le sous-typage traditionnel pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires de Listeria monocytogenes .

Des travaux ultérieurs sur des isolats provenant d'usines de conditionnement de produits frais ont illustré plus en détail comment les données séquençage du génome entier, en particulier si elles sont partagées entre les installations, peuvent faciliter la différenciation entre la persistance et la réintroduction de la bactérie.

Détection et gestion des souches persistantes.  La surveillance environnementale basée sur le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet d'identifier la récurrence d'un même sous-type de pathogène au fil du temps dans une installation, un schéma caractéristique de la persistance du pathogène. L'enquête menée en 2024 auprès de 18 entreprises alimentaires, mentionnée précédemment, a confirmé que 62 % des entreprises ayant répondu utilisent désormais le séquençage du génome entier pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires, une pratique ayant des implications opérationnelles directes. Une fois la persistance identifiée et localisée à des équipements ou des zones environnementales spécifiques, les entreprises peuvent cibler précisément leurs investissements et leurs améliorations en matière de nettoyage-désinfection, plutôt que d'appliquer des interventions générales et moins rentables à l'ensemble de l'installation.

Détection des contaminations croisées en laboratoire. Les faux positifs aux essais de dépistage d'agents pathogènes, dus à des contaminations croisées en laboratoire, peuvent entraîner des rappels de produits, des mesures réglementaires et des ruptures de la chaîne d'approvisionnement, avec des conséquences financières majeures. Le séquençage du génome entier permet d'identifier ces faux positifs en démontrant qu'un isolat provenant d'un échantillon positif est génétiquement identique à une souche de contrôle du laboratoire, et non le résultat d'une véritable contamination environnementale ou du produit. Au moins un important rappel de produits en Amérique du Nord a été annulé après que le séquençage du génome entier a démontré de manière concluante que l'erreur de laboratoire, et non une contamination du produit, était à l'origine de la mesure initiale. Le coût financier et réputationnel d'un rappel injustifié justifie à lui seul l'investissement dans le séquençage du génome entier .

Caractérisation rapide et complète des isolats. Le séquençage du génome entier permet d'obtenir simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type, remplaçant ainsi plusieurs méthodes traditionnelles réalisées séquentiellement. Cette richesse d'informations favorise une prise de décision plus éclairée, fondée sur l'analyse des risques. Par exemple, la caractérisation par séquençage du génome entier peut révéler si un pathogène détecté appartient à une lignée associée à un risque accru ou réduit de maladie chez l'humain, permettant ainsi une réponse réglementaire et commerciale plus ciblée, plutôt qu'une action préventive systématique et automatique.

Confirmation des résultats de détection ambigus. Le séquençage du génome entier permet de résoudre les identifications ambiguës et, par exemple, de distinguer les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes apparentés susceptibles de générer des faux positifs avec les tests de détection classiques et rapides. Une confirmation plus rapide et définitive peut réduire la période d'incertitude durant laquelle des mises en quarantaine préventives coûteuses sont nécessaires et peut parfois permettre d'éviter les rappels ou la destruction de produits.

Analyse des causes profondes . Le séquençage du génome entier peut s'avérer un outil efficace pour l'analyse des causes profondes. Par exemple, lorsqu'un pathogène est détecté dans un établissement (par exemple, dans un prélèvement environnemental, un ingrédient ou un produit fini), le séquençage du génome entier de l'isolat permet de déterminer rapidement s'il correspond à des isolats antérieurs provenant du même établissement, d'une zone environnementale spécifique ou d'un fournisseur. Cette information oriente l'enquête et guide les mesures correctives, réduisant ainsi le temps et le coût d'identification des sources de contamination. De plus, le séquençage du génome entier peut contribuer à écarter certaines hypothèses de contamination, par exemple en établissant qu'un résultat positif sur un produit fini ne correspond pas aux isolats environnementaux.

Ciblage plus précis des rappels. Dans certains cas, les données séquençage du génome entier peuvent aider l'industrie à mieux définir et justifier le périmètre d'un rappel. Une analyse détaillée de ces données, combinée à d'autres informations telles que les registres de production, les données épidémiologiques et le calendrier des interventions sanitaires, permet de déterminer quels lots, lignes ou dates de production sont susceptibles d'être concernés. Plus précisément, les organismes chargés de la réglementation pourraient exiger de plus en plus de données séquençage du génome entier (ou d'autres techniques de sous-typage) pour démontrer que deux résultats positifs à un pathogène (par exemple, obtenus à partir d'échantillons environnementaux prélevés dans une installation, avec plusieurs mois d'intervalle entre les deux résultats) représentent vraisemblablement des événements indépendants plutôt qu'une persistance. L'incapacité à exclure une persistance peut souvent entraîner des rappels plus importants et plus coûteux.

Tableau 1. Principales applications du séquençage du génome entier et leurs avantages pour les acteurs de l'industrie alimentaire ( Crédit : Adapté de Wiedmann et Neumann)

Suivi de la source	La caractérisation séquençage du génome entier des isolats provenant de plusieurs maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients, environnements de transformation, produits finis) peut aider à identifier ou à exclure les sources de contamination.	Une identification plus rapide et précise des sources de contamination permet une action corrective ciblée. Bénéficiaires : l’industrie alimentaire.
Détection de persistance	Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) d'isolats environnementaux suivis au fil du temps identifie des souches récurrentes compatibles avec la persistance d'agents pathogènes dans une installation de traitement.	Permet des investissements ciblés et des améliorations en matière d'assainissement sur les sites de contamination persistante, plutôt que des interventions générales à l'échelle de l'établissement. Bénéficiaires : l'industrie alimentaire.
Détection de la contamination croisée en laboratoire	Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet de distinguer les véritables positifs aux agents pathogènes des faux positifs causés par une contamination croisée en laboratoire lors du traitement des échantillons.	Permet d'éviter les rappels de produits et les mesures réglementaires coûteux et injustifiés. Bénéficiaires : industrie alimentaire, laboratoires d'analyse.
Caractérisation complète de l'isolat	Le séquençage du génome entier fournit simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type.	Une caractérisation plus rapide et plus complète peut faciliter la prise de décision fondée sur les risques. Bénéficiaires : industrie alimentaire, agences de santé publique.
Confirmation des résultats de détection	Le séquençage du génome entier peut résoudre les résultats de détection ambigus et permettre de différencier les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes étroitement apparentés qui peuvent déclencher des faux positifs avec les essais de pathogènes pathogènes. classiques et moléculaires.	Un règlement plus rapide réduit la durée des mesures préventives coûteuses. Bénéficiaires : industrie alimentaire, organismes de réglementation, laboratoires d’analyse.
Analyse des causes profondes	Les données séquençage du génome entier provenant d'isolats environnementaux, d'ingrédients et de produits peuvent cibler les enquêtes sur la contamination et aider à confirmer ou à infirmer les hypothèses de contamination.	Réduit les délais et les coûts d'enquête ; prévient les rappels de produits inutiles en établissant ou en excluant les liens de contamination. Bénéficiaires : industrie alimentaire.

Obstacles non techniques à l’adoption par l’industrie, aux États-Unis et dans le monde

Malgré les avantages commerciaux potentiels du séquençage du génome entier, son adoption au sein de l’industrie alimentaire demeure inégale et prudente. Les obstacles les plus fréquemment mentionnés, tant dans une enquête menée lors d’un atelier en 2019 que dans une enquête de suivi en 2024, ne sont pas de nature technique ; ils sont d’ordre juridique, réglementaire, organisationnel et financier. Il convient de noter qu’un grand nombre de questions techniques concernant la reproductibilité et la normalisation du séquençage du génome entier ont été résolues. Par exemple, la norme ISO 23418:2022 fournit un cadre de mise en œuvre solide, applicable à différentes plateformes de séquençage ; par ailleurs, les experts s’accordent à dire que les résultats obtenus par séquençage du génome entier sur différentes plateformes sont généralement comparables, dès lors que les analyses sont effectuées par du personnel expérimenté. Par conséquent, il est nécessaire de concentrer les efforts de l’industrie et des pouvoirs publics sur la levée des principaux obstacles non techniques, comme détaillé ci-dessous.

Incertitude juridique. L’obstacle à l’adoption le plus souvent cité, et le plus marquant, est le risque juridique. Dans l’enquête de 2024, 81 % des répondants ont indiqué que les implications réglementaires influeraient sur leurs pratiques en matière de séquençage du génome entier ; l’incertitude juridique constitue également un frein majeur au partage de données avec les organismes chargés de la réglementation. Une préoccupation concerne le fait que les données du séquençage du génome entier déposées dans des bases de données publiques, telles que la base de données Pathogen Detection du NCBI, demeurent accessibles en permanence aux autorités réglementaires, aux avocats des parties plaignantes, aux concurrents, aux clients et aux médias, sans aucune prescription. Il existe également une crainte que les données générées par une entreprise pour ses besoins internes ne soient utilisées dans le cadre de procédures judiciaires, d’une manière non prévue ni autorisée par l’entreprise à l’origine de ces données. Enfin, les principes de responsabilité du fait des produits et de responsabilité objective (ou de responsabilité sans faute), en vigueur tant aux États-Unis qu’au sein de l’Union européenne, font peser un risque réel : les preuves issues du séquençage du génome entier, attestant d’une contamination persistante par des agents pathogènes, pourraient accroître considérablement l’exposition juridique d’une entreprise en cas d’épidémie.

Ambiguïté réglementaire. Il existe actuellement peu de directives transparentes et publiées, émanant des autorités réglementaires, précisant la manière dont les données du séquençage du génome entier seront utilisées et/ou prises en compte dans les décisions d’application de la réglementation. L’interprétation des mesures de similarité issues du séquençage du génome entier (par exemple, ce qui constitue une ‘correspondance’), y compris la manière dont sont interprétées les différences au niveau des polymorphismes nucléotidiques simples (ou SNP pour single nucleotide polymorphism) ou des allèles entre différents isolats, dépend étroitement du contexte. Parmi les facteurs pertinents, on peut citer le temps de génération de l'organisme, l'environnement dans lequel les isolats ont été prélevés, ainsi que la qualité des données épidémiologiques et autres métadonnées associées. Bien qu'il existe un consensus clair sur l'impossibilité d'établir des seuils rigides pour interpréter les différences au niveau des SNP et des allèles, il est nécessaire de disposer de directives d'interprétation précises et d'études de cas illustrant la manière dont le séquençage du génome entier et d'autres données sont combinés pour tirer des conclusions sur les liens de causalité. En l'absence de telles informations, les entreprises ne peuvent évaluer avec certitude la valeur probante de leurs propres données du séquençage du génome entier, dans l'éventualité où celles-ci seraient consultées par une autorité chatgée de la réglementation ou une partie adverse.

Les risques et les avantages varient selon la juridiction. Le cadre juridique et réglementaire régissant l'utilisation du séquençage du génome entier diffère considérablement d'un pays à l'autre, voire entre différentes autorités réglementaires au sein d'un même pays (par exemple, l'USDA et la FDA aux États-Unis). Les lois sur la protection des données applicables aux données du séquençage du génome entier, les obligations de déclaration, le degré d'ouverture des bases de données nationales sur le séquençage du génome entier, ainsi que les principes de responsabilité du fait des produits, varient d'une juridiction à l'autre. Une entreprise alimentaire opérant à l'échelle mondiale doit naviguer dans ce paysage fragmenté, en l'absence de directives unifiées. Ce défi est particulièrement marqué pour les petites et moyennes entreprises, qui disposent de ressources juridiques et techniques limitées.

Lacunes en matière de personnel et d'organisation. L'interprétation des données du séquençage du génome entier exige une expertise spécialisée en bio-informatique, une compétence rare dans la plupart des entreprises alimentaires. Dans l'enquête de 2024, 31 % des répondants ont indiqué ignorer quelles plateformes bio-informatiques étaient utilisées par leur organisation, ce qui suggère que l'analyse par séquençage du génome entier est souvent isolée des processus décisionnels courants en matière de sécurité sanitaire des aliments. Même lorsque l'expertise technique est présente, elle n'est pas toujours intégrée aux cadres de management des risques de l'entreprise ; les décisions liées au séquençage du génome entier (y compris celles concernant sa mise en œuvre) se retrouvent alors dépourvues du contexte opérationnel nécessaire aux décideurs de haut niveau, qui doivent pourtant évaluer l'ensemble des risques et des avantages en jeu.

Coût. Bien que le coût du séquençage ait diminué au fil des ans, le séquençage du génome entier demeure onéreux par rapport à d'autres outils de sous-typage. L'investissement supplémentaire peut se justifier au regard des avantages qu'offre le séquençage du génome entier par rapport à d'autres méthodes. Toutefois, certaines entreprises estiment que le ’coût d'opportunité‘, c'est-à-dire la valeur des autres investissements en matière de sécurité des aliments qui pourraient être réalisés avec les mêmes ressources, demeure trop élevé. Ces arbitrages sont souvent évalués dans le cadre du management des risques à l’échelle de l’entreprise et peuvent influencer les budgets ainsi que les priorités en matière d’essais.

Recommandations pour l'avenir

Pour exploiter pleinement le potentiel du séquençage du génome entier en matière de sécurité des aliments, une action coordonnée entre les gouvernements, les organismes chargés de la réglementation, l'industrie, les organisations internationales et le monde universitaire est indispensable. Des exemples de priorités potentiellement critiques sont détaillés ci-dessous.

Mettre en place des mécanismes de protection pour les données de séquençage du génome entier partagées volontairement. Un changement de politique potentiellement important consisterait à créer des mécanismes de protection protégeant les entreprises de toute action juridique ou réglementaire défavorable lorsqu'elles génèrent et partagent volontairement et de bonne foi des données du séquençage du génome entier. Un modèle convaincant existe dans le domaine de la sécurité aérienne : le système de signalement de la sécurité aérienne (ASRS) de la Federal Aviation Administration américaine garantit que les données de sécurité signalées volontairement ne seront pas utilisées contre les déclarants lors de procédures d'application de la loi, sous réserve de conditions définies et raisonnables. Un mécanisme de protection comparable en matière de sécurité des aliments, avec des protections raisonnables mais non illimitées, pourrait fondamentalement modifier l'évaluation des risques et des avantages liés à l'adoption du séquençage du génome entier par l'industrie, sans compromettre l'autorité réglementaire légitime dans les situations d'application de la loi.

Favoriser des discussions approfondies sur les risques et les avantages au sein de l'industrie. Les entreprises alimentaires devraient mener des analyses structurées avec leurs conseillers juridiques, des experts en bio-informatique et les responsables de la sécurité des aliments afin d'évaluer les risques et les avantages des différents niveaux et types de mise en œuvre du séquençage du génome entier, par exemple, son utilisation uniquement sur les résultats positifs des produits finis, ou sur les résultats positifs des produits finis et de l'environnement. Les questions clés abordées pourraient inclure :

• Comment les résultats du séquençage du génome entier seront-ils stockés, protégés et communiqués en interne ?
• Dans quelles circonstances les résultats pourraient-ils être accessibles à des tiers ?
• Quelles sont les obligations de déclaration applicables dans chaque juridiction ?

Il est essentiel que ces discussions évaluent rigoureusement les avantages de l'utilisation du séquençage du génome entier (avec le tableau 1 fournissant un point de départ à cet effet), ainsi que les risques liés à sa non-utilisation. Parmi les risques associés à la non-utilisation du séquençage du génome entier, on peut citer des mesures correctives moins ciblées ou moins efficaces, ou l'incapacité de démontrer que des détections de pathogènes espacées dans le temps représentent des événements indépendants plutôt qu'une persistance.

Renforcer l'utilisation internationale sans compromettre les capacités fondamentales. Une harmonisation internationale continue des normes de données, des pratiques de déclaration et des règles d'accès aux bases de données de séquençage du génome entier réduirait l'incertitude pour les entreprises opérant à l'échelle mondiale et améliorerait la valeur des données partagées pour la santé publique. Toutefois, cette expansion ne doit pas se faire au détriment des infrastructures fondamentales de la santé publique et de la sécurité des aliments. Le séquençage du génome entier exige des données épidémiologiques et de surveillance rigoureuses, ainsi que des métadonnées ; investir dans le séquençage du génome entier sans investir proportionnellement dans la santé publique et la sécurité des aliments pourrait s’avérer contre-productif. Même dans les pays dotés de programmes de séquençage du génome entier performants, le maintien de capacités épidémiologiques adéquates demeure une priorité.

Assurer la transparence réglementaire quant à l’interprétation des données. Les organismes chargés de la réglementation et de la santé publique devraient publier des directives claires et accessibles sur la manière dont les données de séquençage du génome entier sont utilisées et interprétées dans le cadre des décisions d’application de la réglementation. Ces directives devraient inclure des études de cas illustrant comment les SNP ou d’autres mesures de différences génétiques, les données épidémiologiques et d’autres informations sont intégrés pour tirer des conclusions sur l’attribution des épidémies ou la persistance des pathogènes. Cette transparence est essentielle pour permettre à l’industrie de prendre des décisions éclairées quant à l’adoption de ces technologies et de contester les interprétations réglementaires lorsque cela est justifié.

Considérer l’ensemble des outils de sous-typage. Le séquençage du génome entier n’est pas la seule approche de sous-typage moléculaire. Les entreprises évoluant dans des environnements à haut risque juridique doivent savoir que d'autres méthodes de sous-typage (telles que l'électrophorèse en champ pulsé ou PFGE) peuvent fournir des informations utiles dans certains contextes, à moindre coût, avec des délais d'exécution plus courts et probablement avec un risque juridique et réglementaire plus faible. Bien qu'aucune des alternatives disponibles n'égale le séquençage du génome entier en termes de pouvoir discriminant, d'étendue des informations ou de valeur analytique pour les enquêtes complexes sur la contamination, elles peuvent s'avérer utiles pour certaines applications et être combinées à un recours ciblé au séquençage du génome entier.

Conclusion

Le séquençage du génome entier est devenu la méthode de référence pour la caractérisation des pathogènes d'origine alimentaire dans les contextes de santé publique et réglementaires de nombreux pays à revenu élevé, et son utilisation ne cesse de s'étendre. La technologie est mature et reproductible, même si le coût et les délais d'exécution peuvent encore constituer un obstacle. Surtout, la norme ISO 23418:2022 fournit un cadre de mise en œuvre robuste pour différentes plateformes de séquençage, et les problèmes de reproductibilité technique ont été en grande partie résolus. Dès lors, les questions clés auxquelles est confrontée l'industrie alimentaire sont les suivantes :

• Comment évaluer stratégiquement les risques et les avantages du séquençage du génome entier dans le contexte juridique et réglementaire actuel ?
• Comment utiliser le SGE compte tenu des risques actuels?

Les obstacles à une adoption plus large par l'industrie sont réels, mais pas insurmontables. L'incertitude juridique, l'ambiguïté réglementaire et les pénuries de main-d'œuvre sont des problèmes surmontables, moyennant une volonté politique, une transparence réglementaire et des investissements soutenus. Les outils et les cadres permettant de surmonter ces obstacles existent en grande partie ; ce qui fait défaut, c’est une réelle volonté de les mettre en œuvre, idéalement par le biais d’une véritable collaboration public-privé, un modèle qui a permis d’améliorer la sécurité dans d’autres secteurs complexes et réglementés, comme celui de l’aviation. Il est crucial de comprendre qu’un risque nul en matière de sécurité des aliments est inatteignable, voire indésirable ; l’objectif devrait être d’utiliser le séquençage du génome entier pour favoriser une amélioration continue.

Les exigences réglementaires concernant l’utilisation du séquençage du génome entier par les entreprises alimentaires se renforcent. Le règlement (UE) 2025/179 constitue la première obligation légale contraignante imposant la transmission de données issues du séquençage du génome entier dans des situations bien définies, tandis que les recommandations de la FDA encouragent de plus en plus le recours au séquençage du génome entier en cas de détection d’agents pathogènes. Dans plusieurs pays, le séquençage du génome entier est désormais solidement intégré aux infrastructures de réglementation et de surveillance auxquelles les entreprises agroalimentaires sont soumises. À mesure que le séquençage du génome entier occupe une place croissante dans les pratiques réglementaires, les entreprises doivent évaluer avec plus de rigueur les risques et les avantages liés à son utilisation, ou à celle d’autres méthodes de sous-typage. Négliger cette évaluation pourrait entraîner des préjudices croissants sur le plan opérationnel, juridique et en termes d’image.

À notre avis, l’industrie alimentaire devrait également prendre très au sérieux une nouvelle problématique en matière de responsabilité : la possibilité que, dans le cadre de futures procédures judiciaires ou réglementaires, le fait de ne pas utiliser les meilleurs outils de sous-typage moléculaire disponibles soit considéré, en soi, comme une forme de négligence. À mesure que le séquençage du génome entier s’impose comme la référence absolue pour la caractérisation et l’identification des agents pathogènes, l’argument selon lequel une entreprise « n’a pas utilisé les meilleurs outils disponibles » pour identifier, caractériser et gérer des risques de contamination connus pourrait peser de plus en plus lourd, tant dans les procédures réglementaires que dans les litiges civils. Il est donc essentiel, dès aujourd’hui, de définir une approche du séquençage du génome entier et du sous-typage qui soit juridiquement solide et bien encadrée, avant que les exigences réglementaires ou les contentieux n’en imposent, de fait, les modalités d’utilisation.

Le Corset, film d'animation avec l’agriculture en toile de fond

Découvrez la bande-annonce du film LE CORSET ! Un film de Louis Clichy le 14 octobre au cinéma.

Prix Spécial du Jury Un Certain Regard au Festival de Cannes, Prix du Jury, Prix du Public et Prix Fondation GAN au Festival d'Annecy 2026.

« Le Corset, un film d’animation avec l’agriculture en toile de fond », source La France Agricole.

Sorti en salle le mercredi 14 octobre 2026, le premier long-métrage de Louis Clichy, Le Corset, raconte l’histoire d’un garçon de 11 ans dans une ferme de la Beauce durant la fin des années 1980. Par ce récit, le réalisateur, lui-même issu du milieu agricole, s’inspire en partie de sa propre enfance.

Pays-Bas : recrudescence des cas de salmonellose humaine liée aux poules pondeuses et aux produits avicoles, selon le bilan des zoonoses 2025

« Pays-Bas : recrudescence des cas de salmonellose humaine liée aux poules pondeuses et aux produits avicoles », source Poultry Med du 9 octobre 2026.

Selon les données de surveillance compilées par l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM) et l'Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA), les cas de salmonellose humaine ont connu une augmentation marquée en 2025. La surveillance épidémiologique et les modèles d'attribution des sources désignent le secteur avicole, en particulier les poules pondeuses, les œufs contaminés et la viande de poulet de chair, comme étant les principaux facteurs contribuant à ce risque accru pour la santé publique.

En 2025, Salmonella a été isolé chez 1 736 personnes (cas confirmés en laboratoire), un chiffre supérieur à ceux enregistrés en 2023 et 2024, et dépassant les niveaux de référence observés avant la pandémie de COVID-19. S. Enteritidis a été isolé chez 694 patients, soit le total annuel le plus élevé enregistré depuis 2004. Le séquençage du génome entier (WGS) a révélé que cette augmentation était liée à des dizaines de petits foyers génétiquement diversifiés, plutôt qu'à une épidémie unique issue d'une source commune ; cela suggère une diffusion généralisée au sein de la chaîne de production et d'approvisionnement avicole.

Le modèle néerlandais d'attribution des sources a estimé que les poules pondeuses, principalement par le biais de la consommation d'œufs crus ou insuffisamment cuits, étaient à l'origine d'environ 32 % des cas de salmonellose humaine en 2025.

Élevages de poules pondeuses : des niveaux de contamination élevés ont persisté, avec une prévalence au niveau des élevages d'environ 4,99 % (119 élevages infectés, dont 115 positifs à S. Enteritidis). Ce taux dépassant l'objectif réglementaire de 2 % fixé par l'Union européenne, des protocoles de surveillance renforcés ont été mis en place en 2025, imposant un échantillonnage régulier des élevages tous les 4 à 8 semaines, selon l'âge des volailles.

Poulets de chair et élevages de reproducteurs : parmi les élevages de reproducteurs, 14 sur 1 218 ont été testés positifs, principalement à S. Enteritidis. Concernant les élevages de poulets de chair, 36 ont été testés positifs aux sérovars visés par l'UE, à savoir S. Enteritidis et S. Typhimurium. Des taux de détection élevés ont également été signalés pour des sérovars non ciblés, notamment S. Infantis et S. Paratyphi B var. Java.

Surveillance des viandes au stade de la vente au détail : des prélèvements effectués dans le commerce de détail ont révélé la présence de Salmonella dans 4,0 % des échantillons de viande de poulet réfrigérée et dans 4,6 % des préparations à base de viande de poulet réfrigérée.

Deux foyers humains importants de S. Enteritidis ont été reliés à de la viande de volaille grâce à des enquêtes de traçabilité.

Complément

Pour ceux que cela intéresse, est paru paru l’état des lieux des zoonoses en 2025 aux Pays-Bas. Source Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation et de l'environnement (NVWA) et du Centre intégré de surveillance de l'environnement et de la santé publique (RIVM-Cib).

À ma connaissance, il n’existe pas un tel document en France, mais je ne demande qu’à le connaître ...

Ils découvriront que pour les TIAC, appelées ‘éclosions d’origine alimentaire’, il y a eu 1 142 foyers de cas, totalisant 4 279 personnes atteintes.

Pesticides et suicides : le projecteur vise à côté

Je relaie bien volontiers l’article de Gil Rivière-Wekstein, « Pesticides et suicides : le projecteur vise à côté », paru le 13 octobre 2026 sur le site agriculture et environnement (A&E).

Une étude de l’université de Poitiers affirme avoir établi un lien statistique entre l’usage des pesticides et les tentatives de suicide dans le monde agricole.

Décryptage

Le 24 septembre 2026, Armand Chatard, professeur de psychologie à l’université de Poitiers, a présenté à l’AFP son étude publiée le 4 septembre dans la revue BMC Public Health. Selon lui, cette étude, qui envoie « un signal clair », serait « une brique supplémentaire dans un faisceau de preuves qui devient de plus en plus important au niveau international, notamment depuis une méta-analyse, publiée en 2023 », qui aurait permis « de conclure à un effet nocif de l’exposition aux pesticides sur la dépression et le suicide ». Et il enfonce le clou : « Toutes choses égales par ailleurs, la fréquence des comportements suicidaires est plus importante dans les départements où on épand plus de pesticides. » Le communiqué du CNRS avance un chiffre : quand l’indicateur de traitements augmente d’une unité, le taux de tentatives de suicide hospitalisées serait supérieur « d’environ 10 % en 2020 et 8 % en 2021 et 2022 ». Chacune de ces affirmations va au-delà de ce que démontre l’étude. Pire encore, certaines se trouvent contredites par l’étude elle-même. Face au drame des suicides d’agriculteurs, la manière dont ce travail a été présenté au public pose un grave problème.

Ce que l’on sait du suicide agricole

Le suicide agricole est une réalité sérieuse, dramatique et largement documentée.

Il est suivi depuis 2011 par Santé publique France et la Mutualité sociale agricole (MSA), et a fait l’objet d’un rapport du Sénat en 2021. Les chiffres sont alarmants : en 2022, le risque de décès par suicide des assurés agricoles de 15 à 64 ans dépassait de 46 % celui des autres assurés, et de 57 % chez les exploitants. Mis bout à bout, les éléments disponibles brossent un tableau évident. Les agriculteurs qui se suicident le plus sont des éleveurs qui utilisent peu de pesticides (jusqu’à +56 % en lait et +127 % en viande selon les années), et des retraités (+77 % en 2022 chez les 65 ans et plus), qui n’en utilisent plus. Et toutes les institutions qui étudient ce drame depuis quinze ans, de Santé publique France à la MSA en passant par le Sénat, décrivent des causes multiples, où prévalent la détresse économique, l’isolement et l’épuisement. Aussi, braquer le projecteur sur les pesticides, alors que rien de ce que l’on sait du suicide agricole n’y invite, revient à ajouter de la confusion sur un sujet déjà suffisamment complexe. Et c’est d’autant plus affligeant que la solidité de l’étude est, elle aussi, largement contestable.

Une étude prudente, un auteur qui ne l’est pas

Le principe de l’étude est simple. Pour chaque département, sur les années 2020, 2021 et 2022, les auteurs ont mis en regard deux données : l’intensité d’utilisation des pesticides, mesurée par l’indicateur de fréquence de traitements (IFT) du ministère de l’Agriculture, et le nombre de tentatives de suicide ayant conduit à une hospitalisation parmi les affiliés de la MSA.

Braquer le projecteur sur les pesticides, alors que rien de ce que l’on sait du suicide agricole n’y invite, revient à ajouter de la confusion sur un sujet déjà suffisamment complexe

A&E a vérifié les calculs : les chiffres sont exacts et l’article scientifique bien plus mesuré que les déclarations d’Armand Chatard, puisqu’il précise avoir comparé des territoires et non des personnes, avertit que ses chiffres ne disent rien du risque individuel et consacre de longs paragraphes à ses limites. De même, il ne mentionne aucune méta-analyse montrant un effet des pesticides sur le suicide, et va jusqu’à reconnaître que les comportements suicidaires ont été « comparativement moins étudiés », la seule synthèse récemment publiée portant sur la dépression. Aussi, affirmer à la presse qu’une méta-analyse aurait permis de « conclure à un effet nocif de l’exposition aux pesticides sur la dépression et le suicide », c’est forcer la littérature scientifique à dire ce que l’article lui-même ne se permet pas.

Un résumé démenti par ses propres annexes

Mais le plus grave est ailleurs. Le résumé de l’étude affirme que, quelle que soit la façon de faire les calculs, le lien reste solide. Or, ses propres annexes disent exactement le contraire. Ainsi, pour l’année 2022, dès que l’on tient compte du chômage, de la pauvreté et du caractère rural des départements, l’écart attribué aux pesticides tombe à 4 %. Et pire, l’incertitude autour de ce chiffre devient telle que les données sont parfaitement compatibles avec l’absence de tout lien. C’est ce qu’on appelle un résultat statistiquement non significatif. L’affirmation « toutes choses égales par ailleurs » du professeur Chatard ne tient donc pas, à commencer dans ses propres données.

Et ce n’est pas tout. Les départements qui utilisent beaucoup de pesticides en 2020 sont quasiment les mêmes en 2021 et en 2022, les auteurs ayant en réalité regardé trois fois la même carte. A&E a repris leurs données pour poser une question simple : quand l’IFT d’un même département varie d’une année sur l’autre, les tentatives de suicide varient-elles dans le même sens ? Résultat : aucun lien statistique n’apparaît. L’association n’existe que lorsqu’on compare les départements entre eux mais elle disparaît si l’on compare chaque département à lui-même. Cela ne prouve pas que les pesticides sont sans effet, car trois ans est un laps de temps court. Mais cela montre que le « signal » de l’étude vient des différences durables entre territoires, et non d’une relation entre les traitements et les tentatives de suicides.

Tout repose en partie sur la Gironde

Cela se corse si l’on braque le projecteur sur la Gironde. Son indicateur de traitements atteint 8,1, très loin devant le deuxième département, les Deux-Sèvres, à 5,6. Dans un calcul de ce type, un point aussi éloigné des autres pèse beaucoup plus lourd sur le résultat. La Gironde est d’ailleurs le département qui influence le plus le résultat, pour chacune des trois années.

Sans la Gironde, l’effet passe d’environ 8 % à environ 5 % en 2021 et 2022, et bascule dans la zone du statistiquement non significatif, devenant trop incertain pour confirmer le lien. Sur les trois années, il n’en reste alors qu’une seule - 2020 -, où l’association tienne encore. Un seul département suffit par conséquent à faire vaciller le « signal clair ».

Or, la Gironde ne se distingue pas seulement par ses traitements. Son agriculture dominée par une viticulture en difficulté a poussé en décembre 2022 la préfète Fabienne Buccio à réunir une cellule de crise pour faire face à l’urgence sociale vécue par de nombreux viticulteurs, avec la participation de la MSA. Rien ne permet cependant d’affirmer que cette crise explique à elle seule les tentatives de suicide observées en Gironde. Mais l’étude ignore cette réserve, préférant ne voir qu’un département qui traite beaucoup et où les tentatives sont nombreuses, dans l’incapacité de dire si les secondes tiennent aux pesticides ou aux difficultés économiques de ceux qui les utilisent.

Sans la Gironde, « l’effet » bascule dans la zone du statistiquement non significatif

Pour aller plus loin, A&E a comparé les données de l’étude aux statistiques agricoles officielles (Agreste) sur les cultures de chaque département. La prise en compte du type de cultures ne fait pas disparaître le lien : il serait donc faux de le réduire à un simple effet de la vigne. Mais savoir qu’un département est viticole ne dit rien de la santé économique de sa filière, deux vignobles pouvant très bien traverser la même période dans des situations radicalement différentes. Et d’autres secteurs agricoles, dans d’autres régions, sont aussi fortement affectés par la crise que traverse l’agriculture.

Le choix des indicateurs

Reste la question des indicateurs. L’IFT est un indicateur agronomique : il renseigne sur l’intensité des traitements appliqués aux cultures d’un territoire. Il ne mesure en rien l’exposition réelle des personnes. C’est pourtant lui qui sert, dans l’étude, de substitut à l’exposition de l’ensemble de la population MSA d’un département.

Son usage à l’échelle départementale laisse d’ailleurs perplexe. La Vienne affiche un IFT inférieur à 0,7, alors que les Deux-Sèvres voisines, aux cultures comparables, dépassent 5,6. La Somme, pays de la betterave et de la pomme de terre, est à 1,6 contre 4,9 pour l’Aisne ; le Vaucluse à 1,8 quand l’Hérault atteint 4,8. Ces écarts ne prouvent pas que l’IFT est faux, mais ils interdisent de l’interpréter comme la quantité de pesticides à laquelle les agriculteurs d’un département seraient exposés.

Quant à la population MSA, elle n’est pas composée d’utilisateurs de pesticides. À peine la moitié des affiliés sont en activité, les autres étant retraités, conjoints ou enfants, et parmi les actifs, beaucoup de salariés ne manipulent jamais de produits phytosanitaires. Comparer des départements ne dit donc rien du risque d’une personne, comme l’étude le reconnaît. C’est pourtant ce raccourci qui a fait florès dans les médias : « Une unité de pesticide en plus, c’est 10 % de tentatives en plus. »

Le mécanisme, enfin, reste entièrement à démontrer. L’étude ne sait rien de l’exposition réelle des personnes ayant fait une tentative de suicide : ont-elles manipulé des pesticides ? Si oui, lesquels, à quelle dose, pendant combien de temps ?

Deux explications possibles, une seule retenue

D’autres faiblesses de l’étude mériteraient d’être relevées, mais tenons-nous-en au seul résultat : les départements qui utilisent durablement le plus de pesticides comptent, en moyenne, un peu plus de tentatives de suicide hospitalisées parmi les affiliés MSA. Admettons. Mais ces départements se distinguent aussi par leurs productions, leurs revenus, leur endettement, leurs conditions de travail, les crises de leurs filières et la population qui les compose. Un département qui traite beaucoup peut aussi être un département dont l’agriculture est sous forte pression économique. Les auteurs le reconnaissent eux-mêmes, et leur étude ne permet pas de faire la part des choses.

Des explications contraires à celle qu’avance Armand Chatard restent donc possibles, la plus plausible étant celle de régions cumulant à la fois un usage important de pesticides et des difficultés économiques ou sociales, et ce sont ces dernières qui pèsent sur la santé mentale.

Une instrumentalisation indigne

Qu’une équipe de psychologues et de psychiatres, sans un seul épidémiologiste, agronome ni toxicologue, puisse produire une corrélation fragile, fondée sur un indicateur agronomique utilisé comme substitut d’une exposition humaine qu’il ne mesure pas, a déjà de quoi interpeller. Mais que le CNRS se fasse l’écho de cette « association observée » dans un communiqué est beaucoup plus préoccupant.

Le suicide des agriculteurs ne doit pas être instrumentalisé pour alimenter, sans preuve, le procès des pesticides

Le suicide des agriculteurs, cette tragédie qui frappe des familles entières et que médecins et élus tentent de combattre sur le terrain, ne doit pas être instrumentalisé pour alimenter, sans preuve, le procès des pesticides. Non seulement on détourne ainsi l’attention des causes réelles, mais on ajoute encore à la détresse des agriculteurs un soupçon de plus : celui d’être les artisans de leur propre malheur. Il est profondément déplorable qu’un universitaire se prête à cet exercice destructeur, de surcroît sous le sceau du CNRS.

Complément. On lira aussi l’article paru sur le blog Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels , « Pesticides, suicides... et désinformation ».

France : un bilan 2024 toujours trop élevé des toxi-infections alimentaires collectives et toujours pas d'objectif pour la sécurité des aliments

Voici 'enfin' le bilan 2024 des toxi-infections alimentaires collectives en France, selon Santé publique France.

'Enfin' est une façon de voir, j’aurais pu aussi écrire déjà ?

Qu’on en juge :

le bilan 2024 est paru le 16 octobre 2026, celui de 2023, le 26 mars 2026 (puis soi disant mis à jour le 1er septembre 2026 ?), pas facile à suivre Santé publique France, tandis que le bilan de 2022 est paru … le 21 février 2024. Il devait y avoir certainement une urgence à publier ces bilans, d’autant les données de 2024 étaient connues depuis presque un an grâce à l’EFSA. Dans sa précipitation, le site de Santé publique France met en ligne le bilan 2024 et celui de 2022 ; exit 2023 avec son 'record', étonnant, non ?

Voici ci-dessous la courbe d'évolution du nombre de TIAC en reprenant les données fournies par Santé publique France.

Quelques extraits

« Le nombre de TIAC notifiés en 2022 est le plus élevé depuis la mise en place de la déclaration obligatoire en 1987 et cela s’est donc poursuivi en 2023 (avec un nouveau record) puis une légère baisse en 2024, mais toujours avec un nombre de TIAC élevés. »

« Les années 2023 et 2024 ont confirmé la tendance à l’augmentation du nombre de TIAC signalées, avec respectivement 2 231 et 2 096 signalements, prolongeant ainsi la progression déjà observée en 2022. », selon le document diffusé par Santé publique France.

« Le nombre de malades liés aux TIAC signalées en 2024 était de 20 045. Bien que ce nombre reste légèrement inférieur à celui de 2023, la tendance globale à la hausse du nombre de malades liés aux TIAC signalées reste valable (22 282 en 2023 vs 16 763 en 2022). »

L’effort sans précédent du nombre d’inspections de la police sanitaire unique trouve sans doute sa justification avec ce qui suit, « Globalement, les données de 2024 confirment la place prépondérante de la restauration commerciale parmi les lieux de survenue des TIAC signalées, avec près d’une TIAC sur deux déclarée dans ce secteur (48 %). »

Points clés*

• En 2024, 2 096 toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ont été signalées en France (2 231 en 2023 et 1 924 en 2022), affectant 20 045 personnes (22 282 en 2023 et 16 763 en 2022), dont 630 (3 %) se sont présentées à l’hôpital (hospitalisation ou passage aux urgences) et 6 (0,03 %) sont décédées. Ces TIAC signalées étaient liées majoritairement à des repas dans des restaurants commerciaux (48 %).
• En 2024, le nombre total de signalements de TIAC, reste à un niveau élevé, malgré la légère baisse par rapport à l’année précédente (2 231 en 2023), les années 2022-2024 enregistrant ainsi les niveaux les plus élevés depuis le début de la surveillance en 1987.
• Comme les années précédentes, Salmonella demeurait l’agent pathogène le plus fréquemment confirmé représentant 43 % des TIAC à agent confirmé (31 % en 2023, 42 % en 2022 et ). Les agents pathogènes les plus couramment suspectés sur la base des informations épidémiologiques et cliniques, mais sans avoir été confirmés par des analyses microbiologiques, étaient les agents toxiniques Bacillus cereus, Staphylococcus aureus et Clostridium perfringens, correspondant à 71 % des TIAC pour lesquelles un agent a été suspecté (70 % en 2023 et 73 % en 2022 et 67 % en 2021). Pour 11 % des TIAC signalées, aucun agent n’a pu être ni confirmé, ni suspecté sur la base des informations épidémiologiques et cliniques disponibles (12 % en 2023 et 15 % en 2022).
• En 2024, des mesures correctives ont été rapportées (information, formation du personnel, désinfection d’établissement, mise en demeure et avertissement, rappels réglementaires et saisie de denrées) pour 402 TIAC (versus 595 en 2023 et 591 en 2022) en restauration commerciale et 160 TIAC en collectivités , soit 41 % de l’ensemble des TIAC survenues en ces lieux versus (45 % en 2023 et 46 % en 2022).

* complétés par mes soins -aa.

Augmentation du nombre de TIAC

« Cette hausse significative s’expliquerait en partie, et plus précisément pour la restauration commerciale, par l’impact de la plateforme de signalement en ligne accessible au grand public « SignalConso », mis en service depuis 2021, qui facilite la déclaration directe et simple des suspicions de TIAC par les consommateurs à la DDecPP. »

« en partie » est sans doute vrai, mais quelle est l’autre partie ? Nous le saurons pas !

Cela étant, cette justification reste à relativiser quand on sait que « les TIAC demeurent historiquement sous-déclarées, avec des disparités selon les secteurs d’activité ». En effet, «la restauration commerciale est moins bien représentée dans les statistiques et les données épidémiologiques, en raison d’une déclaration moins structurée, souvent liée à la méconnaissance des procédures ou à la crainte des conséquences pour les professionnels. »

Décès liés aux TIAC

En 2024, six décès ont été déclarés survenus, pour quatre décès, dans des instituts médico-sociaux (4 TIAC). Dans ces contextes, notamment en EHPAD, où les populations sont plus vulnérables, il est particulièrement important d’appliquer rigoureusement les bonnes pratiques d’hygiène, de refroidir rapidement les plats après cuisson et de les réchauffer convenablement avant leur consommation.

En 2023, 19 décès à la suite de TIAC, dont 13 décès survenus dans des instituts médico-sociaux.

Le niveau des décès est l’unisson du nombre de TIAC rapportées ...

Les TIAC et l’iceberg

« Les TIAC ne représentent qu’une fraction des infections d’origine alimentaire survenant en France, mais constituent un indicateur essentiel de leur surveillance. Depuis la mise en place de leur déclaration obligatoire en 1987, la surveillance des TIAC s’inscrit comme un dispositif de veille sanitaire complémentaire des autres systèmes de surveillance des infections d’origine alimentaire. Elle contribue à la détection des épisodes, à l’identification des aliments et agents pathogènes en cause, à la mise en œuvre de mesures de gestion adaptées et au renforcement des actions de prévention. »

Moi qui pensait que les TIAC était un indicateur de l'état de la sécurité des aliments en France !

Par ailleurs, notons que selon Santé publique France, les cas annuels de salmonellose sont de 198 000 dont 183 000 par transmission alimentaire.

Rappelons enfin que le fardeau global des maladies infectieuses d’origine alimentaire a été estimé en 2018 entre 1,28 et 2,23 millions de personnes affectées chaque année sur la période 2008-2013 [1].

Conclusion

Il reste donc vraiment beaucoup à faire pour améliorer la sécurité des aliments en France, mais malheureusement, aucun objectif n’a été fixé par nos service publiques, DGAL en tête, que ce soit au niveau des TIAC, des maladies infectieuses d’origine alimentaires ou des rappels qui plafonnent désormais à plus de 2 000 depuis quelques années. Ce sera vraisemblablement le rôle de la nouvelle directrice de la DGAL, en tout état de cause, c’est à espérer ...

MàJ du 19 octobre 2026. Pour ceux que cela intéresse, est paru l’état des lieux des zoonoses en 2025 aux Pays-Bas. Ils découvriront que pour les TIAC, appelées ‘éclosions d'origine alimentaire’, 1 142 foyers de cas, totalisant 4 279 personnes atteintes. Ces résultats sont issus de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation et de l'environnement (NVWA) et du Centre intégré de surveillance de l'environnement et de la santé publique (RIVM-Cib).

Quand Santé publique France ne tient pas compte de l'évolution de la situation : « De 10 000 à 16 000 personnes sont touchées chaque année par une TIAC. Pour Santé publique France, les enjeux sont la surveillance et la prévention des TIAC pour réduire les risques de contamination et contribuer à la sécurité alimentaire. » D'accord, mais comment ?