Un bactériophage de Salmonella pilote les populations bactériennes vers une hypersensibilité au chlorure de benzalkonium, au peroxyde d'hydrogène et au triclosan

« Un bactériophage de Salmonella pilote les populations bactériennes vers une hypersensibilité au chlorure de benzalkonium, au peroxyde d'hydrogène et au triclosan », source étude parue dans une revue de l’ASM, Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

Le détournement phagique (ou détournement cellulaire par les bactériophages) est une stratégie antimicrobienne émergente qui exploite les conséquences évolutives de la prédation par les phages pour sensibiliser les populations bactériennes aux antimicrobiens existants. Si le détournement phagique vers une hypersensibilité aux antibiotiques et aux effecteurs immunitaires est bien documenté, on ignore si un mécanisme similaire peut accroître la sensibilité bactérienne aux désinfectants commerciaux. Nous montrons ici que SF1, un siphovirus lytique infectant Salmonella enterica, nécessite une couche d'antigène O intacte pour l'adsorption et la réplication lytique, et que des mutants de délétion en phase présentant des défauts au niveau de l'antigène O ou des défauts plus profonds du LPS présentent une sensibilité accrue à plusieurs désinfectants commerciaux. De manière cruciale, SF1 a renforcé l'activité de tous les désinfectants testés en combinaison et, de plus, a présenté une synergie mathématique avec le chlorure de benzalkonium, le peroxyde d'hydrogène et le triclosan, composés auxquels les mutants LPS sélectionnés par SF1 étaient hypersensibles. Ces résultats corroborent l'hypothèse selon laquelle SF1 agit non seulement comme agent bactéricide, mais aussi comme outil de pilotage évolutif, potentialisant l'activité désinfectante par la sélection de phénotypes hypersensibles à ces agents. Plus largement, ces résultats confirment l'intérêt du pilotage phagique comme stratégie prometteuse pour l'utilisation des bactériophages comme adjuvants aux désinfectants commerciaux.

Importance

Les désinfectants commerciaux sont essentiels pour maîtriser les pathogènes tout au long de la chaîne de production et de transformation des aliments, mais leur efficacité est de plus en plus compromise par la tolérance et la persistance bactériennes. Bien que les bactériophages soient étudiés comme agents bactéricides directs, leur utilité comme adjuvants aux désinfectants commerciaux reste peu explorée. Dans cette étude, nous démontrons que le phage SF1 de Salmonella sélectionne des mutants déficients en LPS qui présentent une sensibilité accrue à plusieurs désinfectants commerciaux. De manière significative, nous montrons également que SF1 agit en synergie avec des désinfectants auxquels les mutants sélectionnés par le phage sont hypersensibles, ce qui soutient un mécanisme de sélection par lequel la prédation par le phage renforce l'activité du désinfectant. À notre connaissance, il s'agit du premier rapport démontrant le pilotage des phages comme stratégie d'utilisation des bactériophages comme adjuvants synergiques aux désinfectants commerciaux. Ces résultats soulignent l'intérêt potentiel d'exploiter les compromis évolutifs pour améliorer la maîtrise des pathogènes dans les environnements de transformation des aliments.

Conclusion

Dans cette étude, nous avons confirmé que le phage SF1 (spécifique de Salmonella) nécessite une couche d'antigène O intacte pour son adsorption et sa réplication lytique, et nous avons démontré que la perte de l'antigène O ou une troncation plus profonde du LPS accroît la sensibilité à plusieurs désinfectants commerciaux. Fait notable, le phage SF1 a renforcé l'activité antibactérienne de tous les agents désinfectants testés et a même présenté une synergie mathématique avec les composés auxquels les mutants LPS sélectionnés par le phage SF1 étaient hypersensibles. Dans l'ensemble, ces résultats corroborent l'hypothèse selon laquelle le phage SF1 agit non seulement comme un agent bactéricide, mais aussi comme un outil d'orientation évolutive, renforçant l'efficacité des désinfectants par la sélection de populations bactériennes hypersensibles. En pratique, cette stratégie d'orientation par les phages pourrait être intégrée aux protocoles de désinfection en utilisant des phages sélectionnés de manière appropriée, soit simultanément aux désinfectants, soit en amont ; l'élimination directe des bactéries par les phages serait ainsi complétée par la sélection de populations survivantes présentant une sensibilité accrue aux désinfectants.

Bien que ces résultats aient été obtenus dans des conditions contrôlées, avec un système phage-hôte unique en culture homogène, ils démontrent néanmoins l'intérêt potentiel de l'orientation évolutive par les phages comme stratégie d'utilisation de ces derniers en tant qu'adjuvants aux désinfectants commerciaux. De futures recherches devront déterminer si des effets similaires de ‘synergie par pilotage’ s'observent avec d'autres couples phage-hôte et dans des conditions plus représentatives des environnements de production et de transformation alimentaire, notamment sur des surfaces contaminées ou au sein de communautés polymicrobiennes complexes. Par ailleurs, la stabilité à long terme des compromis biologiques liés à cette orientation, en particulier l'émergence potentielle de sous-populations résiduelles tolérantes à la fois aux phages et aux désinfectants, mérite d'être étudiée ultérieurement. Plus largement, nos travaux soulignent l'intérêt d'exploiter les compromis évolutifs pour améliorer la lutte contre les pathogènes bactériens tout au long de la chaîne de production alimentaire.

Bienvenue à la pendaison de crémaillère : interactions sociales et antagonisme vis-à-vis Listeria monocytogenes au sein de biofilms pluri-espèces

Vous ne rêvez pas, le titre de cet article canadien est en fait le titre d’une étude parue dans une revue de l’ASM, Applied and Environmental Microbiology, et intitulée, « Welcome to the house-warming party: social interactions and antagonism against Listeria monocytogenes in multi-species biofilms » (Bienvenue à la pendaison de crémaillère : interactions sociales et antagonisme vis-à-vis Listeria monocytogenes au sein de biofilms pluri-espèces).

Cet article est plein d’allusions à des situations humaines et l’allusion à la pendaison de la crémaillère signifie qu’à mesure que des invités (bactéries) arrivent, la dynamique sociale et les lieux de la fête évoluent ...

Résumé court

Cet article explore comment Listeria monocytogenes s'intègre dans des biofilms pluri-espèces et persiste dans les installations de transformation des aliments. Les auteurs ont quantifié L. monocytogenes dans six communautés reconstituées, chacune composée de 5 à 19 souches. Ils ont observé que la présence de Carnobacterium maltaromaticum réduisait le nombre de cellules de L. monocytogenes d'environ 1 log UFC/cm², suggérant un effet antagoniste. De plus, l'analyse génomique a identifié près de 100 systèmes de quorum sensing (système de communication par un échange constant de signaux chimiques), y compris des peptides potentiellement bactéricides contre L. monocytogenes. Les résultats indiquent que les interactions microbiennes dans les biofilms pluri-espèces sont complexes et dépendent de la composition de la communauté, ce qui pourrait avoir des implications pour la réduction de la persistance de Listeria dans les environnements de transformation des aliments.

Résumé proposé par les auteurs

Listeria monocytogenes s'intègre dans des biofilms pluri-espèces et persiste dans les installations de transformation alimentaire. Sa persistance dépend de la composition des communautés microbiennes, mais les espèces favorisant ou non la présence de L. monocytogenes restent à identifier. Par ailleurs, les mécanismes régissant le choix entre la formation d'un biofilm (adhérent à une surface) et celle d'une pellicule* (flottant à l'interface air-liquide) au sein des communautés microbiennes sont encore mal compris. Cette étude visait à identifier les communautés favorisant ou non la présence de Listeria et à observer la formation de biofilms ou de pellicules dans des systèmes pluri-espèces. Nous avons quantifié L. monocytogenes au sein de six communautés reconstituées, chacune composée de 5 à 19 souches. Une communauté initiale de 15 membres a été simplifiée en cinq espèces afin de quantifier L. monocytogenes dans l'ensemble des 31 combinaisons possibles de ces cinq souches. Janthinobacterium tructae favorisait la formation d'une pellicule, tandis que Pseudomonas shahriarae incitait les autres espèces à former un biofilm adhérent à la surface. Dans les six communautés microbiennes, les populations de L. monocytogenes étaient les plus faibles lorsque Carnobacterium maltaromaticum était également présent. L'effet antagoniste de C. maltaromaticum a été confirmé par l'analyse de toutes les combinaisons des cinq souches ; la présence de cette bactérie réduisait la population de L. monocytogenes d'environ 1 log UFC/cm². Serratia liquefaciens exerçait également un antagonisme envers L. monocytogenes, mais cet effet n'a été observé (P < 0,05) qu'en l'absence de C. maltaromaticum. L'analyse génomique de la communauté a permis d'identifier près de 100 systèmes de communication intercellulaire (quorum sensing) différents, incluant des peptides dotés d'une activité bactéricide contre L. monocytogenes. Nous concluons que le langage utilisé pour décrire les interactions sociales humaines est également pertinent pour décrire les interactions microbiennes au sein des communautés formant des biofilms pluri-espèces ; toutefois, l'élucidation des mécanismes de communication entre les bactéries intégrées au biofilm fera l'objet d'études ultérieures.

*pellicule : simple dépôt superficiel, généralement passif ou organique simple, sans métabolisme propre ni structure multicellulaire complexe.

Importance

La communication microbienne, qu'il s'agisse du choix entre la formation d'un biofilm et celle d'une pellicule ou de l'accueil de Listeria monocytogenes, repose en partie sur les systèmes de quorum sensing comme mécanisme clé. Deux micro-organismes, Carnobacterium maltaromaticum et Serratia liquefaciens, ont exercé un effet antagoniste sur L. monocytogenes. Les interactions microbiennes dépendent fortement de la complexité de la communauté microbienne ; des comportements différents ont été observés dans des biofilms formés par 2, 5 ou 15 souches. Les résultats présentés dans cette étude montrent que l'utilisation de cultures protectrices peut également réduire la persistance de Listeria dans les installations de transformation alimentaire, sans pour autant permettre de comprendre les mécanismes de communication et les règles sociales régissant les communautés bactériennes complexes. Cette nouvelle perspective sur les interactions microbiennes pourrait orienter les futures expériences.

Pour bien comprendre cette étude, j’ai traduit l’introduction et la conclusion de cette étude.

Introduction

Listeria monocytogenes représente un enjeu pour la sécurité des aliments en raison du taux de mortalité élevé associé à la listériose et de la faible dose infectieuse requise pour les populations sensibles. Le nombre d'épidémies de listériose a augmenté depuis 2000, une tendance liée à la demande croissante en aliments prêts à consommer favorisant la prolifération de L. monocytogenes. L. monocytogenes persiste dans les installations de transformation alimentaire malgré les opérations régulières de nettoyage et de désinfection. Une proportion importante de ces installations héberge des communautés bactériennes persistantes incluant L. monocytogenes.

La formation de biofilms constitue le mécanisme clé permettant la persistance microbienne à long terme. La matrice du biofilm permet à la communauté de se maintenir en place malgré des flux de fluides rapides et protège les micro-organismes contre les stress environnementaux. Les biofilms sont constitués d'une ou plusieurs espèces bactériennes incluses dans une matrice de substances polymériques extracellulaires. Souvent qualifiés de « cités microbiennes », les biofilms présentent des morphologies complexes déterminées par les interactions sociales entre leurs divers habitants. La matrice extracellulaire agit comme une barrière de diffusion et protège les bactéries intégrées au biofilm contre les désinfectants. Les biofilms se forment sur des surfaces biotiques ou abiotiques (dénommés biofilms) ou à l'interface air-liquide (dénommés pellicules). Ces pellicules permettent aux bactéries aérobies d'accéder à l'oxygène présent à l'interface air-liquide. On observe de telles pellicules dans des procédés de fermentation alimentaire comme ceux du kombucha et de la choucroute. La formation de biofilms et de pellicules repose sur une division du travail au sein des communautés microbiennes, où différents membres contribuent à l'élaboration de composants spécifiques de la matrice extracellulaire. Les communautés de biofilms présentes dans les installations de transformation alimentaire héberge plus de dix espèces bactériennes représentant plusieurs phylums. Les interactions interspécifiques jouent un rôle clé dans la décision microbienne de former des biofilms ou des pellicules, ainsi que dans le façonnement de la morphologie des biofilms.

Toutes les souches de L. monocytogenes ne forment pas de biofilms monospécifiques, mais L. monocytogenes s'intègre dans des biofilms pluri-espèces. La présence de L. monocytogenes dans les installations de transformation alimentaire est associée, positivement ou négativement, à la présence d'autres micro-organismes. Des corrélations positives ont été rapportées avec Pseudomonas, Acinetobacter et Janthinobacterium dans les environnements de transformation de la viande, ainsi qu'avec Enterobacter, Serratia et Carnobacterium dans les installations de transformation des légumes. Herminiimonas, Bryobacter, Caulobacter, Sphingomonas et Mycobacterium étaient négativement associés à la présence de L. monocytogenes dans les installations de transformation de la viande. Toutefois, ces associations varient selon les types de produits et les installations, et les corrélations n'établissent pas de lien de causalité. Des expériences menées sur des biofilms reconstitués ont confirmé que l'abondance de L. monocytogenes est influencée par la présence d'espèces favorisant sa survie ou, au contraire, créant des barrières compétitives. Néanmoins, notre compréhension des interactions de L. monocytogenes avec d'autres micro-organismes au sein de biofilms oligospécifiques (moins de 10 espèces) ou pluri-espèces (10 espèces ou plus) demeure limitée, principalement en raison de la complexité des protocoles expérimentaux visant à analyser toutes les combinaisons non redondantes de souches au sein d'une communauté microbienne comptant plus de quatre ou cinq membres. Il reste donc à identifier les espèces favorisant ou inhibant L. monocytogenes, et très peu d'études antérieures ont examiné les mécanismes de décision microbienne concernant la formation de biofilms par rapport à celle de pellicules dans des communautés bactériennes diversifiées.

L'objectif de cette étude était donc de déterminer les interactions interspécifiques ainsi que la formation de biofilms ou de pellicules dans des biofilms multispécifiques, en présence ou en l'absence de L. monocytogenes. Les analyses reposaient sur une approche expérimentale en deux volets. Premièrement, nous avons déterminé le devenir de L. monocytogenes au sein de six communautés reconstituées, chacune composée de 5 à 19 souches ou espèces. Deuxièmement, une communauté de 15 membres a été simplifiée pour ne conserver que cinq espèces, et le devenir de L. monocytogenes a été évalué pour l'ensemble des 31 combinaisons non redondantes de ces cinq souches. Un cocktail de six souches de L. monocytogenes a été utilisé.

Conclusion

La communication microbienne, qu'il s'agisse de la formation de biofilms ou de pellicules, ou de la décision de tolérer ou non Listeria, fait intervenir, en partie, les systèmes de quorum sensing comme mécanisme clé. L'analogie avec une pendaison de crémaillère est en partie pertinente : à mesure que des invités (bactéries) arrivent, la dynamique sociale et les lieux de la fête évoluent. Cette complexité est en outre façonnée par l'interaction de langages véhiculant des messages aussi bien amicaux (coopératifs) qu'hostiles (antagonistes). Un langage commun assure la coordination à l'échelle de toute la maison, tandis que des dialectes privés, incompréhensibles pour les étrangers, sont également employés. Les résultats présentés dans cette étude montrent que l'utilisation de cultures protectrices peut aussi réduire la persistance de Listeria dans les installations de transformation alimentaire. Cette nouvelle perspective sur les interactions microbiennes au sein des biofilms pourrait orienter les futures expériences. Pour l'heure, il est temps de prendre une boisson fraîche, mais une question demeure : on la boit sur le perron de la maison ou sur la terrasse de derrière ?

Sécurité des aliments en France : similitudes et différences des courbes du nombre d'inspections et du nombre de TIAC, selon l'IA

Le blog cède aussi à la mode de l’intelligence artificielle (IA). J’ai donc demandé à l’IA quelles étaient les similitudes ou les différences entre ces deux courbes ?

A partir de deux courbes que j’ai réalisées :

- une courbe sur l’évolution du nombre d’inspections en sécurité des aliments de 2012 à 2025. Toutes ces données sont disponibles sur le site du ministère de l’Agriculture.

- une courbe sur l’évolution du nombre de TIAC de 2012 à 2024. A noter que les données de 2024 sont celles publiées par l’EFSA sur son rapport 2024 sur les zoonoses ; Santé publique France n’ayant toujours pas, à ce jour, diffusé les données des TIAC de 2024.

Cette interprétation n’attirant pas de commentaire de ma part et je vous laisse à vos réflexions ...

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Les deux courbes présentent certaines similitudes dans leur évolution, mais aussi des différences importantes.

Similitudes entre les deux courbes

• Une tendance relativement stable au début : entre 2012 et 2015, les deux courbes évoluent peu. Le nombre d’inspections diminue légèrement, tandis que le nombre de TIAC déclarées reste relativement stable ou augmente légèrement.
• Une évolution fluctuante : les deux courbes connaissent des hausses et des baisses au fil des années, sans suivre une progression régulière.
• Une baisse autour de 2016-2017 pour les inspections et en 2017 pour les TIAC : les deux indicateurs connaissent une diminution durant cette période, même si elle ne se produit pas exactement la même année.
• Une remontée à partir de 2021 : les deux courbes montrent une augmentation après 2020, particulièrement marquée à partir de 2022.

Différences entre les deux courbes

• Une évolution différente entre 2016 et 2020 : le nombre d’inspections diminue fortement en 2016, puis reste relativement stable jusqu’en 2019, avant de chuter en 2020. À l’inverse, le nombre de TIAC augmente entre 2017 et 2019, puis diminue fortement en 2020.
• Une baisse en 2020 dans les deux cas : les inspections atteignent leur niveau le plus bas, autour de 41 000, tandis que les TIAC déclarées descendent à environ 1 000.
• Une forte augmentation des inspections en 2024 et 2025 : les inspections passent d’environ 50 000 en 2023 à 106 000 en 2024, puis à 120 000 en 2025. Les TIAC augmentent également entre 2021 et 2023, mais diminuent très légèrement en 2024 avec toujours plus de 2 000 TIAC.
• Des niveaux et des périodes différents : les inspections mesurent une activité de contrôle, tandis que les TIAC déclarées reflètent des événements sanitaires signalés. Les deux indicateurs ne mesurent donc pas la même chose.

Comparaison synthétique

Période	Nb d’inspections en sécurité aliments	Nb de TIAC déclarées
2012-2015	Diminution progressive	Relative stabilité, légère hausse
2016-2019	Baisse, puis stabilisation	Fluctuations, puis hausse
2020	Forte baisse	Forte baisse
2021-2023	Légère reprise, puis stabilité	Forte augmentation
2024	Forte augmentation	Légère diminution
2025	Nouvelle augmentation	Pas de donnée

Conclusion et interprétation

La principale similitude est la baisse observée en 2020, suivie d’une reprise des deux indicateurs à partir de 2021. Cependant, leurs évolutions divergent ensuite : les TIAC déclarées augmentent nettement jusqu’en 2023, puis diminuent très légèrement en 2024, alors que les inspections connaissent une hausse très importante en 2024 et 2025.

Il est important de noter que l’augmentation du nombre d’inspections ne signifie pas nécessairement une augmentation des TIAC, ni leur diminution une amélioration automatique de la sécurité des aliments. Davantage d’inspections peuvent permettre de détecter davantage de problèmes et leur nombre peut aussi dépendre des moyens de contrôle disponibles, des priorités administratives et des méthodes de déclaration.

Les avantages de la vaccination vont au-delà de la protection contre l'infection

« Les avantages de la vaccination vont au-delà de la protection contre l'infection », source EurekAlert!.

Une étude menée sur des souris par des chercheurs de l'université Pompeu Fabra montre que la vaccination peut prévenir les conséquences immunitaires à long terme d'une infection virale aiguë.

La vaccination prévient non seulement les maladies causées par une infection aiguë, mais protège également contre les séquelles immunitaires à long terme pouvant survenir après une infection virale aiguë. C’est la principale conclusion d’une étude menée par le Laboratoire de biologie des infections de l’Université Pompeu Fabra. Cette étude, réalisée sur des souris, montre qu’après une infection virale aiguë, les animaux subissent une période prolongée d’affaiblissement de leur réponse immunitaire, compromettant ainsi la capacité de leur système immunitaire à répondre efficacement à de futures agressions. La vaccination préalable a permis de prévenir ces conséquences néfastes, préservant la fonction immunitaire et contribuant ainsi à une meilleure compréhension des bienfaits de la vaccination.  

On considère souvent les infections virales aiguës, comme le rhume ou une gastro-entérite, comme une simple succession d'événements : le virus se multiplie et provoque des symptômes, puis il est maîtrisé et, finalement, la personne guérit. Ce processus global génère également une immunité spécifique au virus, qui contribue à la protéger contre de futures infections par le même pathogène. Mais que se passerait-il si la guérison d'une infection aiguë impliquait bien plus que cela ? 

Une étude menée par des chercheurs du Laboratoire de biologie des infections de l'Université Pompeu Fabra, publiée dans la revue Cell Death & Disease, montre que la guérison d'une infection virale aiguë peut entraîner des séquelles à long terme pour le système immunitaire. À l'aide d'un modèle murin d'infection aiguë, les chercheurs ont constaté que, même si les animaux parvenaient à contrôler le virus et à surmonter la phase aiguë de l'infection, leur système immunitaire restait altéré bien plus longtemps. 

Selon Andreas Meyerhans, professeur de recherche ICREA à l'UPF et responsable de l'étude, « on a généralement l'impression qu'une infection virale aiguë est un événement relativement mineur et transitoire : une fois le virus maîtrisé et les symptômes disparus, l'organisme est pleinement rétabli et retrouve son fonctionnement normal. Mais cette vision risque de sous-estimer des conséquences qui ne sont pas immédiatement visibles et qui peuvent persister longtemps après la guérison de l'infection elle-même. »

En tant qu'effet collatéral de la réponse immunitaire générée pour contrôler et éliminer le virus, les chercheurs ont observé une perturbation importante de l'architecture de la rate chez les souris guéries. Le tissu s'est fibrosé, tandis que l'organisation et la localisation des cellules immunitaires ont été profondément altérées. Ces modifications ont perturbé les interactions cellulaires nécessaires à l'activation des lymphocytes T, acteurs clés de l'immunité adaptative qui reconnaissent et éliminent les cellules infectées. Par conséquent, après la guérison de l'infection aiguë, les souris ont présenté une altération prolongée de leur capacité à déclencher de nouvelles réponses immunitaires lors d'infections ultérieures.

« L’infection peut être maîtrisée, mais cela ne signifie pas nécessairement que l’hôte est complètement rétabli », explique la Dre Paula Cebollada Rica, première auteure de l’étude. « Nos résultats montrent que les conséquences immunitaires d’une infection virale aiguë peuvent persister au-delà de la période où le virus est détectable, laissant les animaux dans un état d’immunodéficience. »

La vaccination a permis d'éviter les conséquences à long terme de l'infection

La question suivante était de savoir s'il existait un moyen de prévenir ces conséquences à long terme. La vaccination apparaissait comme une solution naturelle. Dans ce modèle murin, les animaux préalablement vaccinés ne présentaient aucune des altérations observées après la guérison de l'infection aiguë : leur architecture splénique restait intacte et la fonctionnalité de leurs lymphocytes T était comparable à celle des souris naïves. 

« Après avoir guéri d’une infection virale aiguë, les animaux vaccinés n’ont présenté ni dysfonctionnement des lymphocytes T ni altérations de la rate. Cela signifie que la vaccination a non seulement prévenu la maladie consécutive à l’infection aiguë, mais a également préservé la capacité du système immunitaire à faire face à de nouvelles agressions », explique Cebollada Rica. 

Implications pour la santé publique

Ces résultats interviennent à un moment où les décisions relatives à la vaccination et à la prévention des maladies infectieuses sont de plus en plus influencées par les politiques publiques. Les données scientifiques sur les conséquences des infections et les bienfaits de la vaccination sont particulièrement importantes à l'heure où les décisions politiques peuvent compromettre les efforts concertés de prévention des maladies. Ces résultats suggèrent que la vaccination pourrait avoir des avantages qui vont au-delà de la simple prévention de la maladie causée par une infection.

« Les bienfaits de la vaccination mis en évidence par cette recherche sont importants non seulement pour les soins de santé, mais aussi pour la manière dont nous communiquons l'importance de la vaccination à l'ensemble de la population », déclare Meyerhans. « Il est essentiel que les gens soient conscients de la protection plus large qu'offre la vaccination et qu'ils continuent de faire confiance aux vaccins, considérés comme l'un des outils les plus efficaces pour prévenir les maladies. En clair, les vaccins offrent des avantages considérables pour la santé à un coût relativement faible pour la société. »

La confiance des Américains envers la sécurité des aliments et la surveillance fédérale atteint un niveau historiquement bas, selon un sondage

« Un sondage Gallup révèle que la confiance des Américains envers la sécurité des aliments et la surveillance fédérale atteint un niveau historiquement bas », source Food Safety Magazine.

La confiance des Américains dans la sécurité de l'approvisionnement alimentaire aux États-Unis et dans la capacité du gouvernement fédéral à garantir cette sécurité a chuté à des niveaux historiquement bas, selon un nouveau sondage Gallup. Parallèlement, davantage de consommateurs ont déclaré prendre des précautions en réaction aux rappels de produits alimentaires et aux avis de sécurité.

Baisse de la confiance envers les aliments vendus en magasin

Seulement 65 % des adultes américains se sont dits très ou assez confiants quant à la sécurité des aliments vendus dans la plupart des magasins d'alimentation ; ce chiffre était de 73 % en 2025 et de 81 % en 2019. Par ailleurs, 66 % ont exprimé leur confiance quant à la sécurité des aliments servis dans la plupart des restaurants, un indicateur que Gallup a inclus pour la première fois cette année.

Les Américains moins confiants dans la surveillance fédérale de la sécurité des aliments

La confiance dans la capacité du gouvernement fédéral à garantir la sécurité de l'approvisionnement alimentaire a également atteint un nouveau plus bas, s'établissant à 47 %, contre 53 % en 2025 et 68 % en 2019. Pour la première fois dans l'histoire des sondages Gallup, une majorité d'Américains (53 %) a déclaré n'avoir que peu ou pas du tout confiance dans la surveillance fédérale de la sécurité des aliments.

Davantage de consommateurs prennent des précautions

Parallèlement, les consommateurs sont plus enclins à prendre des précautions à la suite d'avertissements concernant la sécurité alimentaire. Plus précisément, Gallup a constaté que :

- 73 % des Américains avaient évité d'acheter certaines marques ou certains types d'aliments à la suite d'un rappel ou d'un avis des autorités au cours de l'année écoulée, contre 53 % en 2024 ;

- 45 % avaient jeté ou rapporté un produit alimentaire, contre 37 % en 2024 ;

- 42 % avaient craint que l'un des aliments qu'ils avaient consommés ne soit contaminé, contre 26 % en 2024.

Différences partisanes dans la perception de la sécurité des aliments

Le sondage a également révélé un creusement des écarts partisans concernant la confiance envers la surveillance fédérale de la sécurité alimentaire. Chez les Républicains, 70 % ont exprimé leur confiance dans la capacité du gouvernement fédéral à garantir la sécurité des aliments, contre 30 % chez les Démocrates. Toutefois, une majorité de personnes, tous bords politiques confondus, ont déclaré avoir évité certains aliments en raison de rappels ou d'avis sanitaires, notamment 63 % des Républicains, 73 % des Indépendants et 81 % des Démocrates.

La baisse de confiance envers la sécurité des aliments fait suite à des épidémies majeures

Ces résultats font suite à la plus importante épidémie de cyclosporose jamais enregistrée aux États-Unis, qui a touché plus de 12 000 personnes dans 21 États et s'est achevée en septembre 2026.

Gallup a noté que les précédentes baisses de confiance envers la surveillance fédérale de la sécurité des aliments avaient également coïncidé avec des épidémies majeures de maladies d'origine alimentaire, notamment celles liées à Escherichia coli et à Salmonella en 2007 et 2008. Cependant, les dernières données indiquent que les préoccupations des Américains concernant la contamination alimentaire et leurs réactions aux avertissements sanitaires se sont accrues au sein de tous les groupes politiques, malgré les divergences partisanes quant à la confiance accordée à la surveillance fédérale.

Suisse : Deux cas de botulisme alimentaire découverts en Valais, une première depuis plus de trois décennies

« Deux cas de botulisme alimentaire découverts en Valais, une première depuis plus de trois décennies », source RTS.

C'est une première depuis plus de trente ans. Deux cas de botulisme alimentaire ont été détectés en Valais. Deux personnes ont été intoxiquées et sont actuellement hospitalisées. Elles ont reçu un traitement antitoxine. Il n'y a pas de risque de contagion.

Un rappel de produit a été diffusé par l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV) sur l’application RecallSwiss en raison d’une suspicion concernant une terrine de jarret de porc, vendue sur les marchés de Sierre et de Martigny, ainsi que dans certaines boucheries.

« Les lots ont été retirés du marché. Les personnes ayant acheté un produit de ce type sont appelées à ne pas le consommer et à ne pas l’ouvrir. Le produit doit être jeté », a communiqué, mercredi, l'Etat du Valais, confirmant une information préalable de Rhône FM.

Se rendre aux urgences

Les premiers symptômes apparaissent généralement dans les heures ou les jours suivant l’ingestion. Ils peuvent notamment comprendre une sécheresse de la bouche, des troubles de la vision tels qu’une vision floue ou double, des difficultés à parler ou à avaler ainsi qu’une faiblesse ou une paralysie musculaire. Des nausées, vomissements ou diarrhées peuvent également survenir. Dans les formes sévères, la paralysie peut atteindre les muscles respiratoires et nécessiter une prise en charge médicale intensive.

Les personnes ayant consommé ce produit et qui présenteraient des symptômes compatibles avec le botulisme doivent se rendre sans délai aux urgences et signaler au personnel médical la consommation du produit concerné ainsi que la suspicion de botulisme.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News d’avoir signalé cette information.

Et chez nous ...

Selon Santé publique France, 

Du 1er janvier 2018 au 31 décembre 2024, 74 foyers ont été déclarés en France métropolitaine, totalisant 122 cas (dont 107 cas hospitalisés et 1 décès).

Dans près de 80 % des cas, il s'agit d'un botulisme alimentaire lié à la consommation de conserves familiales, artisanales ou de charcuteries mal stérilisées.

Des chercheurs s'inquiètent de la circulation de Campylobacter multirésistants entre les secteurs et les pays en Europe

« Des chercheurs s'inquiètent de la circulation de Campylobacter multirésistants entre les secteurs et les pays en Europe », source Food Safety Magazine.

Une lignée de Campylobacter coli multirésistant circule depuis des années entre les sources humaines, animales, alimentaires et environnementales en Europe, soulignant la nécessité d'une surveillance génomique coordonnée selon l'approche Une seule santé, d'après une étude publiée dans la revue du CDC, Emerging Infectious Diseases.

Une équipe internationale de chercheurs a caractérisé l'émergence et la transmission de la séquence type (ST) 10042 de C. coli, initialement identifié comme un séquence type prédominant grâce à une surveillance fondée sur le séquençage du génome entier au Portugal. L'étude a porté sur 217 isolats de C. coli ST10042 collectés dans neuf pays européens entre août 2018 et décembre 2025. Parmi eux, 184 étaient d'origine humaine et 33 provenaient de sources animales, alimentaires ou environnementales.

Le Portugal a fourni le plus grand nombre d'isolats humains (85), suivi de l'Allemagne (30) et du Luxembourg (21). Au Portugal, la ST10042 représentait 30 % des infections à C. coli en 2022 ; ce taux a chuté à 14-15 % en 2023-2024 avant de remonter à 24 % en 2025. Dans l'ensemble, la ST10042 a été la séquence type de C. coli le plus fréquemment identifié dans le pays entre 2021 et 2025.

Sur les 30 isolats d'origine animale ou alimentaire inclus dans l'étude, 83 % provenaient de volailles. Ces isolats ont été obtenus à partir de viande de volaille crue, de plats préparés à base de poulet, d'animaux d'élevage et d'un chien. Trois autres isolats provenaient d'eaux de surface.

L'analyse génomique a mis en évidence des clusters transfrontaliers, notamment un vaste groupe composé principalement d'isolats du Portugal et du Luxembourg, ainsi que d'isolats provenant d'Allemagne, d'Irlande, du Royaume-Uni, d'Espagne et des Pays-Bas. D'autres clusters notables reliaient des isolats provenant d'Allemagne, du Danemark et d'Irlande. Selon les chercheurs, ces résultats démontrent une circulation transnationale et intersectorielle soutenue, plutôt que des infections sporadiques isolées à C. coli.

Cette lignée présentait également un profil de multirésistance conservé. Les 98 isolats portugais soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens étaient tous résistants à la ciprofloxacine, à la tétracycline et à l'ampicilline. La quasi-totalité était résistante à l'amoxicilline/acide clavulanique et présentait une sensibilité diminuée à l'ertapénem. Toutefois, les chercheurs ont souligné que l'absence de seuils cliniques établis et de données sur l'évolution clinique limite l'interprétation de la sensibilité à l'ertapénem.

Les chercheurs ont identifié des déterminants génétiques associés à la résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines dans un ensemble plus vaste de 217 isolats. Ils ont également suggéré que la variation du gène porA influençait la sensibilité à l'amoxicilline/acide clavulanique et à l'ertapénem.

L'étude était limitée par les différences de couverture de la surveillance par séquençage du génome entier entre les pays, la surreprésentation des isolats portugais et le manque de données épidémiologiques détaillées nécessaires pour confirmer les voies de transmission ou la causalité de l'épidémie. Dans l'ensemble, les chercheurs ont affirmé que les résultats démontraient l'importance d'une surveillance harmonisée du séquençage du génome entier dans le cadre de l'approche Une seule santé pour les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental, incluant des méthodes d'échantillonnage et d'analyse standardisées et des bases de données génomiques partagées pour la détection des lignées émergentes de Campylobacter résistants aux antimicrobiens. 

Le Danemark et l'Autriche contribuent à résoudre deux importantes épidémies de salmonellose en Europe

Une étude avec 36 auteurs est paru en septembre 2026 dans Epidemiology and Infection à propos de foyers de cas étendus à Salmonella Enteritidis en Europe liées à de la viande de poulet originaire de Pologne, 2023 (Widespread European outbreaks of Salmonella Enteritidis related to chicken meat from Poland, 2023)

Cet article présente des données sur les épidémies survenues en Europe et décrit les investigations microbiologiques, épidémiologiques et alimentaires menées en Autriche et au Danemark lors de ces deux épidémies transfrontalières simultanées à S. Enteritidis.

Résumé

Salmonella Enteritidis se transmet généralement à l'homme par la consommation d'œufs ou de viande de volaille. En juillet 2023, le Danemark et l'Autriche ont signalé simultanément deux épidémies causées par des souches de S. Enteritidis de séquence type (ST) 11 génétiquement distinctes. Dans les deux pays, des cas ont été rattachés à ces épidémies grâce au typage de séquence multilocus basé sur le core génome (cgMLST) entre le 1er janvier et le 1er octobre 2023. Les investigations ont inclus des entretiens avec les patients, la traçabilité des aliments et, par analyse cgMLST, la comparaison d'isolats d'origine humaine, alimentaire et environnementale.

Au total, 207 cas ont été recensés dans 11 pays de l'UE. Les informations recueillies sur l'alimentation des patients ont orienté les soupçons vers le poulet, souvent vendu sous forme de viande à kebab. Des enquêtes approfondies de traçabilité, menées à partir des restaurants et grossistes concernés en Autriche et au Danemark, ont identifié la viande de poulet produite en Pologne comme le vecteur de ces épidémies.

Suite au décès d'un patient en Autriche, les autorités de la sécurité des aliments ont renforcé les contrôles sur ce produit, entraînant des rappels de denrées alimentaires. Des rappels de produits spécifiques à base de poulet originaire de Pologne ont également été effectués au Danemark. Malgré les interventions nationales et les réglementations visant les producteurs de volaille, l'UE reste collectivement vulnérable aux épisodes de contamination alimentaire à grande échelle prenant leur source dans un seul État membre. Une collaboration internationale et intersectorielle efficace a été déterminante pour identifier le vecteur de ces épidémies.

Conclusion

Cette enquête démontre l'efficacité de la traçabilité alimentaire internationale comme outil de résolution des épidémies.

Elle souligne également l'importance d'une généralisation du séquençage du génome entier ainsi que de la capacité à partager et comparer les données de séquençage issues d'isolats humains et alimentaires entre les différents pays. L'utilisation d'une plateforme commune telle qu'EpiPulse favorise la collaboration et renforce la réponse collective face aux menaces pour la santé publique. L'émergence d'épidémies de S. Enteritidis liées à du poulet polonais met en lumière la complexité des défis ainsi que la nature multidimensionnelle de la prévention et de la lutte contre les maladies d'origine alimentaire dans un monde de plus en plus interconnecté. Relever ces défis exige une action concertée de toutes les parties prenantes, gouvernements, organismes de réglementation, partenaires industriels et consommateurs, afin de mettre en œuvre des stratégies globales fondées sur des données probantes, visant à réduire le risque de contamination par Salmonella dans les produits avicoles et à préserver la santé publique à l'échelle mondiale.

Deux épidémies distinctes à Salmonella ST11

Un tableau présente les données relatives à l'épidémie 1 (N = 149), à l'épidémie 2 (N = 60) et au total (N = 209).

- Sexe : Les hommes constituent la majorité dans les deux épidémies (54,4 % pour l'épidémie 1, 68,3 % pour l'épidémie 2, 58,4 % au total).

- Tranche d'âge : Les groupes les plus touchés sont ceux des 11-20 ans (19,1 % au total) et des 21-30 ans (22,5 % au total). L'épidémie 2 présente une concentration notable dans la tranche d'âge des 81 ans et plus (16,7 %).

- Hospitalisation : 11,0 % de l'ensemble des cas ont été hospitalisés, bien que cette information soit inconnue pour 72,7 % des cas.

- Voyage à l'étranger : 12,4 % de l'ensemble des cas ont signalé un voyage, tandis que cette information est inconnue pour 52,2 % d'entre eux.

- Pays : Le Royaume-Uni a enregistré le nombre de cas le plus élevé (80 cas, soit 38,3 %), suivi de la France (49 cas, soit 23,4 %) et du Danemark (29 cas, soit 13,9 %). L'épidémie 1 était fortement concentrée au Royaume-Uni (46,3 %), alors que l'épidémie 2 était plus uniformément répartie entre la France (23,3 %), l'Autriche (18,3 %) et l'Allemagne (18,3 %).

- Consommation de poulet : 19,6 % de l'ensemble des cas ont confirmé en avoir consommé, tandis que l'information est inconnue pour 79,9 % d'entre eux.

- Consommation de kebab : 16,7 % de l'ensemble des cas ont confirmé en avoir consommé, tandis que l'information est inconnue pour 76,6 % d'entre eux.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News d’avoir signalé cette information.

France : Questions sur un rappel de jambon sec contaminé par de l'ochratoxine A

D’habitude quand il y a un rappel de jambon sec sur RappelConso, vous pouvez vérifier, il s’agit le plus souvent en raison de la présence de Listeria monocytogenes et de temps à autre de la présence de Salmonella.

Mais là, à ma connaissance, c’est bien la première fois qu’un rappel de jambon sec en France soit dû à la présence d’ochratoxine A, une mycotoxine bien connue.

Reprenons les faits qui ont évolué lentement,semble-t-il, selon la chronologie suivante :

- Le 25 septembre 2026, RappelConso informe du rappel de jambon sec supérieur U 10 tranches. Le motif du rappel est une non conformité chimique liée à la présence identifiée d'ochratoxine A

- Le distributeur Système U, à l’origine du rappel, mentionne ce rappel, mais il ne dit pas à quelle date ce rappel a été effectué. Il va falloir corriger ça.

- Le 1er octobre 2026, la France notifie au RASFF de l’UE, référence 2026.8697, la présence excessive d’ochratoxine A (116 ± 35 µg/kg ) dans du jambon sec de France. Le maximum étant 3 µg/kg (?)

Le souci de ce rappel, qui était sans aucun doute nécessaire, là n’est pas la question, n’a pas de base réglementaire.

En effet, selon le règlement (UE) 2023/915 concernant les teneurs maximales pour certains contaminants dans les denrées alimentaires, il n’y a pas de seuils fixés pour le jambon sec. Autrement dit, la législation européenne ne réglemente pas l'ochratoxine A dans la viande et les produits dérivés de la viande.

Le maximum de 3 µg/kg ne correspond pas au jambon sec, qui n’est pas mentionné du tout dans ce règlement précité.

Autre sujet de discussion, comment se fait-il qu'on est retrouvé de l'ochratoxine A sur ou dans du jambon sec ?

Deux pistes peuvent être proposées :

- Le processus de fabrication du jambon sec nécessite une période de séchage et de maturation plus ou moins longue. Des moisissures peuvent parfois proliférer à la surface du produit si les paramètres environnementaux (hygrométrie, ventilation) ne sont pas parfaitement maîtrisés.

- La chaîne alimentaire animale : le porc a pu consommer des céréales elles-mêmes contaminées par ces moisissures avant l'abattage, ce qui peut laisser des résidus dans les tissus.

Mais là où cela va devenir vraiment intéressant c’est de lire la littérature scientifique, deux articles récents sélectionnés, sur le sujet de la présence d’ochratoxine A dans du jambon sec ou des produits de charcuterie.

Présence d'ochratoxine A dans les produits de charcuterie aux Pays-Bas

Une étude de juin 2026, paru dans Toxins, a réalisé une enquête sur la présence d'ochratoxine A dans les produits de charcuterie aux Pays-Bas.

L'ochratoxine A est un métabolite toxique produit par des champignons, présent dans divers produits alimentaires, céréales et aliments pour animaux d'origine végétale (matières premières). Il a été démontré que l'ochratoxine A a des effets toxiques après ingestion, tant chez l'animal que chez l'homme. Par conséquent, l'EFSA a conclu que la contribution des viandes (transformées) à l'exposition humaine à l'ochratoxine A ne devait pas être négligée. L'objectif de cette étude était d'évaluer la présence d'ochratoxine A ; des données sur l'ochratoxine A dans les charcuteries ont donc été collectées.

50 produits de charcuterie ont été obtenus auprès de supermarchés néerlandais. L'ochratoxine A a été détectée à des concentrations égales ou supérieures à la limite de quantification dans quatre échantillons de jambon cru (de 0,30 µg/kg à 79,8 µg/kg) et deux échantillons de saucisses (0,2 µg/kg et 0,41 µg/kg). Au total, l'ochratoxine A a été détectée dans vingt échantillons, ce qui indique que sa concentration dépassait la limite de quantification dans 40 % des charcuteries analysées.

Contribution clé : Quarante pour cent des produits de charcuterie analysés étaient contaminés par l'ochratoxine A. Bien que les niveaux de contamination soient généralement faibles, la possibilité d'une contamination relativement importante ne peut être exclue. Par conséquent, cette incidence de contamination de 40 % suggère que la consommation de produits de charcuterie peut contribuer à une exposition faible, mais fréquente, des consommateurs néerlandais à l'ochratoxine A.

Recherche d'ochratoxine A dans les jambons séchés à l'air en République tchèque 

Une étude tchèque de 2024, paru dans Meat Science, avait pour objectif de rechercher l'ochratoxine A dans les jambons séchés à l'air. La photo est issue de cet article.

La législation de l'Union européenne relative à l'ochratoxine A dans les denrées alimentaires a évolué récemment (il s’agit du règlement de 2023 cité plus haut -aa). Toutefois, elle ne réglemente pas la présence d'ochratoxine A dans les viandes et les produits carnés. Dans le cadre de cette mise à jour, la Commission européenne a demandé de nouvelles études, notamment sur la présence d'ochratoxine A dans le jambon, ce qui soulève des inquiétudes quant à un risque potentiel d'exposition à cette toxine lors de sa consommation. Cette étude vise à analyser la présence d'ochratoxine A dans 195 échantillons de jambons séchés à l'air, prélevés sur le marché tchèque entre janvier et juin 2023.

De l'ochratoxine A a été détectée dans 93 échantillons (48 %) de jambon séché à l'air, avec une concentration atteignant 14,58 ng/g. En raison de l' absence actuelle de limites réglementaires, les résultats de cette étude ont été comparés à la limite maximale italienne de 1 ng/g pour l'ochratoxine A dans la viande et les sous-produits porcins. Cette limite a été dépassée dans 22 échantillons (11 %). De plus, 14 de ces échantillons étaient d'origine italienne, ce qui est très préoccupant en matière de sécurité des aliments. Cette étude montre que la population tchèque est exposée à l'ochratoxine A provenant de ces sous-produits porcins. Il est donc essentiel d'établir une limite réglementaire pour l'ochratoxine A dans la viande et les aliments qui en sont issus afin de protéger la santé humaine.

Évaluation par l’EFSA

Selon les données recueillies par l’EFSA (2020) de 29 pays européens entre 2009 et 2018, les aliments présentant les moyennes de contamination en ochratoxine A les plus élevées étaient (ordre décroissant) :

- compléments alimentaires à base de plantes ;

- piments rouges ;

- réglisse et bonbons à la réglisse ;

- épices (paprika, poudre de piments, piment de la Jamaïque, poivre de Cayenne, noix de muscade, curry) ;

- ail ; 

- figues sèches ;

- jambon sec ;

- herbes aromatiques ;

- fromages.

Données extraites de la fiche de l’Anses sur Aspergilli et Penicillia producteurs d’ochratoxine A, mai 2023.

Prochaine étape ?

En France, il y a bien eu une étude en 2018 sur du muscle et du foie de porcs avec un dosage d'ochratoxine A dans 70 échantillons. Trois échantillons ont dépassé le niveau maximal recommandé en Italie de 1 μg OTA kg−1. Aucune différence significative n'a été constatée entre les productions biologiques et conventionnelles. 

Cela étant, il faudrait envisager une enquête en France sur les produits de charcuterie, dont les jambons secs, afin de connaître quel est l’état des lieux de la présence d’ochratoxine A, et surtout que l’EFSA puisse enfin fixer des valeurs seuils pour ces produits.