Escherichia
coli entéro-invasif
(ECEI)
et Shigella
spp. sont deux bactéries à Gram négatif responsables de maladies
diarrhéiques dans le monde. Les présentations cliniques de ces deux
agents pathogènes sont très similaires et se manifestent
généralement par la diarrhée, les crampes abdominales, les nausées
et la fièvre chez l'enfant et l'adulte. En plus d'un tableau
clinique similaire, ECEI
et Shigella
partagent des caractéristiques de laboratoire qui peuvent rendre
difficile leur distinction dans la pratique courante de laboratoire
clinique. Les deux agents pathogènes sont transmis par voie
fécale-orale et les infections sont fréquemment associées à la
consommation d'aliments et d'eau contaminés. Alors que Shigella
est associée à des épidémies d'origine alimentaire à grande
échelle, les épidémies causées par ECEI
sont rarement enregistrées.
Une
prévalence élevée des infections à ECEI
a été documentée dans les zones rurales et les environnements avec
un mauvais assainissement dans les pays à haut risque tandis que les
infections à ECEI
en Europe sont généralement sporadiques et liées aux voyages.
Néanmoins, quelques foyers à
ECEI
ont été signalés en Europe, les plus récents étant survenus en
Italie en 2012 et au Royaume-Uni en 2014. Ces éclosions ont touché,
respectivement, 109 cas et 157 cas probables, ce qui met en évidence
le fait que ECEI, comme Shigella,
a la capacité de provoquer de grandes éclosions de maladies
gastro-intestinales.
La
souche épidémique identifiée dans ces récentes épidémies
européennes, ECEI O96:H19, est un type de
ECEI émergent qui présente
des caractéristiques phénotypiques plus proches de celles de
Escherichia coli (E. coli)
non invasif que celles
décrites pour Shigella.
Il est suggéré que ces caractéristiques contribuent à améliorer
les capacités de survie ainsi que la capacité de mieux s'adapter
aux différentes niches écologiques.
Traditionnellement,
la culture des échantillons fécaux a été le pilier du diagnostic
en laboratoire des bactéries entériques, et ECEI a été
différenciée de Shigella
en évaluant une combinaison de plusieurs caractéristiques
phénotypiques, y compris les caractéristiques biochimiques, de
motilité et sérologiques.
Cette
situation est en train de changer car les méthodes basées sur la
PCR deviennent courantes dans de nombreux laboratoires de diagnostic.
Contrairement à E.
coli
non invasif, ECEI et Shigella
peuvent envahir et se multiplier dans les cellules épithéliales
intestinales, un processus qui est partiellement médié par
un
gène
plasmidique
(ipa)
codant
pour l’invasion des entérocytes.
Pour cette raison, la PCR ciblant le gène ipaH
peut séparer ECEI des autres E.
coli
non invasifs, mais ne peut pas différencier ECEI et Shigella.
Le gène lacY
a été proposé comme marqueur moléculaire supplémentaire pour
lequel la plupart des E.
coli
sont positifs et Shigella
est négatif. Son utilisation comme cible de PCR pour séparer
Shigella
et ECEI est limitée aux isolats bactériens, car de nombreux
échantillons fécaux sont lacY
positif en raison de la présence de
E.
coli
dans la flore normale.
En
Suède, plusieurs laboratoires cliniques se sont tournés vers
l'utilisation de tests PCR directs sur des échantillons de matières
fécales comme principal outil de diagnostic. Cependant, la plupart
de ces laboratoires cultivent des échantillons positifs pour la PCR,
ce que l'on appelle une culture guidée par les résultats de la PCR.
Bien que la culture d'échantillons fécaux positifs à la PCR soit
effectuée en routine, il peut être difficile d'obtenir des isolats
ECEI car la morphologie des souches ECEI sur des substrats couramment
utilisés peut imiter la morphologie de la flore de fond entérique,
les colonies jaunes sur gélose au xylose lysine désoxycholate
(gélose
XLD),
plutôt que la morphologie de Shigella,
colonies rouges sur gélose XLD. Par conséquent, la séparation de
ECEI des autres bactéries dans la flore normale nécessite
généralement des procédures de laboratoire supplémentaires telles
que le dépistage d'un grand nombre de colonies, ce qui est considéré
comme trop long pour la plupart des laboratoires cliniques.
Pour
cette raison, il est probable qu'un patient dont les échantillons
sont positifs pour la PCR ipaH
mais négatifs pour la culture ne serait pas notifié comme cas si
l'algorithme de diagnostic au laboratoire nécessite un isolat de
Shigella
détecté. De plus, la PCR est une méthode plus sensible que la
culture et Shigella
est connue pour sa capacité de survie limitée dans les échantillons
fécaux, ce qui peut également conduire à des échantillons
positifs pour la PCR
ipaH
mais négatifs pour la culture.
La
shigellose est à déclaration obligatoire en Suède comme dans la
plupart des pays européens. En 2017, l'incidence était de 2,1 pour
100 000 habitants en Suède, et la majorité des cas avaient été
infectés à l'étranger. La déclaration obligatoire des maladies
permet la mise en œuvre d'une série d'actions de santé publique, y
compris des activités de gestion et de surveillance de la santé
publique, et aide à définir les expositions aux risques.
Contrairement à la shigellose, la déclaration n'est pas obligatoire
pour les ECEI et la présence de ce pathogène en Suède est
actuellement inconnue.
En
Suède, la présence de
ECEI
est actuellement inconnue et aucune information sur la distribution
de la souche spécifique de l'épidémie n'était disponible pour
l'équipe d'investigation
sur l'épidémie, c'est-à-dire on ne sait pas si ECEI O96:H19
circule en Suède ou si cette souche a été introduite via un
produit alimentaire importé.
Cette
sérotype
spécifique de
ECEI
de ST99 a été signalée pour la première fois comme l'agent
pathogène causant une maladie lors d'une épidémie en Italie en
2012, et a depuis été impliquée dans deux éclosions au
Royaume-Uni et dans un cas sporadique lié à des voyages en Espagne.
Le sérotype O96:H19 de ST99 est considéré comme une nouvelle
souche de
ECEI
virulente émergente et diffère des autres souches de
ECEI
et de
Shigella
traditionnelles dans de nombreux tests phénotypiques car il est plus
réactif, par ex. fermente le glucose, est positif pour
la
lysine
décarboxylase et
est mobile. Cela a également été démontré dans la présente
enquête. Les souches émergentes de
ECEI
telles que ECEI O96:H19, qui ressemble phénotypiquement plus à E.
coli
qu'à Shigella,
ce qui pourrait permettre d'améliorer les capacités de survie,
pourraient potentiellement contribuer à une augmentation des
épidémies d'origine alimentaire causées par ECEI à l'avenir. Cela
nécessite une meilleure préparation en laboratoire et un consensus
sur les recommandations de mesures de santé publique des
échantillons fécaux de Shigella/ECEI
positifs par
PCR.
Référence
Lagerqvist
Nina, Löf
Emma,
Enkirch
Theresa,
Nilsson
Peter,
Roth
Adam,
Jernberg
Cecilia.
Outbreak of gastroenteritis highlighting the diagnostic and
epidemiological challenges of enteroinvasive Escherichia
coli,
County of Halland, Sweden, November 2017. EuroSurveill.
2020;25(9):pii=1900466
https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.1900466
