Shigellose : Un vaccin prometteur mis au point chez la souris

Dans la revue, Microbiology Spectrum, des chercheurs décrivent un candidat vaccin sous-unitaire auto-adjuvant qui induit une réponse immunitaire protectrice contre plusieurs sérotypes et espèces de Shigella, que l'hôte ait déjà été exposé à Shigella ou non.

L’article s’intitule, «The L-DBF vaccine cross protects mice against different Shigella serotypes after prior exposure to the pathogen».

Résumé

Le système de sécrétion de type III (T3SS) de Shigella est un système de sécrétion spécialisé qui constitue le principal facteur de virulence qu'il utilise pour infecter la muqueuse colique. Il a été démontré que les protéines IpaB et IpaD de l'appareil de sécrétion de type III (T3SA), ainsi que la fusion génétique, appelée DBF, protègent les souris contre l’infection à Shigella spp. dans un modèle pulmonaire mortel. Dans une étude précédente, nous avons fusionné LTA1, la partie active de la toxine mortelle de Escherichia coli entérotoxinogène au DBF pour produire un candidat vaccin auto-adjuvant L-DBF, qui protège les souris contre quatre sérotypes de Shigella flexneri et Shigella sonnei. Ici, nous avons exposé des souris à une ou deux doses sublétales de S. flexneri 2a pour identifier si la réponse immunitaire induite par le L-DBF chez l'hôte serait affectée par une infection antérieure par des sérotypes homologues ou hétérologues de Shigella.

Nous démontrons que la pré-infection avec deux doses sublétales de S. flexneri 2a n'a pas provoqué de protection croisée contre S. sonnei, contrairement à la vaccination avec L-DBF.

Nos résultats indiquent que le L-DBF est un candidat vaccin réalisable offrant une protection croisée contre les différents sérotypes de Shigella, même après une exposition préalable à l’agent pathogène.

Ce travail fournit une preuve de concept selon laquelle un nouveau vaccin sous-unitaire peut non seulement protéger un hôte naïf contre une provocation par Shigella, mais peut également protéger contre une provocation après une infection antérieure par le même ou différents sérotypes de Shigella.

Importance

La shigellose est endémique dans les régions du monde à revenu faible ou intermédiaire, où les enfants sont particulièrement vulnérables. Dans de nombreux cas, il existe des anticorps préexistants dans la population locale et l’effet d’une exposition antérieure doit être pris en compte lors du développement et des tests de vaccins contre l’infection à Shigella.

Notre étude montre que les réponses immunitaires induites par L-DBF ne sont pas affectées par une exposition antérieure à cet agent pathogène. De plus, des profils de cytokines quelque peu différents ont été observés dans les poumons de souris vaccinées n'ayant pas été exposées à Shigella, ce qui suggère que les réponses immunitaires provoquées par l'infection à Shigella et la vaccination par L-DBF suivent des voies différentes.

L'Espagne enregistre une augmentation de cas à Salmonella et à Yersinia en 2022

«L'Espagne enregistre une augmentation de cas à Salmonella et à Yersinia en 2022», source article le 1er octobre 2023 dans Food Safety News.

Les cas d’infection à Salmonella et à Yersinia ont augmenté en Espagne en 2022, selon les derniers chiffres.

Au total, 8 777 cas d’infection à Salmonella ont été signalés, ainsi que 39 cas importés. L'année précédente, 6 156 infections et quatre cas importés ont été enregistrés.

La salmonellose touche un peu plus les hommes que les femmes. Le groupe d'âge avec l'incidence la plus élevée était celui des moins de 5 ans, selon les données du Réseau national de surveillance épidémiologique (RENAVE).

Le principal sérotype de Salmonella identifié était Typhimurium, avec 708 cas, suivi de Enteritidis, avec 630 cas. Une tendance saisonnière claire a été observée dans les deux cas, les cas augmentant pendant les mois les plus chauds de l’année et atteignant un pic en août.

Les informations sur le sérotype à l’origine de l’infection étaient disponibles dans moins de 20% des cas.

258 foyers ont été signalés, totalisant 1 332 cas, dont 185 personnes ont été hospitalisées. Un peu plus de la moitié des foyers se sont produits entre juin et octobre, avec un pic en septembre. En 2021, 151 foyers avec 915 cas ont été enregistrés.

Sur 59 foyers de cas en 2022 pour lesquelles des informations sont disponibles, 44 ont été causées par Salmonella Enteritidis, 11 par Salmonella Typhimurium et un par Salmonella Typhimurium monophasique et Salmonella Virchow.

La consommation d'aliments contaminés était la principale forme de transmission identifiée dans 229 foyers. Les œufs et les ovoproduits ont été impliqués dans 94 éclosions. Le lieu central d'exposition était le domicile pour 111 foyers, suivi par les restaurants dans 80 foyers.

Chiffres de Yersinia

En 2022, 1 015 cas de yersiniose ont été signalés ainsi que trois infections importées. Cela représente une augmentation par rapport aux 744 cas de 2021.

La maladie touchait principalement les enfants, l'incidence la plus élevée étant signalée chez les enfants de moins de 5 ans. Les hommes étaient plus souvent malades que les femmes.

Dans tous les cas comportant des informations sur l'espèce, Yersinia enterocolitica a été identifiée dans 779 cas, et il y a eu deux cas de Yersinia pseudotuberculosis. L'âge médian des cas à Yersinia enterocolitica était 16 ans, tandis que les deux cas à Yersinia pseudotuberculosis étaient âgés de 47 et 48 ans.

En 2021, deux foyers de cas ont été enregistrés avec huit patients. De plus, en 2022, deux éclosions ont été signalées, mais il y a eu six cas, et aucun d’entre eux n’a été hospitalisé.

Les deux foyers ont eu lieu à la maison. L'un d'entre eux était associé à la consommation d'huîtres crues, car Yersinia frederiksenii a été isolée dans des échantillons cliniques de patients. L'autre foyer était dû à Yersinia enterocolitica, mais aucune information n'était disponible sur l'aliment concerné.

Des données antérieures ont montré que l'Espagne a connu une augmentation des infections à E. coli et à Listeria en 2022.

Au total, 633 cas d’infections à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été signalées, contre 426 en 2021. Il y a eu 460 patients atteints de listériose, contre 375 en 2021.

Complément

Puisqu’il s’agit de l’Espagne, on lira cet article de Joe Whitworth paru dans Food Safety News du 30 septembre 2023 sur une épidémie touchant plus de 450 personnes liée à de l’eau potable contaminée par Cryptosporidium.

Belgique : Plusieurs cas de contamination par Shigella dans un restaurant

Ce n’est pas une histoire belge, mais plus sérieusement la présence de Shigella qui a contaminé de nombreuses personnes à deux reprises. Dans ces conditions, l’AFSCA a ordonné une fermeture temporaire par ‘précaution’. Apparemment le nettoyage serait à l’origine de la contamination puisqu’il est exigé par une entreprise extérieure. Je ne crois que cela soit une garantie d’efficacité, bref, nous verrons ...

«Contaminations par la Shigella dans l’établissement Zandberghoeve à Beernem: L’AFSCA et le Departement flamand Zorg ferment l’établissement par précaution et mènent une enquête approfondie pour identifier la source de contamination», source communiqué de l’AFSCA du 14 septembre 2013.

Ces deux derniers week-ends, des personnes ont été infectées par la bactérie Shigella après une réception au sein de l’établissement Zandberghoeve de Beernem. Afin de protéger le consommateur, une fermeture temporaire de l’ensemble de l’établissement est imposée par mesure de précaution. L’AFSCA exige également un nettoyage de l’ensemble du bâtiment par une firme externe et prélève des échantillons de l’environnement de travail. Le Departement Zorg étend l’analyse des échantillons de selles à l’ensemble des membres du personnel.

Joris Moonens, porte-parole du Departement Zorg : «Au départ, les contaminations semblaient se limiter à un groupe d’une cinquantaine de personnes ayant participé à une fête organisée à la «Zandberghoeve» le week-end du 2 septembre. Après un suivi actif du Departement Zorg, aucune autre personne malade n’a été signalée parmi les autres groupes présents dans les salles de la Zandberghoeve ce week-end-là. Mais dans un groupe de 8 personnes ayant fréquenté le restaurant de la Zandberghoeve samedi dernier, nous comptons désormais 6 personnes présentant des symptômes de la shigellose. Chez l’une d’entre elles, ce diagnostic a été confirmé avec certitude. Il est possible que d’autres cas soient identifiés dans d’autres groupes du week-end dernier. Cela indiquerait la présence d’une source de contamination au sein de la Zandberghoeve. Il peut s’agir d’une personne ou d’une denrée alimentaire ou un objet contaminé.».

Hélène Bonte, porte-parole de l’AFSCA : «Nous enquêtons sur la source de contamination en collaboration avec le Departement Zorg. Dans ce contexte, nos contrôleurs ont prélevé des échantillons de nourriture ainsi que des échantillons de l’environnement. À ce jour, l’AFSCA et le Departement Zorg ne sont pas encore parvenus à une conclusion. Afin de protéger le consommateur, nous sommes dès lors contraints de procéder à la fermeture temporaire de l’ensemble de la «Zandberghoeve». L’exploitant est tenu de faire désinfecter l’ensemble des lieux par une entreprise de nettoyage professionnel.»

Le Departement Zorg poursuit son enquête en parallèle afin de détecter d’éventuelles contaminations parmi le personnel. Après la première série de contaminations, des échantillons de selles avaient déjà été prélevés chez les membres du personnel ayant servi ce groupe. L’analyse de ces échantillons par le laboratoire national de référence et Sciensano est en cours. Plusieurs échantillons de selles vont désormais être prélevés chez tous les membres du personnel. Ces derniers ne pourront reprendre le travail que si ces échantillons de selles montrent qu’ils ne sont pas contaminés. Le Departement Zorg va également interroger le personnel et les invités au sujet des points communs et contacts communs entre les groupes au sein desquels des cas de maladie apparaissent.

Sur base des résultats des échantillons prélevés dans l’environnement et auprès du personnel, et après le nettoyage des lieux par une firme externe, l’AFSCA évaluera, en concertation avec le Departement Zorg, quand la Zandberghoeve pourra rouvrir ses portes au public.

L'ECDC signale la propagation de Shigella multirésistante

«L'ECDC signale la propagation de Shigella multirésistante», source article de Chris Dall paru le 18 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit que plus de 300 cas de shigellose ont été signalés depuis avril en Europe et aux États-Unis, la plupart d'entre eux sont multirésistants (MDR pour multidrug-resistant), avec une transmission observée principalement chez les hommes qui ont des relations sexuelles avec des hommes (MSM pour men who have sex with men). Source Spread of multidrug-resistant Shigella in EU/EEA among gay, bisexual and other men who have sex with men.

Les cas sont liés à sept groupes microbiologiques nationaux et internationaux distincts de souches de Shigella qui présentent une résistance aux antibiotiques de première et de deuxième intention, tels que les céphalosporines de troisième génération, les fluoroquinolones, le sulfaméthoxazole et le triméthoprime. L'ECDC se dit particulièrement préoccupé par les souches présentant une résistance supplémentaire à l'azithromycine, qui sont considérées comme extrêmement résistantes aux antibiotiques (XDR pour extensively drug-resistant) et difficiles à traiter.

La shigellose est une affection gastro-intestinale causée par la bactérie Shigella. Bien que l'infection soit généralement associée à une exposition à des aliments et à de l'eau contaminés, les relations sexuelles orales et anales sont devenues une voie de transmission majeure, en particulier chez les MSM. En février, l'ECDC a signalé une augmentation des cas de Shigella sonnei XDR parmi les réseaux de MSM en Europe.

La plupart des cas ont été enregistrés en 2022 et 2023, avec des cas signalés en Belgique (26), Danemark (13), Allemagne (23), Irlande (50), Pays-Bas (21), Espagne (> 60) et États-Unis (106).

L'ECDC recommande aux MSM d'avoir des rapports sexuels protégés, d'assurer une bonne hygiène personnelle et de s'abstenir de toute activité sexuelle s'ils développent des symptômes gastro-intestinaux. L'agence appelle également à une sensibilisation accrue des cliniciens et des laboratoires de microbiologie à la propagation internationale des souches MDR de Shigella.

NB : L'image de Shigella est du CDC.

Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques

Il y a peu je vous informais dans un article que le CDC mettait en garde contre l'augmentation de la shigellose ultrarésistante aux antibiotiques.

Voici une «Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques», source communiqué de l’Institut Pasteur du 15 mars 2023.

Résumé

La shigellose, maladie diarrhéique très contagieuse, est due à la bactérie Shigella, circulant dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les chercheurs du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur qui surveillent cette bactérie sur le plan national depuis de nombreuses années, ont ainsi détecté l’apparition de souches de Shigella sonnei hautement résistantes aux antibiotiques. L’analyse des séquences du génome bactérien et les caractéristiques des cas, survenus préférentiellement chez des adultes de sexe masculin, suggèrent que ces souches, originaires d’Asie du Sud, se propagent notamment chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes. Ce constat devrait être pris en compte par les cliniciens et les laboratoires dans le cadre des consultations pour infections sexuellement transmissibles (IST), avec pratique d’un antibiogramme systématique en cas d’isolement d’une Shigelle pour une meilleure prise en charge des patients infectés par ces souches hautement résistantes. Ces résultats ont été publiés dans la revue Nature Communications le 26 janvier 2023.

La shigellose est une maladie diarrhéique très contagieuse, dont la transmission est oro-fécale. Parmi les différents types de Shigella, Shigella sonnei est le type majoritaire qui circule dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les infections à Shigella sonnei peuvent entrainer une diarrhée de courte durée (3-4 jours) cédant spontanément. Un traitement antibiotique devient cependant nécessaire pour les cas modérés à sévères (diarrhée sanglante, risque de complications) ou pour stopper la transmission entre les personnes dans des contextes épidémiques. L’acquisition par la bactérie de mécanismes de résistance aux antibiotiques limite alors les options thérapeutiques.

Dans cette étude, les scientifiques du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS) à l’Institut Pasteur, montrent une augmentation de la résistance aux antibiotiques chez les souches de S. sonnei isolées en France depuis 17 ans. L’étude se base sur l'analyse de plus de 7 000 souches de S. sonnei et d'informations épidémiologiques recueillies dans le cadre de la surveillance nationale des shigelloses par le CNR-ESS entre 2005 et 2021. Pour cette surveillance le CNR-ESS analyse toutes les souches bactériennes adressées par son réseau de laboratoires partenaires privés ou publics, répartis sur tout le territoire français. Au cours de cette période, des souches dites hautement résistantes aux antibiotiques (ou XDR pour extensively drug-resistant) ont été identifiées pour la première fois en 2015. Puis, les scientifiques ont constaté que la proportion de ces souches XDR, résistantes à quasiment tous les antibiotiques recommandés pour le traitement de la shigellose, a augmenté de façon importante jusqu'à atteindre un pic en 2021: 22,3% de toutes les souches de S. sonnei étaient hautement résistantes cette année-là (correspondant à 99 cas).

Une analyse par séquençage génomique a révélé que toutes ces souches XDR françaises appartenaient à une même lignée évolutive devenue résistante à un antibiotique clé (la ciprofloxacine) vers 2007 en Asie du Sud. Puis, ces souches ont acquis dans plusieurs régions géographiques du monde, dont la France, différents plasmides [molécule d’ADN indépendante du chromosome bactérien et se répliquant de façon autonome.] codant pour la résistance à d'autres antibiotiques de première ligne (azithromycine et céphalosporines de troisième génération notamment). Pour les cas sévères, les seuls antibiotiques restant efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine qui doivent être administrés par voie intraveineuse, ce qui rend le traitement plus agressif avec un suivi plus complexe en milieu hospitalier.

Ces souches XDR ont été observées en France dans différents contextes : chez des voyageurs revenant d'Asie du Sud ou d'Asie du Sud-Est, au cours d’une épidémie dans une école en 2017 (plus de 90 cas ayant conduit à la fermeture de l'école ; le cas initial revenait d’un voyage en Asie du Sud-Est), ou chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Ces derniers ont été contaminés par un clone épidémique qui diffuse en Europe depuis 2020 mais également retrouvé en Amérique du Nord et en Australie. Ce sous-groupe de souches XDR circulant chez les HSH était majoritaire : il représentait 97 % des souches XDR en France en 2021.

La fréquente utilisation des antibiotiques dans les régions d’Asie du Sud et du Sud-Est d’une part, et les traitements répétés d’infections sexuellement transmises chez certaines personnes potentiellement exposées à ce risque d’autre part, augmentent le risque de la sélection de ces souches de Shigella hautement résistantes.

Des études restent nécessaires pour mieux connaitre les différentes formes cliniques de cette infection et s’il existe en particulier des formes asymptomatiques permettant une plus grande dissémination de la bactérie. Des essais thérapeutiques sont également indispensables pour identifier des antibiotiques efficaces par voie orale pour traiter ces souches de Shigella hautement résistantes.

Plus d’informations sur la shigellose, lire la fiche d'information de l’Institut Pasteur.

NB : L’image est du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur.

Le CDC met en garde contre l'augmentation de la shigellose ultrarésistante aux antibiotiques

«Le CDC met en garde contre l'augmentation de la shigellose ultrarésistante aux antibiotiques», source article de Chris Dall paru le 28 février 2023 dans CIDRAP News.

Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a émis un avis sur une augmentation des infections à Shigella ultrarésistantes aux antibiotiques (URA) aux États-Unis.

Dans un avis de santé publié à la fin de la semaine dernière par le Health Alert Network (HAN) du CDC, l'agence a déclaré que 5% des infections à Shigella (shigellose) signalées en 2022 étaient causées par des souches URA, contre 0% en 2015 (voir graphique ci-dessus). Ces souches sont résistantes aux antibiotiques empiriques et alternatifs couramment recommandés.

La shigellose est une affection gastro-intestinale causée par l'une des quatre espèces de bactéries Shigella, Shigella sonnei, S. flexneri, S. boydii ou S. dysenteriae. Les symptômes vont de la diarrhée légère à la dysenterie sévère. La plupart des cas sont spontanément résolutifs, mais les antibiotiques sont fréquemment utilisés pour traiter les symptômes plus graves et réduire l'excrétion, ce qui peut aider à limiter la transmission.

Le CDC affirme qu'en plus de limiter les options de traitement pour les patients, les souches de Shigella URA sont préoccupantes car elles peuvent propager des gènes de résistance aux antimicrobiens à d'autres bactéries entériques.

«Compte tenu de ces problèmes de santé publique potentiellement graves, le CDC demande aux professionnels de la santé d'être vigilants quant à la suspicion et au signalement des cas d'infection Shigella URA à leur service de santé local ou national et d'éduquer les patients et les communautés à risque accru sur la prévention et la transmission», a déclaré l'agence.

Changement démographique vers des adultes à risque

L'alerte HAN fait suite à une série de rapports sur les épidémies de Shigella URA en Europe, au Royaume-Uni et aux États-Unis. Bon nombre de ces épidémies se sont produites au sein de réseaux d'hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), la transmission se produisant par l'activité sexuelle.

En janvier, des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington et du département de santé publique de Seattle et du comté de King ont décrit une épidémie en cours impliquant plusieurs souches URA à Seattle qui a commencé en 2017 et s'est propagée à la fois aux HSH et aux sans-abri.

Les responsables du CDC affirment que l'alerte a été déclenchée par plusieurs rapports de Shigella URA des départements de santé de l'État à travers le pays, ainsi que par des questions de cliniciens des maladies infectieuses sur la façon de traiter ces infections.

«Ce qui nous a vraiment poussés à agir, c'est de recevoir ces demandes répétées de la part de nos partenaires de santé et de cliniciens de l'État disant «nous ne savons pas quoi faire de ce que nous voyons», a déclaré l'épidémiologiste médicale du CDC Louise François Watkins à CIDRAP News. «J'ai juste eu l'impression que c'était peut-être le moment de le mettre cela en avant.»

La shigellose est généralement associée à une exposition à des aliments ou à de l'eau contaminés par des matières fécales humaines et est très contagieuse, se propageant facilement dans des environnements surpeuplés et mal équipés. Elle provoque environ 450 000 cas d’infection aux États-Unis chaque année.

«Les bactéries Shigella se transmettent si facilement, et elles ont une dose infectieuse si faible, que les épidémies sont courantes, et vous le voyez généralement chez les personnes en contact étroit ou dans des conditions de surpeuplement», a déclaré le médecin du CDC Naeemah Logan.

Le CDC note qu'historiquement, Shigella sensible aux médicaments a principalement touché les jeunes enfants (âgés de 1 à 4 ans) aux États-Unis, avec une propagation couramment observée dans les garderies d’enfants qui ne sont pas propres.

Mais cela semble changer. Peut-être à cause de la pandémie de la COVID-19, les cas de shigellose chez les enfants américains ont diminué au cours des dernières années. Dans le même temps, l'agence affirme avoir constaté une augmentation des infections à Shigella résistantes aux antibiotiques, en particulier les HSH, mais aussi chez les sans-abri, les voyageurs internationaux et les personnes vivant avec le VIH.

«Il semble que nous ayons assisté à un changement démographique vers davantage de cas chez les hommes adultes», a dit Louise François Watkins. Et bien que le CDC ne recueille pas systématiquement les antécédents sexuels lorsqu'il reçoit des rapports de cas, Louise François Watkins a noté que dans des enquêtes spécifiques sur les épidémies, des patients masculins ont signalé de nouveaux partenaires sexuels.

Plus de 230 cas URA

Ces tendances se reflètent dans les données de l'avis de santé HAN. De 2015 au 22 janvier de cette année, le CDC dit avoir reçu des rapports sur 239 isolats de Shigella URA, principalement S. sonnei (66%) et S. flexneri (34%).

L'âge médian des cas-patients était de 42 ans et sur les 232 patients pour lesquels des informations étaient disponibles, 82% étaient des hommes. Sur les 41 patients qui ont répondu aux questions sur l'activité sexuelle, 88% ont déclaré avoir eu des contacts sexuels entre hommes.

Mais ce ne sont là que les cas qui ont été identifiés grâce à la surveillance. Toutes les personnes atteintes de shigellose ne vont pas chez le médecin, et celles qui le font n’ont pas toujours de cultures de selles, qui doivent ensuite être transmises aux services de santé de l'État pour une analyse plus approfondie, y compris le séquençage du génome entier.

«C'est définitivement la pointe de l'iceberg», a déclaré Louise François Watkins. «Il faut que beaucoup de choses se passent pour qu'un cas entre dans notre système de surveillance.»

Épidémie de shigellose signalée chez des voyageurs revenant de Cap Vert

«Épidémie de shigellose signalée chez des voyageurs revenant de Cap Vert», source article de Chris Dal paru le 17 février 2023 dans CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit qu’il avait plus de 250 cas de shigellose parmi les voyageurs revenant du Cap-Vert signalés lors d'une épidémie qui a débuté en novembre 2022.

Dans une évaluation rapide des risques, l'ECDC a dit qu'il y avait eu 221 cas d’infection confirmée à Shigella sonnei et 37 cas possibles de l'Union européenne et de l’Espace économique européen (UE/EEE), du Royaume-Uni et des États-Unis avec des liens vers le Cap-Vert, un archipel et pays insulaire au large de la côte ouest de l'Afrique. De nombreux cas auraient séjourné dans des hôtels tout compris situés dans la région de Santa Maria sur l'île de Sal. Les cas les plus récents ont été signalés en Suède le 19 janvier.

La shigellose est une affection gastro-intestinale causée par l'une des quatre espèces de bactéries Shigella : Shigella sonnei, S. flexneri, S. boydii ou S. dysenteriae. Les symptômes vont de la diarrhée légère à la dysenterie sévère. L'infection à Shigella est généralement associée à une exposition à des aliments ou à de l'eau contaminés par des matières fécales humaines, mais la transmission peut également se produire par contact direct de personne à personne.

L'ECDC affirme que la source la plus probable de l'épidémie est les aliments, bien qu'elle n'ait pas exclu la transmission de personne à personne. Le séquençage de 106 isolats montre un cluster génétiquement compact, ce qui indique une source commune d'infection. Des co-infections à Shigella avec d'autres pathogènes gastro-intestinaux bactériens et parasitaires (par exemple Salmonella Mbandaka, Campylobacter, Cryptosporidium et des souches de Escherichia coli entérotoxinogene) ont été signalées parmi les cas.

Les souches de S. sonnei identifiées parmi les cas-patients ont prédit une résistance au triméthoprime et à la streptomycine, certains isolats présentant une multirésistance.

L'ECDC indique être en contact régulier avec des responsables de Cap Vert pour soutenir les enquêtes sur la source de l'épidémie et encourage les autorités de santé publique de l'UE et de l’EEE à sensibiliser les professionnels de la santé aux infections à Shigella parmi les personnes qui ont récemment voyagé dans ces îles.

NB : L'image est du CDC des Etats-Unis.

Mise à jour du 19 février 2023

On lira aussi dans Eurosurveillance, «Les maladies transmises par les arthropodes chez les voyageurs arrivant en Europe en provenance d'Afrique, 2015 à 2019».

Les maladies transmises par les arthropodes sont des maladies acquises par des vecteurs arthropodes, le plus souvent par la piqûre de moustiques, de tiques, de phlébotomes ou de puces infectés. Le fardeau de ces maladies est principalement supporté par les pays en développement, y compris les pays du continent africain.

Canada : Epidémie à Shigella dans le centre d'Edmonton dans l'Alberta

«L’AHS enquête sur une épidémie à Shigella dans la zone d'Edmonton», source Alberta Health Services (AHS) du 19 octobre 2022.

L’Alberta Health Services (AHS) avise le public d'une investigation en cours sur une éclosion à Shigella dans la zone d'Edmonton.

En août de cette année, l’AHS a identifié un cluster de cas contaminés par Shigella parmi la population du centre-ville d'Edmonton.

À ce jour, nous avons identifié 87 personnes atteintes par Shigella, dont 64 ont dû être hospitalisées. La première personne est tombée malade le 17 août 2022. Aucun décès lié à cette épidémie n'a été signalé.

Shigella est une maladie couramment associée à la diarrhée, ainsi qu'à la fièvre, aux nausées et aux crampes d'estomac. Il peut provoquer une maladie grave, entraînant une hospitalisation et se propage lorsqu'une personne entre en contact avec les matières fécales d'une personne infectée et également en mangeant des aliments contaminés par la bactérie.

L’AHS a contacté les médecins et les refuges et partenaires du centre-ville pour les informer de la situation et a fourni des conseils pour aider à réduire la propagation de la maladie tout en veillant à ce que toute personne nécessitant des soins médicaux reçoive les soins dont elle a besoin.

Un groupe de travail dirigé par l’AHS et composé de représentants de la ville d'Edmonton, du département de la Santé de l'Alberta, des services sociaux et communautaires de l'Alberta, des refuges de la région d'Edmonton et d'autres organisations partenaires a été créé dans le but de partager les ressources et le soutien pour aider à arrêter la propagation de cette bactérie.

La majorité des cas à ce jour concernent la population du centre-ville de la ville, de sorte que le risque pour le grand public reste faible. Cependant, nous aimerions rappeler aux personnes qu'une bonne hygiène des mains aide à prévenir la propagation de nombreuses maladies, dont la shigellose.

Toute personne présentant des symptômes pouvant être liés à Shigella ou toute personne ayant des questions ou des préoccupations concernant sa santé est encouragée à parler avec son fournisseur de soins de santé ou à appeler Health Link au 811.

Mise à jour du 20 novembre 2022

L’épidémie à Shigella atteint 173 cas à Edmonton, Alberta, Canada.

Baisse des infections à Yersinia et Shigella en Europe

«Baisse des infections à Yersinia et Shigella en Europe», source Food Safety News.

Le nombre d'infections à Yersinia et Shigella a diminué en Europe en 2020, selon des chiffres récemment publiés.

Au total, 28 pays ont signalé 5 744 cas confirmés de yersiniose en Europe et dans l'Espace économique européen (EEE) contre 7 054 en 2019. Source ECDC.

La déclaration de la présence de Yersinia est volontaire en Belgique, France, Grèce, Italie et Luxembourg et aucun système de surveillance n'existe aux Pays-Bas.

Comme les années précédentes, l'Allemagne comptait le plus de patients suivi de la France. Ces deux pays représentaient la moitié de tous les cas confirmés. Le Danemark avait le taux de cas le plus élevé pour 100 000 habitants, suivi de la Finlande.

Sur 1 293 cas avec information, 29% ont été hospitalisés. Deux hommes de plus de 85 ans sont décédés. Le taux de notification le plus élevé a été détecté chez les enfants âgés de 0 à 4 ans.

Un total de 98% des 5 193 cas avec des informations sur les espèces étaient Yersinia enterocolitica. Sept pays ont enregistré 94 cas de Yersinia pseudotuberculosis.

En 2020, 16 foyers de cas de yersiniose ont été signalés à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Ils comprenanient 246 cas dans six pays. Le nombre de personnes malades était légèrement supérieur à celui de 2019. Une épidémie au Danemark a impliqué 200 personnes exposées à Yersinia enterocolitica après avoir mangé un plat à base de pâtes contaminé lors d'un pique-nique.

La tendance globale des cas signalés de yersiniose est restée stable de 2016 à 2019, mais a considérablement diminué en 2020, ce qui était très probablement un effet de la pandémie de la COVID-19 et les chiffres du Royaume-Uni ne sont plus inclus après que le Royaume-Uni ait quitté l'UE, a dit le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Shigella, CDC

Statistiques de Shigella

Dans l'ensemble, 29 pays ont signalé 1 806 cas confirmés de shigellose, contre 8 448 en 2019. Source ECDC.

Cette forte baisse est probablement due à la pandémie et aux chiffres du Royaume-Uni non inclus, a déclaré l'ECDC.

«Il pourrait y avoir une véritable réduction de la transmission en raison de la réduction des déplacements en raison des restrictions de voyage, de la diminution des interactions sociales et du renforcement des mesures d'hygiène. D'autre part, il existe un risque potentiel de sous-diagnostic en raison d'un comportement de recherche de soins réduit pour des symptômes bénins ou d'une capacité réduite à diagnostiquer des maladies bénignes», selon le rapport.

La shigellose se contracte en avalant du matériel contaminé par des matières fécales humaines. L'infection peut également provenir d'aliments et d'eau contaminés. Des quantités microscopiques de matières fécales peuvent entraîner des cas de maladie.

La France et l'Italie ont une déclaration volontaire et la Belgique utilise un autre type de système de surveillance.

La France, les Pays-Bas et l'Allemagne représentaient la moitié des cas confirmés. La France à elle seule en représentait près d'un tiers. Le Luxembourg a signalé le taux de notification le plus élevé, suivi de la France et de la Slovaquie.

Le statut de voyage était disponible pour 1 028 cas et 290 d'entre eux étaient liés à des voyages à l'étranger. L'Égypte, l'Indonésie, l'Inde et Madagascar ont été les plus fréquemment mentionnés comme pays d'infection probables.

Parmi les cas confirmés, seuls 236 disposaient d'informations sur le mode de transmission suspecté. L'infection par les aliments était la plus fréquemment signalée, suivie de la transmission sexuelle et d'autres contacts de personne à personne.

Shigella sonnei était la principale espèce identifiée. Le taux de notification le plus élevé concernait les enfants de moins de 5 ans.

Cinq foyers d'origine alimentaire ont été signalés par le Danemark, la France, les Pays-Bas et la Slovaquie.

Californie: des cas à Shigella peuvent être liés à des laveries automatiques

«Californie: des cas à Shigella à Eureka, peuvent être liés à des laveries automatiques», source Outbreaks News Today.

Des responsables de la santé publique et environnementale du comté de Humboldt, Californie, s'efforcent de contenir les cas locaux de la bactérie Shigella, une maladie gastro-intestinale, après que trois cas confirmés en laboratoire et deux autres cas suspects ont infecté des résidents d'Eureka au cours du mois dernier.

Les cas concernent plusieurs ménages, infectant des enfants d'âge scolaire et des adultes, y compris une personne sans abri.

Les responsables pensent que le microbe a pu se propager dans une ou plusieurs laveries automatiques d’Eureka, après qu'une personne infectée ait lavé des vêtements contaminés dans l'établissement.

Les responsables de la santé environnementale travaillent en étroite collaboration avec les exploitants des deux laveries, la laverie libre-service sur Summer Street et la laverie Eureka sur Little Fairfield Street, pour s'assurer que leurs installations sont correctement nettoyées et désinfectées.

La bactérie Shigella se trouve dans les selles et l'infection se propage en mangeant des aliments ou en buvant des liquides contaminés par une personne infectée, ou lorsqu'une personne touche une surface ou un objet contaminé, puis touche sa bouche ou met l'objet dans sa bouche. Les personnes infectées par Shigella ont généralement de la fièvre, des crampes abdominales et une diarrhée qui peut être sanglante.

L'apparition des symptômes de la shigellose survient généralement un à deux jours après l'exposition, mais peut prendre plus de temps et dure environ une semaine. Les personnes infectées peuvent rester contagieuses jusqu'à six semaines après la disparition des symptômes.

La plupart des personnes atteintes de shigellose se rétablissent complètement sans complications graves. Dans de rares cas, Shigella peut provoquer des infections du sang, des convulsions, une insuffisance rénale ou de l'arthrite.

Aux lecteurs du blog

Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog.

Une étude génomique aide à guider le développement du vaccin contre Shigella

Image du CDC.

«Une étude génomique aide à guider le développement du vaccin contre Shigella», source communiqué de l’Université de Liverpool.

Une nouvelle étude génomique menée par l'Université de Liverpool aidera à guider le développement et l'utilisation de vaccins contre une des principales causes mondiales de diarrhée sévère chez les enfants, Shigella.

Shigella est la principale cause bactérienne de diarrhée infantile sévère dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) et devient de plus en plus résistant aux antimicrobiens. Cependant, il n'existe pas de vaccin homologué largement disponible pour Shigella et l'un des principaux défis de son développement est la diversité génomique et phénotypique considérable de la bactérie.

Dans un nouvel article publié dans Nature Microbiology, des chercheurs ont analysé les séquences du génome entier de 1 246 échantillons de Shigella collectés systématiquement dans sept PRFI pour caractériser cette diversité, qui est essentielle pour éclairer le développement et la mise en œuvre de vaccins, et d'autres aspects du contrôle des maladies.

La collection inégalée d'échantillons couvrait les quatre espèces de Shigella (S. sonnei, S. flexneri, S. boydii et S. dysenteriae) et a été collectée dans le cadre de l'étude mondiale multicentrique entérique (GEMS pour Global Enteric Multicenter Study) entre 2007 et 2011.

L'étude met en évidence les caractéristiques des pathogènes qui compliqueront les approches vaccinales actuelles, les différences régionales dans la diversité de Shigella, ainsi que les déterminants de la résistance aux antimicrobiens.

Parmi les résultats, citons que Shigella sonnei contribue au moins six fois plus à la maladie que les autres espèces de Shigella par rapport à sa diversité génomique, et que la diversité et la capacité d'adaptation existantes parmi S. flexneri peuvent générer des variants d'échappement au vaccin en moins de six mois.

La recherche révèle également l'évolution convergente de la résistance à la ciprofloxacine, l'antimicrobien actuellement recommandé par l'OMS pour le traitement de la shigellose.

La Dr Rebecca Bengtsson, qui a dirigé l'analyse des données, a déclaré: «La génomique des pathogènes est un outil puissant qui a un large éventail d'applications pour aider à combattre les maladies infectieuses. Grâce à des analyses génomiques d'un ensemble de données épidémiologiquement représentatif, nous avons révélé l'étendue de la diversité génomique de la population de Shigella ayant un impact sur les personnes les plus vulnérables à la shigellose, et les implications que cette diversité a sur les stratégies vaccinales actuelles.

De nombreuses approches vaccinales actuelles se concentrent sur le sérotype Shigella, mais il existe > 50 sérotypes parmi Shigella et ceux-ci peuvent changer rapidement pour générer des variants d'évasion immunitaire. Une alternative intéressante et/ou un complément à cette approche sont les vaccins à sous-unités spécifiques qui ciblent des protéines hautement conservées et peuvent offrir une large protection, mais le degré de variation antigénique de ces cibles est inconnu. Cette étude a exploré la quantité et le type de variation des antigènes et la vitesse à laquelle ils peuvent changer de sérotype. Dans l'ensemble, les résultats suggèrent que les antigènes à base de protéines fournissent des cibles vaccinales plus stables pour ce pathogène d'importance mondiale.

La Dr Kate Baker, qui a dirigé l'étude, a déclaré: «Le fardeau de la maladie et l'augmentation de la résistance aux antimicrobiens de Shigella appellent une révision des options de traitement et de gestion, et un élan important s'est créé pour relever ce défi. La diversité génomique de Shigella présente un obstacle majeur au contrôle de la maladie et nous avons démontré les pièges anticipés des approches de vaccination actuelles. Cela met en évidence la nécessité de prendre en compte la diversité génomique dans le développement de vaccins et les plans de traitement pour Shigella et d'autres pathogènes.

L'étude a été financée par le Medical Research Council et a été réalisée en partenariat avec l'Earlham Institute et l'Université du Maryland, Baltimore Center for Vaccine Development and Global Health.

Merci à Joe Whitworth de m’avoir signalé l’information.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Une nouvelle méthode d’identification et de typage des souches de Shigella

«Une nouvelle méthode d’identification et de typage des souches de Shigella», source communqué de l’Institut Pasteur.

Une équipe de l’Institut Pasteur et leurs collègues internationaux viennent de valider une nouvelle méthode qui s’appuie sur le génome des bactéries Shigella afin de mieux les identifier et les classifier.

Les diarrhées d’origine infectieuse représentent un problème majeur de santé publique sur le plan mondial. Parmi celles-ci, la shigellose ou dysenterie bacillaire, causée par les bactéries du groupe Shigella, est responsable de la mort de 200 000 personnes par an dans le monde, en particulier des jeunes enfants. Une étude parue dans Nature Communications propose une nouvelle méthode d’identification, à la fois standardisée et plus précise que celles utilisées jusque-là.

Fréquentes dans les régions tropicales, les infections par Shigella, très contagieuses, peuvent également se déclarer en France. Chaque année, plus de 1000 cas sont confirmés par le Centre National de Référence (CNR) des E. coli, Shigella et Salmonella de l’Institut Pasteur. La shigellose est une maladie liée au «péril fécal» qui peut avoir été contractée lors d’un séjour à l’étranger mais aussi dans notre pays lors de poussées épidémiques (en milieu scolaire, familial, ou au sein de la communauté homosexuelle masculine, …). De plus, les bactéries de ce groupe sont en train de devenir résistantes à l’ensemble des antibiotiques.

Le séquençage du génome pour mieux classifier les souches

La surveillance de ces infections est donc primordiale et repose sur des laboratoires de référence. Ceux-ci confirment l’identification de ces bactéries avant de les subdiviser parmi les plus de 50 types différents de Shigella. Jusqu’à maintenant, ces laboratoires utilisaient des techniques développées il y a plus de 70 ans, tel que le sérotypage réalisé à l’aide de sérums préparés chez des lapins. Un travail, mené au sein de l’unité des Bactéries pathogènes entériques de l’Institut Pasteur, qui abrite le CNR des E. coli, Shigella et Salmonella, et dirigée par le professeur François-Xavier Weill a permis de moderniser cette surveillance. L’identification et le typage des Shigella sont dorénavant réalisés par séquençage du génome bactérien. Cette nouvelle technique standardisée a été validée sur plus de 4000 souches de référence et isolats cliniques de Shigella. Contrairement aux méthodes précédentes, cette nouvelle méthode basée sur la variation de la totalité de l’ADN bactérien permet une classification correcte ainsi qu’un typage de résolution inégalée. La comparaison des souches bactériennes n’est plus faussée par le fréquent transfert de certains gènes entre souches différentes de Shigella, comme c’était le cas jusqu’à présent avec la méthode classique. Cette méthode génomique est maintenant utilisée au CNR pour la surveillance nationale des infections à Shigella

NB: Ces travaux ont notamment été rendus possible grâce au financement de la fondation Le Roch-Les Mousquetaires.

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