De la présence de parasites dans des salades et des baies prêtes à consommer achetées en Italie, selon une étude

«De la salade et des baies prêtes à consommer achetées en Italie sont contaminées par Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis et Entamoeba histolytica», source article paru dans International Journal of Food Microbiology. 

Faits saillants

- Nous avons analysé des produits réfrigérés italiens et importés pour la contamination par des parasites.

- La microscopie (FLOTAC) et des méthodes moléculaires ont été utilisées.

- Des génotypes de Giardia A, B et E, et quatre espèces de Cryptosporidium ont été détectés.

- Entamoeba histolytica a ét détecté au microscope et au niveau moléculaire dans des myrtilles importées.

- Des produits réfrigérés sur le marché italien pourraient être une source de transmission pour certains parasites.

Résumé

Des salades et les baies prêtes à consommer (PAC) sont de plus en plus consommées dans les pays industrialisés. Ces produits peuvent être contaminés par des parasites pathogènes responsables d'épidémies d'origine alimentaire dans le monde entier. En Italie, il existe peu de données sur la contamination des salades et des baies PAC par des stades de transmission parasitaire, ce qui nécessite des investigations plus approfondies. Pour estimer la prévalence de la contamination par Cryptosporidium spp. et Giardia duodenalis dans ces produits réfrigérés, un total de 324 emballages de salades composées PAC locales, appartenant à trois marques industrielles différentes, et 324 emballages de baies, des myrtilles du Pérou, des mûres du Mexique, des framboises d'Italie, ont été achetés dans des supermarchés situés à Bari et à Foggia, dans la région des Pouilles, Italie. Un pool de neuf emballages a été choisie et un total de 72 pools ont été traités au cours de l'année. Après lavage, ils ont été examinés au microscopie (FLOTAC) et analysés à l'aide d'une PCR simplex, ciblant Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis et Entamoeba spp. et séquençage. Plusieurs espèces de Cryptosporidium et des génotypes de Giardia duodenalis, dont certains ont une pertinence zoonotique potentielle, ainsi que Entamoeba spp., ont été identifiés dans les deux matrices. Par microscopie, des kystes de type Giardia dans des framboises locales et des kystes de type Entamoeba dans les myrtilles importées ont été détectés. Giardia duodenalis (génotypes A, B et E) et Entamoeba histolytica ont été moléculairement confirmés avec des prévalences globales respectivement de 4,6% (IC à 95% 3,0 à 6,8) et 1% (IC à 95% 0,3 à 2,1). Les méthodes moléculaires ont identifié Cryptosporidium ryanae, Cryptosporidium bovis, Cryptosporidium xiaoi et Cryptosporidium ubiquitum dans les deux matrices, avec une prévalence de 5,1% (IC à 95%: 3,3 à 7,3). Une saisonnalité distincte de la prévalence a été observée pour G. duodenalis, la plupart des positifs se produisant au printemps, alors que Cryptosporidium n'a montré aucune variation saisonnière significative. Ces résultats soulignent qu'une gestion inadéquate des produits réfrigérés, qu'ils soient produits localement ou importés, tout au long de la chaîne alimentaire peut avoir des conséquences potentielles sur la santé humaine.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

A propos de la détection des STEC hautement pathogènes dans le lait cru et les fromages au lait cru par PCR en temps réel à haut débit.

Une équipe de l’Anses vient de publier un article paru dans International Journal of Food Microbiology, Aperçu de l'évaluation des Escherichia coli producteurs de shigatoxines hautement pathogènes dans le lait cru et les fromages au lait cru par PCR en temps réel à haut débit.

Faits saillants

• Détection des Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) hautement pathogènes dans le lait cru et les fromages au lait cru
• Optimisation d'une nouvelle méthode PCR adaptée de l'ISO/TS 13136:2012.
• Une étude visant à évaluer l'apport de nouveaux marqueurs génétiques pour affiner le premier dépistage des STEC hautement pathogènes dans la filière lait.
• Une nouvelle méthode améliorerait considérablement la puissance des systèmes de test des STEC, offrant ainsi une réduction significative des 'présomptions positives' dans les prélèvements laitiers.
• Une étude pointant vers la possible présence de STEC O80 (un pathogène émergent en Europe) dans des fromages au lait cru de vache.

Résumé

Les méthodes actuelles de dépistage des sérogroupes de Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) O157 et non-O157 dans les produits de lait cru reposent généralement sur la détection moléculaire des gènes stx, eae et wzx ou wzy spécifiques au sérogroupe. Comme ces marqueurs génétiques peuvent également être portés par des souches non EHEC, un certain nombre de résultats ‘faux positifs’vsont obtenus lors de l'étape de dépistage. L'adéquation des nouveaux marqueurs EHEC (espK, espV, ureD, Z2098 et CRISPR_O26:H11) a été testée en tant que candidats pour un dépistage plus précis des EHEC dans les produits laitiers. L'analyse par PCR à haut débit de 1 451 extraits d'ADN de lait et de fromages au lait cru positifs pour stx et eae a démontré que l'ajout de ces nouveaux marqueurs dans le schéma de détection entraînait une sélectivité plus élevée avec une réduction systématique du nombre d'échantillons positifs présumés nécessitant tests supplémentaires du groupe O et confirmation par isolement de la souche. Cette réduction est plus importante (26% à 52% selon les espèces animales d'élevage) en l'absence de traitement par séparation immuno-magnétique préalable de la culture enrichie pour le top 7* des sérotypes des EHEC. Cependant, même avec un traitement préalable des cultures enrichies par séparation immuno-magnétique, le taux de réduction variait entre 5% et >25%. L'analyse des sous-types eae et stx a indiqué de fortes différences dans la flore des STEC entre les espèces animales (chèvre, mouton et vache). Cette étude a également mis en évidence la présence possible de EHEC O80 (un nouveau sérogroupe EHEC émergent en Europe) dans les fromages au lait cru de vache, ce qui justifie des investigations supplémentaires.

*Le top 7 des sérotypes des EHEC comprend O157:H7, O26:H11, O145:H28, O103:H2, O111:H8, O45:H2 et O121:H19.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Pays-Bas : Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines

Voici un article, Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines, Pays-Bas, paru dans Emerging Infectious Diseases.

Résumé

Nous décrivons les conséquences de 2 changements majeurs dans les critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli productreurs de shigatoxines aux Pays-Bas. Le changement de déclaration des infections aiguës et plus graves semble être un bon compromis entre la charge de travail, la redondance et la pertinence pour la santé publique, à condition que les isolats restent disponibles pour le typage et le séquençage.

Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) est un pathogène zoonotique qui provoque des maladies allant de la diarrhée légère au syndrome hémolytique et urémique (SHU) et la mort. L'infection survient principalement par la consommation d'aliments contaminés ou par contact avec des animaux ou du fumier. Dans la plupart des pays d'Europe, les infections à STEC sont à déclaration obligatoire au niveau national. En 2017, le taux moyen de notification en Europe était de 1,8 cas/100 000 habitants. Étant donné que les STEC peuvent provoquer des maladies graves et des épidémies sa notification est essentielle.

En combinant les données épidémiologiques sur les cas avec les informations sur le typage des agents pathogènes, qui sont devenues de plus en plus basées sur le séquençage du génome ces dernières années, les Pays-Bas ont mis en œuvre une surveillance des STEC pour suivre les tendances de l'incidence et des types circulants et détecter et définir les épidémies. La surveillance des STEC fournit également des données pour éclairer les actions de santé publique visant à prévenir et à contrôler la propagation du pathogène.

Les Pays-Bas ont commencé la surveillance de STEC O157 en 1999. L'introduction de la PCR, en particulier la PCR ciblant les gènes producteurs de shigatoxines, a facilité le diagnostic de tous les STEC et la PCR était plus rapide et plus sensible que la culture standard. Une étude pilote aux Pays-Bas entre 2005 et 2006 a montré la présence courante d'infections STEC non-O157 ; par la suite, la surveillance STEC O157 a été étendue à tous les STEC en juillet 2007. L'extension a provoqué une surcharge de rapports au service régional de santé publique, avec pour résultat que les informations au niveau des cas sur la maladie et son évolution ont été manquées. En outre, les informations disponibles suggéraient que la plupart des rapports provenaient de cas présentant des symptômes légers sur le long terme. En juillet 2016, les critères de notification ont été réduits pour cibler les infections aiguës et plus graves à STEC. Nous avons examiné les effets des modifications des critères de notification sur la surveillance des STEC aux Pays-Bas.

Conclusions

L'introduction de la PCR a facilité la détection de tous les STEC aux Pays-Bas. Cependant, les STEC sont un groupe hétérogène et certains sérotypes sont plus susceptibles de provoquer une maladie grave que d'autres. L'élargissement de la surveillance à tous les STEC a entraîné une multiplication par 20 des cas signalés, dont certains provenaient de cas présentant des symptômes légers et sur le long terme. Parce que la PCR est plus rapide, moins chère et plus facile que la culture, elle pourrait être demandée plus pour des résultats rapides dans les cas de maladie moins grave. En outre, de nombreux laboratoires ont mis en œuvre des tests multiplex par PCR à transcription inverse dans lesquels un échantillon est testé pour plusieurs maladies en une seule fois, au lieu de tester une maladie à la fois. Une étude en Norvège a montré que dans les laboratoires introduisant un test multiplex comme méthode de détection standard, le nombre de rapports STEC, en particulier de STEC de faible virulence, a considérablement augmenté par rapport aux laboratoires sans cette méthode. L'introduction d'un test multiplex conduit également à une augmentation de la détection des infections concomitantes.

La surveillance des sérotypes des STEC et des profils de gènes de virulence reste vitale et pertinente. Le confinement des critères de notification à l'apparition aiguë de la maladie avec> 1 des 3 symptômes prédéfinis a accru la pertinence de la surveillance pour la santé publique. Les données n'ont pas montré d'effets importants des modifications des critères sur STEC O157, ce qui n'implique aucun effet notable sur les notifications de maladie relativement grave dans le cadre de la surveillance. Cependant, un nouveau défi est apparu. Les isolats sont nécessaires pour fournir des informations sur les cas confirmés de STEC et les sérotypes en circulation et sont utilisés pour la détection des épidémies à l'échelle nationale en utilisant le séquençage du génome entier. À l'ère de l'augmentation du diagnostic moléculaire, les laboratoires régionaux effectuent moins de cultures, d'autant plus que les informations sur les sérotypes ne sont pas pertinentes pour le traitement des patients. Les critères de notification actuels aux Pays-Bas semblent être un bon compromis entre la charge de travail des laboratoires médicaux, la redondance des cas moins importants pour la santé publique et la capacité à mener des actions de santé publique. Cependant, nous soulignons que la surveillance nationale est menacée par la réduction des cultures et exhortons les instituts de santé publique et les laboratoires à se coordonner pour éviter la perte de cultures à l'avenir.

NB : On pourra aussi lire le rapport par RIVM de la surveillance des STEC aux Pays-Bas en 2017.

Un test PCR du COVID-19 en 90 minutes, qui dit mieux ?

Dans une interview au Figaro.fr le 5 août, le Pr Delfraissy, président du Conseil scientifique sur le Covid-19, rapporte à propos des tests PCR en France à la question suivante :

Vous alertiez ces dernières semaines sur les délais pour les tests PCR. Est-ce  toujours le cas ?

La situation est très hétérogène, et ce problème concerne surtout les grandes villes, plus particulièrement Paris. Dans la plupart des cas, le rendez-vous vous est donné en moins de 24 heures, pour un résultat en 36 heures. Ce qui est un délai raisonnable pour un dépistage de personnes symptomatiques ou de cas de contacts. Cependant, un certain nombre de problèmes d’organisation persistent, particulièrement en région parisienne. C’est un enjeu sur lequel il est important d’avancer.

… mais voici qu’au Royaume-Uni, il existe un test COVID-19 en 90 minutes: le gouvernement britannique a commandé 5,8 millions de kits de DnaNudge, source Imperial College London.

Le gouvernement a passé une commande de 161 millions de £ pour 5,8 millions de kits du test DnaNudge COVID-19 à haute vitesse à utiliser dans les hôpitaux du NHS à partir de septembre.

Cette commande majeure verra le test PCR rapide et fiable de DnaNudge sans laboratoire, qui fournit des résultats en moins de 90 minutes et peut fonctionner en environ une heure, déployé à l'échelle nationale dans les établissement de santé des patients urgents et des chirurgies électives, avec d'autres déploiements en dehors de des milieux hospitaliers.

DnaNudge, une startup de l’Imperial College London, basée à White City, a récemment obtenu le marquage CE pour son test COVID Nudge, permettant son utilisation supplémentaire dans des lieux non cliniques, y compris les maisons de soins et autres services publics d'urgence.

Le test COVID de Nudge adapte au service au consommateur de DnaNudge, qui a été lancé l'année dernière pour analyser et cartographier le profil génétique des utilisateurs en fonction des principaux traits de santé liés à la nutrition tels que l'obésité, le diabète, l'hypertension et le cholestérol, permettant aux clients d'être «encourgés» par leur ADN vers une alimentation plus saine.

En collaboration avec le Departement of Health and Social Care (DHSC) et avec l'autorisation de la Medicines and Healthcare products Regulatory Agency (MHRA), DnaNudge a validé sa technologie adaptée en avril et a commencé un déploiement initial du test COVID Nudge dans huit hôpitaux londoniens, y compris les services de cancérologie, les services d’urgences et de maternité.

La technologie s’appuie sur une série d’innovations développées par le professeur Christofer Toumazou et son équipe du Département de génie électrique de l’Imperial College London et de l’Institut de génie biomédical, à l’origine avec d’autres applications. Ces avancées comprennent une intégration novatrice entre la microfluidique biochimique, les circuits électroniques et la miniaturisation basée sur la technologie des smartphones. Les cas d'utilisation du test COVID Nudge incluent les urgences la chirurgie élective, la pédiatrie et les patients externes, ainsi que les soins de maternité, où les femmes enceintes qui présentent des symptômes de COVID-19 pendant le travail peuvent désormais être testées très rapidement pour garantir la meilleure et la plus sûre ligne de conduite. est prise, et que la mère et le bébé ne sont pas séparés inutilement.

Rapide, précis et portable

Le test COVID Nudge est un test RT-PCR rapide, précis, portable, réalisé en dehors d’un laboratoire, du prélèvement à la réponse, qui fournit des résultats sur place, au point de besoin et en un peu plus d'une heure. Ce test multiplex transformatif à puce unique permet non seulement de comparer un prélèvement avec des essais de l'OMS et du CDC, mais pourrait également tester la grippe A, grippe B et le Virus respiratoire syncytial. De plus, la puce comprend un test témoin pour l'ARN humain, qui élimine les résultats de «faux négatifs» en testant un écouvillonnage inadéquat.

Les premiers essais comparant le COVID Nudge à plusieurs laboratoires du NHS ont conduit à une dérogation au MHRA. D'autres tests indiquent une sensibilité de 94,4% (entre 86 et 98%, avec un intervalle de confiance de 95%) et une spécificité de 100% (99-100%, avec un intervalle de confiance de 95%). L'équipe a soumis ses conclusions, qui font actuellement l'objet d'un examen par les pairs, pour publication.

Le Dr Gary Davies, directeur médical de l'hôpital de Chelsea et de Westminster Healthcare NHS Foundation Trust, qui utilise le test dans les services d’urgences, chirurgie élective et pédiatrie de Chelsea et de Westminster, a dit: « L'opportunité d'avoir ce test très précis, sans avoir besoin d'un laboratoire, nous aide à fournir des soins de la plus haute qualité à nos patients et un soutien à notre personnel, et offre les meilleures chances de relever le plus grand défi auquel le NHS ait jamais été confronté, en particulier maintenant que nous envisageons la saison de la grippe hivernale. »

Avec des résultats fournis en un peu plus d'une heure, le test DnaNudge offre une amélioration majeure par rapport aux tests PCR actuels en laboratoire, qui peuvent impliquer un délai de 1 à 2 jours avant de renvoyer les résultats.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Mise à jour du 11 juillet 2021. Voici que l'on apprend que la plate-forme de test COVID-19 rapide sans laboratoire DnaNudge remporte un prestigieux Academy Award (Fast lab-free COVID-19 test platform DnaNudge wins prestigious Academy award).

On connait enfin le nombre de tests hebdomadaires en France, c'est très loin des annonces du gouvernement ...

Lundi 25 mai, je faisais part des difficultés à connaître le nombre de tests réalisés en France par semaine, mais désormais, il faut l’espérer, les choses semblent être rentrées dans l’ordre.

Selon COVID-19 : point épidémiologique du 29 mai 2020 de Santé publique de France :

Les objectifs de la surveillance virologique basée sur les laboratoires sont de suivre l’évolution des taux de positivité des tests dans le temps par région ou département, ainsi que le nombre de patients positifs pour le SARS-CoV-2 rapporté à la population (taux d’incidence).

Les données sont consolidées dans le temps. Ces indicateurs permettent, associés aux autres indicateurs, de suivre la dynamique de l’épidémie. Jusqu’à ces dernières semaines, la surveillance virologique s’appuyait sur les données non exhaustives transmises à Santé publique France par le réseau 3 labo (Cerba, Eurofins-Biomnis, Inovie) et par les laboratoires hospitaliers.

Désormais, elle s’appuie sur le système SI-DEP (système d’information de dépistage), opérationnel depuis le 13 mai 2020 et dont la montée en charge a été progressive. Ce nouveau système de surveillance vise au suivi exhaustif de l’ensemble des patients testés en France dans les laboratoires de ville et dans les laboratoires hospitaliers.

Actuellement, les données transmises concernent les tests RT-PCR réalisés. Prochainement, les données des sérologies seront également transmises. Au 27 mai 2020 11h, la quasi-totalité des laboratoires (4 700 sites de prélèvements) a transmis des données. Des contrôles sont effectués afin d’améliorer la qualité et la complétude de ces données et de nouveaux laboratoires continuent à être intégrés dans le système.

Au cours de la semaine 21 (18 au 24 mai 2020) 216 891 patients ont été testés pour le SARS-CoV-2, et pour 4 119 patients, les tests se sont avérés positifs.

Le taux de positivité national hebdomadaire était de 1,9% (calculé sur les tests valides).

Ce taux est comparable aux taux de positivité des semaines 19 et 20 (3% et 2%) issus des données du réseau 3 labo.

Rappelons que les objectifs du gouvernement sont le plus souvent à géométrie variable …

France Inter du 21 avril 2020 nous dit « pourquoi la montée en puissance des tests en France prend autant de temps ».

Pour atteindre l'objectif visé de 500 000 tests par semaine le 11 mai, les autorités ont augmenté le nombre de laboratoires autorisés à faire des tests. Laboratoires publics de recherche, laboratoires vétérinaires, laboratoires de la gendarmerie sont pourtant inégalement sollicités.

On apprend aussi,

Pour le directeur général de la Santé, à 20 jours du début du déconfinement, « l'urgence est de gérer l'épidémie, de connaître TOUS les porteurs du virus et donc ce sont les tests virologiques qu'il faut privilégier aujourd'hui. » Ces tests, réalisés avec la technique de PCR, « il faut que toutes les personnes symptomatiques puissent l'avoir » a-t-il insisté.

Sauf que depuis cet article, il y a eu l’intervention du Premier ministre qui a dit le 28 avril 2020 devant la représentation nationale, « Le gouvernement compte passer à 700 000 tests par semaine, soit le double des capacités actuelles ».

A suivre ...

Mise à jour du 5 juin 2020. 
Selon le point épidémiologique hebdomadaire du 4 juin, on apprend :

Du 24 au 30 mai 2020, 236 098 patients ont été testés pour le SARS-CoV-2.

De la difficulté de connaître le nombre de tests de dépistage du coronavirus COVID-19

Le blog s’était un peu vite réjoui du nombre de tests réalisés par semaine et avait indiqué dans un article, COVID-19 et tests: Bonne nouvelle, encore plus de tests. +21% en une semaine !

Depuis la machine s’est déréglée ou grippée ...

Le site cascoronavirus.fr fournit les données des tests réalisé par les laboratoires de ville:

« Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 4 mai 2020  par Santé publique. »

277 113 tests réalisés ; 37 710 (13,6%) tests positifs ; 239 403 (86,4 %) tests négatifs

Il est précisé « Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés. »

Les mêmes données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19, mais au 21 mai 2020 donnent les résultats suivants :

392 204 tests réalisés ; 39 782 (10,1 %) tests positifs ; 352 422 (89,9 %) tests négatifs

Ce qui fait qu’entre le 4 mai et le 21 mai, en 15 jours, il n’a été réalisé que 115 091 tests en laboratoires de ville.

Pour les laboratoires hospitaliers, on nous dit dans le bulletin épidémiologique hebdomadaire du 21 mai 2020, le dernier bulletin connu,

Surveillance à partir des laboratoires de virologie

La finalité de la surveillance virologique basée sur les laboratoires est de suivre le taux de positivité des tests dans le temps et par région, indicateur qui contribue, avec tous les autres indicateurs disponibles, à suivre la dynamique de l’infection dans la population. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP) est en déploiement depuis la semaine 20.

Les tendances épidémiologiques, les estimations d’incidence et les taux de positivité des tests seront produits de façon hebdomadaire, à partir du 28 mai 2020, une fois que l’ensemble des données auront pu être stabilisées.

Quand on sait par expérience que les laboratoires hospitaliers font entre 3 et 4 fois moins de tests que les laboratoires de ville, ce qui me fait dire que le nombre de tests par semaine n’est toujours pas à la hauteur des discours qui du Premier ministre, qui du ministre de la santé …, on a l’impression que comme les masques, les tests ou le recueil des résultats des tests ont fait pschitt ...

Enfin, faire les tests, c’est bien, donner l’information rapidement, c’est mieux …

Selon le syndicat MG France, « Troisième enquête covid MG France : du 11 au 18 mai, près de 9 000 tests positifs, une réception encore trop tardive ».

Près de 2300 médecins généralistes ont répondu à la troisième enquête MG France sur le coronavirus en pratique ambulatoire (2292 exactement).

La majorité d'entre eux n’a pas retrouvé le niveau d’activité habituel d’un mois de mai.

Du 11 au 17 mai, les généralistes nous ont dit avoir rencontré près de 6 300 syndromes pouvant évoquer une covid-19. Soit en moyenne 2,6 cas possible par médecin pendant cette semaine.

Le résultat du test rt-PCR ne leur est parvenu sous 24h que dans 55% des cas. Ce délai de réponse, trop long près d’une fois sur deux, compromet l'efficacité des mesures de protection et le traçage des contacts. En effet, malgré nos demandes répétées, la procédure prévue n'intervient qu'au vu de la positivité du test.

COVID-19: Durée de la présence d'ARN viral dans différentes sécrétions chez des patient

Deux études, entre autres, tentent de démêler la persistance d'ARN viral du SRAS-CoV-2, responsable du COVID-19, chez des patients, pas simple du tout ...

Persistance d’ARN viral dans des prélèvements de selles de patients se remettant de COVID-19

La PCR a des limites et l'isolement des patients pendant un mois ou plus peut ne pas être possible ;

L'isolement a longtemps été considéré comme le moyen de protection le plus efficace contre la propagation des maladies infectieuses et, pendant la pandémie actuelle de COVID-19, des milliers de patients potentiellement infectés ont été isolés dans le monde. Différentes opinions existent sur la durée de l'isolement, notamment parce que les données sur la persistance et l'infectiosité du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) dans divers fluides corporels sont rares.

Dans l'étude liée, Zheng et ses collègues décrivent la dynamique de la charge virale chez 96 patients atteints du SRAS-CoV-2.

Les charges virales dans les prélèvements respiratoires, les selles, le sérum et l'urine ont été testées en utilisant une technique par PCR pendant quatre semaines d'hospitalisation. À la fin de ces quatre semaines, plus de la moitié des patients étaient toujours testés positifs pour le SRAS-CoV-2 dans des prélèvements respiratoires et un tiers des patients dans des prélèvements de selles en utilisant la PCR, des résultats avec des implications inquiétantes pour le contrôle de la maladie.

En revanche, tous les prélèvements d'une petite série de cas européens, y compris ceux des prélèvements nasopharyngés et des selles, sont devenus négatifs au SARS-CoV-2 en deux semaines pour tous les patients survivants. Il n'est pas clair si ces différences reflètent un état clinique différent ou des différences dans les caractéristiques des tests de PCR.

La PCR a été utilisée pour la première fois il y a plus de 30 ans dans un article décrivant une nouvelle amplification enzymatique d'acide nucléique. Depuis lors, des améliorations techniques ont fait de la PCR l'outil de choix pour l'amplification enzymatique spécifique d'acide nucléique in vitro. Une limitation importante des tests PCR, cependant, est l'incapacité de faire la différence entre la réplication virale réelle et la détection de matériel viral non viable, et donc non infectieux. Cela a été un défi clé dans les épidémies précédentes lors de l'évaluation de l'infectiosité des patients en convalescence et de la détermination de la pertinence clinique de la détection d'ARN viral dans les selles est particulièrement difficile.

Dans la maladie liée au virus Ebola, de l'ARN viral a été retrouvé dans des prélèvements de selles après l'élimination de la virémie sanguine chez les patients en convalescence, mais les tentatives de récupération du virus à partir de cultures cellulaires ont jusqu'à présent échoué.

De même, chez les patients atteints du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), l'ARN était généralement détecté dans les fèces, mais les essais d'isolement viral ont donné des résultats négatifs.

Au cours de la pandémie de SRAS-CoV-1 de 2002-2003, des articles des résultats positifs de PCR dans les selles ont également été signalés. Ces données, combinées à des observations de transmission indirecte à travers des surfaces contaminées et des fomites, ont conduit à suggérer une transmission fécale-orale du SRAS-CoV-1.

Alors, que pouvons-nous conclure de l'étude ? Vaut-il mieux prévenir que guérir et les patients doivent-ils être isolés tant qu'ils présentent des signes de perte d'ARN viral?

En termes de confinement de la maladie, cela pourrait être préconisé. Cependant, l'impact sur les systèmes de santé, les laboratoires de virologie et, surtout, les patients maintenus en isolement pendant au moins un mois, serait énorme.

Cependant, une hygiène méticuleuse des mains et des toilettes pourrait être justifiée et devrait réduire considérablement la pertinence clinique de l'excrétion virale des selles.

Il reste nécessaire d'accepter certaines incertitudes en ces temps difficiles et de s'appuyer sur l'amélioration clinique de COVID-19 pour éclairer les stratégies pour mettre fin à l'isolement. Cette incertitude se reflète dans les propositions d'institutions telles que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, le National Health Service et le European Center for Disease Prevention and Control, qui préconisent tous des combinaisons de tests et d'autres mesures de santé publique pour réduire le risque de transmission.

Davantage de données épidémiologiques, de tests et de modélisation mathématique seront nécessaires pour comprendre pleinement la pertinence clinique de l'excrétion virale de divers fluides corporels chez les patients se remettant de COVID-19. Pendant ce temps, les décideurs politiques, les professionnels de la santé et les patients devraient continuer à coopérer afin de tirer le meilleur parti des connaissances scientifiques et cliniques disponibles pour limiter la propagation du virus, sans mettre trop de pression sur les systèmes de santé déjà poussés à leurs limites.

Référence. Persistence of viral RNA in stool samples from patients recovering from COVID-19. BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1724 (Published 07 May 2020)

Une étude chinoise montre que l'ARN du COVID-19 est présent jusqu'à 49 jours

Une nouvelle étude publiée dans Emerging Infectious Diseases montre que le matériel génétique du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, a été détecté dans des fluides corporels des patients COVID-19 jusqu'à 49 jours.

L'étude a été menée chez 49 patients de Guangdong, en Chine, et a évalué la présence d'ARN viral dans des prélèvements de gorge, des prélèvements nasopharyngés, des prélèvements d'expectorations et des prélèvements de matières fécales. Quarante-trois des patients avaient des cas bénins de COVID-19, tandis que 6 avaient des cas graves. Les chercheurs ont obtenu des prélèvements tous les 3 jours pendant 4 semaines.

Les auteurs ont constaté une excrétion persistante d'ARN viral dans des prélèvements d'écouvillons nasopharyngés et d'excréments.

« Le temps estimé jusqu'à la perte de la détection de l'ARN viral variait de 45,6 jours pour les prélèvements nasopharyngés à 46,3 jours pour les prélèvements de fèces dans les cas bénins, et de 48,9 jours pour les prélèvements nasopharyngés à 49,4 jours pour les prélèvements de fèces dans les cas graves, ce qui était plus long que ceux du SARS-CoV et du MERS-CoV », ont écrit les auteurs, se référant aux coronavirus responsables respectivement du SRAS et du MERS.

Les résultats sont cohérents avec les articles de cas publiés, ont conclu les auteurs. Ils ont dit que leurs résultats devraient éclairer les tests de diagnostic du COVID-19 et les mesures de prévention.

COVID-19 et tests: Bonne nouvelle, encore plus de tests. +21% en une semaine !

Les calculs sont en principe assez simples : il faut considérer les données des tests indiquées dans COVID-19, Point épidémiologique hebdomadaire du 7 mai 2020.

dont on nous dit,

• Dans les laboratoires hospitaliers, Du 24 février au 3 mai 2020, 627 464 tests et 117 058 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.
• Au 5 mai 2020, sur 203 710 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, 34 150 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 17%.

Ces LBM du réseau 3 labo ne représentent qu’une part, certes importante, des laboratoires réalisant des tests en dehors des laboratoires hospitaliers, donc je ne tiendrais pas compte de ces  données.

Puis, on recueille aussi les données des tests indiquées dans COVID-19, Point épidémiologique hebdomadaire du 30 avril 2020, c’est-à-dire la semaine précédente …

• Dans les laboratoires hospitaliers, Du 24 février au 26 avril 2020, 548 767 tests et 111 113 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.
• Au 28 avril 2020 (12h), sur 175 807 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, 32 827 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 19%.

Par la différence du nombre de tests effectués dans les laboratoires hospitaliers en une semaine, nous avons 78 697 tests.

Même si je ne tiens pas compte des résultats des tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, il faut noter qu'ils sont en nette augmentation en une semaine, même si ces données ne sont pas ne sont pas exhaustives des laboratoires autres que les laboratoires hospitaliers.

Sur le site cascoronavirus.fr, nous avons les données des tests des laboratoires de villes:

« Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 4 mai 2020 par Santé publique. » Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

277 113 tests réalisés ; 37 710 (13,6%) tests positifs ; 239 403 (86,4 %) tests négatifs

Cela veut donc dire qu’en une semaine du 30 avril au 4 mai, il y aurait eu 277 113 tests (dans les labos autres que ceux hospitaliers) + 78 697 tests (labos hospitaliers), 

soit 350 810 tests.

Certes on est loin des 500 000 voire 700 000 tests par semaine promis par le Premier ministre, mais c’est une montée en puissance notable !

Rappelons que la semaine précédente, dans un article du 1er mai, CoVID-19: On peut connaître le nombre tests hebdomadaires réalisés par les laboratoires de ville et hospitaliers, mais on est hélas encore loin des 500 000 voir 700 000 tests par semaine, les calculs avaient indiqué que 279 605 tests, pas loin des 280 00 tests annoncés par M. Véran, ministre de la santé.

Nous sommes donc passés de 279 605 tests à 350 810 tests, soit 21 % d’augmentation !

Allez la France !

Mise à jour du 15 mai 2020. Avec le nouveau Point épidémiologique hebdomadaire du 14 mai 2020, il n'est pas possible de connaître le nombre de tests réalisés en raison de données non exhaustives du fait de l’absence de transmission de données de plusieurs laboratoires hospitaliers.

Mise à jour du 18 mai 2020. Le journal Le Monde, dans une mise à jour du 16 mai 2020, revient sur Coronavirus : le difficile comptage des tests effectués en France.

Le gouvernement vise 700 000 tests virologiques par semaine pour identifier les nouveaux cas de Covid-19. Mais les données publiques disponibles ne permettent pas de les recenser.