Une recherche de la Michigan State University montre que de nombreuses souches d'un agent pathogène d'origine alimentaire portent et partagent des gènes de résistance aux antibiotiques au Michigan
En collaboration avec le Michigan Department of Health and Human Services (MDHHS), des chercheurs de la Michigan State University (MSU) ont montré que des gènes de résistance aux antibiotiques sont répandus dans la bactérie Campylobacter jejuni, l'une des principales causes de maladies d'origine alimentaire.
L'équipe a découvert que plus de la moitié de C. jejuni, isolés chez des patients du Michigan, sont génétiquement protégés contre au moins un antibiotique utilisé pour lutter contre les infections bactériennes. L'étude complète de l’équipe est publié dans la revue Microbial Genomics.
«Nous savons que ces agents pathogènes existent depuis toujours, mais l'utilisation d'outils plus sophistiqués de séquençage du génome nous permet de les examiner différemment», a dit Shannon Manning, responsable du projet et professeur à la MSU Research Foundation au Département de microbiologie et de génétique moléculaire. «Nous avons découvert que les génomes sont extrêmement diversifiés et contiennent de nombreux gènes capables de les protéger contre de nombreux antibiotiques.»
L’article de l’équipe fournit des informations techniques précieuses aux épidémiologistes, aux agents de santé et à d’autres spécialistes, mais Manning a également souligné ce que les découvertes de l’équipe signifient pour la personne lambda.
Bien que la plupart des adultes en bonne santé puissent combattre ces microbes sans antibiotique, il y a des personnes pour lesquelles C. jejuni présente une préoccupation sérieuse. Les infections peuvent entraîner une hospitalisation, des complications auto-immunes et neurologiques, une invalidité à long terme, voire la mort.
Comprendre l’étendue de la résistance aux antibiotiques chez cette espèce, ainsi que les antibiotiques auxquels les différentes souches sont résistantes, peut aider les patients à bénéficier plus tôt de meilleurs plans de traitement.
«Si nous connaissons le type de gènes de résistance aux antibiotiques que possède Campylobacter jejuni, alors nous savons quels antibiotiques ne pas administrer à un patient», a dit Manning. Cela peut conduire à de meilleurs résultats pour les patients et à des séjours hospitaliers plus courts.
Cette découverte a également des implications plus larges. Une fois que des personnes ont combattu une infection et que l’agent pathogène a été tué, avec ou sans antibiotique, ses gènes peuvent persister, y compris ceux qui confèrent une résistance aux antibiotiques. D’autres microbes peuvent alors capter ces gènes, les intégrer dans leur propre génome et acquérir une résistance.
«C’est vraiment important. Les pathogènes d’origine alimentaire sont omniprésents. On les trouve dans les aliments que nous consommons, mais aussi dans les animaux et les environnements avec lesquels nous sommes régulièrement en contact», a dit Manning. «S’ils sont porteurs de gènes de résistance, non seulement ils peuvent nous rendre malades, mais ils peuvent aussi facilement transférer ces gènes à d’autres bactéries.»
Cela souligne l'importance de l'hygiène et de la sécurité des aliments, a dit Manning, notamment en évitant la contamination croisée avec d'autres aliments et des surfaces avant cuisson.
L’analyse génétique de l’équipe a également permis aux chercheurs d’identifier l’hôte ou la source de souches spécifiques. Autrement dit, ils pourraient prédire si les bactéries provenaient d’animaux spécifiques ou s’il s’agissait de généralistes que l’on trouve couramment chez plusieurs hôtes.
«Lorsque nous avons effectué cette analyse génomique, nous avons constaté que la plupart des patients du Michigan étaient infectés par des souches liées à des hôtes poulets ou bovins», a dit Manning. Les infections étaient également plus susceptibles de se produire dans les zones rurales, a découvert l'équipe, ce qui suggère que l'exposition à ces animaux et à leur environnement pourrait être importante à surveiller et potentiellement à contrôler.
Se concentrer sur le Michigan et travailler avec des hôpitaux de tout l’État a également permis aux chercheurs de révéler des informations plus granulaires et locales. En étudiant les 214 souches récupérées sur de vrais patients, les chercheurs ont observé des tendances spécifiques au Michigan qui autrement seraient passées inaperçues.
Bien que le Centers for Disease Control and Prevention exploitent un réseau national de surveillance des agents pathogènes d'origine alimentaire, de nombreux États, dont le Michigan, ne font pas partie de ce système.
«Nous avons des facteurs écologiques et agricoles uniques au Michigan qui peuvent avoir un impact sur la façon dont ces agents pathogènes survivent et prolifèrent chez certains hôtes et environnements», a dit Manning, dont l'équipe étudie également d'autres contributeurs majeurs aux maladies d'origine alimentaire, notamment E. coli, Shigella et Salmonella.
«Si vous ne les recherchez pas et ne les évaluez pas, vous ne pourrez pas identifier les facteurs les plus importants pour les infections et la résistance aux antibiotiques ni définir en quoi le Michigan diffère des autres régions», a-t-elle dit.
Cette évaluation est, en partie, l’objectif du Michigan Sequencing Academic Partnership for Public Health Innovation and Response, ou MI-SAPPHIRE, une subvention que le MDHHS a accordée à l’équipe de Manning l’année dernière. Le programme MI-SAPPHIRE est également soutenu par le CDC.
Cette subvention a été cruciale pour pousser le projet jusqu'à la ligne d'arrivée, a dit Manning, bien que l'équipe y travaille depuis des années par le biais du Enterics Research Investigational Network soutenu par le National Institutes of Health.
