Des chercheurs s'inquiètent de la circulation de Campylobacter multirésistants entre les secteurs et les pays en Europe

« Des chercheurs s'inquiètent de la circulation de Campylobacter multirésistants entre les secteurs et les pays en Europe », source Food Safety Magazine.

Une lignée de Campylobacter coli multirésistant circule depuis des années entre les sources humaines, animales, alimentaires et environnementales en Europe, soulignant la nécessité d'une surveillance génomique coordonnée selon l'approche Une seule santé, d'après une étude publiée dans la revue du CDC, Emerging Infectious Diseases.

Une équipe internationale de chercheurs a caractérisé l'émergence et la transmission de la séquence type (ST) 10042 de C. coli, initialement identifié comme un séquence type prédominant grâce à une surveillance fondée sur le séquençage du génome entier au Portugal. L'étude a porté sur 217 isolats de C. coli ST10042 collectés dans neuf pays européens entre août 2018 et décembre 2025. Parmi eux, 184 étaient d'origine humaine et 33 provenaient de sources animales, alimentaires ou environnementales.

Le Portugal a fourni le plus grand nombre d'isolats humains (85), suivi de l'Allemagne (30) et du Luxembourg (21). Au Portugal, la ST10042 représentait 30 % des infections à C. coli en 2022 ; ce taux a chuté à 14-15 % en 2023-2024 avant de remonter à 24 % en 2025. Dans l'ensemble, la ST10042 a été la séquence type de C. coli le plus fréquemment identifié dans le pays entre 2021 et 2025.

Sur les 30 isolats d'origine animale ou alimentaire inclus dans l'étude, 83 % provenaient de volailles. Ces isolats ont été obtenus à partir de viande de volaille crue, de plats préparés à base de poulet, d'animaux d'élevage et d'un chien. Trois autres isolats provenaient d'eaux de surface.

L'analyse génomique a mis en évidence des clusters transfrontaliers, notamment un vaste groupe composé principalement d'isolats du Portugal et du Luxembourg, ainsi que d'isolats provenant d'Allemagne, d'Irlande, du Royaume-Uni, d'Espagne et des Pays-Bas. D'autres clusters notables reliaient des isolats provenant d'Allemagne, du Danemark et d'Irlande. Selon les chercheurs, ces résultats démontrent une circulation transnationale et intersectorielle soutenue, plutôt que des infections sporadiques isolées à C. coli.

Cette lignée présentait également un profil de multirésistance conservé. Les 98 isolats portugais soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens étaient tous résistants à la ciprofloxacine, à la tétracycline et à l'ampicilline. La quasi-totalité était résistante à l'amoxicilline/acide clavulanique et présentait une sensibilité diminuée à l'ertapénem. Toutefois, les chercheurs ont souligné que l'absence de seuils cliniques établis et de données sur l'évolution clinique limite l'interprétation de la sensibilité à l'ertapénem.

Les chercheurs ont identifié des déterminants génétiques associés à la résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines dans un ensemble plus vaste de 217 isolats. Ils ont également suggéré que la variation du gène porA influençait la sensibilité à l'amoxicilline/acide clavulanique et à l'ertapénem.

L'étude était limitée par les différences de couverture de la surveillance par séquençage du génome entier entre les pays, la surreprésentation des isolats portugais et le manque de données épidémiologiques détaillées nécessaires pour confirmer les voies de transmission ou la causalité de l'épidémie. Dans l'ensemble, les chercheurs ont affirmé que les résultats démontraient l'importance d'une surveillance harmonisée du séquençage du génome entier dans le cadre de l'approche Une seule santé pour les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental, incluant des méthodes d'échantillonnage et d'analyse standardisées et des bases de données génomiques partagées pour la détection des lignées émergentes de Campylobacter résistants aux antimicrobiens. 

Un nouveau traitement à la lumière bleu-violet cible Campylobacter sur le poulet cru

« La lumière bleu-violet antimicrobienne s'avère prometteuse pour réduire la présence de Campylobacter résistants aux antimicrobiens sur la volaille », source Food Safety Magazine.

Une nouvelle étude a démontré l'efficacité d'un traitement par lumière bleu-violet de faible puissance contre divers isolats de Campylobacter associés à la volaille, y compris des souches résistantes aux antimicrobiens (RAM). Ces travaux ont été menés par des chercheurs de l'Université de Reading en collaboration avec UK Animal and Plant Health Agency (APHA).

Publiée dans la revue Microbiology, One light to rule them all: photodynamic inactivation of diverse Campylobacter (Une seule lumière pour les gouverner toutes : l'inactivation photodynamique de diverses souches de Campylobacter), l'étude a évalué la technique d'inactivation photodynamique par la lumière bleu-violet (VB-PDI pour Violet-Blue-Photodynamic Inactivation), qui utilise une lumière visible de 405 nanomètres (nm) pour activer des photosensibilisateurs naturellement présents dans les cellules bactériennes. Ce processus génère des espèces réactives de l'oxygène intracellulaires à des niveaux létaux pour Campylobacter. Les chercheurs étudient la lumière VB-PDI comme une intervention non chimique potentielle pour réduire la contamination de surface des produits avicoles.

Campylobacter est la principale cause de gastro-entérite bactérienne dans le monde. Au Royaume-Uni, environ 70 000 cas confirmés en laboratoire ont été signalés en 2024 et en 2025. Le coût économique annuel lié aux infections à Campylobacter au Royaume-Uni est estimé à 0,7 milliard de livres sterling. De plus, Campylobacter est présent sur environ deux tiers des poulets crus vendus par les distributeurs britanniques.

Efficacité de la VB-PDI selon les espèces de Campylobacter et les profils de résistance

Afin de déterminer si la technologie VB-PDI serait efficace contre la diversité des souches de Campylobacter présentes dans la filière avicole, les chercheurs ont testé 64 isolats collectés dans le cadre de programmes de surveillance nationaux britanniques entre 2008 et 2024. La collection comprenait 43 isolats de C. jejuni, 14 de C. coli et sept de C. lari, provenant de poulets de chair, d'élevages de poulets de chair et de dindes.

Les 64 isolats ont tous présenté une sensibilité à la VB-PDI dépendante de la dose. À la dose la plus élevée testée, soit 36 joules par centimètre carré (J/cm²), tous les isolats ont subi une réduction d'au moins 2 log du nombre de cellules viables, et 44 % ont connu une réduction supérieure à 4 log. Les chercheurs n'ont observé aucune différence significative de sensibilité entre les trois espèces de Campylobacter. Une analyse bio-informatique distincte portant sur 6 658 génomes représentant 53 espèces de Campylobacter a également révélé que les gènes associés au mécanisme de sensibilité à la VB-PDI étaient omniprésents au sein du genre.

Lors d'expériences complémentaires, la réduction de la charge bactérienne a augmenté de manière linéaire en fonction de la durée d'exposition. Aucune cellule viable n'a été détectée après 15 minutes de traitement à une puissance élevée de 50 milliwatts, ni après 80 minutes à une puissance plus faible de 10 milliwatts, ce qui correspond à des réductions supérieures à 5 log (soit 99,999 %). Par ailleurs, les chercheurs n'ont pas détecté de cellules persistantes dans les conditions expérimentales retenues.

Il est important de noter que la résistance aux antimicrobiens (RAM) préexistante n'a pas altéré l'efficacité de la VB-PDI. Parmi les isolats, 61,5 % étaient résistants à la ciprofloxacine, 55,4 % à la tétracycline et 16,9 % à l'ertapénème. De plus, 18,5 % présentaient une multirésistance. Aucune corrélation significative n'a été observée entre ces phénotypes de résistance et la sensibilité à la VB-PDI. L'aérotolérance, facteur pouvant contribuer à la persistance de Campylobacter dans les environnements de production avicole, n'a pas non plus eu d'incidence significative sur la sensibilité au traitement.

Aucune preuve d'apparition d'une résistance à la VB-PDI n'a été mise en évidence

Les chercheurs ont également examiné si une exposition répétée à la VB-PDI pouvait favoriser la sélection de souches résistantes de Campylobacter. Trois lignées issues d'un isolat de terrain de C. jejuni ont été soumises à 15 traitements consécutifs ; chaque traitement entraînait une réduction d'environ 3 log, laissant survivre près de 0,1 % de la population à chaque exposition.

Aucune augmentation significative de la tolérance à la VB-PDI n'a été observée à la suite de ces traitements répétés. Les chercheurs ont attribué ce faible potentiel d'apparition de résistance, en partie, au mécanisme d'action de la VB-PDI : celle-ci provoque des dommages médiés par des espèces réactives de l'oxygène sur de multiples cibles cellulaires, contrairement à de nombreux antibiotiques qui agissent sur une cible unique. Ils ont toutefois reconnu que des recherches supplémentaires seraient nécessaires pour caractériser de manière plus concluante le risque d'émergence d'une résistance.

Une réduction de 2 log pourrait diminuer de 90 % le risque pour la santé publique

Les chercheurs ont souligné que la transformation de la volaille constituait un domaine d'application potentiel pour la VB-PDI. En se fondant sur des données historiques de contamination au Royaume-Uni, ils ont estimé qu'une réduction de 2 log de la charge bactérienne sur les carcasses de poulets de chair permettrait de faire passer la proportion de carcasses fortement contaminées sortant des abattoirs de 26 % à 7 %. L'application de cette même réduction aux données d'une enquête menée en 2023 dans le commerce de détail ramènerait la proportion de poulets entiers fortement contaminés de 10 % à environ 2 %. Des modèles d'évaluation des risques antérieurs, cités par les chercheurs, suggéraient qu'une réduction de 2 log pourrait diminuer jusqu'à 90 % le risque d'infection pour la santé publique en aval.

En utilisant des LED à faible consommation d'énergie, dotées d'une longue durée de vie et nécessitant un entretien minimal, la technique VB-PDI pourrait constituer une solution économiquement abordable, y compris pour les producteurs des pays à revenu faible ou intermédiaire.

Les applications dans la transformation de la volaille nécessitent des études complémentaires

Toutefois, ces résultats reposent sur des expériences de laboratoire contrôlées utilisant des suspensions bactériennes, et non sur le traitement de carcasses de volaille. Les chercheurs soulignent que la peau de la volaille, les matières organiques et les biofilms présents dans les environnements de transformation pourraient influer sur la pénétration de la lumière et la sensibilité des bactéries. Il est donc nécessaire de mener des essais sur des carcasses naturellement contaminées, dans des conditions de transformation représentatives de la réalité industrielle, afin de déterminer si les réductions observées in vitro peuvent être reproduites en contexte commercial.

L’Écosse actualise sa stratégie de réduction des maladies infectieuses d’origine alimentaire

« L’Écosse actualise sa stratégie de réduction des maladies infectieuses d’origine alimentaire ; confrontée au taux le plus élevé de STEC O157 du Royaume-Uni », source Food Safety Magazine.

La Food Standards Scotland (FSS) a présenté ses plans visant à réduire l'incidence nationale des maladies infectieuses d'origine alimentaire au cours des trois prochaines années, en donnant la priorité à Campylobacter, Listeria monocytogenes et Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC), ainsi qu'à ses objectifs de recherche connexes.

Dans un présenté lors de la réunion du conseil d'administration de la FSS en septembre, l'agence a fait le point sur la situation des maladies infectieuses d'origine alimentaire en Écosse et sur ses actions visant à réduire la transmission des pathogènes par la chaîne alimentaire. La stratégie de la FSS en matière de maladies infectieuses d'origine alimentaire se concentre sur cinq agents pathogènes responsables de la plus grande part de la morbidité : Campylobacter, Salmonella, STEC, L. monocytogenes et norovirus.

L'incidence des maladies d'origine alimentaire est restée stable au cours des dix dernières années.

En Écosse, de 2015 à 2024, hors période de pandémie de COVID-19, le nombre de cas d'infections intestinales d'origine alimentaire signalés en laboratoire est resté relativement stable. Campylobacter représente la majorité des cas déclarés, avec une moyenne d'environ 6 000 par an, tandis que le pays enregistre environ 20 cas de listériose par an. Sur cette période de dix ans, le nombre annuel moyen d'infections à norovirus et à Salmonella recensées en Écosse était respectivement, d'environ 1 400 et 700,. Le nombre total de cas de E. coli entérohémorragique (EHEC) a varié entre 215 et 460 par an (soit environ 300 cas en moyenne).

Des progrès sont nécessaires pour réduire les infections à Campylobacter et à STEC.

Bien que l'industrie agroalimentaire britannique ait réduit la contamination du poulet réfrigéré par Campylobacter, la FSS indique que les infections humaines n'ont pas diminué en conséquence. Des études antérieures d'attribution des sources, financées par la FSS, ont montré que la majorité des cas cliniques de campylobactériose en Écosse sont liés au poulet. La FSS et la Food Standards Agency (FSA) du Royaume-Uni collaborent pour mieux comprendre les sources de transmission, qu'elles soient liées ou non à la volaille, et identifier des interventions efficaces.

Par ailleurs, l'Écosse continue d'enregistrer le taux d'infection à STEC O157 le plus élevé du Royaume-Uni, et les infections à d'autres souches ont augmenté ces dernières années, dépassant le nombre de cas de O157 en Écosse depuis 2023. Le nombre de cas de STEC déclarés a atteint un pic en 2022 en raison de deux épidémies à E. coli O157 non liées à l'alimentation dans des crèches (440 cas au total), et de nouveau en 2024 lors d'une épidémie nationale à E. coli O145 associée à la consommation de salades (460 cas au total). La FSS a indiqué que les aliments d'origine ruminante et les produits réfrigérés contaminés par l'environnement constituent un risque important de transmission de STEC ; bien que la prévalence du STEC O157 chez les bovins soit similaire dans toute la Grande-Bretagne, les troupeaux écossais sont plus fréquemment porteurs de souches associées à des maladies humaines graves, ce qui pourrait expliquer les taux d'infection plus élevés en Écosse.

La FSS collabore avec Public Health Scotland (PHS) sur une étude reliant les données épidémiologiques, d'exposition, cliniques, d'hospitalisation et de prescription des patients aux informations génomiques des isolats de STEC collectés entre 2015 et 2023. L'agence prévoit de publier des rapports épidémiologiques sur les infections à STEC et à Salmonella début 2027.

L’Écosse décide de ne pas mettre en place ses propres seuils de surveillance des pathogènes.

Le FSS a également décidé de ne pas poursuivre la mise en place de seuils de surveillance des pathogènes spécifiques à l'Écosse, utilisés pour signaler les augmentations des cas de maladies intestinales infectieuses déclarées et déterminer quand une enquête ou une action peut être justifiée dans le pays, et continuera plutôt à utiliser l'approche de seuil à l'échelle du Royaume-Uni.

En 2023, le conseil d’administration de la FSS avait convenu d’étudier la possibilité d’établir des seuils spécifiques à l’Écosse pour les agents pathogènes d’origine alimentaire. Après consultation du PHS et du FSA, le FSS a conclu que des seuils spécifiques à l’Écosse « ne seraient pas appropriés » en raison de l’intégration de la chaîne d’approvisionnement alimentaire du Royaume-Uni et des difficultés à identifier des variations statistiquement significatives pour les agents pathogènes à faible incidence, tels que L. monocytogenes.

Le FSS définit ses priorités de recherche sur les maladies d'origine alimentaire malgré un budget réduit.

Au cours des trois prochaines années, la FSS prévoit d'examiner les mesures de lutte contre Campylobacter mises en œuvre dans les élevages de volailles écossais et à l'abattoir . L'agence entend également mener des recherches afin de classer les aliments en fonction du risque de contamination par Listeria monocytogenes et d'élaborer des recommandations sur les alternatives plus sûres pour les consommateurs à risque.

Les autres priorités comprennent la recherche sur la manipulation et la préparation par les consommateurs des aliments crus pour animaux de compagnie, que la FSS a identifié comme un produit à haut risque de pathogènes d'origine alimentaire et de résistance aux antimicrobiens (RAM), la poursuite des messages sur la sécurité des aliments destinés aux populations à risque et le développement de directives et d'outils techniques pour les secteurs alimentaires prioritaires.

La FSS prévoit également de continuer à soutenir une approche Une seule santé en matière de surveillance des agents pathogènes. Ses travaux dans le cadre du programme britannique quadriennal de surveillance des agents pathogènes dans l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (PATH-SAFE), qui s’est achevé en 2025, ont permis de générer des données de séquençage du génome entier (SGE) pour environ 6 000 isolats de E. coli provenant de sources animales, environnementales, alimentaires et cliniques en Écosse. Ces données ont contribué au développement de modèles d’intelligence artificielle (IA) destinés à prédire les sources d’agents pathogènes et à identifier des interventions préventives de gestion des risques.

La FSS a reconnu que ses activités prévues devront être priorisées compte tenu de la réduction de son budget de recherche. L'agence a indiqué que les investissements futurs seront évalués en fonction des risques pour la santé publique, des domaines où la FSS peut apporter une contribution unique et des possibilités de tirer parti des données probantes et de l'expertise des organisations partenaires.

Les stress liés à la manipulation des volailles entraînerait une adaptation de Campylobacter

Une étude récente, « Poultry handling-related stress alters membrane composition, extracellular vesicle production, survival, and virulence in Campylobacter jejuni Bf », publiée dans la revue Applied and Environmental Microbiology démontre que Campylobacter jejuni survit et se multiplie lorsqu'il est soumis à une combinaison de stress thermique (chaleur) et oxydatif simulant les conditions d'abattage de la volaille.

A savoir

Effets des stress sur Campylobacter jejuni :

• Modifications cellulaires : L'exposition aux stress liés à la manipulation et à l'abattage entraîne un arrondissement des cellules ainsi qu'une perte de mobilité bactérienne.

• Remodelage membranaire : La bactérie modifie la composition de sa membrane et réduit sa fluidité, tout en reprogrammant son métabolisme pour accroître la teneur en ATP intracellulaire.

• Modification des vésicules : Bien que la composition lipidique de la membrane plasmique principale demeure stable, C. jejuni altère le profil lipidique des vésicules extracellulaires qu'elle libère.

• Virulence accrue : Les cellules stressées libèrent des vésicules extracellulaires présentant une toxicité accrue envers les cellules épithéliales Caco-2, ce qui peut faciliter l'invasion de l'intestin humain.

Résumé

Nous avons étudié l'adaptation de la souche aéro-tolérante de Campylobacter jejuni Bf à des conditions mimant l'abattage des volailles. Nous avons démontré que C. jejuni Bf survit et se multiplie activement sous l'effet combiné d'un stress thermique et oxydatif. L'exposition au stress induit un arrondissement cellulaire, une perte de mobilité, un remodelage de la composition membranaire, une diminution de la fluidité membranaire et une reprogrammation métabolique avec une augmentation des niveaux d'ATP intracellulaire. Tout en conservant la composition lipidique de sa membrane plasmique, C. jejuni module la composition lipidique de ses vésicules extracellulaires lorsqu'il est exposé au stress. Notamment, les cellules de C. jejuni stressées libèrent des vésicules extracellulaires présentant une toxicité accrue envers la barrière épithéliale des cellules Caco-2, facilitant potentiellement l'invasion de l'épithélium intestinal.

Importance

Les infections à Campylobacter constituent l'une des principales causes de gastro-entérite d'origine alimentaire dans le monde. Campylobacter pénètre facilement dans la chaîne alimentaire et se transmet à l'homme, principalement par la consommation de viande de volaille contaminée. La forte prévalence d'isolats humains de Campylobacter jejuni aéro-tolérants suggère une corrélation entre leur capacité à survivre en conditions aérobies, leur virulence et leur résistance à des conditions de stress extrêmes. Cependant, le mécanisme sous-jacent demeure mal connu. Nos résultats montrent que les vésicules extracellulaires de C. jejuni participent à une stratégie de survie qui relie l'adaptation environnementale à la pathogénicité.

Extraits de l’article

La persistance de C. jejuni tout au long de la chaîne alimentaire présente un paradoxe, compte tenu de ses exigences de croissance strictes en laboratoire et de sa présence généralisée dans des environnements apparemment défavorables. Une fois les poulets colonisés, C. jejuni se propage rapidement au sein du troupeau et persiste dans le tractus intestinal jusqu'à l'abattage. Lors de la transformation, une fuite de contenu intestinal peut entraîner une contamination des carcasses, avec des charges bactériennes atteignant jusqu'à 6,5 log UFC/g. En Europe, dans le cadre du critère d'hygiène des procédés concernant Campylobacter, la surveillance d'échantillons de volaille a révélé que 16,0 % d'entre eux dépassaient la limite de 3 log UFC/g. Au cours de la transformation de la volaille, C. jejuni est exposé à divers facteurs de stress, notamment la chaleur, le choc thermique par le froid, le stress acide et le stress oxydatif. En cas d'exposition aiguë, les cellules de C. jejuni de forme spiralée prennent une forme coccoïde en raison de dommages oxydatifs. Ce changement morphologique est l'un des événements survenant lorsque les bactéries entrent dans un état viable mais non cultivable, ce qui entrave leur détection sur les milieux de culture conventionnels lors des procédures de contrôle qualité.

Ce phénomène pourrait expliquer la persistance de l'incidence de la campylobactériose dans les pays développés, malgré des normes d'hygiène et de sécurité des aliments avancées. Aux températures de réfrigération, la composition en acides gras membranaires des cellules coccoïdes est presque identique à celle des cellules spiralées, tandis que les taux d'ATP intracellulaire restent élevés. L'observation de cellules de C. jejuni à l'état viable mais non cultivable dans des suspensions cellulaires vieillissantes a révélé une perte de la membrane externe. Par ailleurs, l'instabilité membranaire induite par un stress abiotique favorise le bourgeonnement de vésicules, permettant de relâcher la tension de l'enveloppe cellulaire ou d'exporter des composants endommagés. La production bactérienne de vésicules extracellulaires s'inscrit dans les stratégies d'adaptation et de survie en milieu hostile, notamment lors de la transformation des aliments ou au sein de l'hôte.

Nous montrons dans cette étude comment des stress successifs, reproduisant les étapes de la transformation de la volaille, affectent le fitness et la virulence de C. jejuni. Nous avons utilisé la souche clinique Bf, dont il a été démontré précédemment qu'elle tolère les environnements aérobies et survit à la carence en nutriments dans l'eau stérile en passant à un état viable mais non cultivable de morphologie non coccoïde. Nous nous sommes concentrés sur l'adaptation cellulaire, aux niveaux structurel, lipidomique et protéomique, face à un stress combiné thermique et oxydatif, ainsi que sur l'interaction des cellules adaptées avec la lignée cellulaire intestinale humaine Caco-2.

Sur la base de leurs résultats obtenus avec la souche Bf de C. jejuni, les auteurs suggérent que les Campylobacter aérotolérants pourraient adopter une stratégie d'adaptation membranaire pour surmonter rapidement les conditions de stress et accroître leur virulence.

Des chercheurs identifient une molécule intestinale inhibant la croissance de Campylobacter

« Des chercheurs identifient une molécule intestinale inhibant la croissance de Campylobacter », source Food Safety Magazine.

Bon à savoir

• L'indole est une substance naturelle produite par les bactéries intestinales, qui inhibe la croissance de Campylobacter jejuni.
• Chez la souris, l'inflammation intestinale réduit les niveaux d'indole, affaiblissant ainsi une défense naturelle qui contribue à limiter la croissance de C. jejuni.
• Ces résultats pourraient favoriser le développement de méthodes non antibiotiques pour lutter contre Campylobacter, bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires.

Des chercheurs de l'Université d'État du Michigan (MSU) ont identifié un métabolite issu du microbiote intestinal qui inhibe la croissance et la colonisation de Campylobacter jejuni, ouvrant ainsi la voie à de futures interventions non antibiotiques contre ce pathogène d'origine alimentaire.

L'étude, publiée dans Science Advances, a démontré que l'indole, une molécule produite par la métabolisation du tryptophane par certaines bactéries intestinales, supprime C. jejuni en perturbant la respiration et le métabolisme énergétique bactériens. Chez la souris, l'administration d'indole a réduit la colonisation par C. jejuni d'un facteur 1 000 environ, tandis qu'un probiotique produisant de l'indole l'a réduite d'un facteur 100 environ.

« Campylobacter est la cause la plus fréquente d'intoxications alimentaires bactériennes aux États-Unis, mais nous le connaissons encore beaucoup moins que d'autres pathogènes intestinaux », a déclaré Victor DiRita, professeur et directeur du département de microbiologie, génétique et immunologie de l'Université d'État du Michigan (MSU), qui a dirigé l'étude. « Cette étude nous permet de mieux comprendre les mécanismes par lesquels Campylobacter provoque la maladie, mais le plus intéressant est que nous avons identifié une molécule produite par le microbiote intestinal capable d'inhiber sa croissance. »

L'inflammation crée des conditions favorables à C. jejuni

S'appuyant sur des travaux antérieurs montrant que l'inflammation intestinale favorisait la croissance de C. jejuni chez le furet, les chercheurs ont développé un modèle murin utilisant un traitement de courte durée au sulfate de dextran sodique (DSS) pour induire temporairement une inflammation intestinale. Les souris conventionnelles sont généralement résistantes à la colonisation par C. jejuni, sauf si leur microbiote ou leurs voies inflammatoires sont altérés.

Trois jours après l'infection, les souris traitées au DSS hébergeaient environ 10⁹ à 10¹⁰ unités formant colonies (UFC) de C. jejuni par gramme de tissu colique, tandis que le pathogène était indétectable ou inférieur au seuil de détection chez les souris infectées n'ayant pas reçu de DSS. L'infection a également exacerbé l'inflammation et les lésions du tissu intestinal chez les souris traitées au DSS.

L'analyse du microbiote intestinal a montré que le traitement au DSS entraînait la disparition de plusieurs groupes de bactéries anaérobies strictes associées à la production d'acides gras à chaîne courte et d'indole. La spectrométrie de masse a confirmé des concentrations d'indole colique significativement plus faibles chez les souris traitées au DSS, tandis que le tryptophane s'accumulait, suggérant une conversion microbienne réduite du tryptophane en indole.

« Nous avons constaté une diminution significative des bactéries productrices d'indole, ce qui nous a amenés à nous interroger sur une éventuelle baisse des niveaux d'indole », explique Ritam Sinha, spécialiste de recherche universitaire à l'Université d'État du Michigan et premier auteur de l'étude. « L'analyse de l'indole dans l'intestin de la souris a confirmé cette hypothèse. »

L'indole perturbe la respiration et le métabolisme de C. jejuni

Les chercheurs ont ensuite exposé C. jejuni à des concentrations d'indole de 0,25 à 1 millimolaire (mM), concentrations que l'étude qualifie de physiologiquement pertinentes pour l'intestin. Peu d'effet a été observé à 0,25 mM, tandis que les concentrations de 0,5 et 1 mM ont inhibé significativement la croissance. À 1 mM, C. jejuni a présenté une perte de viabilité quasi totale après 30 heures. Le séquençage de l'ARN a permis de comprendre comment l'indole exerce cet effet. L'exposition à 0,5 mM d'indole a réduit les transcrits impliqués dans la respiration aérobie et la respiration des nitrates (forme de respiration anaérobie -aa), l'utilisation du lactate, le cycle de l'acide tricarboxylique et la voie de l'acétate, une voie importante de production d'ATP. L'activité respiratoire a diminué d'environ dix fois, tandis que les niveaux d'ATP intracellulaire ont chuté d'environ trois fois. L'exposition à l'indole a également abaissé le pH intracellulaire de C. jejuni d'environ 7,2 à 6.

Ces résultats suggèrent que l'indole perturbe la capacité du pathogène à produire et à utiliser l'énergie nécessaire à sa croissance. L'importance de ces voies métaboliques a été confirmée chez la souris, où les mutants de C. jejuni déficients dans l’absorption du lactate, en respiration des nitrates ou dans la voie ackA/pta (ou voie acétate kinase-phosphotransacétylase) de production d'acétate présentaient des déficits de fitness environ 100 fois, voire plus, par rapport à la souche sauvage.

Un probiotique producteur d'indole réduit la colonisation par Campylobacter

Pour déterminer si la production microbienne d'indole pouvait conférer une protection similaire, les chercheurs ont utilisé la souche probiotique de Escherichia coli Nissle 1917 (EcN), qui produit de l'indole à partir du tryptophane.

La souche sauvage de EcN a réduit la colonisation de C. jejuni chez la souris d'un facteur 100 environ, comparativement à un mutant EcN incapable de produire de l'indole. Ce mutant n'a conféré aucune protection comparable, confirmant ainsi la conclusion des chercheurs selon laquelle l'indole d'origine probiotique contribue à la résistance à la colonisation.

Ces résultats constituent une première étape vers des traitements sans antibiotiques

Ces découvertes pourraient, à terme, orienter des approches impliquant l'indole, des micro-organismes producteurs d'indole ou d'autres méthodes visant à renforcer la résistance à C. jejuni médiée par le microbiote. Toutefois, ces travaux en sont encore au stade préclinique, et les chercheurs ont souligné une question importante qui reste en suspens : si l'indole est naturellement présent dans l'intestin humain, comment C. jejuni parvient-il à contourner cette protection lors d'une infection ? « Nous menons encore beaucoup de recherches fondamentales, mais celles-ci constituent le socle de toute nouvelle approche thérapeutique que nous ou d'autres pourrions développer », a déclaré le Dr DiRita. « Face à la résistance croissante de Campylobacter aux antibiotiques, ces travaux nous orientent vers des méthodes innovantes et sans antibiotiques pour lutter contre l'infection. »

Eclairage sur Campylbacter en Nouvelle-Zélande et en France

1. Un article récemment paru dans Journal of the Royal Society of New Zealand, traite de la « Detection of Antibiotic‐Resistant Campylobacter on Retail Chicken in New Zealand: A Sentinel Survey » ou Détection de Campylobacter résistant aux antibiotiques dans le poulet vendu au détail en Nouvelle-Zélande : une enquête sentinelle.

Résumé

Les antibiotiques sont essentiels pour traiter et prévenir les infections chez l'homme, l'animal et les végétaux. Toutefois, l'utilisation d'antimicrobiens, en particulier lorsqu'elle est inutile ou inappropriée, a contribué à l'émergence et à la propagation de l'antibiorésistance. La transmission par voie alimentaire de bactéries résistantes aux antibiotiques constitue une préoccupation croissante de santé publique, notamment via la volaille contaminée par Campylobacter jejuni.

Cette étude a examiné la prévalence de la contamination par Campylobacter et l'antibiorésistance associée dans du poulet réfrigéré acheté dans le commerce en Nouvelle-Zélande. Campylobacter a été détecté dans 50 % (12/24 ; IC à 95 % : 31,3 %-68,7 %) des échantillons grâce à des méthodes de culture sélective, de PCR et de séquençage.

Parmi les isolats confirmés, des taux élevés de résistance à la tétracycline (92 %) et à la ciprofloxacine (83 %) ont été observés, tandis que 83 % des isolats étaient sensibles à l'érythromycine. Aucun isolat ne s'est révélé totalement sensible à l'ensemble des antibiotiques testés. Ces résultats préliminaires indiquent que des souches de Campylobacter résistantes aux antibiotiques peuvent être détectées dans le poulet réfrigéré vendu au détail en Nouvelle-Zélande ; ils soulignent la nécessité de mener des études de surveillance probabilistes de plus grande envergure afin d'établir des estimations nationales de la prévalence et de la résistance. La poursuite de la surveillance, l'adoption de politiques plus strictes concernant les produits avicoles contaminés et le développement d'alternatives aux antibiotiques classiques sont recommandés pour protéger la santé publique.

Discussion

Les auteurs soulignent, « nos données indiquent que la résistance aux antimicrobiens de première intention reste fréquente dans les produits de volaille vendus au détail. Les implications de ces résultats en matière de politique publique doivent être examinées dans le contexte du cadre actuel de sécurité sanitaire des aliments en Nouvelle-Zélande. Des études antérieures ont souligné la faible sensibilisation des consommateurs à la contamination des volailles crues par Campylobacter et ont proposé l'apposition d'un étiquetage d'avertissement obligatoires comme stratégie potentielle de réduction des risques. Si l'étiquetage peut attirer l'attention sur le risque au moment de l'achat, des campagnes d'éducation du public complètes, axées sur les bonnes pratiques de préparation des aliments, seraient probablement plus efficaces pour prévenir la campylobactériose. D'autres mesures réglementaires envisageables incluent le durcissement des objectifs de performance concernant Campylobacter sur les carcasses lors de la transformation et/ou la restriction de la vente de poulet réfrigérés dépassant les seuils de contamination convenus. Il a été démontré que la congélation réduit considérablement la charge en Campylobacter ; certaines juridictions encouragent donc les consommateurs à privilégier l'achat de volaille surgelée afin de limiter les risques. L'optimisation des contrôles industriels, le renforcement de l'éducation des consommateurs et le développement d'alternatives à l'utilisation traditionnelle d'antimicrobiens ou les peptides antimicrobiens pourraient contribuer à réduire la pression de sélection antibiotique tout en préservant le bien-être animal. »

En conclusion, le poulet vendu au détail en Nouvelle-Zélande demeure un vecteur potentiel de transmission de souches de Campylobacter résistantes aux antimicrobiens. Une surveillance continue et des réponses coordonnées de la part du secteur seront essentielles pour limiter la propagation de Campylobacter résistant et protéger la santé publique.

2. Un peu auparavant l’article en Nouvelle-Zélande, un article paru Antimicrobial Agents and Chemotherapy traite de la « Contributions of whole-genome sequencing to the epidemiological monitoring of Campylobacter spp. in France » ou Apport du séquençage du génome entier à la surveillance épidémiologique de Campylobacter spp. en France.

Résumé

Les techniques de séquençage de nouvelle génération ont révolutionné l'épidémiologie et la compréhension des infections à Campylobacter spp. Dans cette étude, nous présentons les résultats d'une analyse par séquençage de nouvelle génération (NGS) réalisée en 2024 sur 2 360 souches de Campylobacter spp. isolées en France, incluant 1 959 souches de Campylobacter jejuni, 358 de Campylobacter coli et 43 de Campylobacter fetus. Nous décrivons la diversité des souches en circulation et dressons un panorama des principaux mécanismes de résistance aux antibiotiques. Nous avons identifié divers mécanismes de résistance, notamment vis-à-vis des pénicillines du groupe A. Il convient de souligner l'identification d'un nouveau promoteur en amont du gène codant pour une bêta-lactamase. À l'aide de marqueurs d'attribution de source pour C. jejuni et C. coli, nous avons identifié la volaille comme le principal vecteur d'infection par ces deux espèces. Toutefois, la viande de ruminant est à l'origine d'une proportion significative d'infections à C. jejuni en France. Cette étude démontre comment une stratégie de séquençage permet de générer des données à grande échelle et à haute résolution pour mieux comprendre les infections à Campylobacter spp.

Dans l’introduction à cet article, les auteurs indiquent, « Grâce à la culturomique, le rôle de Campylobacter spp. dans l'épidémiologie des diarrhées infectieuses aiguës est mieux compris. Campylobacter est désormais considéré comme la principale étiologie, occupant une place encore plus centrale que la salmonellose. »

Dans la discussion, les auteurs rapportent :

C. jejuni était l'espèce prédominante dans notre étude, ce qui concorde avec l'épidémiologie des infections à Campylobacter spp. en France et dans d'autres pays industrialisés.

La volaille constitue la principale source d'infection par C. jejuni et C. coli. En France, les ruminants sont à l'origine d'une proportion importante des infections à C. jejuni, tandis que les porcs sont responsables d'une part plus limitée des infections à C. coli. Ces données concordent avec nos analyses antérieures et diffèrent de celles observées dans d'autres pays.

La surveillance stricte des clones de Campylobacter spp. se poursuit et sera encore renforcée dans les années à venir grâce à des études menées en collaboration avec Santé publique France et l'Anses.

Nous estimons que les données présentées apportent un éclairage nouveau sur les infections à Campylobacter spp., en particulier en France. Dans les années à venir, nous suivrons les données relatives à l'antibiorésistance et à l'attribution des sources ; celles-ci pourront servir de base à des études comparatives pour d'autres laboratoires souhaitant mettre en œuvre une approche de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le cadre de l'étude systématique des infections à Campylobacter spp.

Contribution de l’élevage industriel des volailles à la propagation de Campylobacter, selon une étude

« L’élevage industriel de volailles accélère la propagation d’une importante maladie d’origine alimentaire », est le titre du communiqué de l’Institut Ineos d'Oxford paru le 27 juillet 2026.

Une nouvelle étude de l'Institut Ineos pour la recherche antimicrobienne révèle que l'élevage industriel de volailles a entraîné une augmentation de plus de 100 fois de la propagation de Campylobacter, permettant à des souches qui circulaient autrefois chez les oiseaux sauvages de se mélanger largement dans les populations de volailles commerciales.

Campylobacter est la principale cause bactérienne de diarrhée dans le monde, responsable  chaque année au Royaume-Uni de plus de 3,5 fois plus de cas de gastro-entérite que toutes les autres bactéries d'origine alimentaire surveillées réunies. L'augmentation des taux de résistance aux antimicrobiens (RAM), qui survient lorsque les bactéries résistent aux médicaments conçus pour les éliminer, rend les infections à Campylobacter de plus en plus difficiles à traiter. 

Campylobacter, la bactérie responsable des intoxications alimentaires les plus fréquentes au monde, est couramment présente dans le microbiote intestinal des poulets. 

Publiée dans PNAS, « Accelerating Campylobacter zoonosis in the Anthropocene », une étude a analysé près de 2 800 génomes bactériens prélevés sur des poulets et des oiseaux sauvages dans 30 pays (dont le Royaume-Uni et les États-Unis) entre 1979 et 2024. Les chercheurs ont constaté que l'expansion mondiale massive de l'élevage de poulets a créé des conditions idéales pour que la bactérie se propage, se mélange et acquière de nouvelles caractéristiques qui l'aident à survivre.

Depuis les années 1960, le nombre de poulets dans le monde a été multiplié par sept, atteignant environ 31 milliards d'individus. Aujourd'hui, les poulets représentent près de 70 % de la biomasse aviaire totale sur Terre. Si cette augmentation a permis une production à grande échelle de protéines animales abordables, elle a également créé des conditions idéales pour l'adaptation et la prolifération des bactéries. 

Grâce à l'analyse génomique, les chercheurs ont identifié des modifications génétiques chez Campylobacter associées à son adaptation à l'environnement avicole. Parmi celles-ci figurent des gènes impliqués dans la résistance aux antimicrobiens, la tolérance au stress oxydatif, l'acquisition de métaux et la mobilité, ainsi que des caractéristiques favorisant la survie et la prolifération des bactéries dans les systèmes modernes de production avicole.

L’agriculture industrielle a créé l’un des plus vastes habitats animaux de la planète. Nos résultats apportent de nouvelles preuves que les modifications environnementales d’origine humaine peuvent accroître la propagation des maladies infectieuses.

Avec l'augmentation des populations de poulets, les bactéries autrefois confinées aux oiseaux sauvages ont désormais beaucoup plus d'opportunités de pénétrer dans les élevages de volailles, de s'y propager et de s'y implanter. Comprendre ces conséquences évolutives est essentiel pour réduire les risques futurs de zoonoses et de résistance aux antimicrobiens.

Le professeur Sam Sheppard, professeur de génomique et d'évolution microbienne à l'université d'Oxford et auteur principal de l'article a déclaré : L'étude suggère également que les vastes élevages de poulets à forte densité peuvent agir comme des « éponges à pathogènes » écologiques, absorbant et amplifiant les souches bactériennes provenant de sources multiples. La modélisation mathématique a montré qu'une fois que les populations de poulets atteignent une taille critique, les souches provenant d'oiseaux sauvages peuvent se maintenir au sein de ces populations, même lorsqu'elles sont mal adaptées à leur nouvel hôte. 

Une étude précédente de l'Institut Ineos a révélé que 80 % des  infections humaines à Campylobacter dans l'Oxfordshire sont associées à la viande de volaille et que nombre de ces infections sont résistantes aux antibiotiques.

À mesure que les souches de Campylobacter s'adaptent à la vie chez les volailles, elles peuvent acquérir des caractéristiques qui les aident à survivre dans des environnements difficiles, notamment des caractéristiques liées à la résistance aux antimicrobiens. Comprendre comment les pratiques d'élevage influencent l'évolution bactérienne est une étape importante pour réduire le fardeau des maladies d'origine alimentaire.

Commentaire

Selon Santé publique France, Campylobacter est au deuxième rang estimé du nombre total des infections d’origine alimentaire. Le nombre de cas d’infections à Campylobacter d’origine alimentaire en France estimé à 392 000. Voir aussi le bilan de la surveillance des infections à Campylobacter en France en 2023.

Hausse des infections d'origine alimentaire à Campylobacter et Listeria au Danemark en 2025

« Hausse des infections d'origine alimentaire à Campylobacter et Listeria au Danemark en 2025, source Food Safety Magazine Editorial Team. Article traduit et adapté par les soins -aa.

Le Danemark a signalé une augmentation des infections à Campylobacter et à Listeria en 2025, tout en continuant à renforcer son système de surveillance « Une seule santé » (One Health) grâce à la mise en place d'une nouvelle plateforme de séquençage du génome entier (WGS), selon le dernier rapport annuel du pays sur les zoonoses.

Campylobacter : principale cause de maladies d'origine alimentaire

Campylobacter est resté la principale cause de maladies d'origine alimentaire au Danemark :

- 5 714 cas en 2025,

- 5 546 cas en 2024

- 5 186 en 2023.

Le nombre de cas de salmonellose a diminué, passant de 1 266 en 2024 à 1 051 en 2025. Le Danemark a également signalé 84 cas d'infection à Listeria monocytogenes, soit une augmentation de près de 38% par rapport à 2024 et le total annuel le plus élevé depuis 2022.

Au total, 56 foyers de maladies d'origine alimentaire ont été à l'origine de 1 109 cas en 2025, un chiffre comparable aux 55 foyers signalés l'année précédente. Les foyers signalés impliquaient Campylobacter, Salmonella, L. monocytogenes, norovirus, Escherichia coli, des bactéries sporulantes, Cryptosporidium, le virus de l'hépatite A, ainsi que trois foyers locaux causés par des lectines présentes dans des haricots mal préparés.

Parmi les 13 foyers de salmonellose signalés, deux foyers nationaux d'envergure étaient liés à des produits réfrigérés. L'un des épisodes était associé à une éclosion internationale récurrente à S. Strathcona liée à des tomates italiennes, tandis que de la laitue importée était le vecteur suspecté d'une seconde éclosion à S. Typhimurium.

Le nombre de cas de Campylobacter a fortement augmenté au cours de l'été et de l'automne, principalement en raison de deux grandes éclosions liées à de la viande de poulet. Neuf des onze éclosions à Campylobacter signalées en 2025 étaient associées à du poulet.

Le rapport a également mis en évidence six éclosions nationales de listériose, dont la plus importante a touché 11 personnes et était liée à des galettes de poisson prêtes à consommer.

Par ailleurs, six éclosions à norovirus sont survenues au Danemark en 2025 ; toutes étaient liées à des activités de traiteur ou à des établissements de restauration.

Commentaire

En France, le dernier bilan de la surveillance des infections à Campylobacter est celui de 2023. Santé publique France indique que Campylobacter est au 2e rang estimé du nombre total d’infections d’origine alimentaire.

Le nombre de cas estimés est environ de 50 000 à 60 000 cas annuels de campylobactériose en France, sur la base de la surveillance et des modèles épidémiologiques.

Au niveau des bilans publiés, les bilans plus ou moins récents en France sont ceux de 2024 sur la listériose et le syndrome hémolytique et urémique pédiatrique ; signalons aussi le bilan 2023 des TIAC. C’est dire les progrès qu’il nous reste encore à faire sur l’information et la communication.

MàJ du 4 juillet 2027. Le nouveau gouvernement danois supprime le ministère de l’Agriculture. Mette Frederiksen a constitué un nouveau Gouvernement au Danemark. Il est constitué à partir d’une coalition minoritaire de centre gauche. Le ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et de la Pêche est remplacé par un ministère de la Nature et du Bien-être animal. 

Royaume-Uni : Le projet Campylobacter révèle que les laboratoires peuvent mieux faire

«Le projet Campylobacter révèle que les laboratoires peuvent mieux faire», source article de Food Safety News paru le 5 décembre 2023.

Selon un rapport, un seul laboratoire a obtenu un score élevé dans le cadre d'un exercice d’essais sur Campylobacter, ce qui suggère qu'il y a place à amélioration.

En 2018, la Food Standards Agency (FSA) a chargé l’Agence britannique de santé (UKHSA) de fournir un programme d’évaluation externe de la qualité (EQA) de la détection et du dénombrement de Campylobacter à partir d’une matrice simulée représentant du poulet cru.

Il était disponible dans 20 laboratoires au Royaume-Uni qui fournissaient un essai accrédité pour Campylobacter dans les aliments. À l’époque, il n’existait aucun essai fiable pour identifier l’agent pathogène.

L’EQA s’est déroulée de mars 2019 à novembre 2021, en raison des perturbations liées au COVID-19. Au total, 39 échantillons ont été envoyés ; 26 pour dénombrer les niveaux de Campylobacter, s'il est détecté, et 13 pour la détection du micro-organisme.

Une EQA fournit aux laboratoires une évaluation externe indépendante de leurs performances. Une participation régulière fait partie des procédures de qualité et contribue à garantir l'exactitude des résultats des tests. Cela donne également une assurance aux clients.

Principales conclusions de l’évaluation

Les souches de Campylobacter choisies pour simuler des échantillons alimentaires variaient et contenaient des espèces communes telles que C. jejuni, C. lari et C. coli. Des niveaux élevés de micro-organismes ont été inclus pour simuler le contenu du poulet cru.

Il y avait des variations dans les résultats du dénombrement rapportés, même si tous les laboratoires disaient que la même méthode avait été utilisée.

Les laboratoires ont renvoyé un résultat acceptable ou douteux pour au moins 80% des échantillons examinés pour le dénombrement ou la détection de Campylobacter. Cela montre qu'ils peuvent entreprendre des essais pour détecter les agents pathogènes dans les aliments en utilisant les deux méthodes, selon le rapport.

Un laboratoire a contacté l'UKHSA au début du programme car les résultats étaient systématiquement en dehors de la plage attendue. Après conseils, les performances se sont considérablement améliorées, la plupart des résultats rapportés sur le dénombrement se situant dans la fourchette attendue. Tous les laboratoires ont signalé des dénombrements en dehors de la plage attendue ; cependant, la cause profonde n’a pas été étudiée.

Pour la partie détection, deux laboratoires ont rapporté un résultat faussement négatif pour deux échantillons. Deux laboratoires ont enregistré un faux négatif pour un échantillon. Un laboratoire a également obtenu un résultat faussement positif pour le seul échantillon qui ne contenait pas de Campylobacter.

Un seul laboratoire a rapporté tous ses dénombrements dans la plage attendue, obtenant une performance globale de 100 pour cent pour toutes les distributions et les échantillons examinés. Un laboratoire a signalé un dénombrement en dehors de la plage attendue pour quatre des 25 échantillons de dénombrement analysés.

«La participation régulière à l'EQA permettra aux laboratoires de contrôler tout changement dans les conditions de fonctionnement telles que les milieux et les niveaux du personnel. Combler les lacunes identifiées grâce à une EQA contribuera à garantir que les incidents de santé publique soient détectés tôt et gérés efficacement», indique le rapport.

Radioactivité dans les aliments

Entre-temps, les autorités britanniques ont publié un rapport annuel contenant des échantillons et des analyses sur les niveaux de substances radioactives dans les aliments et dans l'environnement.

Les activités de surveillance sont conçues ou entreprises par l'Environment Agency, la FSA, Food Standards Scotland, la Northern Ireland Environment Agency, Natural Resources Wales et la Scottish Environment Protection Agency.

Le rapport 2022 publié récemment a révélé que l'exposition du public à toutes les sources de radioactivité artificielle présente dans les aliments et dans l'environnement était faible et dans la limite légale de 1 millisievert (mSv) par an. Les aliments et les sources d'eau potable publiques qui constituent l'alimentation générale des personnes ont été analysés pour détecter leur radioactivité dans tout le Royaume-Uni. Les radionucléides artificiels ne contribuent qu’à une faible proportion du rayonnement public présent dans l’alimentation humaine.

Un système de surveillance est en place pour détecter la radioactivité dans les envois. Aucune radioactivité significative au-dessus des niveaux de dépistage n’a été détectée aux points d’entrée. En juin 2022, les réglementations de l’UE sur les contrôles des importations de Fukushima ont été supprimées pour l’Angleterre, l’Écosse et le Pays de Galles.