Une approche de dépistage basée sur le
séquençage de nouvelle génération (SGN) pour identifier les
protéines codées par les mycobactériophages qui sont toxiques pour
les mycobactéries. Les résultats de l’étude, Identification
de protéines toxiques codées par le mycobactériophage TM4 à
l'aide d'une méthode basée sur le séquençage de nouvelle
génération, pourraient être utiles pour développer de
nouvelles molécules antimicrobiennes.
Résumé
Les mycobactériophages sont des virus qui infectent spécifiquement
les mycobactéries et qui, du fait de leur diversité, représentent
un pool génétique important. La caractérisation de la
fonction de ces gènes devrait fournir des informations utiles sur
les interactions hôte-phage. Nous décrivons ici une approche
de dépistage à haut débit basée sur le SGN pour l'identification
des protéines codées par les mycobactériophages qui sont toxiques
pour les mycobactéries. Une bibliothèque dérivée des
plasmides représentant le génome du mycobactériophage TM4 a été
construite et transformée en Mycobacterium smegmatis . Les
tests de SGN et de croissance ont montré que l'expression de TM4
était toxique pour M. smegmatis. Bien que les gènes
associés à la toxicité bactérienne aient été exprimés lors de
l'infection par le phage, ils n'étaient pas nécessaires à la
réplication lytique du mycobactériophage TM4. En conclusion,
nous décrivons ici une approche basée sur le NGS qui a nécessité
beaucoup moins de temps et de ressources que les méthodes
traditionnelles et a permis l'identification de nouveaux produits
géniques de mycobactériophages qui sont toxiques pour les
mycobactéries.
Importance
La large propagation de Mycobacterium tuberculosis résistant
aux antibiotiques a entraîné un besoin urgent de développement de
nouveaux médicaments.
Les mycobactériophages sont des tueurs naturels de M.
tuberculosis, et leurs produits géniques toxiques pourraient
fournir des candidats anti-Mycobacterium vis-à-vis de
la tuberculose.
Cependant, l'énorme diversité génétique des mycobactériophages
pose des défis pour l'identification de ces gènes. Ici, nous avons
utilisé une méthode de dépistage simple et pratique, basée sur le
SGN, pour identifier les gènes de mycobactériophages codant pour
les produits toxiques pour les mycobactéries. Grâce à cette
approche, nous avons ciblé et validé plusieurs produits toxiques
codés par le mycobactériophage TM4. De plus, nous avons également
découvert que les gènes codant pour ces produits toxiques ne sont
pas essentiels à la réplication lytique de TM4. Notre travail
décrit une méthode prometteuse pour l'identification de gènes de
phage qui codent pour des protéines toxiques pour les mycobactéries
et qui pourrait faciliter l'identification de nouvelles molécules
antimicrobiennes.
