Les
microbes associés aux installations de transformation des aliments
peuvent contaminer les produits alimentaires. Valentino
et coll. montrent dans Applied
and Environmental Microbiology
que certains taxons psychrotrophes vivant en surface peuvent être
transférés et enrichis dans les produits de crème glacée. La
présence dans ces bactéries de gènes codant pour les adhésines de
surface et la résistance aux antimicrobiens met en évidence la
nécessité de stratégies de nettoyage-désinfection réduisant la
transmission des microbes adaptés au froid.
Résumé
Plusieurs
taxons microbiens ont été associés aux installations de
transformation des aliments, et ils pourraient résister en se fixant
sur des outils et des équipements même après des procédures de
nettoyageèdésinfection, produisant ainsi des biofilms qui adhèrent
aux surfaces et pourraient intégrer d'autres micro-organismes,
notamment des micro-organismes d’altération et des pathogènes.
Il est de plus en plus évident que ces communautés peuvent être
transférées au produit fini. Pour explorer les voies de
contamination microbienne dans une installation produisant des
glaces, nous avons collecté des aliments et des écouvillons
environnementaux sur des surfaces industrielles d'équipements et
d'outils et effectué des analyses taxonomiques et fonctionnelles de
l'ADN microbien extrait des échantillons environnementaux.
Nos
résultats suggèrent que des communautés complexes dominées par
des bactéries psychrotrophes (par exemple Pseudomonas et
Acinetobacter spp.) habitent l'environnement de transformation
des aliments, et nous démontrons que ces communautés pourraient
être transférées des surfaces aux produits.
L'analyse
fonctionnelle réalisée sur des échantillons environnementaux a mis
en évidence la présence de plusieurs gènes liés à la résistance
aux antimicrobiens et à l'adhérence sur les surfaces abiotiques ;
ces gènes étaient plus abondants sur les surfaces en contact des aliments que sur
d’autres surfaces.
Les
génomes assemblés par métagénome (MAG) de Pseudomonas stutzeri
ont montré des gènes liés à la formation et à la motilité du
biofilm, qui sont sûrement liés aux capacités de colonisation dans
les chaînes de transformation.
L’étude
met en évidence les avantages potentiels évidents de l’application
de la cartographie du microbiome dans l’industrie alimentaire pour
le suivi des sources de contamination microbienne et pour la
planification de stratégies appropriées de nettoyage-désinfection
ad hoc.
Importance
Plusieurs
espèces microbiennes peuvent s'établir de façon permanente dans
les installations de transformation des aliments, contribuant ainsi
aux pertes alimentaires. En fait, les surfaces en contact avec les
aliments peuvent transférer des micro-organismes vers des
intermédiaires et des produits, ce qui représente potentiellement
un danger pour la santé humaine. Dans ce travail, nous apportons la
preuve de l’existence de communautés microbiennes complexes
surmontant le nettoyage-désinfection dans une installation de
production de crème glacée. Ces communautés hébergeaient
plusieurs gènes susceptibles de conduire à l’attachement aux
surfaces et à la résistance aux antimicrobiens. En outre, la
prévision des voies de contamination a montré que plusieurs taxons
potentiels de d’altération pourraient se retrouver dans le produit
fini. Surtout, dans ce travail, nous montrons que la cartographie du
microbiome environnemental est une technique à haute résolution qui
pourrait aider les exploitants du secteur alimentaire à garantir la
qualité et la sécurité des aliments grâce à la détection de
micro-organismes potentiellement dangereux.
