Potentiel du thymol pour lutter contre les biofilms de Salmonella sur des surfaces en contact avec les aliments, selon une étude

« Une étude révèle le potentiel du thymol pour lutter contre les biofilms de Salmonella sur les surfaces en contact avec les aliments », source Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut retenir

• Bien que l'activité antimicrobienne et antibiofilm du thymol, un composé antimicrobien d'origine végétale, soit bien établie, peu d’études ont porté sur ses effets sur les biofilms de Salmonella Infantis.
• Des chercheurs de l'USDA-ARS et de l'Université de l'Arkansas (Fayetteville) ont étudié la capacité du thymol à inhiber et inactiver les biofilms de S. Infantis sur des surfaces en polystyrène et en acier inoxydable, ainsi que ses effets sur les gènes et les protéines impliqués dans la formation de ces biofilms.
• Le thymol a démontré des effets inhibiteurs vis-à-vis de S. Infantis à des concentrations sub-inhibitrices de 0,015 % et 0,03 %, entraînant des réductions allant jusqu'à 3,5 log UFC/mL selon la concentration et le moment du prélèvement.
• Sur les deux types de surfaces, un traitement au thymol à 0,5 % a réduit la présence de S. Infantis dans les biofilms matures à un niveau indétectable en dix minutes ou moins, aussi bien à 20°C qu'à 37°C ; même la concentration la plus faible testée sur des biofilms établis a permis d'obtenir des réductions significatives.
• Les chercheurs ont conclu que le thymol pourrait constituer un désinfectant naturel prometteur pour lutter contre les biofilms de S. Infantis sur les surfaces en plastique et en acier inoxydable dans les installations de transformation de la volaille et des aliments.
• Une nouvelle étude a démontré le potentiel du thymol, un composé antimicrobien d'origine végétale, pour inhiber et inactiver les biofilms de Salmonella Infantis sur des surfaces en polystyrène et en acier inoxydable, couramment présentes dans les environnements de transformation de la volaille et des aliments.

Publiée dans la revue Poultry Science, cette étude a examiné l'efficacité du thymol contre les biofilms de S. Infantis, ainsi que ses effets sur les gènes et les protéines impliqués dans la formation de ces biofilms. Ce pathogène associé à la volaille est connu pour persister dans les environnements de transformation, en partie grâce à sa capacité à former des biofilms résistants au nettoyage et à la désinfection. Bien que l'activité antimicrobienne et antibiofilm du thymol soit bien établie, peu d’études ont été menées sur ses effets spécifiques concernant les biofilms de S. Infantis.

Le thymol a inhibé et inactivé les biofilms de S. Infantis

Les chercheurs ont cultivé des biofilms de S. Infantis (souche isolée de viande de poulet hachée) sur des plaques en polystyrène et des coupons en acier inoxydable. La formation de biofilm a été évaluée à 20°C et à 37°C. Ils ont constaté une formation de biofilm plus importante à 20°C qu'à 37°C, bien que l'effet de la température n'ait été significatif que sur le polystyrène.

Pour étudier l'inhibition du biofilm, les chercheurs ont exposé S. Infantis à des concentrations de thymol sub-inhibitrices (0,015 % et 0,03 %). À 20 °C, une concentration de 0,03 % de thymol a réduit la charge de S. Infantis d'environ 3 à 3,5 log d'unités formant des colonies par millilitre (UFC/mL) sur le polystyrène. Sur l'acier inoxydable, des réductions d'environ 0,5 à 3,5 log UFC/mL ont été observées avec les deux concentrations de thymol, les résultats variant selon la concentration et la durée d'exposition.

Les chercheurs ont également testé des concentrations de thymol de 0,125 %, 0,25 % et 0,5 % sur des biofilms matures de S. Infantis âgés de 48 heures. L'augmentation de la concentration en thymol et de la durée d'exposition a généralement accru l'inactivation du biofilm.

Sur le polystyrène, le traitement au thymol à 0,5 % a réduit la population de S. Infantis à un niveau indétectable après cinq ou dix minutes, aux deux températures testées. Sur l'acier inoxydable, le thymol à 0,5 % a ramené la population de S. Infantis en dessous du seuil de détection après dix minutes, également aux deux températures. Dans l'ensemble, le traitement à la concentration la plus élevée a permis d'obtenir une réduction d'environ 5 à 7 log UFC/mL au sein des biofilms matures.

Même la concentration la plus faible testée sur des biofilms établis a montré une activité significative. Le traitement au thymol à 0,125 % a entraîné une réduction d'environ 4 à 5 log UFC/mL après une minute sur le polystyrène, et d'environ 2 à 3,5 log UFC/mL après cinq minutes sur l'acier inoxydable.

La microscopie à fluorescence a également révélé une augmentation des dommages causés aux membranes cellulaires bactériennes à mesure que la concentration en thymol augmentait.

Le thymol a influencé l'expression des gènes et des protéines liés au biofilm

Les chercheurs ont également étudié l'effet du thymol sur l'expression de gènes jouant un rôle clé dans la formation de biofilms par S. Infantis. Un traitement au thymol à 0,015 % a significativement diminué l'expression des gènes associés à la substance polymérique extracellulaire (la matrice structurale et protectrice qui entoure le biofilm), d'environ deux fois. Certains gènes de quorum sensing (qui facilitent la communication entre les bactéries au sein d'un biofilm) ont également été significativement sous-exprimés.

L'analyse protéomique a identifié 745 protéines chez S. Infantis. Les biofilms traités au thymol ont montré une diminution de l'expression des protéines impliquées dans la chimiotaxie et la motilité bactériennes. Les protéines impliquées dans la survie bactérienne, le maintien de la paroi cellulaire, la réparation cellulaire, le transport par pompes d'efflux et l'adaptation aux stress environnementaux ont été surexprimées, ce que les chercheurs ont associé aux réponses bactériennes au thymol.

Sur la base de ces résultats, les chercheurs ont conclu que le thymol pourrait servir de désinfectant naturel pour lutter contre les biofilms de S. Infantis sur les surfaces en plastique et en acier inoxydable dans les installations avicoles et de transformation alimentaire.

Toutefois, l'étude n'a pas évalué l'efficacité du thymol contre S. Infantis sur des carcasses de poulet ou d'autres produits alimentaires. Les chercheurs ont préconisé la réalisation d'études supplémentaires pour examiner ces applications, ainsi que les effets du thymol sur les biofilms mixtes de sérotypes de Salmonella prévalents dans les environnements avicoles.

L'UE propose des conditions de stockage plus flexibles pour certaines viandes fraîches avant congélation

« L'UE propose des conditions de stockage plus flexibles pour certaines viandes fraîches avant congélation », source Food Safety Magazine.

La Commission européenne a proposé des modifications aux réglementations de l'UE sur l'hygiène des denrées alimentaires. Ces changements offriraient aux opérateurs alimentaires une plus grande flexibilité concernant le stockage de la viande fraîche d'ongulés domestiques (bovins, ovins, porcins) avant sa congélation, en s'appuyant sur un avis scientifique récent de l'EFSA.

Le projet de règlement délégué modifierait l'annexe III du règlement (CE) n° 853/2004, qui fixe des règles d'hygiène spécifiques pour les denrées alimentaires d'origine animale. La proposition est ouverte aux commentaires du public jusqu'au 5 octobre 2026.

Selon les exigences actuelles, la viande d'ongulés domestiques destinée à être congelée doit l'être « sans retard excessif », tout en tenant compte, si nécessaire, d'une période de stabilisation de plusieurs jours pour atteindre un pH et une température à cœur stables.

Les modifications proposées rendraient les exigences plus précises tout en autorisant des approches alternatives pour le stockage avant congélation, notamment différentes combinaisons de durée et de température. Les opérateurs alimentaires pourraient également fournir des preuves microbiologiques, jugées satisfaisantes par les autorités compétentes, démontrant la sécurité de la viande fraîche avant congélation et après décongélation.

Lors de l'élaboration de la réglementation, la Commission européenne a consulté un groupe d'experts représentant les autorités compétentes de tous les États membres de l'UE et a obtenu le soutien de ce groupe. Des organisations privées représentant les parties prenantes ont également été consultées.

S'il est adopté, le règlement entrera en vigueur 20 jours après sa publication et s'appliquera six mois après celle-ci.

L'EFSA a examiné la croissance microbienne sur la viande de bovins, d'ovins et de porcins

Ces changements s'appuient sur un avis scientifique de l'EFSA concernant la sécurité microbiologique de la viande d'ongulés destinée à être congelée puis décongelée, adopté par l'agence en décembre 2025. L'EFSA a comparé la croissance de micro-organismes pertinents (pathogènes, d'altération et indicateurs) selon cinq scénarios de réfrigération, de stockage et de décongélation pour la viande de bovins, d'ovins et de porcins. L'évaluation a utilisé des modèles de microbiologie prédictive prenant en compte la température et, dans la mesure du possible, le pH et l'activité de l'eau.

Les conclusions de l'EFSA ont fourni une base scientifique pour préciser l'exigence actuelle de congélation « sans retard excessif » figurant dans la réglementation de l'UE et pour autoriser des combinaisons alternatives de durée et de température, ou le recours à des preuves microbiologiques, afin de démontrer la sécurité sanitaire de la viande.

L'EFSA n'a pas été en mesure d'évaluer la viande d'ongulés sauvages, ni d'extrapoler les résultats obtenus pour les ongulés domestiques aux ongulés sauvages en raison de données insuffisantes.

MàJ du 22 septembre 2026. On lira ce document de l’UE sur les règles d'hygiène applicables à la viande fraîche issue de mammifères domestiques.

Résumé

L'Union européenne (UE) a notifié au Comité des mesures sanitaires et phytosanitaires (SPS) de l'Organisation mondiale du commerce (OMC) un nouveau projet de règles d'hygiène relatives aux conditions de stockage de la viande fraîche provenant de mammifères domestiques (non sauvages), notamment les vaches, les porcs, les moutons, les chèvres et les chevaux (G/SPS/N/EU/965).

Les règles actuelles exigent que la viande destinée à la congélation soit congelée sans retard injustifié. La Commission européenne propose désormais des règles plus précises concernant le nombre de jours suivant l'abattage et les températures de congélation de la viande fraîche issue de mammifères domestiques. (Les règles applicables à la viande de gibier d'élevage resteront inchangées.)

Influence de la morphologie des microplastiques en PVC sur la survie bactérienne lors de l'inactivation par des UVC

« Influence de la morphologie des microplastiques en polychlorure de vinyle (PVC) sur la survie bactérienne lors de l'inactivation par ultraviolets C dans des systèmes aqueux, source article paru dans Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

Les microplastiques sont de plus en plus détectés dans l'eau et les environnements liés à l'alimentation ; toutefois, la manière dont la morphologie des particules influence la persistance microbienne lors des procédés d'inactivation reste mal comprise.

Cette étude vise à élaborer des particules de microplastiques en polychlorure de vinyle (PVC) présentant des morphologies distinctes et des plages de taille contrôlées, ainsi d’évaluer l'influence de la morphologie des particules sur l'adhésion et la survie bactériennes lors de l'inactivation thermique et par ultraviolets C (UVC) en milieu aqueux.

Dans un premier temps, nous avons mis au point un système modèle de microplastiques en PVC aux morphologies distinctes et aux fractions granulométriques contrôlées. Les particules de PVC d'origine étaient relativement lisses et arrondies, tandis que des particules irrégulières ont été produites par mélange, granulation et broyage cryogénique du même matériau PVC, suivis d'un tamisage pour obtenir des plages de taille définies.

Dans un second temps, à l'aide de ce système modèle, nous avons évalué l'impact de la morphologie des particules de PVC sur l'adhésion et la survie bactériennes lors de l'inactivation thermique et par UVC en milieu aqueux. Escherichia coli O157:H7 et Listeria innocua ont été utilisées respectivement comme bactéries modèles Gram négatif et Gram positif. La microscopie confocale a révélé une adhésion de E. coli aux deux types de particules, avec une association plus marquée sur les particules de PVC broyées. En présence de particules de PVC, les réductions logarithmiques thermiques ont diminué pour atteindre environ 4,0 à 5,1 log UFC/mL (contre environ 5,9 log UFC/mL pour les témoins sans microplastiques), tandis que les réductions logarithmiques avec des UVC sont passées à environ 3,9 à 4,6 log UFC/mL (contre environ 5,2 à 6,0 log UFC/mL pour les témoins sans microplastiques). Le PVC broyé a offert une protection accrue lors du traitement thermique, alors que les deux types de particules ont réduit l'efficacité de l'inactivation par les UVC de manière similaire.

Ces résultats démontrent que les microplastiques en PVC peuvent interférer avec les procédés de maîtrise microbienne et soulignent le rôle de la morphologie des particules comme facteur déterminant de la survie bactérienne en milieu aqueux.

Importance

Les microplastiques sont de plus en plus présents dans l'eau et les environnements liés à l'alimentation, mais leurs effets sur les procédés de contrôle microbien restent mal compris. Cette étude démontre que les microplastiques en PVC peuvent réduire l'efficacité de l'inactivation thermique et par des UVC des pathogènes d'origine alimentaire dans les systèmes aqueux. En élaborant des particules de PVC aux morphologies distinctes et définies, nous démontrons que la forme des particules et les caractéristiques de leur surface influencent l'adhésion et la survie bactériennes, notamment lors des traitements thermiques. Ces résultats apportent un nouvel éclairage mécaniste sur la manière dont les microplastiques peuvent modifier la persistance des bactéries dans des conditions de désinfection ou de transformation alimentaire. Ces travaux mettent en évidence le rôle de la morphologie des microplastiques, un facteur jusqu'ici sous-estimé, dans l'inactivation microbienne et établissent un modèle d'étude pertinent (à base de microplastiques de PVC) pour de futures recherches sur les interactions entre microplastiques et micro-organismes, tant dans l'environnement que dans le secteur alimentaire.

Conclusion

Globalement, ces résultats démontrent que les microplastiques de PVC peuvent perturber l'inactivation microbienne en milieu aqueux et que la morphologie des particules joue un rôle important, notamment lors des traitements thermiques.

Ce travail fournit non seulement un modèle utile de microplastiques de PVC à morphologie définie et à taille contrôlée, mais souligne également la nécessité de prendre en compte les caractéristiques des microplastiques lors de l'évaluation des procédés de contrôle microbien dans les environnements alimentaires. Les recherches futures pourraient s'attacher à élucider les mécanismes physico-chimiques régissant les interactions entre les microplastiques et les cellules bactériennes, en particulier l'influence de la chimie de surface sur l'adhérence et la résistance à l'inactivation.

L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier pour les foyers de maladies d'origine alimentaire

Un vent de communication souffle sur l’EFSA, cela nous change avec ce qui se passe en France …

« Questions-réponses : L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier (WGS) pour les foyers de maladies d'origine alimentaire », par Bailee Henderson dans Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut savoir

• Le règlement (UE) 2025/179, entré en vigueur le 23 août, impose aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur cinq agents pathogènes clés lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire.

• Un partage plus rapide et plus complet des données WGS via le système conjoint EFSA-ECDC « One Health WGS » peut révéler des liens transfrontaliers entre foyers épidémiques et faciliter des interventions rapides.

• Les entreprises alimentaire doivent coopérer avec les autorités compétentes en fournissant, sur demande, les isolats de pathogènes et les données WGS lors des investigations sur les foyers épidémiques.

• Le Dr Frank Verdonck, chef de l'unité des dangers biologiques (BIOHAZ) de l'EFSA, explique l'importance du règlement (UE) 2025/179, ses modalités d'application concrètes et la manière dont les acteurs du système alimentaire doivent s'y préparer.

• La conférence de l'EFSA intitulée Science Meets Polic (La science rencontre la réglementation), qui se tiendra les 2 et 3 septembre à Rome, abordera les défis de mise en œuvre, les préoccupations et idées reçues du secteur, la collaboration public-privé ainsi que l'utilisation des données WGS dans le cadre du nouveau règlement.

Le 23 août 2026, le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur, imposant aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur les isolats de cinq pathogènes importants lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire. Les résultats du WGS seront transmis au système conjoint « One Health WGS » de l'EFSA et de l’ECDC, permettant ainsi à l'EFSA de comparer les données WGS issues d'isolats alimentaires et d'isolats cliniques humains. Ce nouveau règlement vise à faciliter les investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire et à permettre une détection rapide des sources et des causes de ces foyers.

Frank Verdonck, chef de l'unité « Dangers biologiques et santé et bien-être des animaux » (BIOHAZ) de l'EFSA, s'est entretenu avec Food Safety Magazine au sujet des exigences du nouveau règlement, des informations clés pour le secteur, des idées reçues, des progrès en matière de partage des données, des défis de la mise en œuvre et de la troisième conférence « Science Meets Policy ». Cette conférence se tiendra les 2 et 3 septembre 2026 à Rome (Italie) avec le thème : « De la réglementation à la pratique : transformer le séquençage du génome entier (WGS) en actions concrètes pour l'investigation des foyers de maladies d'origine alimentaire ».

Le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur le 23 août. Quel problème ce règlement visait-il à résoudre et quels changements fondamentaux apportera-t-il à la manière dont les données de séquençage du génome entier (WGS) sont générées, partagées et utilisées lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE ?

Les foyers de maladies d'origine alimentaire impliquent de plus en plus de cas qui, au départ, semblent sporadiques et sans lien entre eux, et concernent souvent des produits distribués dans plusieurs pays. Dans ces situations, pour déterminer si des cas signalés dans des lieux différents proviennent de la même source, il est nécessaire de comparer en détail les pathogènes isolés à partir d'aliments, d'animaux, d'environnements de production et de personnes infectées. Le WGS offre ce niveau de résolution en générant l'empreinte génétique d'un micro-organisme, ce qui permet aux scientifiques de déterminer si les isolats sont étroitement apparentés et pourraient appartenir au même foyer épidémique.

Le règlement (UE) 2025/179 comble trois lacunes pratiques dans l'utilisation du WGS lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE :

1. Premièrement, concernant la génération de données : le WGS est déjà utilisé dans de nombreux pays, mais sa mise en œuvre reste inégale au sein de l'UE en raison de disparités en matière de capacités, de coûts, d'expertise et d'infrastructures. En imposant la fourniture de données WGS pour les isolats pertinents liés à des foyers épidémiques, le règlement agit comme un levier important pour accélérer la mise en œuvre au niveau national et favoriser une utilisation plus harmonisée du WGS dans les investigations.

2. Deuxièmement, concernant le partage des données : le règlement établit un cadre juridique plus clair précisant quelles informations doivent être partagées au niveau de l'UE et à quel moment. Cela aide les autorités compétentes à prendre des décisions plus cohérentes en matière de partage de données, en clarifiant les raisons pour lesquelles certaines données sont essentielles à l'évaluation des foyers épidémiques à l'échelle de l'Union. Le champ d’application reste limité aux données relatives aux foyers épidémiques, mais il constitue un point de départ important pour un partage de données plus large et plus systématique à l’avenir.

3. Troisièmement, concernant l’utilisation des données : les données de séquençage du génome entier (WGS) doivent toujours être interprétées conjointement avec des informations épidémiologiques et des données relatives à la chaîne alimentaire. Le règlement devrait améliorer l’exhaustivité et la rapidité de disponibilité des données au niveau de l’UE, favorisant ainsi des comparaisons plus robustes à l’échelle européenne et améliorant la détection et l’investigation des foyers épidémiques transfrontaliers.

Le règlement impose aux autorités compétentes de collecter des isolats de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni et Campylobacter coli lorsqu’ils sont associés ou suspectés de l’être à un foyer épidémique, et de transmettre les résultats du séquençage du génome entier « sans retard injustifié ».

Concrètement, à quoi correspondent une collecte et un partage de données effectués dans des délais appropriés, et comment cela peut-il aider les investigateurs ?

Les avantages du séquençage du génome entier ne se concrétisent que lorsque les données génomiques sont rendues disponibles pour le partage, permettant ainsi des comparaisons entre différents secteurs et au-delà des frontières. En pratique, l’expression « sans retard injustifié » signifie que les autorités compétentes doivent collecter les isolats pertinents, générer des données de séquençage du génome entier (WGS) et partager les résultats dès qu'ils sont disponibles, suffisamment rapidement pour appuyer les investigations pendant le déroulement d'une épidémie. L'objectif est d'éviter que les données soient générées et utilisées au niveau national, mais partagées au niveau de l'UE beaucoup plus tard, lorsque leur utilité pour détecter des liens plus larges est réduite.

Un partage de données plus rapide et plus complet peut contribuer à révéler des liens qui pourraient autrement passer inaperçus, aidant ainsi à identifier des liens transfrontaliers que les pays individuels ne peuvent pas détecter individuellement.

Il n'existe pas de délai fixe unique, car celui-ci dépend de l'investigation et de la disponibilité des isolats et des résultats de séquençage.

Le système One Health WGS de l'EFSA et de l'ECDC permet de comparer les isolats provenant d'aliments, d'aliments pour animaux, d'animaux et de l'environnement avec les isolats provenant de cas humains. Comment la mise en commun de ces différents flux d'informations génomiques peut-elle améliorer les investigations multinationales sur les épidémies ?

>Le principal avantage du partage de données génomiques au niveau de l'UE est qu'il offre une vision plus large que celle qu'un seul pays peut avoir individuellement. Ceci est particulièrement pertinent dans un marché ouvert, où des produits contaminés peuvent être fabriqués dans un pays, distribués dans d'autres et provoquer des cas transfrontaliers.

En centralisant ces différentes sources d'information, le système One Health WGS permet aux investigateurs de comparer les empreintes génétiques des pathogènes provenant de sources multiples dans un cadre commun. Cela peut contribuer à identifier des liens qui pourraient ne pas apparaître lorsque les données sont analysées séparément au niveau national ou sectoriel, facilitant ainsi la détection précoce des signaux dans les populations humaines et la chaîne alimentaire avant qu'ils ne se transforment en épidémies de plus grande ampleur.

Le WGS peut établir que les isolats sont génétiquement apparentés, mais les informations épidémiologiques et de traçabilité restent nécessaires pour comprendre la signification de cette relation. Comment intégrer les données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité pour passer de la détection d'un foyer à l'identification de sa source et à la mise en œuvre de mesures ?

Au niveau des États membres, les autorités compétentes sont responsables au premier chef des investigations et du contrôle des épidémies, conformément à la directive européenne sur les zoonoses. Microbiologistes, épidémiologistes, experts de la chaîne alimentaire, évaluateurs et gestionnaires des risques apportent tous des éléments de preuve différents, nécessaires à la compréhension de l'événement et à la décision des mesures appropriées. Lorsqu'une épidémie peut être multinationale, le rôle de l'EFSA, de l'ECDC et de la Commission européenne devient essentiel. Leur collaboration permet de rassembler les informations des secteurs alimentaire et de la santé publique, de coordonner les États membres concernés et de favoriser une compréhension commune rapide de l'épidémie et des mesures de gestion des risques nécessaires.

Des articles précédents dans Food Safety Magazine rédigés par des auteurs de l'EFSA ont mis en lumière les différences entre les plateformes de séquençage, les chaînes de traitement bioinformatiques, les infrastructures et les capacités nationales, autant d'obstacles à la mise en œuvre du WGS et à l'harmonisation des données. Quels progrès ont été réalisés et quels défis pratiques ou d'interopérabilité subsistent ?

Des progrès significatifs ont été accomplis ces dernières années dans la mise en place des fondements techniques et organisationnels nécessaires à une utilisation plus large du WGS dans les investigations sur les foyers d'origine alimentaire. De nombreux États membres ont renforcé leurs capacités de séquençage et appliquent le WGS de manière systématique. La collaboration intersectorielle s'est intensifiée et le système One Health WGS de l’EFSA-ECDC fournit désormais un cadre commun pour la collecte et l'analyse des données relatives aux épidémies au niveau de l'UE. Les flux de travail bioinformatiques s'harmonisent de plus en plus, et celui de l'EFSA pour le secteur alimentaire, interopérable avec le système de l'ECDC, est de plus en plus utilisé comme référence au niveau national. Les laboratoires de référence de l'UE ont également joué un rôle important en soutenant la formation, le transfert de connaissances et une mise en œuvre plus cohérente entre les pays.

Les défis restants portent moins sur la possibilité d'utiliser le WGS que sur la manière de garantir que les données soient utilisées de façon comparable, opportune et interprétable. De nouvelles technologies de séquençage continueront d'émerger, rendant essentiel le maintien de la comparabilité entre les plateformes de séquençage et les flux de travail bioinformatiques. L'interprétation des cas groupés (clusters) par WGS demeure complexe et nécessite l'intégration de données épidémiologiques, de traçabilité et contextuelles, ainsi qu'une compréhension partagée de la dynamique et de l'évolution des populations bactériennes.

Avec l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, l'attention se porte de plus en plus sur la garantie d'une mise en œuvre cohérente entre les pays et les secteurs. Des efforts continus seront nécessaires pour soutenir la qualité des données, l'interopérabilité, le partage rapide des informations et l'utilisation efficace du WGS dans les investigations sur les épidémies. La conférence Science Meets Policy de septembre sera l'occasion d'aborder ces défis pratiques et de favoriser les échanges d'expériences entre les parties prenantes.

En vertu du règlement (UE) 2025/179, les entreprises alimentaires et d'alimentation animale peuvent être tenus de fournir des isolats disponibles de pathogènes et des données relatives à ces isolats isues des résultats du WGS lors de suspicions d'épidémies. Que doivent comprendre les entreprises concernant cette obligation, et comment les entreprises, notamment les plus petites disposant de ressources plus limitées, peuvent-elles s'y préparer ?

Ce sera l'un des thèmes centraux de la conférence Science Meets Policy. Les entreprises alimentaire sont légalement tenus de coopérer avec les autorités compétentes lors des investigations sur les épidémies d'origine alimentaire. L'article 15 du règlement (UE) 2017/625 stipule clairement que les exploitants doivent assister et coopérer avec les autorités compétentes lors des contrôles officiels et autres activités officielles, y compris les investigations sur les épidémies. Cette coopération est également dans leur propre intérêt : en aidant à identifier la source de contamination et les lots concernés, les entreprises peuvent contribuer à limiter l'impact d'une épidémie sur la santé publique et à réduire les conséquences pour leurs propres activités.

Bien que la coopération avec les autorités compétentes fasse déjà partie du cadre juridique de l'UE, le règlement (UE) 2025/179 précise le rôle spécifique des exploitants en matière de WGS. Il n'oblige pas les exploitants à réaliser systématiquement un WGS, ni à partager systématiquement les données génomiques. En revanche, à la demande des autorités compétentes lors d'une investigation épidémiologique, les opérateurs doivent fournir les isolats pathogènes, s'ils sont disponibles, et partager les résultats du WGS qu'ils ont produits ou commandés de leur propre initiative.

ar conséquent, on attend principalement des entreprises, et notamment des PME, non pas qu'elles investissent directement dans la mise en œuvre de capacités de WGS, mais plutôt qu'elles soient prêtes à coopérer activement avec les autorités compétentes lors des investigations épidémiologiques, à comprendre ce qu'est le WGS et comment il est utilisé par les autorités, et à envisager de consacrer du temps à la formation du personnel concerné afin qu'il puisse répondre efficacement aux demandes d'isolats ou de résultats de WGS existants.

Quels aspects de la mise en œuvre du règlement (UE) 2025/179 pourraient encore limiter son efficacité, et comment surmonter ces difficultés ?

Les principaux obstacles se situent probablement au niveau des États membres, notamment en ce qui concerne la capacité à collecter et à organiser toutes les informations nécessaires à la soumission. Le règlement exige le partage non seulement des résultats de WGS, mais aussi des métadonnées contextuelles nécessaires à leur interprétation. Cela nécessite une coordination entre les laboratoires, les épidémiologistes, les autorités chargées de la sécurité des aliments et les gestionnaires des risques, afin que les informations pertinentes soient collectées, structurées et partagées avec l'EFSA en temps opportun. Dans certains États membres, il pourrait être nécessaire d'adapter les procédures d'investigation épidémiologique existantes afin de garantir la disponibilité simultanée des données génomiques et contextuelles au moment opportun.

Pour certains pays, la mise en œuvre pratique du WGS constituera un autre défi. Lorsque les capacités de WGS ne sont pas encore pleinement établies, un délai supplémentaire pourrait être nécessaire avant que le système ne soit pleinement opérationnel. La formation continue, le transfert de connaissances et le soutien de l'EFSA et des laboratoires de référence de l'UE seront essentiels pour combler ces lacunes et garantir une mise en œuvre plus cohérente dans toute l'UE.

L'EFSA restera disponible pour fournir un soutien technique et opérationnel supplémentaire si nécessaire.

La conférence Science Meets Policy, qui se tiendra à Rome les 2 et 3 septembre, interviendra quelques jours seulement après l'entrée en vigueur du règlement. Quels sont les malentendus ou les incertitudes concernant les nouvelles exigences que vous rencontrez le plus fréquemment de la part des exploitants du secteur alimentaire ? Qu'espérez-vous que la conférence permettra d'éclaircir ?

Nous espérons que cette conférence permettra tout d'abord de mieux comprendre les possibilités et les limites du WGS. Certaines préoccupations des exploitants du secteur alimentaire sont liées à des questions concrètes de mise en œuvre, tandis que d'autres sont alimentées par des idées fausses sur l'interprétation des résultats du WGS. C'est pourquoi la conférence inaugurale portera sur la valeur scientifique et les limites du WGS, notamment sur les conclusions que l'on peut et ne peut pas tirer des seules données génomiques.

L'une des préoccupations récurrentes qui sera abordée lors de la conférence est le risque que les données du WGS restent dans les bases de données après l'évaluation d'une épidémie et soient utilisées ultérieurement pour justifier des mesures réglementaires, du simple fait de la détection d'un cluster génomique. En réalité, la nécessité scientifique de comprendre la dynamique des populations de pathogènes et celle d'identifier les sources d'une épidémie sont complémentaires, et non contradictoires. Lors des investigations épidémiologiques, l'attribution de la source ne peut reposer uniquement sur le WGS ; elle exige une évaluation combinée des données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité.

Un autre point d'incertitude concerne l'utilisation et le partage des données de WGS par les autorités compétentes. La conférence présentera des exemples d'États membres illustrant leur préparation à la nouvelle réglementation, l'intégration du WGS dans les systèmes nationaux et les interactions entre les autorités et les entreprises alimentaires. Nous avons également invité des intervenants américains à présenter les interactions entre les agences et les opérateurs aux États-Unis, offrant ainsi un point de comparaison utile pour les acteurs européens.

>Enfin, le programme abordera la question de la valeur pratique du WGS pour l'industrie. Certains opérateurs s'interrogent sur l'utilité du séquençage dans un contexte commercial, au-delà des exigences réglementaires. Des sessions réunissant des opérateurs alimentaires (notamment des multinationales) et des représentants de filières telles que la viande, les produits réfrigérés et les abattoirs montreront comment le WGS peut appuyer les investigations internes, la prévention et la participation au partage de données à l'échelle de l'UE et au niveau mondial. La discussion finale, animée par un modérateur, fera le point sur ces questions et se concentrera sur les principaux défis restant à relever, tant au niveau des États membres que de celui des opérateurs.

La conférence abordera également des exemples de collaboration entre les autorités compétentes et l'industrie. À quoi ressemblerait un partenariat public-privé réussi en matière de partage de données WGS ?

Pour les opérateurs du secteur alimentaire, l'élément le plus important est une bonne coopération avec les autorités compétentes. Cette collaboration s'amorce au niveau national : le premier échange a lieu entre les opérateurs du secteur alimentaire et l'autorité nationale compétente. Tout partage de données à l'échelle de l'UE s'effectue par l'intermédiaire de l'autorité nationale compétente, qui demeure responsable du traitement des données et en garantit la traçabilité (chaîne de contrôle). Un partenariat public-privé réussi autour du WGS repose sur une répartition claire des rôles, une communication rapide et une compréhension mutuelle : le partage de données et d'isolats via l'autorité compétente peut aider à identifier plus rapidement les sources de contamination et à réduire l'impact d'une épidémie.

Si la mise en œuvre se déroule comme prévu, à quoi ressemblera, selon vous, une investigation sur une épidémie de maladie d'origine alimentaire en Europe dans quelques années, par rapport à une investigation menée avant le règlement (UE) 2025/179 ?

>Si la mise en œuvre est efficace, le changement principal ne sera pas seulement technique, mais aussi culturel. Le règlement (UE) 2025/179 a le potentiel de favoriser une prise de conscience plus large : le partage rapide de données à l'échelle de l'UE est essentiel pour gérer efficacement les épidémies.

Par rapport au passé, les investigations seront davantage interconnectées. Les données génomiques et contextuelles seront disponibles plus rapidement pour être comparées à l'échelle de l'UE, ce qui permettra aux autorités d'évaluer plus tôt si un signal est limité à un seul pays ou s'il s'inscrit dans un événement plus vaste impliquant plusieurs pays.

À plus long terme, cela pourrait favoriser un système plus proactif. Lorsque les données relatives à la sécurité des aliments et à la santé publique sont partagées et comparées en temps utile, certains signaux d'épidémie peuvent être détectés dès le stade du secteur alimentaire ; cela permet aux autorités et aux opérateurs d'agir plus tôt et de prévenir que des épisodes de contamination ne dégénèrent en épidémies à part entière.

Les limites de la désinfection à sec en milieu à faible humidité

Les limites de la désinfection à sec en milieu à faible humidité. De nombreux désinfectants secs introduisent encore de l'humidité dans l'environnement, notamment dans les recoins difficiles d'accès où des pathogènes peuvent persister. Source article de Yuqian Lou et Abby Snyder paru dans FSM.

Les entreprises alimentaires ont de plus en plus recours aux désinfectants « secs » pour réduire les risques liés au nettoyage humide traditionnel. Cependant, nombre de ces désinfectants introduisent encore de l'humidité dans l'environnement, notamment dans les recoins difficiles d'accès où des pathogènes peuvent persister. Sans une application rigoureuse et des attentes réalistes, l'utilisation de désinfectants secs peut créer un faux sentiment de sécurité tout en introduisant de l'humidité dans les recoins mêmes qu'ils sont censés traiter.

L'attrait des désinfectants secs

Les entreprise alimentaires travaillant en milieu à faible humidité s'efforcent de minimiser l'introduction d'eau dans les environnements de production. Dans ces installations, même de faibles quantités d'humidité peuvent accroître les risques pour la sécurité des aliments. L'eau mobilise les pathogènes logés dans les recoins des équipements et propage la contamination dans l'ensemble de l'établissement. L'eau favorise la prolifération microbienne dans des zones où elle ne le serait pas en milieu sec. De ce fait, de nombreuses entreprises ont adopté une approche de « traiter de l'eau comme du verre », reconnaissant la nécessité de maîtriser rigoureusement l'humidité et d'intervenir rapidement en cas de problème.

Le nettoyage humide traditionnel engendre des arrêts de production coûteux pour le séchage avant que la production puisse reprendre en toute sécurité. Dans de nombreuses installations anciennes à faible taux d'humidité, les contraintes de conception hygiéniques complexifient encore le problème. Les structures creuses, les surfaces qui se chevauchent, les joints endommagés et les interstices difficiles à nettoyer retiennent l'humidité longtemps après que l'équipement semble sec. Une fois que l'eau pénètre dans ces recoins, elle crée les conditions propices à la prolifération d'agents pathogènes environnementaux.

L'utilisation de désinfectants « secs » s'est développée dans l'industrie agroalimentaire. Les désinfectants à base d'alcool, les composés à base d'ammonium quaternaire (QACs) sous forme cristalline ou de lingettes, la chaleur et les systèmes antimicrobiens gazeux sont utilisés pour la désinfection dans les environnements à faible taux d'humidité afin d'éviter les lavages humides traditionnels.

Des exigences réglementaires ont contribué à cette tendance. Le projet de guide 2025 de la FDA à destination de l'industrie alimentaire intitulé « Établissement de programmes de désinfection pour les aliments prêts à être consommé à faible teneur en humidité et les mesures correctives suite à une contamination par un pathogène » (Establishing Sanitation Programs for Low-Moisture Ready-to-Eat Human Foods), a introduit la notion de « pause sanitaire », définie comme l'arrêt de la production pour nettoyer et désinfecter les surfaces en contact avec les aliments avant la reprise des opérations. Ce projet de guide précise qu'en l'absence de preuves supplémentaires, l'application d'un désinfectant est nécessaire pour établir une pause sanitaire.

Ce concept a des implications importantes pour la séparation des lots et la portée des rappels. Lors des investigations, la pause sanitaire peut servir à distinguer les produits contaminés de ceux qui peuvent être commercialisés sans risque. Si un établissement ne peut démontrer que la maîtrise de la contamination a été efficacement rétablie, la quantité de produits exposés au risque peut augmenter considérablement. Par conséquent, de nombreuses entreprises se sentent obligées de désinfecter les surfaces afin d'établir des pauses sanitaires justifiées et de limiter les risques pour leur activité. Cependant, lors d'enquêtes concrètes, l'application d'un désinfectant seul peut s'avérer insuffisante pour garantir une interruption de la désinfection.

Ceci soulève d'importantes questions quant au rôle des désinfectants dans les installations sèches. Il semblerait que la réduction microbienne se produise principalement lors du nettoyage, comme évoqué dans un précédent article de Food Safety Magazine. En pratique, les désinfectants permettent des réductions de la charge microbienne plus modestes que celles généralement observées lors des études en laboratoire sur des coupons (1 et 2).

Les crevaces et les anfractuosités difficiles à nettoyer sont souvent cités en exemple pour justifier l'utilisation de désinfectants. Or, ces mêmes recoins sont difficiles à désinfecter, de sorte que la simple application d'un désinfectant peut n'apporter qu'un bénéfice marginal, voire nul, en cas de défauts de conception hygiénique et de nettoyage insuffisant. De plus, les recoins difficiles à nettoyer sont également les endroits les plus susceptibles de contenir des résidus alimentaires après le nettoyage, ce qui réduit encore l'efficacité de la désinfection dans ces zones.

Il convient également de prendre en compte les risques potentiels liés à l'introduction de contaminations lors de la désinfection. La désinfection humide traditionnelle, méthode la plus couramment utilisée pour les pauses sanitaires dans l'industrie agroalimentaire, consiste à introduire une quantité importante d'humidité dans les environnements de transformation des aliments. Il existe une gamme de désinfectants secs différents sur le marché, et l'offre de produits ne cesse de s'étoffer. Certains contiennent une quantité résiduelle d'eau, mais sont formulés pour s'évaporer rapidement des surfaces exposées. Cependant, il est possible que de l'humidité subsiste dans des recoins difficiles à nettoyer, où la circulation de l'air est insuffisante, ce qui réduit l'évaporation. Le problème est que cette humidité résiduelle peut accroître le risque de contamination par des pathogènes environnementaux.

Ce compromis doit être soigneusement évalué. Quelle est l'efficacité du traitement désinfectant pour limiter la présence de pathogènes environnementaux dans l'environnement ?

Quels sont les points d'accès les plus difficiles dans votre installation ? Quel est le niveau de risque accru lié à l'introduction d'humidité lors de l'application de désinfectant et à la rupture de l'intégrité de la ligne ? L'industrie doit éviter que le désir de documenter une interruption de la désinfection n'influence des décisions susceptibles d'accroître involontairement les risques pour la sécurité sanitaire des produits. Les programmes de désinfection doivent être conçus pour réduire la probabilité de contamination, et non simplement pour créer une trace écrite justificative après qu'une contamination se soit produite. Dans la plupart des cas, ces objectifs convergent. Cependant, lorsqu'ils sont contradictoires (par exemple, lors de l'introduction d'humidité pour appliquer un désinfectant dans un environnement à faible taux d'humidité), la priorité est claire.

Les installations doivent choisir leurs méthodes de désinfection en fonction de leur capacité à minimiser le risque global pour la sécurité sanitaire des produits, même si ces méthodes sont moins conformes aux attentes traditionnelles concernant l'application de désinfectants.

Méthodes d'application des désinfectants secs

Une large gamme de désinfectants est actuellement utilisée dans les installations alimentaires à faible taux d'humidité. Ces traitements varient à la fois par leur composition chimique et par leur mode d'application physique sur les surfaces.

Désinfectants à base d'alcool

Les désinfectants à base d'alcool figurent parmi les interventions les plus courantes dans les installations alimentaires à faible taux d'humidité, car ils s'évaporent rapidement et sont généralement perçus comme des alternatives moins risquées aux désinfectants aqueux traditionnels. Cependant, ces produits ne sont pas totalement exempts d'humidité, car de nombreuses formulations contiennent une quantité importante d'eau. En effet, les formulations contenant environ 70 % d'alcool permettent généralement une inactivation des pathogènes supérieure à celle des formulations à 100 % d'alcool. L'une des raisons souvent invoquées est que l'alcool pur s'évapore trop rapidement, réduisant considérablement le temps de contact avec les surfaces et limitant l'efficacité antimicrobienne. L'eau ralentit l'évaporation et améliore la dénaturation des protéines, renforçant ainsi l'inactivation microbienne. Ceci met en évidence le principal défi auquel sont confrontées les installations à faible taux d'humidité en matière d'assainissement. Cette même humidité qui améliore l'efficacité des désinfectants augmente également le risque d'introduction et de rétention d'eau dans les recoins difficiles à nettoyer.

Composés à base d'ammonium quaternaire (QACs)

Les désinfectants à base de composés d'ammonium quaternaire (QACs) sont également largement utilisés dans les environnements à faible taux d'humidité, notamment lorsqu'une activité antimicrobienne résiduelle est souhaitée. Certains établissements appliquent des cristaux de QACs secs sur les sols ou d'autres surfaces non destinées au contact alimentaire. Cependant, à l'état sec, les QACs ont une activité antimicrobienne limitée, car leur action dépend de leur solubilisation. Certains établissements considèrent l'application de QACs secs comme une précaution supplémentaire, partant du principe qu'en cas d'introduction accidentelle d'eau, les cristaux se dissoudront et exerceront une activité antimicrobienne. Les cristaux de QACs secs ne sont pas utilisés sur les surfaces en contact avec les aliments.

Les QACs sont appliqués sous forme de solutions aqueuses sur les surfaces en contact avec les aliments, à l'aide de lingettes, de pulvérisateurs ou par application localisée. Une limite importante réside dans le fait que l'utilisation de QACs nécessite un rinçage à l'eau potable lors de la fabrication de produits bio, selon la formulation, les instructions d'étiquetage et les exigences de certification biologique. Dans les environnements à faible humidité, cette étape de rinçage peut accroître considérablement les risques, limitant ainsi l'utilité des QACs. Comme pour tous les désinfectants, l'application de QACs ne remplace pas un nettoyage efficace. L'élimination physique des résidus et des contaminants demeure la principale étape de réduction microbienne dans les programmes de nettoyage. L'efficacité des QACs sera limitée par la présence de résidus alimentaires secs sur les surfaces, notamment lorsque les désinfectants sont appliqués localement sans élimination préalable des souillures.

Traitement par la chaleur

La désinfection par la chaleur représente potentiellement l'une des options de désinfection à sec les plus efficaces, car elle permet de réduire la charge microbienne sans ajout d'eau. Dans certains cas, la chaleur peut même réduire l'humidité au sein du système en favorisant l'évaporation et le séchage (dans le cas de la vapeur sèche, mais pas dans celui de la vapeur humide). Par conséquent, certaines approches émergentes de désinfection à sec proposent de combiner une brume antimicrobienne à faible teneur en humidité avec un traitement thermique ultérieur visant à éliminer l'humidité résiduelle de la brume tout en renforçant l'inactivation microbienne (1).

La chaleur peut provenir d'une source de traitement externe ou être générée par l'équipement lui-même. Par exemple, les sécheurs par pulvérisation sont généralement placés en amont des opérations de mélange et de remplissage à sec. Bien que la chambre du sécheur par pulvérisation subisse un nettoyage en place (NEP), l'air chauffé du procédé est souvent utilisé ensuite lors du séchage du système. Bien que cette exposition à la chaleur contribue probablement au séchage et à une certaine réduction de la charge microbienne, ces traitements de séchage sont rarement validés formellement comme interventions de désinfection. Il faut notamment tenir compte de la forte variabilité de la température dans l'ensemble du système. La température de l'air à proximité de la source de chaleur, en haut de la chambre, peut être élevée, mais elle chute considérablement plus loin de la source ou dans les interstices. Par conséquent, les surfaces des équipements peuvent ne pas atteindre une température suffisante pour le passage du fluide caloporteur.

Traitement gazeux

L'industrie a également étudié des systèmes antimicrobiens gazeux, tels que le dioxyde de chlore (ClO₂). Dans des conditions optimales, le ClO₂ peut constituer un agent de désinfection efficace des surfaces. Ces traitements sont intéressants dans les environnements à faible teneur en humidité, car ils évitent totalement l'application directe de liquide. Toutefois, leur efficacité dépend encore largement des flux d'air, de l'accessibilité des surfaces, de l'humidité relative ambiante et de l'absence de résidus faisant écran ou de zones de refuge protégées. Il convient de noter que les données scientifiques évaluant la performance des désinfectants gazeux sur des équipements aux géométries complexes sont limitées, en particulier dans des installations commerciales ou pilotes représentatives d'établissements alimentaires réels fonctionnant en milieu sec.

Compte tenu du coût de ces traitements et des considérations relatives à la santé et à la sécurité des salariés, les établissements doivent évaluer avec soin si les avantages escomptés justifient leur utilisation. Certains acteurs de l'industrie ont signalé que les traitements gazeux peuvent ne pas pénétrer suffisamment dans les interstices difficiles à nettoyer et les zones confinées. Cette limite pourrait réduire considérablement leur utilité pratique, même s'il est possible de traiter les zones ouvertes des équipements et d'obtenir une certaine diffusion à travers les résidus de poudre présents sur les surfaces. En somme, si les désinfectants gazeux peuvent constituer un outil utile, ils ne sauraient compenser des lacunes de conception hygiénique ni se substituer à un nettoyage à sec efficace.

Méthodes d'application

La méthode utilisée pour appliquer le traitement est tout aussi importante que la nature chimique de l'agent antimicrobien lui-même. La quantité, la répartition et la rétention de l'agent actif et de l'humidité résiduelle introduits dans un environnement sec peuvent varier considérablement selon que le produit est appliqué sous forme de lingette, de brouillard, de mousse, de pulvérisation ou de gaz. Par exemple, la désinfection à l'aide de tampons ou de lingettes pré-imprégnés permet une application plus maîtrisée du liquide et limite la dispersion du produit sur les zones adjacentes. Les systèmes de pulvérisation fine (brouillard) et les pulvérisateurs à gâchette introduisent généralement moins d'humidité que les pulvérisateurs traditionnels à gros débit. Il convient toutefois de rester vigilant quant à l'introduction d'humidité, même avec ces systèmes plus maîtrisés, dans les fissures, les structures creuses, les zones de chevauchement de surfaces et autres recoins et anfractuosités où l'eau ne peut s'écouler. Bien que chacune des approches illustrées aux points 1 à 4 de la figure 1 représente une amélioration par rapport à la désinfection conventionnelle par inondation ou pulvérisation à haut débit, il convient de noter que même les désinfectants aqueux contrôlés peuvent introduire de l'eau résiduelle dans des environnements à faible teneur en humidité. En réponse, certains établissements font suivre l'application du désinfectant d'une étape d'essuyage à sec visant à éliminer le liquide résiduel des surfaces. Les systèmes gazeux évitent l'application directe de liquide, mais se heurtent à leurs propres limites liées au flux d'air, à la diffusion, à l'humidité relative, aux zones d'ombre et à la pénétration dans les cavités fermées. Leur performance doit être évaluée de manière critique, notamment au regard de la réduction microbienne déjà obtenue grâce à un processus de nettoyage à sec rigoureusement validé.

Figure 1. Spectre d'humidité des méthodes de désinfection en milieu à faible teneur en eau (Crédit : Cornell Dry Sanitation Research Advisory Council, généré via ChatGPT 5.5)

Humidité résiduelle issue de désinfectants à humidité contrôlée

De nombreux désinfectants utilisés dans les environnements de fabrication alimentaire à faible teneur en humidité sont classés, sur le plan opérationnel, comme des interventions « à sec », bien qu'ils contiennent des quantités importantes d'eau. Les désinfectants à base d'alcool formulés avec de l'éthanol ou de l'isopropanol contiennent généralement entre 10 et 40 % d'eau, car celle-ci améliore la cinétique de dénaturation des protéines, l'efficacité antimicrobienne et la stabilité de la formulation. Si la fraction alcoolique s'évapore rapidement des surfaces exposées, la dynamique d'évaporation au sein des interstices difficiles à nettoyer des équipements est sensiblement différente. L'humidité introduite lors des opérations de désinfection peut persister dans les fissures, les rouleaux creux, les raccords filetés, les zones mortes, les chevauchements de structures, les logements de roulements, les soudures défectueuses et les joints endommagés, où la circulation d'air restreinte et la rétention capillaire ralentissent l'évaporation.

Les données estimant la rétention d'humidité dans les interstices des équipements sont limitées, mais des études connexes suggèrent que de l'eau résiduelle peut rester piégée dans des cavités fermées pendant plus de deux jours après l'introduction d'humidité. Dans certains établissements, cette durée dépasse l'intervalle entre les phases de nettoyage et de désinfection. Lorsque des résidus alimentaires pénètrent ultérieurement dans ces interstices partiellement hydratés, il peut se former un site de rétention collant ou incrusté, capable de piéger des micro-organismes et de favoriser leur prolifération. Dans ce cas, les surfaces des équipements peuvent sembler sèches à l'œil nu alors que de l'humidité résiduelle reste piégée dans des interstices inaccessibles, difficiles à nettoyer, à inspecter ou à sécher efficacement.

Cela soulève deux questions techniques importantes pour les responsables de l'hygiène dans les environnements à faible teneur en humidité. Premièrement, l'application répétée de désinfectants à humidité contrôlée peut-elle hydrater progressivement, au fil du temps, les sites propices à la rétention de micro-organismes ? Là encore, les études expérimentales directes évaluant la rétention d'humidité cumulative due à l'application répétée de désinfectants sont limitées. Toutefois, le mécanisme est plausible et cohérent avec les comportements connus de migration de l'humidité dans des géométries fermées.

Dans les environnements secs, il convient d'éviter l'introduction répétée de volumes de liquide dans des zones de rétention non drainables où l'évaporation est lente. Cette préoccupation est particulièrement pertinente pour les installations dotées d'équipements anciens ou présentant des défauts de conception hygiénique qui empêchent le drainage et un séchage complet. L'application de principes de conception hygiénique visant à éliminer les zones mortes, à améliorer le drainage, à minimiser les rebords horizontaux et à réduire les volumes de rétention de liquide est essentielle lorsque des désinfectants à humidité contrôlée sont utilisés dans des environnements à faible teneur en humidité.

Une seconde question se pose : la présence de faibles quantités d'humidité résiduelle dans ces zones peut-elle modifier la dynamique de survie des pathogènes ? Salmonella peut persister longtemps dans des environnements à faible activité de l'eau tout en restant métaboliquement réactive à une exposition passagère à l'humidité. De plus, les résidus alimentaires présents dans ces interstices protègent Salmonella contre l'action bactéricide des désinfectants appliqués sur ces surfaces. Des enquêtes environnementales menées dans des installations alimentaires à faible teneur en humidité ont établi à maintes reprises un lien entre la contamination des produits et des épisodes d'exposition à l'humidité. Par conséquent, la rétention d'humidité dans des interstices inaccessibles, impossibles à nettoyer, inspecter ou sécher efficacement, constitue un risque persistant (Figure 2).

Figure 2. La rétention d'humidité dans des interstices inaccessibles demeure un risque. (Crédit: Cornell Dry Sanitation Research Advisory Council, generated via ChatGPT 5.5)

Points clés

La désinfection ne remplace pas un nettoyage validé. Dans les environnements à faible teneur en humidité, l'étape principale de réduction de la charge microbienne reste un nettoyage efficace, favorisé par une conception hygiénique. Si les désinfectants peuvent apporter un avantage marginal à la réduction microbienne sur des surfaces déjà propres et accessibles, ils ne peuvent pénétrer efficacement les résidus ou les zones de refuge inaccessibles. Ces mêmes interstices posent également problème pour les procédures de nettoyage physique à sec. Une dépendance excessive aux désinfectants secs, sans une attention suffisante portée à la gestion de l'humidité, au drainage des équipements et au nettoyage, risque d'accroître le danger plutôt que de le réduire. En fin de compte, l'efficacité de tout programme de désinfection dans une installation à faible teneur en humidité dépend moins de la nature chimique du désinfectant que du processus global prenant en compte les interstices difficiles à nettoyer.

Les bonnes pratiques incluent :

• Éviter d'inonder les surfaces
• Privilégier une application ciblée plutôt qu'une pulvérisation généralisée
• Améliorer la circulation de l'air et le séchage
• Vérifier le séchage avant la remise en service, en particulier dans les zones difficiles à nettoyer
• Prioriser les améliorations de la conception hygiénique
• Éliminer les zones de refuge où l'humidité ne s'évacue pas.

Une étude démontre comment le recours à la pulvérisation affecte l'efficacité d'un désinfectant vis-à-vis de Listeria sur des surfaces en contact avec les aliments

« Une étude démontre comment le recours à la pulvérisation affecte l'efficacité d'un désinfectant vis-à-vis Listeria sur des surfaces en contact avec les aliments », source FSM.

• Des chercheurs de l'Université Cornell ont combiné des estimations de contraintes de cisaillement issues de la modélisation informatique de la dynamique des fluides avec des mesures expérimentales de réduction microbienne.

• Des temps d'application plus longs, des distances de pulvérisation plus courtes et des schémas de pulvérisation exerçant une force physique suffisante sur les surfaces peuvent contribuer à une meilleure réduction microbienne.

• Les expériences mesurant l'efficacité des désinfectants peuvent fausser les résultats de désinfection en conditions réelles si les contraintes de cisaillement et le temps d'application ne sont pas pris en compte.

• Ces résultats remettent en question l'hypothèse selon laquelle le nettoyage élimine physiquement la contamination, tandis que la désinfection inactive principalement chimiquement les micro-organismes restants.

• La formation des opérateurs de désinfection et la conception des équipements de pulvérisation gagneraient à mieux prendre en compte l'impact du jet et les forces de cisaillement.

Une nouvelle étude menée par des chercheurs de l'Université Cornell a démontré que la technique d'application des désinfectants et la mécanique des fluides, notamment les contraintes de cisaillement, peuvent influencer significativement la réduction microbienne sur les surfaces en contact avec les aliments. Ceci suggère que les tests d'efficacité statiques classiques peuvent ne pas refléter fidèlement les performances des désinfectants en conditions réelles.

Publiée dans la revue Applied and Environmental Microbiology, l'étude, «Variable fluid mechanics explain why static efficacy tests overestimate sanitizer performance against Listeria», a estimé la contrainte de cisaillement (c'est-à-dire la façon dont un matériau réagit à une force s'exerçant sur sa surface) à l'aide de la dynamique des fluides numérique* (modélisation informatique permettant de simuler et d'analyser l'écoulement des liquides). Ces estimations ont été couplées à des mesures de réduction microbienne obtenues lors d'expériences d'application d'hypochlorite de sodium à 100 ppm sur Listeria innocua présent sur de l'acier inoxydable.

L'efficacité du désinfectant a été analysée par pulvérisation manuelle à l'échelle pilote, par pulvérisation contrôlée à l'échelle du laboratoire et par immersion statique d'échantillons.

Les chercheurs ont expliqué que les tests d'efficacité des désinfectants ont traditionnellement mis l'accent sur l'inactivation chimique dans des conditions statiques, par exemple par immersion de surfaces inoculées dans du désinfectant. Or, la désinfection par pulvérisation est un processus dynamique dans lequel des forces physiques peuvent contribuer à l'élimination microbienne, et la contrainte de cisaillement exercée sur une surface peut varier selon le lieu et le mode d'application du désinfectant. La technique d'application a eu un impact significatif sur la réduction de Listeria.

Afin d'évaluer la variabilité lors de l'application manuelle d'un désinfectant, trois chercheurs spécialisés en désinfection industrielle ont été chargés de traiter une surface en acier inoxydable inoculée à l'aide d'un pulvérisateur sous pression contenant 100 ppm d'hypochlorite de sodium. Les chercheurs ignoraient l'emplacement des sites d'inoculation et n'ont reçu aucune instruction concernant la technique d'application, hormis les consignes de sécurité.

Chaque opérateur a déterminé indépendamment le jet de pulvérisation, la durée du traitement et la distance entre la buse et la surface. Malgré une désinfection complète de la surface plane en acier inoxydable par les trois opérateurs, les réductions microbiennes ont varié significativement :

• L’opérateur ayant pulvérisé pendant six secondes à une distance de 150 cm a obtenu la plus faible réduction, soit 1,9 ± 0,5 log UFC/surface.

• L’opérateur ayant pulvérisé pendant 15 secondes à 45 cm a obtenu la plus forte réduction, soit 3,7 ± 0,7 log UFC/surface.

• Le troisième opérateur a pulvérisé pendant 13 secondes à 75 cm et a obtenu une réduction de 2,1 ± 0,6 log UFC/surface.

À noter que parmi les trois opérateurs,

• La réduction moyenne était de 2,6 ± 0,4 log UFC/surface.

• Aucun opérateur n’a atteint une réduction de 5 log, malgré l’utilisation d’une surface plane en acier inoxydable, facile à nettoyer et sans aspérités, et un temps de contact du désinfectant de 120 secondes après pulvérisation. Les résultats indiquent que des temps d'application plus longs, des distances plus courtes entre les buses et les surfaces, ainsi que des schémas de pulvérisation exerçant une force physique suffisante, peuvent contribuer à une meilleure réduction microbienne.

Contribution des contraintes de cisaillement à l'élimination physique de Listeria

Afin d'étudier l'influence de la mécanique des fluides sur l'efficacité du désinfectant, les chercheurs ont mené des expériences contrôlées à l'échelle du laboratoire à l'aide d'un pulvérisateur fixe positionné à 38 cm de surfaces verticales en acier inoxydable. Trois zones ont été évaluées : le point d'impact direct du désinfectant sur la surface, une zone immédiatement adjacente à ce point et une zone de « film de liquide (fluid-film) » située sous le point d'impact, où le désinfectant s'écoule le long de la surface.

La modélisation CFD** a estimé les contraintes de cisaillement à 25 pascals (Pa) au point d'impact, à 75 Pa immédiatement adjacent et à seulement 4 Pa au niveau du film liquide.

Après une application de trois secondes d'hypochlorite de sodium à 100 ppm, les réductions de L. innocua variaient considérablement selon la zone d'application. Les chercheurs ont observé des réductions de :

• 7,5 ± 0,5 log UFC/surface au point d’impact

• 6,4 ± 0,7 log UFC/surface immédiatement adjacente au point d’impact

• 0,4 ± 0,1 log UFC/surface à l’emplacement du film liquide à faible cisaillement.

La différence entre la zone du film liquide et les deux zones proches du point d'impact du jet était statistiquement significative.

Rôle significatif de l'élimination physique dans la réduction microbienne

Des expériences utilisant uniquement de l'eau ont confirmé le rôle de l'élimination physique. La pulvérisation d'eau a entraîné des réductions de :

• 3,4 ± 0,6 log UFC/surface au point d'impact

• 3,2 ± 0,5 log UFC/surface immédiatement à côté du point d'impact

• 0,4 ± 0,8 log UFC/surface au niveau de la zone du film de liquide.

Bien que les différences entre les traitements à l'eau n'aient pas été statistiquement significatives, les chercheurs ont indiqué que des réductions supérieures à 3 log UFC dans les zones directement exposées au jet démontraient qu'une part importante de la réduction microbienne pouvait être attribuée à l'élimination physique plutôt qu'à l'inactivation chimique.

Les chercheurs ont suggéré que les écarts importants entre les zones directement pulvérisées et celles recouvertes d'un film liquide pourraient expliquer en partie les réductions relativement faibles obtenues lors d'une application manuelle. Des schémas de pulvérisation variables peuvent laisser certaines parties de la surface sans impact direct du désinfectant, entraînant une contrainte de cisaillement moindre et une élimination physique réduite des cellules microbiennes.

L'application et le temps de contact ont influencé l'efficacité du désinfectant

Une exposition prolongée au désinfectant a amélioré la réduction microbienne, y compris dans les zones soumises à une contrainte de cisaillement relativement faible.

Au niveau de la zone du film liquide :

• Une pulvérisation de désinfectant de trois secondes sans temps de contact supplémentaire a entraîné une réduction de 0,4 ± 0,1 log UFC/surface

• L'ajout d'un temps de contact de 120 secondes après la pulvérisation de trois secondes a porté la réduction à 2,0 ± 0,1 log UFC/surface

• La prolongation de la durée de pulvérisation à 120 secondes, sans période de contact supplémentaire, a porté la réduction à 6,3 ± 0,3 log UFC/surface.

L'immersion statique a donné des résultats différents :

• L'immersion de coupons en acier inoxydable inoculés dans le désinfectant pendant trois secondes a entraîné une réduction de 2,3 ± 0,1 log UFC/surface

• Une immersion de trois secondes suivie d'un temps de contact de 120 secondes a entraîné une réduction de 4,4 ± 0,6 log UFC/surface

• Une immersion de 120 secondes a entraîné une réduction de 6,0 ± 0,1 log UFC/surface.

Les chercheurs ont constaté que l'immersion garantissait un contact complet et uniforme avec le désinfectant, tandis que la pulvérisation entraînait une dynamique des fluides et une couverture de désinfectant variables spatialement. Par conséquent, l'efficacité mesurée à l'aide d'échantillons immergés ou de zones exposées directement au jet peut ne pas refléter les réductions obtenues sur l'ensemble d'une surface lors d'une désinfection manuelle.

Principaux enseignements et implications pour la recherche et l'industrie

Globalement, les chercheurs ont conclu que les expériences mesurant l'efficacité des désinfectants pouvaient surestimer ou sous-estimer les résultats réels de la désinfection si les contraintes de cisaillement et la durée d'application ne sont pas prises en compte.

L'étude a également remis en question la distinction simpliste selon laquelle le nettoyage élimine physiquement la contamination tandis que la désinfection inactive principalement chimiquement les micro-organismes restants. D'après les chercheurs, le détachement physique des cellules causé par le flux de désinfectant représente un élément important des réductions microbiennes obtenues lors de la pulvérisation.

Les résultats suggèrent que la formation des opérateurs de désinfection et la conception des équipements de pulvérisation pourraient bénéficier d'une meilleure prise en compte de l'impact du jet et des forces de cisaillement. L'augmentation de la durée d'application de la pulvérisation et un temps de contact suffisant avec le désinfectant ont également été identifiés comme des facteurs importants pour maximiser la réduction microbienne. Les chercheurs ont souligné que l'écart entre les tests d'efficacité contrôlés et l'application pratique a des conséquences sur l'estimation de la réduction des risques apportée par les programmes d'assainissement. Selon eux, une surestimation de la réduction microbienne due au traitement désinfectant pourrait conduire à des politiques de sécurité des aliments ne tenant pas suffisamment compte d'autres sources de réduction microbienne au sein des programmes de nettoyage-désinfection.

* La dynamique des fluides numérique est une branche de la physique qui utilise l'informatique et des méthodes mathématiques pour simuler et analyser le le mouvement des liquides et des gaz, ainsi que leurs interactions avec des surfaces.

** La modélisation CFD (Computational Fluid Dynamics, ou mécanique des fluides numérique) est une méthode de simulation par ordinateur qui permet d'étudier le mouvement des fluides (liquides et gaz) et leurs transferts de chaleur ou de masse en résolvant les équations mathématiques de la physique.