Les transmissions de pathogènes entre humains et animaux menacent à la fois la santé humaine et la santé animale. Cette étude, menée par une collaboration incluant notamment l’Institut Pasteur, le CNRS et l’hôpital Saint Louis et publiée dans Nature Communication, intègre des analyses métagénomiques, historiques, anthropologiques et écologiques et compare un site en milieu naturel au Cameroun et un zoo européen. Les auteur.es montrent que les virus intestinaux se ressemblent plus entre les humains et les grands singes au Cameroun qu’au zoo.
Les transmissions de pathogènes entre humains et animaux menacent à la fois la santé humaine et la santé animale, et les processus qui favorisent la propagation des zoonoses sont complexes. Les précédentes études de terrain offrent un aperçu partiel de ces processus, mais ne prennent pas en compte l’écologie des animaux ni les perceptions et pratiques humaines qui facilitent le contact entre humains et animaux. Menée au Cameroun et dans un zoo européen, cette étude intègre des analyses métagénomiques, historiques, anthropologiques et écologiques des grands singes (gorilles et chimpanzés), ainsi qu'une évaluation en temps réel des types et de la fréquence des contacts entre les humains et les grands singes.
L'équipe constate que les humains et les grands singes partagent davantage leur virome intestinal au Cameroun qu’au zoo. De plus, la plus forte convergence est constatée entre gorilles et humains au Cameroun. Les adénovirus et les entérovirus sont les virus les plus fréquemment partagés entre les humains et les grands singes. C’est par l’approche profondément interdisciplinaire que les auteurs peuvent proposer des explications sur les résultats métagénomiques obtenus. Les contacts physiques et environnementaux sont plus intenses au Cameroun avec les gorilles qu’avec les chimpanzés. Les analyses menées indiquent que les gorilles sont plus nombreux que les chimpanzés, et sont aussi beaucoup plus chassés et consommés, notamment en raison d’un statut différent de celui des chimpanzés dans les représentations locales. Alors que les chimpanzés sont considérés comme très ressemblant aux humains et intelligents, les gorilles sont plutôt vus comme des animaux dangereux et très impliqués dans les pillages des cultures. Ce dernier point a été confirmé par nos questionnaires indiquant que les gorilles sont beaucoup plus impliqués dans les pillages que les chimpanzés.
Ainsi, c’est à la fois par plus de contacts physiques et de contacts environnementaux (dû notamment au pillage des champs), que peut être expliquée la plus grande convergence du virome intestinal des humains avec les gorilles au Cameroun. Concernant le zoo, les soigneurs et les grands singes avaient des contacts quotidiens et une grande proximité spatiale dans un site relativement petit. Le lavage des mains par les soigneurs pourrait contribuer à limiter le partage de virus intestinaux, et les mécanismes proposés au Cameroun pourraient expliquer cette plus grande convergence au Cameroun qu’au zoo.
