Il vous faut savoir pour lire cet article que GRAS est l’acronyme de Generally Recognized as Safe.
En effet, selon la FDA, « En vertu des articles 201(s) et 409 du Federal Food, Drug, and Cosmetic Act, toute substance qui est intentionnellement ajoutée à un aliment est un additif alimentaire, qui est soumis à l'examen préalable à la mise sur le marché et à l'approbation de la FDA, sauf si la substance est généralement reconnue, parmi les experts qualifiés, comme ayant été montrée de façon adéquate comme sûre dans les conditions de son utilisation prévue, ou à moins que l'utilisation de la substance ne soit autrement exclue de la définition d'un additif alimentaire. »
Le titre d’une présentation à la session AES03 sur Antimicrobial Resistance in the Environment de l'ASM Microbe Online est « This Gras Isn't Greener: Biopesticides as Reservoirs and Vectors of Antibiotic Resistance » ou Ce biopesticide Gras n'est pas plus vert: les biopesticides comme réservoirs et vecteurs de résistance aux antibiotiques …
À l'échelle mondiale, les pratiques agricoles ont été impliquées dans la propagation et la génération de bactéries résistantes aux antibiotiques. Les biopesticides sont des micro-organismes utilisés pour lutter contre les insectes et les champignons; étiquetés «verts», «biologiques» et sans danger pour la consommation, les produits microbiens sont classés comme étant généralement considérés comme sûrs ou GRAS. Les produits à base de Bacillus représentent plus de 80% du marché mondial des biopesticides et offrent une alternative bienvenue aux pesticides synthétisés chimiquement connus pour nuire à la santé humaine et à l'environnement. Un de ces biopesticides, Bacillus thuringiensis (Bt), est un porteur documenté de plusieurs plasmides et est connu pour avoir une résistance à certains antibiotiques. Nous avons utilisé une combinaison d'analyses microbiologiques et de séquençage du génome entier de quatre produits biopesticides commerciaux de Bacillus (B. amyloliquefaciens, B. subtilis et deux souches de Bt) et d'analyses bioinformatiques des génomes publiés afin de déterminer le rôle que ces produits de lutte contre les nuisibles largement disponibles peuvent jouer dans la propagation de gènes de résistance aux antibiotiques. Nous avons utilisé la capture de conformation de chromosomes (Hi-C) pour confirmer la localisation, le plasmide ou le chromosome, des gènes conférant une résistance aux antibiotiques (GRA) dans ces produits. Les produits biopesticides ont été analysés à l'aide d'un test de diffusion sur disque pour déterminer la résistance à plusieurs antibiotiques et ont été co-cultivés avec une souche de Klebsiella pneumoniae positive pour la carbapénémase afin de mesurer les variations de la concentration minimale inhibitrice (CMI) des antibiotiques carbapénèmes.
Les analyses bioinformatiques ont révélé que les souches de biopesticides ont des GRA divers, hébergent des plasmides correspondant à plusieurs pathogènes primaires et contiennent des plasmides porteurs de GRA. Les génomes de biopesticides publiés présentaient une résistance à au moins une classe d'antibiotiques et 60% avaient des gènes pour quatre classes de médicaments ou plus.
Deux des produits biopesticides testés ont démontré une résistance à la daptomycine et au sulfaméthoxazole/triméthoprime. Les séquences des biopesticides ont été comparées avant et après la co-culture, révélant des changements génotypiques et phénotypiques sous la forme d'une résistance accrue aux antibiotiques carbapénèmes là où ils étaient auparavant sensibles.
Ce travail aborde l'impact potentiellement grave des biopesticides en tant que réservoirs et vecteurs de gènes de résistance aux antibiotiques. Les conséquences imprévues de l'application à grande échelle de biopesticides et leur contribution à la propagation et à l'augmentation de la résistance aux antibiotiques nécessitent des recherches plus approfondies, des alternatives à ces produits porteurs de GRA et, éventuellement, un changement dans la désignation des biopesticides comme GRAS.
