Bacillus thuringiensis, biopesticides et sécurité des aliments

Lu dans Seismo info du 27 janvier 2022 à propos de Bacillus thuringiensis.

Sous mandat de l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), des chercheurs suisses ont analysé les séquences du génome entier de 33 isolats de B. thuringiensis provenant de biopesticides, d'aliments et d'échantillons fécaux humains liés à des épidémies. Tous les isolats alimentaires et ceux associés à des épidémies correspondaient génomiquement à l'une des six souches de biopesticides, ce qui suggère que les produits biopesticides en sont la source.

Référence. Frontiers in Microbiology, Whole Genome Sequencing Reveals Biopesticidal Origin of Bacillus thuringiensis in Foods.

Résumé

Bacillus thuringiensis est un insecticide microbien largement utilisé pour lutter contre les ravageurs agricoles. Bien que généralement considéré comme sûr, B. thuringiensis est phylogénétiquement mêlé à l'agent pathogène d'origine alimentaire B. cereus sensu stricto et a été associé à des épidémies d'origine alimentaire. Les données limitées sur le potentiel pathogène de B. thuringiensis et la présence de résidus de biopesticides dans les aliments compromettent une évaluation solide des risques pour le consommateur. Dans cette étude, nous avons analysé les séquences du génome entier de 33 isolats de B. thuringiensis provenant de biopesticides, d'aliments et d'échantillons fécaux humains liés à des épidémies. Tous les isolats associés aux aliments et aux éclosions étaient génomiquement appariés avec l'une des six souches de biopesticides, suggérant que les produits biopesticides étaient leur source. Le séquençage à longues lectures a révélé un profil de gènes de virulence plus diversifié qu'on ne le supposait auparavant dans certaines souches de biopesticides. En outre, nous fournissons des assemblages génomiques de haute qualité de sept souches de biopesticides de B. thuringiensis largement utilisées, ce qui facilitera à l'avenir le suivi des sources microbiennes et l'évaluation des risques des biopesticides à base de B. thuringiensis.

En conclusion, cette étude suggère que B. thuringiensis isolé des aliments provient généralement de résidus de biopesticides et nous avons pu faire correspondre génomiquement les souches associées aux épidémies aux biopesticides de Bacillus thuringiensis.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Petit mais vrai scandale.

Les aliments biologiques sont-ils plus sûrs ?

On se demande si les auteurs du document de la FAO n'ont pas au préalable lu le livre de Gil Rivière-Wekstein, «bio fausses promesses et vrai marketing» ... et compte tenu de ce qui se passe au sein de l'Europe avec des graines de sésame contaminées par de l'oxyde d'éthylène, on me dit que près de 50% des produits conernés par des rappels sont bio ...

«FAO: le label biologique n'est pas une garantie de sécurité des aliments», source article de Joe Whitworth paru le 16 avril 2021 dans Food Safety News.

Le terme biologique n'est pas une garantie de sécurité des aliments selon l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO).

Selon un document publié par le Bureau régional de la FAO pour l'Asie et le Pacifique, le bio est un moyen de cultiver des aliments en suivant des règles et des directives spécifiques. La certification agriculture biologique fait référence à un produit fabriqué conformément à certaines normes tout au long des étapes de production, de manutention, de transformation et de commercialisation; il ne couvre pas les caractéristiques du produit fini.

Ces normes et réglementations peuvent différer entre et parmi les chaînes d’approvisionnement des pays pour réglementer l’utilisation des produits chimiques et d’autres exigences pour le maintien de la qualité des sols et de l’eau.

L'agence dit que le but des aliments bio est d'améliorer les revenus des petits agriculteurs et d'accroître la sécurité des aliments, des bénéfices environnementaux tels que l'amélioration de la qualité des sols et de l'eau et la préservation de la biodiversité, et l'amélioration du bien-être animal.

Utilisation de pesticides

Le secteur de l'agriculture biologique américain a vu ses ventes de produits alimentaires atteindre 50,1 milliards de dollars en 2019, en hausse de 4,6% par rapport à l'année précédente, selon l'Organic Trade Association.

L'agriculture biologique est considérée comme une approche prometteuse pour relever les défis posés par la démographie et l'urbanisation croissantes ainsi que par le changement climatique. Pour les consommateurs, cela se traduit souvent par des aliments plus sains, plus sûrs, plus savoureux et plus respectueux de l'environnement, affirment les partisans du bio.

Les labels biologiques reposent sur des règles qui interdisent ou limitent l'utilisation de certains engrais synthétiques et produits agrochimiques, ce qui est attrayant pour les consommateurs. Des pesticides produits par les plantes (ou biopesticides) sont encore utilisés en agriculture biologique, qui, à des doses élevées, peuvent avoir des effets négatifs sur la santé humaine. La principale différence est le type de pesticide utilisé. Le document a indiqué que les agriculteurs conventionnels et biologiques doivent suivre les mêmes normes de sécurité sanitaire.

Sur 172 pays dans une enquête menée par l'Institut de recherche sur l'agriculture biologique, 87 avaient des normes biologiques et 18 autres élaboraient une législation à leur sujet.

La FAO a rapporté que des autorités pourraient vérifier que les mesures de sécurité sanitaire des aliments soient incluses dans tout système de certification biologique existant au niveau national et organiser un forum avec l'industrie des aliments biologiques pour discuter des approches visant à garantir l'inclusion des mesures de sécurité des aliments dans l'agriculture biologique.

Quand les biopesticides hébergent des gènes de résistance aux antibiotiques

Il vous faut savoir pour lire cet article que GRAS est l’acronyme de Generally Recognized as Safe.

En effet, selon la FDA, « En vertu des articles 201(s) et 409 du Federal Food, Drug, and Cosmetic Act, toute substance qui est intentionnellement ajoutée à un aliment est un additif alimentaire, qui est soumis à l'examen préalable à la mise sur le marché et à l'approbation de la FDA, sauf si la substance est généralement reconnue, parmi les experts qualifiés, comme ayant été montrée de façon adéquate comme sûre dans les conditions de son utilisation prévue, ou à moins que l'utilisation de la substance ne soit autrement exclue de la définition d'un additif alimentaire. »

Le titre d’une présentation à la session AES03 sur Antimicrobial Resistance in the Environment de l'ASM Microbe Online est « This Gras Isn't Greener: Biopesticides as Reservoirs and Vectors of Antibiotic Resistance » ou Ce biopesticide Gras n'est pas plus vert: les biopesticides comme réservoirs et vecteurs de résistance aux antibiotiques …

À l'échelle mondiale, les pratiques agricoles ont été impliquées dans la propagation et la génération de bactéries résistantes aux antibiotiques. Les biopesticides sont des micro-organismes utilisés pour lutter contre les insectes et les champignons; étiquetés «verts», «biologiques» et sans danger pour la consommation, les produits microbiens sont classés comme étant généralement considérés comme sûrs ou GRAS. Les produits à base de Bacillus représentent plus de 80% du marché mondial des biopesticides et offrent une alternative bienvenue aux pesticides synthétisés chimiquement connus pour nuire à la santé humaine et à l'environnement. Un de ces biopesticides, Bacillus thuringiensis (Bt), est un porteur documenté de plusieurs plasmides et est connu pour avoir une résistance à certains antibiotiques. Nous avons utilisé une combinaison d'analyses microbiologiques et de séquençage du génome entier de quatre produits biopesticides commerciaux de Bacillus (B. amyloliquefaciens, B. subtilis et deux souches de Bt) et d'analyses bioinformatiques des génomes publiés afin de déterminer le rôle que ces produits de lutte contre les nuisibles largement disponibles peuvent jouer dans la propagation de gènes de résistance aux antibiotiques. Nous avons utilisé la capture de conformation de chromosomes (Hi-C) pour confirmer la localisation, le plasmide ou le chromosome, des gènes conférant une résistance aux antibiotiques (GRA) dans ces produits. Les produits biopesticides ont été analysés à l'aide d'un test de diffusion sur disque pour déterminer la résistance à plusieurs antibiotiques et ont été co-cultivés avec une souche de Klebsiella pneumoniae positive pour la carbapénémase afin de mesurer les variations de la concentration minimale inhibitrice (CMI) des antibiotiques carbapénèmes.

Les analyses bioinformatiques ont révélé que les souches de biopesticides ont des GRA divers, hébergent des plasmides correspondant à plusieurs pathogènes primaires et contiennent des plasmides porteurs de GRA. Les génomes de biopesticides publiés présentaient une résistance à au moins une classe d'antibiotiques et 60% avaient des gènes pour quatre classes de médicaments ou plus.

Deux des produits biopesticides testés ont démontré une résistance à la daptomycine et au sulfaméthoxazole/triméthoprime. Les séquences des biopesticides ont été comparées avant et après la co-culture, révélant des changements génotypiques et phénotypiques sous la forme d'une résistance accrue aux antibiotiques carbapénèmes là où ils étaient auparavant sensibles.

Ce travail aborde l'impact potentiellement grave des biopesticides en tant que réservoirs et vecteurs de gènes de résistance aux antibiotiques. Les conséquences imprévues de l'application à grande échelle de biopesticides et leur contribution à la propagation et à l'augmentation de la résistance aux antibiotiques nécessitent des recherches plus approfondies, des alternatives à ces produits porteurs de GRA et, éventuellement, un changement dans la désignation des biopesticides comme GRAS.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous