Fièvre typhoïde multirésistante en France. Recrudescence de cas importés, dont 57 en provenance du Sénégal

« Fièvre typhoïde multirésistante en France : le génotype 2.3.1 à l’origine d’une recrudescence de cas importés, dont 57 en provenance du Sénégal », source Beaconbio.org.

Principaux constats au 6 novembre 2026

• En 2026 (au 18 septembre 2026), la France métropolitaine a enregistré 57 cas de fièvre typhoïde liés à un séjour au Sénégal, contre 32 en 2025. Ces cas représentent désormais 58 % de l’ensemble des cas de typhoïde importés, alors qu’ils en constituaient généralement moins de 10 % entre 2010 et 2020.
• L’Île-de-France a rapporté, à elle seule, 41 cas depuis le début de l’année 2026, contre 9 à 18 cas par an entre 2022 et 2025 ; près de 60 % des cas liés au Sénégal recensés sur la période 2025-2026 ont été enregistrés dans cette région.
• Parmi les 89 cas liés au Sénégal signalés en 2025-2026, l’âge médian était de 28 ans (avec une amplitude allant de 3 à 73 ans) ; 71 % des personnes touchées étaient des femmes, et aucun décès n’a été rapporté.
• Le génotype 2.3.1 de Salmonella Typhi, résistant aux fluoroquinolones, au cotrimoxazole et à l’ampicilline, mais sensible à l’azithromycine, a été identifié dans 99 % des isolats séquencés provenant de voyageurs de retour du Sénégal en 2025 et 2026.
• Cette tendance est spécifique aux voyageurs en provenance du Sénégal et n’a pas été observée, à ce jour, chez les voyageurs revenant d’autres pays d’Afrique de l’Ouest.

Le 16 octobre 2026, le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a étendu sa recommandation de vaccination contre la typhoïde à tous les voyageurs se rendant au Sénégal, à l’exception des séjours touristiques de moins de 15 jours effectués dans des établissements hôteliers où les conditions d’hygiène sont jugées satisfaisantes. Le ministère des Affaires étrangères recommande, quant à lui, la vaccination pour tous les voyageurs, quelles que soient la durée ou les conditions du séjour. Santé publique France, en lien avec la Société de médecine des voyages (SMV), préconise de ne plus limiter la vaccination aux seuls séjours de longue durée, notamment dans la perspective des Jeux olympiques de la jeunesse de Dakar (du 31 octobre au 13 novembre 2026).

Analyse épidémiologique et impact sur la santé publique

La détection quasi exclusive du génotype 2.3.1 parmi les isolats séquencés liés au Sénégal indique qu’un clone résistant unique est devenu prédominant à la source de l’infection chez les voyageurs, plutôt qu’une diversité de souches en circulation, ce qui suggère un événement d’émergence ponctuel au Sénégal, et non une dérive régionale diffuse.

Selon Santé publique France et le Centre national de référence des Salmonella (CNR-Salmonella), l’évolution du profil des cas de typhoïde importés, qui s’écarte de la tendance observée ces dernières années, où l’Asie était devenue la principale source des cas et la part de l’Afrique avait diminué, marque un retour vers une source située en Afrique de l’Ouest. Ce phénomène est épidémiologiquement inhabituel et pointe vers un facteur déclenchant localisé, spécifique au Sénégal.

Le profil démographique (âge médian de 28 ans, majorité de femmes, aucun décès) correspond à celui d’une population de voyageurs vivant en milieu communautaire, plutôt qu’à celui de groupes particulièrement vulnérables comme les jeunes enfants ou les personnes âgées ; cela limite la charge clinique immédiate, malgré l’augmentation du nombre de cas.

D’après une étude du CDC des États-Unis, une souche de Salmonella enterica sérotype Typhi, appartenant au génotype 2.3.1, résistante à la ciprofloxacine et présentant une multirésistance aux antibiotiques (MDR), a été détectée de plus en plus fréquemment chez des personnes revenant d’Afrique de l’Ouest depuis 2021. Cette souche a acquis localement, sur une période d’environ 25 ans, deux plasmides de multirésistance distincts ; elle a ensuite intégré la région de multirésistance du plasmide IncHI1 dans son chromosome, avant d’acquérir une mutation du gène gyrA. Étant donné que plus de 90 % des cas de typhoïde en France surviennent chez des voyageurs non vaccinés, cette augmentation est principalement attribuable à une faible couverture vaccinale parmi les voyageurs effectuant des séjours de courte ou moyenne durée, qui n’étaient pas visés par les recommandations vaccinales en vigueur ; plutôt qu’à une modification de la transmissibilité intrinsèque de la bactérie.

Les Jeux olympiques de la jeunesse à Dakar constituent un facteur d’amplification ponctuel et limité dans le temps des flux de voyageurs entre le Sénégal et la France. Cela accroît la probabilité de voir apparaître de nouveaux foyers d’infection importés dans les semaines suivant l’événement, indépendamment de toute évolution de la dynamique locale de la maladie.

Analyse comparative et perspectives

Santé publique France a rapporté 41 cas de fièvre typhoïde en Île-de-France chez des voyageurs revenant du Sénégal depuis le début de l’année 2026 (données couvrant la période du 1er janvier au 30 septembre 2026). Entre 2022 et 2025, la région a enregistré entre neuf et 18 cas par an. Le nombre de cas recensés en 2026, à ce jour, est donc plus de deux fois supérieur au chiffre annuel le plus élevé enregistré durant cette période.

Les déplacements liés aux Jeux olympiques de la jeunesse de Dakar (du 31 octobre au 13 novembre 2026) pourraient entraîner une augmentation du nombre de cas importés dans les semaines qui suivront.

Parmi les signaux d’alerte figurent la détection du génotype 2.3.1 chez des voyageurs de retour d’autres pays d’Afrique de l’Ouest, tout signalement d’une perte de sensibilité à l’azithromycine, ainsi que l’apparition de tout cas groupés ou cluster suggérant une transmission secondaire sur le territoire français.