Bouillon Chartier, le livre mais aussi le meilleur bouillon parisien !

« Bouillon Chartier : 130 ans à nourrir Paris sans lui raconter des salades. La preuve par le livre ! » Source Paris Gourmand.

De Paris à Tokyo, en passant par Montréal, la « bouillonmania » fait recette.

Chartier, lui, n’a pas attendu que le bouillon devienne tendance : il nourrit Paris depuis 1896. Un livre raconte la saga, et elle a du goût.

On peut copier une carte. On peut copier une recette… Pas 130 ans de joyeux tumulte et de Paris attablé.

Le livre (120 pages, 12,90 euros) coûte à peu près le prix d’un repas sur place. Logique maison : avant d’être à la mode, Chartier était déjà bien dans son assiette.

Le comptoir des livres : un ouvrage sur le bouillon Chartier. « Chartier, l’âme du bouillon parisien depuis 1896 », ce livre de Gérard Letailleur, préfacé par Emmanuel Rubin, raconte l’histoire du bouillon parisien. L’ouvrage remonte aux origines des bouillons, suit la saga des frères Chartier et retrace l’essor, l’âge d’or et la renaissance de l’enseigne. En 2007, la famille Joulie reprend l’adresse historique et contribue à relancer son rayonnement. Le groupe ouvre ensuite deux autres Chartier à Montparnasse en 2019 ; et Gare de l’Est en 2022. Le livre est publié par Vendredi Conseils. (12,90 euros, disponible en librairie et sur les principales plateformes de vente en ligne).

Le Figaro du 16 octobre 2026 fait un palmarès des meilleurs bouillons de Paris et le bouillon Chartier arrive en tête avec la note de 17/20.

Jugez plutôt, entrée, plat, dessert pour 15,30 euros !

L'addition la plus douce de tout notre échantillon, pour des plats dans l'ensemble tout à fait honnêtes, et ce à raison de 2 000 couverts par jour. Rien à redire.

Bouillon Chartier, 7 rue du Faubourg Montmartre (Paris 9e). Pas de réservation ? Tous les jours, de 11h30 à minuit.

Le rôle des audits inopinés dans le renforcement de la culture de la sécurité des aliments

« Le rôle des audits inopinés dans le renforcement de la culture de la sécurité des aliments », source articlede Wasi Asghar paru dans Food Safety Magazine.

À savoir

• Les audits inopinés permettent d'obtenir une image plus réaliste des pratiques courantes en matière de sécurité des aliments, car ils limitent les possibilités pour les établissements de se préparer spécifiquement à l'arrivée d'un auditeur.
• Les audits internes inopinés peuvent aider à identifier les écarts entre les procédures documentées et les pratiques réelles, écarts qui peuvent être moins apparents lors des audits planifiés.
• Être prêt pour un audit ne suffit pas à démontrer une culture positive de la sécurité des aliments ; les employés doivent comprendre et appliquer systématiquement les exigences en matière de sécurité des aliments, qu'ils soient ou non sous surveillance.

La culture de la sécurité des aliments est un sujet largement débattu au sein de la communauté de la sécurité des aliments. Il est important de comprendre que chaque organisation possède une culture, quelle qu'elle soit. Cette culture peut être pleinement favorable à la sécurité des aliments, uniquement lors des audits ou des inspections, ou encore inexistante. L'objectif ultime des entreprises alimentaires et des autres acteurs de la sécurité des aliments est d'établir une culture de la sécurité des aliments solide. Fort de plus de 28 ans d'expérience en gestion de la sécurité des aliments, je suis convaincu que lorsqu'un système de management de la sécurité des aliments (SMSA) basé sur une norme internationale reconnue est mis en œuvre efficacement par une équipe HACCP dynamique et avec le soutien de la direction, il contribue à instaurer une culture positive de la sécurité des aliments. Il est essentiel d'intégrer les normes et programmes de sécurité des aliments, scientifiquement élaborés et documentés, dans les opérations de production et de les traduire en pratiques concrètes. Si une culture positive de la sécurité des aliments n'est pas perceptible malgré la mise en œuvre de normes internationales reconnues, cela peut indiquer que le système n'est pas pleinement intégré aux opérations courantes. Il se peut qu'il reste théoriquement théorique plutôt que d'être appliqué concrètement sur le terrain.

Même les entreprises obtenant d'excellents résultats aux audits et certifications peuvent présenter une faible culture de la sécurité des aliments. Les audits n'ayant lieu que quelques fois par an, l'établissement peut se préparer en veillant à une propreté irréprochable le jour de l'audit et à la mise à jour de tous les documents. La question la plus importante est de savoir comment le SMSA est mis en œuvre efficacement au quotidien, en dehors des périodes d'audit. La culture de la sécurité des aliments est intégrée aux programmes de certification reconnus par la GFSI (Global Food Safety Initiative), notamment FSSC 22000, BRCGS, IFS et SQF, et est abordée dans les Principes généraux de l'hygiène alimentaire du Codex Alimentarius. Elle constitue également une obligation réglementaire pour les exploitants du secteur alimentaire dans l'UE, en vertu du règlement (UE) 2021/382 de la Commission. Aux États-Unis, la FDA (Food and Drug Administration) a identifié la culture de la sécurité des aliments comme un élément central de son initiative ‘Nouvelle ère pour une sécurité des aliments plus intelligente’ et a souligné l'importance d'influencer les croyances, les attitudes et les comportements afin de renforcer la sécurité des aliments.

Cependant, une question importante demeure : comment déterminer si une culture positive de la sécurité des aliments existe réellement au sein d'une entreprise ? Autrement dit, comment mesurer cette culture ? Les auditeurs visitent généralement un établissement pendant une période limitée et fondent leur évaluation sur des observations et des prélèvements effectués durant cette période. Comment peuvent-ils s'assurer que les comportements observés reflètent les pratiques quotidiennes ? La culture de la sécurité des aliments englobe des valeurs, des croyances, des attitudes et des comportements, ce qui rend certaines de ses dimensions difficiles à évaluer objectivement.

Parmi les différents facteurs qui peuvent contribuer à instaurer une culture positive de la sécurité des aliments, l'audit inopiné est un outil important. Cette approche est déjà intégrée à de nombreux programmes de certification privés en matière de sécurité des aliments et utilisée par les autorités réglementaires. Les audits inopinés permettent d'obtenir une image plus réaliste des opérations quotidiennes, car les établissements ont moins de possibilités de se préparer spécifiquement à l'arrivée d'un auditeur.

D'après mon expérience pratique, voici comment les audits inopinés, qu'ils soient menés en externe ou en interne, peuvent contribuer à renforcer une culture positive de la sécurité des aliments :

Supervision constante de l'équipe HACCP

L'équipe HACCP doit rester prête en permanence, sachant qu'un auditeur peut se présenter dans l'établissement sans préavis. Cela l'incite à s'assurer que les systèmes liés au nettoyage-désinfection, à l'hygiène, à la surveillance et aux autres activités de sécurité des aliments fonctionnent efficacement au quotidien, et pas seulement en préparation d'un audit.

Mise à jour des enregistrements. L'équipe opérationnelle prend l'habitude de tenir les registres à jour, car il n'est pas possible de les compléter ou de les mettre à jour juste avant un audit. Les registres doivent être complétés au fur et à mesure des activités. Les registres tenus en temps réel sont plus susceptibles de refléter fidèlement les observations et les activités réelles.

Adéquation entre les enregistrements et les actions. La documentation doit refléter fidèlement ce qui se passe sur le terrain. Les audits inopinés permettent de mettre en évidence des écarts entre les procédures documentées (ou les enregistrements) et les pratiques réelles, offrant ainsi l'opportunité de renforcer la mise en œuvre du système de management de la sécurité des aliments.

Implication de la direction. La direction de l'entreprise doit rester impliquée et réactive ; en effet, lors d'un audit inopiné, les dirigeants peuvent être interrogés sur leur engagement envers les normes de sécurité des aliments et sur la manière dont ils veillent à leur application. L'incertitude quant à la date de l'audit incite la direction à maintenir une surveillance constante du SMSA, en privilégiant des mesures proactives et des actions correctives rapides. Toutefois, cet engagement de la direction doit avant tout découler d'une réelle volonté de garantir la sécurité des aliments, plutôt que d'une simple préparation en vue de la visite d'un auditeur.

Maintien constant de la propreté et de l'hygiène dans les installations. Les audits incluent généralement une visite des locaux, permettant d'observer la mise en œuvre des bonnes pratiques d'hygiène. La perspective d'un audit inopiné oblige l'établissement à maintenir, au quotidien, un niveau adéquat de propreté et d'hygiène, plutôt que de préparer les lieux uniquement en prévision d'un audit programmé.

Audits internes inopinés. Bien que de nombreuses organisations s'appuient principalement sur des audits de certification externes, les entreprises peuvent également recourir à des audits internes inopinés en tant qu'outil de management. Les équipes d'audit interne peuvent inspecter les zones de production, les entrepôts, les unités de transformation ou les installations annexes sans préavis. Ces audits offrent une vision plus fidèle des pratiques opérationnelles quotidiennes, des conditions d'hygiène, de la tenue des enregistrements et du comportement des employés. Ils permettent également de déceler des lacunes qui pourraient passer inaperçues lors d'audits internes programmés, pour lesquels les services concernés se sont préparés à l'avance. À terme, les audits internes inopinés renforcent l'idée que les exigences en matière de sécurité des aliments s'appliquent au quotidien, et non uniquement lors des audits officiels.

Réunions de revue de direction menées en temps opportun. Les audits inopinés soulignent également l'importance de réaliser des revues de direction dans les délais impartis. Les auditeurs peuvent examiner les résultats des audits internes, les actions correctives, les tendances en matière de performance, les réclamations, les non-conformités et les initiatives d'amélioration. Les réunions de revue de direction permettent à la haute direction d'évaluer l'efficacité du SMSA, d'analyser les indicateurs de performance et de prendre, en temps opportun, des décisions visant à améliorer le système. Une revue de direction régulière garantit que les dirigeants restent activement impliqués dans la sécurité des aliments, plutôt que de ne la considérer comme une priorité qu'à l'approche ou au cours des audits programmés.

Évolution des mentalités et des comportements. La possibilité d’un audit inopiné permet de renforcer l’idée que le respect des pratiques de sécurité des aliments est exigé au quotidien, et non uniquement lors des journées d’audit. Les employés, les superviseurs et les responsables peuvent ainsi faire preuve d’une plus grande constance dans leurs pratiques d’hygiène, la tenue de la documentation, le respect des procédures opérationnelles et leur responsabilité individuelle en matière de sécurité sanitaire. Toutefois, pour que ces comportements s’ancrent durablement dans la culture de l’organisation, les employés doivent comprendre le bien-fondé de ces pratiques, plutôt que de s’y conformer uniquement par crainte de l’arrivée éventuelle d’un auditeur.

Évolution culturelle. Lorsque ces pratiques sont maintenues dans la durée, la sécurité des aliments peut s’intégrer aux valeurs et aux routines quotidiennes de l’organisation, cessant ainsi d’être perçue comme une simple obligation réglementaire ou une exigence de certification. Les employés adoptent les bonnes pratiques parce qu’ils en comprennent l’importance, et non parce qu’ils font l’objet d’une surveillance. À ce stade, la sécurité des aliments dépasse le cadre de la simple conformité pour devenir une composante à part entière de la culture d’entreprise.

À retenir

La culture de la sécurité des aliments ne peut se construire uniquement par la documentation ou des audits de certification périodiques. Elle émerge lorsque les systèmes et les attentes en matière de sécurité des aliments sont systématiquement mis en œuvre sur le terrain, au sein des unités de production. Les audits inopinés, qu’ils soient internes ou externes, permettent aux organisations de vérifier si les procédures, les enregistrements et les comportements reflètent réellement leur engagement affiché en faveur de la sécurité des aliments dans le cadre des opérations courantes.

L’objectif ultime n’est toutefois pas simplement de maintenir les employés dans un état de préparation constant face à une éventuelle visite d’auditeur. Il s’agit d’atteindre un stade où la présence ou l’absence d’un auditeur n’a plus aucune incidence. Lorsque les employés partagent la responsabilité de la sécurité des aliments et appliquent systématiquement les bonnes pratiques parce qu’ils en saisissent l’importance, la sécurité des aliments n’est plus seulement une question de préparation aux audits : elle est devenue une composante intégrante de la culture de l’organisation.

Une nouvelle méthode d’analyse à l’aide d’un biocapteur de bactériophages prometteuse pour la détection rapide des pathogènes alimentaires viables

Une nouvelle méthode d’essai à l’aide d’un biocapteur de bactériophages prometteuse pour la détection rapide des pathogènes alimentaires viablesCe n’est pas nouveau (1, 2 et 3), mais cela semble intéressant …

« Une nouvelle méthode d’essai à l’aide d’un biocapteur de bactériophages prometteuse pour la détection rapide des pathogènes alimentaires viables », source Food Safety Magazine.

Des chercheurs ont mis au point un biocapteur à flux latéral à base de bactériophages capable de détecter Salmonella viable dans la viande de poulet en sept heures environ. Après optimisation, ce biocapteur pourrait constituer une alternative aux méthodes de dépistage classiques par culture, qui nécessitent généralement de trois à cinq jours.

De plus, le principe d'amplification par bactériophages pourrait être adapté à la détection d'autres pathogènes bactériens viables d'origine alimentaire, grâce à la sélection de bactériophages appropriés.

Cette nouvelle plateforme d’essais, qui combine l'amplification par bactériophages à un lateral flow immunoassay ou PA-LFI (test immunochromatographique à flux latéral, en français), a atteint une limite de détection d'environ 100 unités formant colonies (UFC) pour 25 grammes de viande de poulet. Lors d'une évaluation sur le terrain portant sur 30 prélèvements de poulet vendus au détail, la méthode a démontré une sensibilité de 72,7 %, une spécificité de 89,5 % et une concordance globale de 83,3 % avec la méthode de culture de référence ISO 6579-1:2017.

Ces résultats ont été publiés dans la revue Biosensors and Bioelectronics. Le projet a été mené par une équipe de recherche internationale, avec le soutien de l'Agence thaïlandaise de recherche et de développement agricole et du Fonds de recherche stratégique de l'Université Mahidol.

Fonctionnement de la méthode de détection

Les chercheurs ont développé la plateforme PA-LFI afin de pallier les limitations des méthodes de détection rapide de Salmonella existantes. Bien que les tests moléculaires tels que la PCR puissent fournir des résultats rapides, ils ne permettent pas de distinguer intrinsèquement les cellules bactériennes viables des cellules non viables. De même, les tests immunochromatographiques classiques détectent les antigènes bactériens sans différencier les bactéries vivantes des bactéries mortes.

La méthode développée utilise, quant à elle, des bactériophages, des virus qui infectent les cellules bactériennes viables et s'y répliquent, pour générer un signal détectable indiquant la présence de Salmonella vivants. La procédure de test comprend trois étapes principales :

1. Enrichissement sélectif : des échantillons de viande de poulet ont été incubés pendant trois heures afin de favoriser la croissance de Salmonella tout en inhibant les micro-organismes concurrents.

2. Amplification par bactériophage : les échantillons ont été exposés à un bactériophage spécifique de Salmonella, qui a infecté les cellules bactériennes viables et produit des phages descendants au cours d’une période d’amplification de trois heures.

3. Détection par flux latéral : les bactériophages amplifiés ont été détectés à l’aide d’une bandelette de dosage immunologique contenant des anticorps anti-phages conjugués à des nanoparticules d’or, produisant un résultat visible en 15 minutes.

La procédure complète a duré environ sept heures et a permis une lecture visuelle sans nécessiter d’instruments spécialisés.

Les essais démontrent une large détection de Salmonella, malgré certaines limites

L’évaluation en laboratoire a démontré que la méthode PA-LFI a détecté 43 des 49 souches de Salmonella testées, soit 87,8 % des souches. Ces souches incluaient 20 souches de S. Enteritidis et 20 souches de S. Typhimurium, mais seulement une des trois souches de S. Choleraesuis, S. Hadar et S. Virchow.

Aucune réaction croisée n'a été observée parmi les 30 souches bactériennes non-Salmonella testées, notamment Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Shigella spp. et Vibrio parahaemolyticus.

Dans des échantillons de poulet contaminés artificiellement, le test a détecté Salmonella à des concentrations aussi faibles que 100 UFC/25 g. Cependant, cette limite de détection restait supérieure à celle de 1 UFC/25 g rapportée pour la méthode de référence ISO.

Comparaison du nouveau test et de la culture traditionnelle en conditions réelles

Afin d'évaluer les performances du test en conditions réelles, les chercheurs ont analysé 30 échantillons de poulet provenant de supermarchés et de marchés de produits réfrigérés de Bangkok, en Thaïlande. La méthode de culture de référence a identifié 11 échantillons positifs, tandis que le test PA-LFI en a identifié dix. Parmi les 11 échantillons positifs en culture, huit ont été correctement détectés par PA-LFI, trois résultats étant des faux négatifs. Le test a également produit deux résultats positifs parmi 19 échantillons négatifs en culture.

Des analyses complémentaires par séquençage métagénomique ont détecté des séquences associées à Salmonella dans les cinq échantillons discordants. Des tests de plages de lyse bactérienne supplémentaires ont confirmé la présence de Salmonella viable dans les deux échantillons positifs au test PA-LFI mais négatifs en culture conventionnelle.

Les chercheurs ont noté qu'une amplification insuffisante des bactériophages, une faible récupération bactérienne, la formation de biofilm et des différences dans l'état physiologique des bactéries pouvaient contribuer aux faux négatifs.

Applications potentielles après optimisation et validation supplémentaires

Selon les chercheurs, la plateforme PA-LFI pourrait servir d'outil de dépistage préliminaire pour la surveillance de routine de la sécurité des aliments, permettant aux laboratoires et aux producteurs alimentaires de prioriser les échantillons potentiellement contaminés pour des tests de confirmation par culture.

Les chercheurs ont estimé le coût du test à environ 12 $. Bien que la méthode ait offert des résultats nettement plus rapides, Par rapport aux méthodes de culture classiques, sa sensibilité modérée et son évaluation limitée sur le terrain ont mis en évidence la nécessité d’une optimisation et d’une validation plus poussées. Les chercheurs ont suggéré que l’intégration de cocktails de bactériophages, l’amélioration des conditions d’enrichissement et d’amplification, ainsi que l’élargissement des tests à d’autres matrices alimentaires pourraient en améliorer les performances.

Le séquençage du génome entier dans le domaine de la sécurité des aliments : obstacles non techniques et opportunités , en vue d’une utilisation mondiale accrue

« Le séquençage du génome entier dans le domaine de la sécurité des aliments : obstacles non techniques et opportunités, en vue d'une utilisation mondiale accrue », source article de Martin Wiedmann paru le 19 octobre dans Food Safety Magazine.

Je relaie cet article en Français en précisant qu’il ne contient que l’introduction et le volet sur les principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie, qui sont, à mon sens, les éléments les plus importants.

Points essentiels à retenir

• Le séquençage du génome entier (en anglais, WGS, pour Whole Genome Sequencing) est désormais un outil éprouvé et largement utilisé pour caractériser les agents pathogènes d’origine alimentaire, enquêter sur les épidémies, tracer la source d’une contamination et assurer une surveillance réglementaire.
• Les entreprises alimentaires peuvent exploiter le séquençage du génome entier pour renforcer l’analyse des causes profondes, identifier des souches persistantes, détecter des contaminations croisées en laboratoire et mieux délimiter le périmètre des rappels de produits.
• L’incertitude juridique et réglementaire demeure un frein majeur à son adoption par l’industrie, notamment en ce qui concerne le partage des données, les conséquences liées à l’application des réglementations et la responsabilité juridique potentielle.
• Les attentes des autorités réglementaires évoluent ; l’Union européenne impose désormais aux entreprises alimentaire et de l’alimentation animale de fournir, sur demande, des isolats de pathogènes ainsi que les données de séquençage du génome entier correspondantes dans le cadre d’investigations sur des épidémies.
• Les entreprises alimentaires devraient évaluer stratégiquement les risques et les avantages liés à l’utilisation, ou à la non-utilisation, du séquençage du génome entier, en sollicitant l’avis d’experts en sécurité sanitaire des aliments, en droit, en bio-informatique et en gestion des risques d’entreprise.

Le séquençage du génome entier, qui permet de lire le code génétique complet d’un micro-organisme, est devenu un outil incontournable de la sécurité des aliments moderne. En décodant les quelque 3 à 10 millions de ‘lettres’ (nucléotides) qui constituent le génome de différentes bactéries, le séquençage du génome entier génère une empreinte génétique extrêmement précise. Celle-ci permet de déterminer si deux isolats bactériens (comme Listeria monocytogenes ou Salmonella) sont si étroitement apparentés qu’ils proviennent probablement de la même source et/ou témoignent d’une chaîne de contamination récente.

Si le séquençage du génome entier offre un pouvoir discriminant élevé, ses données ne suffisent pas, à elles seules, à établir un lien de causalité. Toutefois, lorsqu’elles sont combinées à d’autres éléments (données épidémiologiques et résultats d’investigations, par exemple), elles fournissent des informations précieuses pour identifier les sources probables d’agents pathogènes ou leurs voies de transmission. Ces éléments permettent ensuite d’identifier, de maîtriser et, potentiellement, d’éliminer les sources de contamination (par exemple, des ingrédients contaminés).

Depuis que le CDC des États-Unis ont, pour la première fois en 2013, utilisé le séquençage du génome entier dans le cadre d’une épidémie d’origine alimentaire, cette technologie a transformé les pratiques de santé publique. Elle constitue désormais la norme de référence pour la caractérisation des isolats cliniques des principaux agents pathogènes d’origine alimentaire, aux États-Unis, au Canada et dans une grande partie de l’Europe. La base de données Pathogen Detection du National Center for Biotechnology Information contient des données de séquençage du génome entier relatives à plus d’un million d’isolats d’agents pathogènes provenant d’êtres humains, de denrées alimentaires et de divers environnements à travers le monde. Outre la détection des épidémies, les organismes publics utilisent de plus en plus les données du séquençage du génome entier pour établir un lien entre des épisodes de contamination et des sources spécifiques, et pour orienter les mesures d’application de la réglementation.

Pour les responsables de la sécurité des aliments (par exemple, les vice-présidents, les directeurs qualité et les cadres chargés du management des risques en entreprise), les implications liées à une utilisation accrue du séquençage du génome entier et à la disponibilité de cette technologie sont considérables. Le séquençage du génome entier n’est plus une simple technologie de recherche en cours d’évaluation pour un usage futur potentiel ; il s’agit désormais d’un outil largement déployé par les agences de santé publique et les autorités réglementaires dans un nombre croissant de pays. Il fournit des données qui augmentent la probabilité d’identifier un produit, un fournisseur et/ou une installation de transformation spécifique comme étant à l’origine d’une épidémie. Par conséquent, prendre des décisions stratégiques, réfléchies et éclairées concernant l’utilisation du séquençage du génome entier (ou d’autres méthodes de sous-typage) devient rapidement un enjeu majeur pour les responsables de la sécurité des aliments.

Cet article dresse un état des lieux de l’adoption du séquençage du génome entier, examine les risques et les avantages liés à son utilisation par le secteur, identifie les obstacles non techniques qui freinent encore son déploiement, et propose des recommandations pour aider les professionnels de la sécurité des aliments et leurs organisations à appréhender ce paysage en constante évolution. Notre thèse centrale est que le séquençage du génome entier est une technologie mature et fiable, capable d’apporter une valeur ajoutée significative à l’industrie alimentaire. Les questions essentielles à aborder dès maintenant sont les suivantes : comment évaluer correctement les risques et les avantages des différentes applications et modalités de déploiement du séquençage du génome entier, afin de décider stratégiquement de son utilisation (ou de sa non-utilisation) ? Comment, par ailleurs, minimiser les risques tout en maximisant les bénéfices liés à son emploi ? Un défi majeur pour l’ensemble de la communauté œuvrant dans le domaine de la sécurité des aliments consiste à élaborer et à mettre en œuvre des stratégies garantissant que le cadre juridique et réglementaire permette une adoption plus large du séquençage du génome entier.

Les lecteurs souhaitant approfondir le sujet peuvent également consulter un article plus détaillé, soumis à un comité de lecture et publié dans la revue Food Protection Trends en début de l’année 2026 ; l’élaboration de cet article a bénéficié du soutien de l’organisation SSAFE, ce qui souligne, s’il en était besoin, l’importance capitale de cette thématique.

Principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie

Le séquençage du génome entier peut apporter une valeur ajoutée à de nombreuses applications en matière de sécurité alimentaire. Le tableau 1 présente un aperçu simplifié des principales applications et de leurs principaux avantages pour les acteurs de l'industrie alimentaire.

Détection des épidémies et enquête plus rapide. L'utilisation du séquençage du génome entier en santé publique pour détecter les épidémies de maladies d'origine alimentaire est l'application la plus connue, et ses avantages profitent directement à l'industrie. Le séquençage du génome entier permet aux agences de santé publique de détecter des épidémies de plus petite ampleur et s'étalant sur des périodes plus longues qu'auparavant. Une détection plus précoce signifie moins de cas humains et peut se traduire par des rappels de produits potentiellement plus restreints, ainsi que par une réduction des risques juridiques, financiers et d'atteinte à la réputation pour l'entreprise concernée.

Rapidité et précision du traçage des sources. La caractérisation par séquençage du génome entier d'isolats provenant de multiples maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients de différents fournisseurs, zones environnementales d'usines de transformation et produits finis) permet d'établir ou d'exclure rapidement les liens de contamination, ce qui nécessiterait autrement des semaines d'investigation traditionnelle. Par exemple, une étude a démontré que le séquençage du génome entier surpasse largement le sous-typage traditionnel pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires de Listeria monocytogenes .

Des travaux ultérieurs sur des isolats provenant d'usines de conditionnement de produits frais ont illustré plus en détail comment les données séquençage du génome entier, en particulier si elles sont partagées entre les installations, peuvent faciliter la différenciation entre la persistance et la réintroduction de la bactérie.

Détection et gestion des souches persistantes.  La surveillance environnementale basée sur le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet d'identifier la récurrence d'un même sous-type de pathogène au fil du temps dans une installation, un schéma caractéristique de la persistance du pathogène. L'enquête menée en 2024 auprès de 18 entreprises alimentaires, mentionnée précédemment, a confirmé que 62 % des entreprises ayant répondu utilisent désormais le séquençage du génome entier pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires, une pratique ayant des implications opérationnelles directes. Une fois la persistance identifiée et localisée à des équipements ou des zones environnementales spécifiques, les entreprises peuvent cibler précisément leurs investissements et leurs améliorations en matière de nettoyage-désinfection, plutôt que d'appliquer des interventions générales et moins rentables à l'ensemble de l'installation.

Détection des contaminations croisées en laboratoire. Les faux positifs aux essais de dépistage d'agents pathogènes, dus à des contaminations croisées en laboratoire, peuvent entraîner des rappels de produits, des mesures réglementaires et des ruptures de la chaîne d'approvisionnement, avec des conséquences financières majeures. Le séquençage du génome entier permet d'identifier ces faux positifs en démontrant qu'un isolat provenant d'un échantillon positif est génétiquement identique à une souche de contrôle du laboratoire, et non le résultat d'une véritable contamination environnementale ou du produit. Au moins un important rappel de produits en Amérique du Nord a été annulé après que le séquençage du génome entier a démontré de manière concluante que l'erreur de laboratoire, et non une contamination du produit, était à l'origine de la mesure initiale. Le coût financier et réputationnel d'un rappel injustifié justifie à lui seul l'investissement dans le séquençage du génome entier .

Caractérisation rapide et complète des isolats. Le séquençage du génome entier permet d'obtenir simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type, remplaçant ainsi plusieurs méthodes traditionnelles réalisées séquentiellement. Cette richesse d'informations favorise une prise de décision plus éclairée, fondée sur l'analyse des risques. Par exemple, la caractérisation par séquençage du génome entier peut révéler si un pathogène détecté appartient à une lignée associée à un risque accru ou réduit de maladie chez l'humain, permettant ainsi une réponse réglementaire et commerciale plus ciblée, plutôt qu'une action préventive systématique et automatique.

Confirmation des résultats de détection ambigus. Le séquençage du génome entier permet de résoudre les identifications ambiguës et, par exemple, de distinguer les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes apparentés susceptibles de générer des faux positifs avec les tests de détection classiques et rapides. Une confirmation plus rapide et définitive peut réduire la période d'incertitude durant laquelle des mises en quarantaine préventives coûteuses sont nécessaires et peut parfois permettre d'éviter les rappels ou la destruction de produits.

Analyse des causes profondes . Le séquençage du génome entier peut s'avérer un outil efficace pour l'analyse des causes profondes. Par exemple, lorsqu'un pathogène est détecté dans un établissement (par exemple, dans un prélèvement environnemental, un ingrédient ou un produit fini), le séquençage du génome entier de l'isolat permet de déterminer rapidement s'il correspond à des isolats antérieurs provenant du même établissement, d'une zone environnementale spécifique ou d'un fournisseur. Cette information oriente l'enquête et guide les mesures correctives, réduisant ainsi le temps et le coût d'identification des sources de contamination. De plus, le séquençage du génome entier peut contribuer à écarter certaines hypothèses de contamination, par exemple en établissant qu'un résultat positif sur un produit fini ne correspond pas aux isolats environnementaux.

Ciblage plus précis des rappels. Dans certains cas, les données séquençage du génome entier peuvent aider l'industrie à mieux définir et justifier le périmètre d'un rappel. Une analyse détaillée de ces données, combinée à d'autres informations telles que les registres de production, les données épidémiologiques et le calendrier des interventions sanitaires, permet de déterminer quels lots, lignes ou dates de production sont susceptibles d'être concernés. Plus précisément, les organismes chargés de la réglementation pourraient exiger de plus en plus de données séquençage du génome entier (ou d'autres techniques de sous-typage) pour démontrer que deux résultats positifs à un pathogène (par exemple, obtenus à partir d'échantillons environnementaux prélevés dans une installation, avec plusieurs mois d'intervalle entre les deux résultats) représentent vraisemblablement des événements indépendants plutôt qu'une persistance. L'incapacité à exclure une persistance peut souvent entraîner des rappels plus importants et plus coûteux.

Tableau 1. Principales applications du séquençage du génome entier et leurs avantages pour les acteurs de l'industrie alimentaire ( Crédit : Adapté de Wiedmann et Neumann)

Suivi de la source	La caractérisation séquençage du génome entier des isolats provenant de plusieurs maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients, environnements de transformation, produits finis) peut aider à identifier ou à exclure les sources de contamination.	Une identification plus rapide et précise des sources de contamination permet une action corrective ciblée. Bénéficiaires : l’industrie alimentaire.
Détection de persistance	Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) d'isolats environnementaux suivis au fil du temps identifie des souches récurrentes compatibles avec la persistance d'agents pathogènes dans une installation de traitement.	Permet des investissements ciblés et des améliorations en matière d'assainissement sur les sites de contamination persistante, plutôt que des interventions générales à l'échelle de l'établissement. Bénéficiaires : l'industrie alimentaire.
Détection de la contamination croisée en laboratoire	Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet de distinguer les véritables positifs aux agents pathogènes des faux positifs causés par une contamination croisée en laboratoire lors du traitement des échantillons.	Permet d'éviter les rappels de produits et les mesures réglementaires coûteux et injustifiés. Bénéficiaires : industrie alimentaire, laboratoires d'analyse.
Caractérisation complète de l'isolat	Le séquençage du génome entier fournit simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type.	Une caractérisation plus rapide et plus complète peut faciliter la prise de décision fondée sur les risques. Bénéficiaires : industrie alimentaire, agences de santé publique.
Confirmation des résultats de détection	Le séquençage du génome entier peut résoudre les résultats de détection ambigus et permettre de différencier les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes étroitement apparentés qui peuvent déclencher des faux positifs avec les essais de pathogènes pathogènes. classiques et moléculaires.	Un règlement plus rapide réduit la durée des mesures préventives coûteuses. Bénéficiaires : industrie alimentaire, organismes de réglementation, laboratoires d’analyse.
Analyse des causes profondes	Les données séquençage du génome entier provenant d'isolats environnementaux, d'ingrédients et de produits peuvent cibler les enquêtes sur la contamination et aider à confirmer ou à infirmer les hypothèses de contamination.	Réduit les délais et les coûts d'enquête ; prévient les rappels de produits inutiles en établissant ou en excluant les liens de contamination. Bénéficiaires : industrie alimentaire.

Obstacles non techniques à l’adoption par l’industrie, aux États-Unis et dans le monde

Malgré les avantages commerciaux potentiels du séquençage du génome entier, son adoption au sein de l’industrie alimentaire demeure inégale et prudente. Les obstacles les plus fréquemment mentionnés, tant dans une enquête menée lors d’un atelier en 2019 que dans une enquête de suivi en 2024, ne sont pas de nature technique ; ils sont d’ordre juridique, réglementaire, organisationnel et financier. Il convient de noter qu’un grand nombre de questions techniques concernant la reproductibilité et la normalisation du séquençage du génome entier ont été résolues. Par exemple, la norme ISO 23418:2022 fournit un cadre de mise en œuvre solide, applicable à différentes plateformes de séquençage ; par ailleurs, les experts s’accordent à dire que les résultats obtenus par séquençage du génome entier sur différentes plateformes sont généralement comparables, dès lors que les analyses sont effectuées par du personnel expérimenté. Par conséquent, il est nécessaire de concentrer les efforts de l’industrie et des pouvoirs publics sur la levée des principaux obstacles non techniques, comme détaillé ci-dessous.

Incertitude juridique. L’obstacle à l’adoption le plus souvent cité, et le plus marquant, est le risque juridique. Dans l’enquête de 2024, 81 % des répondants ont indiqué que les implications réglementaires influeraient sur leurs pratiques en matière de séquençage du génome entier ; l’incertitude juridique constitue également un frein majeur au partage de données avec les organismes chargés de la réglementation. Une préoccupation concerne le fait que les données du séquençage du génome entier déposées dans des bases de données publiques, telles que la base de données Pathogen Detection du NCBI, demeurent accessibles en permanence aux autorités réglementaires, aux avocats des parties plaignantes, aux concurrents, aux clients et aux médias, sans aucune prescription. Il existe également une crainte que les données générées par une entreprise pour ses besoins internes ne soient utilisées dans le cadre de procédures judiciaires, d’une manière non prévue ni autorisée par l’entreprise à l’origine de ces données. Enfin, les principes de responsabilité du fait des produits et de responsabilité objective (ou de responsabilité sans faute), en vigueur tant aux États-Unis qu’au sein de l’Union européenne, font peser un risque réel : les preuves issues du séquençage du génome entier, attestant d’une contamination persistante par des agents pathogènes, pourraient accroître considérablement l’exposition juridique d’une entreprise en cas d’épidémie.

Ambiguïté réglementaire. Il existe actuellement peu de directives transparentes et publiées, émanant des autorités réglementaires, précisant la manière dont les données du séquençage du génome entier seront utilisées et/ou prises en compte dans les décisions d’application de la réglementation. L’interprétation des mesures de similarité issues du séquençage du génome entier (par exemple, ce qui constitue une ‘correspondance’), y compris la manière dont sont interprétées les différences au niveau des polymorphismes nucléotidiques simples (ou SNP pour single nucleotide polymorphism) ou des allèles entre différents isolats, dépend étroitement du contexte. Parmi les facteurs pertinents, on peut citer le temps de génération de l'organisme, l'environnement dans lequel les isolats ont été prélevés, ainsi que la qualité des données épidémiologiques et autres métadonnées associées. Bien qu'il existe un consensus clair sur l'impossibilité d'établir des seuils rigides pour interpréter les différences au niveau des SNP et des allèles, il est nécessaire de disposer de directives d'interprétation précises et d'études de cas illustrant la manière dont le séquençage du génome entier et d'autres données sont combinés pour tirer des conclusions sur les liens de causalité. En l'absence de telles informations, les entreprises ne peuvent évaluer avec certitude la valeur probante de leurs propres données du séquençage du génome entier, dans l'éventualité où celles-ci seraient consultées par une autorité chatgée de la réglementation ou une partie adverse.

Les risques et les avantages varient selon la juridiction. Le cadre juridique et réglementaire régissant l'utilisation du séquençage du génome entier diffère considérablement d'un pays à l'autre, voire entre différentes autorités réglementaires au sein d'un même pays (par exemple, l'USDA et la FDA aux États-Unis). Les lois sur la protection des données applicables aux données du séquençage du génome entier, les obligations de déclaration, le degré d'ouverture des bases de données nationales sur le séquençage du génome entier, ainsi que les principes de responsabilité du fait des produits, varient d'une juridiction à l'autre. Une entreprise alimentaire opérant à l'échelle mondiale doit naviguer dans ce paysage fragmenté, en l'absence de directives unifiées. Ce défi est particulièrement marqué pour les petites et moyennes entreprises, qui disposent de ressources juridiques et techniques limitées.

Lacunes en matière de personnel et d'organisation. L'interprétation des données du séquençage du génome entier exige une expertise spécialisée en bio-informatique, une compétence rare dans la plupart des entreprises alimentaires. Dans l'enquête de 2024, 31 % des répondants ont indiqué ignorer quelles plateformes bio-informatiques étaient utilisées par leur organisation, ce qui suggère que l'analyse par séquençage du génome entier est souvent isolée des processus décisionnels courants en matière de sécurité sanitaire des aliments. Même lorsque l'expertise technique est présente, elle n'est pas toujours intégrée aux cadres de management des risques de l'entreprise ; les décisions liées au séquençage du génome entier (y compris celles concernant sa mise en œuvre) se retrouvent alors dépourvues du contexte opérationnel nécessaire aux décideurs de haut niveau, qui doivent pourtant évaluer l'ensemble des risques et des avantages en jeu.

Coût. Bien que le coût du séquençage ait diminué au fil des ans, le séquençage du génome entier demeure onéreux par rapport à d'autres outils de sous-typage. L'investissement supplémentaire peut se justifier au regard des avantages qu'offre le séquençage du génome entier par rapport à d'autres méthodes. Toutefois, certaines entreprises estiment que le ’coût d'opportunité‘, c'est-à-dire la valeur des autres investissements en matière de sécurité des aliments qui pourraient être réalisés avec les mêmes ressources, demeure trop élevé. Ces arbitrages sont souvent évalués dans le cadre du management des risques à l’échelle de l’entreprise et peuvent influencer les budgets ainsi que les priorités en matière d’essais.

Recommandations pour l'avenir

Pour exploiter pleinement le potentiel du séquençage du génome entier en matière de sécurité des aliments, une action coordonnée entre les gouvernements, les organismes chargés de la réglementation, l'industrie, les organisations internationales et le monde universitaire est indispensable. Des exemples de priorités potentiellement critiques sont détaillés ci-dessous.

Mettre en place des mécanismes de protection pour les données de séquençage du génome entier partagées volontairement. Un changement de politique potentiellement important consisterait à créer des mécanismes de protection protégeant les entreprises de toute action juridique ou réglementaire défavorable lorsqu'elles génèrent et partagent volontairement et de bonne foi des données du séquençage du génome entier. Un modèle convaincant existe dans le domaine de la sécurité aérienne : le système de signalement de la sécurité aérienne (ASRS) de la Federal Aviation Administration américaine garantit que les données de sécurité signalées volontairement ne seront pas utilisées contre les déclarants lors de procédures d'application de la loi, sous réserve de conditions définies et raisonnables. Un mécanisme de protection comparable en matière de sécurité des aliments, avec des protections raisonnables mais non illimitées, pourrait fondamentalement modifier l'évaluation des risques et des avantages liés à l'adoption du séquençage du génome entier par l'industrie, sans compromettre l'autorité réglementaire légitime dans les situations d'application de la loi.

Favoriser des discussions approfondies sur les risques et les avantages au sein de l'industrie. Les entreprises alimentaires devraient mener des analyses structurées avec leurs conseillers juridiques, des experts en bio-informatique et les responsables de la sécurité des aliments afin d'évaluer les risques et les avantages des différents niveaux et types de mise en œuvre du séquençage du génome entier, par exemple, son utilisation uniquement sur les résultats positifs des produits finis, ou sur les résultats positifs des produits finis et de l'environnement. Les questions clés abordées pourraient inclure :

• Comment les résultats du séquençage du génome entier seront-ils stockés, protégés et communiqués en interne ?
• Dans quelles circonstances les résultats pourraient-ils être accessibles à des tiers ?
• Quelles sont les obligations de déclaration applicables dans chaque juridiction ?

Il est essentiel que ces discussions évaluent rigoureusement les avantages de l'utilisation du séquençage du génome entier (avec le tableau 1 fournissant un point de départ à cet effet), ainsi que les risques liés à sa non-utilisation. Parmi les risques associés à la non-utilisation du séquençage du génome entier, on peut citer des mesures correctives moins ciblées ou moins efficaces, ou l'incapacité de démontrer que des détections de pathogènes espacées dans le temps représentent des événements indépendants plutôt qu'une persistance.

Renforcer l'utilisation internationale sans compromettre les capacités fondamentales. Une harmonisation internationale continue des normes de données, des pratiques de déclaration et des règles d'accès aux bases de données de séquençage du génome entier réduirait l'incertitude pour les entreprises opérant à l'échelle mondiale et améliorerait la valeur des données partagées pour la santé publique. Toutefois, cette expansion ne doit pas se faire au détriment des infrastructures fondamentales de la santé publique et de la sécurité des aliments. Le séquençage du génome entier exige des données épidémiologiques et de surveillance rigoureuses, ainsi que des métadonnées ; investir dans le séquençage du génome entier sans investir proportionnellement dans la santé publique et la sécurité des aliments pourrait s’avérer contre-productif. Même dans les pays dotés de programmes de séquençage du génome entier performants, le maintien de capacités épidémiologiques adéquates demeure une priorité.

Assurer la transparence réglementaire quant à l’interprétation des données. Les organismes chargés de la réglementation et de la santé publique devraient publier des directives claires et accessibles sur la manière dont les données de séquençage du génome entier sont utilisées et interprétées dans le cadre des décisions d’application de la réglementation. Ces directives devraient inclure des études de cas illustrant comment les SNP ou d’autres mesures de différences génétiques, les données épidémiologiques et d’autres informations sont intégrés pour tirer des conclusions sur l’attribution des épidémies ou la persistance des pathogènes. Cette transparence est essentielle pour permettre à l’industrie de prendre des décisions éclairées quant à l’adoption de ces technologies et de contester les interprétations réglementaires lorsque cela est justifié.

Considérer l’ensemble des outils de sous-typage. Le séquençage du génome entier n’est pas la seule approche de sous-typage moléculaire. Les entreprises évoluant dans des environnements à haut risque juridique doivent savoir que d'autres méthodes de sous-typage (telles que l'électrophorèse en champ pulsé ou PFGE) peuvent fournir des informations utiles dans certains contextes, à moindre coût, avec des délais d'exécution plus courts et probablement avec un risque juridique et réglementaire plus faible. Bien qu'aucune des alternatives disponibles n'égale le séquençage du génome entier en termes de pouvoir discriminant, d'étendue des informations ou de valeur analytique pour les enquêtes complexes sur la contamination, elles peuvent s'avérer utiles pour certaines applications et être combinées à un recours ciblé au séquençage du génome entier.

Conclusion

Le séquençage du génome entier est devenu la méthode de référence pour la caractérisation des pathogènes d'origine alimentaire dans les contextes de santé publique et réglementaires de nombreux pays à revenu élevé, et son utilisation ne cesse de s'étendre. La technologie est mature et reproductible, même si le coût et les délais d'exécution peuvent encore constituer un obstacle. Surtout, la norme ISO 23418:2022 fournit un cadre de mise en œuvre robuste pour différentes plateformes de séquençage, et les problèmes de reproductibilité technique ont été en grande partie résolus. Dès lors, les questions clés auxquelles est confrontée l'industrie alimentaire sont les suivantes :

• Comment évaluer stratégiquement les risques et les avantages du séquençage du génome entier dans le contexte juridique et réglementaire actuel ?
• Comment utiliser le SGE compte tenu des risques actuels?

Les obstacles à une adoption plus large par l'industrie sont réels, mais pas insurmontables. L'incertitude juridique, l'ambiguïté réglementaire et les pénuries de main-d'œuvre sont des problèmes surmontables, moyennant une volonté politique, une transparence réglementaire et des investissements soutenus. Les outils et les cadres permettant de surmonter ces obstacles existent en grande partie ; ce qui fait défaut, c’est une réelle volonté de les mettre en œuvre, idéalement par le biais d’une véritable collaboration public-privé, un modèle qui a permis d’améliorer la sécurité dans d’autres secteurs complexes et réglementés, comme celui de l’aviation. Il est crucial de comprendre qu’un risque nul en matière de sécurité des aliments est inatteignable, voire indésirable ; l’objectif devrait être d’utiliser le séquençage du génome entier pour favoriser une amélioration continue.

Les exigences réglementaires concernant l’utilisation du séquençage du génome entier par les entreprises alimentaires se renforcent. Le règlement (UE) 2025/179 constitue la première obligation légale contraignante imposant la transmission de données issues du séquençage du génome entier dans des situations bien définies, tandis que les recommandations de la FDA encouragent de plus en plus le recours au séquençage du génome entier en cas de détection d’agents pathogènes. Dans plusieurs pays, le séquençage du génome entier est désormais solidement intégré aux infrastructures de réglementation et de surveillance auxquelles les entreprises agroalimentaires sont soumises. À mesure que le séquençage du génome entier occupe une place croissante dans les pratiques réglementaires, les entreprises doivent évaluer avec plus de rigueur les risques et les avantages liés à son utilisation, ou à celle d’autres méthodes de sous-typage. Négliger cette évaluation pourrait entraîner des préjudices croissants sur le plan opérationnel, juridique et en termes d’image.

À notre avis, l’industrie alimentaire devrait également prendre très au sérieux une nouvelle problématique en matière de responsabilité : la possibilité que, dans le cadre de futures procédures judiciaires ou réglementaires, le fait de ne pas utiliser les meilleurs outils de sous-typage moléculaire disponibles soit considéré, en soi, comme une forme de négligence. À mesure que le séquençage du génome entier s’impose comme la référence absolue pour la caractérisation et l’identification des agents pathogènes, l’argument selon lequel une entreprise « n’a pas utilisé les meilleurs outils disponibles » pour identifier, caractériser et gérer des risques de contamination connus pourrait peser de plus en plus lourd, tant dans les procédures réglementaires que dans les litiges civils. Il est donc essentiel, dès aujourd’hui, de définir une approche du séquençage du génome entier et du sous-typage qui soit juridiquement solide et bien encadrée, avant que les exigences réglementaires ou les contentieux n’en imposent, de fait, les modalités d’utilisation.

Le Corset, film d'animation avec l’agriculture en toile de fond

Découvrez la bande-annonce du film LE CORSET ! Un film de Louis Clichy le 14 octobre au cinéma.

Prix Spécial du Jury Un Certain Regard au Festival de Cannes, Prix du Jury, Prix du Public et Prix Fondation GAN au Festival d'Annecy 2026.

« Le Corset, un film d’animation avec l’agriculture en toile de fond », source La France Agricole.

Sorti en salle le mercredi 14 octobre 2026, le premier long-métrage de Louis Clichy, Le Corset, raconte l’histoire d’un garçon de 11 ans dans une ferme de la Beauce durant la fin des années 1980. Par ce récit, le réalisateur, lui-même issu du milieu agricole, s’inspire en partie de sa propre enfance.

Pays-Bas : recrudescence des cas de salmonellose humaine liée aux poules pondeuses et aux produits avicoles, selon le bilan des zoonoses 2025

« Pays-Bas : recrudescence des cas de salmonellose humaine liée aux poules pondeuses et aux produits avicoles », source Poultry Med du 9 octobre 2026.

Selon les données de surveillance compilées par l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM) et l'Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA), les cas de salmonellose humaine ont connu une augmentation marquée en 2025. La surveillance épidémiologique et les modèles d'attribution des sources désignent le secteur avicole, en particulier les poules pondeuses, les œufs contaminés et la viande de poulet de chair, comme étant les principaux facteurs contribuant à ce risque accru pour la santé publique.

En 2025, Salmonella a été isolé chez 1 736 personnes (cas confirmés en laboratoire), un chiffre supérieur à ceux enregistrés en 2023 et 2024, et dépassant les niveaux de référence observés avant la pandémie de COVID-19. S. Enteritidis a été isolé chez 694 patients, soit le total annuel le plus élevé enregistré depuis 2004. Le séquençage du génome entier (WGS) a révélé que cette augmentation était liée à des dizaines de petits foyers génétiquement diversifiés, plutôt qu'à une épidémie unique issue d'une source commune ; cela suggère une diffusion généralisée au sein de la chaîne de production et d'approvisionnement avicole.

Le modèle néerlandais d'attribution des sources a estimé que les poules pondeuses, principalement par le biais de la consommation d'œufs crus ou insuffisamment cuits, étaient à l'origine d'environ 32 % des cas de salmonellose humaine en 2025.

Élevages de poules pondeuses : des niveaux de contamination élevés ont persisté, avec une prévalence au niveau des élevages d'environ 4,99 % (119 élevages infectés, dont 115 positifs à S. Enteritidis). Ce taux dépassant l'objectif réglementaire de 2 % fixé par l'Union européenne, des protocoles de surveillance renforcés ont été mis en place en 2025, imposant un échantillonnage régulier des élevages tous les 4 à 8 semaines, selon l'âge des volailles.

Poulets de chair et élevages de reproducteurs : parmi les élevages de reproducteurs, 14 sur 1 218 ont été testés positifs, principalement à S. Enteritidis. Concernant les élevages de poulets de chair, 36 ont été testés positifs aux sérovars visés par l'UE, à savoir S. Enteritidis et S. Typhimurium. Des taux de détection élevés ont également été signalés pour des sérovars non ciblés, notamment S. Infantis et S. Paratyphi B var. Java.

Surveillance des viandes au stade de la vente au détail : des prélèvements effectués dans le commerce de détail ont révélé la présence de Salmonella dans 4,0 % des échantillons de viande de poulet réfrigérée et dans 4,6 % des préparations à base de viande de poulet réfrigérée.

Deux foyers humains importants de S. Enteritidis ont été reliés à de la viande de volaille grâce à des enquêtes de traçabilité.

Complément

Pour ceux que cela intéresse, est paru paru l’état des lieux des zoonoses en 2025 aux Pays-Bas. Source Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation et de l'environnement (NVWA) et du Centre intégré de surveillance de l'environnement et de la santé publique (RIVM-Cib).

À ma connaissance, il n’existe pas un tel document en France, mais je ne demande qu’à le connaître ...

Ils découvriront que pour les TIAC, appelées ‘éclosions d’origine alimentaire’, il y a eu 1 142 foyers de cas, totalisant 4 279 personnes atteintes.