Deux nouvelles études dans Morbidity and Mortality Weekly Report mettent en évidence de nouvelles découvertes sur les voyages en avion au milieu de la COVID-19, l'une montrant que 81% des prélèvements d'eaux usées des toilettes d'avion avaient du matériel génétique du variant Omicron du SARS-CoV-2 à l'automne 2022, et l'autre suggérant que les tests avant le départ des voyageurs internationaux étaient liés à un taux de positivité inférieur de 52% à l'arrivée aux États-Unis.
La société de biotechnologie Gingko Bioworks a collecté environ un litre d'eaux usées de chacun des 88 vols entrants en provenance du Royaume-Uni, des Pays-Bas et de France, dont 80 ont été testés pour le SARS-CoV-2 à l'aide d'une RT-PCR.
Soixante-cinq prélèvements (81%) étaient positifs, avec la même proportion parmi les trois pays d'origine. Les chercheurs ont séquencé 27 génomes du SARS-CoV-2 à partir de 25 prélèvements et identifié diverses sous-souches d'Omicron (Royaume-Uni, 12 BA.5 et 1 BA.4.6 ; France, 8 BA.5 ; et Pays-Bas, 5 BA.5 et 1 BA.2.75 ).
Les sous-variants identifiés étaient cohérents avec les séquences en Europe occidentale téléchargés dans la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) au cours de cette période, qui étaient d'environ 90% de BA.5.
«Cette enquête a démontré la faisabilité de la surveillance des eaux usées des avions en tant qu'approche à faibles ressources par rapport aux tests individuels pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 sans implication directe des voyageurs, ni perturbation des opérations aéroportuaires», ont écrit les auteurs.
Les chercheurs ont reconnu plusieurs limites, notamment la dépendance à l'utilisation des toilettes pendant le vol, l'incapacité de différencier les voyageurs des vols de correspondance et le portage potentiel de l'ARN du SARS-CoV-2 entre les vols sans rapport avec les voyageurs. «Des seuils de couverture génomique stricts pourraient réduire la probabilité d'identification de porteurs de variants lors de vols ultérieurs», ont écrit les chercheurs.
La surveillance des eaux usées peut être utilisée non seulement pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 entrant aux États-Unis, mais également de manière ponctuelle pour identifier la source des épidémies, ont déclaré les auteurs. «En combinaison avec la surveillance basée sur les voyageurs, la surveillance des eaux usées des avions peut fournir un système d'alerte précoce complémentaire pour la détection des variantes du SARS-CoV-2 et d'autres agents pathogènes préoccupants pour la santé publique.»
Les auteurs ont noté que, du 6 décembre 2021 au 11 juin 2022, les États-Unis ont exigé des passagers de tous les vols internationaux entrants qu'ils fournissent soit un résultat négatif d'un test COVID-19 dans la journée suivant le départ, soit une preuve d’une infection au SARS-CoV-2 au cours des 90 derniers jours. Bien que le CDC ne l'exige plus, l'agence recommande toujours des tests avant le départ.
Les passagers participants sont arrivés à l'un des quatre aéroports américains en deux périodes de 12 semaines pendant et après l'exigence de test avant le départ. Les aéroports étaient situés dans le New Jersey, New York, la Géorgie et la Californie.
Du 20 mars au 3 septembre, 28 056 voyageurs de 24 pays ont été testés pour la COVID-19 par RT-PCR, pour un total de 3 049 prélèvements regroupés. Du 20 mars au 11 juin, 13 190 (79,1%) des 16 668 volontaires du programme de surveillance génomique basée sur les voyageurs du CDC ont dit avoir subi des tests avant le départ, en baisse à 1 786 sur 11 123 (16,1%) du 12 juin au 3 septembre.
Au total, 22,7 % des 3 049 prélèvements regroupés étaient positifs pour le SARS-CoV-2, en hausse de 56%, passant de 17,9% (291 sur 1 622) au début à 28,0% (400 sur 1 427) au cours de la dernière période. L'augmentation a été observée dans les pays, les aéroports, les taux d'incidence, la taille du pool, l'âge et le sexe.
Après ajustement, les prélèvements par écouvillonnage nasal regroupés obtenus pendant l'exigence étaient 52% moins susceptibles d'être positifs pour le SARS-CoV-2 que ceux collectés après la levée de l'exigence (odds ratio ajusté, 0,48).
Les auteurs ont noté qu'en décembre 2022, les résultats de leur étude ont été utilisés en combinaison avec d'autres preuves pour imposer des tests avant le départ pour les voyageurs embarquant sur des vols vers les États-Unis depuis la Chine après la levée des mesures zéro-COVID dans ce pays.
«Ces résultats soutiennent les tests avant le départ en tant qu'outil pour réduire la transmission du SARS-CoV-2 associée aux voyages et fournissent des preuves réelles importantes qui peuvent guider les décisions pour les futures épidémies et pandémies», ont-ils écrit.
