Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes

 

«Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes», source article de Stéphanie Soucheray paru le 10 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Un nouveau dispositif de preuve de concept conçu par des chercheurs de l'Université de Washington à Saint-Louis surveille des prélèvements d'air pour détecter des variants du virus de la COVID-19 en 5 minutes environ, selon une étude publiée dans Nature Communications.

L’étude est basée sur la construction antérieure par une équipe interdisciplinaire d'un biocapteur à micro-immunoélectrode (MIE) qui détecte la bêta-amyloïde comme biomarqueur de la maladie d'Alzheimer. Les chercheurs ont échangé l'anticorps qui reconnaît la bêta-amyloïde contre un nanocorps d'un lama qui reconnaît la protéine de pointe du virus SARS-CoV-2.

Utilisant la technologie des cyclones humides, le biocapteur permet aux échantillons d'air de se mélanger à des vitesses élevées, créant un vortex de surface piégeant les aérosols viraux. Cela permet au biocapteur de détecter les particules virales dans les fluides collectés.

«La récupération élevée du virus par le cyclone humide peut être attribuée à son débit extrêmement élevé, qui lui permet de prélever un plus grand volume d'air sur une collecte d'échantillons de 5 minutes par rapport aux préleveurs d’air disponibles dans le commerce», a dit le co-auteur principal Rajan Chakrabarty dans un communiqué de presse. Chakrabarty dirige le Complex Aerosol Systems Research Laboratory à l'Université de Washington.

Les chercheurs ont testé le biocapteur dans des chambres où deux personnes qui avaient récemment été testées positives pour la COVID-10 et sept échantillons d'air prélevés dans les chambres des patients ont correctement identifié les particules virales dans l'air.

Appareil compact et portatif

L'appareil est compact, mesurant 30,5 cm de large et 25,5 cm de haut, et a un débit de 1 000 litres par minute. Les auteurs de l'étude ont dit que l'appareil pourrait être utilisé par les écoles, les hôpitaux et les lieux publics pour détecter le SRAS-CoV-2, ainsi que d'autres virus aéroportés, notamment le virus respiratoire syncytial et la grippe. Il s'allume lorsqu'un virus est détecté, alertant ses opérateurs pour augmenter le débit d'air dans la pièce. 

«Si vous êtes dans une salle avec 100 personnes, vous ne voulez pas savoir cinq jours plus tard si vous pourriez être malade ou non. L'idée avec cet appareil est que vous pouvez savoir essentiellement en temps réel, soit toutes les 5 minutes, s'il y a un virus vivant», a déclaré le co-auteur principal John Cirrito.

Des chercheurs créent un test pour détecter le SARS-CoV-2 dans n'importe quelle espèce animale

«Des chercheurs créent un test pour détecter le SARS-CoV-2 dans n'importe quelle espèce animale», source article de Mary Van Beusekom paru le 6 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une équipe dirigée par des chercheurs de l'Université de l'Illinois a mis au point un test qui, selon eux, peut détecter le SRAS-CoV-2 chez n'importe quelle espèce d'animal sauvage ou domestique.

Leur étude, publiée dans mSphere, détaille le développement et la validation de leur test immunoenzymatique (bELISA) basé sur des anticorps monoclonaux (mAb), qui, selon les auteurs de l'étude, est un outil utile pour identifier de nouveaux réservoirs animaux potentiels afin de prévenir de futurs épidémies de coronavirus.

Le test cible la protéine N du virus

La plupart des tests d'anticorps sont conçus pour les humains et reposent sur des réactifs chimiques spéciaux spécifiques à l'espèce, dont la plupart ne sont pas disponibles dans le commerce, ce qui entrave la recherche pan-espèce. Mais celui-ci détecte les anticorps dirigés contre la protéine N du virus, ce qui est constant d'une espèce à l'autre, ce qui en fait une meilleure cible que les protéines virales liées à la membrane habituellement utilisées dans ces tests.

«La protéine N est plus abondante et plus conservée que les protéines utilisées dans la plupart des tests», a dit l'auteure principale Ying Fang, dans un communiqué de presse de l'Université de l'Illinois à Urbana-Champaign.

En plus des humains, le SRAS-CoV-2 est connu pour infecter les chats, les chiens, les cerfs, les visons, les lions, les léopards des neiges et les tigres. «Ces découvertes suscitent de grandes inquiétudes quant au potentiel de transmission d'homme à animal et d'animal à homme, ainsi qu'à l'apparition de mutations virales en tant que propagation du virus entre les espèces», ont écrit les auteurs.

Outil de surveillance utile

Les chercheurs ont créé le test en enduisant une plaque ELISA de la protéine N du virus de type sauvage et en ajoutant un échantillon de sérum regroupé de 24 chats infectés expérimentalement par les variants Alpha, Delta ou Omicron du SRAS-CoV-2. S'il est infecté par le SRAS-CoV-2, le sérum de l'animal contiendra des anticorps anti-protéine N, qui se lieront à la plaque.

L'équipe lave ensuite la plaque et ajoute un mAb secondaire marqué à la biotine (vitamine B) qui cible la protéine N. Si l'animal est infecté, ses anticorps empêcheront les anticorps secondaires de se lier à la protéine N. S'ils ne sont pas infectés, les mAb se fixent à la plaque enduite et génèrent un signal de couleur lorsque certains produits chimiques sont ajoutés à la plaque.

Les chercheurs ont validé l'outil à l'aide d'échantillons de sérum d'animaux dont le statut infectieux était connu, obtenant une sensibilité diagnostique de 97,8% et une spécificité diagnostique de 98,9%.

La sensibilité est la probabilité qu'un test identifie correctement tous les cas positifs ; plus la sensibilité est élevée, plus la probabilité de résultats faussement négatifs est faible. La spécificité, d'autre part, est la capacité d'identifier ceux qui n'ont pas de condition ; plus la spécificité est élevée, plus le risque de résultats faussement positifs est faible. L'aire sous la courbe du test, qui représente la précision, était de 0,998, démontrant une grande précision.

Les auteurs de l'étude ont déclaré que le test présente une répétabilité élevée, déterminée par un faible coefficient de variation, ou rapport de l'écart type à la moyenne, entre les séries (7,2%), au sein des séries (4,9%) et dans la plaque (3,2%). Le test a pu détecter les anticorps du SRAS-CoV-2 chez les chats infectés expérimentalement dès 7 jours après l'infection et chez deux des trois chiens présentant des symptômes de type COVID traités dans une clinique vétérinaire.

«Le panel de mAbs générés dans cette étude fournit des réactifs précieux pour le diagnostic des maladies et les études de pathogenèse virale», ont écrit les chercheurs. «Le bELISA basé sur les mAbs pourrait être un outil utile pour la surveillance sur le terrain afin de déterminer la prévalence de la COVID-19 dans les populations animales et d'identifier de nouveaux réservoirs animaux potentiels.»

Une agence de renseignement américaine publie des évaluations déclassifiées des fuites du laboratoire de Wuhan sur le SARS-CoV-2

«Une agence de renseignement américaine publie des évaluations déclassifiées des fuites du laboratoire de Wuhan sur le SARS-CoV-2», source article de Lisa Schnirring paru le 26 juin 2023 dans CIDRAP News.

Le directeur de l’US Office of the Director of National Intelligence (ODNI) a publié le 23 juin un rapport déclassifié sur ce que les agences de renseignement américaines savent des liens potentiels entre l'Institut de virologie de Wuhan (WIV) et l'origine du virus SARS-CoV-2.

Début mars, les deux chambres du Congrès ont adopté une loi visant à déclassifier ce que les agences américaines ont découvert, à la suite de rapports selon lesquels deux d'entre elles, le Federal Bureau of Investigation (FBI) et le Department of Energy (DOE), ont découvert avec une faible confiance qu'une fuite de laboratoire était la cause. L’origine la plus probable. D'autres agences, également avec une faible confiance, ont déclaré qu'un saut des animaux aux humains était la source la plus probable.

Le président Biden a signé la loi le 20 mars, qui ordonnait à l'ODNI de déclassifier les informations dans un délai de 90 jours.

Selon Associated Press, quatre agences penchent toujours vers la source d'origine naturelle, tandis que le FBI et le DOE penchent toujours vers une fuite de laboratoire. Deux autres, dont la Central Intelligence Agency, n'ont pas fait d'évaluations.

Concernant les rapports de maladies parmi le personnel du WIV avant l'épidémie de pneumonie inexpliquée à Wuhan, le rapport de l'ODNI indique que plusieurs personnes sont tombées légèrement malades à l'automne 2019, avec une gamme de symptômes, notamment des rhumes et des allergies, avec des symptômes qui ne sont généralement pas associés à la COVID-19.

Certains avaient des maladies confirmées qui n'étaient pas liées au COVID. Aucune hospitalisation n'a été signalée pour des conditions similaires au COVID, bien qu'un employé de laboratoire ait pu être traité pour une affection non respiratoire.

NB : Photo NIAID / Flickr cc.

Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission de la COVID-19

«Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission de la COVID-19», source ASM News du 31 mai 2023.

Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission du SRAS-CoV-2, et leur environnement contaminé (leur panier, dans cette étude) peut être infectieux, selon de nouvelles études. L'étude a été publiée dans Microbiology Spectrum, une revue de l'American Society for Microbiology. 

En pratique, après l'introduction du SRAS-CoV-2 dans notre foyer, nous devons considérer notre chat comme faisant partie de la famille en ce qui concerne la transmission du virus», a déclaré le co-auteur de l'étude, Wim van der Poel, professeur en virus émergents et zoonotiques, Wageningen University and Research, Pays-Bas. 

Van der Poel et ses collègues ont mené l'étude pour mieux comprendre le risque d'infection à la COVID-19 qui pourrait provenir de chats infectés par le SRAS-CoV-2. Dans l'étude, 16 chats ont été soit directement exposés au virus SARS-CoV-2 obtenu à partir d'un patient humain naturellement infecté, exposés indirectement à partir d’un chat directement exposé ou exposés à partir du panier dans lequel le chat infecté était hébergé. Tous les chats ont été régulièrement prélévés pendant toute la durée de l'étude. Des prélèvements nasaux, oropharyngés, de sang et environnementaux ont été analysés pour la présence de SRAS-CoV-2. Des prélèvements de sang ont également été testés pour le développement d'anticorps vis-à-vis du SARS-CoV-2. Les chats ont été prélevés pendant 3 semaines, en commençant le jour de l'exposition directe au virus. Des prélèvements nasaux et des prélèvements oropharyngés ont été prélevés 3 fois au cours de cette période. Des prélèvements oraux et rectaux ont été prélevés 15 fois au cours de cette période. 

Les chercheurs ont découvert que les chats sont sensibles au SRAS-CoV-2 et que les chats infectés peuvent transmettre le virus à d'autres chats et dans leur environnement. Ils ont découvert que l'environnement contaminé peut être infectieux, mais que cette infectiosité décroît rapidement. 

«La transmission du SRAS-CoV-2 entre les chats est efficace et peut être maintenue», a dit van der Poel. «Les infections des chats par exposition à un environnement contaminé par le SRAS-CoV-2 ne peuvent être ignorées si les chats sont exposés peu de temps après la contamination.»

La durée moyenne de contagiosité était d'un peu plus d'1/3 de jour. La durée de l'infectiosité a été calculée à partir des périodes pendant lesquelles le virus a été détecté dans les excréments (liquide oral et nasal ou matières fécales). 

«Nous n'avons pas exposé les humains aux chats infectieux. Nos manipulateurs d’animaux ont toujours été entièrement protégés», a déit van der Poel. «Nous devons supposer que les propriétaires de chats peuvent être infectés par des chats infectés par le SRAS-CoV-2 puisque ces chats excrètent un virus infectieux.»

Les chercheurs ont dit qu'ils continueraient à étudier la sensibilité au SRAS-CoV-2 chez différentes espèces animales et se concentreraient sur les risques de transmission du virus.

Mise à jour du 11 juin 2023

L'Anses parle d'anticipation mais c'est déjà une réalité ...

Caractérisation des matériaux d'emballage contaminés par deux variants du SARS-CoV-2 Omicron

«Caractérisation des matériaux d'emballage contaminés par deux variants du SARS-CoV-2 Omicron», source ASM News du 24 avril 2023.

Faits saillants
- Le SRAS-CoV-2 peut se propager à travers des conteneurs d'expédition contaminés.
- La durée de persistance des variants Omicron sur les matériaux d'expédition peut être influencée par la température, l'humidité et le matériau.
- Des chercheurs ont mesuré la viabilité des variants BA.1 et BA.5 Omicron sur 4 matériaux d'expédition.
- Le virus était le plus stable et le plus susceptible de se propager à la température la plus basse.

Le virus qui cause la COVID-19 se propage par des gouttelettes et de petites particules, mais les surfaces contaminées des matériaux d'expédition peuvent également contribuer aux épidémies. La persistance dans l'environnement a été étudiée en profondeur au début, mais moins de recherches se sont concentrées sur la durée pendant laquelle les nouveaux variants hautement transmissibles restent viables sur les surfaces.

Cette semaine dans Microbiology Spectrum, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, une équipe de chercheurs de Chine a rapporté ses résultats sur la façon dont les facteurs environnementaux affectent la persistance de deux variants différents d'Omicron et hautement transmissibles sur les matériaux d'expédition. Ils ont constaté que la viabilité dépend du type de surface, de la température et de la concentration virale d'origine.

L'étude pourrait fournir des orientations sur les pratiques de sécurité dans l'industrie du transport maritime. «Nos résultats fournissent des informations initiales pour déterminer la probabilité que des objets servent de sources de transmission», a dit le responsable de l'étude Bei Wang de l'Institut de biologie des pathogènes de l'Académie chinoise des sciences médicales, à Pékin. «Par exemple, les virus peuvent survivre pendant de longues périodes à des températures plus basses, ce qui rend essentiel de renforcer les procédures de protection individuelle et de désinfection pour contrôler la transmission virale pendant le transport.»

Pendant la pandémie, alors que des informations émergeaient sur les voies de transmission et les sources d'épidémies, les chercheurs ont commencé à rechercher si les matériaux utilisés dans le transport pouvaient présenter un risque. «Il était nécessaire de confirmer la stabilité des virus sur ces surfaces pour améliorer un processus sûr de livraison», a dit Wang.

Des inquiétudes et de nouvelles questions ont surgi lorsque le virus a muté et que des variants infectieux sont apparus. Beaucoup, comme Omicron, sont hautement transmissibles, en partie parce qu'ils peuvent échapper à la réponse immunitaire d'une personne. Les sous-variants d'Omicron peuvent même infecter des personnes qui ont déjà été infectées par d'autres variants. Des études antérieures sur les variants du SRAS-CoV-2 ont également montré que tous les variants ne restent pas viables pendant la même durée sur les matériaux d'expédition, suggérant un lien entre les mutations génétiques et la stabilité virale. «Nous voulions envisager d'explorer les mécanismes de la stabilité des mutations sous différents facteurs environnementaux.»

Dans le nouveau travail, les chercheurs ont testé des échantillons stérilisés de 4 matériaux différents pour mesurer combien de temps les variants Omicron BA.1 et BA.5 survivraient à différentes températures. Les matériaux comprenaient des cartons en papier, un film d'emballage en polyéthylène, du fer et du tissu non tissé, qui est utilisé dans l'expédition pour les sachets respirables, les coussinets isolants pour les plateaux d'emballage de viande, les doublures de fruits et d’autres conteneurs. Pendant 7 jours, 180 échantillons de chaque matériau, traités avec des titres viraux pour les 2 sous-variants, ont été conservés à 4°C, 25°C ou 37°C .

À la fin de la semaine, les chercheurs ont découvert que la température avait le plus d'impact sur la survie, et que le virus était le plus stable, et donc le plus susceptible de persister sur le matériau d'emballage, à la température la plus basse. À la température la plus élevée, seuls 4 échantillons de BA.1 et 5 de BA.5 étaient encore positifs. En général, le sous-variant BA.5 a persisté sur plus d'échantillons et de températures que la sous-variant BA.1, ce qui suggère que BA.5 pourrait être plus stable sur le plan environnemental. Ils ont également constaté que la persistance variait selon le matériau. Sur le papier du carton, par exemple, aucun des sous-variants n'a survécu plus d'un jour à n'importe quelle température. Les tissus non tissés inoculés avec BA.5 étaient les plus susceptibles d'être positifs à toutes les températures.

L'étude décrit des protocoles pour expédier des marchandises en toute sécurité sans déclencher une épidémie. «Le temps de survie n'est pas aussi long que prévu à température ambiante, il est donc généralement sûr de transporter des matériaux à température ambiante», a dit Wang. À l'avenir, il a déclaré que son groupe espère publier des protocoles similaires. «Nous prévoyons d'étendre cette méthodologie pour inclure des matériaux organiques supplémentaires et une gamme de températures.»

Des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 après la publication d'une nouvelle étude dans Nature

«Avec une nouvelle étude publiée dans Nature, des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 », source article de Mary Van Beusekom paru le 5 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs chinois qui ont isolé trois virus SARS-CoV-2 vivants et de l'ADN viral à partir d'échantillons environnementaux au marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, Chine, disent que les résultats ne montrent pas définitivement que la pandémie s'est propagée aux humains à partir d'animaux, selon une étude publié dans Nature.

L'étude est initialement apparue sur un serveur de prépublication en février 2022. Cependant, avant la publication dans Nature, des séquences précédemment non divulguées sont récemment apparues dans la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID pour Global Initiative in Sharing Avian Influenza Data), qui a attiré l'attention de chercheurs internationaux qui ont signalé leur conclusions à l'Organisation mondiale de la santé.

Sur le serveur de préimpression Zenodo, le groupe a publié sa propre analyse des séquences, qui, selon lui, soutiennent, mais ne prouvent pas définitivement, que le virus est probablement passé des animaux (par exemple, le chien viverrin) aux personnes du marché.

Tout en reconnaissant que les données n'étaient pas définitives, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus a ensuite appelé la Chine à partager immédiatement toutes ces informations avec la communauté scientifique internationale. «Ces données auraient pu - et auraient dû - être partagées il y a 3 ans», a-t-il déclaré.

Le marché peut avoir amplifié l'épidémie établie

Dans l'étude de Nature, les chercheurs ont analysé 923 échantillons environnementaux obtenus dans et autour du marché fermé à partir du 1er janvier 2020, et 457 échantillons prélevés sur 18 espèces animales (dans des réfrigérateurs et des congélateurs, écouvillons d'animaux errants et leurs excréments, et le contenu d'un aquarium) à partir du 18 janvier 2020. Le marché a été fermé après avoir été lié à des clusters de cas humains de COVID-19.

La RT-PCR a révélé des preuves de SARS-CoV-2, dont trois virus vivants, dans 73 échantillons environnementaux (7,9%) qui correspondaient au virus de type sauvage isolé chez l'homme avec une précision supérieure à 99,99%.

La plupart des 64 échantillons positifs (87,5%) ont été prélevés dans la zone ouest du marché, dont une partie était soupçonnée d'impliquer des ventes d'animaux sauvages, et dans les égouts et les collecteurs d’eaux usées.

Des preuves du variant SARS-CoV-2 Alpha ont également été retrouvées dans un échantillon environnemental. Le séquençage de l'ARN des échantillons environnementaux positifs et négatifs a montré la présence «d'une abondance» d'animaux différents. Aucune preuve du virus n'a été détectée dans les échantillons d'animaux.

Les chercheurs ont dit que si les preuves génétiques suggèrent que des chauves-souris, des chiens viverrins et des furets, des espèces hôtes potentielles du SRAS-CoV-2, étaient présents sur le marché, les preuves ont été collectées principalement dans des échantillons environnementaux négatifs.

«L'origine du virus ne peut pas être déterminée à partir de toutes les analyses disponibles jusqu'à présent», ont-ils écrit. «Il reste possible que le marché ait [agi] comme un amplificateur de transmission en raison du nombre élevé de visiteurs chaque jour, provoquant de nombreux clusters d'infection initialement identifiés aux premiers stades de l'épidémie.»

Une scientifique qualifie l'étude de «profondément erronée»

Sur Twitter, Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan au Canada et co-auteur de l'analyse parue sur Zenodo, a qualifié l'étude de Nature de «profondément défectueuse», indiquant que les auteurs avaient utilisé une base de données de référence pour le séquençage qui excluait le génome du chien viverrin. «Et pourtant, malgré le fait qu'ils reconnaissent que cela pourrait être résolu en utilisant une base de données de référence différente (une solution facile), ils ont choisi de ne pas le faire», a-t-elle écrit.

Mais, ont dit les chercheurs dans Nature, «même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas qu'une transmission interhumaine se soit produite, étant donné que le moment de l'échantillonnage était postérieur à l'infection humaine sur le marché, comme indiqué rétrospectivement. Ainsi, la possibilité l'introduction potentielle du virus sur le marché par l'intermédiaire d'humains infectés ou de produits de la chaîne du froid ne peut pas encore être exclue.»

«Même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas la possibilité d'une transmission d'homme à animal.»

Ils ont appelé à une recherche coordonnée au niveau international pour enquêter sur l'origine potentielle du SRAS-CoV-2. «La surveillance des animaux sauvages devrait être renforcée pour explorer les hôtes naturels et intermédiaires potentiels du SRAS-CoV-2, le cas échéant, ce qui aiderait à prévenir de futures pandémies causées par des virus d'origine animale», ont-ils conclu.

Le ‘mystère' sur les origines du SARS-CoV-2 se dissipe peu à peu

Après, Le rapport de l'OMS sur les origines du COVID met en évidence des indices sur un saut animal-humain et Une nouvelle mise à jour sur les origines de la ,COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques, voici que «L'OMS détaille les discussions sur les séquences du SRAS-CoV-2 du marché de Wuhan récemment révélées», source article de Lisa Schnirring paru le 20 mars 2023 dans CIDRAP News.

Au cours du week-end, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a détaillé les conversations avec des chercheurs chinois, son groupe consultatif et des chercheurs internationaux qui ont trouvé des séquences de SRAS-CoV-2 jusqu'alors inconnues à l'épicentre de l'épidémie sur le marché des animaux sur la base de données GISAID.

Le nouveau développement intervient dans le contexte d'un examen minutieux de la Chine, des impacts mondiaux potentiels de son commerce d'espèces sauvages et de la possibilité que le virus provienne d'un laboratoire de la même ville où l'épidémie a commencé.

Des scientifiques de Chine et d'ailleurs interviennent

L'OMS a dit avoir appris les séquences pour la première fois le 12 mars, ce qui a suscité des discussions immédiates avec le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine) et deux hauts dirigeants de son groupe stratégique pour les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Strategic Group for the Origins of Novel Pathogens), que l'OMS a créé à l'automne 2022 pour examiner la source des agents pathogènes émergents et réémergents qui ont un potentiel pandémique.

Les séquences d'échantillons prélevés sur le marché de gros de produits de la mer de Huanan à Wuhan, Chine, au début de l'épidémie sont récemment apparues sur GISAID et ont été téléchargées par des chercheurs de plusieurs pays avant que l'accès ne soit restreint, a di l'OMS dans un communiqué.

Des responsables chinois ont dit à l'OMS que les séquences génomiques faisaient partie d'une préimpression de 2022 qui a été soumise pour publication à Nature.

Plus tard le 12 mars, l'OMS a organisé un appel entre le CDC de Chine et certains des chercheurs internationaux qui ont accédé aux données pour discuter de l'importance des résultats. Le 14 mars, l'OMS a réuni l'ensemble du groupe SAGO et a invité des chercheurs chinois à fournir une analyse mise à jour de leurs données originales. L'OMS a également invité les chercheurs internationaux à préciser leur analyse des séquences postées temporairement.

Niveaux élevés d'ADN de chien viverrin

Les nouvelles données provenaient d'échantillons environnementaux provenant d'étals et d'eaux usées du marché collectés dès janvier 2020. Outre le SRAS-CoV-2, certains échantillons contenaient de l'ADN humain ainsi que de l'ADN mitochondrial de plusieurs espèces animales, dont certaines connues pour être sensibles au virus.

L'étude pré-imprimée indique que les chiens viverrins n'ont pas été testés, mais les nouvelles données - montrant des niveaux élevés d'ADN mitochondrial de chien viverrin, ce qui suggère que les chiens viverrins et d'autres animaux pourraient avoir été sur le marché avant qu'il ne soit nettoyé dans le cadre de la riposte à l'épidémie. Des preuves photographiques antérieures ont montré que des chiens viverrins et d'autres animaux étaient vendus dans les étals spécifiques par le passé.

«Bien que cela ne fournisse pas de preuves concluantes quant à l'hôte intermédiaire ou aux origines du virus, les données fournissent des preuves supplémentaires de la présence d'animaux sensibles sur le marché qui pourraient avoir été une source d'infections humaines», a dit l'OMS.

L'OMS a exhorté les scientifiques chinois et les chercheurs internationaux à partager toutes les données liées à l'origine du SRAS-CoV-2. Le groupe a également réitéré son appel à la Chine pour qu'elle enquête sur la provenance des animaux et des produits d'origine animale sur le marché avant sa fermeture. Il a également exhorté la Chine à partager toutes les données de séquençage sur GISAID et à partager son manuscrit en cours d'examen dès que possible.

NB : La photo représente un chien viverrin.

Mise à jour du 22 mars 2023
Un article scientifique a décrit les séquences du SRAS-CoV-2 retrouvé au marché de Huanan de Wuhan. Le président Biden signe un projet de loi sur la déclassification d'informations du renseignement glanées auprès des agences américaines sans nuire à la sécurité nationale. Source CIDRAP News.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués

«L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués», source article de Lisa Schnirring du 17 mars 2023 paru dans CIDRAP News. Le blog vous propose que la première partie de cet article consacrée à l’origine du SARS-CoV-2.

Suite à une apparition éphémère de séquences du SARS-CoV-2 provenant d'écouvillons environnementaux du marché de Wuhan qui était l'épicentre précoce de l'épidémie, le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a réitéré son appel à la Chine pour qu'elle partage les informations sur le virus avec l'OMS et la communauté scientifique.

Dans d'autres développements liés à la COVID-19, des mises à jour du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis montrent que le sous-variant Omicron XBB.1.5 représente désormais environ 90,2% des cas et que les cas, les hospitalisations et les décès continuent de baisser.

Des séquences ajoutent plus de preuves à l’origine animale

Hier soir, des articles de The Atlantic et de Science ont révélé qu’une scientifique française, Flo Debarre, est tombée sur de nouvelles données de séquence sur la base de données de partage du virus GISAID publiée par une équipe de recherche chinoise dirigée par George Gao, qui était l'ancien directeur du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine).

En février 2022, l'équipe de Gao, dans une étude avant impression, a dit que des échantillons environnementaux positifs pour le SARS-CoV-2 contenaient également de l'ADN humain, laissant entendre que les humains pourraient avoir introduit le virus sur le marché.

Des scientifiques ont téléchargé et rapidement analysé les séquences nouvellement mises en ligne, qui ont depuis été supprimées par le groupe chinois. Les premiers résultats suggèrent que certains des échantillons de SARS-CoV-2 du marché contiennent de l'ADN ou de l'ARN de chiens viverrins, de civettes et d'autres mammifères, ce qui ajoute davantage de preuves d'un débordement zoonotique comme origine de l'épidémie. Le 7 mars, les scientifiques qui se sont penchés sur les séquences nouvellement publiées ont présenté leurs premiers résultats au Groupe consultatif scientifique de l'OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens).

Le mystère entourant l’origine du virus, au centre d'un débat intense, a également conduit à la spéculation selon laquelle le virus pourrait provenir d'une fuite de laboratoire, qui a récemment été adoptée, mais avec une faible confiance, par des responsables du renseignement de deux agences gouvernementales américaines, et le directeur génral de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a appelé tous les pays à partager ce qu'ils savent.

Lors d'un briefing de l'OMS le 17 mars, Tedros a déclaré que l'OMS avait été informée du séquençage nouvellement publié le 5 mars, ce qui a incité le groupe à demander au CDC chinois de partager les données avec l'OMS et la communauté scientifique internationale.

«Ces données ne fournissent pas de réponse définitive à la question de savoir comment la pandémie a commencé, mais chaque élément de données est important pour nous rapprocher de cette réponse», a déclaré Tedros.

Il a ajouté que toutes les données liées aux origines du SARS-CoV-2 doivent être immédiatement partagées avec la communauté internationale. «Ces données auraient pu et auraient dû être partagées il y a 3 ans.»

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2. Quid à Paris, un an avant les JO ?

Sur les nuisibles à Paris, vous lirez dans Paris Match, «Chronique «L'air du temps» - Surmulots ? Rat le bol».

On lira aussi dans boulevard Voltaire, «La mairie de Paris observe : le surmulot, sa vie, son œuvre…».

Bref, ce sont des galéjades comme l’on dit à Marseille, plus sérieusement voici que l’American Society for Microbiology propose l’article suivant, «Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2».

Il me semble qu’il faudrait un peu plus s’en occuper à un an des JO, et compte tenu de l’avis de l’Académie nationale de Médecine, Urgence sanitaire : pourquoi le gouvernement doit impérativement mettre en œuvre un plan anti-rats à Paris.

Un article récemment paru dans le Journal of Virology, «A critical analysis of the evidence for the SARS-CoV-2 origin hypotheses», indique les deux origines potentielles du SARS-CoV-2, «une origine naturelle par zoonose suivie d'une propagation interhumaine soutenue ou l'introduction d'un virus naturel chez l'homme à partir d'une source de laboratoire.»

Si le SARS-CoV-2 a une origine naturelle via une zoonose (pangolin, chauve-souris, etc.), quid du rat chez nous, en Occident à Paris ?

Une nouvelle étude a démontré que les rats sont sensibles à l'infection par les variantes Alpha, Delta et Omicron du SARS-CoV-2 et que les rats sauvages dans les réseaux d'égouts municipaux de New York et ailleurs dans la ville ont été exposés au SARS-CoV-2. L'étude a été publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour une éventuelle transmission zoonotique secondaire à l'homme», a dit le chercheur principal de l'étude, Henry Wan, professeur et directeur du Center for Influenza and Emerging Infectious Diseases à l'Université du Missouri. «Globalement, notre travail dans cet espace montre que les animaux peuvent jouer un rôle dans les pandémies qui affectent les humains, et il est important que nous continuions à améliorer notre compréhension afin que nous puissions protéger la santé humaine et animale.»

Les rats sont largement distribués dans les communautés urbaines aux États-Unis. Par exemple, la seule ville de New York compte environ huit millions de rats sauvages. Ces rats sauvages ont de nombreuses occasions d'interagir avec les humains. Deux études précédentes ont suggéré que des rats en Asie (Hong Kong) et en Europe (Belgique) ont été exposés au SARS-CoV-2 ; cependant, on ne sait pas à quelle variante du SARS-CoV-2 ces rats ont été exposés dans les deux études.

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont entrepris de déterminer si le virus SARS-CoV-2 chez l'homme a été transmis à la population de rats dans les zones urbaines des États-Unis, en particulier à New York, et si oui, quel SARS-CoV- 2 variante a causé ces infections. Les chercheurs ont également entrepris de déterminer si (et lesquelles) les variantes du SARS-CoV-2 à New York peuvent provoquer des infections chez les rats.

«À l'automne 2021, l’Animal and Plant Health Inspection (APHIS) du ministère américain de l'Agriculture (USDA) a prélevé des rats bruns (Rattus norvegicus) à New York pour rechercher des preuves d'infection par le SARS-CoV-2», a dit le co-auteur de l'étude, Tom. DeLiberto, coordinateur du SARS-CoV-2 chez USDA APHIS Wildlife Services. «Deux efforts de piégeage ont été menés en septembre et novembre avec l'autorisation du Département des parcs et des loisirs de la ville de New York dans et autour des emplacements entourant les systèmes d'assainissement. La plupart des rats ont été piégés dans les parcs de la ville de Brooklyn, bien que certains aient été capturés près de bâtiments en dehors des limites du parc. 

Les biologistes ont collecté et traité des échantillons de 79 rats pour des études virologiques et un séquençage génomique. Les chercheurs ont découvert que les rats avaient été exposés au SARS-CoV-2 et ont montré un lien possible avec les virus qui circulaient chez l'homme au cours des premiers stades de la pandémie de la COVID-19. Plus précisément, 13 des 79 rats (16,5%) ont été testés positifs. «À notre connaissance, il s'agit de l'une des premières études à montrer que les variants du SARS-CoV-2 peuvent provoquer des infections chez les populations de rats sauvages dans une grande zone urbaine des États-Unis», a dit le Dr Wan.

Pour étudier plus avant la sensibilité des rats aux variantes du SARS-CoV-2, les chercheurs ont mené une étude de provocation virale et ont montré que les variantes Alpha, Delta et Omicron (variants retrouvés chez l'homme) peuvent provoquer des infections chez les rats (rats Sprague Dawley de type sauvage), y compris des niveaux élevés de réplication dans les voies respiratoires supérieures et inférieures et l’induction de réponses immunitaires innées et adaptatives. La sensibilité à l'infection variait selon le type de variant.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour déterminer si le virus circule chez les animaux et évolue vers de nouvelles souches qui pourraient présenter un risque pour l'homme», a dit le Dr Wan. «Le virus SARS-CoV-2 présente un défi typique d'une seule santé qui nécessite des approches collaboratives, multisectorielles et transdisciplinaires pour bien comprendre ces défis.»

On lira aussi «Risque possible dans une grande ville : rats d'égout infectés par le SARS-CoV-2» source article de Mary Van Beusekom le 10 mars 2023 dans CIDRAP News.

Sur 79 rats, 4 (5%) ont été testés positifs pour le COVID-19 et 13 (16,5%) ont été testés positifs pour les anticorps anti-immunoglobuline G ou immunoglobuline M contre le SARS-CoV-2 de type sauvage.

«Les résultats de cette étude sont préoccupants en raison du risque potentiel de transmission virale de l'homme aux rongeurs, y compris les rats sauvages, puis de retour à l'homme. Les rats peuvent également agir comme un réservoir d'infection, entraînant potentiellement l'émergence de nouveaux variants auxquels les humains n'ont pas été exposés et sont donc vulnérables, ont djt les chercheurs.»

Comme le rapporte l’Anses, «La santé des animaux, c’est aussi la nôtre» et si l’on intéressait aux rats d’égoût et au SARS-CoV-2, puisqu’apparemment, «On ne peut pas traiter les questions de santé humaine sans se préoccuper de la santé animale et inversement.», selon le Directeur général délégué Recherche et Référence de l'Anses, M. Salvat.

Chiche ! A suivre ...

Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques

Connaîtra-t-on un jour les origines de la COVID 19 ? Probablement pas si l’on en juge ce qui suit ...

«Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves», source ASMNews du 1er mars 2023.

Le Département de l'énergie (DOE pour Department of Energy) a publié un nouveau rapport classifié sur les origines de la COVID-19, déterminant avec une «faible confiance» que la pandémie de la COVID résultait très probablement d'une fuite de laboratoire. Quatre autres agences fédérales et un panel national de renseignement soutiennent toujours que la pandémie était probablement le résultat d'un débordement naturel d'un hôte zoonotique, et deux agences sont indécises, tandis que l'enquête du FBI s'aligne sur le rapport du DOE.

L'American Society for Microbiology soutient une enquête scientifique, ouverte et complète sur les origines de la pandémie. Nous sommes encouragés par le fait que le gouvernement et les agences de renseignement poursuivent leur diligence raisonnable dans l'enquête. Les agences peuvent parvenir à des conclusions différentes, ce qui est cohérent avec le processus d'enquête scientifique, et leurs déterminations peuvent changer à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles. L'identification de l'origine de la pandémie de la COVID-19 est un élément important de notre travail pour améliorer les stratégies de préparation et de protection contre les futures pandémies et épidémies. Il est essentiel que ce travail d'investigation suive la science et implique les experts scientifiques appropriés.

Les conclusions que nous tirons sur les origines de la COVID-19 éclaireront l'avenir de la recherche sur les agents pathogènes à hautes conséquences dans le monde et la préparation à une pandémie ici aux États-Unis, il est donc crucial que nous menions une enquête gratuite, ouverte et complète et que nous ne tirions pas conclusions prématurées. Parce que les agents pathogènes ne connaissent pas de frontières, nous appelons également à une collaboration internationale, dans la mesure du possible, dans la recherche de preuves et de réponses.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

81% des prélèvements des toilettes des avions à destination des États-Unis contenaient de l'ARN du variant Omicron

«81% des prélèvements des toilettes des avions à destination des États-Unis contenaient de l'ARN de Omicron», source article de Mary Van Beusekom du 28 février 2023 paru dans CIDRAP News.

Deux nouvelles études dans Morbidity and Mortality Weekly Report mettent en évidence de nouvelles découvertes sur les voyages en avion au milieu de la COVID-19, l'une montrant que 81% des prélèvements d'eaux usées des toilettes d'avion avaient du matériel génétique du variant Omicron du SARS-CoV-2 à l'automne 2022, et l'autre suggérant que les tests avant le départ des voyageurs internationaux étaient liés à un taux de positivité inférieur de 52% à l'arrivée aux États-Unis.

La surveillance des eaux usées comme alerte précoce

Une équipe dirigée par des chercheurs des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis a évalué les prélèvements d'eaux usées prélevés dans les toilettes des avions sur les vols internationaux entrants à l'aéroport international John F. Kennedy de New York du 1er août au 9 septembre 2022.

La société de biotechnologie Gingko Bioworks a collecté environ un litre d'eaux usées de chacun des 88 vols entrants en provenance du Royaume-Uni, des Pays-Bas et de France, dont 80 ont été testés pour le SARS-CoV-2 à l'aide d'une RT-PCR.

Soixante-cinq prélèvements (81%) étaient positifs, avec la même proportion parmi les trois pays d'origine. Les chercheurs ont séquencé 27 génomes du SARS-CoV-2 à partir de 25 prélèvements et identifié diverses sous-souches d'Omicron (Royaume-Uni, 12 BA.5 et 1 BA.4.6 ; France, 8 BA.5 ; et Pays-Bas, 5 BA.5 et 1 BA.2.75 ).

Les sous-variants identifiés étaient cohérents avec les séquences en Europe occidentale téléchargés dans la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) au cours de cette période, qui étaient d'environ 90% de BA.5.

«Cette enquête a démontré la faisabilité de la surveillance des eaux usées des avions en tant qu'approche à faibles ressources par rapport aux tests individuels pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 sans implication directe des voyageurs, ni perturbation des opérations aéroportuaires», ont écrit les auteurs.

Les chercheurs ont reconnu plusieurs limites, notamment la dépendance à l'utilisation des toilettes pendant le vol, l'incapacité de différencier les voyageurs des vols de correspondance et le portage potentiel de l'ARN du SARS-CoV-2 entre les vols sans rapport avec les voyageurs. «Des seuils de couverture génomique stricts pourraient réduire la probabilité d'identification de porteurs de variants lors de vols ultérieurs», ont écrit les chercheurs.

La surveillance des eaux usées peut être utilisée non seulement pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 entrant aux États-Unis, mais également de manière ponctuelle pour identifier la source des épidémies, ont déclaré les auteurs. «En combinaison avec la surveillance basée sur les voyageurs, la surveillance des eaux usées des avions peut fournir un système d'alerte précoce complémentaire pour la détection des variantes du SARS-CoV-2 et d'autres agents pathogènes préoccupants pour la santé publique.»

Le CDC recommande toujours un test avant un vol

Une autre étude du même groupe a consisté à évaluer la valeur des tests COVID-19 avant le départ des voyageurs aériens internationaux à destination des États-Unis du 20 mars au 3 septembre 2022.

Les auteurs ont noté que, du 6 décembre 2021 au 11 juin 2022, les États-Unis ont exigé des passagers de tous les vols internationaux entrants qu'ils fournissent soit un résultat négatif d'un test COVID-19 dans la journée suivant le départ, soit une preuve d’une infection au SARS-CoV-2 au cours des 90 derniers jours. Bien que le CDC ne l'exige plus, l'agence recommande toujours des tests avant le départ.

Les passagers participants sont arrivés à l'un des quatre aéroports américains en deux périodes de 12 semaines pendant et après l'exigence de test avant le départ. Les aéroports étaient situés dans le New Jersey, New York, la Géorgie et la Californie.

Du 20 mars au 3 septembre, 28 056 voyageurs de 24 pays ont été testés pour la COVID-19 par RT-PCR, pour un total de 3 049 prélèvements regroupés. Du 20 mars au 11 juin, 13 190 (79,1%) des 16 668 volontaires du programme de surveillance génomique basée sur les voyageurs du CDC ont dit avoir subi des tests avant le départ, en baisse à 1 786 sur 11 123 (16,1%) du 12 juin au 3 septembre.

Au total, 22,7 % des 3 049 prélèvements regroupés étaient positifs pour le SARS-CoV-2, en hausse de 56%, passant de 17,9% (291 sur 1 622) au début à 28,0% (400 sur 1 427) au cours de la dernière période. L'augmentation a été observée dans les pays, les aéroports, les taux d'incidence, la taille du pool, l'âge et le sexe.

Après ajustement, les prélèvements par écouvillonnage nasal regroupés obtenus pendant l'exigence étaient 52% moins susceptibles d'être positifs pour le SARS-CoV-2 que ceux collectés après la levée de l'exigence (odds ratio ajusté, 0,48).

Les auteurs ont noté qu'en décembre 2022, les résultats de leur étude ont été utilisés en combinaison avec d'autres preuves pour imposer des tests avant le départ pour les voyageurs embarquant sur des vols vers les États-Unis depuis la Chine après la levée des mesures zéro-COVID dans ce pays.

«Ces résultats soutiennent les tests avant le départ en tant qu'outil pour réduire la transmission du SARS-CoV-2 associée aux voyages et fournissent des preuves réelles importantes qui peuvent guider les décisions pour les futures épidémies et pandémies», ont-ils écrit.