81% des prélèvements des toilettes des avions à destination des États-Unis contenaient de l'ARN du variant Omicron

«81% des prélèvements des toilettes des avions à destination des États-Unis contenaient de l'ARN de Omicron», source article de Mary Van Beusekom du 28 février 2023 paru dans CIDRAP News.

Deux nouvelles études dans Morbidity and Mortality Weekly Report mettent en évidence de nouvelles découvertes sur les voyages en avion au milieu de la COVID-19, l'une montrant que 81% des prélèvements d'eaux usées des toilettes d'avion avaient du matériel génétique du variant Omicron du SARS-CoV-2 à l'automne 2022, et l'autre suggérant que les tests avant le départ des voyageurs internationaux étaient liés à un taux de positivité inférieur de 52% à l'arrivée aux États-Unis.

La surveillance des eaux usées comme alerte précoce

Une équipe dirigée par des chercheurs des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis a évalué les prélèvements d'eaux usées prélevés dans les toilettes des avions sur les vols internationaux entrants à l'aéroport international John F. Kennedy de New York du 1er août au 9 septembre 2022.

La société de biotechnologie Gingko Bioworks a collecté environ un litre d'eaux usées de chacun des 88 vols entrants en provenance du Royaume-Uni, des Pays-Bas et de France, dont 80 ont été testés pour le SARS-CoV-2 à l'aide d'une RT-PCR.

Soixante-cinq prélèvements (81%) étaient positifs, avec la même proportion parmi les trois pays d'origine. Les chercheurs ont séquencé 27 génomes du SARS-CoV-2 à partir de 25 prélèvements et identifié diverses sous-souches d'Omicron (Royaume-Uni, 12 BA.5 et 1 BA.4.6 ; France, 8 BA.5 ; et Pays-Bas, 5 BA.5 et 1 BA.2.75 ).

Les sous-variants identifiés étaient cohérents avec les séquences en Europe occidentale téléchargés dans la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) au cours de cette période, qui étaient d'environ 90% de BA.5.

«Cette enquête a démontré la faisabilité de la surveillance des eaux usées des avions en tant qu'approche à faibles ressources par rapport aux tests individuels pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 sans implication directe des voyageurs, ni perturbation des opérations aéroportuaires», ont écrit les auteurs.

Les chercheurs ont reconnu plusieurs limites, notamment la dépendance à l'utilisation des toilettes pendant le vol, l'incapacité de différencier les voyageurs des vols de correspondance et le portage potentiel de l'ARN du SARS-CoV-2 entre les vols sans rapport avec les voyageurs. «Des seuils de couverture génomique stricts pourraient réduire la probabilité d'identification de porteurs de variants lors de vols ultérieurs», ont écrit les chercheurs.

La surveillance des eaux usées peut être utilisée non seulement pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 entrant aux États-Unis, mais également de manière ponctuelle pour identifier la source des épidémies, ont déclaré les auteurs. «En combinaison avec la surveillance basée sur les voyageurs, la surveillance des eaux usées des avions peut fournir un système d'alerte précoce complémentaire pour la détection des variantes du SARS-CoV-2 et d'autres agents pathogènes préoccupants pour la santé publique.»

Le CDC recommande toujours un test avant un vol

Une autre étude du même groupe a consisté à évaluer la valeur des tests COVID-19 avant le départ des voyageurs aériens internationaux à destination des États-Unis du 20 mars au 3 septembre 2022.

Les auteurs ont noté que, du 6 décembre 2021 au 11 juin 2022, les États-Unis ont exigé des passagers de tous les vols internationaux entrants qu'ils fournissent soit un résultat négatif d'un test COVID-19 dans la journée suivant le départ, soit une preuve d’une infection au SARS-CoV-2 au cours des 90 derniers jours. Bien que le CDC ne l'exige plus, l'agence recommande toujours des tests avant le départ.

Les passagers participants sont arrivés à l'un des quatre aéroports américains en deux périodes de 12 semaines pendant et après l'exigence de test avant le départ. Les aéroports étaient situés dans le New Jersey, New York, la Géorgie et la Californie.

Du 20 mars au 3 septembre, 28 056 voyageurs de 24 pays ont été testés pour la COVID-19 par RT-PCR, pour un total de 3 049 prélèvements regroupés. Du 20 mars au 11 juin, 13 190 (79,1%) des 16 668 volontaires du programme de surveillance génomique basée sur les voyageurs du CDC ont dit avoir subi des tests avant le départ, en baisse à 1 786 sur 11 123 (16,1%) du 12 juin au 3 septembre.

Au total, 22,7 % des 3 049 prélèvements regroupés étaient positifs pour le SARS-CoV-2, en hausse de 56%, passant de 17,9% (291 sur 1 622) au début à 28,0% (400 sur 1 427) au cours de la dernière période. L'augmentation a été observée dans les pays, les aéroports, les taux d'incidence, la taille du pool, l'âge et le sexe.

Après ajustement, les prélèvements par écouvillonnage nasal regroupés obtenus pendant l'exigence étaient 52% moins susceptibles d'être positifs pour le SARS-CoV-2 que ceux collectés après la levée de l'exigence (odds ratio ajusté, 0,48).

Les auteurs ont noté qu'en décembre 2022, les résultats de leur étude ont été utilisés en combinaison avec d'autres preuves pour imposer des tests avant le départ pour les voyageurs embarquant sur des vols vers les États-Unis depuis la Chine après la levée des mesures zéro-COVID dans ce pays.

«Ces résultats soutiennent les tests avant le départ en tant qu'outil pour réduire la transmission du SARS-CoV-2 associée aux voyages et fournissent des preuves réelles importantes qui peuvent guider les décisions pour les futures épidémies et pandémies», ont-ils écrit.

La Chine va cesser de tester les aliments réfrigérés et surgelés pour la COVID à partir du 8 janvier 2023

Le vent semble tourner pour la Chine avec sa gestion de la pandémie liée à la Covid, avec ces quelques éléments,

- «Covid-19 : la Chine appelle l'OMS à adopter une position «impartiale». Rappelez-vous qu’au début de la pandémie, on disait l’OMS proche de la Chine ...
- «Inacceptable» : Pékin dénonce les tests Covid pour les voyageurs chinois et évoque des «contre-mesures». Là aussi, la Chine imposait des tests stricts à tout entrant ...

Mais il y a plus, «La Chine va cesser de tester les aliments réfrigérés et surgelés pour la COVID à partir du 8 janvier 2023», selon Reuters.

En janvier 2022, le blog vous proposé un article, «La Chine intensifie les contrôles après la découverte de coronavirus dans des fruits»

Le commerce de la viande en Chine a applaudi vendredi la fin imminente des tests et la désinfection des aliments réfrigérés et surgelés pour la COVID-19, plus de deux ans après que Pékin ait commencé la pratique controversée, ajoutant des coûts substantiels au commerce.

L'Administration d'État pour la réglementation du marché cessera de tester les aliments réfrigérés et surgelés pour la COVID-19 à partir du 8 janvier, selon un avis vu par Reuters et confirmé par l'agence.

Elle n'exigera plus non plus que tous les aliments réfrigérés et surgelés importés entrent dans des entrepôts centralisés pour être désinfectés et testés avant d'atteindre le marché intérieur.

L'abandon des mesures fait suite à une annonce similaire de l'autorité douanière mercredi selon laquelle elle cessera de tester les aliments de la chaîne du froid arrivant dans les ports du pays.

«Cette politique signifie que nous aurons des coûts et des risques beaucoup plus faibles sur le stockage et le transport des produits», a dit un importateur de viande basé à Pékin qui achète du bœuf et du porc aux États-Unis et dans d'autres pays.

NB : C'était le 5700e article du blog !

Sécurité des aliments : Vos gants à usage unique sont-ils sûrs ?

«Des pathogènes retrouvés sur la moitié des gants sensés être utilisés pour la sécurité des aliments», source article de Dan Flynn paru le 8 décembre 2022 dans Food Safety News.

Steve Ardagh, directeur général d'Eagle Protect, est connu sous le nom de «The Glove Guy». Food Safety News l'a rencontré au salon 2021 de l'International Association for Food Protection. C'est alors que nous avons pris connaissance de son analyse microbienne pluriannuelle de la contamination pathogène potentielle des gants.

Eagle Protect, qui a débuté en Nouvelle-Zélande avant de déménager en Californie, a désormais publié des résultats de son étude sur cinq ans révélant le risque généralisé de contamination dans l'industrie avec des gants jetables. En collaboration avec le groupe de B. Michaels, les résultats ont été présentés lors de la réunion annuelle 2022 de l'International Association for Food Protection (IAFP) annual meeting.

Cela a conduit Eagle Protect à développer et à lancer un processus de vérification de la qualité des gants à plusieurs niveaux, avec une nouvelle norme de conformité de l'industrie – le programme de vérification de la qualité Delta Zéro.

«Dans le but de réduire les risques de contamination des gants pour plusieurs industries et utilisateurs de gants, nous avons passé ces dernières années à affiner notre processus de vérification Delta Zéro», a dit Steve Ardagh, président d'Eagle Protect. «Il s'agit d'un processus de test exclusif, multicouche et en cinq points qui garantit que les gants Eagle adhèrent strictement au plus haut niveau de sécurité sanitaire et de performance de l'industrie.»

Bien que la plupart du grand public ne soit pas au courant, il existe des limites importantes dans les exigences actuelles de conformité des gants alimentaires de la FDA.

Ardagh dit que le propre code de la FDA pour les gants et les équipements EPI importés (FDA Title 21, Part 177) n'exige pas spécifiquement qu'ils soient intacts, propres ou hygiéniques, et qu'ils ne soient pas soumis à des tests de routine à leur arrivée. De plus, le rapport de test actuel pour les produits importés qui se produisent ne comporte aucune date d'expiration pour les comparer à des tests antérieurs.

Cette faille ouvre la porte aux fabricants pour qu'ils modifient les matières premières, la composition et même leurs propres normes d'assurance qualité, ce qui augmente considérablement la possibilité de produits mal étiquetés et frauduleux provenant de fournisseurs industriels peu scrupuleux.

L'industrie se réfère généralement à ce manque de normes de conformité sous le nom de «Glove Safety Gap» - un problème qu'Eagle Protect a jugé nécessaire d'aborder de front. Sachant que le grand public s'attend à ce que les gants jetables et autres produits EPI soient propres, hygiéniques et intacts, l'entreprise a réagi par une action directe.

Eagle Protect adhère à un code de conduite strict des fournisseurs, qui encourage des audits indépendants par tierce partie, et suit un modèle de source unique. Grâce à un récent partenariat avec Rfider, Eagle a également ajouté la traçabilité de la chaîne d'approvisionnement pour ses gammes de produits.

Maintenant en évidence sur une gamme croissante d'emballages de gants en nitrile de l'entreprise, le badge Delta Zero d'Eagle Protect certifie que leurs produits ont subi des tests d’un laboratoire tierce partie, passant un ensemble de normes strictes qui garantissent le respect du plus haut niveau de cohérence, de sécurité sanitaire et de performance.

La certification comprend un processus de vérification de la sécurité sanitaire et des performances de cinq facteurs, y compris des tests de laboratoire tierce partie qui garantissent des matières premières de qualité et l'absence de produits chimiques, de toxines et de contaminants microbiens dangereux qui présentent des risques pour la santé et la sécurité des porteurs de gants.

«Nous pouvons réduire le risque de contamination liée aux gants aux États-Unis, à condition que les fournisseurs s'approvisionnent auprès de fabricants réputés qui adhèrent à la norme la plus élevée et constante en matière de matières premières et de processus de fabrication de qualité», a dit Ardagh. «Le badge Delta Zero renforce notre engagement envers une assurance qualité fiable et des pratiques d'audit améliorées, comme le représente notre norme unique Eagle. Nous pouvons assurer à nos clients qu'ils achètent un produit de haute qualité, fabriqué selon les normes les plus strictes de sécurité, d'hygiène et de performance.»

L'étude sur cinq ans a trouvé des indicateurs fécaux humains sur 50% des gants neufs et inutilisés du commerce, ainsi que d'autres agents pathogènes et microbes d'origine alimentaire, notamment Bacillus cereus, Bacillus anthracis, Listeria monocytogenes, Clostridiocles difficile, Staphylococcus, Pseudomonas aeruginosa et Streptococcus. pneumonie.

Michaels, un microbiologiste de premier plan, a mené l'étude, qui portait sur 2 800 importations américaines de gants neufs et inutilisés représentant 26 marques différentes - toutes testées indépendamment. Plus de 250 espèces microbiennes viables différentes ont été retrouvées sur les surfaces intérieures et extérieures des gants testés

Avec l'étude, Ardagh renforce son argument selon lequel les normes actuelles de la FDA pour les gants jetables sont insuffisantes car il n'y a aucune exigence qu'ils soient propres ou intacts et les procédures d'inspection sont faibles. «Le Glove Guy», dit que les normes et les inspections faibles signifient que de nombreux gants jetables mettent en danger la sécurité des aliments.

L'étude, Metagenomic Analysis of the Microbiome Associated with Single-Use Glove Manufacturing, a été publiée dans Journal of Food Protection. Il s'agit d'un poster publié sur le programme de la réunion. A ma connaissnce, il n'y a pas eu d'article.

Les gants jetables sont conçus comme une défense contre la contamination croisée à mains nues, mais un gant «conforme aux normes alimentaires» pourrait faire plus de mal que de bien s'il est contaminé lorsqu'il sort de la chaîne de production.

Ardagh a dit à Food Safety News que c'est pourquoi les gants Eagle Protect étaient déjà soumis à une analyse des «empreintes» impliquant plusieurs tests pour garantir une qualité qui dépasse la conformité de la FDA. Ceux-ci comprennent :

Chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse

La signature chimique des ingrédients des matières premières des gants est testée pour déterminer la cohérence de la fabrication et s'assurer qu'aucun produit chimique toxique n'est trouvé qui pourrait avoir un impact sur la sécurité des aliments et la santé de l'utilisateur du gant.

Chimie physique

Un type de gant spécifique peut entraîner une contamination croisée par des agents pathogènes dans les aliments prêts à consommer. La tension superficielle des liquides ou semi-liquides est testée pour l'énergie libre de surface. Cela détermine la contamination croisée ou les transferts potentiels.

Analyse microbienne

Elle fournit des points spécifiques sur la façon dont les gants sont fabriqués pour se protéger contre la contamination intentionnelle ou accidentelle.

Taux maximum de produits défectueux toléré, force et résistance à la perforation par allongement

Tests d'intégrité structurelle pour s'assurer que les gants dépassent les exigences AGL de qualité médicale, empêchant les défauts dus aux piqûres.

Analyse de cytotoxicité in vitro

Tests pour les produits chimiques, les pesticides, les contaminants microbiens, les endotoxines, les glycols, les détergents, les savons, les huiles et autres.

Ardagh de chez Eagle affirme que la production et la fabrication de gants en contact avec les aliments ne sont pas en grande partie pas réglementés avec des tests de migration de polymères de gants limités et peu fréquents. Eagle a par conséquent développé sa batterie de tests, qu'il appelle «l'analyse des empreintes des gants.»

Des tierces parties effectuent les tests, réduisant ainsi le risque pour Eagle.

Le programme actuel de bonnes pratqiues actuelles fabrication de la FDA pour les gants entrant en contact avec les aliments exige qu'ils soient «dans des conditions intactes, propres et sanitaires». Un matériau imperméable est préféré.

Pour être «conformes à la FDA pour la manipulation des aliments», les gants doivent être testés en laboratoire une fois pour les substances généralement reconnues comme sûres (GRAS pour generally recognized as safe) pour les aliments ou les emballages alimentaires. Aucun test répété n'est nécessaire.

Ardagh a dit que des tests minimaux et peu fréquents signifient qu'il existe sur le marché des gants conformes aux normes alimentaires qui ne sont pas exempts de produits chimiques toxiques dangereux. L'analyse indépendante des contaminants microbiens par Eagle Protect de 25 gants alimentaires neufs et inutilisés a révélé la présence de E. coli, de Listeria, de moisissures, de champignons, d'excréments et d'autres agents pathogènes.

Eagle promeut également la «traçabilité des gants», chaque conteneur et numéro de lot offrant «un aperçu unique et transparent de la chaîne d'approvisionnement du gant». La traçabilité des gants protège contre la fraude et fournit des spécifications de produit spécifiques, des certifications de qualité et de conformité et des résultats de test d'empreintes.

Ardagh affirme que le système de traçabilité d'Eagle répond à la «nouvelle ère» de la sécurité alimentaire intelligente de la FDA.

La recherche universitaire fait progresser la sécurité des aliments avec une analyse de Listeria plus rapide et un vaccin contre norovirus

«La recherche universitaire fait progresser la sécurité des aliments avec une analyse de Listeria plus rapide et un vaccin contre norovirus», source Food Safety News, complété de quelques liens -aa.

Une nouvelle façon de détecter la contamination mortelle par Listeria dans les aliments et un vaccin contre norovirus gênant sont rapportés par la recherche dans de grandes universités.

Des chercheurs du University of Georgia (UGA) College of Engineering rapportent qu'ils disposent d'une nouvelle méthode de détection de Listeria, et le Virginia-Maryland College of Veterinary Medicine à Virginia Tech a annoncé qu'il évaluerait un vaccin oral vivant potentiel contre norovirus, qui est la première cause de maladies d'origine alimentaire.

La listériose, une infection causée par la consommation d'aliments contaminés par la bactérie Listeria monocytogenes, est connue pour causer des maladies graves chez les enfants, les femmes enceintes, les nouveau-nés, les personnes âgées et les personnes dont le système immunitaire est affaibli.

C'est la troisième cause de décès par maladie d'origine alimentaire ou intoxication alimentaire aux États-Unis. Selon les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), environ 1 600 personnes tombent malades chaque année et environ 260 en décèdent.

C’est la deuxième cause de mortalité d’origine alimentaire en France, selon Santé publique France -aa.

À l'heure actuelle, la contamination par Listeria dans les produits alimentaires n'est identifiée que par des analyses moléculaires effectués dans des laboratoires de diagnostic sur des échantillons prélevés à des points de contrôle spécifiques au cours du processus de fabrication et de distribution.

Bien que très précise, cette méthode nécessite un temps de traitement important, le transport d'échantillons et une main-d'œuvre qualifiée et un équipement coûteux.

Dans une nouvelle étude publiée dans le Journal of The Electrochemical Society, Electrochemical Biosensor for Rapid Detection of Listeria monocytogenes (l’article est disponible en intégralité), des chercheurs de l'UGA présentent une méthode de diagnostic rapide basée sur les principes de la biodétection électrochimique.

Des biocapteurs électrochimiques sont des alternatives prometteuses aux méthodes de détection moléculaire en raison de leur facilité d'utilisation, de leur haute spécificité, de leur sensibilité et de leur faible coût, selon les chercheurs.

Les chercheurs de l'UGA utilisent des bactériophages, des virus qui infectent et se répliquent au sein des bactéries, comme récepteurs pour identifier Listeria monocytogenes à l'aide d'un capteur électrochimique.

Pendant ce temps, Lijuan Yuan, professeur de virologie et d'immunologie au Virginia-Maryland College of Veterinary Medicine de Virginia Tech, a annoncé des progrès réalisés autour d'un vaccin contre norovirus. Il a été développé par John Patton et ses collègues de l'Université de l'Indiana en utilisant le vaccin antirotavirus Rotarix comme plate-forme.

En utilisant la génétique inverse, ils vont insérer une protéine de norovirus dans le gène 7 du rotavirus. Le virus exprimera alors la protéine norovirus dans l'intestin, induisant une réponse immunitaire contre le norovirus.

Le laboratoire Virginia Tech de Yuan évaluera la capacité de réplication, l'immunogénicité et l'efficacité protectrice du vaccin à l'aide de modèles porcins gnotobiotiques d'infection et de diarrhée à rotavirus humain et à norovirus. Un animal gnotobiotique est un animal qui a été spécialement élevé pour ne contenir aucun germe ou bactérie afin que les chercheurs puissent mieux étudier les effets des bactéries et des virus tels que le rotavirus et le norovirus.

Le CDC dit que norovirus est la principale cause de vomissements et de diarrhée due à la gastro-entérite aiguë aux États-Unis, entraînant de 19 à 21 millions de maladies chaque année.

Selon Santé publique France, plus de 21 millions d’épisodes de gastro-entérites aiguës virales (GEA) survenaient chaque année en France -aa.

Norovirus a tendance à affecter le plus les jeunes enfants et les personnes âgées. Il est responsable d'environ 24 000 hospitalisations et 925 000 visites ambulatoires pour les enfants américains chaque année, selon le National Center for Biotechnology Information. Rotavirus provoque également une gastro-entérite aiguë et frappe le plus durement les jeunes enfants.

«Ensemble, rotavirus et norovirus causent plus de 415 000 décès chaque année, et norovirus a également un fardeau très important même dans les pays qui n'ont pas beaucoup de décès. Le coût économique est énorme, avec 4,2 milliards de dollars en coûts directs et 60 milliards de dollars en coûts sociétaux indirects. Vous entendez parler d'épidémies à norovirus aux informations tout le temps dans les hôpitaux, les EPHAD et les navires de croisière et comment cela ferme des restaurants, donc cela a beaucoup d'implications économiques», a déclaré Yuan.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

Israël : Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine

Propgation du variant britannique en Israël

«Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine», source Tel-Aviv University via EurekAlert!

Une éude à l'Université de Tel Aviv (TAU) sur la base des données de 300 000 tests pour le COVID-19.

Une nouvelle étude de l'Université de Tel Aviv a révélé que le variant britannique (appelé B.1.1.7) du Covid-19 est 45% plus contagieux que le virus d'origine. Les chercheurs se sont appuyés sur les données d'environ 300 000 tests PCR pour le Covid-19 obtenus du laboratoire de test COVID-19, qui a été créé en collaboration avec le groupe Electra.

La nouvelle étude a été menée par le professeur Ariel Munitz et le professeur Moti Gerlitz du département de microbiologie clinique et d'immunologie de la faculté de médecine Sackler, en collaboration avec le Dr Dan Yamin et l'étudiant au doctorat Matan Yechezkel du laboratoire de modélisation et d'analyse des épidémies (LEMA) au Département de génie industriel, le tout à l'Université de Tel Aviv. Les résultats de l'étude ont été publiés dans l'éminente revue scientifique Cell Reports Medicine.

Le laboratoire Electra-TAU a été créé en mars 2020, juste après le déclenchement de la première vague de la pandémie en Israël. À ce jour, il a analysé des centaines de milliers de tests provenant de tout le pays - à partir d'installations publiques de tests au volant, ainsi que de programmes ciblant des populations spécifiques - tels que le 'Shield for Fathers and Mothers' qui effectuait régulièrement des tests chez les points chauds à risque comme les maisons de retraite.

Le professeur Ariel Munitz explique: «Nous utilisons un kit qui teste trois gènes viraux différents. Dans le variant britannique, également connu sous le nom de B.1.1.7, l'un de ces gènes, le gène S, a été effacé par la mutation. Par conséquent, nous avons pu suivre la propagation du variant même sans séquençage génétique.»

Selon le professeur Munitz, les données du laboratoire montrent que la propagation du variant britannique a été très rapide: le 24 décembre 2020, seuls 5% des résultats positifs étaient attribués au variant britannique. À peine six semaines plus tard, en janvier 2021, ce variant était responsable de 90% des cas de Covid-19 en Israël. Le chiffre actuel est d'environ 99,5%.

«Pour expliquer cette augmentation spectaculaire, nous avons comparé le nombre R du virus SARS-CoV-2 avec le R du variant britannique. En d'autres termes, nous avons posé la question, combien de personnes, en moyenne, contractent la maladie de chaque personne qui a l'un ou l'autre variant? Nous avons constaté que la variant britannique est 45% - près de 1,5 fois - plus contagieux»

Dans la deuxième étape de l'étude, les chercheurs ont segmenté la contagion par groupes d'âge. Les résultats ont indiqué que le tournant pour la population de 60 ans et plus par rapport aux autres groupes d'âge s'est produit deux semaines après que 50% de la population israélienne de 60 ans et plus ont reçu leur première dose de vaccin.

«Jusqu'en janvier, nous avons constaté une dépendance linéaire de près de 100% entre les différents groupes d'âge dans les nouveaux cas pour 1 000 personnes», explique le Dr Dan Yamin. «Deux semaines après que 50% de la population de 60 ans et plus aient reçu la première dose du vaccin, ce graphique s’est brusquement et significativement cassé. En janvier, une baisse spectaculaire a été observée dans le nombre de nouveaux cas dans le groupe des 60 ans et plus, parallèlement à une augmentation continue du reste de la population. En termes simples, puisque plus de 90% des personnes décédées du Covid-19 avaient plus de 60 ans, nous pouvons dire que le vaccin a sauvé des centaines de vies, même à court terme. "

De plus, la nouvelle étude prouve que la surveillance active des populations à risque fonctionne. «Il existe une valeur seuil pour déterminer si un test spécifique est positif ou négatif pour le virus - une valeur inférieure indiquant une charge virale plus élevée», explique le professeur Munitz. «Lorsque nous avons comparé les valeurs seuils des différents gènes chez plus de 60 résidents de maisons de retraite avec les valeurs mesurées chez plus de 60 personnes dans la population générale, nous avons constaté des valeurs nettement plus élevées dans les maisons de retraite. Cela signifie que la charge virale dans les maisons de retraite était plus faible que le reste de la population.»

Étant donné que les résidents des maisons de retraite sont testés régulièrement, alors que d'autres personnes ne sont généralement testées que lorsqu'elles ne se sentent pas bien ou ont été en contact avec une personne qui avait été testée positive pour le virus, nous concluons qu'une surveillance constante des populations à risque est une méthode qui fonctionne. Il est important de le souligner: la charge virale relativement faible a été constatée dans les maisons de retraite alors que le variant britannique avait déjà commencé à se répandre dans toutes les populations. Par conséquent, nous montrons que la surveillance des maisons de retraite, associée à une vaccination qui donne la priorité aux populations vulnérables, prévient la maladie et la mortalité.

Le Dr Yemin conclut: «En raison des conditions de surpeuplement, des ménages importants et de la répartition par âge de la population israélienne, le coronavirus avait un environnement plus favorable pour se propager en Israël par rapport à la plupart des pays occidentaux. Notre message au monde est que si avec notre point de départ problématique un net déclin a été identifié, d'autres pays occidentaux peuvent certainement s'attendre à une rupture de la courbe - malgré la forte contagion du variant britannique - avec une baisse spectaculaire des cas graves suite à la vaccination de 50% de la population âgée, parallèlement à des tests ciblés dans les épicentres à risque.»

Un 'stylo pratique' qui s'allume lorsqu'il est exposé à des gaz neurotoxiques ou à des vapeurs d'aliments altérés

«Un 'stylo pratique' qui s'allume lorsqu'il est exposé à des gaz neurotoxiques ou à des vapeurs d'aliments altérés», source ACS News.

L'exposition à certains gaz inodores, incolores et insipides, tels que les agents neurotoxiques, peut être toxique, voire mortelle. Et avoir la capacité de détecter d'autres types de vapeurs pourrait empêcher des personnes de consommer des aliments avariés ou pourris. Des appareils portables faciles à utiliser pourraient donc contribuer grandement à protéger le public. Désormais, des chercheurs rapportant dans ACS Materials Letters ont créé un capteur en forme de stylo qui change de couleur lorsqu'il est exposé à des gaz dangereux.

Les humains ne peuvent pas détecter de nombreuses vapeurs toxiques, telles que les agents neurotoxiques ou les amines volatiles libérées par les aliments altérés, de sorte qu'un capteur capable de détecter les concentrations très infimes de ces gaz serait utile. Les capteurs basés sur la fluorescence sont une solution potentielle car ils sont peu coûteux et peuvent révéler des traces de composés. Cependant, certains composés fluorescents s'agglutinent une fois qu'ils réagissent avec les gaz, réduisant leur intensité, et ils peuvent nécessiter des processus de fabrication complexes. Pourtant, d'autres fluorophores produisent une lumière plus intense lorsqu'ils sont regroupés pour produire une émission induite par l'agrégation de fluorogènes (AIEgens pour aggregation-induced emission fluorogens). La plupart des méthodes de détection actuelles utilisant les AIEgens sont à base de liquide, nécessitant la dissolution des gaz en solution avant l'analyse, et ne sont pas facilement portables. Ainsi, Zhe Jiao, Pengfei Zhang, Haitao Feng, Ben Zhong Tang et leurs collègues ont voulu adapter des AIEgens pour être intégré dans une fibre fine en aiguille, créant ainsi un appareil portatif dont la pointe «s'allume» en présence d'un gaz particulier.

Les chercheurs ont développé deux «stylos pratiques» basés sur les AIEgens, l'un pour identifier l'agent neurotoxique du chlorophosphate de diéthyle (DCP) et l'autre pour les amines produites par la pourriture des aliments. Tout d'abord, ils ont revêtu des fibres de polymère de dioxyde de silicium d'une fine couche sol-gel pour immobiliser les AIEgens. Ensuite, ils ont ajouté un AIEgen qui change de couleur lorsqu'il réagit avec le DCP sur un ensemble de fibres, et un AIEgen qui réagit avec des amines sur un autre ensemble. Les fibres enduites ont ensuite été placées à l'extrémité d'un dispositif en forme de stylo avec une source de lumière UV à l'intérieur.

La pointe du capteur DCP est passée d'une fluorescence jaune au bleu dans les 30 minutes suivant l'exposition au DCP. La pointe du capteur d'amine était initialement d'une douce couleur bleu-gris, mais elle a généré une lumière de couleur jaune vibrante en moins de cinq minutes lorsqu'elle a été exposée à des vapeurs d'amine volatiles.

Les deux capteurs sont revenus à la teinte d'origine lorsqu'ils étaient exposés à des vapeurs neutralisantes, démontrant qu'ils étaient réversibles. Enfin, l'équipe a utilisé le stylo pratique sensible aux amines pour faire la distinction entre un échantillon de saumon qui avait été réfrigéré et un autre qui avait été laissé à température ambiante pendant 48 heures. Les chercheurs disent que d'autres stylos pratiques pourraient être facilement développés en utilisant différents AIEgens sensibles à la vapeur, qui pourraient être appliqués à des applications de sécurité des aliments, de surveillance environnementale ou de sécurité publique.

Un nouveau test rapide basé sur CRISPR pour le COVID-19 utilise l'appareil photo d'un smartphone et est capable de mesurer la charge virale

Le nouveau test COVID-19 utilise la technologie d'édition des gènes CRISPR et un smartphone pour fournir un résultat de test positif ou négatif et mesurer la charge virale.

«Un nouveau test basé sur CRISPR pour le COVID-19 utilise l'appareil photo d'un smartphone», source Gladstone Institutes.

Imaginez de vous frottez vos narines, puis de mettre l'écouvillon dans un appareil et obtenez une lecture sur votre téléphone en 15 à 30 minutes qui vous indique si vous êtes infecté par le virus COVID-19.

Telle a été la vision d'une équipe de scientifiques des Instituts Gladstone, de l'Université de Californie à Berkeley (UC Berkeley) et de l'Université de Californie à San Francisco (UCSF). Et maintenant, ils rapportent cette percée scientifique qui les rapproche de faire de cette vision une réalité.

L'un des principaux obstacles à la lutte contre la pandémie du COVID-19 et à la réouverture complète des communautés à travers le pays est la disponibilité de tests rapides de masse. Savoir qui est infecté fournirait des informations précieuses sur la propagation potentielle et la menace du virus pour les décideurs politiques et les citoyens.

Pourtant, les gens doivent souvent attendre plusieurs jours pour leurs résultats, voire plus en cas de retard dans le traitement des tests de laboratoire. Et la situation est aggravée par le fait que la plupart des personnes infectées présentent des symptômes légers ou inexistants, tout en étant porteuses et propagatrices du virus.

Dans une nouvelle étude publiée dans la revue scientifique Cell, l'équipe de Gladstone, UC Berkeley et UCSF a décrit la technologie d'un test CRISPR pour le COVID-19 qui utilise l'appareil photo d'un smartphone pour fournir des résultats précis en moins de 30 minutes.

«Cela a été une tâche urgente pour la communauté scientifique non seulement d'augmenter les tests, mais aussi de fournir de nouvelles options de test», explique Mélanie Ott, directrice du Gladstone Institute of Virology et l'un des chefs de file de l'étude. «Le test que nous avons développé pourrait fournir des tests rapides et peu coûteux pour aider à contrôler la propagation du COVID-19.»

La technique a été conçue en collaboration avec le bio-ingénieur de l'UC Berkeley Daniel Fletcher, ainsi que Jennifer Doudna de chez Gladstone, professeur à l'UC Berkeley, présidente de l'Innovative Genomics Institute et chercheuse à l'Howard Hughes Medical Institute. Doudna a récemment remporté le prix Nobel de chimie 2020 pour avoir co-découvert l'édition du génome de CRISPR-Cas, la technologie qui sous-tend ce travail.

Non seulement leur nouveau test de diagnostic peut générer un résultat positif ou négatif, mais il mesure également la charge virale (ou la concentration de SARS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19) dans un échantillon donné.

«Lorsqu'elle est associée à des tests répétés, la mesure de la charge virale pourrait aider à déterminer si une infection augmente ou diminue», a dit Fletcher, qui est également chercheur chez Chan Zuckerberg Biohub. «Surveiller l’évolution de l’infection d’un patient pourrait aider les professionnels de la santé à estimer le stade de l’infection et à prévoir, en temps réel, combien de temps il faudra probablement pour guérir.

Un test plus simple grâce à la détection directe

Les tests COVID-19 actuels utilisent une méthode appelée PCR quantitative, la référence des tests. Cependant, l'un des problèmes liés à l'utilisation de cette technique pour tester le SRAS-CoV-2 est qu'elle nécessite de l'ADN. Le coronavirus est un virus à ARN, ce qui signifie que pour utiliser l'approche PCR, l'ARN viral doit d'abord être converti en ADN. De plus, cette technique repose sur une réaction chimique en deux étapes, comprenant une étape d'amplification pour fournir suffisamment d'ADN pour le rendre détectable. Ainsi, les tests actuels nécessitent généralement des utilisateurs formés, des réactifs spécialisés et un équipement de laboratoire encombrant, ce qui limite considérablement les endroits où les tests peuvent avoir lieu et entraîne des retards dans la réception des résultats.

Comme alternative à la PCR, les scientifiques ont développé des stratégies de test basées sur la technologie d'édition des gènes CRISPR, qui excelle dans l'identification spécifique du matériel génétique.

Tous les diagnostics CRISPR à ce jour ont exigé que l'ARN viral soit converti en ADN et amplifié avant de pouvoir être détecté, ce qui ajoute du temps et de la complexité. En revanche, la nouvelle approche décrite dans cette étude récente saute toutes les étapes de conversion et d'amplification, en utilisant CRISPR pour détecter directement l'ARN viral.

«L'une des raisons pour lesquelles nous sommes enthousiasmés par les diagnostics basés sur CRISPR est la possibilité d'obtenir des résultats rapides et précis au point d'utilisation», explique Doudna. «Ceci est particulièrement utile dans les endroits où l'accès aux tests est limité ou lorsque des tests fréquents et rapides sont nécessaires. Cela pourrait éliminer de nombreux goulots d'étranglement que nous avons constatés avec le COVID-19.»

Parinaz Fozouni, une étudiante diplômée de l’UCSF travaillant dans le laboratoire d’Ott à Gladstone, travaillait depuis quelques années sur un système de détection d’ARN pour le VIH. Mais en janvier 2020, lorsqu'il est devenu clair que le coronavirus devenait un problème plus important dans le monde et que les tests étaient un écueil potentiel, elle et ses collègues ont décidé de se concentrer sur COVID-19.

«Nous savions que le test que nous développions serait une solution logique pour aider à la crise en permettant des tests rapides avec un minimum de ressources», a dit Fozouni, co-premier auteur de l'article, avec Sungmin Son et María Díaz de León Derby de l'équipe de Fletcher de l'UC Berkeley. «Au lieu de la protéine CRISPR bien connue appelée Cas9, qui reconnaît et clive l'ADN, nous avons utilisé Cas13, qui clive l'ARN.»

Dans le nouveau test, la protéine Cas13 est combinée avec une molécule rapporteur qui devient fluorescente lorsqu'elle est coupée, puis mélangée à un échantillon de patient provenant d'un écouvillon nasal. L'échantillon est placé dans un appareil qui se connecte à un smartphone. Si l'échantillon contient de l'ARN du SARS-CoV-2, Cas13 sera activé et coupera la molécule rapporteur, provoquant l'émission d'un signal fluorescent. Ensuite, l'appareil photo du smartphone, essentiellement converti en microscope, peut détecter la fluorescence et signaler qu'un écouvillon a été testé positif pour le virus.

«Ce qui rend vraiment ce test unique, c'est qu'il utilise une réaction en une étape pour tester directement l'ARN viral, par opposition au processus en deux étapes dans les tests PCR traditionnels», explique Ott, qui est également professeur au Département de médecine. à l'UCSF. «Une chimie plus simple, associée à l'appareil photo du smartphone, réduit le temps de détection et ne nécessite pas d'équipement de laboratoire complexe. Cela permet également au test de produire des mesures quantitatives plutôt qu'un simple résultat positif ou négatif.»

Les chercheurs disent également que leur test pourrait être adapté à une variété de téléphones mobiles, rendant la technologie facilement accessible.

«Nous avons choisi d'utiliser les téléphones mobiles comme base de notre dispositif de détection car ils disposent d'interfaces utilisateur intuitives et d'appareil photo très sensibles que nous pouvons utiliser pour détecter la fluorescence», explique Fletcher. «Les téléphones portables sont également produits en masse et rentables, ce qui montre que les instruments de laboratoire spécialisés ne sont pas nécessaires pour ce test.»

Des résultats précis et rapides pour limiter la pandémie

Lorsque les scientifiques ont testé leur appareil à l'aide d'échantillons de patients, ils ont confirmé qu'il pouvait fournir un délai d'exécution très rapide des résultats pour les échantillons présentant des charges virales cliniquement pertinentes. En fait, l'appareil a détecté avec précision un ensemble d'échantillons positifs en moins de 5 minutes. Pour les échantillons à faible charge virale, le dispositif a nécessité jusqu'à 30 minutes pour le distinguer d'un test négatif.

«Les modèles récents de SRAS-CoV-2 suggèrent que des tests fréquents avec un délai d'exécution rapide sont ce dont nous avons besoin pour surmonter la pandémie actuelle», a dit Ott. «Nous espérons qu'avec une augmentation des tests, nous pourrons éviter les confinements et protéger les populations les plus vulnérables.»

Non seulement le nouveau test basé sur CRISPR offre une option prometteuse pour les tests rapides, mais en utilisant un smartphone et en évitant le besoin d'équipement de laboratoire volumineux, il a le potentiel de devenir portable et éventuellement d'être disponible pour un point d'utilisation ou même à la maison. Et, il pourrait également être étendu pour diagnostiquer d'autres virus respiratoires au-delà du SRAS-CoV-2.

En outre, la haute sensibilité des appareils photos des smartphones, ainsi que leurs capacités de connectivité, de GPS et de traitement de données, en ont fait des outils attrayants pour diagnostiquer les maladies dans les régions à faibles ressources.

«Nous espérons développer notre test en un appareil capable de télécharger instantanément les résultats dans des systèmes basés sur le cloud tout en préservant la confidentialité des patients, ce qui serait important pour la recherche des contacts et les études épidémiologiques», a dit Ott. «Ce type de test de diagnostic basé sur un smartphone pourrait jouer un rôle crucial dans le contrôle des pandémies actuelles et futures.»

Une équipe de scientifiques de Gladstone, UC Berkeley et UC San Francisco, dont Melanie Ott (à gauche) et Parinaz Fozouni (à droite), a décrit la technologie d'un test rapide avec un smatphone en une étape qui pourrait aider à combattre la pandémie et à rouvrir complètement les communautés.

Un test PCR du COVID-19 en 90 minutes, qui dit mieux ?

Dans une interview au Figaro.fr le 5 août, le Pr Delfraissy, président du Conseil scientifique sur le Covid-19, rapporte à propos des tests PCR en France à la question suivante :

Vous alertiez ces dernières semaines sur les délais pour les tests PCR. Est-ce  toujours le cas ?

La situation est très hétérogène, et ce problème concerne surtout les grandes villes, plus particulièrement Paris. Dans la plupart des cas, le rendez-vous vous est donné en moins de 24 heures, pour un résultat en 36 heures. Ce qui est un délai raisonnable pour un dépistage de personnes symptomatiques ou de cas de contacts. Cependant, un certain nombre de problèmes d’organisation persistent, particulièrement en région parisienne. C’est un enjeu sur lequel il est important d’avancer.

… mais voici qu’au Royaume-Uni, il existe un test COVID-19 en 90 minutes: le gouvernement britannique a commandé 5,8 millions de kits de DnaNudge, source Imperial College London.

Le gouvernement a passé une commande de 161 millions de £ pour 5,8 millions de kits du test DnaNudge COVID-19 à haute vitesse à utiliser dans les hôpitaux du NHS à partir de septembre.

Cette commande majeure verra le test PCR rapide et fiable de DnaNudge sans laboratoire, qui fournit des résultats en moins de 90 minutes et peut fonctionner en environ une heure, déployé à l'échelle nationale dans les établissement de santé des patients urgents et des chirurgies électives, avec d'autres déploiements en dehors de des milieux hospitaliers.

DnaNudge, une startup de l’Imperial College London, basée à White City, a récemment obtenu le marquage CE pour son test COVID Nudge, permettant son utilisation supplémentaire dans des lieux non cliniques, y compris les maisons de soins et autres services publics d'urgence.

Le test COVID de Nudge adapte au service au consommateur de DnaNudge, qui a été lancé l'année dernière pour analyser et cartographier le profil génétique des utilisateurs en fonction des principaux traits de santé liés à la nutrition tels que l'obésité, le diabète, l'hypertension et le cholestérol, permettant aux clients d'être «encourgés» par leur ADN vers une alimentation plus saine.

En collaboration avec le Departement of Health and Social Care (DHSC) et avec l'autorisation de la Medicines and Healthcare products Regulatory Agency (MHRA), DnaNudge a validé sa technologie adaptée en avril et a commencé un déploiement initial du test COVID Nudge dans huit hôpitaux londoniens, y compris les services de cancérologie, les services d’urgences et de maternité.

La technologie s’appuie sur une série d’innovations développées par le professeur Christofer Toumazou et son équipe du Département de génie électrique de l’Imperial College London et de l’Institut de génie biomédical, à l’origine avec d’autres applications. Ces avancées comprennent une intégration novatrice entre la microfluidique biochimique, les circuits électroniques et la miniaturisation basée sur la technologie des smartphones. Les cas d'utilisation du test COVID Nudge incluent les urgences la chirurgie élective, la pédiatrie et les patients externes, ainsi que les soins de maternité, où les femmes enceintes qui présentent des symptômes de COVID-19 pendant le travail peuvent désormais être testées très rapidement pour garantir la meilleure et la plus sûre ligne de conduite. est prise, et que la mère et le bébé ne sont pas séparés inutilement.

Rapide, précis et portable

Le test COVID Nudge est un test RT-PCR rapide, précis, portable, réalisé en dehors d’un laboratoire, du prélèvement à la réponse, qui fournit des résultats sur place, au point de besoin et en un peu plus d'une heure. Ce test multiplex transformatif à puce unique permet non seulement de comparer un prélèvement avec des essais de l'OMS et du CDC, mais pourrait également tester la grippe A, grippe B et le Virus respiratoire syncytial. De plus, la puce comprend un test témoin pour l'ARN humain, qui élimine les résultats de «faux négatifs» en testant un écouvillonnage inadéquat.

Les premiers essais comparant le COVID Nudge à plusieurs laboratoires du NHS ont conduit à une dérogation au MHRA. D'autres tests indiquent une sensibilité de 94,4% (entre 86 et 98%, avec un intervalle de confiance de 95%) et une spécificité de 100% (99-100%, avec un intervalle de confiance de 95%). L'équipe a soumis ses conclusions, qui font actuellement l'objet d'un examen par les pairs, pour publication.

Le Dr Gary Davies, directeur médical de l'hôpital de Chelsea et de Westminster Healthcare NHS Foundation Trust, qui utilise le test dans les services d’urgences, chirurgie élective et pédiatrie de Chelsea et de Westminster, a dit: « L'opportunité d'avoir ce test très précis, sans avoir besoin d'un laboratoire, nous aide à fournir des soins de la plus haute qualité à nos patients et un soutien à notre personnel, et offre les meilleures chances de relever le plus grand défi auquel le NHS ait jamais été confronté, en particulier maintenant que nous envisageons la saison de la grippe hivernale. »

Avec des résultats fournis en un peu plus d'une heure, le test DnaNudge offre une amélioration majeure par rapport aux tests PCR actuels en laboratoire, qui peuvent impliquer un délai de 1 à 2 jours avant de renvoyer les résultats.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Mise à jour du 11 juillet 2021. Voici que l'on apprend que la plate-forme de test COVID-19 rapide sans laboratoire DnaNudge remporte un prestigieux Academy Award (Fast lab-free COVID-19 test platform DnaNudge wins prestigious Academy award).