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mardi 21 mars 2023

Le ‘mystère' sur les origines du SARS-CoV-2 se dissipe peu à peu

Après, Le rapport de l'OMS sur les origines du COVID met en évidence des indices sur un saut animal-humain et Une nouvelle mise à jour sur les origines de la ,COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques, voici que «L'OMS détaille les discussions sur les séquences du SRAS-CoV-2 du marché de Wuhan récemment révélées», source article de Lisa Schnirring paru le 20 mars 2023 dans CIDRAP News.

Au cours du week-end, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a détaillé les conversations avec des chercheurs chinois, son groupe consultatif et des chercheurs internationaux qui ont trouvé des séquences de SRAS-CoV-2 jusqu'alors inconnues à l'épicentre de l'épidémie sur le marché des animaux sur la base de données GISAID.

Le nouveau développement intervient dans le contexte d'un examen minutieux de la Chine, des impacts mondiaux potentiels de son commerce d'espèces sauvages et de la possibilité que le virus provienne d'un laboratoire de la même ville où l'épidémie a commencé.

Des scientifiques de Chine et d'ailleurs interviennent
L'OMS a dit avoir appris les séquences pour la première fois le 12 mars, ce qui a suscité des discussions immédiates avec le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine) et deux hauts dirigeants de son groupe stratégique pour les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Strategic Group for the Origins of Novel Pathogens), que l'OMS a créé à l'automne 2022 pour examiner la source des agents pathogènes émergents et réémergents qui ont un potentiel pandémique.

Les séquences d'échantillons prélevés sur le marché de gros de produits de la mer de Huanan à Wuhan, Chine, au début de l'épidémie sont récemment apparues sur GISAID et ont été téléchargées par des chercheurs de plusieurs pays avant que l'accès ne soit restreint, a di l'OMS dans un communiqué.

Des responsables chinois ont dit à l'OMS que les séquences génomiques faisaient partie d'une préimpression de 2022 qui a été soumise pour publication à Nature.

Plus tard le 12 mars, l'OMS a organisé un appel entre le CDC de Chine et certains des chercheurs internationaux qui ont accédé aux données pour discuter de l'importance des résultats. Le 14 mars, l'OMS a réuni l'ensemble du groupe SAGO et a invité des chercheurs chinois à fournir une analyse mise à jour de leurs données originales. L'OMS a également invité les chercheurs internationaux à préciser leur analyse des séquences postées temporairement.

Niveaux élevés d'ADN de chien viverrin
Les nouvelles données provenaient d'échantillons environnementaux provenant d'étals et d'eaux usées du marché collectés dès janvier 2020. Outre le SRAS-CoV-2, certains échantillons contenaient de l'ADN humain ainsi que de l'ADN mitochondrial de plusieurs espèces animales, dont certaines connues pour être sensibles au virus.

L'étude pré-imprimée indique que les chiens viverrins n'ont pas été testés, mais les nouvelles données - montrant des niveaux élevés d'ADN mitochondrial de chien viverrin, ce qui suggère que les chiens viverrins et d'autres animaux pourraient avoir été sur le marché avant qu'il ne soit nettoyé dans le cadre de la riposte à l'épidémie. Des preuves photographiques antérieures ont montré que des chiens viverrins et d'autres animaux étaient vendus dans les étals spécifiques par le passé.

«Bien que cela ne fournisse pas de preuves concluantes quant à l'hôte intermédiaire ou aux origines du virus, les données fournissent des preuves supplémentaires de la présence d'animaux sensibles sur le marché qui pourraient avoir été une source d'infections humaines», a dit l'OMS.

L'OMS a exhorté les scientifiques chinois et les chercheurs internationaux à partager toutes les données liées à l'origine du SRAS-CoV-2. Le groupe a également réitéré son appel à la Chine pour qu'elle enquête sur la provenance des animaux et des produits d'origine animale sur le marché avant sa fermeture. Il a également exhorté la Chine à partager toutes les données de séquençage sur GISAID et à partager son manuscrit en cours d'examen dès que possible.

NB : La photo représente un chien viverrin.

Mise à jour du 22 mars 2023
Un article scientifique a décrit les séquences du SRAS-CoV-2 retrouvé au marché de Huanan de Wuhan. Le président Biden signe un projet de loi sur la déclassification d'informations du renseignement glanées auprès des agences américaines sans nuire à la sécurité nationale. Source CIDRAP News.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

samedi 18 mars 2023

L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués

«L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués», source article de Lisa Schnirring du 17 mars 2023 paru dans CIDRAP News. Le blog vous propose que la première partie de cet article consacrée à l’origine du SARS-CoV-2.

Suite à une apparition éphémère de séquences du SARS-CoV-2 provenant d'écouvillons environnementaux du marché de Wuhan qui était l'épicentre précoce de l'épidémie, le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a réitéré son appel à la Chine pour qu'elle partage les informations sur le virus avec l'OMS et la communauté scientifique.

Dans d'autres développements liés à la COVID-19, des mises à jour du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis montrent que le sous-variant Omicron XBB.1.5 représente désormais environ 90,2% des cas et que les cas, les hospitalisations et les décès continuent de baisser.

Des séquences ajoutent plus de preuves à l’origine animale
Hier soir, des articles de The Atlantic et de Science ont révélé qu’une scientifique française, Flo Debarre, est tombée sur de nouvelles données de séquence sur la base de données de partage du virus GISAID publiée par une équipe de recherche chinoise dirigée par George Gao, qui était l'ancien directeur du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine).

En février 2022, l'équipe de Gao, dans une étude avant impression, a dit que des échantillons environnementaux positifs pour le SARS-CoV-2 contenaient également de l'ADN humain, laissant entendre que les humains pourraient avoir introduit le virus sur le marché.

Des scientifiques ont téléchargé et rapidement analysé les séquences nouvellement mises en ligne, qui ont depuis été supprimées par le groupe chinois. Les premiers résultats suggèrent que certains des échantillons de SARS-CoV-2 du marché contiennent de l'ADN ou de l'ARN de chiens viverrins, de civettes et d'autres mammifères, ce qui ajoute davantage de preuves d'un débordement zoonotique comme origine de l'épidémie. Le 7 mars, les scientifiques qui se sont penchés sur les séquences nouvellement publiées ont présenté leurs premiers résultats au Groupe consultatif scientifique de l'OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens).

Le mystère entourant l’origine du virus, au centre d'un débat intense, a également conduit à la spéculation selon laquelle le virus pourrait provenir d'une fuite de laboratoire, qui a récemment été adoptée, mais avec une faible confiance, par des responsables du renseignement de deux agences gouvernementales américaines, et le directeur génral de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a appelé tous les pays à partager ce qu'ils savent.

Lors d'un briefing de l'OMS le 17 mars, Tedros a déclaré que l'OMS avait été informée du séquençage nouvellement publié le 5 mars, ce qui a incité le groupe à demander au CDC chinois de partager les données avec l'OMS et la communauté scientifique internationale.

«Ces données ne fournissent pas de réponse définitive à la question de savoir comment la pandémie a commencé, mais chaque élément de données est important pour nous rapprocher de cette réponse», a déclaré Tedros.

Il a ajouté que toutes les données liées aux origines du SARS-CoV-2 doivent être immédiatement partagées avec la communauté internationale. «Ces données auraient pu et auraient dû être partagées il y a 3 ans.»

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».