Maîtrise de Listeria monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments : Leçons tirées d'une entreprise de transformation du saumon

Maîtriser Listeria monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments : Leçons tirées d'une entreprise de transformation du saumon associée à des épidémies (Controlling Listeria monocytogenes in the food processing environment: Lessons learned from a salmon processor associated with outbreaks). International Journal of Food Microbiology Volume 449, 16 March 2026.

Cette étude examine les sources de contamination et les mesures de réduction selon une approche approche de ‘recherche et destruction’ (Seek and Destroy') chez un producteur de saumon fumé à froid impliqué dans deux épidémies de listériose dues à L. monocytogenes ST 121.

Sur une période de 11 semaines, 329 échantillons ont été analysés (140 surfaces en contact avec les aliments, 41 surfaces non en contact avec les aliments et 148 échantillons de saumon ou de produits dérivés). Les analyses effectuées sur la chaîne de production ont révélé une contamination après le pelage et/ou le salage. La machine à peler a été identifiée comme la principale source de contamination : la souche responsable de l'épidémie a persisté sur deux convoyeurs et un rouleau rempli d'air.

Malgré un nettoyage et une désinfection approfondis, un traitement de la salle entière au peroxyde d'hydrogène et une exposition de la machine à décortiquer à une température de 80°C pendant 66 heures (à l'exclusion des convoyeurs et du rouleau thermosensibles), la contamination a récidivé. Le remplacement de la machine à peler, associé à un renforcement des mesures d'hygiène (incluant le démontage et l'ébullition des aiguilles d'injection de saumure), a permis d'éliminer toute trace de la bactérie dans 34 échantillons de saumon et 53 échantillons environnementaux entre les semaines 8 et 11. Au cours des 8 mois de suivi, aucun des 220 échantillons de produits testés n'a présenté de résultat positif.

Le séquençage du génome entier (SGE) a été réalisé sur 37 isolats : 21 prélevés lors de l'investigation menée dans l’usine (semaines 1 à 11), neuf isolats historiques et sept isolats issus d'expériences de suivi réalisées avec la machine à peler mise au rebut (cette pratique a été déjà souligné par le blog à plusieurs reprises -aa). Tous appartenaient au ST121, et un groupe correspondait à la souche responsable de l'épidémie.

Cette étude souligne l'importance d'une conception hygiénique des équipements de transformation alimentaire (en particulier les matériaux et interfaces des bandes transporteuses et des rouleaux) et l'intérêt du SGE pour identifier les contaminations persistantes lors de la transformation des produits de la mer prêts à consommer.

Un autre enseignement opérationnel est que les prélèvements classiques par écouvillonnage peuvent ne pas détecter certaines zones internes. Un échantillonnage normal avec des écouvillons en tissu n'a pas permis de déceler de contamination sur les pièces suspectes, tandis que l'immersion de pièces de machine dans un bouillon de pré-enrichissement pour Listeria a permis d'identifier L. monocytogenes sur les courroies et le rouleau. Cette méthode a été mise en œuvre dans une installation de biosécurité conçue pour la manipulation de matériaux contaminés et n'est pas adaptée à l'industrie agroalimentaire, car elle peut entraîner une prolifération importante de L. monocytogenes. Elle a toutefois démontré que la contamination dans les zones de refuge peut échapper à la détection par les méthodes d'échantillonnage de surface conventionnelles.

Conclusion

La maîtrise de la persistance de Listeria monocytogenes dans les installations de transformation alimentaire exige une approche multifactorielle.

La conception hygiénique des équipements est essentielle, car la détection de L. monocytogenes sur des surfaces « propres » est difficile en raison de la faible concentration de la bactérie cible et de la présence de zones poreuses ou inaccessibles.

La décontamination chimique seule s'est avérée insuffisante pour une élimination efficace, malgré un nettoyage en profondeur approfondi, un démontage et d'autres interventions.

De plus, l'utilisation de la chaleur comme mesure de maîtrise est limitée lorsque les matériaux ne supportent pas l'exposition à la chaleur. Le séquençage du génome entier (WGS) est précieux pour identifier plusieurs souches persistantes étroitement apparentées, mais son coût élevé et l'accès limité aux données de séquençage de santé publique peuvent entraver la confirmation de l'élimination des clones responsables d'épidémies.

Dans le cas précis de cette étude, l'identification et lenlèvement de la machine à peler contaminée, associés à des protocoles de nettoyage renforcés, ont finalement permis d'éliminer la souche responsable de l'épidémie liée à l'établissement.

Le partage des résultats détaillés et des stratégies de réduction issues des enquêtes sur les contaminations persistantes à L. monocytogenes peut fournir des informations précieuses à l'industrie alimentaire, contribuant ainsi à améliorer la sécurité des aliments et à réduire le risque de futures épidémies de listériose.

Commentaire.

Si chacun pouvait faire profiter de son expérience en la matière ...

Hautes-Alpes : Suspicion d’intoxication alimentaire à la cantine de Chorges. 21 enfants ont été pris de maux de ventre

«Chorges : Suspicion d’intoxication alimentaire à la cantine, une dizaine d’enfants malades», source BFMTV

Des échantillons de nourriture ont été prélevés ce mardi matin par les services vétérinaires et sont en cours d'analyse. En tout, 21 enfants ont été pris de maux de ventre.

Une intoxication alimentaire? Ce lundi 20 novembre, 21 enfants, qui ont mangé à la cantine du groupe scolaire de Chorges (Hautes-Alpes), ont présenté des symptômes avec des douleurs intestinales, a appris BMF DICI.

Une dizaine d'élèves pris de vomissements

Ce lundi, ce sont près de 350 repas qui ont été servis au groupe scolaire de Chorges, à la crèche municipale et dans les cantines de Montgardin et Rambaud. Quelques minutes après, plusieurs élèves ont fait part de leurs maux.

«Quand plusieurs élèves ont commencé à se plaindre, la direction de l'école nous a immédiatement prévenus», confirme Aymeric Meiss, l’Inspecteur d’Académie des Hautes-Alpes auprès de BFM DICI.

De son côté, Christian Durand, le maire de Chorges, tient à rassurer la population.

«C’est une petite intoxication et une dizaine d’enfants ont vomi», indique le maire de Chorges à BFM DICI.

Des prélèvements effectués ce mardi matin

Après les plaintes des enfants, les autorités sanitaires ont été prévenues par la direction et la commune.

«Le centre 15 et l’ARS ont été prévenus. Le médecin de l’ARS, les instituteurs et moi avons géré la situation», poursuit l’édile. «Les parents ont été prévenus et ont récupéré les enfants».

À la demande de l’ARS, les services vétérinaires ont effectué, ce mardi 21 novembre, des prélèvements à la cuisine centrale pour prendre des échantillons du repas et des yaourts. Ces échantillons sont en cours d’analyse et les premiers résultats sont attendus dans l'après-midi.

Ce mardi, «la plupart» des enfants «sont de retour» à l'école conclut Christian Durand.

Commentaire

Le terme’intoxication alimentaire’ fait désormais peur. On ne doit le prononcer que s'il est précédé de suspicion ou probable. Le maire de cette commune parle même de ‘petite intoxication’ …

Cela métonnerait que l’on ait des résultats des prélèvements faits le matin dans l’après-midi, habituement on attend une dizaine de jour …

21 enfants ont eu des symptômes et une dizaine ont vomi. On nous dit que «la plupart» des enfants «sont de retour», mais que sait-on des autres ?

A suivre ...

Mise à jour du 24 novembre 2023

Chorges: la mairie indique que l'intoxication d'élèves «n'est pas due aux aliments» de la cantine, source BFMTV.

Rappelons que selon Santé publique France, «Pour 19% des TIAC déclarées, aucun agent n'a pu être mis en évidence ni suspecté sur la base des informations épidémiologiques et cliniques (18% en 2020).»

Royaume-Uni : Des plans de prélèvements détectent des problèmes d'adultération et d'allergènes

«Royaume-Uni : Des plans de prélèvements détectent des problèmes d'adultération et d'allergènes», source article de Joe Whitworth paru le 22 septembre 2023 dans Food Safety News.

Deux plans de prélèvements ont révélé des problèmes de substitution de viande et d'allergènes non déclarés malgré un niveau de conformité globalement élevé.

Les résultats proviennent de prélèvements de surveillance ciblé sur des produits en Angleterre, Pays de Galles et Irlande du Nord pour la Food Standards Agency (FSA).

En 2020, le programme s’est concentré sur les produits et les dangers pour lesquels les renseignements suggéraient que l’impact du COVID-19 sur la chaîne alimentaire mondiale pourrait potentiellement avoir un impact sur la sécurité sanitaire ou l’authenticité.

Il s'agissait de viande hachée, ainsi que de la composition et des espèces de viande transformée, des espèces de poissons et des produits de la pêche, de l’authenticité des épices et des herbes, de l’authenticité du riz basmati et du blé dur, du lait et du gluten non déclarés.

Au total, 1 010 prélèvements ont été analysés par les laboratoires officiels pour vérifier leur authenticité, leur adultération et leur contamination, et 829 étaient conformes.

Problèmes de substitution de viande

Au total, 300 produits carnés hachés et transformés ont été analystés et aucune viande de cheval n'a été détectée. Cependant, 20% contenaient des espèces de viande que le consommateur ne s'attendrait pas à trouver, les produits de viande de bœuf présentant le niveau de contamination le plus faible et les produits caprins, le plus élevé. Quatre échantillons de poissons non conformes ont tous été vendus comme de l'aiglefin mais il s'agissait en réalité de morue.

Une non-conformité d’espèce a été constatée dans 62 prélèvements avec d'autres espèces de viande par rapport à celles détectées sur l'étiquetage. Un échantillon de tarte à la viande bovine non conforme contenait 30% de porc et 70% de bœuf. Sur 10 prélèvements de viande de chèvre, quatre ne contenaient aucun ADN de chèvre et trois autres contenaient des quantités importantes d’autres viandes. Le principal ingrédient de substitution était l'agneau, mais on trouvait également du bœuf et du porc.

Sur 101 produits d'agneau, 31 étaient non conformes. Le bœuf a été détecté huit fois, allant de 2 à 73%, et l'ADN de poulet a été identifié dans sept brochettes, allant de traces à 64%. Un plat préparé à base d'agneau contenait un morceau de ficelle. Dans l'ensemble, 18 des 66 produits à base de porc n'étaient pas conformes, 15 des 35 viandes hachées de porc contenant de l'ADN d'autres viandes à des niveaux allant jusqu'à 50%.

Quatre des 375 prélèvements d'herbes et d'épices comportaient des ingrédients manquants ou remplacés, et 10% ont été jugés non conformes. Sur 50 mélanges d'épices testés pour les aflatoxines, un contenait de l'aflatoxine B1 au-dessus de la limite maximale. Sept échantillons contenaient des corps étrangers tels que du plastique, des pierres et une coquille d'escargot. Un échantillon étiqueté basilic ne contenait que du thym.

Des variétés de riz non basmati ont été détectées dans trois des 40 prélèvements, avec des niveaux d’adultération allant de 9 à 29%. Six des 39 prélèvements de chocolat noir contenaient des protéines de lait.

Un tiers des 102 échantillons achetés via Internet ne répondaient pas aux normes réglementaires, tandis qu'un cinquième des 527 échantillons provenant de petits magasins et moins d'un échantillon sur huit provenant de grands distributeurs n'étaient pas satisfaisants.

Résultats 2021

En 2021, 32 produits alimentaires différents ont été prélevés en Angleterre et au Pays de Galles. Sur 998 prélèvements, 107 ont été jugés non conformes.

Des tests d'allergènes ont été réalisés sur 208 produits, et 28 d'entre eux présentaient la présence d'allergènes non déclarés. Près de la moitié des lait de soja contenaient des protéines de lait et environ un quart des produits de boulangerie contenaient des allergènes non déclarés sur l'étiquetage, dans la plupart des cas il s'agissait de soja.

Au total, 30 laits de soja ont été achetés dans des cafés par une personne qui a informé le serveur qu'elle était allergique aux produits laitiers et aux noix. Des protéines de lait ont été détectées dans 14 prélèvements et dans 11 cas, les niveaux trouvés pourraient présenter un risque pour les personnes allergiques au lait. Des protéines d'arachide ont été détectées dans cinq prélèvements de poudre d'ail avec des niveaux allant de 0,6 à plus de 20 mg/kg.

Sur les 250 épices et produits céréaliers contrôlés pour les mycotoxines, les aflatoxines étaient supérieures aux limites pour un échantillon de piment et deux échantillons de gingembre. L'ochratoxine A a été trouvée dans deux prélèvements de curcuma et trois échantillons de piment.

Sur 30 produits céréaliers prélevés, 16% avaient des colorants non autorisés au Royaume-Uni pour l'alimentation, ils n'étaient donc non conformes. Tous les produits insatisfaisants ont été conditionnés aux États-Unis et importés au Royaume-Uni.

Trois des 20 prélèvements de riz basmati étaient frelatés avec soit des variétés de riz non basmati, soit du riz basmati différent de la variété marquée. D'autres découvertes comprenaient un produit de saumon remplacé par de la truite, de l'origan additionné de feuilles d'olivier et de la viande de chèvre remplacée par de l'agneau.

Un échantillon de vodka contenait du méthanol neuf fois supérieur au niveau autorisé, et un gin londonien contenait plus de cinq fois la quantité autorisée. Une teneur en alcool inférieure à celle déclarée sur l’étiquette a été trouvée dans 15 prélèvements de gin. Dans six prélèvements, le taux d’alcool était supérieur à celui déclaré. Des quantités d’alcool inférieures à celles indiquées sur l’étiquetage ont été trouvées dans trois prélèvements de vodka et des niveaux plus élevés dans deux analyses.

Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes

 

«Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes», source article de Stéphanie Soucheray paru le 10 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Un nouveau dispositif de preuve de concept conçu par des chercheurs de l'Université de Washington à Saint-Louis surveille des prélèvements d'air pour détecter des variants du virus de la COVID-19 en 5 minutes environ, selon une étude publiée dans Nature Communications.

L’étude est basée sur la construction antérieure par une équipe interdisciplinaire d'un biocapteur à micro-immunoélectrode (MIE) qui détecte la bêta-amyloïde comme biomarqueur de la maladie d'Alzheimer. Les chercheurs ont échangé l'anticorps qui reconnaît la bêta-amyloïde contre un nanocorps d'un lama qui reconnaît la protéine de pointe du virus SARS-CoV-2.

Utilisant la technologie des cyclones humides, le biocapteur permet aux échantillons d'air de se mélanger à des vitesses élevées, créant un vortex de surface piégeant les aérosols viraux. Cela permet au biocapteur de détecter les particules virales dans les fluides collectés.

«La récupération élevée du virus par le cyclone humide peut être attribuée à son débit extrêmement élevé, qui lui permet de prélever un plus grand volume d'air sur une collecte d'échantillons de 5 minutes par rapport aux préleveurs d’air disponibles dans le commerce», a dit le co-auteur principal Rajan Chakrabarty dans un communiqué de presse. Chakrabarty dirige le Complex Aerosol Systems Research Laboratory à l'Université de Washington.

Les chercheurs ont testé le biocapteur dans des chambres où deux personnes qui avaient récemment été testées positives pour la COVID-10 et sept échantillons d'air prélevés dans les chambres des patients ont correctement identifié les particules virales dans l'air.

Appareil compact et portatif

L'appareil est compact, mesurant 30,5 cm de large et 25,5 cm de haut, et a un débit de 1 000 litres par minute. Les auteurs de l'étude ont dit que l'appareil pourrait être utilisé par les écoles, les hôpitaux et les lieux publics pour détecter le SRAS-CoV-2, ainsi que d'autres virus aéroportés, notamment le virus respiratoire syncytial et la grippe. Il s'allume lorsqu'un virus est détecté, alertant ses opérateurs pour augmenter le débit d'air dans la pièce. 

«Si vous êtes dans une salle avec 100 personnes, vous ne voulez pas savoir cinq jours plus tard si vous pourriez être malade ou non. L'idée avec cet appareil est que vous pouvez savoir essentiellement en temps réel, soit toutes les 5 minutes, s'il y a un virus vivant», a déclaré le co-auteur principal John Cirrito.

Salmonella dans la volaille : Prélèvements réduits après que les Pays-Bas aient atteint l'objectif de l'UE

«Prélèvements réduits après que les Pays-Bas aient atteint l'objectif de l'UE», source Food Safety News du 25 juin 2023.

La fréquence de prélèvements de recherche de Salmonella dans les troupeaux reproducteurs doit être réduite aux Pays-Bas après que le pays ait atteint les objectifs européens.

A partir de juillet, les prélèvements obligatoires pour la surveillance de Salmonella par les propriétaires de troupeaux reproducteurs de volailles auront lieu au moins toutes les trois semaines. Les personnes possédant ce type d'animaux doivent actuellement effectuer des prélèvements au couvoir ou à l'élevage toutes les deux semaines.

Des analyses de détection de Salmonella sont effectués pour garantir la sécurité des aliments et la santé publique. Il s'agit d'essayer d'empêcher des produits contaminés d'entrer dans la chaîne alimentaire, a dit l'Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA).

Comme les Pays-Bas ont atteint l'objectif européen en 2021 et 2022, les prélèvements obligatoires seront réduits à partir de début juillet. La fréquence des prélèvements officiels par les autorités est également réduite. Cela signifie que chaque troupeau d'un élevage sera prélevé deux fois par cycle de production, au lieu de trois fois. La société C-Mark réalise ce plan de prélèvements pour le compte de la NVWA.

Les règles européennes de janvier 2010 stipulent qu'un maximum de 1% des troupeaux reproducteurs adultes dans un État membre peut être infecté par Salmonella Enteritidis, Infantis, Hadar, Typhimurium (y compris le variant monophasique) et Virchow. Ces mesures chez les éleveurs visent à avoir un effet positif au niveau des poulets de chair et des poules pondeuses.

Si un pays atteint cet objectif pendant au moins deux années consécutives, l'autorité nationale peut autoriser des prélèvements dan sl’élevage toutes les trois semaines. Les agences nationales peuvent décider de maintenir ou de revenir à un intervalle de test de deux semaines en cas de détection de types pertinents de Salmonella dans un troupeau reproducteur de l'exploitation ou dans tout autre cas qu'elles jugent approprié.

En 2020, l'objectif n'a pas été atteint aux Pays-Bas et 1,42% des troupeaux reproducteurs adultes étaient infectés par Salmonella. Cependant, en 2021, le chiffre était de 0,38% et en 2022, il était de 0,25%.

En Allemagne, les informations de l'Institut fédéral d'évaluation des risques (BfR) montrent que Salmonella a été détectée dans six, soit 0,8 %, des troupeaux reproducteurs en 2022, contre 4,8 % en 2021. Un seul des six résultats en 2022 concernait l'un des cinq types de Salmonella mentionnés dans la législation.

Renforcer la bonne exécution

La NVWA a également dit qu'elle imposerait des sanctions plus sévères dans le secteur équin si les exigences pertinentes ne sont pas respectées. Les réglementations sur l'identification et l'enregistrement ont été renforcées en 2021. Les règles européennes signifient qu'il existe un passeport pour les chevaux, les ânes et les poneys.

Les inspections effectuées par la NVWA en 2022 chez les détenteurs d'équidés ont montré que le respect de la réglementation révisée était faible. Dans la plupart des cas, l'enregistrement du lieu de résidence ou de l'animal dans ce milieu n'était pas correct. Les motifs de non-conformité allaient de la méconnaissance des règles à la négligence.

Étant donné que les non-conformités concernaient de nouvelles réglementations, la NVWA n'a pas infligé d'amende aux contrevenants mais a émis un avertissement écrit. Cependant, l'agence a déclaré qu'elle renforcerait désormais la surveillance.

Un enregistrement correct est important car il permet une traçabilité plus rapide des animaux ou des produits d'origine animale en cas d'épidémie de maladie animale infectieuse ou si la viande de cheval est contaminée.

Des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 après la publication d'une nouvelle étude dans Nature

«Avec une nouvelle étude publiée dans Nature, des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 », source article de Mary Van Beusekom paru le 5 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs chinois qui ont isolé trois virus SARS-CoV-2 vivants et de l'ADN viral à partir d'échantillons environnementaux au marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, Chine, disent que les résultats ne montrent pas définitivement que la pandémie s'est propagée aux humains à partir d'animaux, selon une étude publié dans Nature.

L'étude est initialement apparue sur un serveur de prépublication en février 2022. Cependant, avant la publication dans Nature, des séquences précédemment non divulguées sont récemment apparues dans la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID pour Global Initiative in Sharing Avian Influenza Data), qui a attiré l'attention de chercheurs internationaux qui ont signalé leur conclusions à l'Organisation mondiale de la santé.

Sur le serveur de préimpression Zenodo, le groupe a publié sa propre analyse des séquences, qui, selon lui, soutiennent, mais ne prouvent pas définitivement, que le virus est probablement passé des animaux (par exemple, le chien viverrin) aux personnes du marché.

Tout en reconnaissant que les données n'étaient pas définitives, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus a ensuite appelé la Chine à partager immédiatement toutes ces informations avec la communauté scientifique internationale. «Ces données auraient pu - et auraient dû - être partagées il y a 3 ans», a-t-il déclaré.

Le marché peut avoir amplifié l'épidémie établie

Dans l'étude de Nature, les chercheurs ont analysé 923 échantillons environnementaux obtenus dans et autour du marché fermé à partir du 1er janvier 2020, et 457 échantillons prélevés sur 18 espèces animales (dans des réfrigérateurs et des congélateurs, écouvillons d'animaux errants et leurs excréments, et le contenu d'un aquarium) à partir du 18 janvier 2020. Le marché a été fermé après avoir été lié à des clusters de cas humains de COVID-19.

La RT-PCR a révélé des preuves de SARS-CoV-2, dont trois virus vivants, dans 73 échantillons environnementaux (7,9%) qui correspondaient au virus de type sauvage isolé chez l'homme avec une précision supérieure à 99,99%.

La plupart des 64 échantillons positifs (87,5%) ont été prélevés dans la zone ouest du marché, dont une partie était soupçonnée d'impliquer des ventes d'animaux sauvages, et dans les égouts et les collecteurs d’eaux usées.

Des preuves du variant SARS-CoV-2 Alpha ont également été retrouvées dans un échantillon environnemental. Le séquençage de l'ARN des échantillons environnementaux positifs et négatifs a montré la présence «d'une abondance» d'animaux différents. Aucune preuve du virus n'a été détectée dans les échantillons d'animaux.

Les chercheurs ont dit que si les preuves génétiques suggèrent que des chauves-souris, des chiens viverrins et des furets, des espèces hôtes potentielles du SRAS-CoV-2, étaient présents sur le marché, les preuves ont été collectées principalement dans des échantillons environnementaux négatifs.

«L'origine du virus ne peut pas être déterminée à partir de toutes les analyses disponibles jusqu'à présent», ont-ils écrit. «Il reste possible que le marché ait [agi] comme un amplificateur de transmission en raison du nombre élevé de visiteurs chaque jour, provoquant de nombreux clusters d'infection initialement identifiés aux premiers stades de l'épidémie.»

Une scientifique qualifie l'étude de «profondément erronée»

Sur Twitter, Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan au Canada et co-auteur de l'analyse parue sur Zenodo, a qualifié l'étude de Nature de «profondément défectueuse», indiquant que les auteurs avaient utilisé une base de données de référence pour le séquençage qui excluait le génome du chien viverrin. «Et pourtant, malgré le fait qu'ils reconnaissent que cela pourrait être résolu en utilisant une base de données de référence différente (une solution facile), ils ont choisi de ne pas le faire», a-t-elle écrit.

Mais, ont dit les chercheurs dans Nature, «même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas qu'une transmission interhumaine se soit produite, étant donné que le moment de l'échantillonnage était postérieur à l'infection humaine sur le marché, comme indiqué rétrospectivement. Ainsi, la possibilité l'introduction potentielle du virus sur le marché par l'intermédiaire d'humains infectés ou de produits de la chaîne du froid ne peut pas encore être exclue.»

«Même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas la possibilité d'une transmission d'homme à animal.»

Ils ont appelé à une recherche coordonnée au niveau international pour enquêter sur l'origine potentielle du SRAS-CoV-2. «La surveillance des animaux sauvages devrait être renforcée pour explorer les hôtes naturels et intermédiaires potentiels du SRAS-CoV-2, le cas échéant, ce qui aiderait à prévenir de futures pandémies causées par des virus d'origine animale», ont-ils conclu.

Le ‘mystère' sur les origines du SARS-CoV-2 se dissipe peu à peu

Après, Le rapport de l'OMS sur les origines du COVID met en évidence des indices sur un saut animal-humain et Une nouvelle mise à jour sur les origines de la ,COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques, voici que «L'OMS détaille les discussions sur les séquences du SRAS-CoV-2 du marché de Wuhan récemment révélées», source article de Lisa Schnirring paru le 20 mars 2023 dans CIDRAP News.

Au cours du week-end, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a détaillé les conversations avec des chercheurs chinois, son groupe consultatif et des chercheurs internationaux qui ont trouvé des séquences de SRAS-CoV-2 jusqu'alors inconnues à l'épicentre de l'épidémie sur le marché des animaux sur la base de données GISAID.

Le nouveau développement intervient dans le contexte d'un examen minutieux de la Chine, des impacts mondiaux potentiels de son commerce d'espèces sauvages et de la possibilité que le virus provienne d'un laboratoire de la même ville où l'épidémie a commencé.

Des scientifiques de Chine et d'ailleurs interviennent

L'OMS a dit avoir appris les séquences pour la première fois le 12 mars, ce qui a suscité des discussions immédiates avec le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine) et deux hauts dirigeants de son groupe stratégique pour les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Strategic Group for the Origins of Novel Pathogens), que l'OMS a créé à l'automne 2022 pour examiner la source des agents pathogènes émergents et réémergents qui ont un potentiel pandémique.

Les séquences d'échantillons prélevés sur le marché de gros de produits de la mer de Huanan à Wuhan, Chine, au début de l'épidémie sont récemment apparues sur GISAID et ont été téléchargées par des chercheurs de plusieurs pays avant que l'accès ne soit restreint, a di l'OMS dans un communiqué.

Des responsables chinois ont dit à l'OMS que les séquences génomiques faisaient partie d'une préimpression de 2022 qui a été soumise pour publication à Nature.

Plus tard le 12 mars, l'OMS a organisé un appel entre le CDC de Chine et certains des chercheurs internationaux qui ont accédé aux données pour discuter de l'importance des résultats. Le 14 mars, l'OMS a réuni l'ensemble du groupe SAGO et a invité des chercheurs chinois à fournir une analyse mise à jour de leurs données originales. L'OMS a également invité les chercheurs internationaux à préciser leur analyse des séquences postées temporairement.

Niveaux élevés d'ADN de chien viverrin

Les nouvelles données provenaient d'échantillons environnementaux provenant d'étals et d'eaux usées du marché collectés dès janvier 2020. Outre le SRAS-CoV-2, certains échantillons contenaient de l'ADN humain ainsi que de l'ADN mitochondrial de plusieurs espèces animales, dont certaines connues pour être sensibles au virus.

L'étude pré-imprimée indique que les chiens viverrins n'ont pas été testés, mais les nouvelles données - montrant des niveaux élevés d'ADN mitochondrial de chien viverrin, ce qui suggère que les chiens viverrins et d'autres animaux pourraient avoir été sur le marché avant qu'il ne soit nettoyé dans le cadre de la riposte à l'épidémie. Des preuves photographiques antérieures ont montré que des chiens viverrins et d'autres animaux étaient vendus dans les étals spécifiques par le passé.

«Bien que cela ne fournisse pas de preuves concluantes quant à l'hôte intermédiaire ou aux origines du virus, les données fournissent des preuves supplémentaires de la présence d'animaux sensibles sur le marché qui pourraient avoir été une source d'infections humaines», a dit l'OMS.

L'OMS a exhorté les scientifiques chinois et les chercheurs internationaux à partager toutes les données liées à l'origine du SRAS-CoV-2. Le groupe a également réitéré son appel à la Chine pour qu'elle enquête sur la provenance des animaux et des produits d'origine animale sur le marché avant sa fermeture. Il a également exhorté la Chine à partager toutes les données de séquençage sur GISAID et à partager son manuscrit en cours d'examen dès que possible.

NB : La photo représente un chien viverrin.

Mise à jour du 22 mars 2023
Un article scientifique a décrit les séquences du SRAS-CoV-2 retrouvé au marché de Huanan de Wuhan. Le président Biden signe un projet de loi sur la déclassification d'informations du renseignement glanées auprès des agences américaines sans nuire à la sécurité nationale. Source CIDRAP News.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués

«L'OMS presse la Chine de partager des prélèvements d’un marché lié au SARS-CoV-2 jusqu'alors non divulgués», source article de Lisa Schnirring du 17 mars 2023 paru dans CIDRAP News. Le blog vous propose que la première partie de cet article consacrée à l’origine du SARS-CoV-2.

Suite à une apparition éphémère de séquences du SARS-CoV-2 provenant d'écouvillons environnementaux du marché de Wuhan qui était l'épicentre précoce de l'épidémie, le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a réitéré son appel à la Chine pour qu'elle partage les informations sur le virus avec l'OMS et la communauté scientifique.

Dans d'autres développements liés à la COVID-19, des mises à jour du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis montrent que le sous-variant Omicron XBB.1.5 représente désormais environ 90,2% des cas et que les cas, les hospitalisations et les décès continuent de baisser.

Des séquences ajoutent plus de preuves à l’origine animale

Hier soir, des articles de The Atlantic et de Science ont révélé qu’une scientifique française, Flo Debarre, est tombée sur de nouvelles données de séquence sur la base de données de partage du virus GISAID publiée par une équipe de recherche chinoise dirigée par George Gao, qui était l'ancien directeur du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC de Chine).

En février 2022, l'équipe de Gao, dans une étude avant impression, a dit que des échantillons environnementaux positifs pour le SARS-CoV-2 contenaient également de l'ADN humain, laissant entendre que les humains pourraient avoir introduit le virus sur le marché.

Des scientifiques ont téléchargé et rapidement analysé les séquences nouvellement mises en ligne, qui ont depuis été supprimées par le groupe chinois. Les premiers résultats suggèrent que certains des échantillons de SARS-CoV-2 du marché contiennent de l'ADN ou de l'ARN de chiens viverrins, de civettes et d'autres mammifères, ce qui ajoute davantage de preuves d'un débordement zoonotique comme origine de l'épidémie. Le 7 mars, les scientifiques qui se sont penchés sur les séquences nouvellement publiées ont présenté leurs premiers résultats au Groupe consultatif scientifique de l'OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens).

Le mystère entourant l’origine du virus, au centre d'un débat intense, a également conduit à la spéculation selon laquelle le virus pourrait provenir d'une fuite de laboratoire, qui a récemment été adoptée, mais avec une faible confiance, par des responsables du renseignement de deux agences gouvernementales américaines, et le directeur génral de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a appelé tous les pays à partager ce qu'ils savent.

Lors d'un briefing de l'OMS le 17 mars, Tedros a déclaré que l'OMS avait été informée du séquençage nouvellement publié le 5 mars, ce qui a incité le groupe à demander au CDC chinois de partager les données avec l'OMS et la communauté scientifique internationale.

«Ces données ne fournissent pas de réponse définitive à la question de savoir comment la pandémie a commencé, mais chaque élément de données est important pour nous rapprocher de cette réponse», a déclaré Tedros.

Il a ajouté que toutes les données liées aux origines du SARS-CoV-2 doivent être immédiatement partagées avec la communauté internationale. «Ces données auraient pu et auraient dû être partagées il y a 3 ans.»

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

Un plan de prélèvements montre l'impact limité de la campagne danoise sur Listeria

«Un plan de prélèvements montre l'impact limité de la campagne danoise sur la Listeria», source article de Joe Whitworth paru le 10 février 2023 dans Food safety News.

Une campagne danoise pour lutter contre Listeria après une grande épidémie ne semble pas avoir fonctionné, sur la base des résultats récemment publiés dans une étude.

La campagne de sensibilisation était une stratégie de communication des risques visant à réduire Listeria. Cependant, l'étude a montré que la prévalence de Listeria monocytogenes dans les installations de produits prêts à consommer (PAC) à haut risque était en grande partie inchangée entre 2016 et 2020. De plus, les cas de listériose sont passés de 39 en 2016 à 86 en 2022.

Pour évaluer la présence et la persistance de Listeria monocytogenes dans les entreprises alimentaires danoises de produits prêts à consommer (PAC) en réponse à une campagne de sensibilisation à Listeria, l'environnement de production d'entreprises de poisson et de viande sélectionnées a été prélevé en 2016 et 2020.

Après une épidémie de listériose qui a impliqué 41 cas et 17 décès en 2014 causés par un pain de viande épicé PAC contaminé, l'administration vétérinaire et alimentaire danoise (Foedevarestyrelsen) a lancé une campagne de sensibilisation vis-à-vis de Listeria en 2015-2016 avec des activités d'information et d'éducation destinées aux producteurs de produits à haut risque, les inspecteurs des aliments et le public.

Le nombre d'entreprises testées positives par culture était de 17 sur 39 en 2016 et de 11 sur 34 en 2020, indiquant un effet limité de la campagne, a révélé l'étude publiée dans la revue hygiene, «Presence and Persistence of Listeria monocytogenes in the Danish Ready-to-Eat Food Production Environment».

Succès limité et plus de cas d'infection

Au total, 777 prélèvements environnementaux ont été obtenus auprès de 53 entreprises, dont 32 et 20 prélèvements étaient positifs pour Listeria monocytogenes respectivement en 2016 et 2020,. Quatre entreprises ont été testées positives au cours des deux années.

Seules 20 entreprises ont participé les deux années et le nombre de prélèvements par entreprise variait. De plus, les analyses en 2020 se sont concentrés sur la zone après un traitement thermique plutôt que sur l'endroit où les matières premières étaient manipulées.

Le séquençage du génome entier (WGS) a caractérisé 50 isolats dans 24 entreprises, plus 35 autres issus de la surveillance de routine de 2016 à 2020.

Dix types de séquences différents ont été impliqués dans des cas au Danemark au cours de la période d'étude et cinq d'entre eux ont également été retrouvés dans les entreprises alimentaires. L'analyse d'une souche a suggéré qu'elle avait persisté au fil du temps dans l'environnement de production et qu'elle pouvait avoir causé des cas humains, avec un intervalle de 6 ans.

Les résultats ont montré que les mêmes types de séquences peuvent être isolés sur de longues périodes à partir des mêmes entreprises. Les isolats appartenant au même type de séquence et provenant des mêmes entreprises étaient génétiquement similaires quelle que soit l'année ou si les prélèvementss provenaient de produits ou de l'environnement, indiquant la persistance de certains types de séquence.

«La prévalence de Listeria monocytogenes est restée comparable entre les prélèvements de 2016 et de 2020, ce qui, combiné à la tendance à la hausse des cas de listériose au Danemark, peut indiquer que la stratégie actuelle de communication des risques ne fonctionne pas, malgré la campagne intensive de sensibilisation à Listeria de la Danish Veterinary and Food Administration et la disponibilité de informations sur le site Internet de l'agence», ont dit les scientifiques.

La Food Standards Agency présente un plan pour combler les lacunes du système de laboratoires

Encore un sujet de préoccupation au Royaume-Uni où «La Food Standards Agency présente un plan pour combler les lacunes du système de laboratoires», source article de Joe Whitworth paru le 30 septembre 2022 dans Food Safety News.

La Food Standards Agency (FSA) a présenté des plans pour soutenir le réseau de laboratoires existant qui, selon elle, se trouve dans une «position précaire».

L'agence a obtenu un financement de 2,1 millions de livres sterling (2,42 millions d’euros) par an, qui sera utilisé pour fournir un système amélioré de 2022 à 2025.

Il y a eu une baisse constante de la capacité et des capacités des analystes publics (PA) des laboratoires officiels (OLs). Ces laboratoires analysent des prélèvements d'aliments sur le plan chimique et la composition des aliments, envoyés par les autorités sanitaires locales ou portuaires.

Si le déclin se poursuit, il y a une «forte probabilité» que la FSA, les autorités locales et d'autres ministères ne pourront pas accéder aux capacités de laboratoire dont ils ont besoin pour l'application des textes réglementaires, lors d'incidents, de la surveillance et de la recherche et du développement, a dit la FSA.

L'accent n'est pas mis sur les analyses microbiologiques, car la plupart de ces analyses sont effectués par la UK Health Security Agency (UKHSA) en Angleterre, Public Health Wales et le Public Health Laboratory en Irlande du Nord.

Améliorer le système existant

Trois options sont envisagées. L'une est une fonction centralisée financée et détenue par la FSA. Cependant, cela ne fonctionnerait pas à court terme et s'accompagnerait de coûts de démarrage et de maintenance élevés.

La seconde, le recours accru au secteur privé, n'est pas recommandée car de nombreux essais analytiques seront si peu rentables qu'ils ne seront pas proposés.

L'option privilégiée consiste à soutenir les laboratoires existants et les laboratoires nationaux de référence. Les lacunes en matière de capacité seraient évaluées en fonction des risques et hiérarchisées pour cibler les investissements. Les analystes publics des laboratoires officiels devraient respecter les indicateurs de performance clés définis par la FSA.

Les plans ont été discutés lors de la dernière réunion du conseil d'administration de la FSA, les membres du conseil étant satisfaits de l'approche mais impatients d'en savoir plus sur les plans à long terme plus larges.

Le Dr Duncan Campbell, secrétaire honoraire de l'Association of Public Analysts, a déclaré que le groupe s'est félicité du développement et a été rassuré par l'acceptation des recommandations.

«Des membres en Angleterre et au Pays de Galles se sont déjà engagés avec le personnel de la FSA au cours des derniers mois et nous attendons avec impatience un dialogue continu. En plus de fournir un soutien ciblé aux laboratoires, une partie cruciale des propositions est la formation et le développement des analystes publics du futur, car l'ensemble du système d'application dépend de l'accomplissement de ces rôles clés», a-t-il déclaré.

La Food Standards Scotland est également en train de réformer son approche des services de laboratoire officiels et de prélèvements.

Le système actuel au Royaume-Uni dépend fortement des prélèvements par les autorités locales, qui a diminué ces dernières années. Les prélèvements voulus par la loi par les autorités locales pour des essais non microbiologiques ont diminué en moyenne de 79% en Angleterre, au Pays de Galles et en Irlande du Nord depuis 2016.

Lacunes actuelles dans les prélèvements

De nombreuses autorités locales ne prélèvent que peu ou pas d'échantillons voulus par la loi, en raison de coupes budgétaires et de ressources limitées. Cependant, la FSA a dit que l'augmentation des prélèvements pour atteindre un objectif n'était pas la «solution miracle».

Une enquête de février 2022 auprès des autorités locales d'Angleterre et du Pays de Galles a révélé que la plupart des échantillons prélevés se limitaient aux allergènes et à la spéciation de la viande ou du poisson, qui sont des essais à faible coût.

Une autre enquête auprès de cinq analystes publics de laboratoires officiels a révélé qu'aucun n'avait la capacité de tester les OGM. Parmi les autres lacunes, citons les tests de pesticides, les compléments alimentaires et le dépistage rapide de la falsification des herbes et des épices.

En 2013, il y avait neuf analystes publics de laboratoires officiels dont sept appartenaient aux autorités locales. Maintenant, il n'y en a plus que cinq et trois appartiennent aux autorités locales et deux à des laboratoires privés. Le déclin des prélèvements a placé le réseau analystes publics des laboratoires officiels dans une position «précaire» avec plusieurs fermetures de laboratoires ces dernières années, a dit la FSA.

Des tests supplémentaires ont été fournis par des laboratoires basés dans l'UE. Après le départ du Royaume-Uni d'Europe, cela a été impacté par des problèmes logistiques tels que des échantillons bloqués dans les ports de l'UE, ce qui augmente les délais d'exécution pour les autorités locales recevant les résultats.

Preuve du virus de la variole du singe retrouvé sur des surfaces domestiques aux Etats-Unis

«Preuve du virus de la variole du singe retrouvé sur des surfaces domestiques», source article de Stephanie Soucheray dans CIDRAP News. Extraits.

Une étude publiée le 19 août dans Morbidity and Mortality Weekly Report montre que plusieurs zones de surface ont été testées positives pour le matériel génétique du virus de la variole du singe chez un ménage de deux personnes infectées par le virus de la variole du singe dans l'Utah.

Les deux cas-patients, qui ont contracté la maladie lors d'un voyage international, s'étaient isolés chez eux pendant 20 jours avant que leur domicile ne soit utilisé pour des prélèvements par des agents de l’Utah Department of Health and Human Services (UDHHS). Les agents ont recueilli des échantillons de 30 objets dans neuf zones de la maison.

Sur les 30 prélèvements, 21 (70%) ont donné des résultats positifs par PCR en temps réel, indiquant la présence d'ADN du virus de la variole du singe. Les zones écouvillonées comprenaient celles de trois articles poreux (meubles en tissu et couvertures), 17 des 25 (68%) surfaces non poreuses (poignées et interrupteurs) et l'un des deux types de surfaces mixtes (chaises).

Les enquêteurs ont tenté de cultiver des virus vivants en laboratoire à partir de prélèvements positifs par PCR, mais ont noté qu'«aucun échantillon n'a donné de résultat de culture virale positif».

L'expert en maladies infectieuses Michael Osterholm, éditeur de CIDRAP News, a cependant mis les résultats en perspective. «Les données épidémiologiques dont nous disposons jusqu'à présent dans cette épidémie confirment que des personnes ne contractent pas la variole du singe en touchant des surfaces contaminées. La prépondérance des données indique qu'il est transmis par contact physique direct, qu'il soit sexuel ou non sexuel.»

La contamination s'est produite bien que les patients aient déclaré se doucher une ou deux fois par jour, se laver les mains environ 10 fois par jour, laver la literie et les vêtements chaque semaine et effectuer le nettoyage domestique de routine, comme le nettoyage et l'utilisation quotidienne d'un vaporisateur multi-surfaces sur la plupart surfaces de contact, ont déclaré les auteurs.

«Les personnes vivant ou visitant le domicile d'une personne atteinte de la variole du singe doivent suivre des précautions appropriées contre l'exposition indirecte et la transmission en portant un masque bien ajusté, en évitant de toucher les surfaces éventuellement contaminées, en maintenant une hygiène des mains appropriée, en évitant de partager des ustensiles de cuisine, des vêtements, de la literie ou serviettes et en suivant les recommandations de désinfection à domicile», ont conclu les auteurs.

Le total américain s'élève désormais à 14 115 cas, après que 598 autres cas ont été confirmés le 18 août.

L'EMA met en garde contre les vaccins intradermiques

L'Agence européenne des médicaments (EMA pour European Medicines Agency) a mis en garde contre un risque plus élevé de réactions locales (rougeur et épaississement et décoloration de la peau plus durables) avec les injections fractionnées intradermiques par rapport aux injections sous-cutanées.

L'EMA a dit qu'une technique appropriée doit être respectée lors de l'administration du vaccin contre la variole du singe de cette manière : «Compte tenu de toutes ces considérations, les autorités nationales peuvent décider, à titre de mesure temporaire, d'utiliser Imvanex comme injection intradermique à une dose plus faible pour protéger les personnes à risque pendant l'épidémie actuelle de la variole du singe alors que l'approvisionnement en vaccin reste limité», indique un communiqué.

Imvanex, appelé Jynneos aux États-Unis, est le vaccin bavarois Nordic contre la variole du singe actuellement utilisé dans plusieurs pays à travers le monde.

En Europe, 16 162 cas confirmés de la variole du singe ont été signalés dans 29 pays, l'Espagne signalant le plus (5 792), suivie de l'Allemagne (3 242) et de la France (2 749). Selon la dernière évaluation des risques du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), la transmission concerne principalement les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes âgés de 18 à 50 ans.

«La probabilité que [la variole du singe] se propage davantage dans les réseaux de personnes ayant plusieurs partenaires sexuels dans l'UE/EEE est considérée comme élevée et la probabilité de propagation du virus de la variole du singe parmi la population au sens large est évaluée comme très faible», a dit l'ECDC.

La photo est issue du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID).

Complément

Pour un autre virus, on lira dans Food Navigator, le virus de la variole du singe peut-il être transmis par la nourriture ? Les experts ne l'excluent pas…

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !