Suite aux premières ordonnances de confinement émises aux États-Unis pour freiner la propagation de la COVID-19, les virus gastro-intestinaux, tels que les norovirus, les rotavirus et les adénovirus, ont pratiquement disparu des communautés californiennes et sont restés à des niveaux très faibles pendant près de 2 ans. L’étude publiée dans Journal of Clinical Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.
Il est intéressant de noter que ces virus sont revenus aux niveaux d’avant la pandémie fin 2022, a déclaré Niaz Banaei, professeur de pathologie et de médecine (maladies infectieuses) à l’Université de Stanford et directeur médical du laboratoire de microbiologie clinique de Stanford Health Care. «L'adénovirus de type 40 et 41, les souches d'adénovirus les plus fréquemment associées à la gastro-entérite, a en fait atteint des niveaux 2 fois plus élevés que les niveaux pré-pandémiques.»
Banaei soupçonne que la flambée des infections virales a été rendue possible par la diminution de l’immunité collective de la communauté due au manque d’exposition pendant la pandémie. «Quelque chose de similaire a été décrit pour la flambée des infections par le virus respiratoire syncytial en 2022», a-t-il dit.
Pour identifier les changements dans la prévalence des agents pathogènes gastro-intestinaux, les chercheurs ont comparé les taux de détection des agents pathogènes gastro-intestinaux acquis dans la communauté avant, pendant et après le confinement lié à la COVID en Californie. À cette fin, ils ont utilisé un panel de tests par PCR appelé panel BioFire FilmArray GI, qui teste 22 des agents pathogènes les plus courants causant la diarrhée, et ont analysé environ 18 000 tests effectués entre janvier 2018 et décembre. 2022.
Selon Banaei, la motivation de la recherche était le changement du taux de positifs pour certains agents pathogènes pendant la pandémie de COVID-19. «Il est immédiatement devenu clair que le confinement pandémique et le confinement à la maison avaient créé une expérience naturelle pour étudier la dynamique de transmission des agents pathogènes responsables de la gastro-entérite.»
La recherche offre une fenêtre unique sur la biologie des agents pathogènes gastro-intestinaux, soulevant de nouvelles questions de recherche, a dit Banaei. «Pourquoi certains ont-ils disparu alors que d’autres sont restés inchangés pendant le confinement ? Pourquoi certains atteignent-ils maintenant des niveaux que nous n’avons jamais vus auparavant ?» Une meilleure compréhension de ces phénomènes pourrait permettre de trouver des moyens d'interrompre la propagation des agents pathogènes, en particulier dans les pays à revenu faible ou intermédiaire où la gastro-entérite reste une cause majeure de maladie et de décès, notamment chez les enfants. «Cela pourrait également nous aider à nous préparer à de futures pandémies imprévues.»
