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jeudi 28 décembre 2023

Le rôle des biofilms bactériens dans la résistance aux antimicrobiens

Les mécanismes conduisant à la résistance se produisent simultanément au sein d’un biofilm mature, source Wikimédia Commons.

Les biofilms peuvent avoir un impact sur l’efficacité antimicrobienne ainsi que sur les réponses immunitaires. Dans notre 3ème article le plus lu de 2023, Rodney Rohde et Andrea Prinzi explorent comment les biofilms contribuent à la résistance aux antimicrobiens et à l’établissement d’infections persistantes et chroniques. 

vendredi 22 décembre 2023

Un nouvel anticorps thérapeutique neutralisant la shigatoxine 2a avec une faible immunogénicité et une efficacité élevée

Les traitements des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines sont limités car les antibiotiques peuvent induire une surexpression de la shigatoxine (Stx). Dans une étude parue dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, des chercheurs décrivent un nouvel anticorps neutralisant Stx2a avec une faible immunogénicité et une efficacité élevée.

dimanche 17 décembre 2023

Syndrome de l'alpha-Gal : Quand une morsure de tique se transforme en allergie à la viande

Que se passe-t-il lorsqu’une piqûre (ou morsure) de tique se transforme en allergie à la viande ? Le syndrome de l’alpha-Gal peut entraîner de graves réactions d'hypersensibilité et une anaphylaxie suite à une exposition à la viande rouge. Apprenez-en davantage sur les symptômes, le diagnostic et la prise en charge de cette maladie allergique, ici.

NB : Piqûre ou morsure de tique, le débat reste ouvert ...

jeudi 14 décembre 2023

Voici le vainqueur 2023 du concours d'art sur milieu gélosé de l'ASM

Nous sommes ravis d'annoncer les gagnants du concours d'art sur milieu gélosé de cette année, parrainé par MlliporeSigma. Félicitations à Ella Rotman, notre grande gagnante, pour son travail «Alien Medley» ! Découvrez les autres gagnants sur notre site ici. Source American Society for Microbiology.

mardi 12 décembre 2023

Les bactéries sont-elles la prochaine grande nouveauté de la mode ?

Avoir une belle apparence coûte cher et bien plus que de l'argent.

L’industrie de la mode utilise énormément de ressources et génère des déchets importants. Comment peut-elle avancer vers un avenir durable (mais toujours à la mode) ? 
La cellulose bactérienne pourrait être la solution idéale.

Are Bacteria the Next Big Thing in Fashion? (Les bactéries sont-elles la prochaine grande nouveauté de la mode ?)

Vendredi 15 décembre 2023, le blog fera paraître le Top 10 de l’année 2023 de la sécurité des aliments en France. Il s’gait d’une mise en perspective de quelques faits saillants, mais aussi avec des absents …

samedi 2 décembre 2023

Comment les virus se propagent à l’intérieur et que faire à ce sujet ?

«Comment les virus se propagent à l’intérieur et que faire à ce sujet» source article de Madeline Barron paru dans ASM News du 29 novembre 2023.

Comprendre la transmission virale intérieure est important pour prévenir les maladies.

Les humains sont des créatures d’intérieur ; la plupart de leur temps (environ 90%) est passé à l’intérieur, surtout lorsque les mois d’hiver apportent des températures extrêmement froides. Mais lorsque les personnes se rassemblent dans des bâtiments, ils partagent bien plus que de l’espace : ils partagent également des microbes, dont certains provoquent des maladies.

Au cours des dernières années, la façon dont les agents pathogènes (en particulier les virus) se déplacent dans les espaces intérieurs – des écoles et bureaux aux maisons et hôpitaux – est devenue une pièce importante du puzzle pour contrôler la propagation de maladies infectieuses comme la COVID-19. Comprendre les tenants et les aboutissants de la transmission virale à l’intérieur des bâtiments peut éclairer la manière dont ces structures sont conçues et gérées pour maintenir les occupants en bonne santé.

Comment les virus se propagent-ils à l’intérieur ?
La transmission virale dépend de facteurs environnementaux (température, humidité, mode d'utilisation de l'espace), des personnes occupant l'espace et de leurs activités (tirer la chasse d'eau, parler, manger, passer l'aspirateur) et des caractéristiques des virus eux-mêmes (charge de surface, interactions avec d'autres microbes, présence d'enveloppe virale et plus). «Ce n’est pas une question simple, mais plutôt une écologie complexe quant à la façon dont les virus survivent dans l’environnement», a dit Charles Gerba, professeur de virologie au Water & Energy Sustainable Technology Center de l’Université d’Arizona.

Bien que tous ces facteurs créent une image de transmission unique pour chaque espace intérieur, il existe quelques voies clés pour la dissémination des agents pathogènes.

Légende. Les virus se propagent à l’intérieur par de multiples voies interconnectées, notamment via des vecteurs passifs et des aérosols. Source Ijaz, M.K., et al./PeerJ, 2023 via une licence CC BY 4.0.

Surfaces contaminées
Les agents pathogènes se propagent notamment par des surfaces inertes contaminées (fomites), comme les poignées de porte, les dessus de table, les claviers, les interrupteurs et les fontaines à eau, pour n'en nommer que quelques-unes. Les virus se déposent directement sur les surfaces (par exemple, touchés par une personne infectée par un virus) ou s'y déposent depuis l'air. Si quelqu'un touche une surface hébergeant un virus infectieux, puis se touche le visage (ce que les adultes font toutes les 3 à 5 minutes selon la situation, et les enfants le font environ 80 fois par heure selon l'âge), il peut être infecté.

L'importance et la durée de la transmission par un vecteur passif (fomite) dépendent du virus (par exemple, s'il possède une enveloppe, ce qui le rend plus sensible aux facteurs de stress environnementaux, comme les désinfectants) et de sa quantité présente. Par exemple, norovirus, un virus non enveloppé qui infecte l'intestin, peut persister sur les surfaces jusqu'à deux semaines, et les vecteurs passifs font partie intégrante de la transmission. Le SRAS-CoV-2, un virus enveloppé, peut survivre sur des surfaces pendant plusieurs jours, et une transmission par vecteur passif est possible et probablement impliquée dans la dissémination virale. Cependant, la transmission du SRAS-CoV-2 est hautement multimodale, les aérosols et les gouttelettes respiratoires jouant un rôle essentiel.

Aérosols
À cet effet, les aérosols (particules ou gouttelettes en suspension < 5 µm de diamètre sur lesquelles les virus peuvent faire du stop) représentent une autre voie par laquelle les virus se propagent dans les bâtiments.

Alors que les gouttelettes respiratoires (qui sont plus grosses que les aérosols avec un diamètre > 5 à 10 μm) sont plus lourdes et plus susceptibles de tomber de l'air avant de s'évaporer, les aérosols peuvent rester dans l'air pendant des minutes, voire des heures, posant ainsi un risque potentiel pendant de longues périodes. de temps. Ce risque est lié à la manière dont l'air circule dans un espace (par exemple, le degré de ventilation) et à la fonction du bâtiment. Les écoles, par exemple, ont le potentiel de contenir davantage d’agents pathogènes putatifs dans l’air, en raison du grand nombre de personnes se rassemblant dans un espace, pendant de longues périodes, et avec un roulement élevé. 

«L'une des choses que nous avons rapidement apprises [est que] la propagation du virus dans l'environnement intérieur dépend du scénario et de la voie dans laquelle vous vous trouvez - que vous soyez dans une chambre d'hôtel ou à l'hôpital peut faire une grande différence», a dit Gerba.

Légende. Les toilettes crachent des aérosols à plusieurs mètres au-dessus et autour de la cuvette après la chasse d'eau. Source Crimaldi, J.P., et al./Scientific Reports, 2022 via une licence CC BY 4.0 DEED.

Les aérosols provenant des sources d'eau, telles que les éviers et les toilettes, peuvent également propager des agents pathogènes, et les systèmes d'eau/eau contaminée sont une autre voie par laquelle les microbes traversent les bâtiments. «Lorsque vous êtes dans les toilettes et que vous tirez la chasse d'eau, vous avez un panache d'aérosols», a dit Stephanie Boone, chercheuse scientifique au Gerba Lab. «Nous avons mesuré [le panache] jusqu'à 91,5 cm de la surface des toilettes et jusqu'à 76,2 cm à l'extérieur de la surface des toilettes. Si vous avez, disons, le [SRAS-CoV-2], la grippe ou norovirus, ces virus [sont inclus] dans ce panache. Ces agents pathogènes associés au panache contaminent les surfaces environnementales, ce qui pourrait présenter un risque potentiel d'infection pendant plusieurs jours si elles ne sont pas décontaminées.

Gerba a souligné que tous les modes de transmission sont interdépendants. «C’est un processus assez dynamique, et je pense que l’un des défis que nous avons à relever est d’étudier la dynamique de celui-ci et de savoir comment les caractériser. Nous devons mieux comprendre tous ces facteurs et la manière dont ils interagissent avec l’environnement.

La remise en suspension des virus : un acteur clé de la transmission ?
Dans cet esprit, il existe un autre mode de transmission, souvent négligé, qui fait le pont entre la contamination de surfaces et la transmission par aérosol : la remise en suspension virale. La remise en suspension se produit lorsque des particules en suspension dans l'air se déposent sur sur une surface, puis sont repoussés dans l’air par des activités comme marcher ou ouvrir une porte. Le yo-yo du virus de l’air vers les surfaces, et vice-versa, pourrait-il conduire à des infections ?

Boone a exploré cette question. Elle utilise un bactériophage (un virus qui infecte uniquement les bactéries) comme indicateur de la manière dont les virus infectant l'homme se déplacent dans les espaces intérieurs. Lors d'expériences récentes, Boone et ses collègues ont appliqué des phages sur des tapis, des parquets, des rideaux et d'autres surfaces. Ils ont quantifié la quantité de phages qui s'est déposée sur des plaques de gélose dispersées dans l'espace 1 heure après avoir terminé une activité perturbatrice (par exemple passer l'aspirateur).

Les scientifiques ont découvert que des activités telles que passer l’aspirateur, marcher et ouvrir les rideaux entraînaient un déplacement des virus loin du site d’origine de la contamination. Par exemple, lorsqu'une personne a marché 5 fois sur un tapis dans une pièce non ventilée, les phages ont été retrouvés à plus de 2,13 mètres du site de marche et à près de 1,83 mètre au-dessus du sol (pour les planchers en bois, la suspension était moins dramatique). «Nous avons été stupéfaits», a dit Boone, notant que si les phages représentaient un virus respiratoire viable, il serait suspendu à portée de respiration des enfants et des adultes occupant l'espace, notamment en présence de poussière.

Divers événements peuvent conduire à une remise en suspension du virus, comme marcher ou passer l'aspirateur. Source Joseph J., et al. Exploration, 2022 via une licence CC BY 4.0 DEED.

En fait, dans tous les cas, la poussière a joué un rôle clé dans l’étendue et l’ampleur de la propagation du virus. Ce phénomène a également été démontré pour les virus qui infectent les humains : les «vecteurs passifs aérosolisés» (c'est-à-dire la poussière ambiante) ont contribué à la propagation de la grippe de type A dans un modèle chez le cobaye. Boone a souligné que les particules augmentent également l'expression de l'ACE2 (le récepteur du SRAS-CoV-2) dans les tissus pulmonaires de la souris, ce qui pourrait favoriser la susceptibilité à l'infection. Cependant, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre si et comment la poussière influence la dynamique de l’infection.

On ne sait toujours pas encore si la remise en suspension du virus présente un risque d’infection pour l’homme. Une étude a suggéré que la remise en suspension des particules des surfaces est une source importante d'ARN du SRAS-CoV-2 dans l'air des chambres d'hôpital, bien que les scientifiques n'aient pas examiné le virus infectieux. Une autre étude a révélé que laremise en suspension du virus de la grippe A simulée en laboratoire envoyait effectivement le virus dans l'air, mais que les concentrations étaient de 2 ordres de grandeur inférieures à celles générées par une émission respiratoire directe simulée.

«Nous avons démontré que nous pouvons ré-aérosoliser le virus des surfaces dans la plage d’inhalation-[mais] y a-t-il vraiment un risque ? Y a-t-il suffisamment de virus générés dans l’air pour constituer un risque ? Le nettoyage et la désinfection des vecteurs passifs réduiraient-ils le risque de remise en suspension des aérosols ?» se demanda Gerba. «Ce sont des questions auxquelles nous n'avons pas encore de réponse.»

Construire des solutions
Les connaissances concernant le mouvement des virus dans les bâtiments sont un facteur clé dans la façon dont les espaces intérieurs sont conçus et gérés afin de minimiser la transmission d'agents pathogènes. De telles solutions peuvent partir de zéro, notamment en concevant des bâtiments pour minimiser les interactions étroites entre les occupants et contrôler le flux de personnes et de circulation. Boone a noté que les mesures pourraient être aussi simples que d'opter pour des sols durs plutôt que de la moquette dans les maisons afin de réduire le risque de remise en suspension et d'accumulation de poussière.

Désinfection
La désinfection des surfaces peut également minimiser la contamination des surfaces et réduire le risque de remise en suspension du virus. Boone a suggéré de prêter attention aux zones «fréquemment touchées» comme les poignées de réfrigérateur, les poignées de porte et les interrupteurs d'éclairage qui sont souvent négligés lors du nettoyage de routine. Elle recommande également d'éviter les outils de nettoyage chargés de microbes, comme les éponges, et d'opter plutôt pour des serviettes en papier ou des articles qui peuvent être lavés régulièrement. Des scientifiques développent également des matériaux auto-désinfectants et/ou dotés de revêtements virucides qui peuvent minimiser le risque de contamination, tout en évitant les effets potentiellement négatifs sur l'environnement et la santé des nettoyants chimiques.

Pourtant, même les surfaces les plus contaminées posent peu de problèmes si personne n'interagit avec elles. Gerba a souligné la nécessité de réaliser des études d'évaluation des risques pour déterminer quels sont et où se situent les risques d'infection, et s'il existe des moyens d'optimiser l'énergie et les ressources pour désinfecter de manière ciblée. Au début de la pandémie de COVID-19, «beaucoup d’efforts ont été consacrés à la désinfection du SRAS-CoV-2», a-t-il dit. «En avons-nous fait trop pour le SRAS-CoV-2 ? Pourrions-nous bénéficier d’une meilleure allocation des ressources ? C’est pourquoi il est important de comprendre la transmission du virus dans l’environnement intérieur.

Filtration et ventilation de l'air
En ce qui concerne la transmission des aérosols, une architecture qui prend en charge une ventilation adéquate de l’air et évite les possibilités de stagnation de l’air (comme les couloirs fermés) est idéale. De plus, les systèmes d'air intérieur sont essentiels pour contrôler la propagation des virus aéroportés. Choisir des systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation adaptés à l'utilisation prévue d'un espace (par exemple, un établissement de santé par rapport à une école ou une maison) et favorisant l'efficacité des équipements et de l'énergie, tout en éliminant efficacement les contaminants de l'air, fait partie intégrante de la création et de l’entretien de bâtiments en tenant compte des microbes.

Légende. Une boîte Corsi-Rosenthal. Source Wikipédia. via une licence CC BY-SA 4.0.

Les filtres portables sont également re déplacer les virus infectieux, dont le SRAS-CoV-2, de l'air. Les personnes peuvent même fabriquer les leurs à partir de 4 filtres MERV-13 (MERV pour minimum efficiency reporting valueet d'un ventilateur en forme de boîte (connu sous le nom de boîte Corsi-Rosenthal). L'Agence de protection de l'environnement (EPA) des Etats-Unis a mené une étude avec des phages pour montrer que l'utilisation d'un de ces filtres à faire soi-même pendant 60 minutes pouvait réduire de 99% la présence de virus en suspension dans l'air. Des technologies émergentes de capture des aérosols, ou celles qui détectent et alertent rapidement les occupants d'une pièce de la présence de virus dans l'air, peuvent éclairer davantage les actions visant à prévenir la transmission à l'intérieur.

lundi 20 novembre 2023

Solutions microbiennes pour réduire les émissions de méthane

«Un nouveau rapport présente des solutions microbiennes pour réduire les émissions de méthane», source ASM News.

L'Académie américaine de microbiologie, groupe de réflexion scientifique et honorifique d’experts de l'American Society for Microbiology (ASM), a publié un nouveau rapport intitulé Le rôle des microbes dans la médiation des émissions de méthane ou The Role of Microbes in Mediating Methane Emissions. Le rapport met en évidence des recommandations visant à approfondir la compréhension de la communauté scientifique des processus microbiens de production et de consommation de méthane afin d’atténuer les émissions de méthane et de lutter contre le changement climatique.

Les microbes peuvent influencer le changement climatique grâce à des cycles biogéochimiques qui consomment ou produisent des gaz à effet de serre. L’augmentation des niveaux de méthane est l’un des principaux moteurs de la hausse des températures mondiales. Le pouvoir réchauffant du méthane est environ 80 fois plus puissant que celui du dioxyde de carbone sur une période de 20 ans. La réduction des émissions de méthane est un moyen efficace de ralentir la hausse des températures mondiales à court terme. Les microbes sont d’importants consommateurs et producteurs de méthane. Comprendre les diverses capacités métaboliques des microbes peut donc aider les scientifiques à mieux développer des solutions microbiennes permettant de résoudre le problème des émissions de méthane.

«En comprenant le rôle des microbes dans la médiation des émissions de méthane, nous ouvrons un large éventail de solutions prometteuses pour relever le défi climatique», a dit Vanessa Sperandio, présidente des gouverneurs de l'Académie. «Plus que jamais, la communauté scientifique doit travailler ensemble pour proposer de toute urgence ces solutions.»

Le rapport est le résultat des discussions et délibérations des experts participants au colloque des 31 mai et 1er juin 2023, organisé par l'ASM et l'American Geophysical Union, avec le soutien supplémentaire de la Soil Science Society of America. L’expertise des participants couvrait une variété de disciplines et de secteurs. Ils ont identifié des lacunes dans les connaissances qui doivent être explorées davantage et ont mis en évidence des stratégies potentielles pour lutter contre les émissions de méthane. Les recommandations du rapport visent à contribuer au développement de solutions qui exploitent les microbes pour réduire les émissions de méthane provenant de 4 sources principales : la fermentation entérique chez les ruminants (comme les vaches ou les moutons), les déchets animaux, les rizières et les décharges.

On lira :


Complément

Ressources sur la résistance aux antimicrobiens

Ressources sur la résistance aux antimicrobiens, source American Society for Microbiology.

L’adaptation est une conséquence naturelle de l’exposition aux antimicrobiens qui rend la résistance aux antimicrobiens (diminution de la sensibilité aux agents antimicrobiens) inévitable et irréversible. L’utilisation excessive d’agents antimicrobiens en médecine, dans la production d’animaux destinés à l’alimentation humaine et dans la protection des cultures a provoqué une résistance croissante à ces agents.

À mesure que l’efficacité des agents antimicrobiens existants diminue, les infections seront plus difficiles et plus coûteuses à traiter et les épidémies plus difficiles à contrôler. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) prévoit la perspective terrifiante de 10 millions de décès liés à la résistance aux antimicrobiens par an dans le monde d’ici 2050.

Principales causes de la résistance aux antimicrobiens :
- Surprescription d’antimicrobiens.
- Traitement raccourci ou observance incomplète du traitement antimicrobien.
- Surutilisation des antimicrobiens dans l’élevage et la pisciculture.
- Faible contrôle des infections dans les établissements de soins de santé.
- Faible hygiène et nettoyage-désinfection
- Découverte limitée de nouveaux antimicrobiens.

Les gènes de la résistance aux antimicrobiens sont incroyablement dispersés et circulent parmi les humains, les animaux, les plantes et l'environnement, et la mise en œuvre d'une approche One Health est essentielle pour lutter contre la propagation de la résistance.

Pour aller plus loin, voir ici.

NB : résistance aux antimicrobiens = résistance aux antibiotiques

En France, on lira ce document de l’Anses, «Antibiorésistance en santé animale : bilan 2023».

Par les missions qu’elle exerce, l’Anses contribue à lutter contre l'antibiorésistance. À l’occasion de la semaine mondiale pour le bon usage des antibiotiques, l'Agence publie les données recueillies en 2022 pour :
- Le suivi des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antimicrobiens,
- Le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath),
- Le dispositif européen de surveillance de l’antibiorésistance dans la chaîne alimentaire.

lundi 16 octobre 2023

Microbiologie : Comment et pourquoi des bactéries dévoreusent de chair «mangent» de la chair ?

La capsule est essentielle à la virulence de V. vulnificus. Sur la photo ici, colonies de V. vulnificus encapsulées et non encapsulées. Source Oliver J.D. Microbiology Spectrum, 2015.

Comment et pourquoi des bactéries dévoreusent de chair «mangent» de la chair ?, source ASM News du 11 octobre 2023.

Les États-Unis ont constaté une augmentation des infections causées par ce qu’on appelle les «bactéries mangeuses de chair», alias Vibrio vulnificus, une bactérie qui habite les eaux saumâtres. Mais ce microbe «mange»-t-il réellement de la chair ? Comment cause-t-il les dégâts qu’il provoque et pourquoi ?

Qu'est-ce que représente un nom ?

Comme d'autres espèces de Vibrio, V. vulnificus vit dans les eaux côtières des estuaires et est généralement associé aux coquillages, tels que les huîtres. Dans le contexte de la santé humaine, la bactérie est surtout connue pour provoquer des maladies gastro-intestinales pouvant évoluer vers une septicémie chez les personnes ayant ingéré des coquillages crus ou insuffisamment cuits qui hébergent l'organisme. Cependant, ce microbe marin peut également faire des ravages à la surface du corps.

Si une personne présentant une plaie ouverte (par exemple, un tatouage ou une coupure récente) entre en contact avec V. vulnificus, le microbe peut pénétrer et infecter ladite plaie. Ce qui peut commencer par un gonflement et une douleur au niveau de la plaie peut, en quelques jours, entraîner une destruction cutanée généralisée, donnant l'impression que quelque chose a rongé la chair.

Cependant, ce n’est pas tout à fait exact. Au contraire, V. vulnificus déclenche des infections de plaies qui peuvent évoluer vers une fasciite nécrosante (FN), une affection caractérisée par la mort des fascias (tissu conjonctif entourant les fibres musculaires et d'autres structures corporelles) et des tissus sous la peau. À mesure que l’infection progresse, la peau finit par se détériorer, donnant lieu à des lésions vésiculeuses et béantes. S'il n'est pas traité rapidement par un traitement antimicrobien et une intervention chirurgicale pour éliminer les tissus nécrotiques (débridement), V. vulnificus peut devenir systémique, en particulier chez les hôtes présentant certaines conditions préexistantes (par exemple, une maladie du foie), et s'avérer mortel.

«Le temps presse : vous devez suivre un traitement antibiotique immédiatement», a dit James Oliver, professeur émérite à l'Université de Caroline du Nord à Charlotte qui a étudié V. vulnificus pendant plus de 45 ans. «Souvent, les personnes [ayant des infections de plaies] le voient [et pensent que] cela ressemble à une morsure d'araignée ou quelque chose de ce genre ; ils n'y prêtent pas beaucoup d'attention. Et puis 24 heures plus tard, ils vont à l'hôpital parce qu'ils ont maintenant des lésions bulleuses.»

Bien qu'elle ait fait la une des journaux ces derniers mois, V. vulnificus n'est pas la seule bactérie à causer la FN, ni la plus courante. Par exemple, alors que V. vulnificus est à l'origine de 150 à 200 cas aux États-Unis chaque année, Streptococcus du groupe A (SGA), un autre «mangeur de chair» qui habite la peau, le nez et la gorge des humains et se propage via des gouttelettes respiratoires ou des surfaces contaminéesn a causé environ 700 à 1 150 infections par an depuis 2010.

Cela pourrait cependant changer. À mesure que le changement climatique augmente la température des eaux côtières, ce qui favorise la croissance de V. vulnificus (la présence de l'organisme se produit généralement entre mai et octobre, lorsque l'eau est la plus chaude) et élargit sa répartition géographique, les infections causées par la bactérie devraient augmenter. Déjà, les cas dans l’Est des États-Unis ont été multipliés par 8 entre 1988 et 2018, soulignant la nécessité de comprendre et de sensibiliser à ce microbe marin.

Comment V. vulnificus détruit-il la chair ?

Malgré des années d'études, la manière dont V. vulnificus provoque des infections des tissus mous reste encore un mystère. Bien que la bactérie possède un arsenal de facteurs de virulence connus et putatifs, la plupart des études se sont concentrées sur leur rôle dans l’apparition de la gastro-entérite et de la septicémie qui en résulte. Selon Oliver, cette attention est probablement due aux différences de mortalité entre la plaie et les infections intestinales (~ 20% pour les infections de plaie et 50% pour l'ingestion).

Ce que l'on sait, c'est que la destruction des tissus est liée à un répertoire de protéases, d'hémolysines, de collagénases, de toxines et d'autres protéines sécrétées par la bactérie ou associées à celle-ci. Certains de ces facteurs sont mieux compris que d’autres. Par exemple, RtxA1, une toxine sécrétée par V. vulnificus et impliquée dans les infections gastro-intestinales et les plaies, tue les cellules en modifiant le cytosquelette de l'hôte et l'agrégation d'actine ; il anatgonise également les cellules immunitaires phagocytaires. La capsule (un revêtement extracellulaire collant) est essentielle pour V. vulnificus, en raison de sa capacité à résister aux réponses immunitaires de l'hôte et à favoriser la survie bactérienne. Les facteurs d'adhésion (pour adhérer aux tissus), les flagelles (qui permettent à la bactérie de se déplacer et de proliférer sur le site de l'infection) et la capacité de s'engager dans une chimiotaxie (un processus qui facilite l'invasion dans les tissus plus profonds) semblent également être impliqués.

Les bactéries V. vulnificus ne sont pas les seules responsables de la progression de la FN : des facteurs liés à l'hôte sont également en jeu. En effet, les cellules immunitaires qui contrôlent l'infection, comme les neutrophiles, peuvent également exacerber la maladie en libérant des composés inflammatoires. Le milieu nutritionnel fourni par l'hôte influence également la susceptibilité et les conséquences de la maladie. Par exemple, V. vulnificus, C'est un microbe avide de fer : la capacité à acquérir du fer est essentielle à sa survie et joue un rôle important dans sa pathogenèse. Ainsi, la bactérie est plus susceptible de se propager au-delà du site de la plaie chez les personnes présentant une élévation du taux de fer sérique, comme celles souffrant d'une maladie du foie, conduisant à une infection systémique mortelle.

Pourtant, pour Oliver, il reste beaucoup à élucider sur la pathogenèse de V. vulnificus et les infections des plaies. «J'aimerais en savoir plus sur les toxines réellement impliquées», a-t-il dit, soulignant que les plaies présentent un environnement très différent de l'intestin, où se sont concentrées la plupart des recherches sur la virulence de V. vulnificus.

Pourquoi V. vulnificus «mange»-t-il de la chair ?

Pourquoi un microbe provoque-t-il une destruction dans (ou sur) un hôte ? D’un point de vue bactérien, les facteurs qui perturbent les cellules hôtes aident probablement, d’une manière ou d’une autre, le microbe lui-même. Il est également important de considérer que les humains ne sont pas l’hôte naturel de V. vulnificus. Le microbe est omniprésent dans les eaux côtières, souvent en association avec les coquillages ; il a évolué pour prospérer dans ces environnements. Ainsi, s'il se retrouve dans une blessure humaine, V. vulnificus déploie son répertoire d'outils préexistant pour survivre. Le fait que ce répertoire contienne les outils nécessaires pour réussir à infecter l'hôte humain varie en fonction de la souche de la bactérie. Dans tous les cas, la destruction des tissus est le résultat malheureux du fait que les cellules bactériennes utilisent ce qu’elles possèdent déjà pour se débrouiller dans l’environnement hôte dans lequel elles se trouvent.

Une meilleure question est peut-être alors de savoir comment V. vulnificus bénéficie de la destruction des tissus de l'hôte ? Il y a plusieurs éléments à considérer. D’une part, les tissus endommagés peuvent servir de source de nutriments pour V. vulnificus. «La destruction des tissus [libère] toutes sortes de protéines, de lipides [et] tant d'autres choses que les bactéries pourraient utiliser comme nutriments», a dit Oliver. Bien que l'utilisation de nutriments dérivés de tissus n'ait pas été explicitement démontrée pour V. vulnificus, l'utilisation de nutriments libérés par les cellules hôtes lors de l'infection a été illustrée pour des agents pathogènes comme V. cholerae (un parent de V. vulnificus) et Streptococcus du groupe A, une autre micro-organisme responsable de la FN.

La capacité de V. vulnificus à se propager aux tissus plus profonds, et ainsi à provoquer une destruction supplémentaire, peut également être bénéfique sur le plan nutritionnel pour la bactérie, en permettant sa migration vers des réservoirs de nutriments frais afin de minimiser la compétition. Les facteurs qui tuent les cellules hôtes protègent V. vulnificus des réponses immunitaires visant à y mettre fin, améliorant ainsi sa survie. Cependant, pour l’essentiel, ce que V. vulnificus «retire» de l’infection nécessite des investigations plus approfondies.

Protégez votre chair

Malgré toute l'intrigue derrière le comment et le pourquoi sous-jacents aux infections de plaies à V. vulnificus et à la FN, une chose est claire : il est préférable de les éviter en premier lieu. Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis recommande aux personnes présentant des plaies ouvertes d'éviter les eaux saumâtres, y compris de patauger sur la plage. S'il n'est pas possible de l'éviter, laver les plaies avec du savon après avoir été en contact avec de l'eau susceptible d'héberger V. vulnificus ou des produits de la mer crus ou insuffisamment cuits, est une bonne idée.

Oliver a souligné que la sensibilisation à V. vulnificus est essentielle. «Je pense que la meilleure chose à faire est de sensibiliser les personnes, surtout s’ils souffrent de maladies sous-jacentes», a-t-il dit, ce qui les expose à un plus grand risque d’infection. «[Si] ils se coupent alors qu'ils sont dans l'eau et que celle-ci s'infecte, ils doivent immédiatement consulter un médecin et ils doivent mentionner qu'ils ont eu une coupure alors qu'ils étaient dans l'eau de mer pour essayer de leur faire alerter le médecin.» Il a noté que V. vulnificus est «extrêmement sensible aux antibiotiques», ce qui est une bonne chose, il s'agit simplement de détecter l'infection le plus tôt possible.

lundi 11 septembre 2023

Faites une œuvre artistique avec des milieux gélosés et participez au concours Agar Art de l'ASM

L’American Society for Microbiology (ASM) vous informe que le concours d'art avec des milieux gélosés est désormais ouvert.

Faites preuve de créativité et soumettez votre œuvre d’art au concours Agar Art de renommée internationale de l’ASM. Le thème du concours de cette année est «Microbiologie dans l’espace». Vous avez jusqu'au 27 octobre pour soumettre votre candidature dans la catégorie Traditionnelle ou Open.

jeudi 31 août 2023

Les virus gastro-intestinaux ont pratiquement disparu pendant la COVID, mais ont réapparu deux ans plus tard

«Les virus gastro-intestinaux ont pratiquement disparu pendant la COVID, mais ont réapparu deux ans plus tard» source ASM News, du 9 août 2023.

Suite aux premières ordonnances de confinement émises aux États-Unis pour freiner la propagation de la COVID-19, les virus gastro-intestinaux, tels que les norovirus, les rotavirus et les adénovirus, ont pratiquement disparu des communautés californiennes et sont restés à des niveaux très faibles pendant près de 2 ans. L’étude publiée dans Journal of Clinical Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.

Il est intéressant de noter que ces virus sont revenus aux niveaux d’avant la pandémie fin 2022, a déclaré Niaz Banaei, professeur de pathologie et de médecine (maladies infectieuses) à l’Université de Stanford et directeur médical du laboratoire de microbiologie clinique de Stanford Health Care. «L'adénovirus de type 40 et 41, les souches d'adénovirus les plus fréquemment associées à la gastro-entérite, a en fait atteint des niveaux 2 fois plus élevés que les niveaux pré-pandémiques.»

Banaei soupçonne que la flambée des infections virales a été rendue possible par la diminution de l’immunité collective de la communauté due au manque d’exposition pendant la pandémie. «Quelque chose de similaire a été décrit pour la flambée des infections par le virus respiratoire syncytial en 2022», a-t-il dit.

Pour identifier les changements dans la prévalence des agents pathogènes gastro-intestinaux, les chercheurs ont comparé les taux de détection des agents pathogènes gastro-intestinaux acquis dans la communauté avant, pendant et après le confinement lié à la COVID en Californie. À cette fin, ils ont utilisé un panel de tests par PCR appelé panel BioFire FilmArray GI, qui teste 22 des agents pathogènes les plus courants causant la diarrhée, et ont analysé environ 18 000 tests effectués entre janvier 2018 et décembre. 2022.

Selon Banaei, la motivation de la recherche était le changement du taux de positifs pour certains agents pathogènes pendant la pandémie de COVID-19. «Il est immédiatement devenu clair que le confinement pandémique et le confinement à la maison avaient créé une expérience naturelle pour étudier la dynamique de transmission des agents pathogènes responsables de la gastro-entérite.»

La recherche offre une fenêtre unique sur la biologie des agents pathogènes gastro-intestinaux, soulevant de nouvelles questions de recherche, a dit Banaei. «Pourquoi certains ont-ils disparu alors que d’autres sont restés inchangés pendant le confinement ? Pourquoi certains atteignent-ils maintenant des niveaux que nous n’avons jamais vus auparavant ?» Une meilleure compréhension de ces phénomènes pourrait permettre de trouver des moyens d'interrompre la propagation des agents pathogènes, en particulier dans les pays à revenu faible ou intermédiaire où la gastro-entérite reste une cause majeure de maladie et de décès, notamment chez les enfants. «Cela pourrait également nous aider à nous préparer à de futures pandémies imprévues.»

Une étude révèle des associations importantes entre le microbiome intestinal et l'eczéma chez les nourrissons

«Une étude révèle des associations importantes entre le microbiome intestinal et l'eczéma chez les nourrissons», source ASM News du 30 août 2023.

Une nouvelle étude a révélé des associations importantes entre le microbiome intestinal et l’eczéma chez les nourrissons, et a jeté les bases d’une prévention et d’un traitement potentiels de l’eczéma via la modulation du microbiote intestinal. L'étude a été publiée dans mSystems, une revue de l'American Society for Microbiology.

«Le problème de l’eczéma augmente et notre étude montre qu’il pourrait être le résultat de modifications indésirables du contenu bactérien intestinal. La première année de vie pourrait être une période critique pour restaurer les bactéries intestinales à une composition plus souhaitable», a déclaré le chercheur principal de l'étude, Paul Chan, professeur de microbiologie à l'Université chinoise de Hong Kong, région administrative spéciale de Hong Kong, Chine.

Dans la nouvelle étude, Chan et ses collègues ont invité les femmes enceintes proches du terme à participer à la recherche. Ils ont collecté leurs informations sur la santé, le mode de vie et les événements survenus pendant la grossesse et l'accouchement. Après l’accouchement, les chercheurs ont rendu visite aux femmes et collecté des informations sur l’alimentation, la santé et les médicaments de leur bébé. Les chercheurs ont organisé un suivi clinique afin de vérifier l’état de santé des bébés et tout problème d’eczéma. Les chercheurs ont caractérisé le développement et les déterminants du microbiome intestinal dans une cohorte de 112 enfants chinois à terme en séquençant 713 échantillons de selles, collectés à 9 moments entre la naissance et l'âge de 3 ans, à l'aide du séquençage du gène de l'ARNr 16S.

Les chercheurs ont révélé des altérations de la composition et de la diversité alpha et bêta du microbiote intestinal au cours des 3 premières années de vie. Ils ont identifié le mode d’accouchement, le mode d’alimentation et les antibiotiques intrapartum comme les principaux déterminants du microbiome intestinal en début de vie, dont les effets ont persisté jusqu’à 12 mois. Surtout, en menant une étude cas-témoins emboîtée, les chercheurs ont montré que les altérations du microbiote intestinal du nourrisson précèdent le développement de l’eczéma.

Fait intéressant, ils ont identifié une déplétion en Bacteroides et un enrichissement en Clostridium sensu stricto 1 dans le microbiome intestinal des nourrissons atteints d'eczéma à l'âge de 1 an. Les mêmes tendances ont également été observées chez les nourrissons nés par césarienne dans les mêmes délais, suggérant un rôle du microbiote intestinal dans les associations précédemment signalées entre la césarienne et le risque accru d'eczéma.

«Notre étude a révélé que le contenu bactérien intestinal des bébés change radicalement au cours des trois premières années de leur vie», a déclaré Chan. «Le mode d’administration et d’alimentation, ainsi que l’utilisation d’antibiotiques au moment de l’accouchement, affectent le contenu bactérien intestinal. Nous avons observé des changements caractéristiques dans le contenu bactérien de l’intestin avant que les bébés ne présentent d’eczéma.

Remarquablement, ces changements bactériens ont également été observés chez des bébés accouchés par césarienne. Néanmoins, le lien entre la césarienne et l’eczéma nécessite des études plus approfondies pour être vérifié. Les bactéries intestinales peuvent jouer un rôle dans la prévention ou le traitement de l’eczéma.

lundi 24 juillet 2023

Un mélange de probiotiques bloque les bactéries qui causent le syndrome du choc toxique

Il y a probiotiques et probiotiques ...

«Un mélange de probiotiques bloque les bactéries qui causent le syndrome du choc toxique», source ASM News du 20 juillet 2023.

Faits saillants

- Le syndrome du choc toxique (SCT) est une maladie mortelle à évolution rapide associée à des souches de Staphylococcus aureus.
- De nouveaux résultats publiés dans Microbiology Spectrum suggèrent qu'une combinaison de probiotiques pourrait réduire l'incidence du SCT.
- Dans des essais en laboratoire, les probiotiques ont réduit la production du superantigène qui cause le SCT.
- Les chercheurs disent qu'une approche probiotique peut également aider les personnes souffrant d'autres infections à staphylocoques, dont celles atteintes de dermatite atopique ou de diabète de type 2.

Le micro-organisme pathogène répandu Staphylococcus aureus peut coloniser la peau et les muqueuses dans tout le corps, en particulier le vagin et le tractus gastro-intestinal. Une souche virulente de la bactérie produit des protéines qui déclenchent le syndrome de choc toxique (SCT), une maladie caractérisée par l'apparition rapide de fièvre, une éruption cutanée révélatrice et, sans traitement, une défaillance multiviscérale. Dans le vagin, le SCT est associé à une réaction potentiellement mortelle du système immunitaire.

Les probiotiques peuvent aider à prévenir la maladie avant que la cascade de cytokines ne commence. Une étude publiée dans la revue Microbiology Spectrum de l'American Society for Microbiology rapporte que des souches de deux bactéries, Lactobacillus acidophilus et Lacticaseibacillus rhamnosus, ont inhibé avec succès la production des superantigènes responsables du SCT, lors d'expériences en laboratoire. L. acidophilus, en outre, a inhibé la croissance des souches de S. aureus qui produisent les protéines problématiques.

Une combinaison des deux pourrait à la fois empêcher la croissance et inhiber la réponse immunitaire. «C'est en quelque sorte un double coup dur contre S. aureus», a dit le microbiologiste Patrick Schlievert de l'Université de l'Iowa, Carver College of Medicine, Iowa City. «Si une toxine est fabriquée, les probiotiques préviennent l'inflammation.»

Il a noté que l'ajout de ces probiotiques aux tampons ou à d'autres produits menstruels pourrait réduire le risque, et l'incidence mondiale, du SCT associé aux menstruations. Une telle mesure préventive a le potentiel de bénéficier à des millions de personnes vulnérables, selon Schlievert. «Nous savons que 20% des personnes de plus de 12 ans ne peuvent pas fabriquer d'anticorps et ne fabriqueront jamais d'anticorps contre le syndrome de choc toxique», a-t-il dit.

Schlievert étudie le SCT et sa prévention depuis des décennies. Au début des années 1980, il a été le premier chercheur à identifier la toxine qui déclenche une réaction excessive du système immunitaire et à montrer comment les tampons à haute capacité d'absorption facilitaient la production de cette toxine en présence de S. aureus.

Le nouveau travail, a-t-il dit, a été motivé par des observations faites lors d'une étude antérieure. Il y a quelques années, lses collègues et lui ont recruté 205 femmes pour tester si un nouveau mélange moléculaire, ajouté aux tampons, inhiberait les bactéries pathogènes. Cette molécule s'est avérée efficace contre E. coli et d'autres agents pathogènes, mais les chercheurs ont remarqué une conséquence inattendue.

«Certaines des femmes du groupe traitement ont eu cette énorme croissance de Lactobacilli, a dit Schlievert.

D'autres études ont révélé que 9 de ces femmes étaient colonisées uniquement par L. crispatus et aucune autre bactérie. Dans une étude en microbiologie, a déclaré Schlievert, la colonisation par une seule bactérie est souvent considérée comme malsaine. Dans ce cas, cependant, il offrait une action efficace contre S. aureus pathogène.

Les bactéries Lactobacillus se sont déjà révélées sûres, a dit Schlievert, et les nouveaux travaux suggèrent que le traitement avec L. crispatus seul, ou L. acidophilus et L. rhamnosus en combinaison, pourrait réduire considérablement le risque de SCT chez les populations vulnérables. Les souches de S. aureus peuvent également provoquer une entérocolite, une réponse immunitaire potentiellement mortelle dans l'intestin. Les probiotiques peuvent également aider à réduire la production de protéines dangereuses pour cette maladie, a dit Schlievert.

Dans les travaux en cours et futurs, Schlievert et son équipe étudient comment utiliser les probiotiques pour prévenir les infections cutanées à staphylocoques. La peau des personnes atteintes de dermatite atopique ou de diabète de type 2 est souvent colonisée par les souches de S. aureus qui produisent des superantigènes, souvent résistants au traitement par des antibiotiques standards. Chez les patients atteints de diabète de type 2, ces superantigènes pourraient entraîner des ulcères du pied qui, s'ils ne sont pas traités avec succès, pourraient entraîner une amputation.

Schlievert considère les probiotiques comme un moyen prometteur de prévenir ces complications. «Si nous pouvons améliorer leur vie en utilisant cette approche, ce serait merveilleux.»

Complément

En mai 2023, l’Anses avait publié une information sur le «Choc toxique menstruel : respecter les conditions de port des protections intimes».
Une vingtaine de cas de syndrome du choc toxique (SCT) menstruel sont enregistrés chaque année en France. Le SCT menstruel est lié aux conditions d’utilisation des protections intimes internes.

vendredi 21 juillet 2023

L'American Society for Microbiology met en évidence le rôle des microbiologistes dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens

«L'American Society for Microbiology met en évidence le rôle des microbiologistes dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens», source article de Chris Dall paru le 20 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Un document d'orientation de l'American Society for Microbiology (ASM) appelle les décideurs à donner la priorité à la science et au rôle des microbiologistes dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM).

L'article, publié hier, identifie les domaines dans lesquels les politiques doivent être renforcées et présente des recommandations de solutions scientifiques pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens dans le cadre d'une seule santé (One Health). Ce faisant, l'ASM met l'accent sur le rôle des microbiologistes dans la conduite de la recherche, le développement de nouveaux médicaments et diagnostics et la promotion d'une utilisation responsable des antibiotiques.

«L’ASM a fait de la lutte contre la crise de la RAM une priorité absolue», écrit le groupe. «Nos membres du monde entier sont à l'avant-garde des efforts de lutte contre la résistance aux antimicrobiens, en étudiant comment les microbes interagissent et persistent dans les organismes vivants et l'environnement, comment ils développent une résistance et comment nous pouvons prévenir, détecter et traiter les infections résistantes aux antimicrobiens.»

Arguant que les politiques actuelles aux niveaux national et international sont insuffisantes, le groupe recommande que les décideurs politiques soutiennent et renforcent la main-d'œuvre en microbiologie dans les environnements de santé publique, de laboratoire, vétérinaire et de recherche, soutenir la recherche innovante sur la résistance aux antimicrobiens afin de mieux comprendre la science des microbes et la façon dont la résistance émerge et se propage, moderniser la collecte de données pour s'assurer que les tests et le suivi chez les humains et les animaux suivent le rythme de l'évolution des micro-organismes, et défendre les solutions qui répondent au défi du marché des antibiotiques et encouragent le développement de nouveaux antibiotiques, antifongiques et thérapies alternatives.

D'autres recommandations incluent l'amélioration des modèles de détection des agents pathogènes résistants et des épidémies dans les hôpitaux et les élevages ; favoriser la gestion responsable des antimicrobiens chez les humains, les animaux et les cultures ; accroître la capacité des laboratoires dans les pays à revenu faible et intermédiaire  et la promotion des efforts pour développer une évaluation mondiale de la résistance aux antimicrobiens.

«Alors que la résistance aux antimicrobiens augmente aux États-Unis et dans le monde, l'ASM et ses membres sont prêts à travailler avec le Congrès, les agences fédérales et les organes directeurs mondiaux pour développer une approche One Health pour faire progresser la science et la pratique afin de protéger la santé humaine et animale, l'économie et la société en général», conclut le document.

NB : L’image représente les trois composante de One Heath, source American Society for Microbiology.

Commentaire

Sans polémique aucune, je pense que si l’Anses embauchait plus de microbiologistes que de sociologues, l’Anses se porterait beaucoup mieux …