« Le
SRAS-CoV-2 est bien adapté aux humains. Qu'est-ce que cela signifie
pour la réémergence? », source plate-forme biorxiv.
Résumé
Dans
une comparaison côte à côte de la dynamique évolutive entre le
SARSCoV-2 2019/2020 et le SARS-CoV 2003, nous avons été surpris de
constater que le SARS-CoV-2 ressemble au SARSCoV à la phase finale
de l'épidémie de 2003 après le SRAS- CoV ait développé plusieurs
adaptations avantageuses pour la transmission humaine.
Nos
observations suggèrent qu'au moment où le SRAS-CoV-2 a été
détecté pour la première fois fin 2019, il était déjà
pré-adapté à la transmission humaine dans une mesure similaire à
celle du SARS-CoV épidémique tardif. Cependant, aucun précurseur
ou branche d'évolution provenant d'un virus de type SARS-CoV-2 moins
adapté à l'homme n'a été détecté.
L'apparition
soudaine d'un SARS-CoV-2 hautement infectieux présente un motif de
préoccupation majeur qui devrait motiver les efforts internationaux
plus intenses pour identifier la source et prévenir une réémergence
dans un proche avenir. Tout pool existant de progéniteurs du
SRAS-CoV-2 serait particulièrement dangereux s'il était également
bien adapté à la transmission humaine.
Pour
rechercher des indices concernant les hôtes intermédiaires, nous
analysons les principales conclusions récentes concernant la façon
dont le SRAS-CoV-2 aurait pu évoluer et s'adapter à la transmission
humaine, et examiner les échantillons environnementaux du marché
des fruits de mer de Huanan à Wuhan. Il est important de noter
que les échantillons du marché sont génétiquement identiques aux
isolats humains du SRAS-CoV-2 et étaient donc très probablement
d'origine humaine. Nous concluons en décrivant et en préconisant
des approches mesurées et efficaces mises en œuvre dans les
épidémies de SRAS de 2002-2004 pour identifier les populations
persistantes de virus progéniteurs.
Dans
la conclusion, les auteurs notent,
L'absence de preuves définitives pour
vérifier ou exclure l'adaptation chez une espèce hôte
intermédiaire, l'homme ou un laboratoire, signifie que nous devons
prendre des précautions contre chaque scénario pour éviter une
réémergence. Nous aimerions plaider en faveur d'approches mesurées
et efficaces pour identifier toute population persistante du virus
progéniteur du SRAS-CoV-2, en particulier si celles-ci sont
également aptes à la transmission humaine. La réponse à la
première épidémie de SRAS-CoV a déployé les stratégies
suivantes qui étaient essentielles pour détecter l'adaptation du
SRAS-CoV à l'homme et la transmission entre espèces, et pourraient
être réappliquées dans l'épidémie d'aujourd'hui pour éliminer
rapidement les pools de progéniteurs: (i) prélèvements d'animaux
des marchés, des fermes et des populations sauvages pour les virus
de type SARS-CoV-2. (ii) Vérification des prélèvements humains
stockés des mois avant la fin de 2019 pour détecter les virus de
type SARS-CoV-2 ou les anticorps réactifs au SARS-CoV-2 pour
détecter les précurseurs circulant chez l'homme. De plus, le
séquençage d'un plus grand nombre d'isolats du SRAS-CoV-2 de Wuhan,
en particulier les premiers isolats s'ils existent encore, pourrait
identifier les branches provenant d'un progéniteur moins adapté à
l'homme, comme cela a été observé lors de l'épidémie de SRAS-CoV
en 2003. Il serait curieux de ne découvrir aucun précurseur ou
branche de l'évolution du SRAS-CoV-2 chez l'homme ou l'animal. (iii)
Évaluer la surreprésentation ou la sous-représentation des
manipulateurs d'aliments et des commerçants d'animaux parmi les cas
index (ou patient zéro) pour déterminer si les précurseurs du
SRAS-CoV-2 ont pu circuler dans la communauté du commerce des
animaux. Bien que ces enquêtes soient menées, il serait plus sûr
de limiter plus largement l'activité humaine qui conduit à des
contacts fréquents ou prolongés avec les animaux sauvages et leurs
habitats.
