Le SRAS-CoV-2 est bien adapté aux humains. Qu'est-ce que cela signifie pour la réémergence?

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Résumé

Dans une comparaison côte à côte de la dynamique évolutive entre le SARSCoV-2 2019/2020 et le SARS-CoV 2003, nous avons été surpris de constater que le SARS-CoV-2 ressemble au SARSCoV à la phase finale de l'épidémie de 2003 après le SRAS- CoV ait développé plusieurs adaptations avantageuses pour la transmission humaine.

Nos observations suggèrent qu'au moment où le SRAS-CoV-2 a été détecté pour la première fois fin 2019, il était déjà pré-adapté à la transmission humaine dans une mesure similaire à celle du SARS-CoV épidémique tardif. Cependant, aucun précurseur ou branche d'évolution provenant d'un virus de type SARS-CoV-2 moins adapté à l'homme n'a été détecté.

L'apparition soudaine d'un SARS-CoV-2 hautement infectieux présente un motif de préoccupation majeur qui devrait motiver les efforts internationaux plus intenses pour identifier la source et prévenir une réémergence dans un proche avenir. Tout pool existant de progéniteurs du SRAS-CoV-2 serait particulièrement dangereux s'il était également bien adapté à la transmission humaine.

Pour rechercher des indices concernant les hôtes intermédiaires, nous analysons les principales conclusions récentes concernant la façon dont le SRAS-CoV-2 aurait pu évoluer et s'adapter à la transmission humaine, et examiner les échantillons environnementaux du marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan. Il est important de noter que les échantillons du marché sont génétiquement identiques aux isolats humains du SRAS-CoV-2 et étaient donc très probablement d'origine humaine. Nous concluons en décrivant et en préconisant des approches mesurées et efficaces mises en œuvre dans les épidémies de SRAS de 2002-2004 pour identifier les populations persistantes de virus progéniteurs.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

L'absence de preuves définitives pour vérifier ou exclure l'adaptation chez une espèce hôte intermédiaire, l'homme ou un laboratoire, signifie que nous devons prendre des précautions contre chaque scénario pour éviter une réémergence. Nous aimerions plaider en faveur d'approches mesurées et efficaces pour identifier toute population persistante du virus progéniteur du SRAS-CoV-2, en particulier si celles-ci sont également aptes à la transmission humaine. La réponse à la première épidémie de SRAS-CoV a déployé les stratégies suivantes qui étaient essentielles pour détecter l'adaptation du SRAS-CoV à l'homme et la transmission entre espèces, et pourraient être réappliquées dans l'épidémie d'aujourd'hui pour éliminer rapidement les pools de progéniteurs: (i) prélèvements d'animaux des marchés, des fermes et des populations sauvages pour les virus de type SARS-CoV-2. (ii) Vérification des prélèvements humains stockés des mois avant la fin de 2019 pour détecter les virus de type SARS-CoV-2 ou les anticorps réactifs au SARS-CoV-2 pour détecter les précurseurs circulant chez l'homme. De plus, le séquençage d'un plus grand nombre d'isolats du SRAS-CoV-2 de Wuhan, en particulier les premiers isolats s'ils existent encore, pourrait identifier les branches provenant d'un progéniteur moins adapté à l'homme, comme cela a été observé lors de l'épidémie de SRAS-CoV en 2003. Il serait curieux de ne découvrir aucun précurseur ou branche de l'évolution du SRAS-CoV-2 chez l'homme ou l'animal. (iii) Évaluer la surreprésentation ou la sous-représentation des manipulateurs d'aliments et des commerçants d'animaux parmi les cas index (ou patient zéro) pour déterminer si les précurseurs du SRAS-CoV-2 ont pu circuler dans la communauté du commerce des animaux. Bien que ces enquêtes soient menées, il serait plus sûr de limiter plus largement l'activité humaine qui conduit à des contacts fréquents ou prolongés avec les animaux sauvages et leurs habitats.