Des aspects de la résistance aux antibiotiques

À partir de viande de poulet hachée vendue au détail, des chercheurs ont isolé une souche de Klebsiella pneumoniae hébergeant plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques, plusieurs plasmides et gènes pouvant entraîner une hypervirulence. Retrouvez le projet de séquence du génome dans Microbiology, une revue de l’ASM, «Draft Genomic Sequence for Klebsiella pneumoniae 060517CS3-g, a Bacterium Harboring Multidrug Resistance Genes, Isolated from Retail Ground Chicken Meat».

Résumé

Klebsiella pneumoniae est un important agent pathogène d'origine alimentaire qui peut provoquer des infections humaines. Nous rapportons ici le projet de séquence génomique de K. pneumoniae 060517CS3-g, isolé de la viande hachée de poulet au détail, qui possède plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques, plusieurs plasmides et des gènes pouvant entraîner son hypervirulence sur la base des données de séquence.

Dans une autre étude, il est rapporté que la résistance aux antibiotiques est considérée comme problématique, même lorsqu'elle n'est pas chez les agents pathogènes. Dans cette étude, des chercheurs déduisent une logique opposée, où la résistance des bactéries commensales peut entraîner des réductions de la densité des agents pathogènes et de meilleurs résultats pour la santé. Source mBio, une revue de l’ASM, «Defining the Benefits of Antibiotic Resistance in Commensals and the Scope for Resistance Optimization».

Résumé

La résistance aux antibiotiques est un enjeu médical et de santé publique majeur, caractérisé par une augmentation mondiale de la prévalence des souches résistantes. Le point de vue conventionnel est que toute résistance aux antibiotiques est problématique, même lorsqu'elle n'est pas chez des agents pathogènes. La résistance des bactéries commensales présente des risques, car les organismes résistants peuvent fournir un réservoir de gènes de résistance qui peuvent être transférés horizontalement aux agents pathogènes ou peuvent eux-mêmes provoquer des infections opportunistes à l'avenir. Bien que ces risques soient réels, nous proposons que la résistance commensale puisse également générer des avantages lors du traitement antibiotique de l'infection humaine, en favorisant la suppression écologique continue des agents pathogènes. Pour définir et illustrer cette perspective conceptuelle alternative, nous utilisons un modèle mathématique à deux espèces pour identifier les conditions écologiques nécessaires et suffisantes pour une résistance bénéfique. Nous montrons que les avantages sont limités aux interactions entre espèces (ou souches) où les commensaux suppriment la croissance des agents pathogènes et sont maximisés lorsque les commensaux sont en concurrence avec, plutôt que de s'attaquer ou d'exploiter les agents pathogènes. En identifiant les avantages de la résistance commensale, nous proposons que plutôt que de minimiser strictement toute résistance, la gestion de la résistance peut être mieux considérée comme un problème d'optimisation. Nous discutons des implications dans deux contextes appliqués : la sélection de spectateurs (non ciblés) dans les microbiomes commensaux et le traitement des agents pathogènes en cas d'infections polymicrobiennes.

Importance

La résistance aux antibiotiques est généralement considérée comme universellement coûteuse, quelles que soient les cellules bactériennes qui expriment la résistance. Ici, nous déduisons une logique opposée, où la résistance des bactéries commensales peut conduire à des réductions de la densité des agents pathogènes et à de meilleurs résultats à la fois à l'échelle du patient et de la santé publique. Nous utilisons un modèle mathématique des interactions commensal-pathogène pour définir les conditions nécessaires et suffisantes pour une résistance bénéfique, soulignant l'importance de l'inhibition écologique réciproque pour maximiser les avantages de la résistance. Plus largement, nous soutenons que la détermination des avantages ainsi que des coûts des résistances dans les microbiomes humains peut transformer la gestion de la résistance d'un problème de minimisation en un problème d'optimisation. Nous discutons des contextes appliqués et terminons par un examen des dimensions clés de l'optimisation de la résistance, y compris l'ampleur, le spectre et le mécanisme de résistance.

Commentaire

Comme le disait Georges Box en 1978, statisticien de l'Université du Wisconsin, «Les modèles sont tous faux, mais certains sont utiles». Phrase citée par Steeve Koonin, dans Climat, la part d'incertitude.

Des scientifiques révèlent une contamination parasitaire des végétaux et des petits fruits

«Des scientifiques révèlent une contamination parasitaire des végétaux et des petits fruits», source Food Safety News.

Des chercheurs ont analysé des végétaux en Espagne pour détecter deux parasites d'origine alimentaire, trouvant un niveau élevé de contamination.

L'étude a évalué la présence d'oocystes de Giardia duodenalis et de Cryptosporidium dans des légumes verts à feuilles vendus à Valence, Espagne. Les prélèvements étaient de la romaine, de la laitue feuille de chêne, de la laitue iceberg et du chou frisé.

L’étude comprenait 129 prélèvement de légumes, 64 provenant d’exploitations agricoles conventionnelles et 65 de exploitaions agricoles biologiques en Espagne. Au total, 40 étaient positifs, a révélé l'étude publiée dans International Journal of Food Microbiology, «Survey of the occurrence of Giardia duodenalis cysts and Cryptosporidium spp. oocysts in green leafy vegetables marketed in the city of Valencia (Spain)».

La transmission alimentaire de Giardia duodenalis implique l'utilisation d'eau contaminée pour l'irrigation des cultures ou la préparation des aliments, ainsi que la contamination due aux mauvaises habitudes sanitaires et d'hygiène des manipulateurs d'aliments.

Des taux plus élevés dans les produits bio

Deux méthodes ont été utilisées. Parmi les légumes verts à feuilles analysés, 30 étaient contaminés par Giardia duodenalis. Lorsque le résultat n'était positif qu'avec une seule méthode, les résultats étaient qualifiés de «douteux». Ce fut le cas pour six prélèvements.

Seuls 10 prélèvements étaient positifs pour Cryptosporidium mais 34 étaient classés comme douteux. Pour les prélèvements confirmés positifs, la fréquence entre légumes issus de l'agriculture biologique et conventionnelle était égale. L'automne a montré le pourcentage le plus élevé de positivité.

La présence des deux parasites n'a été confirmée que dans deux cas de laitue iceberg, issue de l'agriculture conventionnelle de Murcie et cueillie au printemps.

Une dizaine de cas douteux de contamination par Cryptosporidium étaient également positifs pour Giardia duodenalis. Un prélèvement de laitue était positif pour Cryptosporidium mais douteux pour Giardia.

Une association significative a été trouvée entre la détection du parasite via les kystes, les oocystes ou l'ADN du parasite et l'agriculture biologique, la laitue feuille de chêne, et des prélèvements récoltés au printemps.

Des prélèvements les plus positifs ont été détectés au printemps, suivi de l'été. Cela pourrait être lié à la rareté des précipitations et au besoin d'irrigation supplémentaire qui en résulte. Il y a aussi plus d'activité animale et de contact entre les animaux et les cultures, ont déclaré les scientifiques.

La feuille de chêne est une laitue qui pousse en largeur et qui est donc susceptible d'être entièrement recouverte lorsqu'elle est arrosée, et ses feuilles déformables avec des évidements permettent à l'eau de pénétrer dans les couches internes.

«Le niveau élevé de contamination détecté dans les légumes bio peut être dû au type d'engrais et à la qualité de l'eau utilisée pour leur irrigation et renforce la nécessité de prendre des mesures d'hygiène extrêmes dans les légumes consommés crus», ont dit les chercheurs.

Résultats italiens

Une autre étude a analysé les produits frais italiens et importés pour la contamination par des parasites.

Plusieurs types de Giardia duodenalis et quatre espèces de Cryptosporidium ont été détectés. Entamoeba histolytica a été trouvé dans des myrtilles importées et des kystes de type Giardia dans des framboises locales dans l'étude publiée dans International Journal of Food Microbiology, «Ready-to-eat salads and berry fruits purchased in Italy contaminated by Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis, and Entamoeba histolytica.»

Au total, 324 sachets de salades composées prêtes à être consommées et locales de trois marques différentes et 324 sachets de myrtilles du Pérou, de mûres du Mexique et de framboises d'Italie ont été achetés dans des supermarchés des provinces de Bari et Foggia, dans les Pouilles.

Il y avait une saisonnalité distincte dans la prévalence de Giardia duodenalis, avec la plupart des positifs au printemps, mais Cryptosporidium n'a montré aucune variation saisonnière significative.

«Les résultats mettent en évidence qu'une gestion inadéquate des produits frais, à la fois produits localement et importés, tout au long de la chaîne alimentaire peut avoir des conséquences potentielles sur la santé humaine», ont dit les chercheurs.