Escherichia coli (E. coli) est une bactérie présente dans le tube digestif de l’Homme, des mammifères et les oiseaux. Si la majorité des souches de E. coli sont inoffensives, certaines d’entre elles peuvent provoquer des cas graves de diarrhées voire plus rarement des décès. L’Anses a mis au point une méthode de détection permettant de repérer plus rapidement et de façon plus ciblée les E. coli pathogènes dans les aliments, notamment dans les produits au lait cru.
L’enjeu de la détection est de distinguer les E. coli pathogènes, responsables d’infections digestives, de celles non pathogènes. En effet, si E. coli est une composante normale de la flore intestinale des mammifères, inoffensive pour l’homme, certaines souches particulières, dites entérohémorragiques, peuvent provoquer des diarrhées sanglantes. Ces souches pathogènes produisent une toxine à l’origine du syndrome hémolytique et urémique (SHU) pouvant aboutir dans les cas les plus graves à une insuffisance rénale à vie, voire au décès chez les personnes les plus fragiles, jeunes enfants et personnes âgées.
Ces deux gènes sont recherchés par analyse PCR lors de la détection de E. coli pathogènes dans les aliments. Problème : dans un échantillon d’aliment, par exemple un morceau de fromage ou de viande crue, il peut y avoir plusieurs souches de E. coli différentes. «On peut très bien avoir une souche qui a l’un des gènes et une autre souche avec l’autre gène responsable. Ces deux souches seront inoffensives car elles ne contiennent qu’un des deux gènes mais on aura quand même un signal d’alerte, car les deux gènes auront été détectés dans le même prélèvement d’aliment.», explique Patrick Fach, chef de l’unité COLiPATH (Escherichia coli pathogènes), au laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses.
L’Anses a donc recherché d’autres marqueurs génétiques permettant de savoir si une même souche d’E. coli porte les deux gènes à risque. L’équipe scientifique a évalué ces marqueurs en collaboration avec le Centre national interprofessionnel de l'économie laitière (CNIEL). Résultat : le nombre d’échantillons présumés positifs a diminué de 26,5 % dans le lait de chèvre non pasteurisé, de 51,9% dans les fromages au lait cru de brebis et de 29,7% dans celui de vache par rapport au test classique. Ce sont autant de «faux positifs» en moins lors des contrôles qualités en production, c’est-à-dire d’échantillons considérés à tort comme contenant des E. coli pathogènes et qui auraient nécessité des tests supplémentaires de confirmation.
Grace à ces nouveaux marqueurs génétiques, le test développé par l’Anses permet de détecter les véritables souches de Escherichia coli pathogènes en 24 h contre 4 jours auparavant.
