Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2

«Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2», source ASM News du 6 mai 2021.

Des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington, Saint-Louis, ont identifié une mutation qui réduit la capacité de la transcriptase inverse (RT-PCR), un diagnostic couramment utilisé dit PCR, servant à identifier le SARS-CoV- 2. Ils ont ensuite découvert que cette mutation était présente dans des échantillons de SARS-CoV-2 du monde entier. L'étude est publiée dans le Journal of Clinical Microbiology, une publication de l'American Society for Microbiology.

Le diagnostic par PCR est largement utilisée pendant les urgences de santé publique pour identifier les agents viraux infectieux, car ces tests peuvent mesurer efficacement l'abondance d'un virus et se propager au sein de la communauté. Mais le SARS-CoV-2 mute fréquemment, et certaines de ces mutations se produisent dans les régions du génome que les tests de diagnostic utilisent pour identifier le virus.

Dans le cadre de leur étude, des chercheurs ont examiné tous les échantillons cliniques qui avaient été testés à l'aide d'une plate-forme RT-PCR autorisée par la FDA qui teste 2 régions du génome. Certains prélèvementsont donné des signaux forts d'une région cible, mais des signaux beaucoup plus faibles de l'autre région. Le séquençage du génome entier du virus dans ces prélèvements a révélé une seule mutation dans cette dernière région cible qui a abouti au signal plus faible.

La fiabilité de ces tests est primordiale, car des faux négatifs peuvent retarder la réponse des responsables de la santé publique, réduisant la vitesse à laquelle une communauté affligée peut adopter des mesures de protection telles que la prescription de masques et la fermeture de bars et de restaurants, a dit l'auteur correspondant David Wang, qui est professeur de microbiologie moléculaire et de pathologie et immunologie. Ces retards entraînent une propagation plus rapide des infections. Des faux négatifs ont probablement accéléré la propagation du variant B.1.1.7 (appelé aussi vaiant anglais ou britannique -aa) naturellement hautement transmissible, en raison d'une délétion de 6 nucléotides dans le gène S.

«L'utilisation de tests diagnostiques qui ciblent plus d'une région peut aider à améliorer la précision des tests du SARS-CoV-2», a dit le Dr Wang.

De nouveaux cas groupés en Chine montrent des signes que le virus pourrait avoir changer

« Une nouvelle épidémie en Chine montre des signes que le virus pourrait avoir changer », source Bloomberg.com.

Des médecins chinois voient le coronavirus se manifester différemment parmi les patients dans son nouveau cluster (cas groupés) dans la région du nord-est par rapport à l'épidémie d'origine à Wuhan, ce qui suggère que le pathogène peut avoir changé de manière inconnue et compliquer les efforts pour l'éradiquer.

Les patients trouvés dans les provinces septentrionales du Jilin et du Heilongjiang semblent être porteurs du virus depuis une plus longue période et avaient besoin de plus de temps pour avoir des résultats négatifs, a dit mardi Qiu Haibo, l'un des meilleurs médecins chinois en soins intensifs.

Les patients du nord-est semblent également prendre plus de temps que les une à deux semaines observées à Wuhan pour développer des symptômes après l'infection, et ce début retardé rend plus difficile pour les autorités de détecter les cas avant qu'ils ne se propagent, a dit Qiu, qui est maintenant dans le région nord pour traiter les patients.

« La période plus longue pendant laquelle les patients infectés ne présentent aucun symptôme a créé des cas groupés d'infections familiales », a dit Qiu, qui avait été envoyé plus tôt à Wuhan pour aider lors de l'épidémie d'origine. Quelque 46 cas ont été signalés au cours des deux dernières semaines, répartis dans trois villes - Shulan, Jilin et Shengyang - dans deux provinces, une résurgence de l'infection qui a déclenché de nouvelles mesures de confinement dans une région de 100 millions de personnes.

Les scientifiques ne comprennent toujours pas si le virus évolue de manière significative et les différences observées par les médecins chinois pourraient être dues au fait qu’ils sont en mesure d’observer les patients de manière plus approfondie et à un stade plus précoce qu’à Wuhan. Lorsque l'épidémie a explosé pour la première fois dans la ville centrale de Chine, le système de santé local était tellement débordé que seuls les cas les plus graves étaient traités. Le cluster nord-est est également beaucoup plus petit que l'épidémie du Hubei, qui a finalement rendu malades plus de 68 000 personnes.

Néanmoins, les résultats suggèrent que l'incertitude qui subsiste sur la façon dont le virus se manifeste entravera les efforts des gouvernements pour enrayer sa propagation et rouvrir leurs économies en difficulté. La Chine possède l'un des systèmes de détection et de test de virus les plus complets au monde et pourtant, elle a encore du mal à contenir son nouveau cluster.

Les chercheurs du monde entier tentent de déterminer si le virus subit une mutation significative pour devenir plus contagieux à mesure qu'il se propage dans la population humaine, mais les premières recherches suggérant que cette possibilité a été critiquée pour être exagérée.

« En théorie, certains changements dans la structure génétique peuvent entraîner des changements dans la structure du virus ou dans la façon dont le virus se comporte », a dit Keiji Fukuda, directeur et professeur de clinique à l’école de santé publique de l’Université de Hong Kong. « Cependant, de nombreuses mutations ne conduisent à aucun changement perceptible. »

Il est probable que les observations en Chine n’ont pas une simple corrélation avec une mutation et « des preuves très claires » sont nécessaires avant de conclure que le virus est en mutation, a-t-il dit.

Qiu a dit que les médecins ont également remarqué que les patients du cluster du nord-est semblaient avoir des problèmes principalement dans leurs poumons, tandis que les patients de Wuhan ont subi des lésions multi-organes au niveau du cœur, des reins et des intestins.

Les responsables estiment désormais que le nouveau cluster est né du contact avec des arrivées infectées de Russie, qui a l'une des pires épidémies en Europe. Le séquençage génétique a montré une correspondance entre les cas du nord-est et ceux liés à la Russie, a dit Qiu.

Parmi le cluster du nord-est, seuls 10% sont devenus critiques et 26 sont hospitalisés.

La Chine prend des mesures énergiques pour endiguer la propagation du nouveau cluster avant son rassemblement politique annuel à Pékin qui doit commencer cette semaine. Alors que des milliers de délégués affluent dans la capitale pour approuver le programme du gouvernement, la direction centrale de la Chine est déterminée à projeter la stabilité et le contrôle.

Les provinces du nord-est ont ordonné le retour des mesures de confinement, l'arrêt des services ferroviaires, la fermeture des écoles et la fermeture des complexes résidentiels, consternant les habitants qui pensaient que le pire était passé.

« Les personnes ne doivent pas supposer que le pic est passé ou baisser la garde », a dit mardi à la télévision nationale Wu Anhua, un médecin spécialiste des maladies infectieuses. « Il est tout à fait possible que l'épidémie dure longtemps. »