Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2

«Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2», source ASM News du 6 mai 2021.

Des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington, Saint-Louis, ont identifié une mutation qui réduit la capacité de la transcriptase inverse (RT-PCR), un diagnostic couramment utilisé dit PCR, servant à identifier le SARS-CoV- 2. Ils ont ensuite découvert que cette mutation était présente dans des échantillons de SARS-CoV-2 du monde entier. L'étude est publiée dans le Journal of Clinical Microbiology, une publication de l'American Society for Microbiology.

Le diagnostic par PCR est largement utilisée pendant les urgences de santé publique pour identifier les agents viraux infectieux, car ces tests peuvent mesurer efficacement l'abondance d'un virus et se propager au sein de la communauté. Mais le SARS-CoV-2 mute fréquemment, et certaines de ces mutations se produisent dans les régions du génome que les tests de diagnostic utilisent pour identifier le virus.

Dans le cadre de leur étude, des chercheurs ont examiné tous les échantillons cliniques qui avaient été testés à l'aide d'une plate-forme RT-PCR autorisée par la FDA qui teste 2 régions du génome. Certains prélèvementsont donné des signaux forts d'une région cible, mais des signaux beaucoup plus faibles de l'autre région. Le séquençage du génome entier du virus dans ces prélèvements a révélé une seule mutation dans cette dernière région cible qui a abouti au signal plus faible.

La fiabilité de ces tests est primordiale, car des faux négatifs peuvent retarder la réponse des responsables de la santé publique, réduisant la vitesse à laquelle une communauté affligée peut adopter des mesures de protection telles que la prescription de masques et la fermeture de bars et de restaurants, a dit l'auteur correspondant David Wang, qui est professeur de microbiologie moléculaire et de pathologie et immunologie. Ces retards entraînent une propagation plus rapide des infections. Des faux négatifs ont probablement accéléré la propagation du variant B.1.1.7 (appelé aussi vaiant anglais ou britannique -aa) naturellement hautement transmissible, en raison d'une délétion de 6 nucléotides dans le gène S.

«L'utilisation de tests diagnostiques qui ciblent plus d'une région peut aider à améliorer la précision des tests du SARS-CoV-2», a dit le Dr Wang.