Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2

«Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2», source ASM News du 6 mai 2021.

Des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington, Saint-Louis, ont identifié une mutation qui réduit la capacité de la transcriptase inverse (RT-PCR), un diagnostic couramment utilisé dit PCR, servant à identifier le SARS-CoV- 2. Ils ont ensuite découvert que cette mutation était présente dans des échantillons de SARS-CoV-2 du monde entier. L'étude est publiée dans le Journal of Clinical Microbiology, une publication de l'American Society for Microbiology.

Le diagnostic par PCR est largement utilisée pendant les urgences de santé publique pour identifier les agents viraux infectieux, car ces tests peuvent mesurer efficacement l'abondance d'un virus et se propager au sein de la communauté. Mais le SARS-CoV-2 mute fréquemment, et certaines de ces mutations se produisent dans les régions du génome que les tests de diagnostic utilisent pour identifier le virus.

Dans le cadre de leur étude, des chercheurs ont examiné tous les échantillons cliniques qui avaient été testés à l'aide d'une plate-forme RT-PCR autorisée par la FDA qui teste 2 régions du génome. Certains prélèvementsont donné des signaux forts d'une région cible, mais des signaux beaucoup plus faibles de l'autre région. Le séquençage du génome entier du virus dans ces prélèvements a révélé une seule mutation dans cette dernière région cible qui a abouti au signal plus faible.

La fiabilité de ces tests est primordiale, car des faux négatifs peuvent retarder la réponse des responsables de la santé publique, réduisant la vitesse à laquelle une communauté affligée peut adopter des mesures de protection telles que la prescription de masques et la fermeture de bars et de restaurants, a dit l'auteur correspondant David Wang, qui est professeur de microbiologie moléculaire et de pathologie et immunologie. Ces retards entraînent une propagation plus rapide des infections. Des faux négatifs ont probablement accéléré la propagation du variant B.1.1.7 (appelé aussi vaiant anglais ou britannique -aa) naturellement hautement transmissible, en raison d'une délétion de 6 nucléotides dans le gène S.

«L'utilisation de tests diagnostiques qui ciblent plus d'une région peut aider à améliorer la précision des tests du SARS-CoV-2», a dit le Dr Wang.

COVID-19: La menace des faux négatifs

« Les résultats faussement négatifs des tests du COVID-19 peuvent conduire à un faux sentiment de sécurité sanitaire », source ScienceDaily.

Un nouvel article attire l'attention sur le risque posé par une dépendance excessive aux tests COVID-19 pour prendre des décisions cliniques et de santé publique. La sensibilité des tests de réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR) et les caractéristiques globales de performance des tests n'ont pas été rapportées de manière claire ou cohérente dans la littérature médicale, indique l'article.

Un article spécial publié dans Mayo Clinic Proceedings attire l'attention sur le risque posé par une dépendance excessive aux tests COVID-19 pour prendre des décisions cliniques et de santé publique. La sensibilité des tests de réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR) et les caractéristiques globales de performance des tests n'ont pas été rapportées de manière claire ou cohérente dans la littérature médicale, indique l'article.

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En conséquence, les responsables des soins de santé devraient s'attendre à « une deuxième vague d'infection moins visible de la part des personnes dont les résultats des tests sont des faux négatifs », a déclaré Priya Sampathkumar, spécialiste des maladies infectieuses à la Mayo Clinic et co-auteur de l'étude.

« Les tests RT-PCR sont plus utiles lorsqu'ils sont positifs », explique le Dr Sampathkumar. « Il est moins utile pour exclure COVID-19. Un test négatif ne signifie souvent pas que la personne n'a pas la maladie, et les résultats des tests doivent être considérés dans le contexte des caractéristiques et de l'exposition du patient. »

Même avec des valeurs de sensibilité de test aussi élevées que 90%, l'ampleur du risque de faux résultats de test sera importante à mesure que le nombre de personnes testées augmente. « En Californie, les estimations indiquent que le taux d'infection au COVID-19 pourrait dépasser 50% d'ici la mi-mai 2020 », dit-elle. « Avec une population de 40 millions de personnes, 2 millions de résultats faux négatifs seraient attendus en Californie avec des tests complets. Même si seulement 1% de la population était testée, 20 000 résultats faux négatifs seraient attendus. »

Les auteurs citent également les effets sur le personnel de santé. Si le taux d'infection au COVID-19 parmi les plus de 4 millions de personnes fournissant des soins directs aux patients aux États-Unis était de 10% - bien en deçà de la plupart des prévisions - plus de 40 000 résultats faussement négatifs seraient attendus si chaque personne était testée.

Cela présente des risques pour le système de santé à un moment critique. « Actuellement, les directives du CDC (Centers for Disease Control and Prevention) pour les personnels de santé asymptomatiques dont les tests sont négatifs pourraient conduire à leur retour immédiat au travail dans les soins cliniques de routine, ce qui risque de propager la maladie », explique Colin West, médecin de la Mayo Clinic et premier auteur de l'étude. Victor Montori, endocrinologue à la Mayo Clinic, est également co-auteur.

Tout en faisant face à l'énormité de la pandémie croissante de COVID-19, il est important que les responsables de la santé publique s'en tiennent aux principes du raisonnement fondé sur des preuves concernant les résultats des tests de diagnostic et les faux négatifs. 

Quatre recommandations sont décrites dans l'article de Mayo Clinic Proceedings:

• Respect continu et strict de la distance physique, du lavage des mains, de la désinfection des surfaces et d'autres mesures préventives, quels que soient le niveau de risque, les symptômes ou les résultats des tests COVID-19. Un masque universel à la fois pour les personnels de santé et les patients peut être nécessaire.
• Il est urgent de développer des tests hautement sensibles ou des combinaisons de tests pour minimiser le risque de résultats faussement négatifs. Des tests RT-PCR et des tests sérologiques améliorés - des tests sanguins qui identifient les anticorps ou protéines présents lorsque le corps réagit à des infections telles que COVID-19 - sont nécessaires.
• Les niveaux de risque doivent être soigneusement évalués avant le test, et les résultats négatifs doivent être examinés avec prudence, en particulier pour les personnes dans les groupes à haut risque et dans les zones où une infection à COVID-19 généralisée a été confirmée.
• Des protocoles stratifiés en fonction des risques pour gérer les résultats négatifs des tests COVID-19 sont nécessaires et doivent évoluer à mesure que davantage de statistiques deviennent disponibles.

« Pour les personnes à faible risque, les résultats de tests négatifs peuvent être suffisamment rassurants », explique le Dr West. « Pour les individus à haut risque, même ceux qui ne présentent aucun symptôme, le risque de résultats de tests faussement négatifs nécessite des mesures supplémentaires pour se protéger contre la propagation de la maladie, comme une auto-isolation prolongée. »

À la clinique Mayo, les tests RT-PCR sont « l'un des nombreux facteurs dont nous tenons compte pour décider si le patient répond aux critères de COVID-19 », explique le Dr Sampathkumar. Si le test RT-PCR est négatif mais que les résultats de la radiographie pulmonaire ou de la tomodensitométrie sont anormaux, ou s'il y a eu un contact étroit avec une personne qui a confirmé le COVID-19, la recommandation est de continuer à prendre soin du patient comme s'il ou elle a le COVID-19.

« Nous devons continuer d'affiner les protocoles pour les patients asymptomatiques et les personnels de santé exposés », explique le Dr Sampathkumar.

Coronavirus : Des tests, oui mais pourquoi les kits de test à résultats rapides pourraient ne pas être la solution miracle que certains gouvernements espèrent

Lu le 27 mars 2020 dans le SCMP, South China Morning Post,, un des médias de référence sur le coronavirus (COIVD-19), « Coronavirus: pourquoi les kits de test à résultats rapides pourraient ne pas être la solution miracle que certains gouvernements espèrent »

De nombreux scientifiques se sont montrés prudents quant à la fiabilité des tests rapides, les données espagnoles indiquant des taux de précision aussi faibles que 30%.

La Grande-Bretagne espère que les tests permettront aux personnes qui ont eu Covid-19 et qui se sont rétablies de retourner au travail, sachant qu'elles sont immunisées.

Certains dirigeants politiques saluent une percée potentielle dans la lutte contre le Covid-19 : de simples analyses de sang par piqûre d'une aiguille ou des écouvillons nasaux qui peuvent déterminer en quelques minutes si quelqu'un a ou avait déjà eu le virus.

Les tests pourraient révéler l'étendue réelle de l'épidémie et aider à séparer les sains des malades. Mais certains scientifiques ont contesté leur précision.

L'espoir est suspendu à deux types de tests rapides : les tests d'antigène qui utilisent un écouvillon du nez ou de la gorge pour rechercher le virus, et les tests d'anticorps qui recherchent dans le sang des preuves que quelqu'un a eu le virus et s'est rétabli. Les tests sont en quantité limitée, et certains d'entre eux ne sont pas fiables.

« Le marché est devenu complètement fou », a déclaré jeudi 26 mars le ministre espagnol de la santé, Salvador Illa, déplorant le manque de masques faciaux, d'équipements de protection individuelle et de tests rapides, « parce que tout le monde veut ces produits, et ils veulent les bons. »

Jeudi, le gouvernement espagnol a renvoyé 9 000 tests antigéniques rapides jugés non fiables à un fabricant chinois qui, selon le gouvernement chinois, n'avait pas de licence pour les vendre.

Le Premier ministre britannique Boris Johnson, qui a annoncé vendredi qu'il avait été testé positif pour le coronavirus, a déclaré plus tôt dans la semaine que les tests rapides « changeaient la donne » et a déclaré que son gouvernement en avait commandé 3,5 millions.

La Grande-Bretagne espère que les tests permettront aux personnes qui ont eu le Covid-19 et qui se sont rétablies de retourner au travail, en sachant qu'elles sont immunisées, du moins pour l'instant. Cela pourrait faciliter le verrouillage économique du pays et ramener au travail les personnels de santé qui se sont mis en quarantaine par crainte d’avoir le virus.

De nombreux scientifiques se sont montrés prudents au sujet des tests rapides, affirmant qu'il n'est pas clair s'ils fournissent des résultats précis.

Au cours des derniers mois, une grande partie des tests a impliqué des médecins mettant quelque chose qui s'apparente à un long écouvillon profondément dans le nez ou la gorge d'un patient pour récupérer des cellules qui contiennent du virus vivant. Les scientifiques du laboratoire extraient du matériel génétique du virus et en font des milliards de copies pour en obtenir suffisamment pour que les ordinateurs détectent le virus. Les résultats prennent parfois plusieurs jours.

Les tests antigéniques rapides ont des écouvillons plus courts que les patients peuvent utiliser eux-mêmes pour recueillir des échantillons. Ils s'apparentent à des tests rapides de dépistage de la grippe, qui peuvent produire des résultats en moins de 15 minutes. Ils se concentrent sur les antigènes - des parties de la surface du virus qui déclenchent la production d’anticorps par le corps d’une personne infectée.

Les autorités sanitaires en Chine, aux États-Unis et dans d'autres pays ont fourni peu de détails sur les taux de faux positifs et de faux négatifs dans les tests de coronavirus. Les experts craignent que les tests rapides soient beaucoup moins fiables que la méthode plus longue.

La précision plus faible a été un problème avec les tests rapides de la grippe. Des scientifiques espagnols ont déclaré que les tests rapides de détection du coronavirus qu'ils avaient examinés étaient inférieurs à 30%. Les tests de laboratoire les plus établis étaient précis à environ 84%.

Ces résultats médiocres « empêcheraient son introduction en routine », selon un rapport de la Société espagnole des maladies infectieuses et de microbiologie clinique qui a déclenché l’alarme en Espagne et incité le gouvernement à rejeter les 9 000 tests d'antigène.

Des questions similaires tournent autour des nouveaux tests d'anticorps impliquant des échantillons de sang. Certaines versions ont été décrites comme des tests de piqûre au doigt qui peuvent fournir des informations importantes en quelques minutes.

Les tests d'anticorps sont très utiles pour voir qui a été infecté récemment, qui est devenu immunisé contre la maladie et - si cela est fait à grande échelle - dans quelle mesure une infection s'est propagée dans une communauté.

Les tests d'anticorps pourraient également permettre aux scientifiques de mieux comprendre à quel point le coronavirus est mortel pour toutes les personnes, car ils pourraient fournir une meilleure compréhension du nombre de personnes qui ont été infectées, allant de ceux qui n'ont jamais présenté de symptômes à ceux qui sont tombés mortellement malades. . Les résultats pourraient également guider le développement de vaccins.

Mais tant de choses sont inconnues, y compris la durée des anticorps et l'immunité mais aussi sur qui les tests sanguins doivent être utilisés.

« Nous n'avons pas toutes les réponses », a déclaré le Dr Robin Patel, président de l'American Society for Microbiology.

Pour la plupart des gens, le coronavirus provoque des symptômes légers ou modérés, tels que fièvre et toux, qui disparaissent en deux à trois semaines. Pour certains, en particulier les personnes âgées et les personnes ayant des problèmes de santé existants, cela peut provoquer des maladies plus graves, notamment la pneumonie et la mort. La plupart des personnes se rétablissent.

Plus de 15 sociétés ont informé la Food and Drug Administration des États-Unis qu'elles ont développé des tests de détection d'anticorps, a indiqué l'agence. Les entreprises sont autorisées à commencer à distribuer les tests aux hôpitaux et aux médecins à condition qu’ils comportent certaines clauses de non-responsabilité, notamment : « Ce test n’a pas été examiné par la FDA ».

En Espagne, le gouvernement a recherché les tests rapides pour les utiliser d'abord dans les hôpitaux et les maisons de santé, où les efforts pour arrêter la propagation du virus ont été entravés par des infections généralisées parmi les personnels de santé.

Des espoirs quant au pouvoir transformateur des tests ont été soulevés, puis partiellement anéantis, en Grande-Bretagne. Sharon Peacock, directrice du service national des infections du Public Health England, a déclaré cette semaine aux députés que les tests seraient disponibles dans un « avenir proche » pour être achetés sur Amazon pour une utilisation à la maison ou pour être réalisés dans une pharmacie.

« Nous devons les évaluer en laboratoire pour être clair, car ce sont des produits flambant neufs », a-t-elle déclaré, expliquant que l'évaluation devrait être terminée cette semaine. Elle a déclaré que « d'autres millions » étaient commandés en plus des 3,5 millions que le gouvernement avait déjà achetés.

Mais le médecin-chef de l’Angleterre, Chris Whitty, a appelé à la prudence.

« Je ne pense pas, et je tiens à le dire clairement, que c'est quelque chose que vous commanderez soudainement sur Internet la semaine prochaine », a déclaré Whitty lors d'une conférence de presse mercredi. « La seule pire chose que pas de test est un mauvais test. »

« S'ils sont incroyablement précis, nous trouverons le moyen le plus rapide de les libérer S'ils ne sont pas exacts, nous n'en libérerons aucun », a-t-il déclaré.

Le porte-parole du Premier ministre n'a pas été en mesure de dire combien la Grande-Bretagne avait payé pour les tests, qui proviennent de plusieurs fournisseurs, ou si l'argent serait remboursé s'il s'avérait peu fiable.

Le scientifique en chef de l'Organisation mondiale de la santé a déclaré que des tests plus larges permettraient aux responsables de la santé d'identifier les infections chez les personnes qui semblent en bonne santé mais pourraient être porteuses du virus.

« Nous savons que si vous sortez vraiment et testez tout le monde dans la communauté, vous allez trouver des personnes qui se promènent avec ce virus dans le nez qui ne se sentent pas du tout malades », a déclaré le Dr Soumya Swaminathan.

L'OMS estime que la plupart des transmissions du virus se produisent par des personnes qui présentent déjà des symptômes, mais « la question est toujours ouverte » sur la façon dont les personnes asymptomatiques peuvent propager l'infection, a déclaré Swaminathan. 

A propos du décès d’une adolescente, LCI rapporte le 27 mars 2020, « Comment explique-t-on que ses tests au Covid-19 aient été négatifs ? »

Les tests sont loin d'être fiables à 100%, ils ont certes une très bonne spécificité (quand on est positif, il n’y a aucun doute) mais quand ils sont négatifs, ils peuvent être ce que l’on appelle de « faux négatifs ». En d’autres termes, ils ont une mauvaise sensibilité (de l'ordre de 60%) et peuvent donc donner de nombreux faux négatifs en fonction du moment où ils sont pratiqués et de la technique utilisée. Le scanner est un bien meilleur examen en cas de symptômes graves comme une difficulté respiratoire.

Complément du 30 mars 2010. 

On lira dans SCMP du 29 mars, « Coronavirus: la Chine accélère ses exportations de kits de test Covid-19 dans un contexte de pénurie mondiale, alors que la demande intérieure se tarit ».

• Plus de 100 entreprises chinoises vendent des kits de test de coronavirus en Europe, mais la plupart ne sont pas autorisés à vendre en Chine.
• Une pénurie mondiale de kits a déclenché une ruée vers les ressources, mais la nature spécialisée du processus de production offre des limites.