Une étude montre que des chiens peuvent détecter la COVID-19 plus rapidement, mieux que la plupart des tests PCR

«Une étude montre que des chiens peuvent détecter la COVID-19 plus rapidement, mieux que la plupart des tests PCR», source article de Stéphanie Soucheray paru le 18 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une nouvelle revue de la littérature sur les chiens renifleurs de la COVID-19 montre que les chiens ont surpassé ou égalé les tests PCR ou les tests antigéniques pour détecter le nouveau coronavirus parmi les humains ou les prélèvements de patients contenant de la sueur, de la salive ou de l'urine.

La méta-étude, publiée dans le Journal of Osteopathic Medicine, comprenait 29 études dans lesquelles des chiens ont été utilisés pour détecter la COVID-19 à l'aide de plus de 31 000 prélèvements. Plus de 400 scientifiques de 32 pays ont utilisé 19 races de chiens différentes pour mener les études. Le nombre de chiens impliqués dans les études individuelles variait de 2 à 15, avec une moyenne de 6. Les Labrador Retrievers et les Malinois belges étaient les races de chiens les plus couramment utilisées.

Les études de terrain montrent une bonne sensibilité et spécificité

Il convient de noter que les études analysées ont montré que les chiens pouvaient détecter les personnes asymptomatiques, celles qui avaient un long COVID et les nouveaux variants de la COVID.

Parmi les 29 études figuraient 10 expériences olfactives et 6 études sur le terrain menées à l'aéroport international d'Helsinki, un centre de santé mexicain, des pharmacies communautaires en Italie, quatre concerts en Allemagne, un métro en Colombie et une école en Californie.

Dans les études sur le terrain, les chiens ont obtenu des résultats comparables aux tests PCR, avec une sensibilité allant de 68,6% à 95,9%, 3 des 6 variants entre 92,0% et 95,9%. Les spécificités variaient de 75,0% à 99,9%, 3 des 6 études se situant entre 95,1% et 99,9%.

Et tous les résultats des chiens renifleurs se sont produits en l'espace de quelques secondes à pas plus de 15 minutes, beaucoup plus rapidement que d'autres formes de tests.

«Nous pensons que les chiens renifleurs méritent leur place en tant que méthodologie de diagnostic sérieuse qui pourrait être particulièrement utile pendant les pandémies, potentiellement dans le cadre de dépistages sanitaires rapides dans les espaces publics», a dit l'auteur de l'étude, Tommy Dickey de l'Université de Californie, dans un communiqué de presse. «Nous sommes convaincus que les chiens renifleurs seront utiles pour détecter une grande variété de maladies à l'avenir.»

Les tests sur les chiens ont augmenté pendant la pandémie

Bien que la communauté scientifique et médicale vante depuis longtemps la capacité des chiens à détecter les maladies, l'utilisation complète des animaux à des fins médicales et de détection des maladies n'a pas été largement mise en place avant la pandémie de COVID-19, ont dit les auteurs.

En général, les chiens ont un odorat supérieur et possèdent 1 094 récepteurs olfactifs, contre 802 pour un humain, et ont 125 à 300 millions de cellules olfactives, contre 5 à 6 millions pour un humain.

«L'efficacité de la méthode du chien renifleur dressé est comparable ou, dans certains cas, supérieure au test PCR en temps réel et au test antigène», ont conclu les auteurs. «Les chiens renifleurs entraînés peuvent être utilisés efficacement pour fournir des résultats rapides (de quelques secondes à quelques minutes), non intrusifs et précis dans les lieux publics et ainsi réduire la propagation du virus de la COVID-19 ou d'autres virus.»

Risque professionnel : des tests de dépistage de la COVID-19 reviennent avec des faux positifs chez des employés d’un laboratoire de recherche

ASM News rapporte un fait scientifique qui est un peu plus qu’une anecdote, jugez plutôt, «Risque professionnel : des tests de dépistage de la COVID-19 reviennent avec des faux positifs chez des employés d’un laboratoire de recherche».

Faits saillants

- Une nouvelle étude a analysé des gènes dans des écouvillons nasaux de personnes asymptomatiques testées positives pour le SRAS-CoV-2.

- L'étude a trouvé un groupe de personnes qui travaillaient ensemble dans un laboratoire qui se concentre sur les plasmides.

- Les plasmides sont de minuscules morceaux d'ADN couramment utilisés pour étudier les protéines produites par les virus.

- L'analyse a attribué les tests positifs à l'ADN plasmidique, et non à l'ARN viral.

- La nouvelle étude montre l'importance de tenir compte de la profession dans les examens de diagnostic.

Pour certains travailleurs de laboratoire, un test positif pour le SRAS-CoV-2 peut indiquer plus précisément une exposition professionnelle qu'une infection virale. Dans Microbiology Spectrum, des chercheurs de Seattle rendent compte d'un petit groupe d'employés de laboratoire dont les tests sont des faux positifs pour le virus ne provenaient pas de l'ARN viral, mais plutôt d'un morceau d'ADN généralement inoffensif, appelé plasmide, qui est couramment utilisé pour étudier le virus.

«Les plasmides sont de petites structures d'ADN que l'on trouve couramment dans les bactéries, et nous les utilisons tout le temps en laboratoire pour fabriquer des protéines», a déclaré la virologue et responsable de l'étude Lisa Frenkel de l'Université de Washington, qui codirige le Center for Global Recherche sur les maladies infectieuses au Seattle Children's Research Institute. «Et ici, le plasmide semblait s'imposer dans le nez des personnes qui travaillaient avec.» L'étude a également montré que les plasmides peuvent se propager à d'autres membres du ménage d'une personne.

Le nombre de personnes asymptomatiques dont le test est positif et qui travaillent avec des plasmides du SRAS-CoV-2 dans les laboratoires est inconnu, car il est peu probable que la plupart soient testées lorsqu'elles sont asymptomatiques.

Plus important encore, la nouvelle étude a révélé que les plasmides peuvent persister dans le nez, probablement dans les bactéries, pendant des semaines. Ils peuvent interférer avec les tests diagnostiques cliniques. Frenkel a expliqué que lorsque les médecins interprètent les résultats de diagnostic, ils doivent tenir compte de l'exposition professionnelle d'un patient, ainsi que de ses antécédents médicaux.

Frenkel, dont les travaux se concentrent généralement sur le VIH, n'avait pas initialement prévu d'étudier les travailleurs de laboratoire ou les plasmides. Mais fin mars 2020, alors que le nombre de cas de COVID-19 augmentait dans le monde, son laboratoire (et ceux de nombreux collègues du Seattle Children's Research Institute) a changé pour travailler sur le SRAS-CoV-2. Ils ont commencé à chercher des biomarqueurs capables de prédire comment une personne réagirait à une infection. Ils ont lancé un essai observationnel prospectif qui surveillait, sur une base hebdomadaire, un groupe de personnes qui avaient été testées positives pour le SRAS-CoV-2 par un test PCR mais qui ne présentaient pas de symptômes.

En analysant les données, les chercheurs ont réalisé que 4 des sujets asymptomatiques de leur étude qui avaient été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par PCR travaillaient tous ensemble dans le même laboratoire.

«Nous connaissions le chercheur principal de ce laboratoire et nous savions sur quoi ils travaillaient», a déclaré Frenkel. Les chercheurs de ce laboratoire avaient travaillé avec un plasmide qui codait pour une protéine SARS-CoV-2.

Cette connexion a soulevé une question : les tests de diagnostic pourraient-ils détecter l'ADN dans le plasmide, plutôt que le virus ? Après tout, les tests PCR détectent le matériel génétique du virus. Pour le savoir, les chercheurs ont analysé les acides nucléiques prélevés sur les écouvillons nasaux des 4 collègues et 1 participant supplémentaire, un partenaire de l’un des employés de laboratoire qui était également asymptomatique et dont le test était positif.

Ingrid Beck, senior scientist, a prouvé que dans tous les cas testés, le matériel détecté provenait du plasmide, et non du virus. Plusieurs tests PCR effectués sur les échantillons ont amplifié des séquences d'ADN uniques au plasmide utilisé en laboratoire, mais pas des régions de l'ARN du SARS-CoV-2. «Ils l'ont eu dans le nez pendant de longues périodes, soit dans les tissus nasaux, soit dans les bactéries», a dit Frenkel. Les chercheurs ont très probablement été exposés au plasmide dans le cadre de leurs travaux de laboratoire.

Les résultats soulèvent d'autres questions qui restent sans réponse. «Désormais, nous sommes curieux, est-ce que [le plasmide] a vacciné ces gens?» s’est demandé Frenkel. «Nous ne savons pas s'ils ont une immunité de la muqueuse contre cette partie du virus. Pourra-t-elle les protéger ?

Depuis la fin de l'étude, Frenkel a repris son travail sur le VIH. «Le SRAS-CoV-2 va évoluer, mais heureusement, il n'évolue pas aussi rapidement que le VIH», a-t-elle dit. «C'est un virus que nous pouvons mieux combattre que le VIH.»

Le test PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2

«La PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2», source ASM News.

Vingt-six sujets d'une cohorte de 80 ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 via un écouvillonnage nasopharyngé, et tous les 26 ont été testés positifs en utilisant un lavage par gargarisme (lavage de la bouche), selon une nouvelle étude publiée dans Microbiology Spectrum, le nouveau journal en libre accès de l'American Society for Microbiology. C'est une bonne nouvelle, car l'écouvillonnage nasopharyngé, actuellement la référence pour la collecte d'échantillons pour les tests COVID, a un faible taux d'acceptation en raison de l'inconfort d'avoir un passage nasal écouvillonné.

La méthode de détection pour tester les échantillons utilisée dans cette étude est la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) hautement sensible.

«Nos résultats montrent que dans tous les cas, où les personnes ont été testées positivement par le prélèvement nasal de référence, on pouvait également détecter le virus lors d'un lavage en gargarisme par la même méthode RT-PCR», a déclaré l'auteur correspondant Christof R. Hauck, professeur de biologie cellulaire, Faculté des sciences naturelles, Département de biologie, Université de Constance, Allemagne.

«Cette procédure d'échantillonnage peut être effectuée en toute sécurité dans le cabinet d'un médecin généraliste sans équipement de protection supplémentaire pour le personnel médical, car les patients eux-mêmes effectuent l'échantillonnage», a déclaré le Dr Hauck. «Nous envoyions généralement les patients avec la solution de gargarisme et le récipient d'échantillonnage à l'extérieur.» Là, ils se sont gargarisés devant une fenêtre, observés par un membre du personnel médical. Ainsi, «nous n'avons pas besoin d'exposer le personnel formé au danger de prélever des échantillons sur autant de personnes potentiellement infectées».

Les sujets de l'étude présentaient des symptômes respiratoires typiques ou un contact connu avec des personnes infectées. Chacun a reçu à la fois un écouvillon nasal administré par un professionnel de la santé, «ce qui était nécessaire pour la procédure de diagnostic régulière, et chacun a effectué lui-même un lavage par gargarisme», a déclaré le Dr Hauck. «Ces échantillons appariés ont ensuite été transférés au laboratoire de diagnostic central, où ils ont été analysés en parallèle, afin que les résultats puissent être directement comparés.»

«En plus d'effectuer des diagnostics sur des patients symptomatiques, nous participons à une surveillance régulière du SRAS-CoV-2 sur notre campus universitaire, où nous testons des personnes deux fois par semaine. Comme l'écouvillonnage nasal n'est pas très agréable, nous cherchions une alternative, et le lavage en gargarisme s'est avéré très bien accepté», a déclaré le Dr Hauck.

«En trouvant un accord complet des résultats obtenus avec des échantillons appariés d'une cohorte importante de patients, nos résultats soutiennent fortement l'idée que l'auto-collecte indolore du lavage par gargarisme fournit une source appropriée et simple pour une détection fiable du SRAS-CoV-2», a déclaré le Dr Hauck.

Avis aux lecteurs du blog

L’ancien site Internet du blog qui était hébergé par la revue PROCESS Alimentaire est de nouveau opérationnel avec ce lien https://amgar.blog.processalimentaire.com/

Un nouveau test PCR en 30 minutes est disponible, qui dit mieux ?

Microchip based Real-time PCR analyzer AriaDNA

«Un nouveau kit de test rapide du COVID-19 reçoit une approbation scientifique», source EurekAlert!

Les chercheurs suggèrent que le test pourrait être déployé dans des endroits éloignés, des cliniques et des aéroports en raison de sa facilité d'utilisation et de sa portabilité.

Les chercheurs de l'Université Simon Fraser ont validé un test COVID-19 plus rapide et moins cher qui pourrait relancer l'expansion de tests rapides plus répandus. Les résultats de l'étude ont été publiés dans The Journal of Molecular Diagnostics, Microchip RT-PCR Detection of Nasopharyngeal SARS-CoV-2 Samples.

«Cette recherche offre une alternative moins chère et plus rapide au test le plus fiable et le plus sensible actuellement utilisé dans le monde, sans sacrifier la sensibilité et la reproductibilité», déclare le professeur de biologie moléculaire et de biochimie Peter Unrau, qui a dirigé l'équipe d'évaluation du kit du test COVID-19.

Les chercheurs suggèrent que le test pourrait être déployé dans des endroits éloignés, des cliniques et des aéroports en raison de sa facilité d'utilisation et de sa portabilité.

Le test PCR en temps réel sur puce électronique peut fournir des résultats précis en 30 minutes et nécessite 10 fois moins de réactifs que les tests RT-PCR en tube approuvés par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Les pénuries de réactifs et de kits de test dans la chaîne d'approvisionnement pendant la pandémie ont ralenti l'expansion rapide des tests cliniques. Ce nouveau kit de test COVID-19 est un autre outil de la boîte à outils qui utilise moins de réactifs avec une alimentation limitée pour obtenir des résultats rapides et précis.

Le Pr Unrau, avec le doctorant Razvan Cojocaru et l'étudiante en maîtrise Iqra Yaseen, a d'abord évalué la sensibilité du test en laboratoire.

Ensuite, le kit de test a été envoyé à une équipe clinique de l'hôpital St. Paul à Vancouver, Colombie-Britannique, Canada, pour déterminer sa capacité à détecter le COVID-19 dans des prélèvements de patients. Les résultats du kit de test microchip PCR COVID-19 sont alignés sur les résultats des tests hospitaliers, démontrant ainsi son efficacité.

Le kit est livré préchargé avec des amorces et des sondes COVID-19, ce qui le rend facile à utiliser, réduisant le potentiel d'erreur de l'utilisateur et améliorant la fiabilité des résultats de test.

Les kits de détection COVID-19 développés par Lumex Instruments Canada et validés par l'équipe d'Unrau sont de faible puissance (100 watts), compacts, légers et disponibles à l'échelle internationale. La fiche d'information de Lumex est ici.

Commentaire. C'est une super nouvelle, 30 minutes !

Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2

«Une mutation réduit la précision du test de diagnostic du SARS-CoV-2», source ASM News du 6 mai 2021.

Des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington, Saint-Louis, ont identifié une mutation qui réduit la capacité de la transcriptase inverse (RT-PCR), un diagnostic couramment utilisé dit PCR, servant à identifier le SARS-CoV- 2. Ils ont ensuite découvert que cette mutation était présente dans des échantillons de SARS-CoV-2 du monde entier. L'étude est publiée dans le Journal of Clinical Microbiology, une publication de l'American Society for Microbiology.

Le diagnostic par PCR est largement utilisée pendant les urgences de santé publique pour identifier les agents viraux infectieux, car ces tests peuvent mesurer efficacement l'abondance d'un virus et se propager au sein de la communauté. Mais le SARS-CoV-2 mute fréquemment, et certaines de ces mutations se produisent dans les régions du génome que les tests de diagnostic utilisent pour identifier le virus.

Dans le cadre de leur étude, des chercheurs ont examiné tous les échantillons cliniques qui avaient été testés à l'aide d'une plate-forme RT-PCR autorisée par la FDA qui teste 2 régions du génome. Certains prélèvementsont donné des signaux forts d'une région cible, mais des signaux beaucoup plus faibles de l'autre région. Le séquençage du génome entier du virus dans ces prélèvements a révélé une seule mutation dans cette dernière région cible qui a abouti au signal plus faible.

La fiabilité de ces tests est primordiale, car des faux négatifs peuvent retarder la réponse des responsables de la santé publique, réduisant la vitesse à laquelle une communauté affligée peut adopter des mesures de protection telles que la prescription de masques et la fermeture de bars et de restaurants, a dit l'auteur correspondant David Wang, qui est professeur de microbiologie moléculaire et de pathologie et immunologie. Ces retards entraînent une propagation plus rapide des infections. Des faux négatifs ont probablement accéléré la propagation du variant B.1.1.7 (appelé aussi vaiant anglais ou britannique -aa) naturellement hautement transmissible, en raison d'une délétion de 6 nucléotides dans le gène S.

«L'utilisation de tests diagnostiques qui ciblent plus d'une région peut aider à améliorer la précision des tests du SARS-CoV-2», a dit le Dr Wang.