COVID-19: Durée de la présence d'ARN viral dans différentes sécrétions chez des patient

Deux études, entre autres, tentent de démêler la persistance d'ARN viral du SRAS-CoV-2, responsable du COVID-19, chez des patients, pas simple du tout ...

Persistance d’ARN viral dans des prélèvements de selles de patients se remettant de COVID-19

La PCR a des limites et l'isolement des patients pendant un mois ou plus peut ne pas être possible ;

L'isolement a longtemps été considéré comme le moyen de protection le plus efficace contre la propagation des maladies infectieuses et, pendant la pandémie actuelle de COVID-19, des milliers de patients potentiellement infectés ont été isolés dans le monde. Différentes opinions existent sur la durée de l'isolement, notamment parce que les données sur la persistance et l'infectiosité du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) dans divers fluides corporels sont rares.

Dans l'étude liée, Zheng et ses collègues décrivent la dynamique de la charge virale chez 96 patients atteints du SRAS-CoV-2.

Les charges virales dans les prélèvements respiratoires, les selles, le sérum et l'urine ont été testées en utilisant une technique par PCR pendant quatre semaines d'hospitalisation. À la fin de ces quatre semaines, plus de la moitié des patients étaient toujours testés positifs pour le SRAS-CoV-2 dans des prélèvements respiratoires et un tiers des patients dans des prélèvements de selles en utilisant la PCR, des résultats avec des implications inquiétantes pour le contrôle de la maladie.

En revanche, tous les prélèvements d'une petite série de cas européens, y compris ceux des prélèvements nasopharyngés et des selles, sont devenus négatifs au SARS-CoV-2 en deux semaines pour tous les patients survivants. Il n'est pas clair si ces différences reflètent un état clinique différent ou des différences dans les caractéristiques des tests de PCR.

La PCR a été utilisée pour la première fois il y a plus de 30 ans dans un article décrivant une nouvelle amplification enzymatique d'acide nucléique. Depuis lors, des améliorations techniques ont fait de la PCR l'outil de choix pour l'amplification enzymatique spécifique d'acide nucléique in vitro. Une limitation importante des tests PCR, cependant, est l'incapacité de faire la différence entre la réplication virale réelle et la détection de matériel viral non viable, et donc non infectieux. Cela a été un défi clé dans les épidémies précédentes lors de l'évaluation de l'infectiosité des patients en convalescence et de la détermination de la pertinence clinique de la détection d'ARN viral dans les selles est particulièrement difficile.

Dans la maladie liée au virus Ebola, de l'ARN viral a été retrouvé dans des prélèvements de selles après l'élimination de la virémie sanguine chez les patients en convalescence, mais les tentatives de récupération du virus à partir de cultures cellulaires ont jusqu'à présent échoué.

De même, chez les patients atteints du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), l'ARN était généralement détecté dans les fèces, mais les essais d'isolement viral ont donné des résultats négatifs.

Au cours de la pandémie de SRAS-CoV-1 de 2002-2003, des articles des résultats positifs de PCR dans les selles ont également été signalés. Ces données, combinées à des observations de transmission indirecte à travers des surfaces contaminées et des fomites, ont conduit à suggérer une transmission fécale-orale du SRAS-CoV-1.

Alors, que pouvons-nous conclure de l'étude ? Vaut-il mieux prévenir que guérir et les patients doivent-ils être isolés tant qu'ils présentent des signes de perte d'ARN viral?

En termes de confinement de la maladie, cela pourrait être préconisé. Cependant, l'impact sur les systèmes de santé, les laboratoires de virologie et, surtout, les patients maintenus en isolement pendant au moins un mois, serait énorme.

Cependant, une hygiène méticuleuse des mains et des toilettes pourrait être justifiée et devrait réduire considérablement la pertinence clinique de l'excrétion virale des selles.

Il reste nécessaire d'accepter certaines incertitudes en ces temps difficiles et de s'appuyer sur l'amélioration clinique de COVID-19 pour éclairer les stratégies pour mettre fin à l'isolement. Cette incertitude se reflète dans les propositions d'institutions telles que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, le National Health Service et le European Center for Disease Prevention and Control, qui préconisent tous des combinaisons de tests et d'autres mesures de santé publique pour réduire le risque de transmission.

Davantage de données épidémiologiques, de tests et de modélisation mathématique seront nécessaires pour comprendre pleinement la pertinence clinique de l'excrétion virale de divers fluides corporels chez les patients se remettant de COVID-19. Pendant ce temps, les décideurs politiques, les professionnels de la santé et les patients devraient continuer à coopérer afin de tirer le meilleur parti des connaissances scientifiques et cliniques disponibles pour limiter la propagation du virus, sans mettre trop de pression sur les systèmes de santé déjà poussés à leurs limites.

Référence. Persistence of viral RNA in stool samples from patients recovering from COVID-19. BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1724 (Published 07 May 2020)

Une étude chinoise montre que l'ARN du COVID-19 est présent jusqu'à 49 jours

Une nouvelle étude publiée dans Emerging Infectious Diseases montre que le matériel génétique du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, a été détecté dans des fluides corporels des patients COVID-19 jusqu'à 49 jours.

L'étude a été menée chez 49 patients de Guangdong, en Chine, et a évalué la présence d'ARN viral dans des prélèvements de gorge, des prélèvements nasopharyngés, des prélèvements d'expectorations et des prélèvements de matières fécales. Quarante-trois des patients avaient des cas bénins de COVID-19, tandis que 6 avaient des cas graves. Les chercheurs ont obtenu des prélèvements tous les 3 jours pendant 4 semaines.

Les auteurs ont constaté une excrétion persistante d'ARN viral dans des prélèvements d'écouvillons nasopharyngés et d'excréments.

« Le temps estimé jusqu'à la perte de la détection de l'ARN viral variait de 45,6 jours pour les prélèvements nasopharyngés à 46,3 jours pour les prélèvements de fèces dans les cas bénins, et de 48,9 jours pour les prélèvements nasopharyngés à 49,4 jours pour les prélèvements de fèces dans les cas graves, ce qui était plus long que ceux du SARS-CoV et du MERS-CoV », ont écrit les auteurs, se référant aux coronavirus responsables respectivement du SRAS et du MERS.

Les résultats sont cohérents avec les articles de cas publiés, ont conclu les auteurs. Ils ont dit que leurs résultats devraient éclairer les tests de diagnostic du COVID-19 et les mesures de prévention.