Deux études, entre autres, tentent de démêler la persistance d'ARN viral du SRAS-CoV-2, responsable du COVID-19, chez des patients, pas simple du tout ...
Persistance
d’ARN viral dans des
prélèvements
de selles de patients se remettant de COVID-19
La
PCR a des limites et l'isolement des patients pendant un mois ou plus
peut ne pas être possible ;
L'isolement
a longtemps été considéré comme le moyen de protection le plus
efficace contre la propagation des maladies infectieuses et, pendant
la pandémie actuelle de COVID-19, des milliers de patients
potentiellement infectés ont été isolés dans le monde.
Différentes opinions existent sur la durée de l'isolement,
notamment parce que les données sur la persistance et l'infectiosité
du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2)
dans divers fluides corporels sont rares.
Dans
l'étude liée, Zheng
et ses collègues décrivent la dynamique de la charge virale
chez 96 patients atteints du SRAS-CoV-2.
Les
charges virales dans les prélèvements respiratoires, les selles, le
sérum et l'urine ont été testées en utilisant une
technique par PCR
pendant quatre semaines d'hospitalisation. À la fin de ces quatre
semaines, plus de la moitié des patients étaient toujours testés
positifs pour le SRAS-CoV-2 dans des prélèvements
respiratoires et un tiers des patients dans des prélèvements de
selles en
utilisant
la PCR, des
résultats
avec des implications inquiétantes pour le contrôle de la maladie.
En
revanche, tous les prélèvements
d'une
petite série de cas européens, y compris ceux des prélèvements
nasopharyngés
et des selles, sont devenus négatifs au SARS-CoV-2 en deux semaines
pour tous les patients survivants. Il n'est pas clair si ces
différences reflètent un
état
clinique différent ou des différences dans les caractéristiques
des tests de PCR.
La
PCR a été utilisée pour la première fois il y a plus de 30 ans
dans un article décrivant une nouvelle amplification enzymatique
d'acide nucléique. Depuis lors, des améliorations techniques ont
fait de la PCR l'outil de choix pour l'amplification enzymatique
spécifique d'acide nucléique in vitro. Une limitation
importante des tests PCR, cependant, est l'incapacité de faire la
différence entre la réplication virale réelle et la détection de
matériel viral non viable, et donc non infectieux. Cela a été un
défi clé dans les épidémies précédentes lors de l'évaluation
de l'infectiosité des patients en convalescence et de la
détermination de la pertinence clinique de la détection d'ARN viral
dans les selles est particulièrement difficile.
Dans
la maladie liée
au
virus Ebola, de l'ARN viral a été retrouvé
dans des prélèvements de selles après l'élimination de la virémie
sanguine chez les patients en convalescence, mais les tentatives de
récupération du virus à partir de cultures cellulaires ont jusqu'à
présent échoué.
De
même, chez les patients atteints du coronavirus du syndrome
respiratoire du Moyen-Orient (MERS), l'ARN était généralement
détecté dans les fèces, mais les essais d'isolement viral ont
donné
des résultats négatifs.
Au
cours de la pandémie de SRAS-CoV-1 de 2002-2003, des articles
des
résultats positifs de PCR dans les selles ont également été
signalés. Ces données, combinées à des observations de
transmission indirecte à travers des surfaces contaminées et des
fomites, ont conduit à suggérer une transmission fécale-orale du
SRAS-CoV-1.
Alors,
que pouvons-nous conclure de l'étude ? Vaut-il mieux prévenir que
guérir et les patients doivent-ils être isolés tant qu'ils
présentent des signes de perte d'ARN viral?
En
termes de confinement de la maladie, cela pourrait être préconisé.
Cependant, l'impact sur les systèmes de santé, les laboratoires de
virologie et, surtout, les patients maintenus en isolement pendant au
moins un mois, serait énorme.
Cependant,
une hygiène méticuleuse des mains et des toilettes pourrait être
justifiée et devrait réduire considérablement la pertinence
clinique de l'excrétion virale des selles.
Il
reste nécessaire d'accepter certaines incertitudes en ces temps
difficiles et de s'appuyer sur l'amélioration clinique de COVID-19
pour éclairer les stratégies pour mettre fin à l'isolement. Cette
incertitude se reflète dans les propositions d'institutions telles
que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis,
le National Health Service et le European Center for Disease
Prevention and Control, qui préconisent tous des combinaisons de
tests et d'autres mesures de santé publique pour réduire le risque
de transmission.
Davantage
de données épidémiologiques, de tests et de modélisation
mathématique seront nécessaires pour comprendre pleinement la
pertinence clinique de l'excrétion virale de divers fluides
corporels chez les patients se remettant de COVID-19. Pendant ce
temps, les décideurs politiques, les professionnels de la santé et
les patients devraient continuer à coopérer afin de tirer le
meilleur parti des connaissances scientifiques et cliniques
disponibles pour limiter la propagation du virus, sans mettre trop de
pression sur les systèmes de santé déjà poussés à leurs
limites.
Référence. Persistence of viral RNA in stool samples from patients recovering from COVID-19. BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1724 (Published 07 May 2020)
Une
étude chinoise montre que l'ARN
du
COVID-19
est
présent
jusqu'à 49 jours
Une
nouvelle étude publiée dans Emerging
Infectious Diseases montre que le matériel génétique du
SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, a été détecté dans
des fluides corporels des patients COVID-19 jusqu'à 49 jours.
L'étude
a été menée chez 49 patients de Guangdong, en Chine, et a évalué
la présence d'ARN viral dans des prélèvements de gorge, des
prélèvements nasopharyngés, des prélèvements d'expectorations et
des prélèvements de matières fécales. Quarante-trois des patients
avaient des cas bénins de COVID-19, tandis que 6 avaient des cas
graves. Les chercheurs ont obtenu des prélèvements tous les 3 jours
pendant 4 semaines.
Les
auteurs ont constaté une excrétion persistante d'ARN viral dans des
prélèvements d'écouvillons nasopharyngés et d'excréments.
« Le
temps estimé jusqu'à la perte de la
détection
de l'ARN viral
variait de 45,6 jours pour les prélèvements nasopharyngés
à 46,3 jours pour les prélèvements
de fèces dans les cas bénins, et
de 48,9 jours pour les prélèvements nasopharyngés à 49,4 jours
pour les prélèvements de fèces
dans les cas graves, ce qui était plus long que ceux du SARS-CoV et
du MERS-CoV »,
ont écrit les auteurs, se référant aux coronavirus responsables
respectivement du SRAS et du MERS.
Les
résultats sont cohérents avec les articles de cas publiés, ont
conclu les auteurs. Ils ont dit que leurs résultats devraient
éclairer les tests de diagnostic du COVID-19 et les mesures de
prévention.
