COVID-19: Le risque associé à l'introduction et à la propagation préoccupante de variants en Europe a été porté à élevé/très élevé, selon l'ECDC

«Des responsables mettent en garde contre la menace pour l'Europe du variant COVID-19», source article de Lisa Schnirring de CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update, a le 21 janvier élevé le risque de propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 à très élevé, car l'activité du COVID-19 au Royaume-Uni, où la variante B117 est dominante, maintient une emprise serrée malgré le troisième confinement du pays.

Pendant ce temps, des pays d'autres parties du monde, dont la Chine, ont annoncé de nouvelles mesures pour contrer la propagation tenace du virus.

L'ECDC augmente la menace du variant à 'très élevée'

Dans sa première mise à jour de son évaluation des risques des variants du SRAS-CoV-2 le 21 janvier, l'ECDC a dit que les variants les plus transmissibles ont conduit à une détérioration des situations épidémiologiques. Sur la base de nouvelles informations, le risque d'introduction du B117 et de sa propagation dans la communauté est très élevé et son impact sur les systèmes de santé est considéré comme élevé.

Pour le variant 501Y.V2 retrouvé pour la première fois en Afrique du Sud, des cas ont été confirmés dans 10 pays européens, avec un cluster en cours d'investigation en France et au Royaume-Uni et en Israël signalant également des cas ou des groupes d'infections 501Y.V2 non liées aux voyages.

Bien que le Royaume-Uni ait récemment vu des cas reculer par rapport à des sommets quotidiens records, salués comme un signe prometteur, une analyse mise à jour par l'Imperial College de Londres publiée le 20 janvier a dit que la prévalence du SRAS-CoV-2 est toujours très élevée, sans preuve de déclin. L'analyse du groupe couvre les 10 premiers jours du troisième confinement du pays.

Ils ont dit avoir vu une légère baisse initiale, suivie d'un plateau ou d'une augmentation possible des cas. Ils notent que les données de mobilité de Facebook montrent une baisse marquée d'ici la fin décembre, suivie d'une hausse qui a suivi le début de l'année de travail début janvier.

L'augmentation de la prévalence était associée aux grands ménages, aux quartiers les plus pauvres et à l'appartenance ethnique noire et asiatique. Les taux de positivité étaient plus élevés chez les personnels de la santé et des centre de santé, ainsi que chez d'autres personnels clés.

«Tant que la prévalence dans la communauté ne sera pas considérablement réduite, les services de santé resteront sous une pression extrême et le nombre cumulé de vies perdues pendant cette pandémie continuera d'augmenter rapidement», ont-ils écrit.

Dans un autre développement au Royaume-Uni, des chercheurs de l'Université d'Oxford ont dit le 20 janvier que les tests à flux latéral, également appelés aussi tests immunochromatographiques à flux latéral ou tests rapides identifieraient probablement les cas les plus infectieux chez des personnes ayant une charge virale plus élevée, malgré les préoccupations concernant la précision des tests, selon Reuters. La nouvelle survient alors que les responsables de la santé britanniques considèrent les tests rapides de masse comme un moyen de sortir du confinement actuel.

La Grande-Bretagne a été le premier pays d'Europe à subir une poussée qui était en partie liée au variant B117, qui alimente maintenant des épidémies dans d'autres parties du continent. Le Portugal fait partie des pays qui connaissent un tel pic, et la ministre de la Santé du pays, Marta Temido a déclaré le 20 janvier lors d'une émission de radio qu'environ 20% des cas consistaient au variant le plus transmissible, selon Reuters. Elle a prédit que ce nombre pourrait atteindre 60% dès la semaine prochaine.

Un représentant de l'un des syndicats de médecins du Portugal a dit le 21 janvier que les hôpitaux sont débordés, sans personnel suffisant pour ajouter plus de lits dans les unités de soins intensifs (USI), selon un autre article de Reuters. Le gouvernement a annoncé la fermeture de toutes les écoles et universités pendant 2 semaines afin de freiner la propagation du virus.

Pendant ce temps, l'Espagne voisine aujourd'hui - pour la deuxième journée consécutive - a signalé un record en une seule journée de 44 357 nouveaux cas, selon l'agence Anadolu, qui a dit que de nombreux hôpitaux du pays étaient débordés et que 157 variants de cas avaient été identifiées. Les responsables de la santé espagnols ont averti que le B117 pourrait devenir la souche dominante d'ici la mi-mars.

COVID-19: L'analyse du réseau génétique fournit un 'instantané' des origines de la pandémie

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Une étude retrace la « supernova naissante » du COVID-19 par le biais de mutations génétiques lors de sa propagation de la Chine et de l'Asie à l'Australie, à l'Europe et à l'Amérique du Nord. source communiqué de l'Université de Cambridge du 9 avril 2020.

Les chercheurs disent que leurs méthodes pourraient être utilisées pour aider à identifier les sources d'infection non documentées.

Des chercheurs de Cambridge, du Royaume-Uni et d'Allemagne ont reconstruit les premières « voies d'évolution » du COVID-19 chez l'homme, alors que l'infection s'est propagée de Wuhan en Europe et en Amérique du Nord, en utilisant des techniques de réseau génétique.

En analysant les 160 premiers génomes viraux complets à séquencer à partir de patients humains, les scientifiques ont cartographié une partie de la propagation originale du nouveau coronavirus à travers ses mutations, ce qui crée différentes lignées virales.

« Il y a trop de mutations rapides pour tracer soigneusement un arbre généalogique du COVID-19. Nous avons utilisé un algorithme de réseau mathématique pour visualiser simultanément tous les arbres plausibles », a déclaré le Dr Peter Forster, généticien, et auteur principal de l'Université de Cambridge.

« Ces techniques sont principalement connues pour cartographier les mouvements des populations humaines préhistoriques à travers l'ADN. Nous pensons que c'est l'une des premières fois où ils ont été utilisés pour tracer les voies d'infection d'un coronavirus comme COVID-19. »

L'équipe a utilisé des données de génomes de virus échantillonnés à travers le monde entre le 24 décembre 2019 et le 4 mars 2020. La recherche a révélé trois « variants » distincts de COVID-19, consistant en des clusters de lignées étroitement apparentées, qu'ils étiquetent ‘A’, ‘B’ et ‘C'.

Forster et ses collègues ont découvert que le type de COVID-19 le plus proche de celui découvert chez les chauves-souris, le type ‘A’, le « génome d'origine du virus humain » - était présent à Wuhan, mais ce n'était étonnamment pas le type de virus prédominant de la ville.

Des versions mutées de ‘A’ ont été vues chez des Américains qui auraient vécu à Wuhan, et un grand nombre de virus de type A ont été découverts chez des patients américains et australiens.

Le principal type de virus de Wuhan, ‘B’, était répandu chez les patients de toute l'Asie de l'Est. Cependant, le variant n'a pas voyagé bien au-delà de la région sans autres mutations, impliquant un « événement fondateur » à Wuhan, ou une « résistance » contre ce type de COVID-19 en dehors de l'Asie de l'Est, affirment les chercheurs.

Le variant ‘C’ est le principal type européen, retrouvé chez les premiers patients de France, d'Italie, de Suède et d'Angleterre. Il est absent de l’échantillon du continent chinois de l’étude, mais on le voit à Singapour, à Hong Kong et en Corée du Sud.

La nouvelle analyse suggère également que l'une des premières introductions du virus en Italie a eu lieu via la première infection allemande documentée le 27 janvier, et qu'une autre voie d'infection italienne précoce était liée à « un cas groupé à Singapour ».

Surtout, les chercheurs disent que leurs techniques de réseau génétique ont tracé avec précision les voies d'infection établies: les mutations et les lignées virales ont rejoint les points entre les cas connus.

En tant que tels, les scientifiques soutiennent que ces méthodes « phylogénétiques » pourraient être appliquées au tout dernier séquençage du génome du coronavirus pour aider à prédire les futurs points chauds mondiaux de transmission et d'augmentation des maladies.

« L'analyse du réseau phylogénétique a le potentiel d'aider à identifier les sources d'infection du COVID-19 non documentées, qui peuvent ensuite être mises en quarantaine pour contenir la propagation de la maladie dans le monde entier », a déclaré Forster, membre du McDonald Institute of Archaeological Research à Cambridge, ainsi que l'Institute of Continuing Education de l'Université.

Les résultats sont publiés dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Le logiciel utilisé dans l'étude, ainsi que la classification de plus de 1 000 génomes de coronavirus et leur dénombrement, sont disponibles gratuitement sur www.fluxus-technology.com.

Le variant ‘A’, le plus proche du virus retrouvé à la fois chez les chauves-souris et les pangolins, est décrit comme « la racine de l'épidémie » par les chercheurs. Le type ‘B’ est dérivé de ‘A’, séparé par deux mutations, puis ‘C’ est à son tour une « fille » de ‘B’.

Les chercheurs disent que la localisation du variant ‘B’ en Asie de l'Est pourrait résulter d'un « effet fondateur »: un goulot d'étranglement génétique qui se produit lorsque, dans le cas d'un virus, un nouveau type est établi à partir d'un petit groupe isolé d'infections.

Forster soutient qu'il existe une autre explication qui mérite d'être examinée. « Le virus de type B de Wuhan pourrait être adapté sur le plan immunologique ou environnemental à une grande partie de la population d'Asie de l'Est. Il pourra peut-être muter pour surmonter la résistance en dehors de l'Asie de l'Est. Nous semblons voir un taux de mutation plus lent en Asie de l'Est qu'ailleurs, dans cette phase initiale. »

Il a ajouté: « Le réseau viral que nous avons détaillé est un instantané des premiers stades d'une épidémie, avant que les voies évolutives du COVID-19 ne soient obscurcies par un grand nombre de mutations. C'est comme attraper une supernova naissante en flagrant délit. »

Depuis la réalisation de l’étude paru dans PNAS, l’équipe de recherche a étendu son analyse à 1 001 génomes viraux. Bien qu'il n'ait pas encore été évalué par des pairs, Forster dit que les derniers travaux suggèrent que la première infection et la propagation chez l'homme de COVID-19 s'est produite entre la mi-septembre et le début décembre.

Les méthodes du réseau phylogénétique utilisées par les chercheurs - permettant la visualisation de centaines d'arbres évolutifs simultanément dans un graphique simple - ont été lancés en Nouvelle-Zélande en 1979, puis développés par des mathématiciens allemands dans les années 1990.

Ces techniques ont attiré l'attention du professeur Colin Renfrew, archéologue, un coauteur de la nouvelle étude parue dans PNAS, en 1998. Renfrew a ensuite créé l'un des premiers groupes de recherche en archéogénétique au monde à l'Université de Cambridge.