Des chercheurs montrent l’impact spécifique des pathogènes lié aux mesures du COVID-19

«Des chercheurs montrent l’impact spécifique des pathogènes lié aux mesures du COVID-19», source article de Joe Whitworth paru le 4 octobre 2023 dans Food Safety News.

Selon une analyse des pathogènes au cours de la pandémie de coronavirus, les infections à Listeria et à E. coli sont revenues aux niveaux attendus plus rapidement que les cas à Salmonella.

Des chercheurs ont examiné l’impact de la réponse à l’épidémie du COVID-19 sur les tendances des infections gastro-intestinales à l’aide des données de surveillance de six systèmes nationaux coordonnés par l’UK Health Security Agency (UKHSA).

Après des diminutions lors du premier confinement de mars à mai 2020, les pathogènes bactériens et parasitaires liés aux voies de transmission alimentaires ou environnementales se sont rétablis rapidement entre juin et septembre 2020, tandis que ceux associés aux voyages ou à la transmission de personne à personne sont restés inférieurs aux prévisions pour 2021. Une forte activité de norovirus hors saison a été observée avec l’assouplissement des mesures de confinement entre juin et octobre 2021.

Les pathogènes viraux sont plus susceptibles d’être transmis d’une personne à l’autre, tandis que les agents pathogènes bactériens sont plus communément transmis par voie alimentaire. Les virus sont fréquemment associés à des environnements fermés tels que les écoles, les hôpitaux ou les établissements alimentaires, tandis que les agents pathogènes bactériens sont souvent transmis par des produits alimentaires consommés à la maison.

Variété des pathogènes

Les mesures visant à réduire la transmission du coronavirus comprenaient une meilleure hygiène des mains, une réduction des contacts sociaux, un nettoyage accru de l’environnement et la fermeture d’établissements.

Les résultats font suite à une étude précédente qui avait révélé une réduction des infections gastro-intestinales au cours des six premiers mois de la réponse à l’épidémie de COVID-19 en Angleterre. Les hypothèses expliquant ce déclin incluaient des changements dans les comportements de recherche de soins, des tests limités, des changements dans la prestation de soins de santé et une véritable diminution de l'incidence.

Dans la dernière étude, publiée dans la revue Epidemiology and Infection, pour les ensembles de données de laboratoire et sur les épidémies, la période pandémique a été définie du 30 décembre 2019 au 30 avril 2022, avec des données historiques couvrant le 29 décembre 2014 au 29 décembre 2019. Pour les indicateurs de surveillance syndromique, la période historique couvrait du 31 décembre 2018 au 29 décembre 2019. Les données ont été divisées en phases pandémiques de COVID-19 à des fins de comparaison, déterminées par la rigueur des mesures de contrôle.

L'activité de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) est revenue aux niveaux attendus à partir de mai 2020 avec l'assouplissement des mesures de confinement, tandis que Campylobacter est revenu à la normale en novembre 2020. Les rapports sont restés comparables ou supérieurs aux chiffres historiques pour le reste de la période de la pandémie.

Les rapports sur Cryptosporidium, Giardia, Shigella et Salmonella confirmés en laboratoire sont restés nettement inférieurs aux chiffres historiques tout au long de la période pandémique. Les niveaux de tous les pathogènes bactériens et parasitaires, à l’exception de Giardia, sont revenus aux niveaux attendus ou supérieurs au début de 2022.

Plusieurs facteurs derrière les taux

Les appels au 111 du National Health Service (NHS) pour diarrhée et vomissements ont diminué avant le premier confinement, sont tombés à un faible nombre tout au long de la période pandémique et ont augmenté avec l’assouplissement des mesures à la mi-2021. Les recherches sur les termes «maladie», «gastroentérite» et «intoxication alimentaire» ont montré une faible activité tout au long de la période pandémique jusqu'à l'assouplissement des restrictions à la mi-2021, selon la surveillance syndromique et les données de Google Trends.

Tout au long de la période pandémique, l’activité des pathogènes entériques était corrélée aux étapes de la réponse. Les périodes d’activité plus élevées des pathogènes correspondaient à l’assouplissement de mesures initiales, et des niveaux plus faibles correspondaient à la réimplémentation de mesures de contrôle supplémentaires lors des vagues ultérieures de COVID-19.

Il est possible que les personnes atteintes d’infections plus graves et prolongées, telles que celles liées aux STEC, aient été plus susceptibles d’accéder aux soins ou que les échantillons de diarrhée sanglante aient été prioritaires pour les tests. Les scientifiques ont dit que Salmonella restait inférieur aux chiffres historiques pour 2020/2021, probablement affectée par les restrictions de voyage.

De nombreuses mesures de contrôle pendant la pandémie de COVID-19 étaient similaires à celles mises en œuvre en réponse à une épidémie d’infection gastro-intestinale. La fermeture des établissements de restauration et les restrictions sur les rassemblements de masse et les événements avec traiteur ont probablement réduit les risques associés aux maladies d'origine alimentaire. Deux pics ont été observés à l’été 2020, correspondant à la réouverture des restaurants sur place pour les clients et à l’initiative anglaise «Eat Out to Help Out».

«Nous montrons qu’après la fin du premier confinement en 2020, l’activité des pathogènes d’origine alimentaire tels que les STEC et Campylobacter est rapidement revenue à des niveaux historiques, tandis que les pathogènes davantage associés à la transmission de personne à personne ou aux voyages à l’étranger, et donc plus influencés par l’hygiène des mains, les mesures de distanciation sociale et les réglementations en matière de voyages se sont rétablies à un rythme plus lent», ont dit les chercheurs.

«Ces résultats suggèrent que, bien que des changements rapides dans la prestation de soins de santé aient modifié le comportement de recherche de soins et la capacité de test non-COVID-19, cela a probablement entraîné des diminutions initiales observées dans les systèmes de surveillance, il y a eu de véritables réductions de l’incidence spécifiques des pathogènes en raison des mesures mises en œuvre.»

À la recherche du prochain virus pandémique

Les maladies zoonotiques représentent 75% des maladies infectieuses nouvelles ou émergentes – les virus d'origine animale sont particulièrement préoccupants. Les scientifiques peuvent-ils trouver des virus à potentiel zoonotique avant qu'ils ne se propagent à la population humaine ? Source ASM Microbiology.

«À la recherche du prochain virus pandémique», source Madeline Barron, ASM News.

Et si les chercheurs pouvaient trouver le prochain virus pandémique avant qu'il ne trouve les humains ? C'est la base des initiatives de découverte de virus, qui impliquent la recherche et le catalogage des virus dans les populations animales pour découvrir les menaces zoonotiques potentielles. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des agents pathogènes zoonotiques dont ils ignorent l'existence ? Plus important encore, comment peuvent-ils utiliser les connaissances acquises grâce aux efforts de chasse aux virus pour prévenir les pandémies ? C'est compliqué.

D'une part, les outils informatiques ont renforcé l'utilité des données de découverte en identifiant de nouveaux virus animaux (et leurs hôtes) qui présentent le plus grand risque zoonotique. En revanche, prévenir la prochaine pandémie, qui, comme toute pandémie virale depuis le début du XXe siècle, proviendra probablement d'un virus d'origine animale, est une tâche colossale. Selon le Dr Gregory Albery, écologiste des maladies à l'Université de Georgetown et co-fondateur de la Viral Emergence Research Initiative (Verena), la découverte de virus n'est qu'un seul engrenage dans un système complexe de procédures et de comportements de réduction des risques zoonotiques.

Le rôle de la découverte de virus dans la prévention des pandémies zoonotiques

Selon le Dr Neil Vora, ancien agent du service de renseignement sur les épidémies du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et médecin chez Conservation International, il existe 2 branches de la prévention des pandémies : primaire et secondaire. Cette dernière est largement réactionnaire ; la surveillance des maladies préoccupantes et les efforts associés pour contenir la propagation de cette maladie ont lieu après qu'un événement de débordement s'est produit.

À l'inverse, la prévention primaire se concentre sur la prévention des retombées de l'animal sur l'hôte humain. La découverte virale s'aligne sur cette stratégie. Idéalement, en profilant les virus circulant parmi les animaux, les chercheurs espèrent savoir quels virus existent à proximité des humains et comment ces virus peuvent évoluer ou acquérir la capacité d'infecter les humains. De telles informations pourraient aider les scientifiques à développer des stratégies pour éviter des retombées sur la route. Elles pourraient également éclairer les tactiques de prévention secondaire, y compris le développement de vaccins et de diagnostics pour les menaces zoonotiques émergentes.

Cette vision ramifiée de la découverte de virus en tant que tremplin pour la préparation à une pandémie a éclairé plusieurs initiatives au cours de la dernière décennie. Un exemple frappant est PREDICT, un projet mené par l'Agence américaine pour le développement international (USAID) en partenariat avec l'Université de Californie (UC) Davis One Health Institute. PREDICT, qui s'est déroulé de 2009 à 2020, a permis une surveillance mondiale des agents pathogènes qui peuvent se propager des animaux hôtes aux humains. Les chercheurs ont identifié 958 nouveaux virus, dont un nouveau virus Ebola et plus de 100 nouveaux coronavirus provenant de plus de 160 000 animaux et personnes à des interfaces animal-humain à haut risque dans plus de 30 pays. Les découvertes ont mis en lumière la distribution des virus à potentiel zoonotique et ont fourni une base pour étudier leur virologie, leur pathogenèse et leur évolution.

De nouvelles initiatives sont également en préparation. En octobre 2021, l'USAID a annoncé un projet de 125 millions de dollars sur 5 ans (Discovery & Exploration of Emerging Pathogens-Viral Zoonoses, or DEEP VZN) visant à renforcer la capacité mondiale à détecter et à comprendre les risques de propagation virale de la faune à l'homme qui pourrait causer une autre pandémie. Le National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) des États-Unis a également lancé récemment le Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), qui réunit des équipes multidisciplinaires de chercheurs du monde entier pour étudier les maladies infectieuses émergentes et réémergentes. Bien que le CREID ne se concentre pas spécifiquement sur la découverte de virus, les projets du réseau comprennent des prélèvements de la faune pour les virus à fort potentiel zoonotique en Malaisie et en Thaïlande, et la surveillance des populations animales dans diverses régions pour les virus connus et inconnus.

Comment chasser un virus ?

Lorsque les scientifiques partent à la chasse aux virus, ils prélèvent généralement des échantillons d'animaux (par exemple, du sang et des matières fécales) et utilisent des méthodes de biologie moléculaire (par exemple, la PCR et/ou le séquençage à haut débit) pour détecter les virus présents dans le prélèvement. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des virus à potentiel zoonotique, et quels types de virus devraient-ils rechercher ? Le risque de propagation d'un virus dépend de facteurs liés au virus lui-même, à son ou ses hôtes animaux et à l'environnement, qui façonnent tous les stratégies de découverte.

Cibler les interfaces homme-animal dans les points chauds de débordement

Le débordement est intimement lié aux impacts liés à l’homme sur l'environnement et aux modifications de celui-ci. La déforestation, par exemple, augmente les chances que les humains rencontrent des animaux auparavant isolés et leurs virus. Il contribue également au changement climatique, qui (avec sa myriade d'autres effets négatifs) favorise les retombées en forçant les animaux à quitter des environnements de plus en plus inhospitaliers vers des régions peuplées. En tant que tels, les points chauds de débordement sont centrés dans des régions tropicales riches en biodiversité subissant des changements d'affectation des terres (par exemple, la déforestation), en particulier en Asie du Sud-Est, en Afrique de l'Ouest et centrale et dans le bassin amazonien, où le changement climatique a, et continuera d'avoir, des effets prononcés.

Au sein de ces points chauds, les efforts de découverte de virus se concentrent sur les interfaces animal-humain. Les chercheurs recueillent des prélèvements du bétail et d'animaux domestiques qui peuvent servir de réservoirs pour que les virus se propagent aux humains. Ils ciblent également les animaux sauvages faisant l'objet d'un commerce d'espèces sauvages (l'une des principales voies de transmission virale entre les animaux et les humains) et ceux qui vivent avec ou à proximité des humains. Par exemple, le virus Bombali, un nouveau virus Ebola découvert via le projet PREDICT, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre qui se perchent dans les maisons des habitants de la Sierra Leone. La Dr Christine Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics à l'UC Davis One Health Institute, a souligné que le virus a depuis été détecté dans d'autres pays et que les chercheurs étudient actuellement s'il pouvait infecter les humains (ou l'a déjà fait).

Prélèvements d'animaux susceptibles d'héberger des virus zoonotiques

La proximité des humains avec les animaux n'est qu'un des facteurs du risque de propagation d'un virus ; la physiologie, le comportement et la répartition géographique de son ou de ses hôtes jouent également un rôle. Par exemple, la parenté génétique entre l'hôte animal d'un virus et l'homme peut influencer si les gens possèdent la machinerie cellulaire pour faciliter l'entrée et la réplication du virus. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles les maladies zoonotiques émergent souvent chez les mammifères sauvages. À cette fin, Johnson et ses collègues ont récemment découvert que 3 ordres de mammifères (rongeurs, chauves-souris et primates) hébergeaient près de 76% des virus zoonotiques connus. Les chauves-souris et les rongeurs sont particulièrement connus pour héberger des agents pathogènes zoonotiques, bien que les raisons ne soient pas tout à fait claires. Cela peut être lié, en partie, au grand nombre d'espèces de chauves-souris et de rongeurs réparties dans le monde (respectivement, environ 1 400 et 2 500).

En effet, les animaux avec une grande diversité d'espèces et de larges zones géographiques ont un plus grand risque de transmission virale entre espèces. Alors que le changement climatique oblige les animaux à se réfugier dans de nouveaux habitats, le partage viral entre diverses espèces de mammifères (y compris les humains) devrait augmenter. Ainsi, concentrer les initiatives de découverte de virus sur certains groupes d'animaux (c'est-à-dire de mammifères) est utile pour découvrir les menaces zoonotiques. Bien que ce ne soit pas une mince tâche (on estime que les scientifiques ne connaissent qu'environ 1% des virus des mammifères), cela permet une chasse plus ciblée.

Focus sur les virus à fort potentiel de propagation

Tous les virus ne sont pas égaux dans leur potentiel de propagation vers et parmi les humains. Par exemple, la variabilité génétique, l'adaptabilité et la large gamme d'hôtes des virus à ARN, comme les coronavirus et les virus de la grippe, en font des candidats de premier plan pour les retombées. Les virus à ADN ont un taux d'évolution inférieur à 1% de celui des virus à ARN, ce qui rend moins probable l'infection réussie et l'adaptation à de nouveaux hôtes (par exemple, les humains). En effet, les virus à ARN sont les coupables des récentes pandémies, de la pandémie de grippe H1N1 à la COVID-19. Étant donné qu'il est probable que le prochain virus pandémique présentera des similitudes avec ceux déjà connus pour infecter les humains, les experts estiment que la recherche de virus ayant un potentiel de débordement démontré est une approche avantageuse. Pour cette raison, PREDICT a principalement utilisé la PCR consensus (cPCR) pour la découverte ciblée des coronavirus, filovirus, paramyxovirus et virus de la grippe ; chaque groupe comprend des virus de «préoccupation zoonotique connue» avec un «risque élevé de provoquer de futures épidémies ou pandémies». L'accent mis sur l'étude de certains pathogènes «prototypes» hautement prioritaires pour atténuer les menaces futures a également gagné du terrain dans le plan de préparation à la pandémie du NIAID, annoncé plus tôt cette année.

Donner un sens aux données de découverte avec les technologies de risque zoonotique

Pourtant, même avec une stratégie de chasse aux virus ciblée, «l'identification des virus n'est que la première étape», a déclaré Albery. «Après ce point, vous devez évaluer leur risque, qui est une toute autre paire de manches.» En d'autres termes, trouver un virus est formidable, mais connaître le risque qu'il représente pour l'homme est essentiel.

Ce besoin a conduit au développement d'outils informatiques, ou technologies de risque zoonotique, qui utilisent ce que l'on sait sur les virus qui infectent les humains pour prédire quels agents pathogènes animaux peuvent constituer une menace de propagation. Par exemple, les chercheurs ont développé un outil Internet interactif open source, appelé SpillOver, qui utilise les données de PREDICT pour effectuer une évaluation comparative des risques entre les virus zoonotiques connus et ceux présentant un potentiel de propagation non caractérisé. Dans leurs analyses initiales, l'équipe a découvert que les virus les mieux classés étaient des agents pathogènes connus, notamment le virus Lassa et le virus Ebola, bien que la liste contienne également des virus nouvellement détectés, en particulier des coronavirus. Johnson et ses collègues ont également développé une nouvelle méthode qui utilise l'apprentissage automatique pour déterminer la gamme d'hôtes de virus zoonotiques connus afin de prédire l'espèce hôte de nouveaux virus animaux et où les humains s'intègrent dans le mélange.

Ces outils offrent plusieurs avantages. Albery a noté que la découverte et l'identification virales doivent être suivies d'expériences en laboratoire pour comprendre la dynamique d'infection des virus d'intérêt (par exemple, le récepteur d'entrée dans les cellules humaines et son utilisation, la réplication virale et la pathogenèse, entre autres caractéristiques). Les technologies à risque zoonotique peuvent aider les chercheurs à cibler leurs expériences (et leurs ressources) sur les virus à haut risque.

Dans cet esprit, la technologie des risques zoonotiques peut également façonner les pipelines de chasse aux virus dès le départ. Albery et ses collègues ont récemment utilisé des modèles d'apprentissage automatique pour identifier les espèces de chauves-souris susceptibles d'héberger des bêtacoronavirus non découverts (une famille de virus à haut risque de propagation qui comprend le MERS-CoV, le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2), sur la base des caractéristiques de transporteurs connus. L'équipe a identifié 400 espèces de chauves-souris dans le monde qui pourraient être des hôtes non détectés de bétacoronavirus.

«Ce que nos outils nous permettent de faire, c'est de réduire les chauves-souris susceptibles d'héberger des bétacoronavirus, de cibler notre échantillonnage sur ces espèces et d'extraire les virus qui, selon nous, pourraient en fait, un jour, constituer un risque réel pour la santé humaine», a déclaré le Dr. Colin Carlson, auteur principal de l'étude et professeur de recherche adjoint au Center for Global Health Science and Security de l'Université de Georgetown, lors de l'atelier numérique du Verena Forum on Zoonotic Risk Technology en janvier 2021. Carlson, qui a cofondé Verena avec Albery, a noté que ce sous-ensemble de virus peut ensuite être rattaché à des analyses en aval, permettant peut-être le développement ciblé de diagnostics et de vaccins pour les virus problématiques avant qu'ils n'infectent les humains.

La chasse aux virus ne suffit pas pour prévenir les pandémies zoonotiques

Néanmoins, Carlson a averti que «la connaissance d'un virus ne nous rend pas intrinsèquement plus préparés.» En effet, le MERS-CoV et le SARS-CoV-1 ont fait allusion à la menace potentielle des coronavirus de type SRAS, mais la connaissance de la menace n'a pas arrêté la COVID-19. De plus, ce n'est pas parce qu'on cherche le prochain agent pathogène pandémique qu'on le trouvera. Il est pratiquement impossible de détecter chaque virus dans le monde animal. Certains passeront inévitablement entre les mailles du filet. Vora a souligné qu'avec nos connaissances et technologies actuelles, il est difficile de déterminer quels virus animaux nouvellement découverts pourraient causer une maladie humaine, ou une pandémie d'ailleurs. Un mélange complexe de facteurs ancrés dans l'immunologie, l'écologie et l'épidémiologie détermine si un virus réussit à infecter un hôte humain et à se propager. Albery a convenu : la découverte, même lorsqu'elle est renforcée par des outils informatiques émergents, «ne va pas vraiment suffire» pour conduire une action coordonnée et efficace pour freiner les pandémies zoonotiques.

«Nous devons être clairs sur ce qui est pour aujourd'hui - des actions ici et maintenant pour sauver des vies - par rapport à ce qui est de générer des connaissances», a déclaré Vora. Il a souligné les actions qui minimisent les risques de débordement, quelle que soit la menace virale spécifique. Il s'agit notamment de réduire la déforestation, de réglementer les marchés commerciaux et le commerce des espèces sauvages, d'améliorer le contrôle des infections lors de l'élevage d'animaux de ferme et d'améliorer la santé des communautés vivant dans les foyers de maladies émergentes.

Pour Johnson, il ne fait aucun doute que la découverte de virus est importante, mais le cadre dans lequel elle est mise en œuvre est essentiel. Elle a utilisé PREDICT comme exemple, déclarant que le projet ne visait pas seulement à découvrir de nouveaux virus, il «cherchait également à unifier la surveillance des virus dans les secteurs de la santé animale et humaine et à identifier les interfaces faune-humain, en particulier dans les zones où le paysage change, la déforestation et d'autres aspects de l'environnement qui pourraient favoriser une partie de la connectivité entre les animaux et les humains et augmenter le niveau de risque.» PREDICT visait à renforcer les capacités de détection et de surveillance dans les pays où, historiquement, ces capacités étaient limitées. Le projet a également combiné des efforts de découverte virale «avec une approche qui a également détecté des virus connus dans les familles de virus qui étaient déjà préoccupantes.»

En conséquence, tous les experts ont souligné qu'en plus des efforts de prévention primaire qui réduisent le risque de contagion, il est nécessaire de soutenir des stratégies de prévention secondaire qui traitent des contagions lorsqu'elles se produisent (inévitablement). Cela comprend la surveillance des animaux et des personnes pour garder un œil sur les agents pathogènes zoonotiques connus et inconnus au fur et à mesure qu'ils apparaissent dans une population et le renforcement de l'infrastructure de soins de santé pour y répondre lorsqu'ils le font. «Si [nous] choisissons de ne pas investir dans l'un de ces éléments, nous aurons un maillon faible et nous resterons sensibles», a averti Vora. «Aucun d'entre eux n'est parfait en soi.»

Une enquête de l'OMS révèle des signes de rétablissement du système de santé après la pandémie

«Une enquête de l'OMS révèle des signes de rétablissement du système de santé après la pandémie», source article de Lisa Schnirring paru le 2 mai 2023 dans CIDRAP News.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) suit les impacts sur le système de santé depuis les premiers jours de la pandémie, et sa dernière enquête auprès des pays montre que les services de santé commencent à se redresser, selon de nouvelles conclusions publiées.

Dans d'autres développements mondiaux de la COVID, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a détaillé les leçons apprises lors de la réponse à la pandémie, résultat d'un effort de 2 ans qui comprenait des consultations d'experts, des examens après action et des discussions avec les responsables de la santé des pays. Et aux États-Unis, l'administration Biden a annoncé la fin des exigences de vaccination pour les travailleurs fédéraux, les voyageurs internationaux et d'autres groupes.

Des améliorations, mais des écarts persistent entre les régions et les niveaux de revenu

Les signes de reprise des services de santé sont apparus lors de la quatrième série d'enquêtes de l'OMS conçues pour évaluer comment la pandémie affectait la prestation des services de santé essentiels. Les perturbations se poursuivent dans près de 23% des services, contre 56% à l'été 2020.

L'OMS a déclaré que les perturbations se poursuivent à la fois dans la demande et dans l'offre de services de santé, ce qui reflète des niveaux inférieurs de recherche de soins de la part du public et une disponibilité limitée des agents de santé et d'autres ressources telles que les cliniques, les médicaments et les produits.

Rudi Eggers qui dirige les services de santé intégrés de l'OMS, a déclaré que la restauration des services de santé essentiels à des millions de personnes qui les ont manqués pendant la pandémie est une bonne nouvelle. «Mais nous devons veiller à ce que tous les pays continuent de combler cet écart pour rétablir les services de santé et appliquer les leçons apprises pour construire des systèmes de santé mieux préparés et résilients pour l'avenir», a-t-il ajouté.

À la fin de 2022, la plupart des pays ont signalé des signes partiels de reprise dans un large éventail de services, de la santé maternelle et infantile aux soins aux personnes âgées, en passant par les maladies transmissibles et non transmissibles. Le nombre de pays signalant des perturbations de la chaîne d'approvisionnement au cours de l'année écoulée est passé de la moitié à un quart.

Certaines perturbations persistent dans toutes les régions, à tous les niveaux de revenu et affectent la plupart des systèmes de prestation. L'OMS a également averti que les pays sont aux prises avec des arriérés de services croissants, tels que le dépistage et le diagnostic des maladies non transmissibles, qui peuvent avoir des conséquences négatives en raison des retards de soins.

Dans d'autres conclusions de l'enquête, l'OMS a déclaré que 80% à 90% des pays ont intégré des services COVID-19 dans leurs systèmes de prestation de soins de santé de routine, bien que la plupart signalent des goulots d'étranglement dans des domaines tels que la vaccination et le diagnostic, avec du personnel de santé et un manque de financement. comme principaux obstacles.

De plus, l'enquête a révélé que la plupart des pays ont commencé à appliquer les leçons apprises pendant la pandémie, comme l'utilisation de la télémédecine ou la promotion des services à domicile.

L'analyse de l'ECDC souligne la nécessité de renforcer le personnel de santé publique

Avec une situation de pandémie qui se stabilise, les pays et les groupes de santé continuent de synthétiser les enseignements tirés dans le cadre de l'effort de préparation aux futures menaces sanitaires. L'ECDC a publié un rapport détaillant ses conclusions, qui se répartissent en quatre domaines principaux : les investissements dans les effectifs de santé publique, la préparation à la prochaine crise sanitaire, la communication des risques et la collecte et l'analyse de données.

L'un des thèmes principaux était la nécessité d'un personnel de santé publique solide et formé à l'utilisation de nouveaux systèmes et méthodes, ce qui, selon l'ECDC, est essentiel pour mettre en œuvre toutes les autres leçons apprises. Au cours de la partie enquête de l'analyse, les pays ont signalé des difficultés à retenir le personnel recruté en urgence, aggravées par le manque de financement avant même la pandémie.

Ils ont reconnu l'épuisement professionnel du personnel de santé publique et la nécessité de se rétablir pour se préparer à la prochaine urgence sanitaire.

D'autres leçons ont été la nécessité d'un rôle formel pour les instituts de santé publique pour donner des conseils fondés sur des données probantes et éviter la politisation. En outre, ils ont reconnu que les pays ont eu du mal avec la législation sur les maladies transmissibles pendant la pandémie, ce qui, selon l'ECDC, indique un besoin de mises à jour qui soutiennent la planification d'urgence tout en tenant compte des droits de l'homme et de la protection des données.

Parmi les nombreux problèmes liés aux données, l’ECDC a déclaré que les résultats ont révélé la nécessité d'augmenter la capacité des tests de laboratoire et de la surveillance génomique.

La Maison Blanche mettra fin aux exigences de vaccination des voyageurs et des employés fédéraux

Aux États-Unis, l'administration Biden a annoncé hier qu'elle mettrait fin aux exigences de vaccination contre la COVID-19 pour les employés fédéraux, les sous-traitants et les voyageurs aériens internationaux à la fin de la journée du 11 mai, lorsque l'urgence de santé publique COVID-19 prendra fin.

Les responsables ont également annoncé que le ministère de la Santé et des Services sociaux commencera à réduire l'exigence de vaccin pour les enseignants Head Start, les établissements de santé certifiés par les Centers for Medicare et Medicaid Services et certains non-ressortissants aux frontières terrestres.

Dans un communiqué, la Maison Blanche a déclaré que l'exigence de vaccin protégeait les effectifs critiques et les populations qu'ils desservaient et contribuait à ralentir la propagation du virus pour donner aux systèmes de santé plus de temps pour gérer son fardeau accru.

«Alors que la vaccination reste l'un des outils les plus importants pour faire progresser la santé et la sécurité des employés et promouvoir l'efficacité des lieux de travail, nous sommes maintenant dans une phase différente de notre réponse lorsque ces mesures ne sont plus nécessaires», a-t-elle déclaré.

Des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 après la publication d'une nouvelle étude dans Nature

«Avec une nouvelle étude publiée dans Nature, des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 », source article de Mary Van Beusekom paru le 5 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs chinois qui ont isolé trois virus SARS-CoV-2 vivants et de l'ADN viral à partir d'échantillons environnementaux au marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, Chine, disent que les résultats ne montrent pas définitivement que la pandémie s'est propagée aux humains à partir d'animaux, selon une étude publié dans Nature.

L'étude est initialement apparue sur un serveur de prépublication en février 2022. Cependant, avant la publication dans Nature, des séquences précédemment non divulguées sont récemment apparues dans la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID pour Global Initiative in Sharing Avian Influenza Data), qui a attiré l'attention de chercheurs internationaux qui ont signalé leur conclusions à l'Organisation mondiale de la santé.

Sur le serveur de préimpression Zenodo, le groupe a publié sa propre analyse des séquences, qui, selon lui, soutiennent, mais ne prouvent pas définitivement, que le virus est probablement passé des animaux (par exemple, le chien viverrin) aux personnes du marché.

Tout en reconnaissant que les données n'étaient pas définitives, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus a ensuite appelé la Chine à partager immédiatement toutes ces informations avec la communauté scientifique internationale. «Ces données auraient pu - et auraient dû - être partagées il y a 3 ans», a-t-il déclaré.

Le marché peut avoir amplifié l'épidémie établie

Dans l'étude de Nature, les chercheurs ont analysé 923 échantillons environnementaux obtenus dans et autour du marché fermé à partir du 1er janvier 2020, et 457 échantillons prélevés sur 18 espèces animales (dans des réfrigérateurs et des congélateurs, écouvillons d'animaux errants et leurs excréments, et le contenu d'un aquarium) à partir du 18 janvier 2020. Le marché a été fermé après avoir été lié à des clusters de cas humains de COVID-19.

La RT-PCR a révélé des preuves de SARS-CoV-2, dont trois virus vivants, dans 73 échantillons environnementaux (7,9%) qui correspondaient au virus de type sauvage isolé chez l'homme avec une précision supérieure à 99,99%.

La plupart des 64 échantillons positifs (87,5%) ont été prélevés dans la zone ouest du marché, dont une partie était soupçonnée d'impliquer des ventes d'animaux sauvages, et dans les égouts et les collecteurs d’eaux usées.

Des preuves du variant SARS-CoV-2 Alpha ont également été retrouvées dans un échantillon environnemental. Le séquençage de l'ARN des échantillons environnementaux positifs et négatifs a montré la présence «d'une abondance» d'animaux différents. Aucune preuve du virus n'a été détectée dans les échantillons d'animaux.

Les chercheurs ont dit que si les preuves génétiques suggèrent que des chauves-souris, des chiens viverrins et des furets, des espèces hôtes potentielles du SRAS-CoV-2, étaient présents sur le marché, les preuves ont été collectées principalement dans des échantillons environnementaux négatifs.

«L'origine du virus ne peut pas être déterminée à partir de toutes les analyses disponibles jusqu'à présent», ont-ils écrit. «Il reste possible que le marché ait [agi] comme un amplificateur de transmission en raison du nombre élevé de visiteurs chaque jour, provoquant de nombreux clusters d'infection initialement identifiés aux premiers stades de l'épidémie.»

Une scientifique qualifie l'étude de «profondément erronée»

Sur Twitter, Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan au Canada et co-auteur de l'analyse parue sur Zenodo, a qualifié l'étude de Nature de «profondément défectueuse», indiquant que les auteurs avaient utilisé une base de données de référence pour le séquençage qui excluait le génome du chien viverrin. «Et pourtant, malgré le fait qu'ils reconnaissent que cela pourrait être résolu en utilisant une base de données de référence différente (une solution facile), ils ont choisi de ne pas le faire», a-t-elle écrit.

Mais, ont dit les chercheurs dans Nature, «même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas qu'une transmission interhumaine se soit produite, étant donné que le moment de l'échantillonnage était postérieur à l'infection humaine sur le marché, comme indiqué rétrospectivement. Ainsi, la possibilité l'introduction potentielle du virus sur le marché par l'intermédiaire d'humains infectés ou de produits de la chaîne du froid ne peut pas encore être exclue.»

«Même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas la possibilité d'une transmission d'homme à animal.»

Ils ont appelé à une recherche coordonnée au niveau international pour enquêter sur l'origine potentielle du SRAS-CoV-2. «La surveillance des animaux sauvages devrait être renforcée pour explorer les hôtes naturels et intermédiaires potentiels du SRAS-CoV-2, le cas échéant, ce qui aiderait à prévenir de futures pandémies causées par des virus d'origine animale», ont-ils conclu.

Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques

Connaîtra-t-on un jour les origines de la COVID 19 ? Probablement pas si l’on en juge ce qui suit ...

«Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves», source ASMNews du 1er mars 2023.

Le Département de l'énergie (DOE pour Department of Energy) a publié un nouveau rapport classifié sur les origines de la COVID-19, déterminant avec une «faible confiance» que la pandémie de la COVID résultait très probablement d'une fuite de laboratoire. Quatre autres agences fédérales et un panel national de renseignement soutiennent toujours que la pandémie était probablement le résultat d'un débordement naturel d'un hôte zoonotique, et deux agences sont indécises, tandis que l'enquête du FBI s'aligne sur le rapport du DOE.

L'American Society for Microbiology soutient une enquête scientifique, ouverte et complète sur les origines de la pandémie. Nous sommes encouragés par le fait que le gouvernement et les agences de renseignement poursuivent leur diligence raisonnable dans l'enquête. Les agences peuvent parvenir à des conclusions différentes, ce qui est cohérent avec le processus d'enquête scientifique, et leurs déterminations peuvent changer à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles. L'identification de l'origine de la pandémie de la COVID-19 est un élément important de notre travail pour améliorer les stratégies de préparation et de protection contre les futures pandémies et épidémies. Il est essentiel que ce travail d'investigation suive la science et implique les experts scientifiques appropriés.

Les conclusions que nous tirons sur les origines de la COVID-19 éclaireront l'avenir de la recherche sur les agents pathogènes à hautes conséquences dans le monde et la préparation à une pandémie ici aux États-Unis, il est donc crucial que nous menions une enquête gratuite, ouverte et complète et que nous ne tirions pas conclusions prématurées. Parce que les agents pathogènes ne connaissent pas de frontières, nous appelons également à une collaboration internationale, dans la mesure du possible, dans la recherche de preuves et de réponses.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

De la chasse au prochain virus pandémique

source ASM

Des scientifiques peuvent-ils trouver des virus animaux susceptibles de déclencher une pandémie avant de nous trouver ? Il s'avère que la découverte de virus n'est qu'une partie du puzzle de la prévention des pandémies zoonotiques. Apprenez-en plus dans cet article en accès libre du dernier numéro de Microcosm, «Chasse au prochain virus pandémique». Microcosm est un magazine de l’Améerican Society for Microbiology.

Le blog vous propose un extrait de cet article et n'hésitez pas à poursuivre votre lecture ...

Et si des chercheurs pouvaient trouver le prochain virus pandémique avant qu'il ne trouve les humains ? C'est la base des initiatives de découverte de virus, qui impliquent la recherche et le catalogage des virus dans les populations animales pour découvrir les menaces zoonotiques potentielles. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des agents pathogènes zoonotiques dont ils ignorent l'existence ? Plus important encore, comment peuvent-ils utiliser les connaissances acquises grâce aux efforts de chasse aux virus pour prévenir les pandémies ? C'est compliqué.

D'une part, les outils informatiques ont renforcé l'utilité des données de découverte en identifiant de nouveaux virus animaux (et leurs hôtes) qui présentent le plus grand risque zoonotique. En revanche, prévenir la prochaine pandémie, qui comme toute pandémie virale depuis le début du XXe siècle, proviendra probablement d'un virus d'origine animale, est une tâche colossale. Selon le Dr Gregory Albery, écologiste des maladies à l'Université de Georgetown et co-fondateur de la Viral Emergence Research Initiative (Verena), la découverte de virus n'est qu'un seul engrenage dans un système complexe de procédures et de comportements de réduction des risques zoonotiques.

Le rôle de la découverte des virus dans la prévention des pandémies zoonotiques

Selon le Dr Neil Vora, ancien agent du service de renseignement sur les épidémies aux Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et médecin chez Conservation International, il existe deux branches de la prévention des pandémies : primaire et secondaire. Ce dernier est largement réactionnaire ; la surveillance des maladies préoccupantes et les efforts associés pour contenir la propagation de cette maladie ont lieu après qu'un événement de débordement s'est produit.

À l'inverse, la prévention primaire se concentre sur la prévention des retombées de l'animal sur l'hôte humain. La découverte virale s'aligne sur cette stratégie. Idéalement, en profilant les virus circulant parmi les animaux, les chercheurs espèrent savoir quels virus existent à proximité des humains et comment ces virus peuvent évoluer ou acquérir la capacité d'infecter les humains. De telles informations pourraient aider les scientifiques à développer des stratégies pour éviter les retombées sur la route. Ils pourraient également éclairer les tactiques de prévention secondaire, y compris le développement de vaccins et de diagnostics pour les menaces zoonotiques émergentes.

Cette vision ramifiée de la découverte de virus en tant que tremplin pour la préparation à une pandémie a éclairé plusieurs initiatives au cours de la dernière décennie. Un exemple frappant est PREDICT, un projet mené par l'Agence américaine pour le développement international (USAID) en partenariat avec l'Université de Californie (UC) Davis One Health Institute. PREDICT, qui s'est déroulé de 2009 à 2020, a permis une surveillance mondiale des agents pathogènes qui peuvent se propager des animaux hôtes aux humains. Les chercheurs ont identifié 958 nouveaux virus, dont un nouveau virus Ebola et plus de 100 nouveaux coronavirus provenant de plus de 160 000 animaux et personnes à des interfaces animal-humain à haut risque dans plus de 30 pays. Les découvertes ont mis en lumière la distribution des virus à potentiel zoonotique et ont fourni une base pour étudier leur virologie, leur pathogenèse et leur évolution.

De nouvelles initiatives sont également en préparation. En octobre 2021, l'USAID a annoncé un projet de 125 millions de dollars sur 5 ans (Discovery & Exploration of Emerging Pathogens-Viral Zoonoses ou DEEP VZN) visant à renforcer la capacité mondiale à détecter et à comprendre les risques de propagation virale de la faune à l'homme qui pourrait causer une autre pandémie. Le National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) des États-Unis a également lancé récemment les Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), qui réunit des équipes multidisciplinaires de chercheurs du monde entier pour étudier les maladies infectieuses émergentes et réémergentes. Bien que CREID ne se concentre pas spécifiquement sur la découverte de virus, les projets du réseau comprennent l'échantillonnage de la faune pour les virus à fort potentiel zoonotique en Malaisie et en Thaïlande, et la surveillance des populations animales dans diverses régions pour les virus connus et inconnus.

Comment chasser un virus ?

Lorsque des scientifiques partent à la chasse aux virus, ils prélèvent généralement des échantillons d'animaux (par exemple, du sang et des matières fécales) et utilisent des méthodes de biologie moléculaire (par exemple, la PCR et/ou le séquençage à haut débit) pour détecter les virus présents dans l'échantillon. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des virus à potentiel zoonotique, et quels types de virus devraient-ils rechercher ? Le risque de propagation d'un virus dépend de facteurs liés au virus lui-même, à son ou ses hôtes animaux et à l'environnement, qui façonnent tous les stratégies de découverte.

Cibler les interfaces homme-animal dans les points chauds de débordement

Les retombées sont intimement liées aux impacts anthropiques sur l'environnement et aux modifications de celui-ci. La déforestation, par exemple, augmente les chances que les humains rencontrent des animaux auparavant isolés et leurs virus. Elle contribue également au changement climatique, qui (avec sa myriade d'autres effets négatifs) favorise les retombées en forçant les animaux à quitter des environnements de plus en plus inhospitaliers vers des régions peuplées. En tant que tels, les points chauds de débordement sont centrés sur des régions tropicales riches en biodiversitén subissant des changements d'utilisation des terres (par exemple, la déforestation), en particulier en Asie du Sud-Est, en Afrique de l'Ouest et centrale et dans le bassin amazonien, où le changement climatique a, et continuera d'avoir, des effets prononcés.

Au sein de ces points chauds, les efforts de découverte de virus se concentrent sur les interfaces animal-humain. Les chercheurs recueillent des échantillons de bétail et d'animaux domestiques qui peuvent servir de réservoirs pour que les virus se propagent aux humains. Ils ciblent également les animaux sauvages faisant l'objet d'un commerce d'espèces sauvages (l'une des principales voies de transmission virale entre les animaux et les humains) et ceux qui vivent avec ou à proximité des humains. Par exemple, le virus Bombali, un nouveau virus Ebola découvert via le projet PREDICT, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre qui se perchent dans les maisons des habitants de la Sierra Leone. Le Dr Christine Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics à l'UC Davis One Health Institute, a souligné que le virus a depuis été détecté dans d'autres pays et que les chercheurs étudient actuellement s'il pourrait infecter les humains (ou l'a déjà fait).

Une plus grande proximité entre les animaux sauvages et les humains, via les changements d'affectation des terres et le commerce des espèces sauvages, entre autres, crée des opportunités de retombées. Singes à Bali, Indonésie. Source : Iker Martiarena/iStock.

Prélèvements à partit d'animaux susceptibles d'héberger des virus zoonotiques

La proximité des humains avec les animaux n'est qu'un des facteurs du risque de propagation d'un virus ; la physiologie, le comportement et la répartition géographique de son ou ses hôtes jouent également un rôle. Par exemple, la parenté génétique entre l'hôte animal d'un virus et l'homme peut influencer si les humains possèdent la machinerie cellulaire pour faciliter l'entrée et la réplication virales. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles les maladies zoonotiques émergent souvent chez les mammifères sauvages. À cette fin, Johnson et ses collègues ont récemment découvert que 3 ordres de mammifères, rongeurs, chauves-souris et primates, hébergeaient près de 76% des virus zoonotiques connus. Les chauves-souris et les rongeurs sont particulièrement connus pour héberger des agents pathogènes zoonotiques, bien que les raisons ne soient pas tout à fait claires. Cela peut être lié, en partie, au grand nombre d'espèces de chauves-souris et de rongeurs réparties dans le monde (respectivement, environ 1 400 et 2 500).

En effet, les animaux avec une grande diversité d'espèces et de larges aires géographiques ont un plus grand risque de transmission virale inter-espèces. Alors que le changement climatique force les animaux dans de nouveaux habitats, le partage viral entre diverses espèces de mammifères (y compris les humains) devrait augmenter. Ainsi, concentrer les initiatives des découverte de virus sur certains groupes d'animaux (c'est-à-dire de mammifères) est utile pour découvrir les menaces zoonotiques. Bien que ce ne soit pas une mince tâche (on estime que les scientifiques ne connaissent qu'environ 1% des virus de mammifères), cela permet une chasse plus ciblée.

Focus sur les virus à fort potentiel de propagation

Tous les virus ne sont pas égaux dans leur potentiel de propagation vers et parmi les humains. Par exemple, la variabilité génétique, l'adaptabilité et la large gamme d'hôtes des virus à ARN, comme les coronavirus et les virus de la grippe, en font des candidats de choix pour les retombées. Les virus à ADN ont un taux d'évolution inférieur à 1% de celui des virus à ARN, ce qui rend moins probable l'infection réussie et l'adaptation à de nouveaux hôtes (par exemple, les humains). En effet, les virus à ARN sont les coupables des récentes pandémies, de la pandémie de grippe H1N1 au COVID-19. Étant donné qu'il est probable que le prochain virus pandémique présentera des similitudes avec ceux déjà connus pour infecter les humains, les experts estiment que la recherche de virus ayant un potentiel de propagation démontré est une approche avantageuse. Pour cette raison, PREDICT a principalement utilisé la PCR consensus (cPCR) pour la découverte ciblée des coronavirus, filovirus, paramyxovirus et virus de la grippe ; chaque groupe comprend des virus de «préoccupation zoonotique connue» avec un «risque élevé de provoquer de futures épidémies ou pandémies». L'accent mis sur l'étude de certains agents pathogènes «prototypes» hautement prioritaires afin de réduire les menaces futures a également gagné du terrain dans le plan de préparation à la pandémie du NIAID, annoncé plus tôt cette année.

Y aura-t-il pénurie de médicaments demain ?

«La crise énergétique européenne pourrait laisser présager des pénuries de médicaments aux États-Unis», source article de Mary Van Beusekom dans CIDRAP News du 11 novembre 2022.

Face à l'hiver, aux répliques de la pandémie de la COVID-19, à une récession imminente, à la flambée des coûts de l'énergie et des transports et à la diminution des réserves de gaz en raison des coupures d'approvisionnement russes, certaines entreprises européennes ferment des usines ou réduisent leur production, alimentant de nouvelles craintes de pénuries de médicaments essentiels , selon un nouveau rapport du fabricant de médicaments Teva basé en Israël.

Alors que l'Europe a stocké 90% du gaz naturel dont elle a besoin pour cet hiver, le rapport indique que la poursuite des déficits pourrait entraîner des flambées des prix des médicaments à court terme et perturber davantage le flux de médicaments essentiels vers les États-Unis au cours des 5 à 10 années à venir. Les coûts de transport européens ont également augmenté de 500% depuis le début de la pandémie.

Les médicaments essentiels sont généralement génériques et donc peu rentables, ce qui signifie que seuls les fournisseurs les plus efficaces peuvent rester compétitifs. «En Espagne par exemple, et alors que les coûts de production ont augmenté d'au moins 10% à la suite d'augmentations respectives de 150%, 112% et 93% du coût du gaz, de l'électricité et de l'eau, absorber immédiatement cette augmentation des coûts de fabrication compromet la compétitivité du pays en matière de production de médicaments essentiels», indique le rapport Teva.

Le rapport cite la récente pénurie de tamoxifène, un médicament contre le cancer du sein, après que le seul fabricant européen d'ingrédients pharmaceutiques actifs (API pour active pharmaceutical ingredients) a cessé de le produire parce qu'il n'était plus économiquement réalisable. En conséquence, il n'y avait pas de source d'approvisionnement européenne et seulement quelques-unes en dehors de l'Europe. Parmi les autres pénuries récentes liées, citons certains antibiotiques et analgésiques en vente libre en Europe.

La crise énergétique a également conduit à des stocks de gaz naturel et à des mesures d'austérité en Asie, qui fournit la plupart des APIs du monde et dépend de la Russie pour 80% de son pétrole brut et 45% de son gaz naturel.

Des perturbations de plus en plus étendues, plus fréquentes

Les experts ne sont pas d'accord sur les retombées probables sur la chaîne d'approvisionnement en médicaments aux États-Unis, notamment sur la question de savoir si les fabricants pourraient abandonner des produits, fermer ou envisager de déménager dans un pays où les coûts énergétiques sont inférieurs, comme les États-Unis.

Peter Bolstorff, vice-président exécutif de l'innovation et de l'intelligence économique à l'Association for Supply Chain Management à Chicago, a déclaré que la crise énergétique n'est que le plus récent des nombreux bouleversements dans les chaînes d'approvisionnement des soins de santé aux États-Unis au cours des 5 à 7 dernières années.

«Les perturbations s'étendent et deviennent plus fréquentes», a-t-il déclaré à CIDRAP News. «Ce que nous voyons maintenant, c'est l'impact cumulatif de ces perturbations, et cela va s'aggraver et augmenter le stress.»

Reconnaissant le problème croissant, l'administration Biden a lancé un groupe de travail en juin 2021 pour réduire les risques de la chaîne d'approvisionnement en médicaments aux États-Unis, notamment en constituant un stock national, en délocalisant la fabrication de médicaments, en sécurisant les APIs et en améliorant la logistique, a déclaré Bolstorff.

David Margraf, chercheur pharmaceutique au Resilient Drug Supply Project (RDSP), qui fait partie du Center for Infectious Disease Research and Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, éditeur de CIDRAP News, a déclaré que le risque de pénurie dépend si les fabricants de médicaments européens considèrent les effets de l'invasion russe de l'Ukraine comme une fissure temporaire dans l'approvisionnement énergétique ou comme un problème à long terme dû à la flambée et à l'instabilité des coûts du gaz naturel.

«À tout le moins, ils semblent être prudents à propos de cet hiver à venir, qui s'aggravera l'hiver prochain, car les approvisionnements énergétiques précédemment achetés pourraient être très bas d'ici là», a-t-il déclaré. «Au-delà de ce problème, c'est de la pure spéculation; cependant, il est raisonnable de supposer que le coût de production continuera d'augmenter avec la baisse des revenus générés, en particulier par les médicaments génériques.»

Mais Wally Hopp de l'Institute for Healthcare Policy & Innovation de l'Université du Michigan, a noté que la fabrication de médicaments est généralement moins énergivore que celle, par exemple, de l'extraction de l'aluminium. «Les secteurs les plus énergivores seraient les plus touchés par les pannes ou les baisses de tension», a-t-il déclaré à CIDRAP News. «Vous ne vous attendriez pas à ce qu'une réduction d'un intrant mineur [dans la fabrication pharmaceutique] empêche les gens de produire.»

Le plus grand risque, a-t-il dit, réside dans la production d'APIs. «Les choses qui ont les marges les plus faibles sont les choses dans lesquelles le fabricant a le moins de motivation pour rendre les chaînes d'approvisionnement plus robustes», a déclaré Hopp. «S'ils ont un producteur d'APIs à faible marge, ils ne prendront peut-être pas les bonnes décisions, ce qui les rend plus vulnérables aux perturbations.»

Bien qu'il ne s'attende pas à voir des pénuries de médicaments aux États-Unis liées à la crise énergétique, «je ne pense pas que ce soit impossible. Peut-être que des pénuries se produiront.» Au lieu de cela, a déclaré Hopp, le pays pourrait connaître une inflation à court terme des prix des médicaments et des APIs. «Vous allez simplement répercuter certaines de ces augmentations sur les consommateurs.»

Les entreprises européennes vont-elles s'installer aux États-Unis ?

La question de savoir si la crise poussera les sociétés pharmaceutiques étrangères à envisager de se délocaliser vers des pays à faibles coûts énergétiques, comme les États-Unis, est une question de débat, car dit Bolstorff c'est déjà en cours.

«Les entreprises qui considèrent la crise énergétique comme la goutte d'eau qui fait déborder le vase, elles pensent absolument à des sites de fabrication alternatifs, et chacune d'entre elles envisage les États-Unis», a-t-il déclaré. «Je sais que presque tout le monde propose un plan B et un plan C sur la fabrication pour soutenir cette capacité à long terme.»

Il est courant d'externaliser la production de médicaments et d'APIs vers des marchés indiens et chinois à moindre coût, a déclaré Margraf, «mais ils ont également leurs propres problèmes énergétiques.»

Hopp a dit que les dépenses énergétiques élevées pourraient conduire les entreprises européennes, en particulier les fabricants de médicaments génériques, à rechercher d'autres sites pour la fabrication de médicaments, mais cela ne se produira pas à court terme. Cela peut prendre 5 à 10 ans pour qu'une usine mette en place l'infrastructure, les canaux de transport et les chaînes d'approvisionnement pour devenir pleinement opérationnelle. «Vous n'allez pas échanger une usine en quelques mois», a-t-il dit.

À ce moment-là, Hopp dit qu'ils pourraient être beaucoup moins motivés à le faire, car il prévoit un retour à l'équilibre des prix de l'énergie, d'autant plus que l'Europe commence à se sevrer de sa dépendance à l'égard de la Russie en investissant dans des alternatives au gaz comme le solaire. «Les marchés mondiaux auront changé», a-t-il dit. «L'Europe a toujours été plus chère, mais reviendra probablement un peu plus chère, mais pas de manière appréciable.»

Rôle de la diversification de la chaîne d'approvisionnement

Un risque universellement reconnu est la concentration de médicaments et d'APIs dans une même région. Les entreprises asiatiques, a dit Teva, détiennent près des deux tiers des certificats réglementaires nécessaires pour produire des APIs en Europe.

«Il est alarmant de constater qu'il existe désormais 93 ingrédients actifs pour lesquels aucune entreprise européenne ne détient de certificat», indique le rapport. «Cette situation a affaibli la diversité des médicaments essentiels en Europe et donc la sécurité. Elle menace également de dégrader définitivement le secteur pharmaceutique du continent pour certains médicaments essentiels.»

La grande question de la diversification des ressources américaines en s'éloignant de la gestion linéaire de la chaîne d'approvisionnement, a dit Bolstorff, est «Qui est le capitaine qui orchestre cela? Ou faisons-nous cela de manière égale? Je pense que c'est l'une de ces choses qu'il sera intéressant de voir alors que nous traversons cette prochaine série de grandes choses perturbatrices en tant qu'industrie, pas seulement en tant qu'entreprise.»

Hopp, qui a présidé un comité des académies nationales des sciences, de l'ingénierie et de la médecine qui a rédigé un rapport de 2022 sur la sécurité de la chaîne d'approvisionnement médicale des États-Unis, a déclaré qu'il était prudemment optimiste que la pandémie a enseigné aux entreprises et aux pays l'importance de la diversification.

Aux États-Unis, par exemple, certaines sociétés pharmaceutiques envisagent des modèles de production onshore ou nearshore (utiliser des installations dans des pays politiquement amis comme le Mexique) ou des modèles de production distribués utilisant des technologies telles que la fabrication continue et l'impression 3D, a-t-il dit.

Margraf a souligné les efforts du RDSP pour relocaliser la production pharmaceutique aux États-Unis et la délocaliser vers le reste des Amériques. «Cela impliquerait que les gouvernements subventionnent les infrastructures et la production de produits pharmaceutiques aux côtés des fabricants», a-t-il dit.

Alors que les entreprises perdraient une certaine économie d'échelle, la fabrication distribuée avec plusieurs installations de production plus petites créerait «un réseau de production beaucoup plus robuste», a-t-il dit, avertissant que «nous n'allons jamais remonter là où nous étions dans le années 50.»

Les sociétés pharmaceutiques, a dit Bolstorff, devraient se poser des questions telles que «Comment puis-je tirer les leçons du retour à la normale et construire un manuel avec lequel je peux travailler pendant la prochaine perturbation ? Comment puis-je augmenter la transparence ? Comment puis-je faire un meilleur travail pour accroître la collaboration ?»

Hopp a convenu que la transparence et l'adaptation sont essentielles pour réduire la dépendance des États-Unis à l'égard des entreprises étrangères. «Le facteur inconnu est comment nous allons apprendre de cette pandémie», a-t-il dit. «Je suis optimiste à propos des humains, nous ne sommes pas des idiots complets.»

Si nous n'écoutons pas les leçons de la chaîne d'approvisionnement de la pandémie, a-t-il dit, l'avenir sera considérablement plus sombre : «Si nous y allons, lors de la prochaine pandémie, la situation sera encore pire que celle-ci.»