Changements longitudinaux de Campylobacter et du microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair

«Changements longitudinaux de Campylobacter et du microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair», source AEM.

Résumé

Les poulets de chair sont une source importante de Campylobacter pour les humains et sont colonisés pendant l’élevage, mais le rôle de la litière dans l'écologie de Campylobacter n'est toujours pas clair.

Le but de cette étude était d'examiner la relation entre Campylobacter et les changements dans le microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair. Vingt-six troupeaux commerciaux de poulets de chair représentant deux types de production (petits et gros poulets de chair) ont été suivis de 1 à 2 semaines après le placement jusqu'à la fin du cycle de production.

Des prélèvements de litière composite du poulets de chair ont été recueillis chaque semaine. L'ADN de la litière a été extrait et utilisé pour déterminer par qPCR Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli ainsi que le séquençage de la région V4 (région hypervariable) du gène de l'ARNr 16S. La concentration de Campylobacter jejuni dans la litière différait considérablement selon le type de production et l'âge du troupeau. La concentration de Campylobacter jejuni dans la litière des gros poulets de chair était en moyenne de 2,4 unités log₁₀ supérieure à celle des petits poulets de chair âgés de 3 semaines. Seize variants de séquence d'amplicon (VSA) différentiellement abondants dans le temps ont été détectés dans les deux types de production. Une corrélation négative de Campylobacter avec Bogoriella et Pseudogracilibacillus a été observée dans le réseau du microbiome de la litière à 6 semaines d'âge du troupeau.

Le réseau bayésien dynamique a fourni des preuves d'associations négatives entre Campylobacter et deux genres bactériens, Ornithinibacillus et Oceanobacillus, respectivement à 2 et 4 semaines d'âge du troupeau.

En conclusion, des associations dynamiques entre Campylobacter et le microbiome de la litière ont été observées pendant l’engraissement, suggérant un rôle potentiel du microbiome de la litière dans l'écologie de la colonisation et de la persistance de Campylobacter en élevage.

Importance

Cette étude a interrogé l'association longitudinale entre Campylobacter et le microbiome de la litière de poulets de chair dans les troupeaux de poulets de chair commerciaux. Les résultats de cette investigation ont mis en évidence des différences dans la dynamique de Campylobacter dans la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair et entre les petits et les gros poulets de chair. En plus de documenter la nature changeante des réseaux microbiens dans la litière de poulets de chair pendant la croissance, nous avons détecté des genres bactériens (Oceanobacillus et Ornithinibacillus) associés négativement à l'abondance et à la concentration de Campylobacter dans la litière via le cadre du réseau bayésien. Ces bactéries doivent être étudiées en tant qu'antagonistes possibles de la colonisation par Campylobacter de l'environnement des poulets de chair.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

Peste porcine africaine: risques liés à l'alimentation, à la litière et au transport

Le dernier avis de l'EFSA sur la peste porcine africaine examine le risque d'introduction du virus dans les régions non touchées de l'UE par l’intermédiaire d’aliments pour animaux, de matériaux de litière ou de véhicules de transport de porcs vides revenant des zones affectées.

L'avis conclut que le potentiel de transmission par ces voies est inférieur aux risque encourus par plusieurs autres voies - comme le déplacement de porcs domestiques vivants ou les contacts entre les sangliers et les porcs domestiques -mais tout risque ne peut néanmoins être totalement exclu.

Un modèle a été développé pour classer les risques associés à différentes voies de transmission - ou matrices - en utilisant les résultats d'un exercice d’élicitation des connaissances d'experts (expert knowledge elicitation - EKE). L'EKE reposait sur les éléments de preuve issus d'une recherche documentaire et d'une consultation publique.

Dix-sept matrices et produits ont été évalués et classés en fonction de leur probabilité relative d’être contaminés par le virus dans les zones touchées par la PPA et d’infecter les porcs dans des zones non affectées. Les aliments composés (purée, granulés), les additifs alimentaires destinés à l’alimentation animale et les véhicules contaminés se sont retrouvés en haut du placement.

Afin de réduire le risque d'introduction du virus dans les élevages de porcs par l’intermédiaire d’aliments, de matériaux de litière ou de véhicules de transport, l'avis scientifique recommande le strict respect des processus de décontamination et de stockage pour tous les produits déplacés depuis des zones touchées par la PPA vers des zones non touchées.

• Scientific opinion on the ability of different matrices to transmit African swine fever virus