Changements longitudinaux de Campylobacter et du microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair

«Changements longitudinaux de Campylobacter et du microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair», source AEM.

Résumé

Les poulets de chair sont une source importante de Campylobacter pour les humains et sont colonisés pendant l’élevage, mais le rôle de la litière dans l'écologie de Campylobacter n'est toujours pas clair.

Le but de cette étude était d'examiner la relation entre Campylobacter et les changements dans le microbiome de la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair. Vingt-six troupeaux commerciaux de poulets de chair représentant deux types de production (petits et gros poulets de chair) ont été suivis de 1 à 2 semaines après le placement jusqu'à la fin du cycle de production.

Des prélèvements de litière composite du poulets de chair ont été recueillis chaque semaine. L'ADN de la litière a été extrait et utilisé pour déterminer par qPCR Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli ainsi que le séquençage de la région V4 (région hypervariable) du gène de l'ARNr 16S. La concentration de Campylobacter jejuni dans la litière différait considérablement selon le type de production et l'âge du troupeau. La concentration de Campylobacter jejuni dans la litière des gros poulets de chair était en moyenne de 2,4 unités log₁₀ supérieure à celle des petits poulets de chair âgés de 3 semaines. Seize variants de séquence d'amplicon (VSA) différentiellement abondants dans le temps ont été détectés dans les deux types de production. Une corrélation négative de Campylobacter avec Bogoriella et Pseudogracilibacillus a été observée dans le réseau du microbiome de la litière à 6 semaines d'âge du troupeau.

Le réseau bayésien dynamique a fourni des preuves d'associations négatives entre Campylobacter et deux genres bactériens, Ornithinibacillus et Oceanobacillus, respectivement à 2 et 4 semaines d'âge du troupeau.

En conclusion, des associations dynamiques entre Campylobacter et le microbiome de la litière ont été observées pendant l’engraissement, suggérant un rôle potentiel du microbiome de la litière dans l'écologie de la colonisation et de la persistance de Campylobacter en élevage.

Importance

Cette étude a interrogé l'association longitudinale entre Campylobacter et le microbiome de la litière de poulets de chair dans les troupeaux de poulets de chair commerciaux. Les résultats de cette investigation ont mis en évidence des différences dans la dynamique de Campylobacter dans la litière tout au long du cycle de production de poulets de chair et entre les petits et les gros poulets de chair. En plus de documenter la nature changeante des réseaux microbiens dans la litière de poulets de chair pendant la croissance, nous avons détecté des genres bactériens (Oceanobacillus et Ornithinibacillus) associés négativement à l'abondance et à la concentration de Campylobacter dans la litière via le cadre du réseau bayésien. Ces bactéries doivent être étudiées en tant qu'antagonistes possibles de la colonisation par Campylobacter de l'environnement des poulets de chair.

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