Etats-Unis: Cette année ne devrait pas dépasser le record de 2018 en matière d’investigations sur les épidémies de maladies infectieuses d’origine alimentaire

« Cette année ne devrait pas dépasser le record de 2018 en matière d’investigations sur les épidémies de maladies infectieuses d’origine alimentaire », source article de Dan Flynn paru le 27 octobre 2019 dans Food Safety News.

2019, annus horribilis pour les épidémies de maladies infectieuses d’origine alimentaire aux États-Unis, peut-être , si vous lisez cet article, et en France qu’en est-il ? Pour les avis de rappels, il est possible que 2019 soit identique voire supérieure à 2018, nous le saurons bientôt, pour les cas de maladies infectieuses d’origine alimentaire, je ne sais pas, mais ce qui est certain, c’est que nous le saurons pas avant un certain temps, absence de transparence oblige …

Les archives conservées par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) montrent que 2019 s'achève avec moins d'éclosions de maladies d'origine alimentaire dans plusieurs Etats que l'an dernier. Bien entendu, il reste deux mois avant la fin de 2019.

Les détectives de la sécurité des aliments à Atlanta ont investigué sur 14 épidémies en 2019, contre 24 en 2018. Et le CDC a déjà déclaré que 11 de ces 14 cas étaient vraisemblablement terminés. Il continue d’attirer l’attention du public sur trois foyers restants de 2019.

Les trois foyers qui restent ouverts impliquent des tortues de compagnie, des friandises pour chiens , des oreilles de porcs et une source qui reste inconnue.

Les tortues pour animaux de compagnie ont rendu malades 21 personnes dans 13 États avec Salmonella Oranienburg et en ont envoyé sept à l'hôpital. Le CDC a mis à jour ces chiffres le 9 octobre 2019.

La bactérie Salmonella multirésistants a provoqué la mort de 143 personnes dans 35 États le 5 septembre dernier, à la suite de la manipulation de friandises pour chiens, des oreilles de porcs. Et 33 personnes ont été hospitalisées. L'épidémie reste un cas actif pour le CDC, la Food and Drug Administration (FDA) et les départements de la santé des États.

Et le 23 août, le CDC a annoncé publiquement une épidémie mortelle d’infections à Listeria dont il n’a pas déterminé la source. L’épidémie, dont deux décès, concerne au moins 24 cas dans 13 États. Vingt-deux des personnes infectées par Listeria ont dû être hospitalisées.

Le séquençage du génome complet montre que Listeria qui rend des personnes malades aux États-Unis est étroitement liée génétiquement à la Listeria, qui rend d’autres personnes malades au Canada. Les autorités canadiennes soupçonnent du poulet cuit en dés, mais le CDC n'a plus spéculé sur la source de l'épidémie. Les rappels généralisés de poulet de Tip Top Poultry, en Géorgie, n’ont pas non plus été liés à cette épidémie mystère.

Le CDC devient l'organisme leader lorsqu'une épidémie de maladie d'origine alimentaire se propage d'un État à un autre. Une épidémie implique deux personnes ou plus qui contractent la même maladie avec des aliments ou des boissons.

Selon le CDC, plusieurs épidémies sont terminées:

• Infections à Cyclospora - Du basilic frais importé du Mexique a infecté 241 personnes dans 11 États. Pas de décès.
• Infections à E. coli – De la viande hachée de bison produit par Northfork Bison Distributions était une source probable d'épidémie à E. coli O103 et à E. coli O121. La flambée épidémique dans huit États a infecté 33 personnes et envoyé 18 personnes à l’hôpital. Pas de décès.
• Infections à Salmonella - L’épidémie liée à des papayes fraîches entières de marque Cavi, a rendu malade 81 personnes dans neuf États. Pas de décès, mais 27 ont nécessité une hospitalisation. Cavi a refusé de rappeler ses produits.
• Cas d’infections à E. coli - Plusieurs marques de farine rappelées, Pillsbury, King Arthur et ALDI’s Baker’s ont été à l’origine d el’éclosion dans neuf États. Trois des 21 cas infectés ont nécessité une hospitalisation. Pas de décès.
• Épidémie à Salmonella - Six cas d’infection dans trois États liées au Tahini de marque Karawan. Une hospitalisation. Pas de décès.
• Plusieurs épidémies de maladies gastro-intestinales – Des huîtres importées du Mexique sont probablement la cause. Seize cas de maladie dans 5 États. Deux hospitalisés. Pas de décès.
• Cas d’infections à Listeria - Liées à des charcuteries et à des fromages. Dix cas de maladie, dont un décès, dans cinq États. Tous les dix ont été hospitalisés.
• Épidémie d'infections à Salmonella - Du thon cru congelé en est probablement la cause. La flambée épidémique dans 8 États a impliqué 15 cas avec deux hospitalisés. Pas de décès.
• Épidémie d'infections à Salmonella - Des melons prédécoupés sont probablement la cause des 137 cas de maladie dans 10 États. Trente-huit ont été hospitalisés. Pas de décès.
• Épidémie à E. coli – De la viande hachée bovine est probablement à l'origine de 209 cas de maladie dans dix États avec 29 hospitalisations. Pas de décès.
• Infections à Salmonella – De la dinde de marque Butterball Ground Ground a été probablement à l'origine de l'épidémie. Il y a eu 7 cas dans trois États. Un cas hospitalisé. Pas de décès.

Depuis l'entrée en vigueur de la loi sur la modernisation de la sécurité des aliments en 2011, le CDC a mené 119 investigations sur plusieurs épidémies de maladies d'origine alimentaire. Le nombre fluctue d'année en année. Huit investigations menées en 2017 ont marqué le point le plus bas et ont rapidement été suivies en 2018 par le point le plus élevé avec 24.

Une stratégie égoïste augmente la prévalence de bactéries du microbiome

« Une stratégie égoïste augmente la prévalence de bactéries du microbiome », source communiqué du Quadram Institute.

Des chercheurs du Quadram Institute ont découvert une voie métabolique unique qui confère à un membre clé du microbiote intestinal un avantage concurrentiel lors de la colonisation de notre corps.

En plus de fournir de nouvelles informations sur la relation symbiotique que nous entretenons avec nos bactéries intestinales, la découverte de cette voie pourrait également fournir de nouvelles cibles pour les biomarqueurs ou les traitements pour les affections liées aux déséquilibres du microbiote.

Notre tube digestif abrite des milliards de microbes, appelés collectivement le microbiote, qui jouent un rôle vital dans le maintien d'une bonne santé. La muqueuse de l'intestin est recouverte de mucus. Cela a un double rôle: il aide à empêcher les bactéries d’accéder et de traverser la muqueuse intestinale, mais fournit également des nutriments au microbiote.

Le mucus est composé de protéines appelées mucines. Les mucines sont fortement « décorées » avec des molécules de sucre appelées glycanes.

Des études antérieures ont indiqué que ces glycanes sont une source importante de sucres pour le métabolisme bactérien. Le type de glycane change en descendant dans le tube digestif, avec les glycane de l'acide sialique prédominant dans le mucus du côlon chez l'homme. Comme il s'agit du site principal du microbiote intestinal, les bactéries capables de métaboliser l'acide sialique présentent un avantage distinct.

Plusieurs espèces de bactéries intestinales possèdent le groupe de gènes nécessaire pour métaboliser l'acide sialique, dont Ruminococcus gnavus. C'est l'un des premiers colonisateurs de l'intestin du nourrisson et il persiste jusqu'à l'âge adulte. R. gnavus est présent chez environ 90% des humains et est considéré comme un membre dominant du microbiote intestinal « normal ». Il est également surreprésenté dans le microbiote de personnes souffrant d'un certain nombre d'affections, dont les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI).

R. gnavus jouant apparemment un rôle important dans un microbiote en bonne santé et dans des maladies, il a donc suscité beaucoup d'intérêt pour comprendre sa capacité à se nourrir des nutriments dans l'intestin. Cette nouvelle étude révèle la voie métabolique unique et explique pourquoi elle présente un avantage particulier par rapport aux autres microbes.

Le professeur Nathalie Juge et son groupe du Quadram Institute ont précédemment découvert que R. gnavus peut séparer l'acide sialique des molécules de mucine, mais contrairement à d'autres bactéries, il est modifié chimiquement.

Dans une nouvelle étude, publiée dans la revue NatureMicrobiology, l’équipe a montré comment cette modification permet à la bactérie de conserver l’acide sialique pour elle-même. Tandis que d'autres bactéries libèrent de l'acide sialique libre pour que les autres membres du microbiote le métabolisent, R. gnavus agit de manière égoïste et peut donc en bénéficier.

Des bactéries (rouge) colonisant la couche de mucus du côlon (vert). Image de Laura Vaux, Institut Quadram.
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En collaboration avec des collègues de Diamond Light Source, de l’Université d’East Anglia (UEA), de l’Université de York et de l’Université de Californie, Andrew Bell, étudiant en doctorat de l’équipe de Juge, a identifié les gènes et caractérisé les protéines utilisées pour transporter et métaboliser l’acide sialique modifié. Les scientifiques ont découvert que R. gnavus avait une protéine qui transportait spécifiquement l'acide sialique modifié dans ses cellules. L'étude a été financée par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)  et l’US National Institutes of Health (NIH).

Le Dr Jesus Angulo, de l’École de pharmacie de l’UEA, a déclaré: « Un aspect important de ce mécanisme « égoïste » remarquable consiste à comprendre comment il peut transporter sélectivement le nutriment à l’intérieur de la cellule. Ici à l’UEA, nous avons développé une nouvelle méthode et l'avons appliquée pour voir comment une protéine clé de cet important symbiote digestif fonctionne au niveau du détail atomique. »

Une fois à l'intérieur de la cellule, les bactéries peuvent supprimer la modification, leur permettant de métaboliser l'acide sialique. Les chercheurs du Quadram Institute ont ensuite neutralisé les gènes de cette voie métabolique exclusive, qui altérait gravement la capacité de R. gnavus à coloniser la couche de mucus, indiquant ainsi son importance pour ces bactéries.