A propos du séquençage de l'ADN sans cellule microbienne

Le séquençage de l'ADN sans cellule microbienne (mcfDNA pour Microbial cell-free DNA) est un outil de diagnostic émergent des maladies infectieuses. Dans le Journal of Clinical Microbiology, des chercheurs ont utilisé le séquençage de mcfDNA plasmatique de plus de 15 000 patients pour identifier un large éventail d'agents pathogènes. Source ASM Microbiology.

L’étude s’intitule, «Plasma Microbial Cell-Free DNA Sequencing from over 15,000 Patients Identified a Broad Spectrum of Pathogens».

Le séquençage de l'ADN sans cellule microbienne (mcfDNA) est un outil de diagnostic des maladies infectieuses émergentes qui permet une détection et une quantification impartiales des agents pathogènes à partir du plasma. Le test Karius, un test de séquençage commercial de mcfDNA développé par et disponible depuis 2017 auprès de Karius, Inc. (Redwood City, Californie), détecte et quantifie le mcfDNA sous forme de molécules/μL dans le plasma. Les données d'échantillons commerciaux et les résultats de tous les tests effectués d'avril 2018 à la mi-septembre 2021 ont été évalués pour les paramètres de qualité du laboratoire, les agents pathogènes signalés et les données des formulaires de demande de test.

Un total de 18 690 rapports ont été générés à partir de 15 165 patients en milieu hospitalier parmi 39 États et le District de Columbia.

Le délai moyen entre la réception de l'échantillon et le résultat rapporté était de 26 h (intervalle interquartile [IQR] 25 à 28), et 96% des échantillons avaient des résultats de test valides.

Près des deux tiers (65%) des patients étaient des adultes, et 29% au moment des tests de diagnostic avaient des codes CIM-10 (CIM pour classification internationale des maladies) représentant un large éventail de scénarios cliniques. Il y a eu 10 752 (58%) rapports qui ont produit au moins un taxon pour un total de 22 792 détections couvrant 701 taxons microbiens uniques.

Les 50 taxons les plus couramment détectés comprenaient 36 bactéries, 9 virus et 5 champignons. Les champignons opportunistes (374 Aspergillus spp., 258 Pneumocystis jirovecii, 196 Mucorales et 33 champignons dématiés) représentaient 861 (4%) de toutes les détections.

D'autres agents pathogènes difficiles à diagnostiquer (247 agents pathogènes zoonotiques et à transmission vectorielle, 144 Mycobacterium spp., 80 Legionella spp., 78 champignons dimorphes systémiques, 69 Nocardia spp. et 57 parasites protozoaires) représentaient 675 (3%) de toutes les détections.

Il s'agit de la plus grande cohorte rapportée de patients testés à l'aide du séquençage du mcfDNA plasmatique et représente le premier rapport d'un test métagénomique de qualité clinique réalisé à grande échelle.

Les données révèlent de nouvelles informations sur l'étendue et la complexité des agents pathogènes potentiels identifiés.

Mécanisme de la stérilisation plasma de type décharge à barrière diélectrique pour le traitement de Escherichia coli.

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Voici un article, paru dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l’ASM, qui traite du processus et du mécanisme de la stérilisation plasma de type décharge à barrière diélectrique (DBD) pour le traitement de Escherichia coli.

Mécanisme de stérilisation plasma DBD.

Résumé

Avec une attention croissante vers de nouvelles méthodes de stérilisation, la stérilisation plasma a gagné de plus en plus d'intérêt. Cependant, les mécanismes sous-jacents sont encore inconnus. Dans cet article, nous avons étudié l'inactivation de Escherichia coli à l'aide de plasma de type décharge à barrière diélectrique (DBD) dans de l'eau saline.

Il y avait trois processus montrés dans la courbe de survie, à savoir, pendant la période de préparation, la période de réaction et la période de saturation.

Les observations au microscope électronique à transmission et la détection par spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier ont fourni des détails adéquats concernant ces processus.

Sur la base de ces résultats, nous déduisons que pendant la période de préparation, le processus principal est l'accumulation de substances chimiques. Pendant la période de réaction, des quantités adéquates de produits chimiques décomposent et dénaturent les membranes cellulaires et les macromolécules pour tuer les bactéries en grande quantité. Pendant la période de saturation, l'effet destructeur diminue en raison de la protection des cellules groupées et de la saturation du pH. Cette étude du processus de stérilisation révèle systématiquement les mécanismes de stérilisation plasma.

Importance

Comparée aux méthodes traditionnelles, la stérilisation plasma présente des avantages de haute efficacité, d'opération facile et de protection de l'environnement. Cela peut être plus adapté à la stérilisation de l'air et des eaux usées dans des espaces spécifiques, tels que les hôpitaux, les laboratoires et les usines pharmaceutiques. Cependant, les mécanismes de stérilisation sont encore relativement inconnus, en particulier pour les activités bactéricides. La connaissance des processus de stérilisation fournit des conseils pour des applications pratiques. Par exemple, l'action bactéricide se produit principalement pendant la période de réaction, et le temps de traitement peut être réglé en fonction de la période de réaction, ce qui pourrait économiser beaucoup d'énergie. Les résultats de cette étude permettront d'améliorer l'efficacité des appareils de stérilisation plasma.