Un nouvel anticorps thérapeutique neutralisant la shigatoxine 2a avec une faible immunogénicité et une efficacité élevée

Les traitements des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines sont limités car les antibiotiques peuvent induire une surexpression de la shigatoxine (Stx). Dans une étude parue dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, des chercheurs décrivent un nouvel anticorps neutralisant Stx2a avec une faible immunogénicité et une efficacité élevée.

Treatments for Shiga toxin-producing Escherichia coli infections are limited since antibiotics can induce overexpression of Shiga toxin (Stx). In #AACJournal, researchers describe a novel Stx2a neutralizing antibody with low immunogenicity & high efficacy. https://t.co/LrBTysmTOD pic.twitter.com/GcbJgOX1FF

— ASM (@ASMicrobiology) December 21, 2023

Des chercheurs découvrent une nouvelle méthode pour inhiber le choléra

«Des chercheurs de l'UTSA découvrent une nouvelle méthode pour inhiber le choléra», source communiqué du 2 novembre de l’University of Texas at San Antonio (UTSA).

Karl Klose, directeur du South Texas Center for Emerging Infectious Diseases (STCEID) a co-écrit un article de recherche avec Cameron Lloyd, un doctorant de l'UTSA qui a obtenu en août un doctorat. en microbiologie moléculaire et immunologie sous la direction de Klose.

L’article de recherche étudie une nouvelle stratégie pour inhiber la propagation et l'infection de Vibrio cholerae, la bactérie responsable de la maladie du choléra.

L'article de recherche est intitulé «A peptide-binding domain shared with an Antarctic bacterium facilitates Vibrio cholerae human cell binding and intestinal colonization» et a été publié dans The Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

V. cholerae se trouve naturellement sur diverses surfaces dans les environnements marins. Lorsque de l'eau ou des aliments contaminés par V. cholerae sont consommés par des humains, ils colonisent le tractus gastro-intestinal et provoquent le choléra.

Selon les Centers for Disease Control and Prevention, le choléra est une infection intestinale qui provoque de la diarrhée, des vomissements, un collapsus circulatoire et un choc. S'ils ne sont pas traités, 25 à 50% des cas graves de choléra peuvent être mortels. Le choléra est l'une des principales causes de diarrhée épidémique dans certaines régions du monde et l'Organisation mondiale de la santé (OMS) estime que jusqu'à quatre millions de personnes sont infectées chaque année.

Lloyd a appris à étudier V. cholerae, à manipuler génétiquement la bactérie et à mesurer sa capacité à propager des maladies, à se lier aux globules rouges et à former des biofilms, qui sont des surfaces sur lesquelles se forment des communautés de bactéries plus résistantes aux antibiotiques.

«En tirant parti des similitudes structurelles des domaines fonctionnels de deux grandes adhésines [composants de la surface cellulaire ou appendices de bactéries qui facilitent l'adhésion à d'autres cellules, généralement chez l'hôte qu'elles infectent ou dans lequel elles vivent] produites par deux organismes différents, nous avons été capable de caractériser un inhibiteur efficace de la colonisation intestinale et de la formation de biofilm», a dit Lloyd.

En collaboration avec les laboratoires de Peter Davies, titulaire de la chaire de recherche du Canada en génie des protéines et professeur de sciences biomédicales et moléculaires à l'Université Queens, au Canada, et d'Ilja Voets, professeur de génie chimique et de chimie à l'Université d'Eindhoven, aux Pays-Bas, Lloyd et Klose ont identifié avec succès un peptide, une courte chaîne d'acides aminés qui composent les protéines, qui peuvent inhiber la virulence de V. cholerae.

Ils ont découvert que les inhibiteurs peptidiques qui se lient à Marinomonas primoryensis, une bactérie antarctique qui adhère aux microalgues de la même manière que V. cholerae adhère aux intestins humains, peuvent également empêcher V. cholerae d'adhérer aux cellules humaines, formant des biofilms et colonisant le tube digestif.

«Nous avons démontré que ces inhibiteurs peptidiques pouvaient inhiber à la fois la formation de biofilms et la colonisation intestinale par V. cholerae», a dit Klose. «Il est possible que cela fasse partie de stratégies d'intervention visant à empêcher ces bactéries de provoquer des maladies et de persister dans l'environnement.»

Que recouvre un nom ? Des enquêtes mettent en évidence les problèmes du public avec le terme ‘résistance aux antimicrobiens’

«Que recouvre un nom ? Des enquêtes mettent en évidence les problèmes du public avec le terme ‘résistance aux antimicrobiens’», source article de Chris Dal paru le 30 octobre 2023 dans CIDRAP News.

Une nouvelle étude suggère que les termes «résistance aux antimicrobiens» et «RAM» ne sont pas les meilleurs pour communiquer avec le public sur les dangers des infections résistantes aux antibiotiques, et qu'un terme plus mémorisable et plus alarmant pourrait être nécessaire pour sensibiliser le public.

L'étude, «Existing terminology related to antimicrobial resistance fails to evoke risk perceptions and be remembered», publiée la semaine dernière dans Nature Communications, décrit les résultats de deux enquêtes qui ont révélé que, parmi les six termes les plus couramment utilisés en anglais pour communiquer sur la menace des bactéries résistantes aux antibiotiques, «RAM» et «résistance aux antimicrobiens» figuraient parmi le score le plus faible pour l’association au risque et la mémorisation. Et dans l’ensemble, les six termes étaient moins associés au risque et moins mémorisables que les noms d’autres maladies, même celles qui constituent une menace moindre.

«Notre étude souligne la nécessité de renommer la RAM en un terme mémorisable, adapté au grand public et pas seulement à ceux des communautés médicales ou scientifiques», a dit l'auteur principal de l'étude, Eva Krockow de l'Université de Leicester, dans un communiqué de presse de l’université.

Langage incohérent et inefficace

Les deux enquêtes ont porté sur 237 participants aux États-Unis et 924 au Royaume-Uni en 2020 et 2021 pour tester l’efficacité des six termes liés à la RAM pour évoquer des associations de risques et leur mémorisation, par rapport aux noms de 34 autres risques et maladies clés pour la santé. D'autres mesures pertinentes comprenaient la familiarité, le caractère concret et la prononçabilité.

Les quatre autres termes liés à la RAM étudiés étaient «résistance aux antibiotiques», «résistance bactérienne», «infections résistantes aux médicaments» et «superbactéries».

Le but de ces enquêtes, écrivent Krockow et ses collègues, était «d'ouvrir la voie à un changement de langage attendu depuis longtemps dans la communication sur les risques liés à la RAM» en testant si l'une des terminologies existantes peut servir de terme uniforme et aider à stimuler les efforts de sensibilisation au problème. Un langage incohérent et inefficace a été cité comme l'un des facteurs qui ont entravé les campagnes d'information, la «résistance aux antimicrobiens» étant particulièrement considérée comme un terme à la fois difficile à prononcer et abstrait.

Ils ne sont pas les premiers à souligner ce défi de communication. Dans un rapport de 2019, l'organisation philanthropique britannique Wellcome Trust a fait valoir que l'utilisation de plusieurs termes pour décrire le problème était l'un des problèmes contribuant à la faible sensibilisation du public. D’autres incluaient trop de jargon technique, une couverture médiatique décousue et une conversation sur les réseaux sociaux dominée par des experts.

«Le public ne se rend pas compte de l'ampleur et de la gravité réelles de la résistance aux antimicrobiens, et ce n'est donc pas une question sur laquelle le public appelle à une action politique», écrivent les auteurs du rapport Wellcome.

Aucun des six termes liés à la RAM n’a obtenu de très bons résultats dans les deux enquêtes. Alors que des termes comme «cancer», «Ebola» et «maladie cardiaque» avaient les scores moyens d'association de risque les plus élevés (6 sur 7), et «diarrhée», «SIDA» et «VIH» étaient les plus mémorables, «résistance aux antimicrobiens» et «RAM» figuraient parmi les termes les moins performants en termes d’association au risque et de mémorisation dans les deux enquêtes.

Les «infections pharmacorésistantes» et la «résistance aux antibiotiques» présentaient respectivement les scores les plus élevés de termes liés à la RAM en termes d'association de risque et de mémorisation, mais tous deux se situaient au milieu du peloton parmi les 40 termes relatifs à la santé.

«Bien que les participants aient correctement jugé que les maladies cardiaques et le cancer faisaient partie des plus grandes menaces pour la santé, ils ont gravement surestimé les risques de maladies tropicales telles qu'Ebola et le paludisme, tout en sous-estimant la menace de la RAM, qui se classe au 6ème rang en termes de décès mondiaux et est prévue dépasser le cancer comme principale cause de décès d'ici 2050», écrivent les auteurs.

Lorsque Krockow et ses collègues ont mené une analyse plus approfondie des réponses des participants, ils ont constaté que le terme «infections pharmacorésistantes» était significativement plus efficace pour induire des perceptions de risque que les cinq autres termes liés à la RAM, mais qu'il était peu mémorisable, tandis que «résistance aux antibiotiques» était plus facile à retenir.

Un nouveau terme peut être nécessaire

Debbie Goff, pharmacienne spécialisée dans les maladies infectieuses et membre fondatrice du programme de gestion des antimicrobiens de The Ohio State University Wexner Medical Center, dit qu'elle n'est pas surprise par les résultats.

«La plupart des profanes ne comprennent pas le terme antimicrobien et ne savent certainement pas ce que signifie la RAM», a dit Goff à CIDRAP News.

Goff a dit qu'elle préfère utiliser le terme «superbactérie», notant qu'il englobe à la fois les bactéries et les champignons et qu'il trouve un écho auprès du public. J'observe une forte réaction de la part des personnes lorsque j'utilise le terme superbactérie, suivi de «cela signifie que la bactérie résiste à tous les antibiotiques», a-t-elle dit.

En fin de compte, les auteurs de l'étude concluent qu'aucun des six termes étudiés n'est susceptible d'être suffisant pour attirer l'attention sur la résistance aux antibiotiques en tant que problème de santé mondial et affirment que des études sont nécessaires de toute urgence pour identifier un nom différent, concret, familier et facile à retenir. et prononcer, et évoque une perception proportionnée du risque.

«Des leçons pourraient être tirées des récentes réussites, notamment du changement de nom du «nouveau coronavirus de Wuhan» en «COVID-19», ont-ils écrit.

Goff est d'accord. «Nous devons trouver un terme universel et nous y tenir», a-t-elle dit.

Le Royaume-Uni rapporte une augmentation des cas à Cryptosporidium

«Le Royaume-Uni rapporte une augmentation des cas à Cryptosporidium», source article de Joe Whitworth paru le 30 octobre 2023 dans Food Safety News.

Des scientifiques du Royaume-Uni ont signalé une augmentation continue des cas de cryptosporidiose à l’échelle nationale.

L'augmentation des infections a été constatée pour la première fois en août et est principalement due à Cryptosporidium hominis, bien qu'il existe également des centaines de cas à Cryptosporidium parvum.

Il y a eu 2 411 cas confirmés en laboratoire au Royaume-Uni, dont 2 032 en Angleterre, 163 au Pays de Galles, 127 en Écosse et 89 en Irlande du Nord entre la mi-août et le début octobre.

Compte tenu de l’ampleur et de la répartition géographique des patients au Royaume-Uni, une seule exposition locale est une cause peu probable, selon l’étude publiée dans la revue Eurosurveillance, «Preliminary investigation of a significant national Cryptosporidium exceedance in the United Kingdom, August 2023 and ongoing».

Autres pays concernés

En octobre, les autorités sanitaires irlandaises ont émis un avertissement après une augmentation des cas d’infection à Cryptosporidium chez des personnes revenant de l'étranger. Au total, 64 personnes sont tombées malades, avec 44 cas confirmés en laboratoire.

Une augmentation a également été constatée au Luxembourg et aux Pays-Bas depuis fin août et courant septembre. Aux Pays-Bas, le nombre de cas en septembre était de 129, contre une moyenne de 72 en septembre pour la période 2016 à 2019. Au Luxembourg, il y a eu 97 notifications confirmées en laboratoire entre fin août et début octobre, contre 21 au cours de la même période. En 2022.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit que cette augmentation pourrait être due à une combinaison de facteurs liés aux voyages et aux conditions climatiques extrêmes. L’agence a ajouté que la cryptosporidiose est sous-déclarée dans de nombreux pays, ce qui limite la capacité d’évaluer avec précision le risque.

Les informations provenant de cas en Angleterre et au Pays de Galles ont identifié les voyages à l'étranger dans 250 des 463 répondants et la natation dans 234 des 353 cas. D’autres sources, telles que les aliments contaminés, n’ont pas été exclues comme contribuant à l’augmentation des infections.

Cryptosporidium peut se propager dans une piscine chlorée car il résiste au chlore.

Un questionnaire électronique standardisé a été utilisé comprenant des questions sur les voyages à l'étranger, les expositions aux aliments et à l'eau et l'interaction avec les animaux.

Cas liés aux voyages

Sur les 394 cas en Angleterre qui ont fourni des informations sur les voyages, 215 ont déclaré avoir été à l'étranger dans les 14 jours précédant la maladie, dont 96 ont mentionné l'Espagne ou les îles Baléares.

Deux incidents liés à un petit nombre de cas ont été identifiés et font l'objet d'une enquête par les équipes de santé environnementale des autorités locales.

Plus de la moitié des 224 répondants au questionnaire souffraient d'une maladie d'une durée supérieure à 10 jours, tandis que 19 d'entre eux ont déclaré avoir été malades pendant plus de 20 jours.

Sur 475 cas, la tranche d'âge de 20 à 39 ans a été la plus touchée mais plus de 150 patients avaient moins de 10 ans.

Les réponses à l’enquête n’ont pas identifié d’expositions ou de contextes courants pouvant expliquer un grand nombre de cas. Les infections à Cryptosporidium hominis augmentent normalement en cette période de l’année, mais pas autant. Cette hausse pourrait également refléter une augmentation des voyages estivaux vers l’Espagne et d’autres pays méditerranéens.

Le symptôme le plus courant est la diarrhée aqueuse. Certaines personnes peuvent également souffrir de déshydratation, d’une perte de poids, de crampes d’estomac, de fièvre, de nausées et de vomissements. D’autres peuvent ne présenter aucun symptôme. Les symptômes durent généralement entre 1 et 2 semaines. Bien qu’il s’agisse d’une maladie bénigne chez les personnes en bonne santé, elle peut s’aggraver chez les jeunes enfants et les personnes âgées et peut être très grave chez les personnes immunodéprimées. Des analyses spécifiques sont nécessaires car les symptômes peuvent imiter d’autres maladies.

Dans leur conclusion, les auteurs notent,

Ce dépassement a renforcé la charge de morbidité considérable pouvant résulter de la cryptosporidiose (56% des 224 cas ayant répondu au questionnaire et signalant une durée de maladie supérieure à 10 jours), ainsi que la répartition typique par âge et sexe des cas d’infection à Cryptosporidium spp. Des études antérieures ont montré que Cryptosporidium spp. estt hautement transmissibles au sein des ménages, en particulier ceux avec des enfants, et qu'un nombre notable de cas sont sous-notifiés. L'importance et l'utilité des approches de surveillance standard au sein des pays ont également été démontrées ; le déploiement rapide d’un questionnaire unique a permis de générer et d’analyser des hypothèses au niveau national.

Les rats sont-ils un problème de santé publique à Paris ?

Si j’ai bien compris, mais je comprends sans doute ce que j’ai envie de comprendre, bref, toujours est-il que les élections sénatoriales ont permis de «se débarraser durablement» de quelques adjoints à la mairie de Paris.

Ci-après on peut écouter l’adjointe à la santé de Paris, nouvellement élue au Sénat, dire des inepties sur les rats, mais ça passe crème ...

“Les rats ne sont pas un problème de santé publique [à Paris]”, merci @EricKLein_ d’avoir exhumé cette vidéo collector de la nouvelle sénatrice @annesouyris , vidéo qui avait fait hurler l’Académie de médecine.:)pic.twitter.com/HVSISMsMk5

— François Momboisse (@fmomboisse) September 25, 2023

Des estimations suggèrent plus de cas à Brucella qu'on ne le soupçonnait auparavant

«Des estimations suggèrent plus de cas à Brucella qu'on ne le soupçonnait auparavant», source article de Food Safety News du 16 août 2023.

Des scientifiques ont estimé que l'incidence mondiale des infections à Brucella est beaucoup plus élevée qu'on ne le pensait auparavant.

Les résultats suggèrent qu'au moins 1,6 à 2,1 millions de nouveaux cas de brucellose humaine surviennent chaque année. Cela diffère considérablement de l'une des références les plus citées, qui prédisait une incidence de 500 000 nouveaux cas par an.

La brucellose est une maladie bactérienne qui affecte le bétail et les humains. Chez l'homme, la maladie provoque de la fièvre, des sueurs, de la fatigue et des malaises. Les personnes sont normalement exposées à Brucella en consommant des produits laitiers non pasteurisés ou en manipulant des tissus animaux contaminés. La plupart des cas humains proviennent de régions à forte densité de population à risque.

Le nombre de nouveaux cas de brucellose humaine chaque année reste incertain malgré les tentatives précédentes d'identifier l'impact de la maladie, selon une étude, Global Estimate of Human Brucellosis Incidence, publiée dans la revue du CDC Emerging Infectious Diseases.

Risque par région

Les chercheurs ont produit des estimations en utilisant les données sur la brucellose animale et humaine de l'Organisation mondiale de la santé animale (WOAH) et les données sur la population humaine communiquées à la Banque mondiale. Les données étaient de 2014 à 2018. Ils ont utilisé trois modèles statistiques et pris en compte les informations manquantes. Les erreurs de diagnostic et le sous-diagnostic de la maladie n'ont pas été pris en compte dans les modèles.

Étant donné que l'équipe disposait de données plus complètes sur le bétail que sur les maladies humaines, aux niveaux mondial et régional, elle a utilisé les données sur le bétail comme base pour estimer l'incidence des maladies.

Au total, 144 pays et 3,2 milliards de personnes étaient considérés à risque. Les modèles ont indiqué que l'Afrique et l'Asie ont la plupart des risques et des cas mondiaux, bien que des régions des Amériques et de l'Europe restent préoccupantes.

Les pays non endémiques pour la maladie enregistrent des cas résultant des voyages et du commerce de produits à base de lait cru à travers les frontières nationales.

«Parmi les pays d'Afrique, des programmes de santé publique et animale inadéquats ou inexistants perpétuent le statu quo. Cette situation de maladie incontrôlée, accompagnée d'une croissance démographique rapide et d'une demande accrue de produits d'origine animale, offre une perspective malheureuse pour l'avenir de la lutte contre la brucellose dans toute cette région», ont dit les chercheurs.

«Bien que le risque soit réparti sur l'ensemble de la région asiatique, le principal point chaud se situe au Moyen-Orient. Ce risque accru est probablement le résultat d'un contact étroit avec de petits ruminants et de la consommation de leurs produits à base de lait cru.»

Situation française

Parallèlement, Santé publique France a révélé que 40 cas de brucellose ont été déclarés en 2022 dans 12 régions. Parmi celles-ci, 38 étaient des infections importées liées principalement à des voyages en Algérie mais aussi dans des pays comme la Turquie, la Tunisie et Djibouti. Une personne est tombée malade après avoir consommé un fromage du Liban.

Pour les deux cas non importés, l'un était un ancien employé d'abattoir qui a commencé à travailler avant l'élimination de la brucellose dans les élevages. L'autre patient n'a pas pu être contacté.

Le nombre de cas est revenu aux niveaux de 2019, conformément à la reprise des voyages vers des pays considérés comme endémiques, les restrictions liées à la pandémie de la COVID-19 ayant été levées. En 2020 et 2021, environ 20 cas ont été enregistrés chaque année.

Au total, 34 souches appartenaient à Brucella melitensis, une à Brucella abortus et une autre n'a pas été caractérisée. Les dates d'apparition des symptômes pour les cas signalés en 2022 variaient de décembre 2018 à novembre 2022.

Quinze cas étaient de sexe féminin. Les patients étaient âgés de 5 à 91 ans avec une médiane de 55 ans, dont deux enfants de moins de 16 ans. Deux cas étaient des femmes enceintes.

Actualités des maladies infectieuses chez le chat

L’Anses a publié un tweet dont je reproduits l’image ci-dessus.

L’Anses ne croyait pas si bien dire ...

Alerte au typhus du chat à Angoulême où une épidémie a déjà tué des dizaines d’animaux

Une épidémie de typhus touche les chats depuis le début de l’été à Angoulême (Charente). Ce virus, très contagieux, a déjà tué de nombreux félins. Les associations ont mis en place des protocoles sanitaires pour leurs pensionnaires et alertent sur la nécessité de vacciner les animaux.

Associations et vétérinaires alertent sur une épidémie de typhus du chat qui fait rage à Angoulême (Charente) ces dernières semaines, rapporte La Charente Libre. De nombreux félins ont succombé à la maladie depuis le début de l’été, ce qui a poussé les différentes structures à mettre en place des mesures drastiques.

En effet, le typhus du chat est une infection très contagieuse et mortelle dans la majorité des cas pour les félins vulnérables ou non vaccinés. Le virus peut se répandre très rapidement et se transmet par contact. L’année dernière, le typhus avait déjà tué des dizaines de matous dans la ville. Source O.-F. du 14 août 2023.

Chypre : une épidémie de péritonite infectieuse féline entraîne la mort de 30% des chats

Le coronavirus félin (FCoV) est très courant et ne cause généralement pas de problèmes graves, à part une légère diarrhée.

La maladie, la péritonite infectieuse féline (PIF) est causée par une variante mutée du coronavirus félin. La PIF est une maladie très grave. Quand un chat attrape la PIF, c'est progressif et presque toujours mortel.

Les autorités signalent une épidémie à Chypre, qui a commencé en janvier 2023. Les organisations locales de protection des animaux estiment qu'environ 20 à 30% des chats du pays, soit environ 300 000 chats, sont morts pendant l'épidémie. Source Outbreak News.

Voir aussi,

La Corée du Sud détecte la grippe aviaire H5N1 chez des chats d’un refuge, 

L'OMS se penche sur les risques de grippe aviaire H5N1 chez des chats de compagnie polonais, 

Pologne : Neuf chats testés positifs pour la grippe aviaire H5N1.

A propos du séquençage de l'ADN sans cellule microbienne

Le séquençage de l'ADN sans cellule microbienne (mcfDNA pour Microbial cell-free DNA) est un outil de diagnostic émergent des maladies infectieuses. Dans le Journal of Clinical Microbiology, des chercheurs ont utilisé le séquençage de mcfDNA plasmatique de plus de 15 000 patients pour identifier un large éventail d'agents pathogènes. Source ASM Microbiology.

L’étude s’intitule, «Plasma Microbial Cell-Free DNA Sequencing from over 15,000 Patients Identified a Broad Spectrum of Pathogens».

Le séquençage de l'ADN sans cellule microbienne (mcfDNA) est un outil de diagnostic des maladies infectieuses émergentes qui permet une détection et une quantification impartiales des agents pathogènes à partir du plasma. Le test Karius, un test de séquençage commercial de mcfDNA développé par et disponible depuis 2017 auprès de Karius, Inc. (Redwood City, Californie), détecte et quantifie le mcfDNA sous forme de molécules/μL dans le plasma. Les données d'échantillons commerciaux et les résultats de tous les tests effectués d'avril 2018 à la mi-septembre 2021 ont été évalués pour les paramètres de qualité du laboratoire, les agents pathogènes signalés et les données des formulaires de demande de test.

Un total de 18 690 rapports ont été générés à partir de 15 165 patients en milieu hospitalier parmi 39 États et le District de Columbia.

Le délai moyen entre la réception de l'échantillon et le résultat rapporté était de 26 h (intervalle interquartile [IQR] 25 à 28), et 96% des échantillons avaient des résultats de test valides.

Près des deux tiers (65%) des patients étaient des adultes, et 29% au moment des tests de diagnostic avaient des codes CIM-10 (CIM pour classification internationale des maladies) représentant un large éventail de scénarios cliniques. Il y a eu 10 752 (58%) rapports qui ont produit au moins un taxon pour un total de 22 792 détections couvrant 701 taxons microbiens uniques.

Les 50 taxons les plus couramment détectés comprenaient 36 bactéries, 9 virus et 5 champignons. Les champignons opportunistes (374 Aspergillus spp., 258 Pneumocystis jirovecii, 196 Mucorales et 33 champignons dématiés) représentaient 861 (4%) de toutes les détections.

D'autres agents pathogènes difficiles à diagnostiquer (247 agents pathogènes zoonotiques et à transmission vectorielle, 144 Mycobacterium spp., 80 Legionella spp., 78 champignons dimorphes systémiques, 69 Nocardia spp. et 57 parasites protozoaires) représentaient 675 (3%) de toutes les détections.

Il s'agit de la plus grande cohorte rapportée de patients testés à l'aide du séquençage du mcfDNA plasmatique et représente le premier rapport d'un test métagénomique de qualité clinique réalisé à grande échelle.

Les données révèlent de nouvelles informations sur l'étendue et la complexité des agents pathogènes potentiels identifiés.

Retour sur une épidémie internationale d'infections à Listeria monocytogenes liées à des champignons enoki importés de la Corée du sud de 2016 à 2020

Un article paru en juillet dans le Journal of Food Protection est intitulé «Multinational Outbreak of Listeria monocytogenes Infections Linked to Enoki Mushrooms Imported from the Republic of Korea 2016-2020» (Épidémie internationale d'infections à Listeria monocytogenes liées à des champignons enoki importés de la République de Corée 2016-2020). L’article est disponible en intégralité.

Faits saillants

- Décription d’une épidémie internationale de listériose liée à des champignons enoki.
- Cela souligne la nécessité et l'impact de la collaboration internationale et du partage des données.
- Les données de traçabilité, de laboratoire et épidémiologiques ont permis d'identifier la source de l'épidémie.
- Cela souligne les défis de la réponse aux épidémies internationales de maladies d'origine alimentaire.

Résumé

Assurer la sécurité des aliments de l'approvisionnement alimentaire mondial nécessite des collaborations internationales entre les pays. Les organismes de santé et de réglementation communiquent régulièrement pendant les épidémies de maladies d'origine alimentaire, ce qui permet aux partenaires de partager les preuves d'investigation. Une épidémie de 2016 à 2020 d'infections à Listeria monocytogenes liées à des champignons enoki importés a nécessité une enquête collaborative multinationale entre les États-Unis, le Canada, l'Australie et la France. En fin de compte, cette épidémie comprenait 48 personnes malades, 36 aux États-Unis et 12 au Canada, et était liée à des champignons enoki provenant d'un fabricant situé en République de Corée (Corée du Sud -aa). Les preuves épidémiologiques, de laboratoire et de traçabilité ont conduit à de multiples mesures réglementaires, y compris des rappels volontaires étendus par trois entreprises aux États-Unis et une entreprise au Canada. Aux États-Unis et au Canada, le fabricant coréen a été placé en alerte à l'importation tandis que d'autres partenaires internationaux ont fourni des informations sur leurs investigations respectives et ont conseillé au public de ne pas manger les champignons enoki rappelés. L'étendue de la répartition géographique de cette épidémie souligne la portée mondiale de l'industrie alimentaire. Cette investigation fournit un exemple frappant de l'impact de la coordination nationale et internationale des efforts pour répondre aux épidémies de maladies d'origine alimentaire et protéger les consommateurs. Cela démontre également l'importance d'un partage international rapide des données et de la collaboration pour identifier et arrêter les épidémies d'origine alimentaire au sein de la communauté mondiale. De plus, il s'agit d'un exemple significatif de l'importance de l'échantillonnage des aliments, des essais et de l'intégration des résultats du séquençage dans les bases de données de surveillance.

Une étude met en évidence une mortalité élevée liée à l'infection à Clostridioides difficile

«Une étude met en évidence une mortalité élevée liée à l'infection à Clostridioides difficile», source article de Chris Dall paru le 19 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une étude de cohorte basée sur la population en Suède a révélé que l'infection à Clostridioides difficile (ICD) était associée à une mortalité élevée toutes causes confondues et spécifique à une cause, ont rapporté des chercheurs dans Clinical Microbiology and Infection.

Pour l'étude, une équipe de chercheurs suédois et belges a comparé les individus diagnostiqués comme ayant au moins un épisode d’ICD de 2006 à 2019 à l'ensemble de la population suédoise en utilisant des indices standardisés de mortalité (ISMs). Chaque patient atteint d’ICD a été apparié à 10 témoins et les ISMs ont été calculés pour la mortalité toutes causes confondues et la mortalité cardiovasculaire et liée au cancer, qui ont été sélectionnés en fonction de la prévalence des causes de décès en Suède. L'analyse a fait des ajustements pour les comorbidités chroniques.

L'étude a inclus 43 150 personnes atteintes d’ICD (74,8% âgées de 65 ans et plus, 91,6% d’ICD nosocomiales et 16,8% d’ICD récurrentes) et 355 172 témoins.

Dans l'ensemble, 61,6% du groupe ICD sont décédés au cours de la période d'étude, contre 28,8 % des témoins. L'ICD était associée à un taux de mortalité multiplié par 3 à 7 (taux de fréquence des incidents [IRR], 3,5 ; intervalle de confiance [IC] à 95 %, 3,3 à 3,6 ; SMR, 6,8 ; IC à 95 %, 6,7 à 6,9) respectivement par rapport aux témoins appariés et la population suédoise. Les taux de mortalité étaient les plus élevés pour les ICD nosocomiales (IRR, 2,4 ; IC à 95%, 1,9 à 3,2) et pendant le premier épisode d'ICD (IRR, 0,2 ; IC à 95%, 0,2 à 0,3 pour les récurrentes par rapport à la première ICD).

Les risques de mortalité étaient cependant encore significativement augmentés lorsque nous limitions nos analyses à ceux sans comorbidités.

Les personnes atteintes d'ICD avaient plus de comorbidités chroniques que les témoins, mais la mortalité restait plus élevée parmi les cas d'ICD même après ajustement et stratification pour la comorbidité ; L'ICD était associée à une mortalité accrue, en particulier chez les personnes sans comorbidités chroniques (IRR, 6,1 ; IC à 95%, 5,5 à 6,8).

«Le biais de survie et les comorbidités sous-jacentes peuvent jouer un rôle, et bien que nous ayons ajusté les comorbidités chroniques, une confusion résiduelle par les comorbidités et la fragilité est probable», ont écrit les auteurs de l'étude. «Les risques de mortalité étaient cependant encore considérablement augmentés lorsque nous limitions nos analyses à ceux sans comorbidités.»

NB : L’image de Clostridioides difficile est du CDC.

Mise à jour du 23 juillet 2023

On lira l'article du BfR du 20 juillet 2023 «C. difficile - An intestinal germ with pathogenic potential».

L'ECDC signale la propagation de Shigella multirésistante

«L'ECDC signale la propagation de Shigella multirésistante», source article de Chris Dall paru le 18 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit que plus de 300 cas de shigellose ont été signalés depuis avril en Europe et aux États-Unis, la plupart d'entre eux sont multirésistants (MDR pour multidrug-resistant), avec une transmission observée principalement chez les hommes qui ont des relations sexuelles avec des hommes (MSM pour men who have sex with men). Source Spread of multidrug-resistant Shigella in EU/EEA among gay, bisexual and other men who have sex with men.

Les cas sont liés à sept groupes microbiologiques nationaux et internationaux distincts de souches de Shigella qui présentent une résistance aux antibiotiques de première et de deuxième intention, tels que les céphalosporines de troisième génération, les fluoroquinolones, le sulfaméthoxazole et le triméthoprime. L'ECDC se dit particulièrement préoccupé par les souches présentant une résistance supplémentaire à l'azithromycine, qui sont considérées comme extrêmement résistantes aux antibiotiques (XDR pour extensively drug-resistant) et difficiles à traiter.

La shigellose est une affection gastro-intestinale causée par la bactérie Shigella. Bien que l'infection soit généralement associée à une exposition à des aliments et à de l'eau contaminés, les relations sexuelles orales et anales sont devenues une voie de transmission majeure, en particulier chez les MSM. En février, l'ECDC a signalé une augmentation des cas de Shigella sonnei XDR parmi les réseaux de MSM en Europe.

La plupart des cas ont été enregistrés en 2022 et 2023, avec des cas signalés en Belgique (26), Danemark (13), Allemagne (23), Irlande (50), Pays-Bas (21), Espagne (> 60) et États-Unis (106).

L'ECDC recommande aux MSM d'avoir des rapports sexuels protégés, d'assurer une bonne hygiène personnelle et de s'abstenir de toute activité sexuelle s'ils développent des symptômes gastro-intestinaux. L'agence appelle également à une sensibilisation accrue des cliniciens et des laboratoires de microbiologie à la propagation internationale des souches MDR de Shigella.

NB : L'image de Shigella est du CDC.

Une étude américaine montre une augmentation des infections à Campylobacter résistantes aux antibiotiques

«Une étude américaine montre une augmentation des infections à Campylobacter résistantes aux antibiotiques», source article de Chris Dall paru le 17 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une analyse des infections à Campylobacter aux États-Unis a révélé que leur incidence est restée stable ou a diminué de 2012 à 2018, mais que la résistance aux antibiotiques a augmenté, ont rapporté des chercheurs dans Open Forum Infectious Diseases.

À l'aide de données sur les infections à Campylobacter jejuni et à Campylobacter coli confirmées en laboratoire par le Foodborne Diseases Active Surveillance Network, des chercheurs des Centers for Disease Control and Prevention et des départements de la santé des États de Californie et du Tennessee ont estimé les tendances de l'incidence des infections de 2005 à 2018, en ajustant pour les changements de sexe, d'âge et de surveillance attribuables aux tests de diagnostic indépendants de la culture. Ils ont utilisé un sous-ensemble d'isolats de Campylobacter collectés par le National Antimicrobial Resistance System pour comparer les changements de résistance à l'érythromycine et à la ciprofloxacine au fil du temps.

Depuis 2012, l'incidence ajustée de Campylobacter a enregistré une variation annuelle prévue de -0,1 % (intervalle de crédibilité à 95 % [ICr], -1,1 % à 0,9 %). L'incidence était plus faible chez les hommes que chez les femmes et plus élevée chez les enfants de moins de 5 ans par rapport aux autres groupes d'âge. Parmi 2 499 dossiers liés en 2017-2018, l'âge médian des patients était de 40,2 ans, 54,8 % des patients étaient des hommes, 17,2% étaient hospitalisés et 0,2 % sont décédés.

Résistance liée aux voyages internationaux

Le pourcentage d'infections résistantes est passé de 24,5% en 2005-2016 à 29,7% en 2017-2018 pour la ciprofloxacine et de 2,6% à 3,3% pour l'érythromycine, soit des augmentations respectivement de 21% et 27%. Les personnes ayant récemment voyagé à l'étranger étaient plus susceptibles que les non-voyageurs d'avoir des isolats résistants à l'érythromycine (odds ratio ajusté [aOR], 1,7 ; intervalle de confiance à 95% [IC]. 1,3 à 2,1) et à la ciprofloxacine (aOR variait de 1,7 à 10,6 par race/ethnie).

Campylobacter est la cause la plus fréquente de maladie diarrhéique bactérienne aux États-Unis et est associée à la consommation de volaille insuffisamment cuite, au contact avec des animaux et aux voyages internationaux.

Bien que la maladie se résolve généralement sans antibiotiques, les auteurs de l'étude notent que la résistance croissante est préoccupante car le traitement antibiotique peut raccourcir les symptômes et sauver la vie en cas d'infections graves.

«L'évaluation de l'utilisation des antimicrobiens et des pratiques de prévention des infections pourrait aider à identifier des moyens de réduire les infections résistantes à Campylobacter», ont-ils écrit. «Avant de commencer un traitement empirique, les cliniciens doivent tenir compte des facteurs de risque du patient (y compris les antécédents de voyage) et envisager de commander des tests de diagnostic de confirmation avec des tests de sensibilité aux antibiotiques pour guider le traitement si indiqué.»

NB : La photo est du CDC.

L'Organisation panaméricaine de la santé met en garde contre les infections liées au tourisme médical

«L'Organisation panaméricaine de la santé met en garde contre les infections liées au tourisme médical», source article de Chris Dall paru le 10 juillet 2023 dans CIDRAP News.

La semaine dernière, l'Organisation panaméricaine de la santé (OPS) a appelé les États membres à renforcer leur capacité à détecter, gérer et prévenir les épidémies d'organismes résistants aux antimicrobiens liées au tourisme médical.

L'avertissement fait suite à une épidémie dans plusieurs Etats des Etats-Unis de méningite fongique liée à deux cliniques privées de chirurgie esthétique au Mexique.

Dans une mise à jour épidémiologique, l'OPS a déclaré que l'épidémie avait touché 35 résidents américains qui se sont rendus dans les cliniques et ont subi des procédures sous anesthésie péridurale. Dix des patients américains ont confirmé des cas de méningite fongique et 8 sont décédés, selon la dernière mise à jour du Centers for Disease Control and Prevention.

Sur les 547 personnes qui ont subi des interventions dans les deux cliniques de janvier à avril de cette année, 237 (43%) étaient des résidents américains. L'OPS estime que le nombre de résidents américains qui recherchent des soins de santé à l'extérieur du pays est passé de 750 000 à 1,4 million par an de 2007 à 2017, un nombre qui devrait augmenter de 25% par an.

Les principales destinations des touristes médicaux sont le Mexique, le Canada et les pays d'Amérique centrale, d'Amérique du Sud et des Caraïbes. La plupart des procédures qu'ils recherchent sont liées à la chirurgie esthétique et cosmétique. Les motivations incluent des coûts inférieurs, le désir d'éviter de longues listes d'attente ou l'accès à des procédures qui ne sont pas disponibles dans le pays de résidence.

«Alors que la plupart des patients recherchent des soins de santé dans le pays dans lequel ils résident, il y a une proportion croissante de personnes qui voyagent pour des soins médicaux, dentaires ou chirurgicaux de diverses manières», a déclaré l'OPS. «Ce type de soins médicaux peut présenter un risque à la fois pour la santé publique et pour la vie de la personne qui sollicite ce type de soins.»

Infections liées à une prévention «sous-optimale» des infections

Selon le rapport de l’OPS, les complications les plus courantes des procédures de tourisme médical sont les infections des plaies chirurgicales et les bactériémies, dont certaines sont causées par des organismes résistants aux antibiotiques. Ces infections sont souvent liées à des pratiques sous-optimales de prévention des infections nosocomiales (stérilisation inadéquate du matériel et réutilisation des seringues), à l'épidémiologie locale des micro-organismes résistants aux antibiotiques et à une utilisation inappropriée des antibiotiques chez les prescripteurs et les patients.

Outre l'épidémie de méningite fongique, d'autres épidémies ont été signalées parmi les touristes médicaux dans la région, notamment une épidémie d'infections du site opératoire en 2019 causée par Pseudomonas aeruginosa multirésistant. Cette épidémie a touché 38 patients américains qui s'étaient rendus à Tijuana pour une chirurgie bariatrique.

Pour prévenir les épidémies de micro-organismes résistants liées au tourisme médical, l'OPS recommande que les responsables de la santé publique de la région mènent des enquêtes rapides et opportunes sur les épidémies après la détection initiale des premiers cas, mettent en œuvre des mesures appropriées de prévention et de contrôle des infections et une stratégie de communication pour diffuser les informations sur les épidémies, et signaler immédiatement les découvertes aux autorités du pays où l'infection est susceptible d'être contractée.

Le rapport de l'OPS appelle également les laboratoires cliniques à mettre en œuvre un protocole régional pour la détection des souches résistantes et à former le personnel de laboratoire à la détection des agents pathogènes associés aux soins de santé le plus souvent acquis à partir de destinations internationales.

Pour prévenir ces infections, l'OPS exhorte les établissements de santé qui traitent les touristes médicaux à assurer la mise en œuvre adéquate d'une stratégie multimodale d'hygiène des mains, à mettre en œuvre des mesures de prévention des infections des plaies chirurgicales et à nettoyer, décontaminer et stériliser correctement tous les équipements et dispositifs médicaux. selon les directives en vigueur.

Des scientifiques identifient Aeromonas comme cause fréquente de gastro chez les jeunes enfants et les adultes de plus de 50 ans

«Des scientifiques identifient une cause fréquente de gastro chez les jeunes enfants et les adultes de plus de 50 ans», source communiqué de l’UNSW  Sydney du 29 juin 2023.

Un type de bactérie qui n'est pas systématiquement analysé a été découvert comme la deuxième cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne, dans une étude portant sur plus de 300 000 prélèvements de patients.

Un groupe de scientifiques de l'UNSW Sydney ont découvert qu'un type de bactérie connu sous le nom de Aeromonas est le deuxième agent pathogène bactérien le plus répandu chez les patients atteints de gastro-entérite.

La gastro-entérite - communément appelée gastro - est une maladie contagieuse de courte durée déclenchée par l'infection et l'inflammation du système digestif qui provoque des vomissements et des diarrhées.

Dans une étude récente dirigée par la professeur Li Zhang, de l'École de biotechnologie et des sciences biomoléculaires, des résultats surprenants ont fourni de nouvelles informations sur les types de bactéries entériques - bactéries de l'intestin - que peut causer le microbe de l'estomac.

Jusqu'à présent, on pensait qu'après Campylobacter, la cause la plus fréquente de gastro bactérienne était l'infection à Salmonella.

«Nos résultats ont révélé que Aeromonas est le deuxième pathogène bactérien entérique le plus répandu dans tous les groupes d'âge, et sont en fait des pathogènes bactériens entériques les plus courants chez les enfants de moins de 18 mois», a dit la professeur Zhang.

Les dernières résulats, publiés dans Microbiology Spectrum, pourraient avoir un impact sur le processus de diagnostic de la gastro-entérite et, à terme, conduire à un traitement plus ciblé.

«Avec des recherches plus poussées, une fois que nous serons en mesure de déterminer la source de l'infection, nous pourrons éventuellement être équipés des connaissances sur la meilleure façon de prévenir l'infection par Aeromonas.»

Un schéma d'infection distinct

«Historiquement, les espèces de Aeromonas ont été largement négligées et sous-étudiées, mais elles sont de plus en plus reconnues comme des pathogènes entériques émergents à l'échelle mondiale», a dit la professeur Zhang.

L'équipe, qui comprenait le doctorant Christopher Yuwono, a analysé les données de 341 330 patients atteints de gastro-entérite en Australie entre 2015 et 2019.

En utilisant une méthode PCR quantitative en temps réel, des prélèvements fécaux de ces patients ont été testés pour détecter la présence d'agents pathogènes bactériens.

Pour mieux comprendre les facteurs influençant l'infection par la gastro-entérite, des prélèvements de patients ont été regroupés en fonction des groupes d'âge.

Lors de leur analyse, l'équipe de recherche a identifié un schéma d'infection unique, caractérisé par trois pics d'infection distincts associés à l'âge du patient. 

«La survenue d'infections entériques à Aeromonas a été principalement observée chez les jeunes enfants et les personnes de plus de 50 ans, ce qui suggère une plus grande sensibilité à ces infections à des stades où le système immunitaire a tendance à être plus faible», explique la professeur Zhang.

De plus, il y a eu une augmentation des infections entériques à Aeromonas chez les patients âgés de 20 à 29 ans, ce qui pourrait être attribué à une exposition accrue à l'agent pathogène à cet âge.

«Ces résultats suggèrent que l'hôte humain et les facteurs microbiens contribuent au développement d'infections entériques à Aeromonas.»

Une évolution du processus de diagnostic

Actuellement, lorsque des échantillons de selles de patients gastro-intestinaux sont envoyés aux laboratoires de diagnostic, les agents pathogènes entériques comme Aeromonas ne sont pas systématiquement détectés.

«Mais le taux élevé d'infection Aeromonas découvert dans notre étude, et de manière significative, leur impact sur les différents groupes d'âge des patients, suggèrent que les espèces Aeromonas devraient être incluses dans la liste commune d'examen des pathogènes bactériens entériques, a dit la professeur Zhang.»

La prochaine étape pour la professeur Zhang et son équipe est d’identifier les agents pathogènes Aeromonas à un niveau plus détaillé. «Nous savons déjà qu'au moins cinq espèces différentes de Aeromonas provoquent des infections gastro-intestinales en Australie». «Et nous savons qu'ils ont des gènes virulents différents - et certains sont plus virulents que d'autres. Donc, si les bactéries Aeromonas sont identifiées au niveau de l'espèce, cela pourrait conduire à un traitement encore plus ciblé.»

Le deuxième défi auquel fait face les scientifiques est d'identifier la source de l'agent pathogène. Des recherches antérieures ont démontré que la majorité des infections entériques à Aeromonas en Australie étaient acquises localement, sans antécédents de voyage à l'étranger.

«Des recherches futures sont nécessaires pour identifier les sources d'infections à Aeromonas en Australie, afin que des stratégies efficaces puissent ensuite être mises en œuvre pour réduire ces infections.»

NB : La photo illustre une image au microscope électronique de Aeromonas veronii, une espèce couramment isolée chez des patients atteints de gastro-entérite en Australie.

Maladies infectieuses émergentes : DURABLE, un projet européen mené par l'Institut Pasteur

«Maladies émergentes : DURABLE, un projet européen mené par l'Institut Pasteur», souce communiqué de l’Institut Pasteur du 5 juin 2023.

Le projet européen DURABLE, mené par l'Institut Pasteur, a été lancé en février 2023. DURABLE signifie Delivering a Unified Research Alliance of Biomedical and public health Laboratories against Epidemics. Il s'agit d'un réseau dont l'objectif principal est de mettre en place un guichet unique pour la préparation des laboratoires aux maladies émergentes. Ce projet à grande échelle, d'une durée de quatre ans, contribuera à la mise en place de systèmes de santé plus solides, plus résistants et plus accessibles.

Avec l'augmentation des épidémies de maladies infectieuses, un réseau solide d'instituts de recherche fondamentale et translationnelle de classe mondiale est nécessaire pour répondre aux menaces sanitaires. Le consortium DURABLE de laboratoires européens de recherche et de santé publique a été financé dans le cadre du programme européen EU4Health à hauteur de 25 millions d'euros dont 20 millions par l'Union Européenne sur quatre ans (2023-2027). En plus de développer un guichet unique, ce projet établira un réseau durable de laboratoires et d'instituts de recherche capable d’améliorer la préparation aux maladies émergentes mais aussi d’alerter, de fournir des données scientifiques en temps réel et des analyses intégrées aux autorités européennes, telles que HERA et ECDC.

Coordonné par le Dr Jean-Claude Manuguerra, responsable de l'unité Environnement et risques infectieux au sein du Département Santé Globale de l'Institut Pasteur (Paris, France), avec le Professeur Marion Koopmans (Erasmus Medical Center, Pays-Bas) et Roberto Bruzzone (HKU-Pasteur Reasearch Pole), DURABLE va également :

- Développer et utiliser des méthodes ciblées et non ciblées pour l'identification des menaces connues et nouvelles ;

- Coordonner, intégrer, analyser et partager les résultats pour une utilisation rapide et directe dans la prise de décision en matière de santé publique ;

- Élaborer des études ciblées pour guider la collecte de données supplémentaires en réponse aux alertes.

Partenaires et entités affiliées de DURABLE

1. Institut Pasteur (IP) France
   
2. Pasteur Network (PN)
3. Katholieke Universiteit Leuven (KU LEUVEN) Belgique
   
4. Statens Serum Institut (SSI) Danemark
   
5. Friedrich Loeffler Institut - Bundesforschungsinstitut fuer Tiergesundheit (FLI) Allemagne
   
6. Charite - Universitaetsmedizin Berlin (CHARITE) Allemagne
   
7. Erasmus Medisch Centrum Rotterdam (EMC) Pays-Bas
   
8. Partikas Drosibas, Dzivnieku Veselibas un Vides Zinatniskais Institutsbior (BIOR) Lettonie
   
9. Universite d’Aix Marseille (AMU) France
   
10. Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) Pays-Bas
    
11. Universita Degli Studi di Padova (UNIPD) Italie
    
12. Uniwersytet Jagiellonski (JU) Pologne
    
13. Agencia Estatal Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) Espagne
    
14. Helsingin Yliopisto (UH) Finlande
    
15. Aristotelio Panepistimio Thessalonikis (AUTH) Grèce
    
16. Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge (INSA) Portugal
    
17. Univerzita Karlova (CU) République Tchèque
    
18. Istituto Superiore di Sanità (ISS) Italie
    
19. Tartu Ulikool (UTARTU) Estonie
    
20. Hrvatski Zavod za Javno Zdravstvo (CIPH) Croatie