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| Nikki Shariat, professeure au Collège de médecine vétérinaire de l'UGA, a inventé CRISPR-SeroSeq. |
Les méthodes traditionnelles de culture de Salmonella peuvent parfois prendre un minimum de quatre à cinq jours. Cependant, une chercheuse de l'Université de Géorgie(UGA) a trouvé une méthode alternative potentielle pour la culture de Salmonella qui pourrait réduire le temps d'isolement requis pour cette analyse.
US Poultry et la Fondation US Poultry ont financé la recherche. Les expériences ont montré que CRISPR-SeroSeq peut offrir un nouveau cadre pour surveiller les populations de Salmonella pendant les opérations alimentaires.
Développé par Nikki Shariat, CRISPR-SeroSeq permet aux chercheurs d’analyser toutes les salmonelles présentes dans un échantillon donné (Source).
Les objectifs du projet étaient d'améliorer la surveillance de Salmonella et de retracer les sérotypes de Salmonella dans une usine de transformation alimentaire. Le projet visait à améliorer la surveillance en abordant les limites des méthodes traditionnelles de culture, qui sélectionnent un petit nombre de colonies et prennent également du temps. Il s'agit d'une limite car seuls les sérotypes abondants sont détectés, alors que les petites colonies peuvent être sous-identifiées. Salmonella compte plus de 2 600 sérotypes, dont seulement une petite quantité est liée à des maladies humaines.
La chercheuse principale, Nikki W. Shariat, professeure au College of Veterinary Medicine de l’UGA, a suivi des sérotypes de Salmonella dans une usine de volailles pour déterminer les profils des sérotypes après chaque étape majeure de la transformation. Elle l'a fait en prélevant des échantillons de carcasses, à la fois avant et après le refroidissement et après.
La recherche de Shariat a montré que «... l'augmentation partielle de la sélectivité de l'étape de culture de pré-enrichissement non sélective était suffisante pour récupérer Salmonella 24 heures plus tôt que la norme actuelle utilisant des enrichissements sélectifs», selon l’article. «Cette approche a donné une prévalence de Salmonella similaire à celle de l'approche traditionnelle de culture en deux étapes.»
Le deuxième objectif de Shariat était de suivre les sérotypes de Salmonella par le biais de la transformation alimentaire. Pour y parvenir, elle a comparé des profils de sérotypes pré-enrichis et enrichis provenant de diverses sources liées à la volaille comme les carcasses, le poulailler, la litière et les aliments, entre autres. Dix-huit visites différentes ont été effectuées dans trois installations de transformation, et des échantillons en double ont été prélevés à chaque visite, indique l’article. CRISPR-SeroSeq a pu détecter de petites quantités d'un sérotype de Salmonella dans des échantillons de cultures mixtes.
Les chercheurs de l’équipe de Shariat ont constaté que la méthode standard des inspecteurs des aliments rate environ 60% de tous les échantillons testés. De plus, ils ont découvert qu'environ un échantillon sur 10 contenait une souche de Salmonella résistante aux antibiotiques. Dans chaque cas, cette souche particulière de Salmonella était plus nombreuse que les autres souches de Salmonella.
Shariat a déclaré que son Poultry Diagnostic and Research Center de l'UGA affine actuellement son travail pour pouvoir utiliser CRISPR-SeroSeq pour «devancer la mauvaise posture pour examiner les populations de Salmonella à une très haute résolution afin que nous puissions voir les fluctuations mineures des sérotypes au fur et à mesure qu'ils se produisent.»
Il y a souvent des vagues d'un ou deux sérotypes proéminents de Salmonella couramment retrouvés dans la volaille», a-t-elle déclaré. «À la suite d'une épidémie causée par un seul sérotype, les producteurs de volaille cibleront ce sérotype particulier pour le retirer de leur chaîne de production. Cependant, Salmonella est un microbe astucieux, et cela provoque un effet «Whack-a-mole» où un sérotype est supprimé et un autre apparaît
Shariat espère qu'en étudiant les populations de Salmonella, elle pourra prédire quels sérotypes seront les plus préoccupants et permettre à l'industrie avicole de créer des vaccins ou d'utiliser d'autres mesures pour lutter contre eux avant qu'une épidémie ne se produise.
«Nous espérons que ces analyses fourniront aux entreprises avicoles et aux autres producteurs alimentaires un autre outil pour vaincre Salmonella», a déclaré Shariat.
