mercredi 30 décembre 2020

Pourquoi a-t-on laissé l'Union européenne s’occuper de commander les vaccins anti-Covid-19 ?

J'ai rapidement évoqué la question de la vaccination et des doses de vaccin en France dans cet article récent, Vaccination contre le COVID-19 ou comment suivre l'évolution du nombre de personnes vaccinées ici et là.

Allons un peu plus loin pour tenter de répondre à la question du titre de l'article.

7sur7.be rapporte «L'Union européenne a-t-elle laissé passer sa chance de commander plus de vaccins?»

Selon des sources proches des négociations, la société allemande BioNTech a proposé jusqu’à 500 millions de doses du vaccin contre la Covid-19 à l’Union européenne, mais l’offre a été refusée, écrit le magazine allemand Der Spiegel. La raison serait l’opposition de la France, entre autres, parce que l’UE n’a commandé «que» 300 millions de doses à la société française Sanofi.

La Commission européenne aurait pu commander encore plus de vaccins, mais aurait refusé une offre, selon Der Spiegel. Le ministre allemand de la Santé Jens Spahn, entre autres, a insisté pour que davantage de vaccins soient achetés, mais il a finalement échoué en raison de l’opposition de plusieurs États membres de l’UE, dont la France.

Selon d'autres sources, le ministre allemand de la santé  aurait eu gain de cause avec plus de doses que prévu.

Cette opposition serait liée au fait que l’UE n’avait commandé «que» 300 millions de doses à la société française Sanofi, soit autant que le total de Pfizer et BioNTech. «C’est pourquoi il était hors de question d’acheter plus de doses à une société allemande», a déclaré une source proche des négociations.

La Commission européenne dément cependant que la France ait pris des mesures pour protéger Sanofi. «Nous ne commentons pas l’état d’avancement des négociations», a déclaré une porte-parole de la commissaire européenne à la Santé Stella Kyriakides.

Europe 1 confirme dans un article «Pourquoi l'Union européenne s’est chargée de commander les vaccins» que la France recevra 300 millions de doses.

Selon le site Toute l'Europe, « Pour la France, elle devrait se situer autour de 15 %, soit 200 millions de doses environ. »

I n'y a encore que Le Parisien.fr qui n'a encore rien compris et avec cet article, «Vaccins : comment l’Europe se refait une santé».

Que ce soit pour les commandes ou pour les autorisations de mise sur le marché, l’Europe agit de façon cordonnée. Mais chaque Etat restera maître de sa stratégie de vaccination.

C'est la dernière phrase qui est exacte, le reste est de la pure forme administrative et encore une fois la Commission européenne est dans les choux …

Ainsi la Hongrie a choisi le vaccin russe Spoutnik V et s'affranchit «de la stratégie européenne de vaccination».

Quand à la sacro-sainte question, pourquoi démarre-t-on si lentement, voici la réponse fournit à l'AFP,


Après le fiasco des masques, des tests, du traçage, de l'isolement, voici une nouvelle illustration de la politique sanitaire de la France, une nouvelle défaite de la santé publique en France ?

Mise à jour du 31 décembre 2020. Une histoire sans paroles...
Selon VaccinTracker, 332 personnes vaccinées, c'est-à-dire le nombre de personnes ayant reçu au moins une dose de vaccin contre le Covid19 en France (soit 0.0005%). Mise à jour : 30/12 à 20h30. Données : CovidTracker / Ministère de la Santé.

Mise à jour du 31 décembre 2020. On lira de seppi, Vaccinations contre la Covid : le scandale français.

On lira aussi cet entretien dans FigaroVox (en accès libre),

Retard dans la vaccination: «On paye un envahissement de la bureaucratie depuis des années au détriment des soins de terrain!»

Selon le médecin urgentiste Gérald Kierzek, si la France vaccine moins vite que les autres pays qui ont commencé la campagne de vaccination, c’est en partie à cause d’une centralisation excessive et d’un maillage territorial inégal de son système de santé.

Selon M. Alain Fisher, appelé le ‘Monsieur Vaccin’ du gouvernement,

« Les comparaisons sur le nombre de personnes vaccinées au bout de quelques jours n'ont pas de sens», a jugé M. Fischer, récusant l'idée d'une «avancée à petits pas». A moyen terme, «ça se passera en France comme ça se passe dans les autres pays européens», a-t-il assuré.

«Au cours du mois de janvier et début février on devrait arriver à pouvoir vacciner plus de 700.000 personnes au sein des Ehpad et un certain nombre de professionnels de santé qui y travaillent, et ensuite des millions de personnes», a poursuivi M. Fischer.

Le choix de vacciner en priorité les résidents des maisons de retraite «prend plus de temps» car «le vaccin doit aller aux personnes et pas les personnes au vaccin», a-t-il argumenté, évoquant également la complexité de livraison des doses du vaccin Pfizer/BioNTech, qui doit être stocké à -80°C.  

Analyse des microplastiques dans une large gamme de tailles dans des moules commercialisées

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Le blog vous a déjà entretenu du problème des microplastiques dans des aliments et voici un nouvel article paru dans Environmental Pollution, Analyse des microplastiques dans une large gamme de tailles dans des moules commercialisées en combinant les approches de la microspectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) et de la microspectrométrie Raman.

Faits saillants
  • Détection et analyse des microplastiques (MP)s dans des moules achetées au supermarché.
  • Une approche combinée de la micro-IRTF et de la microspectroscopie Raman appliquée pour l'analyse.
  • Une approche de digestion enzymatique adaptée pour le traitement des échantillons de moules.
  • Une large gamme de tailles de 3 à 5 000 μm de Mps a été identifiée dans les moules commerciales.
  • Une approche d'apprentissage par des forêts d'arbres décisionnels a été utilisée pour la caractérisation automatisée des données des MPs.

Résumé

La contamination par des microplastiques (MPs) est présente dans tout le milieu marin, des sédiments à la surface de l'eau et jusqu'aux eaux profondes. Cette présence ubiquitaire de particules de MPs ouvre la possibilité de leur ingestion par presque toutes les espèces de l'écosystème marin.

Des études ont montré que les particules de MPs sont présentes dans les espèces de produits de la mer commerciales et locales, ce qui entraîne une éventuelle ingestion humaine de ces particules. Cependant, en raison du manque de méthodes harmonisées pour identifier les microplastiques (Mps), les résultats des différentes études et emplacements peuvent difficilement être comparés. Par conséquent, cette étude visait à détecter, quantifier et estimer la contamination de MPs dans les moules commercialement importantes provenant de 12 pays différents répartis dans le monde. Toutes les moules provenaient de supermarchés et étaient destinées à la consommation humaine.

L'utilisation d'une approche combinée de la microspectroscopie infrarouge à-transformée de Fourier (IFRT) et de la spectroscopie micro-Raman a permis la détection et la caractérisation de MPs jusqu'à une taille de 3 μm dans les moules étudiées. De plus, une méthode de purification douce des échantillons basée sur des enzymes a été modifiée afin d'optimiser la digestion des matières organiques dans les moules.

Une approche d'apprentissage par les forêts d'arbres décisionnels, qui permet une discrimination rapide entre les différents types de polymères et donc la génération rapide de données sur l'abondance des MPs et les distributions de taille avec une grande précision, a été mise en œuvre dans le pipeline analytique pour les spectres infrarouge. De plus, pour la première fois, nous avons également appliqué une approche des forêts d'arbres décisionnels pour la caractérisation automatisée des spectres Raman des MPs.

Mots clés

Moules, Microplastiques, Micropectroscopie FITR, Microspectroscopie Raman, Digestion enzymatique, Classification par forêts d'arbres décisionnels

L'EFSA a organisé une formation sur la gestion de crise avec une épidémie fictive

Alors l'EFSA n'a toujours réalisé une évaluation des risques liée aux graines de sésame d'Inde contaminées par de l'oxyde d'éthylène, voici que  «L'EFSA a organisé une formation sur la gestion de crise avec une épidémie fictive», source Food Safety News.

L'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a organisé un atelier en ligne sur la préparation aux crises, en se concentrant sur les épidémies de maladies infectieuses d'origine alimentaire à grande échelle et à évolution rapide.

Soixante-trois participants ont assisté à des séances plénières et/ou des activités de groupe de travail pendant deux jours.

Au cours de la première journée, il y a eu un exercice de discussion de deux heures sur la réponse aux incidents dans le cas d'une épidémie des maladies infectieuses d'origine alimentaire à évolution rapide et à grande échelle. Le scénario fictif était basé sur une situation où un nouveau virus pathogène similaire au SRAS-CoV-2 s'est avéré être transmissible dans certains produits alimentaires.

Les membres du réseau de points focaux (FPN ou Focal Point Network) de l’EFSA proviennent de 27 États membres de l’UE, d’Islande et de Norvège, ainsi que d’observateurs de la Suisse et des pays candidats à l’UE.

Instinctif Partners a travaillé avec l'EFSA sur une formation informelle sur les besoins des membres du FPN. Sur la base de 46 réponses, l'enquête a indiqué que 69 pour cent des personnes interrogées n'avaient pas d'expérience de la gestion d'une crise liée à des aliments vivants ou les aliments pour animaux et 58 pour cent n'avaient pas suivi de formation en cas de crise auparavant.

Le premier jour, des responsables de l'EFSA ont parlé des défis liés à la gestion d'un incident de sécurité des aliments dans plusieurs pays et de la manière dont les membres et les observateurs du FPN peuvent aider. Trois études de cas d'Autriche, d'Italie et de Norvège ont été présentées, partageant des expériences de réponse lors d'un véritable incident de denrées alimentaires ou d'aliments pour animaux dans plusieurs pays.

Formation aux épidémies

L'incident fictif d'éclosion décrit le CAVID-20, une maladie causée par un nouveau carinavirus qui est résistant à la chaleur et très persistant dans l'environnement. La transmission d'origine alimentaire se fait principalement via les aliments crus, réfrigérés et congelés, mais le carinavirus peut survivre à un léger chauffage. Ils ont organisé l'exercice pour que le CAVID-20 provoque des symptômes respiratoires, digestifs, cardiovasculaires, rénaux et neurologiques chez les patients. La transmission devait être aérienne et d'origine alimentaire, le virus étant sujet à diverses mutations.

Au départ, les participants ont appris qu'en l'espace d'une semaine, les autorités sanitaires d'un pays du sud de l'Europe avaient détecté 30 cas et deux décès dus à une nouvelle maladie non identifiée. L'agent pathogène et la méthode de transmission n'étaient toujours pas clairs.

Sept jours plus tard, plus de 200 cas et 25 décès avaient été recensés dans trois pays de l'UE et deux pays d'Europe méridionale et centrale. Le mode de transmission n'était toujours pas clair.

Sept jours plus tard, 12 autres pays ont été touchés, y compris en Europe occidentale et septentrionale. Il y a eu des milliers de cas et au moins 650 décès. La transmission par voie aérienne a été confirmée comme voie d'infection et les preuves épidémiologiques indiquent une transmission d'origine alimentaire mais n'ont pas été prouvées. Enfin, 21 jours après le début, il s'est avéré être également d'origine alimentaire.

Dans une enquête, 27 répondants sur 29 ont trouvé utile d'assister à l'exercice de préparation aux crises.

Parmi les sujets qui auraient pu améliorer l'expérience, les participants ont proposé des éclaircissements sur les attentes de l'EFSA concernant le rôle des points focaux dans une situation de crise, davantage d'études de cas de pays qui ont été impliqués dans de véritables épidémies dans plusieurs pays avec la participation de l'EFSA et une présentation plus détaillée du processus de crise au sein de l'UE.

mardi 29 décembre 2020

Vaccination contre le COVID-19 ou comment suivre l'évolution du nombre de personnes vaccinées ici et là

Je vous recommande le site VaccinTracker de Guillaume Rozier dans lequel on peut suivre  l’évolution de la vaccination contre le Covid19 en France, le nombre de personnes vaccinées, les types de vaccins autorisés, les phases de vaccination, etc.

Pourquoi si peu de personnes vaccinées à ce jour, pour l'instant, on me dit que c'est voulu, cela commence lentement, en cause le diesel de la machine administrative et/ou le nombre de doses de vaccin commandées en quantité insuffisante ou bien encore attendre que le vaccin Sanofi soit sur le marché, ou la réticence des Français à se faire vacciner, ou ...

Comme expliqué ci-dessus, le 27 décembre, nous en étions à 20 personnes et le nombre de personnes vaccinées au 29 décembre 2020 (voir ci-dessous) est passé à 70, le détail est le suivant,

  • 45 personnes vaccinées le 27/12 : Gouvernement
  • 10 personnes vaccinées le 28/12 : Europe 1/LCI
  • 15 personnes vaccinées le 29/12 : France3 régions
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Autre site Internet utile, Coronavirus (COVID-19) Vaccinations, où pour l'instant la France n'est pas représentée faute de vaccinés en nombre suffisant, cela est utile pour pays formule 1.

Au classement des pays avec le nombre de doses de vaccin COVID-19 administrées pour 100 personnes au 29 décembre 2020, cinq pays font la course en tête, avec dans l'ordre, Israël, Barheïn, Royaume-Uni, Etats-Unis, Canada. Précision utile, il est exigé 2 doses de vaccin.

La course ne fait que commencer ...

Mise à jour du 30 décembre 2020. 137 est désormais le nombre de personnes ayant reçu au moins une dose de vaccin contre le Covid19 en France (soit 0.00021%), selon VaccinTrackerMise à jour : 30/12 à 07h00.

En Allemagne, au 29 décembre 2020, 18 454 personnes ont été vaccinées, dont 10 000 dans des Ehpad.

Selon un tweet de l'AFP du 30 décembre 2020,

On n'est pas parti pour un 100 mètres mais pour un marathon" et une "montée en puissance", ont expliqué des responsables au ministère de la Santé. Face à un très fort scepticisme dans la population française, nous avons fait le choix de prendre le temps nécessaire.
Mais quel est le rapport entre un très fort scepticisme dans la population française et la faiblesse du nombre de vaccinés à ce jour ? On est toujours en absurdistan !

Mise à jour du 31 décembre 2020. On lira de seppi, Vaccinations contre la Covid : le scandale français.

On lira aussi cet entretien dans FigaroVox (en accès libre), 

Retard dans la vaccination: «On paye un envahissement de la bureaucratie depuis des années au détriment des soins de terrain!»

Selon le médecin urgentiste Gérald Kierzek, si la France vaccine moins vite que les autres pays qui ont commencé la campagne de vaccination, c’est en partie à cause d’une centralisation excessive et d’un maillage territorial inégal de son système de santé.

Selon M. Alain Fisher, appelé le ‘Monsieur Vaccin’ du gouvernement,

« Les comparaisons sur le nombre de personnes vaccinées au bout de quelques jours n'ont pas de sens», a jugé M. Fischer, récusant l'idée d'une «avancée à petits pas». A moyen terme, «ça se passera en France comme ça se passe dans les autres pays européens», a-t-il assuré.

«Au cours du mois de janvier et début février on devrait arriver à pouvoir vacciner plus de 700.000 personnes au sein des Ehpad et un certain nombre de professionnels de santé qui y travaillent, et ensuite des millions de personnes», a poursuivi M. Fischer.

Le choix de vacciner en priorité les résidents des maisons de retraite «prend plus de temps» car «le vaccin doit aller aux personnes et pas les personnes au vaccin», a-t-il argumenté, évoquant également la complexité de livraison des doses du vaccin Pfizer/BioNTech, qui doit être stocké à -80°C. 

Attention au Dragon Breath, selon une communication du BfR

Le 19 octobre 2020, le blog vous proposait « Pourquoi il faut craindre les cocktails à l'azote liquide? ».

Voici qu'il semble exister une «Tendance alimentaire, le «Dragon Breath»: Cool Snack- “Burnt” Mouth», source communication n°055/2020 du BfR du 25 novembre 2020.

En raison de sa basse température de -196°C, l'azote liquide est un liquide de refroidissement populaire dans de nombreuses industries - et, entre autres, il est également  utilisé à cette fin dans la production et la transformation alimentaire industrielle. Son utilisation pour la production d'une tendance alimentaire «dragon breath» a récemment mis en lumière. Les aliments sont congelés avec de l'azote liquide dans des kiosques, par exemple, et remis en vrac aux consommateurs. Cela devrait donner à votre propre souffle l'apparence du «souffle du dragon» éponyme lors de la consommation - un effet spectaculaire qui peut être attribué à la basse température de l'azote liquide.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) souligne qu'en raison de l'extrême froid, des risques pour la santé sont possibles lors de la consommation de ces produits «Dragon Breath». En plus de blessures à la langue ou à la muqueuse buccale - également connues sous le nom de brûlure liée au congélateur ou brûlure par le froid - des dommages aux dents peuvent survenir.

Selon Wikipédia (anglais), Dragon's Breath est un dessert glacé à base de céréales trempées dans de l'azote liquide. Placé dans la bouche du mangeur, il produit des vapeurs qui sortent du nez et de la bouche, donnant ainsi son nom au dessert.

Ce sera sans aucun doute une nouvelle recommandation pour Noël et le Nouvel An à ajouter à la liste qu'établit régulièrement l'Anses en cette période de l'année …

La FDA conseille aux consommateurs d'éviter de manger, de boire ou de manipuler des produits alimentaires préparés avec de l'azote liquide au point de vente.

NB : En Français, le terme 'souffle du dragon' serait une drogue ...

lundi 28 décembre 2020

Tous les paramètres affectent l'efficacité de la désinfection des surfaces environnementales mais leur importance relative dépend de la cible microbienne, selon une étude

Voici une étude parue dans Applied and Environmental Microbiology qui indique que «Tous les paramètres affectent l'efficacité de la désinfection des surfaces environnementales mais leur importance relative dépend de la cible microbienne». L'article est disponible intégralement.

Résumé

La désinfection de l'environnement dans les usines de fabrication d'aliments favorise la sécurité des aliments et la qualité microbienne des produits. Cependant, le développement de modèles expérimentaux reste un défi en raison de la nature complexe des processus de nettoyage commerciaux, qui comprennent la pulvérisation d'eau et de désinfectant sur un équipement et les surfaces structurelles dans l'espace de fabrication.

Bien que simples à exécuter, les forces motrices physiques sont difficiles à simuler dans un environnement de laboratoire contrôlé. Ici, nous présentons un système de bioréacteur à l'échelle de laboratoire qui imite les conditions d'écoulement dans les programmes d'assainissement (ou de désinfection) de l'environnement. Nous avons appliqué des simulations de la mécanique des fluides numérique (MFN) ou en anaglais computational fluid dynamics (CFD) afin d'obtenir des paramètres d'écoulement des fluides qui se rapprochent et prédisent mieux les résultats industriels.

Selon le modèle de la MFN, la contrainte de cisaillement de paroi locale obtenue sur la surface cible variait de 0,015 à 5,00 Pa.

L'efficacité de la désinfection sur six types de matériaux de surface environnementaux (une hydrophobicité allant de 57,59 à 88,61°; une rugosité allant de 2,2 à 11,9 μm) contre deux cibles microbiennes différentes, les pathogènes Listeria monocytogenes et les moisissures d'altération des espèces Exophiala, ont été évaluées à l'aide du système de bioréacteur à l'échelle du laboratoire.

La réduction relative variait de 0,0 à 0,82 pour Exophiala spp., ce qui correspondait à une réduction de 0,0 à 2,21 log UFC/coupon, et la réduction relative variait de 0,0 à 0,93 pour L. monocytogenes, ce qui correspondait à 0,0 à 6,19 log UFC/coupon. Bien que la plupart des paramètres de traitement aient été considérés comme statistiquement significatifs contre L. monocytogenes ou Exophiala spp., le temps de contact a été classé comme le prédicteur le plus important de la réduction de L. monocytogenes. La contrainte de cisaillement a le plus contribué à l'enlèvement de Exophiala spp. sur l'acier inoxydable et le caoutchouc Buna-N, tandis que le temps de contact était le facteur le plus important sur le PEHD (polyéthylène haute densité), le ciment et l'époxy.

Importance

Les fabricants de produits alimentaires commerciaux utilisent généralement un programme unique de désinfection qui s'attaque à la fois au microbiote bactérien pathogène et au microbiote fongique, malgré le fait que les deux cibles microbiennes répondent différemment aux diverses conditions d'hygiène environnementale.

La comparaison des groupes de combinaisons de traitements basés sur les résultats peut faciliter le développement de régimes de désinfection compensatoire dans lesquels un temps de contact plus long ou une force plus grande sont appliquées afin que des concentrations de plus faibles puissent être utilisées. La détermination des résultats microbiologiques liés à l'efficacité du programme de nettoyage-désinfection par rapport à un panel de conditions de traitement permet aux transformateurs d'aliments d'équilibrer les compromis entre la qualité et la sécurité sanitaire avec la gestion des coûts et des flux de déchets, selon le cas pour leur installation.

Dans les conclusions, les auteurs indiquent,

Notre évaluation de l'impact des traitements de désinfection d'une surface sur à la fois L. monocytogenes et un groupe fonctionnel d'altération fongique, la levure noire, a fourni des informations sur l'efficacité de la désinfection à travers les différents types microbiens.

Cependant, l'utilisation de trois espèces (trois isolats de L. monocytogenes, E. phaeomuriformis et E. dermatitidis) ne fournit que des informations de niveau élevé au regard de la différence entre les cibles fongiques et bactériennes, laissant de nombreuses comparaisons restantes entre d'autres espèces bactériennes et fongiques individuelles. À ce niveau élevé, une différence notable entre les pathogènes bactériens d'origine alimentaire et les microbes d'altération fongique est la variation de la taille des cellules typiques qui peut représenter une différence importante dans le classement de la contribution relative des caractéristiques du programme de désinfection entre les deux groupes. Cette étude a également intégré l'impact de la contrainte de cisaillement dans a désinfection de l'environnement, ainsi que les interactions entre le matériau de surface et la cible microbienne dans un modèle à l'échelle d'un banc d'essai. Les résultats ont indiqué que les paramètres de désinfection avaient un impact différent sur la survie de L. monocytogenes et de Exophiala sur les surfaces en contact avec les aliments. Par exemple, la différence de taille entre les cellules fongiques et bactériennes va permettre l'effet de la contrainte de cisaillement et de la rugosité de la surface du matériau. L'augmentation de la production d'EPS (polysaccharide extra celluelaire) par Exophiala spp. peut avoir contribué au rôle accru de la température dans l'amélioration de l'élimination de la levure noire par rapport au contrôle de L. monocytogenes. Et, par comparaison, l'inactivation chimique plutôt que l'élimination mécanique semblait être une caractéristique principale du contrôle de L. monocytogenes. Nos données montrent que de nombreux attributs (c'est-à-dire la concentration et le temps de contact cou le temps de force de cisaillement-temps de contact) dans la désinfection sont compensatoires, ce qui suggère que certaines caractéristiques d'un cycle de désinfection peuvent être abaissées si d'autres sont augmentées de manière concomitante. Même si tous les paramètres de la désinfection ont un impact sur l'efficacité des activités de désinfection, l'évaluation de l'importance relative des paramètres individuels de désinfection permettra aux transformateurs d'aliments d'équilibrer le compromis entre la qualité et la sécurité sanitaire avec le coût de mise en œuvre et la gestion des déchets, selon le cas de leur installation. Le système de laboratoire décrit dans cette étude fournit une base pour relier les données expérimentales et les applications commerciales. L'application de la MFN dans un système de bioréacteur à l'échelle de laboratoire peut encore améliorer l'évaluation quantitative des programmes de désinfection complexes dans l'environnement de fabrication des aliments et réduire le fardeau des pistes de validation des usines pilotes en fournissant un modèle in vitro pour la désinfection de l'environnement.

A propos de souches mutantes de Escherichia coli et de Staphylococcus aureus obtenues par sélection en laboratoire pour survivre sur des surfaces solides en cuivre

Mais voici ce qu'on peut lire, selon les éditeurs de la revue Applied and Environmental Microbioloy, « Des souches mutantes qui survivent sur des surfaces en cuivre ».

Les microbes sont rapidement tués sur les surfaces en cuivre par contact. À l'aide d'une évolution artificielle en laboratoire, Bleichert et ses collègues ont isolé des mutants de Escherichia coli et de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM) qui ont survécu à la destruction par contact sur des surfaces de cuivre. Les mutants partageaient des caractéristiques avec des membres de sous-populations bactériennes entrant dans l'état de persistance précoce, mais leur phénotype stable n'était pas limité à une petite sous-population.

En conséquence, des procédures opérationnelles standardisées avec des mesures d'hygiène strictes sont extrêmement importantes pour prévenir l'émergence de souches bactériennes persistantes et tolérantes à la surface du cuivre si des surfaces solides en cuivre doivent être utilisées pour limiter la propagation de bactéries pathogènes.

L'article paru dans Applied and Environmental Microbiology, a pour titre, Souches mutantes de Escherichia coli et de Staphylococcus aureus sistants à la méthicilline obtenues par sélection en laboratoire pour survivre sur des surfaces solides en cuivre.

Résumé

L'évolution artificielle en laboratoire a été utilisée pour produire des souches mutantes de Escherichia coli et de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) capables de survivre sur des surfaces antimicrobiennes en cuivre. Ces mutants étaient 12 et 60 fois moins sensibles au processus de destruction par contact lié au cuivre que leurs souches parentales respectives. Les niveaux de croissance du mutant et de son parent dans un milieu de croissance complexe étaient similaires. La tolérance aux ions cuivre des mutants est restée inchangée. Le phénotype mutant est resté stable sur environ 250 générations dans des conditions non stressantes. Les mutants et leurs souches parentales respectives ont accumulé du cuivre libéré des surfaces métalliques à des degrés similaires. Néanmoins, seules les souches parentales ont succombé au stress du cuivre lorsqu'elles ont été mises en cause sur des surfaces en cuivre, subissant une destruction complète de la structure cellulaire.

Le séquençage du génome entier et l'analyse du transcriptome global ont été utilisés pour déchiffrer les altérations génétiques des souches mutantes; cependant, ces résultats n'ont pas expliqué les phénotypes de tolérance au cuivre au niveau systémique.

Au lieu de cela, les mutants partageaient des caractéristiques avec celles des sous-populations bactériennes stressées entrant dans l'état de persistance précoce ou «superficiel». Contrairement à l'état de persistance canonique, cependant, la capacité à survivre sur des surfaces en cuivre a été adoptée par la majorité de la population de souches mutantes. Cela a indiqué que l'application de surfaces solides en cuivre dans les hôpitaux et ailleurs doit être accompagnée de schémas de nettoyage stricts pour maintenir les surfaces en cuivre actives et prévenir l'évolution de souches mutantes tolérantes.

Importance

Les microbes sont rapidement détruits sur des surfaces solides en cuivre par contact. Les surfaces en cuivre ont donc un rôle important à jouer dans la prévention de la propagation des infections nosocomiales. Les bactéries s'adaptent à des environnements naturels et cliniques difficiles grâce à des processus évolutifs, par exemple par l'acquisition de mutations spontanées bénéfiques. Nous souhaitons aborder la question de savoir si des mutants peuvent être sélectionnés qui ont évolué pour survivre à la destruction par contact sur des surfaces solides en cuivre.

Nous avons isolé ces mutants de Escherichia coli et de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM) par évolution artificielle en laboratoire. La capacité de survivre sur des surfaces solides en cuivre était un phénotype stable de la population mutante et non limitée à une petite sous-population. En conséquence, des procédures opérationnelles standardisées assorties de mesures d'hygiène strictes sont extrêmement importantes pour prévenir l'émergence et la propagation de souches bactériennes de type persistantes et tolérantes à la surface en cuivre, si les surfaces en cuivre doivent être utilisées de manière durable pour limiter la propagation de bactéries pathogènes, par exemple pour freiner les infections nosocomiales.

Mise à jour du 14 janvier 2021. On lira le communiqué de Martin-Luther-Universität Halle-WittenbergEvolution in a test tube: these bacteria survive on deadly copper surfaces.

Inhibition de la croissance de Listeria monocytogenes par un agent de lutte biologique sur des melons cantaloups

Une étude récente parue dans Applied and Environmental Microbiology montre comment Bacillus amyloliquefaciens ALB65 inhibe la croissance de Listeria monocytogenes sur des melons cantaloups

Résumé

Listeria monocytogenes est un pathogène d'origine alimentaire qui entraîne des taux élevés d'hospitalisation et de mortalité chez les personnes infectées. La contamination des produits réfrigérés prêts à consommer par ce pathogène est particulièrement préoccupante en raison de la capacité de cette bactérie à se développer sur des produits à des températures de réfrigération.

Dans cette étude, nous avons créé une bibliothèque de plus de 8 000 bactéries associées à la phyllosphère végétale et les avons ciblées pour leur capacité à inhiber la croissance de L. monocytogenes dans un essai basé sur la fluorescence in vitro.

Un isolat, identifié plus tard comme Bacillus amyloliquefaciens ALB65, a pu inhiber la fluorescence de L. monocytogenes de plus de 30 fois in vitro. B. amyloliquefaciens ALB65 était également capable de croître, de persister et de réduire la croissance de L. monocytogenes de >1,5 log UFC sur des écorces de melon cantaloup inoculées avec 5 × 103 UFC à 30°C eta été capable d'inhiber complètement sa croissance à des températures inférieures 8°C.

L'analyse de la séquence ADN du génome de B. amyloliquefaciens ALB65 a révélé six groupes de gènes qui devraient coder des gènes pour la production d'antibiotiques; cependant, aucun facteur de virulence végétal ou humain n'a été identifié. Ces données suggèrent que B. amyloliquefaciens ALB65 est un agent de lutte biologique efficace et sûr pour la réduction de la croissance de L. monocytogenes sur des melons cantaloups intacts et éventuellement d'autres types de produits.

Importance

Listeria monocytogenes est estimée par les Centers for Disease Control and Prevention et la Food and Drug Administration des États-Unis de causer des maladies chez environ 1 600 à 2 500 personnes aux États-Unis chaque année. La plus grande éclosion connue de listériose aux États-Unis a été associée à des melons cantaloups intacts en 2011, entraînant 147 hospitalisations et 33 décès.

Dans cette étude, nous avons démontré que Bacillus amyloliquefaciens ALB65 est un agent de lutte biologique efficace pour la réduction de la croissance de L. monocytogenes sur des melons cantaloup intacts dans des conditions pré- et après la récolte. De plus, nous avons démontré que B. amyloliquefaciens ALB65 peut complètement inhiber la croissance de L. monocytogenes pendant l'entreposage frigorifique (<8°C).

Une étude met en évidence la capacité de Clostridium difficile à infecter les personnes

«Une étude met en évidence la capacité de Clostridium difficile à infecter les personnes», source ASM News du 22 décembre 2020.

Une nouvelle étude identifie un système clé de C. difficile qui régule la virulence du pathogène

Une nouvelle étude a montré que 2 gènes de Clostridium difficile, AgrB1 et AgrD1, sont impliqués dans de multiples fonctions, y compris la capacité de l'organisme à former des spores, à se déplacer et à produire des toxines. L'étude, publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, fournit des indices sur la façon dont les chercheurs pourraient manipuler C. difficile et sa capacité à infecter les personnes.

«D'un point de vue bactériologique très basique, c'est en quelque sorte une découverte nouvelle que ce système est impliqué dans tant d'événements différents à la fois», a dit Jimmy Ballard, professeur et président du Département de microbiologie et d'immunologie de l'Université de l'Oklahoma Health Sciences Center, Oklahoma City, et chercheur principal de l'étude. «Agr peut être ciblé avec des médicaments et d'autres méthodes pour inhiber son activité et empêcher l'organisme de fabriquer des toxines ou de sporuler, nous pensons donc que c'est une bonne cible pour le développement de thérapies.»

C. difficile est une bactérie anaérobie toxinogène sporulante qui produit des toxines dans le tractus intestinal et provoque une diarrhée intestinale associée aux anticorps, qui peut être grave. Il fait également partie d'un groupe de bactéries qui forme des spores résistantes à l'environnement qui peuvent survivre longtemps à l'extérieur de l'hôte, ce qui est l'une des façons dont cet organisme est acquis à l'hôpital.

En utilisant le système d'édition de gènes CRISPR, les chercheurs ont effectué plusieurs expériences en supprimant AgrB1 et AgrD1. «Nous avons posé des questions fondamentales sur la façon dont le système Agr fonctionne, comment il influence la sporulation, la motilité et la capacité de l'organisme à produire des toxines», a dit le Dr Ballard.

Les chercheurs ont découvert que la suppression de AgrB1, AgrD1 ou du locus entier entraînait des changements dans la transcription des facteurs liés à la sporulation et une perte globale de la formation des spores. «Nous avons constaté que dans certains cas, les deux gènes sont nécessaires à la sporulation», a dit le Dr Ballard. La motilité de C. difficile était réduite uniquement lorsque AgrB1 et AgrD1 étaient perturbés. Alors que la suppression de AgrB1 l'a amené à créer plus de toxines, la suppression combinée de AgrB1/AgrD1 ou la suppression de seulement AgrD1 n'a pas d'effet significatif sur l'expression de la toxine. «Cette découverte suggère que le chemin peut se connecter avec d'autres choses qui sont nécessaires pour réguler la production de toxines. Il y a des choses que nous ne comprenons pas à propos de l’ensemble du système», a dit le Dr Ballard.

Le Dr Ballard a dit que la compréhension de la manière dont C. difficile détecte les conditions de croissance pour réguler l'expression des toxines et la sporulation est essentielle pour faire progresser la compréhension de ce pathogène. «La principale conclusion de cet article est l'identification du système Agr comme un régulateur majeur de multiples événements importants pour la virulence de ce pathogène», a dit le Dr Ballard. Si des chercheurs peuvent trouver un moyen de manipuler le système Agr pour modifier la formulation des spores, ils pourraient potentiellement avoir un impact sur la capacité de la bactérie à infecter les personnes et à arrêter la transmission de C. difficile dans les hôpitaux.

2020: des histoires de bière mortelle, de graines et la Public Health of England remplacée, selon Food Safety News

Cet article est une opinion de Joe Whitworth de Food Safety News, et comme l'on dit, cela n'engage que lui, voici quelque évènements qu'il considère comme marquants de 2020.

«2020: histoires de bière mortelle, de graines et la Public Health of England remplacée», source article de Joe Whitworth paru le 28 décembre 2020 dans Food Safety News. Article complété par mes soins avec de petits ajouts et des liens Internet -aa.

Cette année a été dominée par la pandémie mondiale du coronavirus, mais elle a également réservé de nombreuses autres surprises telles que de la bière contaminée au Brésil, des résidus de pesticides dans les graines de sésame d'Inde et l'approbation de la viande cellulaire ou artificielle à Singapour.

Comme vous pouvez l’imaginer, essayer de condenser 52 semaines d’articles en 10 faits saillants signifie que beaucoup de choses ne font pas la différence. Certains d'entre eux incluent une épidémie de botulisme au Vietnam due à du pâté, une intoxication alimentaire à Hong Kong à partir de sandwichs, le sondage sur les risques mondiaux du Lloyd Register Foundation, les résultats de l'épidémie d'aide alimentaire en Ouganda de 2019 et une épidémie d'encéphalite à tiques liée au cru fromage de chèvre au lait cru en France. Voici ce qui a fait la liste:

1) Contamination de la bière brésilienne

Cervejaria Backer a été au centre de la contamination de la bière au Brésil. Dix personnes sont décédées et 42 cas suspects présentaient des symptômes tels que la cécité et la paralysie faciale. Les gens ont été empoisonnés par du diéthylène glycol en buvant de la bière de la brasserie. L'entreprise a insisté sur le fait qu'elle n'utilisait pas cette substance mais utilisait du monoéthylène glycol.

Une enquête policière a révélé qu'il s'agissait d'un accident causé par un défaut de fabrication dans un réservoir installé en septembre 2019 mais le ministère de l'Agriculture, de l'Élevage et de l'Approvisionnement a suggéré qu'une contamination s'était produite depuis janvier 2019. Tous les aspects juridiques de l'incident n'ont pas encore été arrêts. C'est donc une question à surveiller en 2021.

2) Envoi suspect de semences de Chine

Des personnes du monde entier ont reçu des sachets de semences qui semblaient provenir principalement de Chine.

Bien que tout se soit calmé depuis septembre, les sachets de graines étaient un mélange d'espèces ornementales, de fruits et légumes, d'herbes et de mauvaises herbes.

Des rapports ont été reçus des États-Unis, Canada, Inde, Israël, Pologne, Japon, Irlande, Allemagne, Australie, Royaume-Uni et France tout au long de l'année.

On pensait que c'était du «brushing scam» sur Internet, où les vendeurs envoient des articles non sollicités à des consommateurs sans méfiance et publient de fausses critiques pour stimuler les ventes.

3) Oxyde d'éthylène dans les graines de sésame d'Inde

Les rappels de produits en Europe continuent de découler de cet incident et ont atteint des centaines, voire des milliers de produits.

En France, au 24 décembre, il y avait 2 684 références de produits et de lots. -aa.

L'UE a renforcé les contrôles sur les graines de sésame en provenance d'Inde. L'oxyde d'éthylène a été utilisé pour stopper la croissance de Salmonella pendant le stockage de certaines graines en Inde. C'est une substance considérée comme génotoxique et cancérigène. Des tests ont trouvé des résidus à des niveaux dépassant plus de 1 000 fois la limite maximale de 0,05 milligramme par kilogramme fixée par règlement. La Belgique a été le premier pays à lancer l'alerte (le 9 septembre-aa). Au moins une expédition de 250 tonnes de semences et cinq producteurs indiens ont été impliqués.

4) Deuxième journée mondiale de la sécurité alimentaire

La deuxième Journée mondiale de la sécurité alimentaire en juin a été réalisée en ligne en raison de la pandémie, mais comprenait 100 activités, événements et campagnes organisés dans plus de 60 pays. L'événement annuel est soutenu par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO).

Des experts de la région Asie-Pacifique ont organisé un webinaire, le Centre panaméricain de la fièvre aphteuse et de la santé publique vétérinaire et l'Agence de santé publique des Caraïbes ont partagé leurs points de vue tandis qu'une session en direct sur Facebook a été organisée par l'OMS et la FAO. Le directeur régional de l’OMS pour l’Afrique et le Bureau régional pour l’Europe ont offert différentes opinions géographiques et l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a organisé une séance de questions-réponses sur Twitter.

En juin également, la sécurité sanitaire des aliments était le thème de la Journée mondiale de l'accréditation, organisée par l'International Laboratory Accreditation Cooperation (ILAC) et l'International Accreditation Forum (IAF).

Cette journée a été snobée par la France.-aa

5) Action de l'UE pour Covid-19

Si jamais vous avez besoin de preuves que des personnes profiteront d'une crise, ne cherchez pas plus loin que la dernière action coordonnée en Europe.

Le nombre de publicités en ligne retrouvées contenant des aliments prétendant prévenir ou guérir le coronavirus en Europe a dépassé les 600 depuis le début de l'opération en avril. L'Italie en a déclaré le plus suivie par l'Allemagne. Cela va continuer jusqu'au printemps 2021, il reste donc à savoir combien d'autres produits seront enregistrés. Les aliments diététiques, les suppléments et les aliments enrichis constituent la principale catégorie de produits. Jusqu'à présent, les preuves ne soutiennent pas les allégations selon lesquelles un aliment ou un complément alimentaire protège contre le COVID-19.

6) Tiger Brands a vendu Enterprise Foods

Il n'y a pas eu beaucoup de progrès publics dans le domaine des recours collectifs depuis l'épidémie à Listeria de 2017 et 2018 en Afrique du Sud. Mais cette année, Tiger Brands a vendu sa division de viandes transformées, qui comprend Enterprise Foods, l'unité qui a produit le produit de viande en cause.

Silver Blade Abattoir, une filiale de Country Bird Holdings, a acquis les activités de transformation de viande à Germiston, Polokwane et Pretoria. Il semble que la marque Enterprise restera, mais le nom de l'unité commerciale Enterprise Foods changera. L'opération n'a pas d'incidence sur le recours collectif.

L'épidémie a fait 1 065 patients confirmés et 218 décès et a été attribuée à un produit de viande transformée prêt à consommer appelé polony fabriqué par Enterprise Foods à Polokwane.

7) Public Health England supprimé

L'une des retombées de la pandémie a été que Public Health England (PHE) a été remplacée en août. Certains ont critiqué l'agence lors de l'épidémie de COVID-19 et d'autres ont déclaré qu'elle était utilisée comme bouc émissaire par le gouvernement. De mon point de vue, en essayant d'obtenir des informations sur le côté alimentaire, les personnes de la PHE sont parmi les meilleures au monde, mais il pourrait certainement y avoir plus de communication et de transparence.

L'agence est responsable de la santé publique en Angleterre, mais on ne sait pas où les activités liées aux aliments et aux agents pathogènes iront dans la nouvelle configuration. Mais, bienvenue au National Institute for Health Protection (NIHP). La transition sera terminée au printemps 2021.

8) Épidémies de Salmonella au Royaume-Uni

Salmonella a dominé les épidémies dont nous avons eu connaissance au Royaume-Uni en 2020. Plus de 100cas d'infection à Salmonella Typhimurium au Royaume-Uni ont été liés à des noix du Brésil de Bolivie, tandis que la France, le Luxembourg, les Pays-Bas et le Canada ont également enregistré une poignée de cas.

Plusieurs épidémies à Salmonella en France ont fait près de 90 cas en 2020. Pas d'information en France sur les cas salmonellose liés aux noix du Brésil de Bolivie.-aa.

Les infections à Salmonella Enteritidis liées à des produits de volaille surgelés ont conduit environ 400 personnes à être malades au Royaume-Uni, des patients en Irlande et l'épidémie fait également l'objet d'une enquête de l'EFSA et de l'ECDC. Nous devrions en savoir plus à ce sujet fin janvier.

Enfin, environ 40 cas à Salmonella Enteritidis ont été liés à des œufs avec la marque Brtish Lion Ce code de pratique a amélioré la situation des œufs pondus par des poules vaccinées, mais ces cas de maladie montrent que cela peut encore se produire.

9) La FSA met à jour les données des maladies d'origine alimentaire

La Food Standards Agency a beaucoup travaillé sur les maladies d'origine alimentaire en 2020, notamment en publiant des chiffres actualisés. La FSA estime qu'il y a environ 2,4 millions de cas de maladies d'origine alimentaire chaque année au Royaume-Uni. C'est une augmentation par rapport à une estimation de 2009 d'un million. L'augmentation a été attribuée à de meilleures estimations plutôt qu'à un plus grand nombre de personnes tombant malades.

Dans d'autres travaux, l'agence a déclaré qu'il n'était pas possible de comparer avec précision les taux de maladie entre les pays. Les estimations du coût de la maladie ont révélé que le fardeau total des maladies d'origine alimentaire était d'environ 9 milliards de livres sterling (12,32 milliards d'euros) en 2018 au Royaume-Uni.

10) Singapour approuve la viande de laboratoire

Singapour est devenu le premier pays à approuver les ventes de viande cellulaire ou artificielle. L'honneur est allé à la société américaine Eat Just. La viande à base de cellules est un tissu de viande produit sans l'abattage d'animaux. La Singapore Food Agency (SFA) a autorisé la société à vendre son poulet de laboratoire dans le pays et elle a déjà fait ses débuts dans un restaurant. Désormais, l'attention se tourne vers quel pays sera le prochain et cela entraînera-t-il une flot continu ou un filet d'homologations pour cette catégorie de produits en provenance d'autres pays?