L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier pour les foyers de maladies d'origine alimentaire

Un vent de communication souffle sur l’EFSA, cela nous change avec ce qui se passe en France …

« Questions-réponses : L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier (WGS) pour les foyers de maladies d'origine alimentaire », par Bailee Henderson dans Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut savoir

• Le règlement (UE) 2025/179, entré en vigueur le 23 août, impose aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur cinq agents pathogènes clés lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire.

• Un partage plus rapide et plus complet des données WGS via le système conjoint EFSA-ECDC « One Health WGS » peut révéler des liens transfrontaliers entre foyers épidémiques et faciliter des interventions rapides.

• Les entreprises alimentaire doivent coopérer avec les autorités compétentes en fournissant, sur demande, les isolats de pathogènes et les données WGS lors des investigations sur les foyers épidémiques.

• Le Dr Frank Verdonck, chef de l'unité des dangers biologiques (BIOHAZ) de l'EFSA, explique l'importance du règlement (UE) 2025/179, ses modalités d'application concrètes et la manière dont les acteurs du système alimentaire doivent s'y préparer.

• La conférence de l'EFSA intitulée Science Meets Polic (La science rencontre la réglementation), qui se tiendra les 2 et 3 septembre à Rome, abordera les défis de mise en œuvre, les préoccupations et idées reçues du secteur, la collaboration public-privé ainsi que l'utilisation des données WGS dans le cadre du nouveau règlement.

Le 23 août 2026, le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur, imposant aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur les isolats de cinq pathogènes importants lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire. Les résultats du WGS seront transmis au système conjoint « One Health WGS » de l'EFSA et de l’ECDC, permettant ainsi à l'EFSA de comparer les données WGS issues d'isolats alimentaires et d'isolats cliniques humains. Ce nouveau règlement vise à faciliter les investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire et à permettre une détection rapide des sources et des causes de ces foyers.

Frank Verdonck, chef de l'unité « Dangers biologiques et santé et bien-être des animaux » (BIOHAZ) de l'EFSA, s'est entretenu avec Food Safety Magazine au sujet des exigences du nouveau règlement, des informations clés pour le secteur, des idées reçues, des progrès en matière de partage des données, des défis de la mise en œuvre et de la troisième conférence « Science Meets Policy ». Cette conférence se tiendra les 2 et 3 septembre 2026 à Rome (Italie) avec le thème : « De la réglementation à la pratique : transformer le séquençage du génome entier (WGS) en actions concrètes pour l'investigation des foyers de maladies d'origine alimentaire ».

Le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur le 23 août. Quel problème ce règlement visait-il à résoudre et quels changements fondamentaux apportera-t-il à la manière dont les données de séquençage du génome entier (WGS) sont générées, partagées et utilisées lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE ?

Les foyers de maladies d'origine alimentaire impliquent de plus en plus de cas qui, au départ, semblent sporadiques et sans lien entre eux, et concernent souvent des produits distribués dans plusieurs pays. Dans ces situations, pour déterminer si des cas signalés dans des lieux différents proviennent de la même source, il est nécessaire de comparer en détail les pathogènes isolés à partir d'aliments, d'animaux, d'environnements de production et de personnes infectées. Le WGS offre ce niveau de résolution en générant l'empreinte génétique d'un micro-organisme, ce qui permet aux scientifiques de déterminer si les isolats sont étroitement apparentés et pourraient appartenir au même foyer épidémique.

Le règlement (UE) 2025/179 comble trois lacunes pratiques dans l'utilisation du WGS lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE :

1. Premièrement, concernant la génération de données : le WGS est déjà utilisé dans de nombreux pays, mais sa mise en œuvre reste inégale au sein de l'UE en raison de disparités en matière de capacités, de coûts, d'expertise et d'infrastructures. En imposant la fourniture de données WGS pour les isolats pertinents liés à des foyers épidémiques, le règlement agit comme un levier important pour accélérer la mise en œuvre au niveau national et favoriser une utilisation plus harmonisée du WGS dans les investigations.

2. Deuxièmement, concernant le partage des données : le règlement établit un cadre juridique plus clair précisant quelles informations doivent être partagées au niveau de l'UE et à quel moment. Cela aide les autorités compétentes à prendre des décisions plus cohérentes en matière de partage de données, en clarifiant les raisons pour lesquelles certaines données sont essentielles à l'évaluation des foyers épidémiques à l'échelle de l'Union. Le champ d’application reste limité aux données relatives aux foyers épidémiques, mais il constitue un point de départ important pour un partage de données plus large et plus systématique à l’avenir.

3. Troisièmement, concernant l’utilisation des données : les données de séquençage du génome entier (WGS) doivent toujours être interprétées conjointement avec des informations épidémiologiques et des données relatives à la chaîne alimentaire. Le règlement devrait améliorer l’exhaustivité et la rapidité de disponibilité des données au niveau de l’UE, favorisant ainsi des comparaisons plus robustes à l’échelle européenne et améliorant la détection et l’investigation des foyers épidémiques transfrontaliers.

Le règlement impose aux autorités compétentes de collecter des isolats de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni et Campylobacter coli lorsqu’ils sont associés ou suspectés de l’être à un foyer épidémique, et de transmettre les résultats du séquençage du génome entier « sans retard injustifié ».

Concrètement, à quoi correspondent une collecte et un partage de données effectués dans des délais appropriés, et comment cela peut-il aider les investigateurs ?

Les avantages du séquençage du génome entier ne se concrétisent que lorsque les données génomiques sont rendues disponibles pour le partage, permettant ainsi des comparaisons entre différents secteurs et au-delà des frontières. En pratique, l’expression « sans retard injustifié » signifie que les autorités compétentes doivent collecter les isolats pertinents, générer des données de séquençage du génome entier (WGS) et partager les résultats dès qu'ils sont disponibles, suffisamment rapidement pour appuyer les investigations pendant le déroulement d'une épidémie. L'objectif est d'éviter que les données soient générées et utilisées au niveau national, mais partagées au niveau de l'UE beaucoup plus tard, lorsque leur utilité pour détecter des liens plus larges est réduite.

Un partage de données plus rapide et plus complet peut contribuer à révéler des liens qui pourraient autrement passer inaperçus, aidant ainsi à identifier des liens transfrontaliers que les pays individuels ne peuvent pas détecter individuellement.

Il n'existe pas de délai fixe unique, car celui-ci dépend de l'investigation et de la disponibilité des isolats et des résultats de séquençage.

Le système One Health WGS de l'EFSA et de l'ECDC permet de comparer les isolats provenant d'aliments, d'aliments pour animaux, d'animaux et de l'environnement avec les isolats provenant de cas humains. Comment la mise en commun de ces différents flux d'informations génomiques peut-elle améliorer les investigations multinationales sur les épidémies ?

>Le principal avantage du partage de données génomiques au niveau de l'UE est qu'il offre une vision plus large que celle qu'un seul pays peut avoir individuellement. Ceci est particulièrement pertinent dans un marché ouvert, où des produits contaminés peuvent être fabriqués dans un pays, distribués dans d'autres et provoquer des cas transfrontaliers.

En centralisant ces différentes sources d'information, le système One Health WGS permet aux investigateurs de comparer les empreintes génétiques des pathogènes provenant de sources multiples dans un cadre commun. Cela peut contribuer à identifier des liens qui pourraient ne pas apparaître lorsque les données sont analysées séparément au niveau national ou sectoriel, facilitant ainsi la détection précoce des signaux dans les populations humaines et la chaîne alimentaire avant qu'ils ne se transforment en épidémies de plus grande ampleur.

Le WGS peut établir que les isolats sont génétiquement apparentés, mais les informations épidémiologiques et de traçabilité restent nécessaires pour comprendre la signification de cette relation. Comment intégrer les données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité pour passer de la détection d'un foyer à l'identification de sa source et à la mise en œuvre de mesures ?

Au niveau des États membres, les autorités compétentes sont responsables au premier chef des investigations et du contrôle des épidémies, conformément à la directive européenne sur les zoonoses. Microbiologistes, épidémiologistes, experts de la chaîne alimentaire, évaluateurs et gestionnaires des risques apportent tous des éléments de preuve différents, nécessaires à la compréhension de l'événement et à la décision des mesures appropriées. Lorsqu'une épidémie peut être multinationale, le rôle de l'EFSA, de l'ECDC et de la Commission européenne devient essentiel. Leur collaboration permet de rassembler les informations des secteurs alimentaire et de la santé publique, de coordonner les États membres concernés et de favoriser une compréhension commune rapide de l'épidémie et des mesures de gestion des risques nécessaires.

Des articles précédents dans Food Safety Magazine rédigés par des auteurs de l'EFSA ont mis en lumière les différences entre les plateformes de séquençage, les chaînes de traitement bioinformatiques, les infrastructures et les capacités nationales, autant d'obstacles à la mise en œuvre du WGS et à l'harmonisation des données. Quels progrès ont été réalisés et quels défis pratiques ou d'interopérabilité subsistent ?

Des progrès significatifs ont été accomplis ces dernières années dans la mise en place des fondements techniques et organisationnels nécessaires à une utilisation plus large du WGS dans les investigations sur les foyers d'origine alimentaire. De nombreux États membres ont renforcé leurs capacités de séquençage et appliquent le WGS de manière systématique. La collaboration intersectorielle s'est intensifiée et le système One Health WGS de l’EFSA-ECDC fournit désormais un cadre commun pour la collecte et l'analyse des données relatives aux épidémies au niveau de l'UE. Les flux de travail bioinformatiques s'harmonisent de plus en plus, et celui de l'EFSA pour le secteur alimentaire, interopérable avec le système de l'ECDC, est de plus en plus utilisé comme référence au niveau national. Les laboratoires de référence de l'UE ont également joué un rôle important en soutenant la formation, le transfert de connaissances et une mise en œuvre plus cohérente entre les pays.

Les défis restants portent moins sur la possibilité d'utiliser le WGS que sur la manière de garantir que les données soient utilisées de façon comparable, opportune et interprétable. De nouvelles technologies de séquençage continueront d'émerger, rendant essentiel le maintien de la comparabilité entre les plateformes de séquençage et les flux de travail bioinformatiques. L'interprétation des cas groupés (clusters) par WGS demeure complexe et nécessite l'intégration de données épidémiologiques, de traçabilité et contextuelles, ainsi qu'une compréhension partagée de la dynamique et de l'évolution des populations bactériennes.

Avec l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, l'attention se porte de plus en plus sur la garantie d'une mise en œuvre cohérente entre les pays et les secteurs. Des efforts continus seront nécessaires pour soutenir la qualité des données, l'interopérabilité, le partage rapide des informations et l'utilisation efficace du WGS dans les investigations sur les épidémies. La conférence Science Meets Policy de septembre sera l'occasion d'aborder ces défis pratiques et de favoriser les échanges d'expériences entre les parties prenantes.

En vertu du règlement (UE) 2025/179, les entreprises alimentaires et d'alimentation animale peuvent être tenus de fournir des isolats disponibles de pathogènes et des données relatives à ces isolats isues des résultats du WGS lors de suspicions d'épidémies. Que doivent comprendre les entreprises concernant cette obligation, et comment les entreprises, notamment les plus petites disposant de ressources plus limitées, peuvent-elles s'y préparer ?

Ce sera l'un des thèmes centraux de la conférence Science Meets Policy. Les entreprises alimentaire sont légalement tenus de coopérer avec les autorités compétentes lors des investigations sur les épidémies d'origine alimentaire. L'article 15 du règlement (UE) 2017/625 stipule clairement que les exploitants doivent assister et coopérer avec les autorités compétentes lors des contrôles officiels et autres activités officielles, y compris les investigations sur les épidémies. Cette coopération est également dans leur propre intérêt : en aidant à identifier la source de contamination et les lots concernés, les entreprises peuvent contribuer à limiter l'impact d'une épidémie sur la santé publique et à réduire les conséquences pour leurs propres activités.

Bien que la coopération avec les autorités compétentes fasse déjà partie du cadre juridique de l'UE, le règlement (UE) 2025/179 précise le rôle spécifique des exploitants en matière de WGS. Il n'oblige pas les exploitants à réaliser systématiquement un WGS, ni à partager systématiquement les données génomiques. En revanche, à la demande des autorités compétentes lors d'une investigation épidémiologique, les opérateurs doivent fournir les isolats pathogènes, s'ils sont disponibles, et partager les résultats du WGS qu'ils ont produits ou commandés de leur propre initiative.

ar conséquent, on attend principalement des entreprises, et notamment des PME, non pas qu'elles investissent directement dans la mise en œuvre de capacités de WGS, mais plutôt qu'elles soient prêtes à coopérer activement avec les autorités compétentes lors des investigations épidémiologiques, à comprendre ce qu'est le WGS et comment il est utilisé par les autorités, et à envisager de consacrer du temps à la formation du personnel concerné afin qu'il puisse répondre efficacement aux demandes d'isolats ou de résultats de WGS existants.

Quels aspects de la mise en œuvre du règlement (UE) 2025/179 pourraient encore limiter son efficacité, et comment surmonter ces difficultés ?

Les principaux obstacles se situent probablement au niveau des États membres, notamment en ce qui concerne la capacité à collecter et à organiser toutes les informations nécessaires à la soumission. Le règlement exige le partage non seulement des résultats de WGS, mais aussi des métadonnées contextuelles nécessaires à leur interprétation. Cela nécessite une coordination entre les laboratoires, les épidémiologistes, les autorités chargées de la sécurité des aliments et les gestionnaires des risques, afin que les informations pertinentes soient collectées, structurées et partagées avec l'EFSA en temps opportun. Dans certains États membres, il pourrait être nécessaire d'adapter les procédures d'investigation épidémiologique existantes afin de garantir la disponibilité simultanée des données génomiques et contextuelles au moment opportun.

Pour certains pays, la mise en œuvre pratique du WGS constituera un autre défi. Lorsque les capacités de WGS ne sont pas encore pleinement établies, un délai supplémentaire pourrait être nécessaire avant que le système ne soit pleinement opérationnel. La formation continue, le transfert de connaissances et le soutien de l'EFSA et des laboratoires de référence de l'UE seront essentiels pour combler ces lacunes et garantir une mise en œuvre plus cohérente dans toute l'UE.

L'EFSA restera disponible pour fournir un soutien technique et opérationnel supplémentaire si nécessaire.

La conférence Science Meets Policy, qui se tiendra à Rome les 2 et 3 septembre, interviendra quelques jours seulement après l'entrée en vigueur du règlement. Quels sont les malentendus ou les incertitudes concernant les nouvelles exigences que vous rencontrez le plus fréquemment de la part des exploitants du secteur alimentaire ? Qu'espérez-vous que la conférence permettra d'éclaircir ?

Nous espérons que cette conférence permettra tout d'abord de mieux comprendre les possibilités et les limites du WGS. Certaines préoccupations des exploitants du secteur alimentaire sont liées à des questions concrètes de mise en œuvre, tandis que d'autres sont alimentées par des idées fausses sur l'interprétation des résultats du WGS. C'est pourquoi la conférence inaugurale portera sur la valeur scientifique et les limites du WGS, notamment sur les conclusions que l'on peut et ne peut pas tirer des seules données génomiques.

L'une des préoccupations récurrentes qui sera abordée lors de la conférence est le risque que les données du WGS restent dans les bases de données après l'évaluation d'une épidémie et soient utilisées ultérieurement pour justifier des mesures réglementaires, du simple fait de la détection d'un cluster génomique. En réalité, la nécessité scientifique de comprendre la dynamique des populations de pathogènes et celle d'identifier les sources d'une épidémie sont complémentaires, et non contradictoires. Lors des investigations épidémiologiques, l'attribution de la source ne peut reposer uniquement sur le WGS ; elle exige une évaluation combinée des données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité.

Un autre point d'incertitude concerne l'utilisation et le partage des données de WGS par les autorités compétentes. La conférence présentera des exemples d'États membres illustrant leur préparation à la nouvelle réglementation, l'intégration du WGS dans les systèmes nationaux et les interactions entre les autorités et les entreprises alimentaires. Nous avons également invité des intervenants américains à présenter les interactions entre les agences et les opérateurs aux États-Unis, offrant ainsi un point de comparaison utile pour les acteurs européens.

>Enfin, le programme abordera la question de la valeur pratique du WGS pour l'industrie. Certains opérateurs s'interrogent sur l'utilité du séquençage dans un contexte commercial, au-delà des exigences réglementaires. Des sessions réunissant des opérateurs alimentaires (notamment des multinationales) et des représentants de filières telles que la viande, les produits réfrigérés et les abattoirs montreront comment le WGS peut appuyer les investigations internes, la prévention et la participation au partage de données à l'échelle de l'UE et au niveau mondial. La discussion finale, animée par un modérateur, fera le point sur ces questions et se concentrera sur les principaux défis restant à relever, tant au niveau des États membres que de celui des opérateurs.

La conférence abordera également des exemples de collaboration entre les autorités compétentes et l'industrie. À quoi ressemblerait un partenariat public-privé réussi en matière de partage de données WGS ?

Pour les opérateurs du secteur alimentaire, l'élément le plus important est une bonne coopération avec les autorités compétentes. Cette collaboration s'amorce au niveau national : le premier échange a lieu entre les opérateurs du secteur alimentaire et l'autorité nationale compétente. Tout partage de données à l'échelle de l'UE s'effectue par l'intermédiaire de l'autorité nationale compétente, qui demeure responsable du traitement des données et en garantit la traçabilité (chaîne de contrôle). Un partenariat public-privé réussi autour du WGS repose sur une répartition claire des rôles, une communication rapide et une compréhension mutuelle : le partage de données et d'isolats via l'autorité compétente peut aider à identifier plus rapidement les sources de contamination et à réduire l'impact d'une épidémie.

Si la mise en œuvre se déroule comme prévu, à quoi ressemblera, selon vous, une investigation sur une épidémie de maladie d'origine alimentaire en Europe dans quelques années, par rapport à une investigation menée avant le règlement (UE) 2025/179 ?

>Si la mise en œuvre est efficace, le changement principal ne sera pas seulement technique, mais aussi culturel. Le règlement (UE) 2025/179 a le potentiel de favoriser une prise de conscience plus large : le partage rapide de données à l'échelle de l'UE est essentiel pour gérer efficacement les épidémies.

Par rapport au passé, les investigations seront davantage interconnectées. Les données génomiques et contextuelles seront disponibles plus rapidement pour être comparées à l'échelle de l'UE, ce qui permettra aux autorités d'évaluer plus tôt si un signal est limité à un seul pays ou s'il s'inscrit dans un événement plus vaste impliquant plusieurs pays.

À plus long terme, cela pourrait favoriser un système plus proactif. Lorsque les données relatives à la sécurité des aliments et à la santé publique sont partagées et comparées en temps utile, certains signaux d'épidémie peuvent être détectés dès le stade du secteur alimentaire ; cela permet aux autorités et aux opérateurs d'agir plus tôt et de prévenir que des épisodes de contamination ne dégénèrent en épidémies à part entière.

Transfert d'allergènes de produits de la mer vers d'autres aliments via une pâte à frire réutilisée et avec une persistance après friture.

Un article à paraître dans Journal of Food Protection attire l’attention sur le transfert d'allergènes de crevettes et de cabillaud vers des aliments autres que des produits de la mer via une pâte à frire réutilisée et avec une persistance après friture.

Faits saillants

• Les allergènes de crevettes et de cabillaud s'accumulent progressivement dans de la pâte liquide réutilisée.
• Les allergènes de produits de la mer sont transférés au poulet, aux champignons et aux courgettes via une pâte commune.
• La friture à 180°C réduit les taux de protéines de produits de la mer détectables dans les aliments enrobés de pâte.
• La pâte réutilisée transfère des protéines de cabillaud à des niveaux dépassant la dose de référence de 5 mg pour une consommation moyenne.
• En cas d'usage partagé, la pâte liquide présente un risque de contamination croisée plus élevé que la panure sèche.

Résumé

Le système de pâte liquide réutilisée dans les établissements de restauration et de vente au détail constituent une source potentielle, bien que peu étudiée, de contamination croisée par des allergènes de produits de la mer. Cette étude a quantifié l'accumulation de protéines de crevettes et de cabillaud dans une pâte liquide au fil de 20 lots de préparation successifs, chacun correspondant à une portion individuelle (20-25 g), et a évalué leur transfert vers du poulet, des champignons et des courgettes préparés ultérieurement, avant et après friture à 180°C. Les concentrations en allergènes ont été mesurées à l'aide de quatre kits ELISA commerciaux (deux kits par espèce). Les concentrations en protéines de crevettes ont été multipliées par environ 7 entre les lots 5 et 20, tandis que celles en protéines de cabillaud ont été multipliées par environ 3 sur la même période. Dans l'ensemble, les résidus de cabillaud se sont accumulés dans la pâte à des niveaux nettement plus élevés que ceux de crevettes pour tous les lots. Des protéines de crevettes et de cabillaud ont été détectées dans les trois types d'aliments autres que les produits de la mer après leur préparation dans la pâte réutilisée. La friture a réduit les taux d'allergènes détectables de 1 à 67 % pour les crevettes et de 74 à 88 % pour le cabillaud. Les estimations de l'exposition des consommateurs aux crevettes n'ont pas dépassé la dose de référence de 200 mg pour aucun type d'aliment, avant ou après friture ; en revanche, l'exposition au cabillaud a dépassé la dose de référence de 5 mg de protéines de poisson, même au 25e centile de consommation*, pour tous les types d'aliments. Ces résultats démontrent que les allergènes de produits de la mer s'accumulent et se transfèrent facilement dans la pâte liquide réutilisée, ce qui présente un risque allergique potentiel pour les produits contaminés par transfert de contamination, même après friture.

* Le 25e centile d'une consommation est la valeur en dessous de laquelle se situent 25 % des consommateurs de l'ensemble des données.

La communication de l’UE sur les notifications au RASFF de l’UE, l’exemple des six premiers mois de l'année 2026

L’UE publie tous les mois un bilan des notifications du RASFF concernant des produits alimentaires entrant dans l'Union européenne (UE) en provenance de pays à faibles et moyens revenus :

Juin 2026

• 219 notifications concernant des denrées alimentaires provenant de 44 pays dont les pays suivants : Cameroun, Chine, Équateur, Égypte, Ghana, Guatemala, Honduras, Inde, Jordanie, Liban, Malaisie, Nigeria, Pakistan, Paraguay, Pérou, Sri Lanka, Syrie, Thaïlande, Turquie, Ukraine, Viet Nam.
• 4 notifications concernant des aliments pour animaux
• 2 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

Mai 2026

• 136 notifications concernant des denrées alimentaires
• 3 notifications concernant des aliments pour animaux
• 8 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

Avril 2026

• 217 notifications concernant des denrées alimentaires
• 4 notifications concernant des aliments pour animaux
• 3 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

Mars 2026

• 204 notifications concernant des denrées alimentaires
• 5 notifications concernant des aliments pour animaux
• 9 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

Février 2026

• 145 notifications concernant des denrées alimentaires
• 4 notifications concernant des aliments pour animaux
• 3 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

Janvier 2026

• 145 notifications concernant des denrées alimentaires
• 3 notifications concernant des aliments pour animaux
• 8 notifications concernant des matériaux en contact avec les denrées alimentaires

L’UE met en avant ces notifications mais, comme vous allez le voir, cela ne représente qu’une partie du total des notifications au RASFF de l’UE, tous pays confondus, la partie émergée de l’iceberg en quelque sorte des notifications au RASFF, celle qu’on voit et qu’on remarque. Les autres pays, dont ceux de l’UE, forment ce qu’il est convenu d’appeler la partie d’immergée de l’iceberg. Il me semble que c’est aussi un remarke de l’expression « voir la paille dans l'œil du voisin et ne pas voir la poutre dans le sien ».

• Juin 2026, 489 notifications versus 219 pour les pays à faibles et moyens revenus
• Mai 2026, 451 notifications versus 136 pour les pays à faibles et moyens revenus
• Avril 2026, 511 notifications versus 217 pour les pays à faibles et moyens revenus
• Mars 2026, 479 notifications versus 136 pour les pays à faibles et moyens revenus
• Février 2026, 356 notifications versus 136 pour les pays à faibles et moyens revenus
• Janvier 2026, 362 notifications versus 136 pour les pays à faibles et moyens revenus

On lira aussi l’article de Joe Whitworth dans Food Safety News, « Supplements dominate cross-border alerts in Europe. Twenty alerts mentioned the United States ».

Les limites de la désinfection à sec en milieu à faible humidité

Les limites de la désinfection à sec en milieu à faible humidité. De nombreux désinfectants secs introduisent encore de l'humidité dans l'environnement, notamment dans les recoins difficiles d'accès où des pathogènes peuvent persister. Source article de Yuqian Lou et Abby Snyder paru dans FSM.

Les entreprises alimentaires ont de plus en plus recours aux désinfectants « secs » pour réduire les risques liés au nettoyage humide traditionnel. Cependant, nombre de ces désinfectants introduisent encore de l'humidité dans l'environnement, notamment dans les recoins difficiles d'accès où des pathogènes peuvent persister. Sans une application rigoureuse et des attentes réalistes, l'utilisation de désinfectants secs peut créer un faux sentiment de sécurité tout en introduisant de l'humidité dans les recoins mêmes qu'ils sont censés traiter.

L'attrait des désinfectants secs

Les entreprise alimentaires travaillant en milieu à faible humidité s'efforcent de minimiser l'introduction d'eau dans les environnements de production. Dans ces installations, même de faibles quantités d'humidité peuvent accroître les risques pour la sécurité des aliments. L'eau mobilise les pathogènes logés dans les recoins des équipements et propage la contamination dans l'ensemble de l'établissement. L'eau favorise la prolifération microbienne dans des zones où elle ne le serait pas en milieu sec. De ce fait, de nombreuses entreprises ont adopté une approche de « traiter de l'eau comme du verre », reconnaissant la nécessité de maîtriser rigoureusement l'humidité et d'intervenir rapidement en cas de problème.

Le nettoyage humide traditionnel engendre des arrêts de production coûteux pour le séchage avant que la production puisse reprendre en toute sécurité. Dans de nombreuses installations anciennes à faible taux d'humidité, les contraintes de conception hygiéniques complexifient encore le problème. Les structures creuses, les surfaces qui se chevauchent, les joints endommagés et les interstices difficiles à nettoyer retiennent l'humidité longtemps après que l'équipement semble sec. Une fois que l'eau pénètre dans ces recoins, elle crée les conditions propices à la prolifération d'agents pathogènes environnementaux.

L'utilisation de désinfectants « secs » s'est développée dans l'industrie agroalimentaire. Les désinfectants à base d'alcool, les composés à base d'ammonium quaternaire (QACs) sous forme cristalline ou de lingettes, la chaleur et les systèmes antimicrobiens gazeux sont utilisés pour la désinfection dans les environnements à faible taux d'humidité afin d'éviter les lavages humides traditionnels.

Des exigences réglementaires ont contribué à cette tendance. Le projet de guide 2025 de la FDA à destination de l'industrie alimentaire intitulé « Établissement de programmes de désinfection pour les aliments prêts à être consommé à faible teneur en humidité et les mesures correctives suite à une contamination par un pathogène » (Establishing Sanitation Programs for Low-Moisture Ready-to-Eat Human Foods), a introduit la notion de « pause sanitaire », définie comme l'arrêt de la production pour nettoyer et désinfecter les surfaces en contact avec les aliments avant la reprise des opérations. Ce projet de guide précise qu'en l'absence de preuves supplémentaires, l'application d'un désinfectant est nécessaire pour établir une pause sanitaire.

Ce concept a des implications importantes pour la séparation des lots et la portée des rappels. Lors des investigations, la pause sanitaire peut servir à distinguer les produits contaminés de ceux qui peuvent être commercialisés sans risque. Si un établissement ne peut démontrer que la maîtrise de la contamination a été efficacement rétablie, la quantité de produits exposés au risque peut augmenter considérablement. Par conséquent, de nombreuses entreprises se sentent obligées de désinfecter les surfaces afin d'établir des pauses sanitaires justifiées et de limiter les risques pour leur activité. Cependant, lors d'enquêtes concrètes, l'application d'un désinfectant seul peut s'avérer insuffisante pour garantir une interruption de la désinfection.

Ceci soulève d'importantes questions quant au rôle des désinfectants dans les installations sèches. Il semblerait que la réduction microbienne se produise principalement lors du nettoyage, comme évoqué dans un précédent article de Food Safety Magazine. En pratique, les désinfectants permettent des réductions de la charge microbienne plus modestes que celles généralement observées lors des études en laboratoire sur des coupons (1 et 2).

Les crevaces et les anfractuosités difficiles à nettoyer sont souvent cités en exemple pour justifier l'utilisation de désinfectants. Or, ces mêmes recoins sont difficiles à désinfecter, de sorte que la simple application d'un désinfectant peut n'apporter qu'un bénéfice marginal, voire nul, en cas de défauts de conception hygiénique et de nettoyage insuffisant. De plus, les recoins difficiles à nettoyer sont également les endroits les plus susceptibles de contenir des résidus alimentaires après le nettoyage, ce qui réduit encore l'efficacité de la désinfection dans ces zones.

Il convient également de prendre en compte les risques potentiels liés à l'introduction de contaminations lors de la désinfection. La désinfection humide traditionnelle, méthode la plus couramment utilisée pour les pauses sanitaires dans l'industrie agroalimentaire, consiste à introduire une quantité importante d'humidité dans les environnements de transformation des aliments. Il existe une gamme de désinfectants secs différents sur le marché, et l'offre de produits ne cesse de s'étoffer. Certains contiennent une quantité résiduelle d'eau, mais sont formulés pour s'évaporer rapidement des surfaces exposées. Cependant, il est possible que de l'humidité subsiste dans des recoins difficiles à nettoyer, où la circulation de l'air est insuffisante, ce qui réduit l'évaporation. Le problème est que cette humidité résiduelle peut accroître le risque de contamination par des pathogènes environnementaux.

Ce compromis doit être soigneusement évalué. Quelle est l'efficacité du traitement désinfectant pour limiter la présence de pathogènes environnementaux dans l'environnement ?

Quels sont les points d'accès les plus difficiles dans votre installation ? Quel est le niveau de risque accru lié à l'introduction d'humidité lors de l'application de désinfectant et à la rupture de l'intégrité de la ligne ? L'industrie doit éviter que le désir de documenter une interruption de la désinfection n'influence des décisions susceptibles d'accroître involontairement les risques pour la sécurité sanitaire des produits. Les programmes de désinfection doivent être conçus pour réduire la probabilité de contamination, et non simplement pour créer une trace écrite justificative après qu'une contamination se soit produite. Dans la plupart des cas, ces objectifs convergent. Cependant, lorsqu'ils sont contradictoires (par exemple, lors de l'introduction d'humidité pour appliquer un désinfectant dans un environnement à faible taux d'humidité), la priorité est claire.

Les installations doivent choisir leurs méthodes de désinfection en fonction de leur capacité à minimiser le risque global pour la sécurité sanitaire des produits, même si ces méthodes sont moins conformes aux attentes traditionnelles concernant l'application de désinfectants.

Méthodes d'application des désinfectants secs

Une large gamme de désinfectants est actuellement utilisée dans les installations alimentaires à faible taux d'humidité. Ces traitements varient à la fois par leur composition chimique et par leur mode d'application physique sur les surfaces.

Désinfectants à base d'alcool

Les désinfectants à base d'alcool figurent parmi les interventions les plus courantes dans les installations alimentaires à faible taux d'humidité, car ils s'évaporent rapidement et sont généralement perçus comme des alternatives moins risquées aux désinfectants aqueux traditionnels. Cependant, ces produits ne sont pas totalement exempts d'humidité, car de nombreuses formulations contiennent une quantité importante d'eau. En effet, les formulations contenant environ 70 % d'alcool permettent généralement une inactivation des pathogènes supérieure à celle des formulations à 100 % d'alcool. L'une des raisons souvent invoquées est que l'alcool pur s'évapore trop rapidement, réduisant considérablement le temps de contact avec les surfaces et limitant l'efficacité antimicrobienne. L'eau ralentit l'évaporation et améliore la dénaturation des protéines, renforçant ainsi l'inactivation microbienne. Ceci met en évidence le principal défi auquel sont confrontées les installations à faible taux d'humidité en matière d'assainissement. Cette même humidité qui améliore l'efficacité des désinfectants augmente également le risque d'introduction et de rétention d'eau dans les recoins difficiles à nettoyer.

Composés à base d'ammonium quaternaire (QACs)

Les désinfectants à base de composés d'ammonium quaternaire (QACs) sont également largement utilisés dans les environnements à faible taux d'humidité, notamment lorsqu'une activité antimicrobienne résiduelle est souhaitée. Certains établissements appliquent des cristaux de QACs secs sur les sols ou d'autres surfaces non destinées au contact alimentaire. Cependant, à l'état sec, les QACs ont une activité antimicrobienne limitée, car leur action dépend de leur solubilisation. Certains établissements considèrent l'application de QACs secs comme une précaution supplémentaire, partant du principe qu'en cas d'introduction accidentelle d'eau, les cristaux se dissoudront et exerceront une activité antimicrobienne. Les cristaux de QACs secs ne sont pas utilisés sur les surfaces en contact avec les aliments.

Les QACs sont appliqués sous forme de solutions aqueuses sur les surfaces en contact avec les aliments, à l'aide de lingettes, de pulvérisateurs ou par application localisée. Une limite importante réside dans le fait que l'utilisation de QACs nécessite un rinçage à l'eau potable lors de la fabrication de produits bio, selon la formulation, les instructions d'étiquetage et les exigences de certification biologique. Dans les environnements à faible humidité, cette étape de rinçage peut accroître considérablement les risques, limitant ainsi l'utilité des QACs. Comme pour tous les désinfectants, l'application de QACs ne remplace pas un nettoyage efficace. L'élimination physique des résidus et des contaminants demeure la principale étape de réduction microbienne dans les programmes de nettoyage. L'efficacité des QACs sera limitée par la présence de résidus alimentaires secs sur les surfaces, notamment lorsque les désinfectants sont appliqués localement sans élimination préalable des souillures.

Traitement par la chaleur

La désinfection par la chaleur représente potentiellement l'une des options de désinfection à sec les plus efficaces, car elle permet de réduire la charge microbienne sans ajout d'eau. Dans certains cas, la chaleur peut même réduire l'humidité au sein du système en favorisant l'évaporation et le séchage (dans le cas de la vapeur sèche, mais pas dans celui de la vapeur humide). Par conséquent, certaines approches émergentes de désinfection à sec proposent de combiner une brume antimicrobienne à faible teneur en humidité avec un traitement thermique ultérieur visant à éliminer l'humidité résiduelle de la brume tout en renforçant l'inactivation microbienne (1).

La chaleur peut provenir d'une source de traitement externe ou être générée par l'équipement lui-même. Par exemple, les sécheurs par pulvérisation sont généralement placés en amont des opérations de mélange et de remplissage à sec. Bien que la chambre du sécheur par pulvérisation subisse un nettoyage en place (NEP), l'air chauffé du procédé est souvent utilisé ensuite lors du séchage du système. Bien que cette exposition à la chaleur contribue probablement au séchage et à une certaine réduction de la charge microbienne, ces traitements de séchage sont rarement validés formellement comme interventions de désinfection. Il faut notamment tenir compte de la forte variabilité de la température dans l'ensemble du système. La température de l'air à proximité de la source de chaleur, en haut de la chambre, peut être élevée, mais elle chute considérablement plus loin de la source ou dans les interstices. Par conséquent, les surfaces des équipements peuvent ne pas atteindre une température suffisante pour le passage du fluide caloporteur.

Traitement gazeux

L'industrie a également étudié des systèmes antimicrobiens gazeux, tels que le dioxyde de chlore (ClO₂). Dans des conditions optimales, le ClO₂ peut constituer un agent de désinfection efficace des surfaces. Ces traitements sont intéressants dans les environnements à faible teneur en humidité, car ils évitent totalement l'application directe de liquide. Toutefois, leur efficacité dépend encore largement des flux d'air, de l'accessibilité des surfaces, de l'humidité relative ambiante et de l'absence de résidus faisant écran ou de zones de refuge protégées. Il convient de noter que les données scientifiques évaluant la performance des désinfectants gazeux sur des équipements aux géométries complexes sont limitées, en particulier dans des installations commerciales ou pilotes représentatives d'établissements alimentaires réels fonctionnant en milieu sec.

Compte tenu du coût de ces traitements et des considérations relatives à la santé et à la sécurité des salariés, les établissements doivent évaluer avec soin si les avantages escomptés justifient leur utilisation. Certains acteurs de l'industrie ont signalé que les traitements gazeux peuvent ne pas pénétrer suffisamment dans les interstices difficiles à nettoyer et les zones confinées. Cette limite pourrait réduire considérablement leur utilité pratique, même s'il est possible de traiter les zones ouvertes des équipements et d'obtenir une certaine diffusion à travers les résidus de poudre présents sur les surfaces. En somme, si les désinfectants gazeux peuvent constituer un outil utile, ils ne sauraient compenser des lacunes de conception hygiénique ni se substituer à un nettoyage à sec efficace.

Méthodes d'application

La méthode utilisée pour appliquer le traitement est tout aussi importante que la nature chimique de l'agent antimicrobien lui-même. La quantité, la répartition et la rétention de l'agent actif et de l'humidité résiduelle introduits dans un environnement sec peuvent varier considérablement selon que le produit est appliqué sous forme de lingette, de brouillard, de mousse, de pulvérisation ou de gaz. Par exemple, la désinfection à l'aide de tampons ou de lingettes pré-imprégnés permet une application plus maîtrisée du liquide et limite la dispersion du produit sur les zones adjacentes. Les systèmes de pulvérisation fine (brouillard) et les pulvérisateurs à gâchette introduisent généralement moins d'humidité que les pulvérisateurs traditionnels à gros débit. Il convient toutefois de rester vigilant quant à l'introduction d'humidité, même avec ces systèmes plus maîtrisés, dans les fissures, les structures creuses, les zones de chevauchement de surfaces et autres recoins et anfractuosités où l'eau ne peut s'écouler. Bien que chacune des approches illustrées aux points 1 à 4 de la figure 1 représente une amélioration par rapport à la désinfection conventionnelle par inondation ou pulvérisation à haut débit, il convient de noter que même les désinfectants aqueux contrôlés peuvent introduire de l'eau résiduelle dans des environnements à faible teneur en humidité. En réponse, certains établissements font suivre l'application du désinfectant d'une étape d'essuyage à sec visant à éliminer le liquide résiduel des surfaces. Les systèmes gazeux évitent l'application directe de liquide, mais se heurtent à leurs propres limites liées au flux d'air, à la diffusion, à l'humidité relative, aux zones d'ombre et à la pénétration dans les cavités fermées. Leur performance doit être évaluée de manière critique, notamment au regard de la réduction microbienne déjà obtenue grâce à un processus de nettoyage à sec rigoureusement validé.

Figure 1. Spectre d'humidité des méthodes de désinfection en milieu à faible teneur en eau (Crédit : Cornell Dry Sanitation Research Advisory Council, généré via ChatGPT 5.5)

Humidité résiduelle issue de désinfectants à humidité contrôlée

De nombreux désinfectants utilisés dans les environnements de fabrication alimentaire à faible teneur en humidité sont classés, sur le plan opérationnel, comme des interventions « à sec », bien qu'ils contiennent des quantités importantes d'eau. Les désinfectants à base d'alcool formulés avec de l'éthanol ou de l'isopropanol contiennent généralement entre 10 et 40 % d'eau, car celle-ci améliore la cinétique de dénaturation des protéines, l'efficacité antimicrobienne et la stabilité de la formulation. Si la fraction alcoolique s'évapore rapidement des surfaces exposées, la dynamique d'évaporation au sein des interstices difficiles à nettoyer des équipements est sensiblement différente. L'humidité introduite lors des opérations de désinfection peut persister dans les fissures, les rouleaux creux, les raccords filetés, les zones mortes, les chevauchements de structures, les logements de roulements, les soudures défectueuses et les joints endommagés, où la circulation d'air restreinte et la rétention capillaire ralentissent l'évaporation.

Les données estimant la rétention d'humidité dans les interstices des équipements sont limitées, mais des études connexes suggèrent que de l'eau résiduelle peut rester piégée dans des cavités fermées pendant plus de deux jours après l'introduction d'humidité. Dans certains établissements, cette durée dépasse l'intervalle entre les phases de nettoyage et de désinfection. Lorsque des résidus alimentaires pénètrent ultérieurement dans ces interstices partiellement hydratés, il peut se former un site de rétention collant ou incrusté, capable de piéger des micro-organismes et de favoriser leur prolifération. Dans ce cas, les surfaces des équipements peuvent sembler sèches à l'œil nu alors que de l'humidité résiduelle reste piégée dans des interstices inaccessibles, difficiles à nettoyer, à inspecter ou à sécher efficacement.

Cela soulève deux questions techniques importantes pour les responsables de l'hygiène dans les environnements à faible teneur en humidité. Premièrement, l'application répétée de désinfectants à humidité contrôlée peut-elle hydrater progressivement, au fil du temps, les sites propices à la rétention de micro-organismes ? Là encore, les études expérimentales directes évaluant la rétention d'humidité cumulative due à l'application répétée de désinfectants sont limitées. Toutefois, le mécanisme est plausible et cohérent avec les comportements connus de migration de l'humidité dans des géométries fermées.

Dans les environnements secs, il convient d'éviter l'introduction répétée de volumes de liquide dans des zones de rétention non drainables où l'évaporation est lente. Cette préoccupation est particulièrement pertinente pour les installations dotées d'équipements anciens ou présentant des défauts de conception hygiénique qui empêchent le drainage et un séchage complet. L'application de principes de conception hygiénique visant à éliminer les zones mortes, à améliorer le drainage, à minimiser les rebords horizontaux et à réduire les volumes de rétention de liquide est essentielle lorsque des désinfectants à humidité contrôlée sont utilisés dans des environnements à faible teneur en humidité.

Une seconde question se pose : la présence de faibles quantités d'humidité résiduelle dans ces zones peut-elle modifier la dynamique de survie des pathogènes ? Salmonella peut persister longtemps dans des environnements à faible activité de l'eau tout en restant métaboliquement réactive à une exposition passagère à l'humidité. De plus, les résidus alimentaires présents dans ces interstices protègent Salmonella contre l'action bactéricide des désinfectants appliqués sur ces surfaces. Des enquêtes environnementales menées dans des installations alimentaires à faible teneur en humidité ont établi à maintes reprises un lien entre la contamination des produits et des épisodes d'exposition à l'humidité. Par conséquent, la rétention d'humidité dans des interstices inaccessibles, impossibles à nettoyer, inspecter ou sécher efficacement, constitue un risque persistant (Figure 2).

Figure 2. La rétention d'humidité dans des interstices inaccessibles demeure un risque. (Crédit: Cornell Dry Sanitation Research Advisory Council, generated via ChatGPT 5.5)

Points clés

La désinfection ne remplace pas un nettoyage validé. Dans les environnements à faible teneur en humidité, l'étape principale de réduction de la charge microbienne reste un nettoyage efficace, favorisé par une conception hygiénique. Si les désinfectants peuvent apporter un avantage marginal à la réduction microbienne sur des surfaces déjà propres et accessibles, ils ne peuvent pénétrer efficacement les résidus ou les zones de refuge inaccessibles. Ces mêmes interstices posent également problème pour les procédures de nettoyage physique à sec. Une dépendance excessive aux désinfectants secs, sans une attention suffisante portée à la gestion de l'humidité, au drainage des équipements et au nettoyage, risque d'accroître le danger plutôt que de le réduire. En fin de compte, l'efficacité de tout programme de désinfection dans une installation à faible teneur en humidité dépend moins de la nature chimique du désinfectant que du processus global prenant en compte les interstices difficiles à nettoyer.

Les bonnes pratiques incluent :

• Éviter d'inonder les surfaces
• Privilégier une application ciblée plutôt qu'une pulvérisation généralisée
• Améliorer la circulation de l'air et le séchage
• Vérifier le séchage avant la remise en service, en particulier dans les zones difficiles à nettoyer
• Prioriser les améliorations de la conception hygiénique
• Éliminer les zones de refuge où l'humidité ne s'évacue pas.

L’UE évalue les contrôles de sécurité des aliments sur la viande tant en France qu’en Allemagne

En France, mais pas en Allemagne, on a coutume de parler de couple Franco-Allemand. Loin de moi de faire de la politique, mais le hasard a réuni deux rapports d’audit par la DG SANTÉ de la Commission européenne, d’où l’idée de réunir les deux résumés de ces audits, à titre anecdotique, bien entendu ...

- Audit en Allemagne (CT-2025-0160), Production et mise sur le marché de préparations et de produits carnés, mis en ligne le 13 juillet 2026, afin d’évaluer les contrôles de sécurité des aliments en place régissant la production et la mise sur le marché des préparations de viande et des produits à base de viande.

- Audit en France (CT-2025-0159), préparations et de produits carnés, mis en ligne le 9 juillet 2026, afin d’évaluer les contrôles de sécurité des aliments en place régissant la production et la mise sur le marché des préparations de viande et des produits à base de viande.

France Le rapport présente les conclusions d'un audit réalisé en France du 12 au 30 septembre 2025 par la direction générale de la santé et de la sécurité des aliments de la Commission européenne, afin d'évaluer les systèmes de contrôle en place régissant la production de préparations de viande et de produits à base de viande. Le système français de contrôles officiels applicables aux produits à base de viande et à leur production est bien structuré et étayé par des lignes directrices, des instructions et des avis scientifiques complets. En outre, la réalisation de ces contrôles est renforcée par une formation spécialisée et un soutien assurés par un réseau d'agents possédant une expertise dans le domaine de la production de viande. Malgré la solidité de ce dispositif, certains problèmes affectent son efficacité globale : - l'autorité compétente centrale ne dispose pas d'outils adéquats pour identifier les situations où l'insuffisance des ressources au niveau local pourrait nuire à la réalisation des contrôles. Cela concerne aussi bien la conduite des contrôles programmés que la garantie de leur qualité ; - des cas de non-respect des procédures ont été constatés lors de l'agrément des établissements. Il en a résulté l'octroi d'agréments à des installations qui n'étaient pas pleinement opérationnelles ou, dans certains cas, l'exercice d'activités non couvertes par l'agrément ; - toutes les non-conformités relevées lors des contrôles officiels ne font pas l'objet d'un traitement rapide et approfondi. Ce défaut de suivi en temps utile des mesures correctives signifie que les défaillances risquent de ne pas être réexaminées avant l'inspection programmée suivante, ce qui accroît le risque d'aggravation de ces problèmes. Le rapport formule des recommandations à l’intention des autorités compétentes afin de remédier aux lacunes identifiées et de renforcer davantage le système de contrôle.

Allemagne Le rapport présente les conclusions d’un audit réalisé en Allemagne du 22 septembre au 7 octobre 2025 par la direction générale de la santé et de la sécurité des aliments de la Commission européenne, afin d’évaluer les systèmes de contrôle en place régissant la production de préparations à base de viande et de produits à base de viande. L’audit a révélé que le système de contrôle officiel en place, fondé sur l’analyse des risques et étayé par des procédures documentées complètes, est, dans l’ensemble, mis en œuvre de manière satisfaisante et généralement efficace pour identifier les non-conformités pertinentes en matière d’entretien et d’hygiène des établissements. Ce système prévoit des prélèvements officiels aux fins d’analyses microbiologiques afin de vérifier la sécurité des produits à base de viande et des préparations à base de viande. Toutefois, certaines lacunes ou faiblesses systémiques affectent la surveillance officielle de la production de produits à base de viande et compromettent l’efficacité du système de contrôle, notamment : - Des lacunes relevées concernant les contrôles effectués par les autorités compétentes auprès des petites entreprises alimentaires, en particulier en ce qui concerne la conception et la mise en œuvre de procédures fondées sur HACCP. Le système en place permet à ces entreprises d’accéder à des plans HACCP génériques, figurant dans les guides nationaux de bonnes pratiques d’hygiène destinés aux bouchers artisans, et de les adapter aux conditions spécifiques de leur établissement. Comme ces plans ne sont pas adaptés individuellement aux conditions propres aux établissements inspectés, ils sont moins aptes à traiter les dangers liés à des procédés de production spécifiques ; cela nuit également à l’efficacité des contrôles officiels visant à vérifier que les exploitants du secteur alimentaire respectent la législation en vigueur. - Des faiblesses constatées dans l’évaluation, par les autorités compétentes, de la pertinence des plans HACCP et des plans d’échantillonnage pour les autocontrôles des exploitants du secteur alimentaire au sein des entreprises de taille moyenne ou grande. Le rapport formule des recommandations à l’intention des autorités compétentes afin de remédier aux lacunes identifiées et de renforcer davantage le système de contrôle en place.

Bon, il faudrait peut-etre (re)former un couple franco-allemand en matière de sécurité des aliments, qui sait ?

États-Unis : L'épidémie de salmonellose liée aux piments jalapeños touche désormais 431 personnes dans 32 États

Bien entendu, aux États-Unis, l’épidémie liée aux laitues contaminées par Cyclospora est hors concours, avec désormais, plus de 17 000 cas, et donc il y a une « bataille » à distance entre deux autres épidémies, l’une concernant des germes de luzerne contaminées par E. coli et Salmonella et l’autre dont il va être question ci-dessous, concerne des piments jalapeños.

L'épidémie de salmonellose liée aux piments jalapeños touche désormais 431 personnes dans 32 États, source FSM.

Le nombre de cas signalés dans le cadre de l'épidémie dans plusieurs États d'infections à Salmonella Javiana liée aux piments jalapeños s'élève désormais à 431 personnes réparties dans 32 États. On dénombre 57 hospitalisations, mais aucun décès.

Ces piments ont été cultivés dans l'État de Sinaloa, Mexique, et distribués par la société Coast Citrus Distributors à des grossistes, des restaurants et des entreprises de restauration collective à travers les États-Unis, notamment des chaînes de cuisine mexicaine comme Chipotle Mexican Grill. Selon un communiqué publié par l'entreprise le 4 août, Chipotle a activé de manière proactive son système de traçabilité des ingrédients dès qu'elle a eu connaissance d'une épidémie potentielle ; elle a ainsi pu identifier les piments d'un lot spécifique comme étant un ingrédient commun servi dans les restaurants fréquentés par les personnes malades. Ces informations ont été transmises à la FDA et ont contribué à identifier la source de la contamination.

D'après les données épidémiologiques recueillies par le CDC, les personnes touchées par l'épidémie sont tombées malades entre le 19 juin et le 2 août 2026. Sur les 224 personnes interrogées, 203 (soit 91 %) ont déclaré avoir mangé dans un restaurant de cuisine mexicaine, notamment chez Chipotle Mexican Grill et Qdoba, avant l'apparition de la maladie, les repas ayant été pris entre le 14 juin et le 16 juillet.

À la suite du rappel lancé par Coast Citrus Distributors le 7 août, plusieurs autres rappels en aval ont été initiés concernant des piments jalapeños ainsi que des produits en contenant. Parmi les distributeurs concernés figurent Hannaford, Kroger, Stop and Shop, Target, Trader Joe’s, Walmart et Whole Foods Market. Les informations relatives à ces rappels sont disponibles ici.

Par ailleurs, le 8 août, le Food Safety and Inspection Service de l’USDA a émis une alerte de santé publique concernant des produits à base de viande et de volaille contenant des piments jalapeños (soumis à la réglementation de la FDA) susceptibles d'être contaminés par Salmonella Javiana. La liste des produits rappelés est disponible ici. L'investigation de la FDA se poursuit.

Royaume-Uni : Leçons tirées de cas de listériose associés à des plats cuits et réfrigérés livrés à domicile

Éclosion nationale d'un foyer à Listeria monocytogenes CC4 t5.248 associée à des plats cuits et refroidis, source gov.uk

Le 15 avril 2025, la Gastrointestinal Bacteria Reference Unit (GBRU) a notifié à la Food Safety and One Health (GIFSOH) un foyer de deux cas de listériose, signalés les 17 mars et 14 avril 2025 et prélevés en mars 2025. Les souches de Listeria monocytogenes isolées chez ces patients présentaient une forte similarité génétique, mise en évidence par séquençage du génome entier (WGS), suggérant une source d'infection commune. L'analyse initiale des données épidémiologiques disponibles a révélé une exposition commune à des aliments fournis par un exploitant alimentaire basé à Londres, proposant à ses clients des plats cuisinés à réchauffer avant consommation. Le GIFSOH a notifié aux deux autorités sanitaires compétentes, à savoir la Food Standards Agency (FSA) et le conseil municipalde Havering, qui supervise l'exploitation de cet établissement.

Enquêtes sur la chaîne alimentaire

Le 10 avril 2025, le conseil municipal de Havering a inspecté les locaux de l'exploitant alimentaire. L'autorité locale a également demandé à l'entreprise de soumettre tout isolat de Listeria monocytogenes issu de ses tests internes au GBRU de l'UKHSA (UK Health Services Agency) pour séquençage du génome entier. Le 9 décembre 2025, le conseil municipal de Havering a effectué une inspection inopinée des locaux.

Des prélèvements officiels ont été effectuéss ur le site de production par le Conseil de Havering, avec le soutien de la Food Water and Environmental Microbiology (FWEM) unit . Le 23 avril 2025, le Conseil de Havering a réalisé un prélèvementnage formel sur le site, prélevant 12 prélèvements environnementaux et 2 prélèvements alimentaires, dont un prélèvement de persil destiné à être saupoudré sur certains plats. Des visites de prélèvements successifs ont été menées sur le site de production les 1er mai 2025 (15 prélèvements environnementaux et 6 prélèvements alimentaires), 20 mai (4 prélèvements environnementaux et 13 prélèvements alimentaires), 19 juin (20 prélèvements environnementaux et 9 prélèvements alimentaires) et 15 octobre (22 prélèvements environnementaux et 6 prélèvements alimentaires). Les visites des 1er mai et 19 juin ont été réalisées en collaboration avec FWEM. Au total, 109 prélèvements (73 prélèvements environnementaux et 36 prélèvements alimentaires) ont été prélevés sur le site.

Une souche de Listeria monocytogenes correspondant à la souche responsable de l'épidémie, CC4 t5.248, a été isolée dans un prélèvement alimentaire et cinq prélèvements environnementaux prélevés dans l'établissement. L'isolat alimentaire a été détecté dans du persil lavé utilisé comme garniture, prélèvement réalisé le 1er mai 2025, à une concentration inférieure à 10 UFC/g. Les cinq isolats environnementaux ont été détectés dans un siphon de cuisine froide le 23 avril 2025, sur un mur/sol de la cuisine chaude le 1er mai 2025, sur des chariots sales le 19 juin 2025 et deux isolats ont été prélevés à la jonction sol/mur de la cuisine chaude, également le 19 juin 2025.

Cette entreprise britannique de restauration produit et livre des plats cuits et réfrigérés ainsi que certains plats préparés prêts à être consommé dans tout le Royaume-Uni. Au moment de l'enquête, le conseil municipal de Havering a indiqué que l'entreprise comptait environ 22 000 clients actifs, répartis en Angleterre, au Pays de Galles et en Écosse. Elle s'adresse principalement aux personnes soucieuses de leur santé et aux adeptes du fitness. L'entreprise utilise le modèle de bouillon ComBase pour évaluer la durée de conservation, ce qui permet de simuler la survie d'un organisme dans différentes conditions au sein de certains aliments. Une société de livraison partenaire supervise et suit les livraisons, effectuées deux fois par semaine. L'entreprise réalise régulièrement des prélèvements internes sur ses produits et dans son environnement de production, et tous les tests microbiologiques sont effectués par un laboratoire accrédité UKAS. Le conseil municipal de Havering a été informé fin 2024 et début 2025 de trois plaintes pour intoxication alimentaire présumée concernant l'entreprise.

Lors de sa visite des lieux le 10 avril 2025, le Conseil de Havering a constaté plusieurs problèmes d'hygiène alimentaire, notamment de la condensation sous l'auvent, des flaques d'eau stagnante et un sol endommagé. Il a suggéré que des analyses complémentaires soient nécessaires pour déterminer la cause de la contamination à Listeria. Entre le 23 juillet et le 31 août 2025, le Conseil de Havering a adressé à l'établissement concerné trois mises en demeure d'hygiène en raison de conditions non conformes aux normes dans les zones de préparation des aliments, liées à un drainage et une ventilation insuffisants, ainsi qu'à un mauvais état des surfaces. La note d'hygiène alimentaire de l'établissement est passée de 4 à 1. L'autorité locale a recommandé que l'exploitant réalise les travaux de mise en conformité avant le 31 août 2025. L'établissement a transmis à l'autorité locale des mises à jour hebdomadaires sur l'avancement des travaux et la gestion de Listeria, ainsi que les résultats des analyses microbiologiques des prélèvements effectués en interne. Le 5 septembre 2025, le Conseil de Havering a confirmé que les mises en demeure avaient été respectées et que tous les travaux de mise en conformité étaient terminés.

Suite à l'identification de Listeria monocytogenes correspondant à la souche responsable du foyer de cas dans un prélèvement de persil en garniture, il a été établi que ce dernier était conditionné avec les repas et destiné à être réchauffé avec le plat avant consommation, et non conditionné séparément et saupoudré sur le plat après réchauffage. Il a été confirmé qu'au moins une personne avait consommé un repas contenant du persil en garniture.

Rien n'indiquait l'existence de liens communs dans la chaîne d'approvisionnement entre les deux hôpitaux où les cas avaient été admis pendant leur période d'incubation de la listériose.

Investigations épidémiologiques

Au moment du prélèvement de leurs premiers échantillons positifs, les personnes atteintes résidaient respectivement dans les régions des East Midlands et de l'Est de l'Angleterre. Il s'agissait de deux hommes ; l'âge médian était de 60 ans, l'un des patients appartenant à la tranche d'âge 50-59 ans et l'autre à la tranche 60-69 ans.

Les deux patients présentaient des comorbidités sous-jacentes et avaient été hospitalisés dans les semaines précédant l'apparition des symptômes de la listériose. Le décès de l'un des patients a été confirmé, l'infection à Listeria monocytogenes figurant comme cause du décès sur le certificat correspondant.

Communication

Suite à la première évaluation des risques, le 16 avril 2025, le conseil municipal de Havering a demandé à l'entreprise de diffuser un rappel à ses clients concernant les procédures de chauffage correctes, les températures de stockage appropriées et le respect des dates limites de consommation de ses produits.

Le 7 mai 2025, l'entreprise a mis en œuvre une campagne sur plusieurs canaux de communication afin de renforcer les bonnes pratiques de réchauffage et de décongélation auprès de ses clients. Cette campagne comprenait un dépliant imprimé inclus dans chaque colis, des courriels clients, ainsi que la mise à jour des FAQs, des conditions générales de vente sur son site internet et des étiquettes des emballages. Une nouvelle instruction a été ajoutée sur le site internet et envoyée par courriel aux clients, précisant que les plats doivent être réchauffés jusqu'à ce que de la vapeur s'échappe de la surface et du centre lorsqu'on les coupe.

Des recommandations générales sur l’importance de suivre les instructions de cuisson des aliments à haut risque ont également été incluses dans le communiqué de presse accompagnant la publication du rapport annuel de l’UKHSA sur la listériose en mai 2025, dans lequel ce sujet a été mentionné.

Comme ils nécessitent une remise en température, ces produits ne sont pas techniquement considérés comme des aliments prêts à consommer. Il n'existe pas de seuil réglementaire pour L. monocytogenes dans les plats cuisinés réfrigérés. La FSA recommande de cuire ou de réchauffer les aliments à 75°C pendant au moins 30 secondes afin de détruire L. monocytogenes éventuellement présente. Les plats peuvent être livrés sous forme d'éléments séparés et, indépendamment des instructions de réchauffage, certains composants sont plus ou moins susceptibles d'être réchauffés par les consommateurs. Ce foyer de cas met en évidence les risques associés aux plats cuisinés réfrigérés livrés à domicile ; bien que commercialisés auprès de personnes actives et soucieuses de leur santé, ils peuvent néanmoins séduire un public plus large, incluant des personnes moins autonomes et plus vulnérables.

Commentaire

Remarquable étude qui intervient peu après les faits, du bon travail d'investigation ! C'est à prendre en exemple.