De la persistance de Listeria monocytogenes dans des abattoirs de porcs et leur association avec des souches de listériose dans les aliments et humaine

Une étude, publiée par des chercheurs canadiens dans PLOS ONE, a étudié la distribution, la diversité et la persistance de Listeria monocytogenes dans des abattoirs de porcs et leur association avec les souches de listériose alimentaire et humaine.

Listeria monocytogenes est l'agent étiologique de la listériose, une maladie d'origine alimentaire majeure et un problème de santé publique important. La contamination de la viande par L. monocytogenes se produit fréquemment à l'abattoir.

Nos objectifs étaient; 1) étudier la distribution de L. monocytogenes dans les zones de transformation de quatre abattoirs de porcs; 2) décrire la diversité des souches de L. monocytogenes par électrophorèse en champ pulsé; 3) identifier les souches persistantes de L. monocytogenes et décrire leur répartition; 4) étudier les associations entre la persistance des souches et leurs caractéristiques suivantes: détection dans des isolats alimentaires, détection dans des isolats cliniques humains et présence de gènes de résistance au chlorure de benzalkonium (CBA).

Diverses zones d'opération dans les quatre abattoirs de porcs ont été échantillonnées à quatre reprises. Un total de 2 496 échantillons ont été analysés et L. monocytogenes a été isolé avec succès à partir de 243 échantillons. La proportion d'échantillons positifs variait de 32 à 58% dans chaque abattoir et de 24 à 68% dans chaque zone d'opération.

Cinquante-huit pulsotypes différents ont été identifiés et huit pulsotypes, présents dans les échantillons prélevés au cours des 4 visites, ont été considérés comme persistants. Les pulsotypes persistants étaient significativement plus susceptibles d'être détectés respectivement, dans des aliments (P < 0,01, exact χ²) et des cas cliniques humains (P < 0,01, exact χ²). Parmi les pulsotypes hébergeant une cassette de gène de résistance au CBA bcrABC ou le gène transporteur de résistance à  plusieurs antibiotiques emrE, 42,8% étaient persistants contre 4,5% pour les pulsotypes sans ces gènes de résistance (P < 0,01, exact χ²).

Notre étude met en évidence l'importance des souches persistantes de L. monocytogenes dans la contamination environnementale des abattoirs, ce qui peut entraîner une contamination répétée des produits carnés. Elle montre aussi que la présence de gènes de résistance aux désinfectants est un facteur contributif important.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Quand les biopesticides hébergent des gènes de résistance aux antibiotiques

Il vous faut savoir pour lire cet article que GRAS est l’acronyme de Generally Recognized as Safe.

En effet, selon la FDA, « En vertu des articles 201(s) et 409 du Federal Food, Drug, and Cosmetic Act, toute substance qui est intentionnellement ajoutée à un aliment est un additif alimentaire, qui est soumis à l'examen préalable à la mise sur le marché et à l'approbation de la FDA, sauf si la substance est généralement reconnue, parmi les experts qualifiés, comme ayant été montrée de façon adéquate comme sûre dans les conditions de son utilisation prévue, ou à moins que l'utilisation de la substance ne soit autrement exclue de la définition d'un additif alimentaire. »

Le titre d’une présentation à la session AES03 sur Antimicrobial Resistance in the Environment de l'ASM Microbe Online est « This Gras Isn't Greener: Biopesticides as Reservoirs and Vectors of Antibiotic Resistance » ou Ce biopesticide Gras n'est pas plus vert: les biopesticides comme réservoirs et vecteurs de résistance aux antibiotiques …

À l'échelle mondiale, les pratiques agricoles ont été impliquées dans la propagation et la génération de bactéries résistantes aux antibiotiques. Les biopesticides sont des micro-organismes utilisés pour lutter contre les insectes et les champignons; étiquetés «verts», «biologiques» et sans danger pour la consommation, les produits microbiens sont classés comme étant généralement considérés comme sûrs ou GRAS. Les produits à base de Bacillus représentent plus de 80% du marché mondial des biopesticides et offrent une alternative bienvenue aux pesticides synthétisés chimiquement connus pour nuire à la santé humaine et à l'environnement. Un de ces biopesticides, Bacillus thuringiensis (Bt), est un porteur documenté de plusieurs plasmides et est connu pour avoir une résistance à certains antibiotiques. Nous avons utilisé une combinaison d'analyses microbiologiques et de séquençage du génome entier de quatre produits biopesticides commerciaux de Bacillus (B. amyloliquefaciens, B. subtilis et deux souches de Bt) et d'analyses bioinformatiques des génomes publiés afin de déterminer le rôle que ces produits de lutte contre les nuisibles largement disponibles peuvent jouer dans la propagation de gènes de résistance aux antibiotiques. Nous avons utilisé la capture de conformation de chromosomes (Hi-C) pour confirmer la localisation, le plasmide ou le chromosome, des gènes conférant une résistance aux antibiotiques (GRA) dans ces produits. Les produits biopesticides ont été analysés à l'aide d'un test de diffusion sur disque pour déterminer la résistance à plusieurs antibiotiques et ont été co-cultivés avec une souche de Klebsiella pneumoniae positive pour la carbapénémase afin de mesurer les variations de la concentration minimale inhibitrice (CMI) des antibiotiques carbapénèmes.

Les analyses bioinformatiques ont révélé que les souches de biopesticides ont des GRA divers, hébergent des plasmides correspondant à plusieurs pathogènes primaires et contiennent des plasmides porteurs de GRA. Les génomes de biopesticides publiés présentaient une résistance à au moins une classe d'antibiotiques et 60% avaient des gènes pour quatre classes de médicaments ou plus.

Deux des produits biopesticides testés ont démontré une résistance à la daptomycine et au sulfaméthoxazole/triméthoprime. Les séquences des biopesticides ont été comparées avant et après la co-culture, révélant des changements génotypiques et phénotypiques sous la forme d'une résistance accrue aux antibiotiques carbapénèmes là où ils étaient auparavant sensibles.

Ce travail aborde l'impact potentiellement grave des biopesticides en tant que réservoirs et vecteurs de gènes de résistance aux antibiotiques. Les conséquences imprévues de l'application à grande échelle de biopesticides et leur contribution à la propagation et à l'augmentation de la résistance aux antibiotiques nécessitent des recherches plus approfondies, des alternatives à ces produits porteurs de GRA et, éventuellement, un changement dans la désignation des biopesticides comme GRAS.

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