A propos de la classification des génotypes de STEC détectés dans les aliments en fonction de l'impact potentiel sur la santé publique à l'aide de données cliniques

«Des chercheurs testent une nouvelle approche de E. coli pour aider au management des risques», source article de Food Safety News paru le 10 avril 2023.

Selon une étude, une nouvelle approche pourrait améliorer les décisions de gestion des risques concernant E. coli producteurs de shigatoxines (STEC).

La classification et la gestion des risques liés aux STEC isolés des aliments ont été entravées par des lacunes dans les connaissances sur la façon dont différents types peuvent provoquer des maladies graves.

En 2019, une réunion conjointe d'experts FAO/OMS sur l'évaluation des risques microbiologiques (JEMRA) a proposé que le potentiel pathogène d'une souche de STEC soit classé en fonction des gènes de virulence. Le JEMRA a présenté un classement des souches avec divers gènes de virulence en cinq niveaux en fonction de leur potentiel à provoquer des diarrhées, des diarrhées sanglantes et le syndrome hémolytique et urémique (SHU).

En 2020, l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a dit que le sérogroupe des STEC ne pouvait pas être utilisé comme prédicteur des résultats cliniques. L'EFSA a également conclu que tous les types de STEC peuvent être associés à une maladie grave, mais les souches contenant le gène produisant le sous-type de toxine stx2a ont montré les taux les plus élevés de SHU, d'hospitalisation et de diarrhée sanglante, et la présence du gène eae n'est pas essentielle mais était un facteur aggravant.

Améliorer la réaction aux résultats liés aux STEC

La nouvelle approche combine la probabilité estimée que la souche cause une maladie grave avec le fardeau de santé publique associé à la maladie en termes d'années de vie ajustées sur l'incapacité (DALY) par cas, selon l'étude publiée dans la revue Microbial Risk Analysis, «Classification and ranking of shigatoxin-producing Escherichia coli (STEC) genotypes detected in food based on potential public health impact using clinical data».

Des souches de STEC isolées d’aliments ou de cas de SHU, caractérisées en termes de gènes stx et eae présents, et pour lesquelles des données cliniques ont été rapportées dans l'ensemble de données de l'EFSA ont été utilisées pour illustrer l'approche.

Les chercheurs ont évalué cette méthode en rangeant et en classant les souches alimentaires de STEC recueillies lors d'enquêtes et lors d'une épidémie en Suède.

Du point de vue de la gestion des risques, fixer la limite entre un résultat satisfaisant ou non d'un échantillon alimentaire est un compromis entre l'impact potentiel sur la santé et le coût de déclarer le résultat insatisfaisant, selon l'étude.

Une analyse coûts-bénéfices a été effectuée en utilisant la proportion d'échantillons d'aliments classés comme satisfaisants ou non en fonction du coût en termes de proportion d'aliments rejetés et du bénéfice en termes de proportion de souches causant des maladies graves qui sont capturées.

Une limite de 500 mDALY 10^-3 DALY), ciblant les génotypes stx2a+eae+autres gènes stx, conduirait à ce que 14% ou moins des échantillons d'aliments soient considérés comme insatisfaisants et qu'environ 85% des souches de STEC ayant causé le SHU en Suède soient capturées.

Les approches existantes ne classent pas sans équivoque les différents génotypes de STEC en fonction de leur probabilité de provoquer une maladie grave. La nouvelle approche aborde cette limitation, améliore la transparence des décisions de gestion des risques et est basée sur les risques en termes de probabilité et de conséquences suite à une infection (maladie grave). Elle n'est pas fondée sur le risque en termes de risque associé à la présence d'un génotype de STEC dans l'aliment, car cela impliquerait des évaluations des risques spécifiques au génotype tenant compte de l'exposition, ce qui impliquerait plus de travail et des données qui ne sont pas toujours disponibles.

E. coli dans la viande importée en Arabie Saoudite

Une autre étude a examiné E. coli O157 dans des échantillons de viande crue importée des ports d'Arabie saoudite. Les produits en provenance d'Inde et du Brésil étaient les plus fréquemment contaminés.

Selon la Saudi Food and Drug Authority, en 2017, au moins 562, 280 et 50 échantillons de viande de bœuf, de poulet et de mouton ont été testés pour E. coli O157:H7, selon l'étude publiée dans la revue Scientific Reports.

E. coli O157 a été détecté dans 29 des 428 échantillons de bœuf importés d'Inde, deux des 91 du Brésil et un des 15 des Émirats arabes unis. Il a été retrouvé dans 16 des 230 échantillons de poulet du Brésil et un sur 28 d'Ukraine. L'agent pathogène a également été détecté dans l'un des 47 échantillons de viande de mouton provenant d'Inde. Les produits positifs provenaient de plusieurs entreprises différentes.

En Arabie saoudite, aucune éclosion à E. coli O157:H7 n'a été signalée à ce jour et la prévalence est inconnue. Cependant, il a été isolé de plusieurs élevages locaux de bovins.

«La présence de E. coli O157:H7 dans des échantillons de viande crue importée souligne la nécessité d'une surveillance plus régulière aux frontières de l'Arabie saoudite avant que les produits ne soient mis à disposition sur le marché pour être consommés par le public. Nos résultats soulignent la nécessité de protocoles de contrôle plus stricts pour l'approbation des produits alimentaires importés, en particulier de l'Inde et du Brésil, qui sont les principaux fournisseurs de viande de l'Arabie saoudite», ont dit des chercheurs.

NB : La photo est issue du CDC.

Complément

Il n’est jamais trop tard pour citer le blog des microbiologistes ou supermicrobiologistes, c’est comme on voudra. Blog pédagogique s’il en est et très humoristique …

Les articles parus sont :

- Guide d’achat : Quelle méthode pour détecter les E.coli producteurs de shigatoxines ?, 24 mars 2023

- Pourquoi la détection des STEC dans les aliments est-elle si compliquée ?, 7 mars 2023

- Détection des STEC dans les aliments, 7 mars 2023.

Et, surtout, n’hésitez pas à leur poser vos questions !

Mise à jour du 16 avril 2023

On lira dans Microbial Risk Analysis, «Classification and ranking of shigatoxin-producing Escherichia coli (STEC) genotypes detected in food based on potential public health impact using clinical data».

Mise à jour du 19 avril 2023

L'article initialement proposé n'a pas plu à grand nom français du diagnostic, situé à Lyon, et qui l'a fait savoir à Blogger, l'application blog de Google. J'ai donc dû retirer l'illustration de cet article.

Les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire

N’étant pas présent à la réunion annuelle de l’IAFP, je m’en remets aux comptes-rendus de Food Safety News, avec tous mes remerciements. -aa.

«Un panel à l'IAFP résout les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire», source article de Chris Koger paru le 19 juillet 2021 dans Food Safety News.

Bien que le génotypage puisse fournir des informations microbiologiques clés et renforcer les preuves épidémiologiques dans les épidémies de maladies d'origine alimentaire, la technologie actuelle présente encore certaines limites et la nature même des agents pathogènes/parasites eux-mêmes peut rendre le travail de laboratoire difficile.

Les scientifiques dont le travail consiste à en savoir plus sur les agents pathogènes et les parasites qui provoquent de telles épidémies ont discuté des problèmes actuels lors de la réunion annuelle de l'International Association for Food Production, un événement hybride avec des sessions en ligne et une conférence à Phoenix.

La session, «Tracing Back to the Source: Challenges to Link Parasite and Viral Genotypes between Outbreak Clinical Samples and On-farm Environmental Sources of Contamination» a porté sur le virus de l’hépatite A, norovirus, Cyclospora et Cryptosporidium.

Lee-Ann Jaykus, du Département des sciences de l'alimentation, des bioprocédés et de la nutrition de l'Université d'État de Caroline du Nord à Raleigh, a dit que le virus de l’hépatite A transmis par les aliments dans le monde provient souvent de baies congelées. Bien que ces foyers soient généralement attribués assez rapidement à un importateur et au pays d'origine, il est difficile de trouver la source précise, en partie parce que les baies congelées sont généralement consommées après la saison au cours de laquelle elles ont été récoltées. Cela est aggravé par la probabilité que le transformateur ait mis en commun des baies d'un certain nombre de producteurs sur la chaîne de production.

Les chaînes d'approvisionnement complexes sont souvent un autre obstacle au suivi des origines des maladies d'origine alimentaire liées aux produits frais et transformés, a-t-elle dit.

Une fois qu'un fournisseur-producteur a été identifié, les enquêteurs ont une liste de suspects habituels à cibler.

«Lorsque vous examinez les bonnes pratiques agricoles associées à la production de produits frais, nous utilisons souvent les ‘quatre W’, water (l'eau), waste (les déchets), wildlife (la faune) et workers (les employés), comme source de contamination», a dit Jaykus.

Elle a guidé les participants à la session à travers le processus de détection des virus entériques avec la méthodologie de l’ISO couramment utilisée. Les chercheurs, cependant, «jouent» souvent avec différentes méthodes lors des enquêtes sur les épidémies pour augmenter les chances de trouver l'acide nucléique cible qu'ils recherchent dans l'échantillon.

Jaykus a discuté de l'interprétation des résultats de la RT-qPCR (reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction). Le processus est courant, mais Jaykus a dit qu'il existe une possibilité de faux positifs, si la contamination croisée et d'autres facteurs ne sont pas exclus. La détection d'un acide nucléique avec cette méthode ne prouvent pas qu'un virus infectieux est présent.

«Il y a un débat pour savoir si le recours à des méthodes basées sur la PCR peut entraîner une surestimation des risques pour la santé publique», a dit Jaykus. «Nous pourrions avoir un symposium entier sur cela.»

Les méthodes de nouvelle génération pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire comprennent le séquençage du génome entier et le méta-codage à barres de l’ADN, a-t-elle dit.

Alexandre da Silva, chercheur en microbiologie au Centre de sécurité des aliments et de nutrition appliquée de la FDA, a discuté des épidémies de cyclosporose, en mettant l'accent sur Cyclospora cayetanensis, classé pour la première fois comme agent pathogène humain en 1994.

Des progrès tels que ceux de la bactériologie n'ont pas été observés dans la méthodologie utilisée pour détecter et tracer Cyclospora, a dit da Silva, mais les méthodes disponibles ont été couronnées de succès, a-t-il dit.

La présentation de Da Silva comprenait des informations sur le cycle de vie de Cyclospora, et il a abordé des épidémies spécifiques, parmi près de 1 000 cas confirmés en laboratoire liés à des framboises importées en 1996, du basilic cultivé dans le Missouri en 1999, de la laitue romaine en 2013 et des salades en sachet en 2020.

Bien qu'il soit nécessaire de développer des méthodes pour détecter Cyclospora dans les produits, il a dit que la capacité du laboratoire est également essentielle.

«Nous devons également nous assurer qu'il existe des laboratoires capables d'utiliser toute cette méthodologie qu'ils développent», a-t-il dit. «Sinon, tous ces efforts ne produiront pas les résultats que nous voulons.»

Il a dit que la FDA avait créé un certain nombre de laboratoires pouvant se spécialiser sur Cyclospora et que l'agence était en train de former des chercheurs, mais la pandémie de COVID-19 a suspendu le programme.

Rachel Chalmers, experte en Cryptosporidium auprès de Public Health Wales, a dit qu'un classement mondial de 2014 des maladies d'origine alimentaire causées par des parasites par la FAO et l’OMS plaçait Cryptosporidium spp. liés aux produits frais, aux jus de fruits et au lait en n°5. Douze des 20 principales éclosions de maladies d'origine alimentaire causées par des parasites provenaient de la contamination environnementale des produits frais à la ferme.

Le génotypage des parasites aide à faire la lumière sur l'étendue d'une épidémie, la voie de transmission et les interventions précises nécessaires. Le génotypage peut aider à renforcer l'association avec l'aliment en cause, a-t-elle dit.

«Les données de génotypage peuvent aider à affiner l'analyse épidémiologique et à mieux utiliser les données de surveillance pour identifier d'autres cas et identifier les épidémies elles-mêmes», a dit Chalmers.

Les défis rencontrés dans une investigation typique d’une épidémie de maladies d’origine alimentaire comprennent:

• Obtention d'échantillons pertinents, qu'ils proviennent de la ferme ou d'autres emplacements de la chaîne d'approvisionnement, jusqu'aux isolats cliniques;
• Faire face à un nombre élevé d’analyes et au retour d'information rapide, en particulier pendant la phase d'escalade de l'épidémie ;
• Bonne communication entre les laboratoires, les enquêteurs épidémiologiques, les inspecteurs/préleveurs sur place et autres;
• Communication externe claire avec les propriétaires d'entreprise, les fournisseurs, les médias et le public; et,
• Disposer des bons outils pour préparer les échantillons et les soumettre au processus de génotypage.