Les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire

N’étant pas présent à la réunion annuelle de l’IAFP, je m’en remets aux comptes-rendus de Food Safety News, avec tous mes remerciements. -aa.

«Un panel à l'IAFP résout les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire», source article de Chris Koger paru le 19 juillet 2021 dans Food Safety News.

Bien que le génotypage puisse fournir des informations microbiologiques clés et renforcer les preuves épidémiologiques dans les épidémies de maladies d'origine alimentaire, la technologie actuelle présente encore certaines limites et la nature même des agents pathogènes/parasites eux-mêmes peut rendre le travail de laboratoire difficile.

Les scientifiques dont le travail consiste à en savoir plus sur les agents pathogènes et les parasites qui provoquent de telles épidémies ont discuté des problèmes actuels lors de la réunion annuelle de l'International Association for Food Production, un événement hybride avec des sessions en ligne et une conférence à Phoenix.

La session, «Tracing Back to the Source: Challenges to Link Parasite and Viral Genotypes between Outbreak Clinical Samples and On-farm Environmental Sources of Contamination» a porté sur le virus de l’hépatite A, norovirus, Cyclospora et Cryptosporidium.

Lee-Ann Jaykus, du Département des sciences de l'alimentation, des bioprocédés et de la nutrition de l'Université d'État de Caroline du Nord à Raleigh, a dit que le virus de l’hépatite A transmis par les aliments dans le monde provient souvent de baies congelées. Bien que ces foyers soient généralement attribués assez rapidement à un importateur et au pays d'origine, il est difficile de trouver la source précise, en partie parce que les baies congelées sont généralement consommées après la saison au cours de laquelle elles ont été récoltées. Cela est aggravé par la probabilité que le transformateur ait mis en commun des baies d'un certain nombre de producteurs sur la chaîne de production.

Les chaînes d'approvisionnement complexes sont souvent un autre obstacle au suivi des origines des maladies d'origine alimentaire liées aux produits frais et transformés, a-t-elle dit.

Une fois qu'un fournisseur-producteur a été identifié, les enquêteurs ont une liste de suspects habituels à cibler.

«Lorsque vous examinez les bonnes pratiques agricoles associées à la production de produits frais, nous utilisons souvent les ‘quatre W’, water (l'eau), waste (les déchets), wildlife (la faune) et workers (les employés), comme source de contamination», a dit Jaykus.

Elle a guidé les participants à la session à travers le processus de détection des virus entériques avec la méthodologie de l’ISO couramment utilisée. Les chercheurs, cependant, «jouent» souvent avec différentes méthodes lors des enquêtes sur les épidémies pour augmenter les chances de trouver l'acide nucléique cible qu'ils recherchent dans l'échantillon.

Jaykus a discuté de l'interprétation des résultats de la RT-qPCR (reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction). Le processus est courant, mais Jaykus a dit qu'il existe une possibilité de faux positifs, si la contamination croisée et d'autres facteurs ne sont pas exclus. La détection d'un acide nucléique avec cette méthode ne prouvent pas qu'un virus infectieux est présent.

«Il y a un débat pour savoir si le recours à des méthodes basées sur la PCR peut entraîner une surestimation des risques pour la santé publique», a dit Jaykus. «Nous pourrions avoir un symposium entier sur cela.»

Les méthodes de nouvelle génération pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire comprennent le séquençage du génome entier et le méta-codage à barres de l’ADN, a-t-elle dit.

Alexandre da Silva, chercheur en microbiologie au Centre de sécurité des aliments et de nutrition appliquée de la FDA, a discuté des épidémies de cyclosporose, en mettant l'accent sur Cyclospora cayetanensis, classé pour la première fois comme agent pathogène humain en 1994.

Des progrès tels que ceux de la bactériologie n'ont pas été observés dans la méthodologie utilisée pour détecter et tracer Cyclospora, a dit da Silva, mais les méthodes disponibles ont été couronnées de succès, a-t-il dit.

La présentation de Da Silva comprenait des informations sur le cycle de vie de Cyclospora, et il a abordé des épidémies spécifiques, parmi près de 1 000 cas confirmés en laboratoire liés à des framboises importées en 1996, du basilic cultivé dans le Missouri en 1999, de la laitue romaine en 2013 et des salades en sachet en 2020.

Bien qu'il soit nécessaire de développer des méthodes pour détecter Cyclospora dans les produits, il a dit que la capacité du laboratoire est également essentielle.

«Nous devons également nous assurer qu'il existe des laboratoires capables d'utiliser toute cette méthodologie qu'ils développent», a-t-il dit. «Sinon, tous ces efforts ne produiront pas les résultats que nous voulons.»

Il a dit que la FDA avait créé un certain nombre de laboratoires pouvant se spécialiser sur Cyclospora et que l'agence était en train de former des chercheurs, mais la pandémie de COVID-19 a suspendu le programme.

Rachel Chalmers, experte en Cryptosporidium auprès de Public Health Wales, a dit qu'un classement mondial de 2014 des maladies d'origine alimentaire causées par des parasites par la FAO et l’OMS plaçait Cryptosporidium spp. liés aux produits frais, aux jus de fruits et au lait en n°5. Douze des 20 principales éclosions de maladies d'origine alimentaire causées par des parasites provenaient de la contamination environnementale des produits frais à la ferme.

Le génotypage des parasites aide à faire la lumière sur l'étendue d'une épidémie, la voie de transmission et les interventions précises nécessaires. Le génotypage peut aider à renforcer l'association avec l'aliment en cause, a-t-elle dit.

«Les données de génotypage peuvent aider à affiner l'analyse épidémiologique et à mieux utiliser les données de surveillance pour identifier d'autres cas et identifier les épidémies elles-mêmes», a dit Chalmers.

Les défis rencontrés dans une investigation typique d’une épidémie de maladies d’origine alimentaire comprennent:

• Obtention d'échantillons pertinents, qu'ils proviennent de la ferme ou d'autres emplacements de la chaîne d'approvisionnement, jusqu'aux isolats cliniques;
• Faire face à un nombre élevé d’analyes et au retour d'information rapide, en particulier pendant la phase d'escalade de l'épidémie ;
• Bonne communication entre les laboratoires, les enquêteurs épidémiologiques, les inspecteurs/préleveurs sur place et autres;
• Communication externe claire avec les propriétaires d'entreprise, les fournisseurs, les médias et le public; et,
• Disposer des bons outils pour préparer les échantillons et les soumettre au processus de génotypage.

Lutter contre la fraude alimentaire de la ferme à l'assiette avec un système mobile de traçage des ingrédients

©Shutter2U/Adobe Stock.com

«Lutter contre la fraude alimentaire de la ferme à l'assiette avec un système mobile de traçage des ingrédients », source communiqué de l'Université de Tokyo.

Un cadre de communication pour soutenir une production alimentaire diversifiée à n'importe quelle échelle.

Des acheteurs avertis s’attendent de plus en plus à connaître l’origine des aliments qu’ils consomment, qu’ils achètent dans les marchés fermiers ou chez les grands distributeurs Une application prototype proposée par des chercheurs de l'Université de Tokyo vise à offrir une transparence totale de la ferme à la table le long des chaînes d'approvisionnement alimentaire et à répondre aux besoins des petits exploitants agricoles, des petits producteurs et des producteurs industriels.

Des systèmes officiels de certification des denrées alimentaires existent dans de nombreux pays, mais les experts estiment que le coût financier de la mise en œuvre et les coûts de main-d'œuvre d'entretien ne sont pas pratiques pour les petits producteurs. Les systèmes de certification existants peuvent également être exploités par des vendeurs peu scrupuleux qui simulent des certificats ou des logos d'authenticité pour des produits haut de gamme, comme le bœuf wagyu japonais et le fromage italien Parmigiano Reggiano (appelé parmesan en France -aa), ou pour des produits respectueux de l'environnement, comme le thon dolphin-safe.

«Notre motivation était de concevoir un système de suivi des aliments bon marché pour les petits agriculteurs, pratique pour les consommateurs et capable de prévenir la fraude alimentaire», a déclaré Kaiyuan Lin, doctorant en troisième année à l'Université de Tokyo et premier auteur de l'étude de recherche publiée dans Nature Food.

Le système de suivi (ou de traçage) des aliments de l’équipe de recherche commence par la récolte de n’importe quel ingrédient, par exemple le riz dans une ferme familiale. L'agriculteur ouvre l'application sur un téléphone mobile, entre des détails sur la quantité et le type de riz, puis crée et imprime un code QR à attacher aux sacs de riz. Un chauffeur de camion scanne ensuite le code QR et entre des détails dans l'application sur où, quand et comment le riz a été transporté sur le marché. Un vendeur du marché achète le riz, scanne le code QR pour enregistrer que le riz est maintenant en sa possession et entre des détails sur où et comment le riz est stocké avant la revente. Finalement, le vendeur peut vendre du riz directement aux consommateurs ou à d'autres fabricants qui peuvent scanner le code QR et savoir d'où provient le riz.

«Ma mission est de m'assurer que le système ne vous ment pas. Les données sont enregistrées dans notre système numérique uniquement lorsque les transactions se produisent de personne à personne dans le monde réel et physique, de sorte qu'il ne peut y avoir de fraude», a déclaré Lin.

Si un imposteur enregistrait des codes QR contrefaits pour duper les consommateurs, les agriculteurs remarqueraient que la taille de leur récolte présumée se dupliquait soudainement dans l'application. Les agriculteurs peuvent également choisir de recevoir des mises à jour de l'application pour savoir où, quand et sous quelle forme leur récolte parvient finalement aux consommateurs.

«Nous pensons que le suivi de leurs ingrédients fera appel au sens du savoir-faire des agriculteurs et à la fierté de leur travail», a déclaré Lin.

L'application peut également transformer une longue liste d'ingrédients en un seul code QR. Par exemple, un chef d'usine peut acheter du riz de Taïwan, du poivre de Kampot du Cambodge et du bœuf de Kobé du Japon pour le transformer en kits de repas préparés. Ce n'est que lors de la réception physique de ces ingrédients que l'usine peut enregistrer leurs codes QR. Après avoir collecté tous les codes d'ingrédients, l'usine utilise ensuite l'application pour créer un nouveau code QR à joindre aux kits de repas complétés.

L'usine peut créer chaque jour un code QR unique pour chaque nouveau lot de kits repas. Lorsque les consommateurs scannent le code QR d’un kit repas, ils peuvent lire les détails du kit ainsi que l’origine de tous les ingrédients individuels connectés numériquement au code QR du kit.

«Le système actuel de codes-barres signifie que chaque jour de l'année, pour toujours, lorsque vous achetez le même produit, il aura le même code-barres. Notre système signifie que les petits producteurs qui fabriquent de petits lots peuvent générer un nouveau code QR pour chaque lot», a déclaré Lin. Ce niveau de détail accru peut également aider les services réglementaires à suivre la sécurité des aliments et à gérer les rappels de sécurité sanitaire plus efficacement et plus précisément.

L'application a été conçue avec un logiciel open source et une base de données entièrement décentralisée (pair-à-pair ou peer-to-peer ou multi-maîtres), ce qui signifie que les modifications ne sont pas contrôlées par un serveur centralisé. Le stockage des données est réparti sur le téléphone ou l'ordinateur de chaque utilisateur, il n'y a donc pas de serveur central à pirater, offrant aux consommateurs encore plus de tranquillité d'esprit. Les chercheurs espèrent que l'aspect décentralisé de l'application contribuera davantage à démocratiser les systèmes alimentaires.

Pour l'instant, l'application reste une proposition hypothétique qui a besoin d'un soutien financier supplémentaire pour devenir une réalité.

«Nous avons créé un prototype de démonstration de l'infrastructure d'un nouveau système de traçabilité précise des aliments. Avant que nous puissions tous utiliser l'application lors de notre prochain voyage dans une épicerie, les codeurs informatiques et les concepteurs d'interface utilisateur devront créer l'application et les agriculteurs auront besoin d'imprimantes pour les autocollants de code QR», a déclaré Lin.

Cette recherche est un projet collaboratif avec l'Institut des Systèmes Complexes de Paris Île-de-France, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS).

Un topo sur le traçage des contacts COVID-19

« Traçage des contacts COVID-19: un briefing », source BMJ.

Le Royaume-Uni a plongé dans un nouveau programme de recherche des contacts - trois mois après avoir abandonné sa stratégie originale de tests et de traçage pour le COVID-19.

Chris Baraniuk explique ce que nous savons des efforts mondiaux actuels et pourquoi ils sont cruciaux pendant une pandémie. Qu'est-ce que le traçage des contacts?

En recherchant qui a eu un contact étroit avec une personne infectée, la traçage des contacts peut déterminer qui doit être testé ou qui doit s'auto-isoler. Si cela est fait rapidement, cela peut contenir des épidémies au sein d'une petite population.

Même lorsqu'une maladie s'est généralisée, le traçage des contacts peut encore contribuer à réduire la transmission. Et il peut révéler des données utiles sur où et comment la maladie se propage.

Le traçage des contacts a déjà été utilisé avec succès pour contrôler les épidémies d'Ebola et diverses infections sexuellement transmissibles. Mais en particulier avec le COVID-19, le traçage des contacts doit être combiné avec des tests généralisés du public pour identifier les nouvelles épidémies à mesure qu'elles se produisent, explique David McCoy, professeur de santé publique mondiale à l'Université Queen Mary de Londres. « Le fait est que vous essayez de détecter des personnes au début de l'infection, pas quand elles sont devenues symptomatiques », a-t-il dit au BMJ.

Qu'est-ce que cela implique?

Une part substantielle de le traçage des contacts comprend des entretiens téléphoniques avec les contacts récents d’une personne infectée - des personnes qui se trouvent à moins de 2 mètres depuis 15 minutes ou plus, comme le suggère le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). L’ECDC recommande également que les traceurs de contacts COVID-19 classent les contacts d'une personne infectée comme «à haut risque» ou «à faible risque», selon le niveau de contact qu'ils signalent. L’ECDC conseille aux traceurs de suivre les contacts pour voir si leur état d'infection change.

Dans certains pays, comme la Corée du Sud, le traçage des contacts a également impliqué un travail de détective tel que le vidsionnage des séquences de vidéosurveillance, les données de localisation GPS des smartphones et même les enregistrements de transactions par carte de crédit pour savoir qui est entré en contact avec qui.

Est-ce toujours efficace en cas d'infection généralisée?

Même au 31 mars, les traceurs de contacts aux États-Unis ont indiqué qu'ils étaient dépassés par la quantité de travail à laquelle ils étaient confrontés. À cette époque, le pays comptait déjà plus de 160 000 cas confirmés de COVID-19. Elle en compte désormais plus de 1,3 millions.

Au Royaume-Uni, le fait que des milliers d'épidémies locales se produisent est encore plus de raisons de concentrer les efforts de traçage des contacts, explique Allyson Pollock, professeur clinique de santé publique à l'Université de Newcastle. « Vous avez besoin d'équipes locales réactives pour éteindre l'incendie, mais le gouvernement a malheureusement détruit et décimé cela », dit-elle, soulignant une décennie d'austérité et le démantèlement des infrastructures sanitaires locales.

Pollock dit que les équipes locales seraient en mesure de décider elles-mêmes de la façon de déployer les traceurs de contact, car elles ont une compréhension claire des parties de la communauté locale qui sont les plus vulnérables. McCoy est d'accord: « La centralisation du traçage des contacts est, à mon avis, une erreur. »

Comment différents pays ont-ils mis en œuvre le suivi des contacts?

La Corée du Sud a connu deux épidémies inquiétantes de COVID-19 à Daegu et Cheongdo et n'a enregistré que 250 décès à ce jour. Jonathan Kennedy, de l'Université Queen Mary de Londres, décrit dans un article en ligne comment le traçage des contacts était un élément majeur de la stratégie de la Corée du Sud en matière de COVID-19.6 Mais il dit qu'il n'est pas possible de copier simplement l'approche du pays au Royaume-Uni.

« La Corée du Sud a passé des années à s'y préparer [et] semble avoir un système de santé publique qui fonctionne très bien. Vous ne pouvez pas simplement créer de la magie après 10 ans d'austérité et construire tout cela à partir de zéro », dit-il. De plus, les traceurs de contacts en Corée du Sud avaient accès aux séquences de vidéosurveillance, aux données des téléphones portables et des voitures et aux enregistrements des cartes de crédit. Cela serait considéré comme «beaucoup trop intrusif» ici, dit Pollock.

En Europe, la plupart des pays s'efforcent d'élargir l'effectif de traçage manuel des contacts. Le personnel de la République d'Irlande passe 2 000 appels par jour, ce qui devrait atteindre 5 000 par jour. Les autorités belges prévoient de recruter 2,000 traceurs qui seront basés dans les bureaux régionaux - une stratégie très différente de celle du Royaume-Uni, qui privilégie une approche centralisée.

Partout dans le monde, différents pays sont confrontés à des défis différents. Au Libéria, qui a fait face aux épidémies d'Ebola ces dernières années, il existe une stigmatisation et une méfiance considérables à l'égard des maladies infectieuses et même de ceux qui tentent de les combattre, comme les traceurs de contacts. Le pays a tenté d'affecter des traceurs de contacts au sein de leurs propres communautés pour aider à atténuer ce problème.

Les applications pour smartphone peuvent-elles aider?

Le traçage basé sur les applications exploite le fait que dans de nombreux pays, y compris le Royaume-Uni, la plupart de la population possède un smartphone. Ces appareils peuvent être configurés pour communiquer entre eux et pour garder une trace de la proximité de deux téléphones.

Lorsqu'une personne signale via l'application qu'elle ne se sent pas bien, l'application peut fournir des informations sur la façon dont cette personne peut passer un test COVID-19. Si l'utilisateur informe ultérieurement l'application qu'ils est testé positif, le logiciel peut envoyer automatiquement une alerte aux autres téléphones qui se trouvaient à proximité ces derniers jours.

L'approche «manuelle», en revanche, signifie que les traceurs doivent demander aux personnes qui ont été testées positives pour le virus de leur dire avec qui elles auraient pu être en contact, puis suivre ces personnes par téléphone. L’ECDC note que les appels avec chaque contact peuvent prendre environ 20 minutes. Le processus manuel est «trop lent», compte tenu de la transmissibilité du COVID-19, selon des chercheurs de l'Université d'Oxford.

Cela dit, des chercheurs du groupe de travail COVID-19 du Center for the Mathematical Modeling of Infectious Diseases ont récemment partagé une préimpression qui comparait le suivi des contacts basé sur l'application du suivi manuel. La stratégie basée sur l'application a permis de réduire la transmission de 44%, tandis que le traçage manuel a réduit la transmission de 61%. Cette évaluation était basée sur l'hypothèse que 53% de la population téléchargerait et utiliserait l'application de recherche des contacts.

En outre, le traçage manuel permet une voix humaine qui peut être réconfortante lors de l'annonce d'une mauvaise nouvelle d'un résultat positif, et il atteint également des personnes qui pourraient ne pas utiliser ou être à l'aise avec les smartphones ou le partage de données électroniques. En pratique, un programme de recherche des contacts peut s'appuyer sur des approches automatiques et manuelles.

Comment fonctionnent les applications de suivi des contacts dans la pratique?

Une pierre d'achoppement majeure pour ces applications est qu'elles nécessitent qu'une grande proportion de personnes dans une population les télécharge et les utilise. Au Royaume-Uni, les experts conseillant le NHS affirment que 80% des utilisateurs de smartphones, soit environ 56% de la population totale, soit 37 millions de personnes, devraient utiliser l'application pour être efficace.

Il y a également eu des désaccords sur les détails techniques des applications développées dans divers pays. Certains pays ont opté pour une approche décentralisée, dans laquelle les enregistrements des interactions entre les appareils sont stockés localement sur le smartphone lui-même plutôt que dans un cloud, sur des serveurs centralisés appartenant à des entreprises ou des gouvernements. C'est la méthode préférée par Apple et Google, les sociétés derrière les deux systèmes d'exploitation pour smartphones les plus populaires, iOS et Android. Au Royaume-Uni et en France, cependant, les applications officielles collectent des données et les envoient à un système centralisé.

Quelle est la stratégie de traçage des contacts au Royaume-Uni?

Le Royaume-Uni avait procédé au traçage des contacts jusqu'à ce que le gouvernement décide de mettre fin à cela le 12 mars, lorsqu'il a transféré la capacité de tests exclusivement aux patients admis à l'hôpital. Les raisons de cela n'ont pas été divulguées à l'époque, mais le gouvernement a laissé entendre que cela était dû à un manque de capacités face à la montée en flèche des cas. Le 12 mars, 30 000 personnes avaient été testées au Royaume-Uni.1 KK Cheng, professeur de santé publique et de soins primaires à l'Université de Birmingham, a dit que le Royaume-Uni avait abandonné le traçage des contacts «bien trop tôt».

Tous les détails du nouveau programme de recherche des contacts n'ont pas été rendus publics. Mais nous savons que le gouvernement s'est engagé à embaucher 18 000 personnes, dont 3 000 personnels de santé, pour gérer les appels téléphoniques. Tous doivent être nommés la semaine commençant le 18 mai. Le Times a rapporté que des milliers de ces personnels seraient recrutés par le biais d'entreprises privées et le BMJ a vu une annonce de recrutement pour les traceurs de contact COVID-19 publiée en ligne par la firme go-centric. Matt Hancock, le secrétaire à la santé, a annoncé lors d'une conférence de presse le 4 mai que des «milliers» de personnes avaient déjà été embauchées.

Un porte-parole du ministère de la santé et des affaires sociales a dit au BMJ qu'il était «confiant» que l'objectif d'embauche serait atteint d'ici la date limite. Ils ont refusé de dire quelles questions les gestionnaires demanderaient et quels conseils ils donneraient aux personnes soupçonnées d'avoir attrapé le COVID-19. « De plus amples détails seront fournis en temps voulu », ont-ils dit.

Mais Cheng dit que davantage de personnel pourrait être nécessaire. Les 18 000 évoqués sont «probablement une sous-estimation» du nombre qui sera réellement nécessaire, a-t-il dit au BMJ, ajoutant qu'il était inutile de fixer des objectifs arbitraires. « Si vous trouvez que 18 000 ne suffisent pas, donnez-leur 36 000 », dit-il.

Le Royaume-Uni a également lancé une application pour recueillir des données pour le traçage des contacts. Actuellement, il est évalué à petite échelle sur l'île de Wight.

L'application britannique fonctionnera-t-elle et les données personnelles seront-elles en sécurité?

Outre le fait que de nombreuses personnes devront utiliser, l'application, qui a été développée par la société privée VMWare, a fait l'objet de critiques en raison de limitations techniques.

Le site d'actualités sur la cybersécurité The Register a indiqué que la version iOS de l'application ne permettra d'établir de nouvelles connexions via la technologie sans fil Bluetooth que lorsque l'application s'exécute au premier plan, en d'autres termes, à l'écran sur un téléphone déverrouillé. Les smatphones sur Android restreingnent la connectivité Bluetooth pour les applications qui s'exécutent en arrière-plan ou qui ne sont pas actuellement à l'écran.

Des tests sont nécessaires pour savoir exactement à quel point l'application est limitée, mais l'inquiétude est que dans certaines situations, elle ne pourra pas détecter les téléphones lorsque les appareils sont verrouillés et posés sur une table ou dans les poches des personnes, par exemple. Cela pourrait réduire considérablement l'utilité de l'application.

Étant donné que le logiciel a été conçu pour envoyer des données à un emplacement central pour le stockage, plutôt que de les conserver sur les téléphones des personnes, l'application ne pourra pas non plus utiliser le nouveau système développé conjointement par Apple et Google qui facilite les connexions Bluetooth. Les développeurs ont indiqué que la centralisation des données fournirait plus d'informations sur la propagation du COVID-19.

Matt Hancock a répliqué aux suggestions selon lesquelles l'application ne protégerait pas suffisamment les données des personnes. Il était «complètement faux» de suggérer que l'application constituait une menace pour les libertés civiles, a-t-il dit, insistant sur le fait que les personnes resteraient anonymes.

Malgré certains articles indiquant que les données de l'application seront supprimées après 28 jours, les députés ont entendu que, si elles étaient partagées avec le NHS, les données pourraient en fait être conservées à des fins de recherche. Michael Veale, professeur de droits numériques et de réglementation à l'UCL, a fait valoir sur Twitter que la méthode d'anonymisation des données de l'application ne répond pas à la propre définition légale de l'anonymisation au Royaume-Uni. C'est en partie pourquoi certaines critiques craignent que les données collectées par l'application puissent, avec un certain effort, être liées à des individus au NHS ou d'autres enregistrements.

Référence

COVID-19 contact tracing: a briefing.

BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1859 (Published 13 May 2020)

Une application de traçage du COVID-19 montre des possibilités de prévision de l'épidémie

« Une application de traçage du COVID-19 montre des possibilités de prévision de l'épidémie », source CIDRAP News du 6 mai 2020.

Une analyse précoce d'une application téléphonique de traçage des symptômes duCOVID-19 lancée à la mi-mars suggère qu'elle a le potentiel de prédire les pics d'activité de l’épidémie, ce qui pourrait fournir des données en temps réel pouvant servir d'alerte précoce. Des chercheurs de Boston et de Londres ont publié hier leurs résultats dans Science (l’article est en accès libre).

Le groupe a lancé l'application mobile au Royaume-Uni le 24 mars et aux États-Unis 5 jours plus tard parmi plusieurs grandes cohortes préexistantes liées à l’épidémie. L'application a également collecté des données auprès des personnels de santé, notamment sur les risques liés aux pénuries d'équipements de protection.

Des combinaisons de trois symptômes ou plus prédisaient souvent des tests positifs pour le COVID-19. Les symptômes comprenaient la fatigue et la toux, suivies de diarrhée, de fièvre et de perte d'odeur.

Lorsque les chercheurs ont examiné un sous-ensemble d'utilisateurs dans le sud du Pays de Galles, ils ont constaté que l'application avait prédit avec succès deux pics du nombre de cas de COVID-19 avant qu'ils ne soient détectés par les services de santé publique.

L'équipe a dit que la structure du groupe d'étude leur permettra d'étudier les résultats à long terme de la maladie. Ils ont noté que l'une des limites de l'étude est qu'elle ne représente pas un échantillonnage aléatoire de la population.

NB : Il existe ici ou là une petite vingtaine d'application de traçage COVID-19

Pourquoi, il faut entreprendre le traçage de contacts, le traçage de contacts, le traçage de contacts ...

« La traçage des contacts a aidé à mettre fin à l'épidémie d'Ebola; les experts en santé publique disent que cela peut aussi arrêter le COVID-19 », source article d’Adrianna Rodriguez dans USA TODAY du 21 avril 2020.

Un expert en santé publique qui a dirigé la lutte contre l'épidémie d'Ebola au Libéria a déclaré que les États-Unis minimisent une stratégie pour arrêter la pandémie de coronavirus: le traçage des contacts.

Tolbert Nyenswah, du Département de la santé internationale à la Bloomberg School of Public Health de Johns Hopkins, a déclaré que le traçage de contacts réussi pourrait rouvrir le pays d'ici deux à trois mois.

« À l'heure actuelle, 100% de toutes les personnes entrant en contact avec des patients atteints de COVID-19 doivent être tracées », a-t-il déclaré. « Même un seul contact manqué peut prolonger l’épidémie. »

Selon un article publié le 20 avril 2020 par des chercheurs du Johns Hopkins Center for Health Security, le pays a besoin d'un effectif de 100 000 traceurs de contacts. À cette échelle, l'effort nécessiterait 3,6 milliards de dollars, selon les chercheurs. Ils ont appelé à une injection de fonds d'urgence du Congrès.

Leurs estimations sont basées sur ce qui a fonctionné dans d'autres pays. Dans la région de Wuhan, en Chine, où l'épidémie a commencé, 9 000 traceurs de contact ont été rapidement déployés pour enrayer la propagation dans la ville de 11 millions d'habitants.

L'Organisation mondiale de la santé décompose la recherche des contacts en trois étapes de base: l'identification, la liste et le suivi.

Une fois qu'un patient est positif pour le virus, les contacts sont identifiés en demandant avec qui le patient est entré en contact, comme les membres de la famille, les collègues, les amis ou les personnels de santé. Ensuite, les traceurs tentent d'identifier et d'atteindre tous ceux qui sont entrés en contact avec le patient COVID-19 positif. Des suivis réguliers doivent être effectués avec tous les contacts pour surveiller les symptômes.

Même si les cas aux États-Unis ont dépassé 760 000 cas lundi matin, Nyenswah a déclaré que le traçage des contacts jusqu'au dernier foyer domestique était possible.

« Pour que nous devancions la courbe, pour que nous aplatissions la courbe, pour que nous courbions la courbe, pour arrêter l'épidémie… traçage de contacts, traçage de contacts, traçage de contacts », a déclaré Nyenswah, racontant les efforts extrêmes des traceurs dans les zones rurales. L'Afrique par rapport à la première nation du monde que sont les États-Unis.

« C'est lourd, c'est laborieux, cela peut prendre beaucoup de temps », a-t-il dit. « Cela peut être fait. »

Matthew Fox, professeur d'épidémiologie et de santé mondiale à l'Université de Boston, est en faveur du traçage des contacts, mais a déclaré qu'il ne pensait pas que les États-Unis pouvaient atteindre zéro cas avant qu'un vaccin ne soit disponible dans les prochaines années.

« Je pense que cela est minimisé dans les médias, mais je ne pense pas que ce sera la solution à tous nos problèmes », a-t-il déclaré. « Nous pensons que le coronavirus est beaucoup plus transmissible. Ebola, vous devez entrer en contact avec des fluides corporels… la transmission des gouttelettes est tellement plus difficile. »

Fox a dit que le traçage des contacts joue un rôle important dans une stratégie plus large intégrant d'autres mesures de santé publique pour minimiser la transmission. Bien que cela n'ait pas beaucoup d'impact à mesure que les cas dans le pays grimpent, a-t-il dit, il est important de commencer à intensifier le traçage des contacts lorsque le nombre de cas devient plus gérable.

John Welch, directeur des partenariats et des opérations pour la réponse COVID au Massachusetts pour Partners in Health, va embaucher environ 900 traceurs de contacts pour l'État.

Partners in Health, une organisation mondiale de santé à but non lucratif, estime que ces personnes passeront de 80 000 à 100 000 appels par semaine, travaillant 12 heures par jour pendant les sept jours. Welch a déclaré que les traceurs de contacts non seulement garderont une trace des contacts, mais redirigeront les patients dans le besoin vers les ressources appropriées pour le test ou le traitement.

Welch a vu des efforts similaires fonctionner de première main en Sierra Leone pendant l'épidémie d'Ebola. Il s'est étouffé en se rappelant qu’il ne pouvait pas imaginer un jour où l'épidémie prendrait fin.

Complément du 25 avril 2020. On pourra lire « Dépistage du coronavirus : les raisons du fiasco français sur les tests », source Le Monde du 25 avril 2020. Article réservé aux abonnés.

Difficultés d’approvisionnement, atermoiements du gouvernement, corporatismes et blocages réglementaires ont fait perdre de précieuses semaines au pays.